Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	4 (4%)	86	0.18393	0.405	NA	NA	0.46667	0.691	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1q gain	8 (9%)	82	0.04221	0.174	0.6554	0.847	0.32572	0.553	0.55738	0.753	0.04572	0.183	0.078209	0.249	0.064699	0.223	0.24284	0.465	0.14675	0.351	0.85146	0.992
2p gain	13 (14%)	77	0.0073199	0.0572	0.0013	0.015	0.19273	0.416	0.34191	0.567	0.01204	0.0797	0.00026	0.00444	0.37153	0.599	0.01871	0.103	0.12735	0.326	0.072409	0.238
2q gain	12 (13%)	78	0.052729	0.197	0.00235	0.0238	1	1	0.17412	0.394	0.0183	0.103	0.00285	0.0273	0.053859	0.198	0.00495	0.0414	0.02086	0.11	0.02374	0.12
3p gain	13 (14%)	77	0.28263	0.507	0.068049	0.227	0.4427	0.675	0.87989	1	0.33156	0.558	0.36519	0.593	0.4077	0.644	0.10783	0.303	0.63439	0.828	0.38792	0.622
3q gain	15 (17%)	75	0.40137	0.636	0.051379	0.194	0.47637	0.696	0.82126	0.97	0.052869	0.197	0.79234	0.947	0.65088	0.843	0.24548	0.468	0.67994	0.868	0.71128	0.878
4p gain	37 (41%)	53	9.9999e-06	0.00039	0.04458	0.18	0.76854	0.929	0.46587	0.691	9.9999e-06	0.00039	5e-05	0.00137	0.29257	0.516	0.00201	0.0211	0.343	0.567	0.86182	1
4q gain	33 (37%)	57	2e-05	0.000656	0.03743	0.159	1	1	0.72887	0.89	2e-05	0.000656	9.9999e-06	0.00039	0.55654	0.753	0.00082999	0.0112	0.35936	0.586	0.94967	1
5p gain	57 (63%)	33	9.9999e-06	0.00039	0.03698	0.159	0.068155	0.227	0.0325	0.146	0.00050999	0.00734	9.9999e-06	0.00039	0.25226	0.472	0.22576	0.454	0.074389	0.243	0.3569	0.583
5q gain	53 (59%)	37	9.9999e-06	0.00039	0.0083599	0.0629	0.53343	0.734	0.14698	0.351	5e-04	0.00732	9.9999e-06	0.00039	0.33391	0.561	0.13798	0.346	0.2103	0.438	0.17022	0.389
6p gain	18 (20%)	72	0.0175	0.0994	0.68265	0.868	0.46893	0.691	0.87409	1	0.066759	0.227	0.47245	0.693	0.16265	0.378	0.054399	0.198	0.41491	0.649	0.23303	0.46
6q gain	16 (18%)	74	0.074709	0.243	0.45375	0.683	1	1	0.6849	0.868	0.19936	0.424	0.29398	0.516	0.299	0.523	0.19736	0.42	0.15092	0.355	0.43677	0.672
7p gain	48 (53%)	42	9.9999e-06	0.00039	0.11708	0.313	0.53343	0.734	0.091369	0.27	0.00016	0.00312	0.00152	0.0171	0.91498	1	0.55058	0.752	0.2755	0.5	0.28758	0.512
7q gain	48 (53%)	42	2e-05	0.000656	0.11647	0.312	0.53343	0.734	0.24335	0.465	9.9999e-06	0.00039	0.00012	0.00246	0.91616	1	0.3281	0.556	0.27606	0.5	0.19095	0.414
8p gain	32 (36%)	58	4e-05	0.00113	0.14145	0.347	0.19609	0.419	0.43826	0.673	0.16778	0.385	0.14664	0.351	0.11173	0.309	0.17348	0.394	0.24314	0.465	0.5164	0.727
8q gain	38 (42%)	52	0.00018	0.00321	0.29344	0.516	0.36884	0.597	0.46801	0.691	0.41247	0.648	0.23266	0.46	0.4994	0.713	0.26091	0.482	0.52316	0.731	0.64535	0.839
