Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p31.3 96 (33%) 199 0.00067999 0.00529 0.2577 0.402 0.45379 0.595 0.71245 0.806 0.03044 0.0876 0.00154 0.00961 0.34149 0.491 0.0012 0.00771 0.5446 0.684 0.28836 0.437 amp_1q21.3 158 (54%) 137 9.9999e-06 0.000233 0.56817 0.699 0.34003 0.49 0.24625 0.392 0.04795 0.121 0.01075 0.0413 0.9885 0.996 0.00097999 0.00692 0.79314 0.864 0.055459 0.136 amp_1q44 152 (52%) 143 9.9999e-06 0.000233 0.25075 0.396 0.81377 0.877 0.31724 0.469 0.0083099 0.0344 0.0063799 0.0283 0.85029 0.899 0.00145 0.00913 0.43342 0.578 0.02078 0.0671 amp_2p24.3 79 (27%) 216 2e-05 0.00036 0.0064599 0.0285 0.30772 0.458 0.053179 0.132 0.13455 0.258 0.04356 0.115 0.069279 0.164 4e-05 6e-04 0.11044 0.224 0.11393 0.229 amp_2q33.1 41 (14%) 254 5.9999e-05 0.000822 0.04509 0.117 0.20316 0.339 0.4423 0.584 0.00019 0.0021 0.055299 0.136 0.307 0.458 0.0069499 0.0301 0.32638 0.477 0.82049 0.881 amp_3q26.31 227 (77%) 68 9.9999e-06 0.000233 5.9999e-05 0.000822 0.83226 0.889 0.8857 0.918 0.00042 0.00373 9.9999e-06 0.000233 0.30912 0.459 9.9999e-06 0.000233 0.051759 0.129 0.00032 0.00305 amp_3q28 224 (76%) 71 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 0.73502 0.82 0.85551 0.9 0.00184 0.0111 9.9999e-06 0.000233 0.30065 0.45 2e-05 0.00036 0.03418 0.0944 0.00019 0.0021 amp_4q12 21 (7%) 274 0.88009 0.917 0.19828 0.336 0.0069799 0.0301 0.43108 0.577 0.68867 0.792 0.89124 0.922 1 1 0.36925 0.518 0.3968 0.543 0.11024 0.224 amp_5p15.33 138 (47%) 157 9.9999e-06 0.000233 0.0052999 0.0244 0.10878 0.223 0.3722 0.52 0.00391 0.0196 0.0053799 0.0244 0.0052799 0.0244 0.00101 0.00692 0.19092 0.328 0.01529 0.0526 amp_6p21.33 82 (28%) 213 0.00026 0.00269 0.11986 0.237 0.69517 0.792 0.061539 0.15 0.02191 0.0701 0.15966 0.292 0.72355 0.814 0.01449 0.051 0.4184 0.564 0.69031 0.792 amp_7p11.2 52 (18%) 243 0.00015 0.00182 0.00045 0.00388 0.17301 0.31 0.0081499 0.034 0.01519 0.0526 0.065879 0.158 0.00021 0.00224 0.089469 0.194 0.02741 0.0815 0.01576 0.0538 amp_8q24.21 127 (43%) 168 0.25427 0.398 0.12769 0.248 0.28871 0.437 0.14642 0.275 0.45172 0.594 0.0393 0.104 0.086359 0.19 0.098119 0.202 0.01948 0.0636 0.00083999 0.00608 amp_9p24.1 63 (21%) 232 0.34384 0.492 0.14089 0.269 0.01527 0.0526 0.01215 0.0448 0.29934 0.45 0.03269 0.0915 0.64581 0.755 0.069409 0.164 0.11797 0.235 0.18221 0.319 amp_11p12 23 (8%) 272 0.52763 0.666 0.25488 0.398 0.72786 0.814 0.86241 0.904 0.36475 0.513 0.30073 0.45 0.45398 0.595 0.068149 0.163 0.56087 0.693 0.70654 0.801 amp_11q13.3 41 (14%) 254 0.00036 0.00329 0.02398 0.0742 0.1956 0.333 0.03131 0.0893 0.01363 0.0488 6.9999e-05 0.000919 0.01663 0.0561 2e-05 0.00036 0.3714 0.52 0.3205 0.471 amp_11q22.1 47 (16%) 248 0.00032 0.00305 5e-05 0.000716 0.0089599 0.0367 