		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	5 (1%)	496	0.00146	0.00549	0.84202	0.957	NA	NA	NA	NA	0.92239	1	0.88155	0.989	0.10808	0.191	0.051339	0.107	0.27417	0.402	0.14219	0.238
1q gain	26 (5%)	475	9.9999e-06	0.000105	0.01609	0.0413	0.00302	0.0102	0.064519	0.129	0.00144	0.00548	4e-05	0.000288	0.087049	0.167	0.04927	0.105	0.01459	0.0384	0.01537	0.0401
3p gain	3 (1%)	498	0.00134	0.00513	0.54962	0.69	NA	NA	NA	NA	0.4945	0.637	0.5887	0.725	0.30357	0.436	0.18798	0.3	1	1	0.19422	0.306
4p gain	5 (1%)	496	9.9999e-06	0.000105	0.0066799	0.0202	NA	NA	NA	NA	0.01655	0.0419	0.01247	0.0341	0.04156	0.0915	0.0139	0.0373	1	1	0.075379	0.147
4q gain	5 (1%)	496	9.9999e-06	0.000105	0.0065899	0.02	NA	NA	NA	NA	0.01631	0.0417	0.01246	0.0341	0.0411	0.0908	0.01425	0.038	1	1	0.077969	0.152
5p gain	21 (4%)	480	9.9999e-06	0.000105	0.00187	0.00685	0.52881	0.671	0.23262	0.356	0.0053199	0.0167	6.9999e-05	0.000459	0.0012	0.00475	0.00013	0.000737	0.59843	0.734	0.0033	0.0111
5q gain	17 (3%)	484	9.9999e-06	0.000105	3e-05	0.000242	0.84935	0.957	0.079079	0.153	0.00017	0.00092	4e-05	0.000288	0.00012	0.00073	2e-05	0.000182	0.83933	0.956	0.00419	0.0137
7p gain	18 (4%)	483	9.9999e-06	0.000105	5e-05	0.000347	0.66215	0.789	0.052589	0.11	0.00064999	0.00278	9.9999e-05	0.000628	0.00038	0.00181	2e-05	0.000182	0.57582	0.712	0.0055499	0.0172
7q gain	20 (4%)	481	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.57219	0.711	0.01318	0.0355	0.00013	0.000737	2e-05	0.000182	5e-05	0.000347	9.9999e-06	0.000105	0.61218	0.748	0.00088999	0.00365
8p gain	6 (1%)	495	0.00013	0.000737	0.41607	0.564	0.4541	0.599	0.63165	0.763	0.59737	0.734	0.53395	0.673	0.45053	0.599	0.45144	0.599	1	1	1	1
8q gain	7 (1%)	494	4e-05	0.000288	0.20138	0.313	0.455	0.599	0.62697	0.763	0.82593	0.948	0.52193	0.664	0.7997	0.923	0.6301	0.763	0.89982	1	0.89509	1
9p gain	3 (1%)	498	0.0013	0.00505	0.55286	0.693	NA	NA	NA	NA	0.49366	0.637	0.58766	0.725	1	1	1	1	0.41763	0.564	0.6324	0.763
9q gain	4 (1%)	497	0.01071	0.0303	0.78978	0.922	NA	NA	NA	NA	0.90173	1	0.36392	0.51	0.83751	0.956	1	1	0.16639	0.273	0.57137	0.711
11p gain	6 (1%)	495	0.00123	0.00481	0.02795	0.0642	0.78094	0.914	0.29896	0.432	0.052739	0.11	0.04466	0.098	0.0094599	0.0271	0.0064499	0.0199	0.46923	0.611	0.096459	0.175
11q gain	5 (1%)	496	0.00013	0.000737	0.060239	0.123	0.78007	0.914	0.30081	0.433	0.11129	0.194	0.12503	0.212	0.02674	0.0624	0.02136	0.0506	0.31013	0.444	0.27262	0.401
12p gain	14 (3%)	487	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.85192	0.957	0.079829	0.154	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	5e-05	0.000347	9.9999e-06	0.000105	0.5558	0.695	0.00242	0.00845
12q gain	15 (3%)	486	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.84969	0.957	0.081299	0.156	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	3e-05	0.000242	2e-05	0.000182	0.38642	0.537	0.00097999	0.00399
13q gain	5 (1%)	496	2e-05	0.000182	0.01872	0.0451	0.38526	0.537	0.21329	0.329	0.04863	0.104	0.10264	0.183	0.23579	0.359	0.072389	0.144	0.84471	0.957	0.19586	0.306
14q gain	11 (2%)	490	9.9999e-06	0.000105	0.00019	0.001	1	1	0.15863	0.262	0.00056999	0.00257	0.00012	0.00073	0.00073999	0.00314	9.9999e-05	0.000628	0.85095	0.957	0.00217	0.00771
