		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	8 (7%)	115	0.00022	0.00127	0.02128	0.0434	0.01298	0.0286	0.0352	0.0618	0.0087199	0.0215	0.00256	0.00843	0.02167	0.0435	0.02127	0.0434	0.00337	0.0106	0.0066299	0.0181
1q gain	22 (18%)	101	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104
3q gain	5 (4%)	118	0.25698	0.313	0.13947	0.189	0.04222	0.0725	0.01451	0.031	0.16818	0.225	0.03746	0.0651	0.72436	0.766	0.00496	0.0145	0.35385	0.4	0.16888	0.225
5p gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000104	3e-05	0.000233	0.01948	0.0405	0.00308	0.00983	0.00168	0.00633	0.0014	0.00552	0.00074999	0.00333	0.01316	0.0289	4e-05	0.000297	0.00202	0.00739
5q gain	9 (7%)	114	2e-05	0.000173	9.9999e-06	0.000104	0.04791	0.0796	0.0102	0.0241	0.0091299	0.0221	0.0070899	0.0189	0.0031	0.00983	0.0163	0.0343	0.00014	0.000877	0.00348	0.0108
7p gain	16 (13%)	107	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.0067299	0.0181	0.00387	0.0118	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.00016	0.000967	9.9999e-06	0.000104	2e-05	0.000173
7q gain	16 (13%)	107	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.0066099	0.0181	0.00429	0.0129	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	5e-05	0.000366	2e-04	0.00118	9.9999e-06	0.000104	3e-05	0.000233
8p gain	12 (10%)	111	3e-04	0.00161	0.02103	0.0432	0.058219	0.091	0.004	0.0121	0.00051999	0.00248	2e-04	0.00118	0.00079999	0.00347	0.00195	0.00719	0.00013	0.000835	0.00055999	0.00262
8q gain	12 (10%)	111	0.00038	0.00196	0.0216	0.0435	0.059509	0.0919	0.00399	0.0121	0.00052999	0.00251	0.00015	0.000918	0.00065999	0.00301	0.00206	0.00739	0.00011	0.000743	0.00043	0.00215
9p gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000104	0.00011	0.000743	0.35185	0.4	0.38388	0.428	0.00038	0.00196	0.00099999	0.00416	0.01023	0.0241	0.0063599	0.0177	0.00488	0.0143	0.00098999	0.00416
9q gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000104	0.00012	0.00079	0.35239	0.4	0.38304	0.428	0.00034	0.0018	0.00099999	0.00416	0.0098199	0.0234	0.0059699	0.0169	0.0052899	0.0152	0.00090999	0.00388
12p gain	4 (3%)	119	0.02819	0.0541	0.1468	0.198	0.060649	0.0926	0.03015	0.056	0.00474	0.014	0.00229	0.00763	0.17207	0.227	0.02657	0.0514	0.04553	0.0761	0.17155	0.227
12q gain	4 (3%)	119	0.02883	0.0546	0.14682	0.198	0.060559	0.0926	0.02982	0.056	0.0050199	0.0146	0.00218	0.00751	0.1729	0.228	0.02621	0.0509	0.04521	0.0758	0.17211	0.227
14q gain	13 (11%)	110	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.17744	0.23	0.03032	0.056	4e-05	0.000297	5.9999e-05	0.000422	0.00026	0.00142	0.00012	0.00079	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104
15q gain	12 (10%)	111	0.00013	0.000835	3e-05	0.000233	0.62133	0.663	0.66293	0.705	0.02058	0.0425	0.0093499	0.0225	0.01352	0.0294	0.02145	0.0435	0.00156	0.00592	0.0057499	0.0163
17q gain	7 (6%)	116	0.3943	0.438	0.22023	0.273	0.03313	0.059	0.13628	0.186	0.03985	0.0691	0.00349	0.0108	0.77435	0.813	0.068949	0.103	0.43814	0.483	0.39616	0.439