9.9999e-06 0.000233 2e-05 0.00036 9.9999e-06 0.000233 0.00070999 0.00532 9.9999e-06 0.000233 0.070149 0.165 0.0031 0.017 amp_13q22.1 65 (22%) 230 0.19439 0.332 0.0069699 0.0301 0.34509 0.492 0.51908 0.658 0.3153 0.467 0.74421 0.825 0.75715 0.835 0.42517 0.57 0.35812 0.506 0.64009 0.75 amp_13q34 69 (23%) 226 0.03432 0.0944 0.097939 0.202 0.42004 0.565 0.58622 0.71 0.60692 0.726 0.61633 0.734 0.76527 0.841 0.77055 0.846 0.58334 0.71 0.468 0.606 amp_15q26.1 76 (26%) 219 0.089019 0.193 0.37711 0.524 0.47913 0.615 0.33153 0.48 0.71378 0.806 0.59377 0.715 0.54956 0.686 0.60503 0.725 0.47218 0.608 0.39202 0.538 amp_16p13.13 65 (22%) 230 0.24191 0.388 0.54577 0.684 0.84054 0.893 0.88566 0.918 0.20935 0.346 0.37866 0.525 0.29856 0.45 0.22018 0.363 0.6156 0.734 0.4593 0.599 amp_17q12 55 (19%) 240 0.0052899 0.0244 0.00357 0.0186 0.68192 0.785 0.03772 0.102 0.00372 0.0192 0.00355 0.0186 0.0298 0.0865 0.03262 0.0915 0.01901 0.0624 0.04403 0.116 amp_17q25.1 74 (25%) 221 0.00099999 0.00692 0.01788 0.0593 0.096359 0.201 0.079649 0.181 0.01193 0.0444 0.50882 0.648 0.15639 0.291 0.94313 0.965 0.26362 0.409 0.77569 0.847 amp_19p13.3 39 (13%) 256 0.35646 0.505 0.02403 0.0742 0.093989 0.197 0.58767 0.711 0.17921 0.318 0.00105 0.00711 0.51643 0.656 0.01754 0.0586 0.44029 0.583 0.15685 0.291 amp_19p13.2 43 (15%) 252 0.79376 0.864 0.18542 0.322 0.2055 0.342 0.58502 0.71 0.65958 0.765 0.080589 0.183 0.69308 0.792 0.096769 0.201 0.92725 0.953 0.2785 0.426 amp_19q13.13 93 (32%) 202 9.9999e-06 0.000233 0.2079 0.345 0.95554 0.971 0.25306 0.398 0.38648 0.533 0.43599 0.578 0.65725 0.765 0.27258 0.42 0.88106 0.917 0.84752 0.897 amp_20q11.21 135 (46%) 160 0.00036 0.00329 0.0259 0.079 0.6636 0.769 0.00375 0.0192 0.063239 0.153 0.03642 0.0993 0.18232 0.319 0.03542 0.097 0.67907 0.785 0.18648 0.322 amp_21q22.13 48 (16%) 247 0.22313 0.367 0.57371 0.704 0.85286 0.899 0.80062 0.869 0.062869 0.152 0.44426 0.586 0.88233 0.917 0.83386 0.889 0.80407 0.869 0.46918 0.606 amp_xq28 75 (25%) 220 0.6252 0.74 0.57463 0.704 0.83392 0.889 0.90842 0.937 0.75271 0.832 0.55854 0.692 0.00107 0.00717 0.1651 0.301 0.02338 0.0733 0.071419 0.167 del_1p36.23 40 (14%) 255 0.00067999 0.00529 0.00477 0.0231 0.88095 0.917 0.095369 0.2 0.00042 0.00373 2e-05 0.00036 0.17203 0.309 0.00021 0.00224 0.12638 0.246 0.02375 0.0741 del_1p13.2 34 (12%) 261 0.057869 0.142 0.00451 0.0222 0.16635 0.301 0.25962 0.404 3e-05 0.000472 0.070979 0.166 0.01073 0.0413 0.17778 0.316 0.63637 0.747 0.0262 0.079 del_2q22.1 65 (22%) 230 0.58464 0.71 0.3978 0.544 0.72566 0.814 0.72271 0.814 0.0143 0.0509 0.11817 0.235 0.9669 0.979 0.18059 0.319 0.6028 0.723 0.076979 0.176 del_2q37.1 129 (44%) 166 0.00392 0.0196 0.00044 0.00385 0.32046 0.471 0.10738 0.22 3e-05 0.000472 