9p gain	20 (22%)	70	7.9999e-05	0.00193	0.00217	0.0222	0.011543	0.0776	0.13453	0.342	0.0095699	0.0688	0.01125	0.0769	0.38627	0.621	0.55085	0.752	0.46353	0.691	0.25086	0.472
9q gain	29 (32%)	61	0.00033	0.00531	0.00102	0.0129	0.0042451	0.038	0.069309	0.23	0.02419	0.122	0.00185	0.02	0.03396	0.151	0.3502	0.575	0.088959	0.266	0.084079	0.255
10p gain	25 (28%)	65	0.002	0.0211	0.059139	0.209	0.028418	0.133	0.01421	0.0873	4e-05	0.00113	0.00022	0.00384	0.03434	0.151	0.5091	0.719	0.055199	0.199	0.45342	0.683
10q gain	26 (29%)	64	0.00156	0.0173	0.070889	0.234	0.054933	0.198	0.01428	0.0873	3e-05	0.000946	0.00045	0.00683	0.02046	0.109	0.34409	0.567	0.02994	0.136	0.84573	0.989
11p gain	5 (6%)	85	0.091209	0.27	NA	NA	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11q gain	6 (7%)	84	0.12436	0.324	0.17433	0.394	0.61099	0.815	0.48415	0.705	0.04366	0.178	0.077179	0.246	0.18633	0.407	0.36828	0.597	0.0053299	0.0435	0.39122	0.625
12p gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.00039	0.20801	0.436	0.52837	0.734	0.067559	0.227	0.00014	0.0028	9.9999e-05	0.00222	0.24823	0.472	0.21022	0.438	0.12906	0.33	0.2514	0.472
12q gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.00039	0.309	0.535	0.50295	0.715	0.02814	0.133	0.00056999	0.00792	0.00012	0.00246	0.23517	0.46	0.45418	0.683	0.21929	0.448	0.59122	0.796
13q gain	6 (7%)	84	0.40154	0.636	0.46304	0.691	0.61099	0.815	0.72307	0.889	0.03981	0.166	0.63914	0.832	0.1429	0.347	0.9146	1	0.18136	0.404	0.69925	0.87
14q gain	21 (23%)	69	0.01484	0.0882	0.058389	0.207	0.024747	0.122	0.42957	0.663	0.00045	0.00683	0.00109	0.0135	9.9999e-06	0.00039	0.00017	0.00317	5.9999e-05	0.00154	9.9999e-06	0.00039
15q gain	11 (12%)	79	0.094459	0.275	0.04621	0.184	0.19273	0.416	0.84486	0.989	0.01096	0.0762	0.0054499	0.0438	0.36282	0.59	0.00058999	0.00806	0.50373	0.715	0.25499	0.475
16p gain	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.00039	0.01073	0.0752	1	1	0.03804	0.159	9.9999e-06	0.00039	9.9999e-06	0.00039	0.04508	0.181	0.02602	0.127	0.02927	0.135	0.2764	0.5
16q gain	47 (52%)	43	9.9999e-06	0.00039	0.0079199	0.0601	1	1	0.32231	0.549	0.00011	0.00237	9.9999e-06	0.00039	0.02451	0.122	0.01301	0.0847	0.01411	0.0873	0.46044	0.691
17p gain	5 (6%)	85	0.11263	0.31	0.33908	0.567	0.49091	0.707	NA	NA	0.68643	0.868	0.1426	0.347	0.2069	0.436	0.7953	0.947	0.061539	0.215	0.062739	0.218
17q gain	7 (8%)	83	0.02444	0.122	0.34123	0.567	0.49091	0.707	NA	NA	0.68791	0.868	0.14258	0.347	0.20848	0.436	0.79407	0.947	0.060669	0.213	0.060569	0.213
