Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 37 (20%) 147 0.65203 0.786 0.22792 0.435 0.51394 0.687 0.19769 0.395 0.85621 0.917 0.77546 0.873 1 1 0.88469 0.934 0.45417 0.636 0.96431 0.986 1q gain 63 (34%) 121 0.061119 0.177 0.20655 0.409 0.27109 0.483 0.093949 0.236 0.66921 0.795 0.44533 0.634 0.39005 0.582 0.48697 0.659 0.50499 0.678 0.62604 0.768 2p gain 61 (33%) 123 0.01236 0.0667 0.03129 0.12 0.1794 0.367 0.090559 0.232 0.43937 0.628 0.090959 0.232 0.03653 0.129 0.34141 0.544 0.00294 0.0219 0.50238 0.676 2q gain 46 (25%) 138 0.26574 0.478 0.070359 0.195 0.22431 0.434 0.27381 0.486 0.92286 0.955 0.10481 0.253 0.48366 0.659 0.76832 0.869 0.25607 0.468 0.8847 0.934 3p gain 31 (17%) 153 0.30544 0.513 0.4484 0.636 0.76748 0.869 0.75709 0.861 0.57012 0.732 0.30708 0.514 0.77626 0.873 0.60912 0.76 0.85983 0.918 0.61459 0.761 3q gain 77 (42%) 107 9.9999e-06 0.000456 0.01946 0.0906 0.33888 0.541 0.2589 0.471 0.059169 0.176 0.081909 0.217 0.30522 0.513 0.23867 0.446 0.16754 0.35 0.41097 0.601 4p gain 19 (10%) 165 0.53182 0.702 0.85664 0.917 0.689 0.808 0.31166 0.514 0.94699 0.972 0.6923 0.811 1 1 0.95772 0.98 0.9793 0.996 1 1 4q gain 18 (10%) 166 0.084949 0.222 0.32514 0.527 0.12659 0.284 0.03289 0.122 0.23517 0.441 0.12462 0.281 0.30946 0.514 0.54562 0.711 0.55516 0.719 0.49167 0.664 5p gain 76 (41%) 108 5.9999e-05 0.0012 0.0272 0.11 0.37389 0.571 0.13058 0.291 0.02955 0.115 0.01146 0.0639 0.01348 0.0713 0.03336 0.123 0.04993 0.162 0.01593 0.0794 5q gain 20 (11%) 164 0.40524 0.596 0.77689 0.873 0.90379 0.946 0.66823 0.795 1 1 0.83622 0.906 0.70028 0.818 0.98659 1 0.75234 0.858 0.79236 0.88 6p gain 38 (21%) 146 0.24052 0.448 0.36792 0.569 0.076919 0.208 0.22832 0.435 0.28261 0.495 0.27026 0.483 0.25415 0.466 0.10537 0.253 0.11566 0.267 0.02945 0.115 6q gain 33 (18%) 151 0.23433 0.441 0.32887 0.531 0.03565 0.129 0.23494 0.441 0.30073 0.511 0.2445 0.453 0.37439 0.571 0.28758 0.498 0.14691 0.316 0.082479 0.217 7p gain 110 (60%) 74 0.35025 0.552 0.23713 0.444 0.3177 0.521 0.30037 0.511 0.24683 0.455 0.17892 0.367 0.076569 0.208 0.20874 0.411 0.55328 0.718 0.10893 0.259 7q gain 89 (48%) 95 0.66385 0.792 0.29113 0.5 0.11319 0.264 0.45255 0.636 0.40981 0.6 0.30686 0.514 0.42394 0.612 0.74581 0.854 0.83571 0.906 0.12111 0.275 8p gain 68 (37%) 116 0.31526 0.519 0.53887 0.709 0.97314 0.994 0.84481 0.913 0.59815 0.752 0.061109 0.177 0.37061 0.571 0.83174 0.906 0.55783 0.72 0.73978 0.851 8q gain 101 (55%) 83 0.46654 0.645 0.28807 0.498 0.48702 0.659 0.1333 0.293 0.25322 0.466 0.41474 0.603 0.2904 0.5 0.72806 0.843 0.91163 0.949 0.97681 0.996 9p gain 16 (9%) 168 0.79838 0.885 0.47997 0.657 0.36392 0.567 0.03924 0.135 0.29713 0.509 0.4845 0.659 0.56319 0.726 0.18477 0.376 0.5872 0.747 0.46887 0.647 9q gain 33 (18%) 151 0.39363 0.585 0.26058 0.471 0.61871 0.765 0.63142 0.774 0.067099 0.188 0.41202 0.601 0.38514 0.578 0.02961 0.115 0.67338 0.797 0.079329 0.211 10p gain 40 (22%) 144 0.03656 0.129 0.02825 