9.9999e-06 0.000233 0.01514 0.0526 0.00124 0.00789 0.087649 0.191 9.9999e-06 0.000233 del_3p14.2 134 (45%) 161 9.9999e-06 0.000233 2e-05 0.00036 0.10928 0.223 0.04709 0.12 0.002 0.0119 5e-05 0.000716 0.0098199 0.0389 0.00052999 0.00439 0.00223 0.013 0.00014 0.00173 del_4q21.3 103 (35%) 192 9.9999e-06 0.000233 0.38991 0.536 0.86278 0.904 0.80232 0.869 0.01139 0.0427 0.0052699 0.0244 0.49315 0.63 0.23327 0.378 0.56315 0.694 0.32864 0.479 del_4q22.1 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000233 0.23526 0.38 0.77325 0.846 0.87051 0.911 0.02288 0.0724 0.01135 0.0427 0.63339 0.744 0.0444 0.116 0.22941 0.373 0.41161 0.561 del_4q35.2 114 (39%) 181 9.9999e-06 0.000233 0.20793 0.345 1 1 0.99782 1 0.0086999 0.0358 0.00271 0.0151 0.38304 0.53 0.12459 0.245 0.41554 0.564 0.086529 0.19 del_5q12.1 76 (26%) 219 3e-05 0.000472 0.92632 0.953 0.059049 0.144 0.0293 0.0863 0.41705 0.564 0.94003 0.964 0.02093 0.0673 0.34483 0.492 0.81636 0.878 0.03134 0.0893 del_5q35.2 71 (24%) 224 0.00019 0.0021 0.96145 0.975 0.37363 0.521 0.54587 0.684 0.84563 0.897 0.83954 0.893 0.02971 0.0865 0.55542 0.69 0.48566 0.622 0.12592 0.246 del_6p24.2 46 (16%) 249 0.28555 0.435 0.087549 0.191 0.34972 0.496 0.18373 0.321 0.11829 0.235 0.03878 0.104 0.28583 0.435 0.0265 0.0791 0.17411 0.311 0.090159 0.195 del_6q26 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000233 0.00166 0.0103 0.54932 0.686 0.74822 0.828 0.27334 0.42 0.084029 0.187 0.31827 0.47 0.3212 0.471 0.18074 0.319 0.22668 0.371 del_7q34 60 (20%) 235 0.00068999 0.0053 0.27428 0.42 0.3425 0.492 0.46134 0.599 0.82858 0.888 0.69524 0.792 0.69132 0.792 0.46857 0.606 0.7387 0.821 0.59857 0.72 del_8p23.3 104 (35%) 191 9.9999e-06 0.000233 0.03021 0.0873 0.18609 0.322 0.091969 0.196 0.00049 0.00412 0.0256 0.0787 0.074099 0.172 0.01759 0.0586 0.03175 0.0901 0.19374 0.332 del_8p23.1 97 (33%) 198 4e-05 6e-04 0.01665 0.0561 0.43469 0.578 0.092639 0.196 0.00347 0.0185 0.15932 0.292 0.02299 0.0724 0.02237 0.0712 0.0091199 0.0371 0.082329 0.185 del_10q23.31 86 (29%) 209 0.0076699 0.0326 0.50871 0.648 0.22402 0.368 0.76267 0.84 0.04665 0.12 0.33046 0.48 0.94692 0.967 0.23965 0.385 0.85337 0.899 0.58559 0.71 del_11p15.1 102 (35%) 193 0.00115 0.00755 0.17051 0.307 0.03739 0.101 0.0094099 0.0378 0.0286 0.0846 0.01853 0.0611 0.26426 0.409 0.076299 0.175 0.98724 0.996 0.14424 0.274 del_11q23.3 162 (55%) 133 9.9999e-06 0.000233 0.14791 0.277 0.38487 0.532 0.13139 0.253 0.04371 0.115 0.00384 0.0195 0.81396 0.877 0.00232 0.0134 0.11742 0.235 0.0062399 0.0279 del_11q25 160 (54%) 135 9.9999e-06 0.000233 0.16262 0.297 0.62994 0.744 0.18796 0.324 0.0336 0.0933 0.0050999 0.0242 0.5326 0.671 0.0053399 0.0244 0.075709 0.175 0.0080899 0.034 del_13q12.11 98 (33%) 197 0.00262 