18p gain	6 (7%)	84	0.26271	0.484	NA	NA	0.49091	0.707	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18q gain	5 (6%)	85	0.49281	0.709	NA	NA	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19p gain	56 (62%)	34	0.00373	0.0344	0.053979	0.198	0.19609	0.419	0.01889	0.103	0.00122	0.0145	0.00048	0.00716	0.46784	0.691	0.46954	0.691	0.63837	0.832	0.21642	0.447
19q gain	52 (58%)	38	5.9999e-05	0.00154	0.04998	0.194	0.55205	0.752	0.056289	0.202	0.00036	0.00568	0.00102	0.0129	0.14265	0.347	0.11178	0.309	0.51934	0.728	0.12037	0.317
20p gain	46 (51%)	44	9.9999e-06	0.00039	0.23499	0.46	0.0026514	0.0265	0.0085299	0.0636	0.00017	0.00317	9.9999e-05	0.00222	0.00488	0.0414	0.089169	0.266	0.0094499	0.0686	0.00408	0.0372
20q gain	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.00039	0.065799	0.226	0.015674	0.0918	0.075869	0.245	6.9999e-05	0.00174	0.00031	0.00508	0.01868	0.103	0.27663	0.5	0.01155	0.0776	0.01455	0.0874
21q gain	31 (34%)	59	0.0213	0.112	0.0078899	0.0601	0.12122	0.318	0.23455	0.46	0.01871	0.103	0.00101	0.0129	0.01338	0.0852	0.02036	0.109	0.0029	0.0273	0.084069	0.255
22q gain	3 (3%)	87	0.63162	0.827	NA	NA	0.46667	0.691	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
xp gain	42 (47%)	48	9.9999e-06	0.00039	0.24195	0.465	1	1	0.02992	0.136	0.0011	0.0135	0.0053599	0.0435	1	1	0.082359	0.254	0.42734	0.662	0.21831	0.448
xq gain	41 (46%)	49	2e-05	0.000656	0.16539	0.382	0.76669	0.929	0.04378	0.178	0.00128	0.015	0.0087699	0.0648	0.79452	0.947	0.14998	0.355	0.34329	0.567	0.13855	0.346
1p loss	29 (32%)	61	0.1182	0.313	0.14367	0.348	0.53343	0.734	0.12948	0.33	0.43954	0.674	0.066379	0.227	0.47064	0.692	0.40902	0.645	0.02732	0.131	0.94797	1
1q loss	20 (22%)	70	0.20621	0.436	0.088479	0.266	1	1	0.02512	0.123	0.96243	1	0.60116	0.808	0.36971	0.597	0.84065	0.986	0.077219	0.246	0.48964	0.707
2p loss	17 (19%)	73	0.0068399	0.0539	0.02763	0.132	1	1	0.66003	0.848	0.61272	0.815	0.26966	0.494	0.03812	0.159	0.769	0.929	0.22792	0.456	0.69988	0.87
2q loss	15 (17%)	75	0.00495	0.0414	0.00112	0.0135	1	1	0.88356	1	0.1129	0.31	0.053899	0.198	0.03138	0.142	0.72795	0.89	0.071049	0.234	0.53271	0.734
3p loss	20 (22%)	70	0.25676	0.476	0.14449	0.348	0.25163	0.472	0.29197	0.516	0.11077	0.309	0.13648	0.343	0.52297	0.731	0.3903	0.625	0.68412	0.868	0.31434	0.54
3q loss	20 (22%)	70	0.16617	0.383	0.16489	0.382	0.14298	0.347	0.6019	0.808	0.02261	0.118	0.0294	0.135	0.19344	0.416	0.34079	0.567	0.3152	0.541	0.11634	0.312
4p loss	10 (11%)	80	0.096449	0.278	0.23719	0.461	1	1	0.98858	1	0.02273	0.118	0.080619	0.252	0.31166	0.538	0.93233	1	0.051459	0.194	1	1