16p gain	15 (3%)	486	9.9999e-06	0.000105	4e-05	0.000288	0.63258	0.763	0.079909	0.154	0.00017	0.00092	3e-05	0.000242	0.00011	0.000683	3e-05	0.000242	0.43544	0.584	0.00077999	0.00326
16q gain	13 (3%)	488	9.9999e-06	0.000105	0.00017	0.00092	0.79581	0.922	0.27658	0.404	0.00087999	0.00363	0.00025	0.00125	0.00163	0.00601	0.00013	0.000737	0.61953	0.755	0.0075599	0.0225
17p gain	16 (3%)	485	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.5371	0.676	0.02778	0.0642	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000105	0.36225	0.509	0.00027	0.00132
17q gain	18 (4%)	483	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.63593	0.763	0.016	0.0412	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.51243	0.653	0.00017	0.00092
18p gain	6 (1%)	495	9.9999e-06	0.000105	0.092559	0.171	NA	NA	NA	NA	0.12132	0.206	0.26813	0.397	0.25517	0.381	0.1126	0.195	0.45406	0.599	0.3961	0.545
18q gain	6 (1%)	495	4e-05	0.000288	0.091799	0.171	NA	NA	NA	NA	0.11934	0.204	0.26542	0.394	0.2557	0.381	0.11104	0.194	0.45396	0.599	0.39877	0.545
19p gain	8 (2%)	493	9.9999e-06	0.000105	2e-04	0.00104	NA	NA	NA	NA	0.00043	0.002	0.00023	0.00116	0.00013	0.000737	3e-05	0.000242	0.45261	0.599	0.02235	0.0527
19q gain	10 (2%)	491	9.9999e-06	0.000105	2e-05	0.000182	0.63586	0.763	0.063539	0.128	3e-05	0.000242	4e-05	0.000288	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.63766	0.763	0.00159	0.00594
20p gain	12 (2%)	489	9.9999e-06	0.000105	0.00029	0.0014	0.79449	0.922	0.094439	0.173	0.0026	0.00892	0.00078999	0.00328	0.00424	0.0137	0.00074999	0.00316	0.9147	1	0.095529	0.174
20q gain	12 (2%)	489	9.9999e-06	0.000105	0.00031	0.00149	0.79532	0.922	0.092629	0.171	0.00277	0.00945	0.00103	0.00416	0.00406	0.0135	0.00064999	0.00278	0.91209	1	0.094689	0.173
21q gain	5 (1%)	496	0.00023	0.00116	0.16825	0.275	NA	NA	NA	NA	0.24096	0.365	0.49093	0.637	0.45255	0.599	0.31115	0.444	0.69176	0.818	0.68297	0.81
xp gain	8 (2%)	493	9.9999e-06	0.000105	0.00191	0.00696	0.83836	0.956	0.50398	0.644	0.04505	0.0984	0.056489	0.116	0.17759	0.288	0.073669	0.146	0.79991	0.923	0.18367	0.295
xq gain	9 (2%)	492	9.9999e-06	0.000105	0.01136	0.0316	0.83887	0.956	0.50307	0.644	0.097409	0.176	0.14009	0.235	0.28072	0.407	0.13393	0.226	0.90858	1	0.39733	0.545
1p loss	4 (1%)	497	9.9999e-05	0.000628	0.18399	0.295	NA	NA	NA	NA	0.24361	0.367	0.3161	0.45	0.11404	0.196	0.064629	0.129	0.84567	0.957	0.19464	0.306
1q loss	3 (1%)	498	0.00132	0.00509	0.04785	0.103	NA	NA	NA	NA	0.099729	0.179	0.15149	0.252	0.0266	0.0624	0.01668	0.0419	1	1	0.19209	0.305
2p loss	10 (2%)	491	9.9999e-06	0.000105	4e-05	0.000288	0.77524	0.911	0.091539	0.171	6.9999e-05	0.000459	3e-05	0.000242	9.9999e-06	0.000105	2e-05	0.000182	0.23384	0.356	0.00044	0.00203
2q loss	10 (2%)	491	9.9999e-06	0.000105	3e-05	0.000242	0.77318	0.911	0.089609	0.17	5.9999e-05	0.000407	5.9999e-05	0.000407	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.23234	0.356	0.00055999	0.00256
3p loss	3 (1%)	498	0.00123	0.00481	0.04941	0.105	NA	NA	NA	NA	0.10006	0.179	0.15327	0.254	0.0267	0.0624	0.01681	0.042	1	1	0.19343	0.306
3q loss	4 (1%)	497	0.00022	0.00113	0.01739	0.0428	0.49555	0.637	0.42375	0.569	0.03577	0.0805	0.04589	0.0992	0.0079399	0.0233	0.00394	0.0132	1	1	0.067499	0.135
6p loss	4 (1%)	497	0.00018	0.000957	0.04628	0.0997	NA	NA	NA	NA	0.45835	0.601	0.39585	0.545	0.11297	0.195	0.064079	0.129	0.3992	0.545	0.1962	0.306