18p gain	3 (2%)	120	0.10167	0.148	0.1771	0.23	NA	NA	NA	NA	0.04904	0.081	0.02927	0.0551	0.19812	0.249	0.2851	0.342	0.10496	0.15	0.50198	0.547
18q gain	3 (2%)	120	0.10125	0.147	0.17883	0.23	NA	NA	NA	NA	0.04986	0.0818	0.0302	0.056	0.19665	0.249	0.28573	0.342	0.10611	0.15	0.50114	0.547
19p gain	3 (2%)	120	0.02519	0.0492	0.17613	0.23	NA	NA	NA	NA	0.35536	0.4	0.32636	0.382	0.19545	0.249	0.61309	0.659	0.10593	0.15	0.30308	0.36
19q gain	3 (2%)	120	0.02361	0.0469	0.17736	0.23	NA	NA	NA	NA	0.35333	0.4	0.32847	0.383	0.19796	0.249	0.60946	0.656	0.10657	0.15	0.304	0.36
20p gain	10 (8%)	113	0.00051999	0.00248	0.02392	0.0473	0.00218	0.00751	0.00025	0.00138	0.00142	0.00555	0.00035	0.00184	0.053389	0.086	0.01057	0.0244	5e-04	0.00243	0.054439	0.0871
20q gain	10 (8%)	113	0.00061999	0.00288	0.02436	0.048	0.00218	0.00751	0.00023	0.0013	0.00151	0.00581	0.00039	0.00199	0.054049	0.0867	0.01101	0.0249	0.00047	0.00233	0.054899	0.0876
21q gain	3 (2%)	120	0.2786	0.335	0.34892	0.399	0.17787	0.23	0.20462	0.255	0.48778	0.535	0.18889	0.242	0.65024	0.693	0.34334	0.396	0.74174	0.781	0.61992	0.663
22q gain	5 (4%)	118	0.03498	0.0617	0.03181	0.057	0.17629	0.23	0.20143	0.252	0.27394	0.331	0.2272	0.279	0.32583	0.382	0.60633	0.654	0.2238	0.276	0.68208	0.722
xp gain	3 (2%)	120	0.02511	0.0492	0.17648	0.23	NA	NA	NA	NA	0.35454	0.4	0.32876	0.383	0.19506	0.249	0.68179	0.722	0.1049	0.15	0.4989	0.546
xq gain	5 (4%)	118	0.00113	0.00466	0.0078099	0.0204	0.4643	0.51	0.33354	0.386	0.04818	0.0798	0.064859	0.0975	0.14825	0.199	0.27351	0.331	0.01225	0.0273	0.1028	0.148
1p loss	4 (3%)	119	0.0054299	0.0155	0.00228	0.00763	NA	NA	NA	NA	0.057609	0.0905	0.12283	0.169	0.17146	0.227	0.52633	0.573	0.04649	0.0775	0.30231	0.36
3p loss	12 (10%)	111	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000104	0.00179	0.0067	5.9999e-05	0.000422	0.00131	0.00524	0.00072999	0.0033	0.00078999	0.00345	0.00445	0.0133	2e-05	0.000173	0.00064999	0.00299
3q loss	7 (6%)	116	0.00073999	0.00332	0.00024	0.00134	0.0082899	0.0211	0.00115	0.00467	0.03089	0.0568	0.03141	0.057	0.03358	0.0596	0.084519	0.126	0.00205	0.00739	0.0084399	0.0213
4p loss	5 (4%)	118	0.0078999	0.0205	0.0125	0.0278	NA	NA	NA	NA	0.04962	0.0817	0.063909	0.0966	0.32465	0.382	0.3875	0.431	0.053059	0.086	0.2633	0.32
4q loss	4 (3%)	119	0.0283	0.0541	0.061489	0.0932	NA	NA	NA	NA	0.13888	0.189	0.18059	0.232	0.43816	0.483	0.11558	0.16	0.10363	0.149	0.085529	0.127
6p loss	20 (16%)	103	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	2e-05	0.000173	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	2e-05	0.000173
6q loss	19 (15%)	104	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	2e-05	0.000173	4e-05	0.000297	9.9999e-06	0.000104	2e-05	0.000173	2e-05	0.000173	0.00029	0.00157	9.9999e-06	0.000104	5.9999e-05	0.000422
9p loss	4 (3%)	119	0.2511	0.307	0.10828	0.152	0.17759	0.23	0.20286	0.253	0.01647	0.0345	0.00363	0.0112	1	1	0.059739	0.0919	1	1	0.33065	0.385
10p loss	3 (2%)	120	0.5994	0.648	0.3471	0.398	NA	NA	NA	NA	0.01036	0.0242	0.02156	0.0435	1	1	0.01577	0.0333	0.73964	0.78	0.61899	0.663