4q loss	11 (12%)	79	0.24015	0.463	0.096399	0.278	0.6695	0.858	0.92286	1	0.0075599	0.0585	0.02674	0.13	0.24999	0.472	0.81269	0.963	0.0134	0.0852	0.9048	1
5p loss	8 (9%)	82	0.28809	0.512	0.051449	0.194	1	1	0.19075	0.414	0.22898	0.457	0.01003	0.0709	0.77134	0.93	0.29651	0.52	0.69552	0.868	1	1
5q loss	7 (8%)	83	0.89731	1	0.65715	0.847	1	1	NA	NA	0.27597	0.5	0.13564	0.343	0.65789	0.847	0.12602	0.324	0.66044	0.848	0.84988	0.992
6p loss	19 (21%)	71	0.14815	0.352	0.85068	0.992	1	1	0.23403	0.46	0.62419	0.822	0.68804	0.868	0.62586	0.822	0.098779	0.283	0.72827	0.89	0.52415	0.731
6q loss	22 (24%)	68	0.063159	0.219	0.86148	1	0.50295	0.715	0.27108	0.495	0.63389	0.828	0.69217	0.868	0.72924	0.89	0.17511	0.394	0.55623	0.753	0.32132	0.549
7p loss	5 (6%)	85	0.39256	0.626	0.58525	0.789	0.23636	0.46	0.20568	0.436	0.91076	1	0.89122	1	0.81539	0.965	0.41384	0.649	0.83421	0.98	0.11454	0.311
7q loss	6 (7%)	84	0.31423	0.54	0.30314	0.529	0.23636	0.46	0.78103	0.936	0.62013	0.821	0.65596	0.847	1	1	0.23425	0.46	0.73282	0.893	0.15126	0.355
8p loss	16 (18%)	74	0.0053499	0.0435	0.22356	0.453	0.14298	0.347	0.00052999	0.00749	0.18047	0.403	0.14097	0.347	0.179	0.401	0.0238	0.12	0.25716	0.476	0.02925	0.135
8q loss	12 (13%)	78	0.00484	0.0414	0.087019	0.262	0.42163	0.657	0.03565	0.155	0.03238	0.146	0.12415	0.324	0.076519	0.246	0.03422	0.151	0.18192	0.404	0.0375	0.159
9p loss	20 (22%)	70	0.00165	0.018	0.04746	0.186	0.10108	0.288	0.11612	0.312	9.9999e-05	0.00222	0.00102	0.0129	0.0093099	0.0682	0.13972	0.347	0.00431	0.038	0.93641	1
9q loss	11 (12%)	79	0.3252	0.553	0.9344	1	1	1	0.03692	0.159	0.079379	0.251	0.32087	0.549	0.55726	0.753	0.49409	0.709	0.21508	0.445	0.80666	0.957
10p loss	12 (13%)	78	0.22463	0.453	0.42908	0.663	1	1	0.054729	0.198	0.26665	0.489	1	1	0.68326	0.868	0.70793	0.876	1	1	0.33	0.557
10q loss	10 (11%)	80	0.53805	0.738	0.62784	0.824	1	1	0.23848	0.462	0.53456	0.734	1	1	1	1	0.70609	0.876	1	1	0.28717	0.512
11p loss	24 (27%)	66	0.0064899	0.0517	0.0173	0.0994	1	1	0.79772	0.948	0.21972	0.448	0.18942	0.413	0.28154	0.506	0.89138	1	0.69313	0.868	1	1
11q loss	23 (26%)	67	0.01205	0.0797	0.00308	0.0287	0.72888	0.89	0.3946	0.628	0.13593	0.343	0.12588	0.324	0.10674	0.301	0.8272	0.973	0.48911	0.707	0.78096	0.936
12p loss	5 (6%)	85	0.092579	0.271	0.25358	0.474	1	1	0.082509	0.254	0.61879	0.821	0.03767	0.159	0.10264	0.291	0.51772	0.727	0.42729	0.662	0.15053	0.355
12q loss	4 (4%)	86	0.18527	0.406	0.04984	0.194	1	1	0.082819	0.254	0.44554	0.677	0.0099899	0.0709	0.32862	0.556	0.23955	0.463	0.67685	0.866	0.11509	0.311