6q loss	7 (1%)	494	4e-05	0.000288	0.00234	0.00827	0.01245	0.0341	0.57506	0.712	0.02803	0.0642	0.01803	0.044	0.00489	0.0155	0.00063999	0.00278	1	1	0.0097899	0.0279
8p loss	4 (1%)	497	9.9999e-05	0.000628	0.0173	0.0428	NA	NA	NA	NA	0.03641	0.0814	0.04944	0.105	0.0077699	0.0229	0.00422	0.0137	0.10832	0.191	0.01889	0.0453
8q loss	4 (1%)	497	0.00013	0.000737	0.0174	0.0428	NA	NA	NA	NA	0.03619	0.0812	0.04576	0.0992	0.0077399	0.0229	0.00421	0.0137	0.11131	0.194	0.01873	0.0451
9p loss	19 (4%)	482	9.9999e-06	0.000105	0.03789	0.084	0.24184	0.365	0.64825	0.774	0.03101	0.0701	0.061459	0.125	0.0086999	0.0253	0.0071199	0.0213	0.30031	0.433	0.00422	0.0137
9q loss	25 (5%)	476	9.9999e-06	0.000105	0.10375	0.184	0.17183	0.279	0.11419	0.196	0.17164	0.279	0.060859	0.124	0.0093299	0.0269	0.0070399	0.0212	0.27759	0.404	0.00488	0.0155
10p loss	7 (1%)	494	9.9999e-06	0.000105	0.01162	0.0322	0.49594	0.637	0.42025	0.566	0.02057	0.0489	0.01543	0.0401	0.00474	0.0152	0.00062999	0.00277	1	1	0.01118	0.0313
10q loss	6 (1%)	495	9.9999e-06	0.000105	0.02923	0.0663	NA	NA	NA	NA	0.053229	0.11	0.04562	0.0992	0.01439	0.0382	0.00445	0.0143	1	1	0.02802	0.0642
11p loss	7 (1%)	494	9.9999e-06	0.000105	0.01099	0.0309	0.49539	0.637	0.95865	1	0.0064799	0.0199	0.01751	0.0429	0.00494	0.0156	0.00058999	0.00262	0.80066	0.923	0.01075	0.0303
11q loss	9 (2%)	492	9.9999e-06	0.000105	0.01734	0.0428	0.32115	0.454	0.81391	0.936	0.01578	0.0408	0.01839	0.0447	0.00056999	0.00257	0.00247	0.00857	0.90852	1	0.00255	0.0088
13q loss	14 (3%)	487	0.00161	0.00597	0.01476	0.0387	0.062609	0.127	0.13812	0.232	0.0053399	0.0167	0.0079899	0.0233	0.00105	0.00421	0.00041	0.00194	0.10191	0.182	0.01272	0.0346
15q loss	8 (2%)	493	0.00014	0.000787	2e-04	0.00104	0.19301	0.306	0.089959	0.17	0.00058999	0.00262	0.00026	0.00128	6.9999e-05	0.000459	2e-05	0.000182	0.4114	0.561	0.00195	0.00706
17p loss	8 (2%)	493	0.01445	0.0382	0.41445	0.563	1	1	0.38948	0.538	0.63603	0.763	0.6014	0.736	0.092239	0.171	0.1601	0.264	0.12585	0.213	0.20547	0.318
17q loss	4 (1%)	497	0.11353	0.196	0.79232	0.922	NA	NA	NA	NA	0.89978	1	0.66537	0.791	0.46674	0.609	0.56831	0.709	0.33193	0.467	0.68372	0.81
18p loss	4 (1%)	497	0.002	0.0072	0.18276	0.295	1	1	0.389	0.538	0.24487	0.367	0.31704	0.451	0.074059	0.146	0.092189	0.171	0.53305	0.673	0.27282	0.401
18q loss	4 (1%)	497	0.00214	0.00765	0.18455	0.295	1	1	0.38654	0.537	0.24528	0.367	0.31969	0.453	0.074339	0.146	0.090159	0.17	0.53186	0.673	0.27255	0.401
19p loss	5 (1%)	496	0.0093199	0.0269	0.0065699	0.02	0.32407	0.457	0.23726	0.36	0.01668	0.0419	0.01291	0.0349	0.00239	0.00839	0.00107	0.00427	0.087379	0.167	0.00145	0.00548
21q loss	8 (2%)	493	0.00064999	0.00278	0.16194	0.266	0.38095	0.533	0.21431	0.329	0.7126	0.841	0.41763	0.564	0.091239	0.171	0.02872	0.0654	0.46436	0.607	0.055389	0.114
22q loss	89 (18%)	412	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.11975	0.204	0.50159	0.643	9.9999e-06	0.000105	9.9999e-06	0.000105	0.00042	0.00197	4e-05	0.000288	0.00018	0.000957	0.00026	0.00128
xp loss	4 (1%)	497	0.11254	0.195	0.18356	0.295	0.27868	0.405	0.19593	0.306	0.45824	0.601	0.20913	0.323	0.074669	0.146	0.092089	0.171	0.03749	0.0835	0.095209	0.174
xq loss	3 (1%)	498	0.050299	0.106	0.050609	0.106	0.27748	0.404	0.19628	0.306	0.099389	0.179	0.15071	0.251	0.02806	0.0642	0.01662	0.0419	0.10992	0.194	0.01901	0.0454
