Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	17 (19%)	73	0.0081199	0.0478	0.00036	0.00637	1	1	0.40084	0.584	0.00225	0.0202	0.00026	0.00517	0.11606	0.277	0.15456	0.339	0.01442	0.0657	0.44133	0.632
amp_4p16.3	41 (46%)	49	0.00097999	0.0119	0.5476	0.705	1	1	0.19193	0.377	0.01308	0.0614	0.0058999	0.0405	0.48492	0.668	0.04712	0.142	0.40644	0.584	0.95249	0.989
amp_4q35.1	29 (32%)	61	9.9999e-06	0.000354	0.19619	0.382	0.76741	0.852	0.55675	0.707	0.00067999	0.0101	0.00092999	0.0119	0.054619	0.157	0.00106	0.0125	0.067269	0.184	0.29212	0.488
amp_5p15.33	65 (72%)	25	9.9999e-06	0.000354	0.88577	0.943	0.72888	0.844	0.89006	0.946	0.0096599	0.0499	0.00092999	0.0119	0.04444	0.138	0.17937	0.37	0.015	0.067	0.30728	0.499
amp_5q35.3	63 (70%)	27	9.9999e-06	0.000354	0.00141	0.0147	0.50295	0.676	0.0067099	0.0429	9.9999e-06	0.000354	9.9999e-06	0.000354	0.0064799	0.0426	0.04664	0.141	0.01181	0.0566	0.2913	0.488
amp_6p21.31	19 (21%)	71	0.065019	0.18	0.79993	0.88	0.70496	0.823	0.79967	0.88	0.079839	0.211	1	1	0.14019	0.318	0.02627	0.0982	0.40452	0.584	0.30098	0.494
amp_6q24.3	19 (21%)	71	0.02337	0.0903	0.90855	0.961	0.50295	0.676	0.63868	0.767	0.04777	0.143	0.93486	0.975	0.67015	0.795	0.22916	0.425	0.63239	0.764	1	1
amp_7p22.1	54 (60%)	36	0.00228	0.0202	0.483	0.667	0.74605	0.845	0.67434	0.795	0.0072599	0.0445	0.03245	0.114	0.56748	0.713	0.49219	0.673	0.80528	0.882	0.13417	0.312
amp_9q31.3	34 (38%)	56	0.00056999	0.00874	0.02027	0.0825	0.011333	0.0551	0.1383	0.317	0.02911	0.105	0.01807	0.077	0.054689	0.157	0.19983	0.385	0.24836	0.443	0.12809	0.299
amp_12q14.1	70 (78%)	20	9.9999e-06	0.000354	0.28164	0.48	0.14298	0.321	0.0104	0.0532	0.02206	0.0867	0.00191	0.0182	0.45833	0.652	0.48686	0.669	0.35048	0.536	0.088459	0.228
amp_14q11.2	27 (30%)	63	6.9999e-05	0.00189	0.01356	0.063	0.009425	0.0498	0.02911	0.105	5.9999e-05	0.00184	9.9999e-06	0.000354	0.00026	0.00517	0.0068599	0.0429	0.00077999	0.0112	0.00119	0.0134
amp_16p13.3	50 (56%)	40	9.9999e-06	0.000354	0.25919	0.451	0.76854	0.852	0.051669	0.152	0.00025	0.00517	9.9999e-06	0.000354	0.075869	0.202	0.0095799	0.0499	0.053229	0.155	0.58559	0.726
amp_16q22.1	56 (62%)	34	9.9999e-06	0.000354	0.36906	0.551	0.54629	0.705	0.80154	0.88	0.02943	0.106	0.00014	0.00322	0.065889	0.181	0.02247	0.0876	0.15525	0.339	0.86148	0.922
amp_16q24.2	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.000354	0.02788	0.103	1	1	0.3244	0.509	0.00027	0.00517	9.9999e-06	0.000354	0.062089	0.174	0.00239	0.0207	0.0055499	0.0393	0.38061	0.567
amp_17q25.3	18 (20%)	72	0.03462	0.118	0.68836	0.808	0.46893	0.66	0.099979	0.246	0.12324	0.291	0.67368	0.795	0.40047	0.584	0.69315	0.811	0.30923	0.499	0.46821	0.66
