Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
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del_3p21.31	347 (32%)	733	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	7.9999e-05	0.000113
del_4p16.3	339 (31%)	741	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00033	0.000441
del_4q35.1	345 (32%)	735	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00097999	0.00124
del_5q11.2	280 (26%)	800	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_5q21.3	272 (25%)	808	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_6p25.3	204 (19%)	876	0.41072	0.423	0.77346	0.78	9.9999e-06	1.56e-05	0.00046	0.000604	0.27807	0.289	0.2695	0.28	0.00045	0.000592	0.053239	0.0592	0.00396	0.00479	0.04472	0.0501	0.30631	0.318	0.18323	0.192
del_6q15	358 (33%)	722	9.9999e-06	1.56e-05	0.00021	0.000285	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.54854	0.559	0.085129	0.0927	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0093999	0.011	9.9999e-06	1.56e-05	0.00025	0.000336	0.55698	0.567
del_6q27	375 (35%)	705	0.0223	0.0255	0.01068	0.0124	9.9999e-06	1.56e-05	0.00347	0.00423	0.04599	0.0515	0.14699	0.157	0.04426	0.0497	0.13626	0.146	0.0062199	0.00738	0.4271	0.438	0.74414	0.751	0.60912	0.619
del_7p22.3	137 (13%)	943	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0062999	0.00745	0.00437	0.00525	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	3e-05	4.44e-05	6.9999e-05	1e-04
del_7q36.1	200 (19%)	880	0.0023	0.00285	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.067339	0.0741	0.42732	0.438	0.053679	0.0596	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	7.9999e-05	0.000113	9.9999e-06	1.56e-05
del_8p23.2	558 (52%)	522	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.01441	0.0166	0.00064999	0.000833	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_8p11.21	200 (19%)	880	5e-05	7.21e-05	0.00014	0.000192	9.9999e-06	1.56e-05	0.0055099	0.00657	0.01456	0.0167	0.00039	0.000517	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00252	0.00311	5e-04	0.00065
del_9p23	325 (30%)	755	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0089299	0.0104	0.0059699	0.0071	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00024	0.000324	0.00013	0.000179
del_9p21.3	364 (34%)	716	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00468	0.00561	0.02879	0.0327	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	6.9999e-05	1e-04	9.9999e-06	1.56e-05
del_9q21.11	294 (27%)	786	0.00104	0.00131	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.02081	0.0238	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_9q34.2	297 (28%)	783	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_10q23.31	320 (30%)	760	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	5e-05	7.21e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	7.9999e-05	0.000113
del_10q26.3	319 (30%)	761	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_11p15.5	309 (29%)	771	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	3e-05	4.44e-05
del_11q13.1	241 (22%)	839	0.00401	0.00485	0.00272	0.00334	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.36551	0.377	0.04015	0.0452	0.00031	0.000415	9.9999e-05	0.000139	0.2187	0.228	0.058089	0.0642	0.02362	0.0269	0.33506	0.347
del_11q23.3	547 (51%)	533	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.927	0.929	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.01231	0.0143	9.9999e-05	0.000139	0.00025	0.000336	0.17275	0.182
del_11q25	513 (48%)	567	0.00043	0.000567	0.00021	0.000285	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.1214	0.131	9.9999e-06	1.56e-05	0.00113	0.00142	8.9999e-05	0.000126	0.00379	0.0046	0.00142	0.00178	0.02274	0.0259	0.04073	0.0458
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del_12q23.1	201 (19%)	879	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_12q24.31	211 (20%)	869	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	5.9999e-05	8.64e-05
del_13q14.2	495 (46%)	585	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.34723	0.359	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_14q24.1	353 (33%)	727	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_15q13.1	375 (35%)	705	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00012	0.000166	4e-05	5.84e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_16q24.3	693 (64%)	387	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_17p12	650 (60%)	430	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	3.01e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.057959	0.0642	0.15154	0.161
del_17q21.31	371 (34%)	709	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00049	0.000638
del_18q23	354 (33%)	726	2e-04	0.000272	5e-05	7.21e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00277	0.0034	0.062709	0.0691	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.005	0.00598	0.1699	0.179
del_19p13.3	363 (34%)	717	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_19q13.32	216 (20%)	864	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00054999	0.000712	4e-05	5.84e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_20p13	160 (15%)	920	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0011	0.00139	0.0062399	0.00739	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_21q11.2	217 (20%)	863	0.00022	0.000298	0.00385	0.00467	9.9999e-06	1.56e-05	3e-05	4.44e-05	0.087169	0.0948	0.083579	0.0913	0.0085599	0.01	9.9999e-06	1.56e-05	0.0081599	0.00958	0.00048	0.000627	0.03242	0.0367	0.12422	0.133
del_22q13.32	492 (46%)	588	0.25632	0.267	0.01097	0.0127	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-05	0.000139	0.17203	0.181	0.055969	0.062	0.00155	0.00194	0.0063499	0.0075	0.00072999	0.000934	0.00046	0.000604	0.00282	0.00345	0.075529	0.0826