0.113 0.4584 0.639 0.46256 0.643 0.04916 0.16 0.076249 0.208 0.11803 0.27 0.21597 0.422 0.055309 0.169 0.075999 0.208 10q gain 30 (16%) 154 0.01457 0.0751 0.03222 0.121 0.77592 0.873 0.84715 0.914 0.053379 0.167 0.058349 0.175 0.079319 0.211 0.071209 0.197 0.051199 0.162 0.02291 0.0992 11p gain 39 (21%) 145 0.64382 0.782 0.91416 0.95 0.29777 0.509 0.93412 0.966 0.47064 0.649 0.63334 0.775 0.34721 0.55 0.3185 0.521 0.87633 0.928 0.48023 0.657 11q gain 29 (16%) 155 0.28621 0.497 0.31169 0.514 0.65811 0.791 0.75257 0.858 0.056429 0.172 0.10322 0.25 0.04803 0.158 0.17686 0.364 0.081619 0.217 0.078689 0.211 12p gain 58 (32%) 126 0.02298 0.0992 0.00408 0.0288 0.04098 0.141 0.057689 0.174 0.0024 0.0201 0.00288 0.0217 0.0056899 0.0365 0.00301 0.0222 0.00306 0.0224 0.01035 0.0589 12q gain 38 (21%) 146 0.17242 0.36 0.32298 0.525 0.33415 0.536 0.48207 0.658 0.063529 0.181 0.62456 0.768 0.39476 0.585 0.45206 0.636 0.26803 0.48 0.25572 0.468 13q gain 43 (23%) 141 0.00273 0.0209 2e-05 0.000607 0.095859 0.238 0.11159 0.263 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000745 0.00014 0.00239 9.9999e-06 0.000456 14q gain 48 (26%) 136 0.03588 0.129 0.085079 0.222 0.24617 0.455 0.22884 0.435 0.01602 0.0794 0.02305 0.0992 0.03784 0.133 0.03574 0.129 0.13985 0.304 0.053709 0.167 15q gain 30 (16%) 154 0.38879 0.581 0.27644 0.489 0.61217 0.761 0.22956 0.436 0.1146 0.266 0.051269 0.162 0.45564 0.636 0.372 0.571 0.31888 0.521 0.36478 0.568 16p gain 41 (22%) 143 0.0037 0.0264 0.096859 0.239 0.31564 0.519 0.14515 0.314 0.03612 0.129 0.00341 0.0247 0.02594 0.107 0.03605 0.129 0.082699 0.217 0.057339 0.174 16q gain 38 (21%) 146 0.00074999 0.00831 0.02719 0.11 0.15458 0.327 0.01693 0.0821 0.0085899 0.0514 0.01404 0.0733 0.01244 0.0667 0.0068099 0.042 0.00279 0.0212 0.0069299 0.0424 17p gain 33 (18%) 151 0.051099 0.162 0.0317 0.12 0.93754 0.966 0.41368 0.603 0.01894 0.089 0.052249 0.164 0.36689 0.569 0.45322 0.636 0.54162 0.709 0.55265 0.718 17q gain 45 (24%) 139 0.14146 0.307 0.20797 0.411 0.94503 0.971 0.61442 0.761 0.45473 0.636 0.059849 0.176 0.85756 0.917 0.93606 0.966 0.99188 1 0.63825 0.779 18p gain 50 (27%) 134 0.061159 0.177 0.37397 0.571 0.76227 0.866 0.67146 0.796 0.19144 0.387 0.32969 0.531 0.02195 0.0973 0.87085 0.926 0.93746 0.966 0.81406 0.897 18q gain 26 (14%) 158 0.73848 0.85 0.81322 0.897 0.78207 0.874 0.44354 0.633 0.35764 0.56 0.90998 0.949 0.39547 0.585 0.30524 0.513 0.38278 0.578 0.22737 0.435 19p gain 28 (15%) 156 0.42865 0.617 0.27877 0.491 0.01468 0.0752 0.20553 0.408 0.67941 0.801 0.72982 0.844 0.38305 0.578 0.90428 0.946 0.5401 0.709 0.4954 0.668 19q gain 38 (21%) 146 0.10009 0.244 0.13947 0.304 0.01613 0.0794 0.01618 0.0794 0.25942 0.471 0.15909 0.334 0.04474 0.149 0.35536 0.559 0.39961 0.588 0.11198 0.263 20p gain 108 (59%) 76 0.00455 0.0314 0.057809 0.174 0.2021 0.403 0.14866 0.318 0.091119 0.232 0.22272 0.432 0.10109 0.246 0.26066 0.471 0.38718 0.579 0.058999 0.176 20q gain 115 (62%) 69 