amp_19p13.12	58 (64%)	32	0.00041	0.0065	0.0342	0.117	0.32337	0.509	0.01055	0.0533	0.00198	0.0182	4e-04	0.0065	0.32635	0.509	0.48134	0.667	0.58161	0.725	0.17418	0.366
amp_19q12	56 (62%)	34	0.00097999	0.0119	0.02028	0.0825	0.36884	0.551	0.16633	0.354	0.00188	0.0182	0.00112	0.0129	0.19694	0.382	0.25486	0.449	0.5137	0.679	0.060979	0.173
amp_xp11.22	49 (54%)	41	9.9999e-05	0.00256	0.9203	0.964	0.76488	0.852	0.01676	0.0727	0.03329	0.116	0.096759	0.241	0.76195	0.851	0.14277	0.321	0.7412	0.845	0.088449	0.228
amp_xq28	46 (51%)	44	4e-04	0.0065	0.75541	0.851	0.2231	0.417	0.04448	0.138	0.0088999	0.0493	0.01137	0.0551	0.51235	0.679	0.26007	0.451	1	1	0.0297	0.106
del_1p36.23	38 (42%)	52	0.02174	0.0862	0.00417	0.0321	0.36614	0.551	0.14921	0.331	0.071799	0.193	0.00364	0.0294	0.83501	0.904	0.56011	0.708	0.40092	0.584	0.82319	0.899
del_1q43	18 (20%)	72	0.01414	0.065	0.04515	0.139	0.19273	0.377	0.15948	0.342	0.58548	0.726	0.13798	0.317	0.52379	0.69	0.55299	0.707	0.19223	0.377	0.18079	0.371
del_2q22.1	18 (20%)	72	0.03976	0.13	0.00362	0.0294	0.47637	0.666	0.79376	0.878	0.23974	0.432	0.089229	0.228	0.31406	0.505	0.66392	0.792	0.40599	0.584	0.49338	0.673
del_2q37.3	21 (23%)	69	0.0062199	0.0417	0.0257	0.0977	0.72888	0.844	0.83079	0.901	0.29982	0.494	0.091759	0.231	0.48235	0.667	0.5256	0.691	0.56868	0.713	0.93811	0.976
del_3q13.31	25 (28%)	65	0.29949	0.494	0.0461	0.14	0.17716	0.367	0.4719	0.662	0.15662	0.34	0.03985	0.13	0.4533	0.648	0.19988	0.385	0.85229	0.917	0.36848	0.551
del_4q34.3	25 (28%)	65	0.00134	0.0143	0.064549	0.18	0.72888	0.844	0.63773	0.767	0.02154	0.0862	0.03884	0.129	0.03649	0.123	0.04238	0.134	6.9999e-05	0.00189	0.24796	0.443
del_4q34.3	28 (31%)	62	0.00161	0.0161	0.00494	0.0367	0.75883	0.851	0.14509	0.324	0.18581	0.375	0.18714	0.376	0.089679	0.228	0.18905	0.377	0.00011	0.00266	0.26487	0.458
del_4q35.1	30 (33%)	60	0.0057099	0.0398	0.0123	0.0583	0.52837	0.692	0.39128	0.581	0.097809	0.242	0.04152	0.133	0.19285	0.377	0.16732	0.355	0.00091999	0.0119	0.68428	0.805
del_6p24.3	20 (22%)	70	0.11221	0.269	0.91957	0.964	0.46893	0.66	0.31749	0.507	0.62071	0.756	0.48142	0.667	1	1	0.10046	0.246	1	1	0.45954	0.652
del_6q26	21 (23%)	69	0.11811	0.28	0.86188	0.922	0.50295	0.676	0.31739	0.507	0.32024	0.508	0.30882	0.499	0.50524	0.677	0.34912	0.536	0.22257	0.417	0.59596	0.732
del_7q36.3	11 (12%)	79	0.03796	0.127	0.25207	0.448	0.23636	0.432	0.66425	0.792	0.17663	0.367	0.33785	0.523	0.89543	0.949	0.73739	0.845	0.096319	0.241	0.24589	0.442