13q loss	39 (43%)	51	0.01433	0.0873	0.081689	0.254	0.7588	0.922	0.94368	1	0.62578	0.822	0.88526	1	0.75263	0.916	0.30537	0.531	0.61294	0.815	0.49489	0.709
14q loss	18 (20%)	72	0.02706	0.131	0.44685	0.677	0.47637	0.696	0.054309	0.198	0.01758	0.0994	0.04693	0.185	0.4102	0.646	0.52733	0.734	0.21756	0.448	0.14719	0.351
15q loss	21 (23%)	69	0.080399	0.252	0.41765	0.652	0.71293	0.879	0.50937	0.719	0.1097	0.307	0.23077	0.459	0.60752	0.814	0.04015	0.166	0.28939	0.514	0.87535	1
16p loss	6 (7%)	84	0.12594	0.324	0.050349	0.194	1	1	0.04694	0.185	0.00214	0.0222	0.00431	0.038	0.01299	0.0847	0.44338	0.675	0.00029	0.00485	0.46761	0.691
16q loss	5 (6%)	85	0.21828	0.448	0.075869	0.245	0.61099	0.815	0.17614	0.396	0.056959	0.203	0.085459	0.259	0.16855	0.386	0.30637	0.531	0.00152	0.0171	0.69927	0.87
17p loss	32 (36%)	58	0.00278	0.0273	0.00018	0.00321	0.34207	0.567	0.19432	0.417	0.01107	0.0763	0.01363	0.086	0.080729	0.252	0.0028	0.0273	0.01321	0.0852	0.1147	0.311
17q loss	24 (27%)	66	0.015	0.0885	0.00483	0.0414	0.12122	0.318	0.51757	0.727	0.11825	0.313	0.0329	0.147	0.067709	0.227	0.02049	0.109	0.22694	0.455	0.10623	0.3
18p loss	37 (41%)	53	0.02367	0.12	0.26451	0.486	0.55031	0.752	0.69029	0.868	0.77573	0.933	0.64628	0.839	0.69379	0.868	0.69384	0.868	0.35432	0.58	0.34453	0.567
18q loss	35 (39%)	55	0.03625	0.157	0.42454	0.661	0.76358	0.926	0.53399	0.734	0.82416	0.972	0.93538	1	0.49625	0.71	0.91361	1	0.29127	0.516	0.3531	0.579
19p loss	5 (6%)	85	0.092599	0.271	0.44138	0.674	0.46667	0.691	NA	NA	0.15789	0.368	0.01438	0.0873	0.14004	0.347	0.71781	0.884	0.27958	0.504	0.11108	0.309
19q loss	4 (4%)	86	0.1844	0.405	0.70783	0.876	1	1	NA	NA	0.77292	0.931	0.1181	0.313	0.78546	0.94	0.20719	0.436	1	1	0.43207	0.666
20p loss	9 (10%)	81	0.0425	0.174	0.30622	0.531	0.051445	0.194	0.85373	0.993	0.21184	0.44	0.12545	0.324	0.068029	0.227	0.44916	0.68	0.02016	0.109	0.44143	0.674
20q loss	3 (3%)	87	0.18228	0.404	NA	NA	0.49091	0.707	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
21q loss	15 (17%)	75	0.11467	0.311	0.33783	0.566	0.22494	0.453	0.052719	0.197	0.25723	0.476	0.2517	0.472	0.22294	0.453	0.50959	0.719	0.082919	0.254	0.10059	0.287
22q loss	48 (53%)	42	0.01461	0.0874	0.080899	0.252	0.55527	0.753	0.48132	0.702	0.62041	0.821	0.28328	0.507	0.87436	1	0.8254	0.972	0.68232	0.868	0.22382	0.453
xp loss	16 (18%)	74	4e-05	0.00113	0.39504	0.628	0.25163	0.472	0.094869	0.275	0.02297	0.118	0.02823	0.133	0.69402	0.868	0.089439	0.266	0.15605	0.365	1	1
xq loss	15 (17%)	75	0.00286	0.0273	0.15189	0.356	0.051022	0.194	0.094099	0.275	0.01757	0.0994	0.01653	0.0961	0.50281	0.715	0.17298	0.394	0.18367	0.405	0.62446	0.822