11p loss	9 (7%)	114	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.0080599	0.0207	0.00115	0.00467	0.0091499	0.0221	0.0069499	0.0186	0.0080899	0.0207	0.052369	0.0851	0.00014	0.000877	0.0078099	0.0204
11q loss	7 (6%)	116	2e-05	0.000173	9.9999e-06	0.000104	0.02887	0.0546	0.0060499	0.017	0.03137	0.057	0.01368	0.0296	0.03308	0.059	0.11467	0.159	0.00225	0.0076	0.0084899	0.0213
12p loss	8 (7%)	115	0.00471	0.014	6.9999e-05	0.000485	0.01098	0.0249	0.00239	0.00792	0.0076999	0.0203	0.0142	0.0305	0.02187	0.0437	0.055069	0.0876	0.00313	0.00986	0.01956	0.0405
12q loss	7 (6%)	116	0.00221	0.00756	3e-05	0.000233	0.01091	0.0249	0.0026	0.0085	0.0079799	0.0206	0.01378	0.0297	0.03367	0.0596	0.12221	0.168	0.00209	0.00743	0.03572	0.0625
13q loss	14 (11%)	109	2e-05	0.000173	0.0061699	0.0172	0.0095499	0.0229	0.04015	0.0694	0.064849	0.0975	0.050829	0.0831	0.36954	0.415	0.58163	0.63	0.059099	0.0918	0.35502	0.4
16p loss	5 (4%)	118	0.1275	0.174	0.20129	0.252	0.04269	0.0728	0.01492	0.0317	0.19588	0.249	0.11346	0.158	0.32115	0.379	0.57557	0.625	0.22616	0.279	0.30507	0.361
16q loss	13 (11%)	110	0.056759	0.09	0.0052399	0.0151	0.0066999	0.0181	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.059689	0.0919	9.9999e-06	0.000104	0.00152	0.00581	0.00078999	0.00345
17p loss	14 (11%)	109	0.02204	0.0439	0.00147	0.0057	0.00015	0.000918	0.00023	0.0013	0.01785	0.0373	0.00085999	0.0037	0.37183	0.417	0.0021	0.00743	0.02817	0.0541	0.060869	0.0926
17q loss	6 (5%)	117	0.0106	0.0244	0.0085599	0.0213	0.01102	0.0249	0.0027	0.00877	0.30314	0.36	0.14728	0.198	0.27339	0.331	0.23399	0.287	0.099069	0.145	0.43526	0.482
18p loss	7 (6%)	116	0.00187	0.00695	0.0087799	0.0215	0.01055	0.0244	0.097899	0.144	0.03102	0.0568	0.03038	0.056	0.01296	0.0286	0.095769	0.141	0.00206	0.00739	0.04389	0.0743
18q loss	7 (6%)	116	0.00212	0.00745	0.0083499	0.0212	0.01112	0.025	0.097769	0.144	0.03176	0.057	0.03156	0.057	0.01349	0.0294	0.094109	0.14	0.00225	0.0076	0.04375	0.0743
19p loss	3 (2%)	120	0.10319	0.149	0.34517	0.397	NA	NA	NA	NA	0.00128	0.00516	5e-04	0.00243	0.19616	0.249	0.01035	0.0242	0.1062	0.15	0.058299	0.091
19q loss	3 (2%)	120	0.10271	0.148	0.34859	0.399	NA	NA	NA	NA	0.00136	0.0054	4e-04	0.00202	0.19858	0.249	0.0098999	0.0235	0.10606	0.15	0.059169	0.0918
21q loss	9 (7%)	114	9.9999e-06	0.000104	9.9999e-06	0.000104	0.01133	0.0254	0.00297	0.00953	0.0066899	0.0181	0.0065999	0.0181	0.0085699	0.0213	0.051609	0.0841	0.00022	0.00127	0.0085899	0.0213
22q loss	13 (11%)	110	3e-05	0.000233	0.11315	0.158	0.060899	0.0926	0.04191	0.0722	0.094839	0.141	0.04469	0.0754	0.11285	0.158	0.33144	0.385	0.053299	0.086	0.33825	0.391
xp loss	7 (6%)	116	0.00296	0.00953	0.0091199	0.0221	0.2072	0.257	0.098559	0.144	0.03013	0.056	0.03176	0.057	0.057049	0.0902	0.10594	0.15	0.0073299	0.0194	0.13392	0.183
xq loss	4 (3%)	119	0.02842	0.0541	0.03632	0.0634	0.04245	0.0726	0.01487	0.0317	0.057259	0.0902	0.11969	0.165	0.02525	0.0492	0.25247	0.308	0.04517	0.0758	0.30273	0.36