0.0149 0.00081999 0.00601 0.33016 0.48 0.092459 0.196 0.01199 0.0444 0.00027 0.0027 0.00171 0.0105 0.0048 0.0231 0.24825 0.394 0.00242 0.0139 del_13q14.2 118 (40%) 177 0.00405 0.0201 0.00109 0.00723 0.80318 0.869 0.62354 0.74 0.00117 0.0076 0.00219 0.0129 0.01446 0.051 0.00055999 0.00452 0.080899 0.183 0.00352 0.0186 del_14q32.31 50 (17%) 245 6.9999e-05 0.000919 0.070089 0.165 0.22776 0.372 0.0077099 0.0326 0.01341 0.0486 0.0095499 0.0381 0.2362 0.381 0.02649 0.0791 0.090939 0.195 0.12977 0.251 del_15q21.1 70 (24%) 225 8.9999e-05 0.00116 0.24279 0.388 0.73685 0.82 0.5522 0.688 0.1133 0.229 0.04699 0.12 0.01032 0.0406 0.03297 0.0919 0.01963 0.0637 0.050849 0.128 del_16q11.2 53 (18%) 242 0.20007 0.337 0.00199 0.0119 0.16826 0.304 0.15736 0.292 0.03659 0.0994 0.01052 0.0412 0.01133 0.0427 0.01067 0.0413 0.19962 0.337 0.01357 0.0488 del_16q23.1 55 (19%) 240 0.01303 0.0477 0.00079999 0.00593 0.42412 0.57 0.18571 0.322 0.00046 0.00392 0.00035 0.00329 0.02615 0.079 0.00057999 0.00463 0.04963 0.125 0.00319 0.0173 del_17p12 109 (37%) 186 0.00055999 0.00452 0.083959 0.187 0.15276 0.286 0.72593 0.814 0.14541 0.274 0.27174 0.42 0.19761 0.336 0.20183 0.338 0.62428 0.74 0.77376 0.846 del_17q25.3 51 (17%) 244 0.33308 0.481 0.00016 0.0019 0.45666 0.597 0.9525 0.97 3e-05 0.000472 0.00101 0.00692 0.00336 0.0181 0.00087999 0.0063 0.41845 0.564 0.0056999 0.0256 del_18q21.2 82 (28%) 213 0.13672 0.262 0.00011 0.00139 0.55875 0.692 0.055319 0.136 9.9999e-06 0.000233 2e-05 0.00036 0.01581 0.0538 3e-05 0.000472 0.03842 0.103 0.00269 0.0151 del_19p13.3 105 (36%) 190 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 0.52095 0.659 0.085269 0.189 0.00023 0.00241 9.9999e-06 0.000233 0.0132 0.0481 2e-05 0.00036 0.04691 0.12 0.04797 0.121 del_19q13.33 38 (13%) 257 0.63044 0.744 0.047 0.12 0.28967 0.438 0.59262 0.715 0.14499 0.274 0.18242 0.319 0.097089 0.201 0.16632 0.301 0.072809 0.169 0.15948 0.292 del_20p12.1 36 (12%) 259 0.58094 0.71 0.02597 0.079 0.633 0.744 0.12225 0.241 0.0073099 0.0313 0.12619 0.246 0.076639 0.176 0.14351 0.273 0.091059 0.195 0.36272 0.511 del_21q11.2 58 (20%) 237 0.00019 0.0021 0.20182 0.338 0.41417 0.564 0.00493 0.0235 0.083289 0.187 0.0092199 0.0372 0.47568 0.612 0.23322 0.378 0.43492 0.578 1 1 del_22q13.32 88 (30%) 207 0.0048 0.0231 0.46049 0.599 0.093969 0.197 0.70475 0.8 0.34896 0.496 0.02944 0.0863 0.97417 0.985 0.65851 0.765 1 1 0.9069 0.937 del_xp11.3 72 (24%) 223 0.00070999 0.00532 0.00032 0.00305 0.68155 0.785 0.65428 0.763 0.092529 0.196 0.243 0.388 0.00027 0.0027 0.03208 0.0906 0.00308 0.017 0.15916 0.292 del_xq21.33 60 (20%) 235 0.12816 0.248 0.065589 0.158 0.25199 0.397 0.01112 0.0425 0.94061 0.964 0.73072 0.816 0.24974 0.395 0.95286 0.97 0.086479 0.19 0.70334 0.8