del_9p23	24 (27%)	66	0.0090699	0.0497	0.0082799	0.0478	0.054933	0.157	0.050889	0.151	4e-05	0.00131	0.00124	0.0136	0.0076899	0.0459	0.17353	0.366	0.0083199	0.0478	0.73509	0.845
del_9p21.3	27 (30%)	63	0.0068999	0.0429	0.0035	0.0293	0.068155	0.184	0.22812	0.425	9.9999e-06	0.000354	0.00033	0.00607	0.01655	0.0725	0.1818	0.372	0.0093399	0.0498	0.56748	0.713
del_10q23.1	11 (12%)	79	0.25464	0.449	0.25876	0.451	1	1	0.23866	0.432	0.23865	0.432	0.7452	0.845	1	1	0.96905	1	1	1	0.287	0.485
del_11p15.5	27 (30%)	63	0.0076699	0.0459	0.02044	0.0825	0.74605	0.845	0.67342	0.795	0.089439	0.228	0.03379	0.117	0.12392	0.291	0.59821	0.732	0.39332	0.581	0.51358	0.679
del_11q14.1	25 (28%)	65	0.01929	0.0814	0.0068099	0.0429	0.50295	0.676	0.55053	0.705	0.21839	0.413	0.3519	0.536	0.28018	0.479	0.74546	0.845	0.3241	0.509	0.5868	0.726
del_12q14.2	5 (6%)	85	0.090729	0.229	0.22217	0.417	1	1	NA	NA	0.17705	0.367	0.00090999	0.0119	0.59396	0.732	0.30533	0.498	0.85328	0.917	0.1495	0.331
del_13q14.2	42 (47%)	48	0.00327	0.0279	0.087669	0.228	0.55031	0.705	0.84142	0.909	0.33279	0.517	0.5564	0.707	1	1	0.53201	0.695	0.40402	0.584	0.82638	0.899
del_14q21.2	20 (22%)	70	0.01992	0.0825	0.92379	0.966	0.73017	0.844	0.58074	0.725	0.3029	0.496	0.28441	0.483	0.36922	0.551	0.73325	0.845	0.26999	0.465	0.15811	0.341
del_16p13.3	7 (8%)	83	0.080619	0.212	0.55762	0.707	0.39554	0.581	0.34151	0.527	0.54145	0.702	0.0084099	0.0478	0.02376	0.0911	0.59767	0.732	0.01994	0.0825	0.76025	0.851
del_16q23.1	11 (12%)	79	0.0085599	0.048	0.50627	0.677	0.19273	0.377	0.23174	0.428	0.04156	0.133	0.01075	0.0537	0.27235	0.467	0.1361	0.315	0.01115	0.0551	0.5412	0.702
del_17q11.2	24 (27%)	66	0.01539	0.0681	0.0050699	0.037	0.2049	0.389	0.63008	0.763	0.10432	0.253	0.10461	0.253	0.25881	0.451	0.01797	0.077	0.11132	0.268	0.39554	0.581
del_17q21.31	26 (29%)	64	0.00408	0.0321	0.0093899	0.0498	0.068155	0.184	0.54186	0.702	0.074749	0.2	0.04611	0.14	0.03597	0.122	0.0052199	0.0375	0.18536	0.375	0.061229	0.173
del_17q24.2	24 (27%)	66	0.00195	0.0182	0.01481	0.0668	0.2049	0.389	0.29287	0.488	0.15995	0.342	0.04124	0.133	0.15566	0.339	0.02601	0.0981	0.051949	0.152	0.23778	0.432
del_18q21.2	36 (40%)	54	0.03145	0.111	0.31857	0.507	0.7588	0.851	0.32609	0.509	0.82447	0.899	1	1	0.4957	0.675	0.91375	0.964	0.29072	0.488	0.35275	0.536
del_20p12.1	12 (13%)	78	0.00472	0.0356	0.64037	0.767	0.35166	0.536	0.62136	0.756	0.04244	0.134	0.02726	0.101	0.0062599	0.0417	0.51374	0.679	0.00159	0.0161	1	1
del_22q12.1	50 (56%)	40	0.00419	0.0321	0.13906	0.317	0.23328	0.429	0.29428	0.489	0.74768	0.845	0.18477	0.375	0.63004	0.763	0.87897	0.938	0.91745	0.964	0.20303	0.389