9.9999e-05 0.00178 0.00029 0.00403 0.02698 0.11 0.053969 0.167 0.00176 0.016 0.00218 0.0187 0.00046 0.00563 0.00075999 0.00831 0.0055599 0.0362 7.9999e-05 0.00146 21q gain 18 (10%) 166 1 1 0.56644 0.729 0.39834 0.587 0.61141 0.761 0.26628 0.478 0.42029 0.608 0.21307 0.417 0.42674 0.615 0.38721 0.579 0.228 0.435 22q gain 31 (17%) 153 2e-05 0.000607 9.9999e-06 0.000456 0.00173 0.0159 0.00066999 0.00785 2e-05 0.000607 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000607 2e-05 0.000607 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000607 xp gain 23 (12%) 161 0.45142 0.636 0.30265 0.512 0.3563 0.559 0.1928 0.388 0.28557 0.497 0.72623 0.842 0.38418 0.578 0.13097 0.291 0.2028 0.404 0.15142 0.322 xq gain 38 (21%) 146 0.04359 0.146 0.02913 0.114 0.77846 0.873 0.17648 0.364 0.03687 0.13 0.054029 0.167 0.01104 0.0624 0.02751 0.111 0.055039 0.169 0.068779 0.191 1p loss 38 (21%) 146 0.0092399 0.0541 0.0246 0.105 0.62169 0.767 0.87625 0.928 0.02155 0.0966 0.03815 0.133 0.02083 0.0944 0.03176 0.12 0.0097799 0.0561 0.04554 0.151 1q loss 22 (12%) 162 0.03907 0.135 0.23196 0.438 0.59663 0.752 0.5841 0.746 0.093969 0.236 0.050639 0.162 0.075469 0.208 0.12065 0.275 0.02364 0.101 0.12571 0.282 2p loss 11 (6%) 173 0.85625 0.917 0.13222 0.291 0.061059 0.177 0.019 0.089 0.37877 0.575 0.31107 0.514 0.37815 0.575 0.00181 0.0163 0.83574 0.906 0.37234 0.571 2q loss 18 (10%) 166 0.35647 0.559 0.03234 0.121 0.66081 0.791 0.41892 0.607 0.076539 0.208 0.03294 0.122 0.063839 0.181 0.0065299 0.0406 0.28003 0.492 0.087299 0.225 3p loss 93 (51%) 91 2e-05 0.000607 5.9999e-05 0.0012 0.13196 0.291 0.086689 0.224 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000745 9.9999e-06 0.000456 0.00116 0.0116 9.9999e-06 0.000456 3q loss 33 (18%) 151 0.85678 0.917 0.67164 0.796 0.19287 0.388 0.66129 0.791 0.33497 0.536 0.59624 0.752 0.65145 0.786 0.91166 0.949 0.66188 0.791 0.89202 0.939 4p loss 105 (57%) 79 0.00056999 0.00677 0.077089 0.208 0.5965 0.752 0.94022 0.967 0.62299 0.767 0.21075 0.413 0.01782 0.0855 0.2888 0.499 0.18603 0.378 0.40987 0.6 4q loss 87 (47%) 97 0.00044 0.00547 0.04731 0.156 0.89507 0.941 0.82643 0.904 0.14714 0.316 0.093979 0.236 0.03912 0.135 0.22195 0.432 0.12432 0.281 0.086399 0.224 5p loss 46 (25%) 138 0.00026 0.00368 9.9999e-06 0.000456 0.10813 0.258 0.052329 0.164 5e-05 0.00108 7.9999e-05 0.00146 5.9999e-05 0.0012 4e-05 0.000911 0.00023 0.00337 3e-05 0.000745 5q loss 86 (47%) 98 0.01984 0.0914 0.0086499 0.0514 0.22246 0.432 0.13607 0.298 0.054689 0.169 0.10576 0.254 0.02084 0.0944 0.11182 0.263 0.20966 0.412 0.091289 0.232 6p loss 39 (21%) 145 0.34476 0.547 0.62059 0.766 0.60769 0.76 0.83587 0.906 0.43011 0.618 0.70287 0.82 0.37411 0.571 0.36719 0.569 0.86046 0.918 0.46146 0.642 6q loss 39 (21%) 145 0.33128 0.533 0.66124 0.791 0.19565 0.392 0.59443 0.752 1 1 0.87348 0.928 0.48558 0.659 0.6798 0.801 0.83079 0.906 0.27435 0.486 7p loss 13 (7%) 171 0.81741 0.899 0.55615 0.719 0.73551 0.848 0.1166 0.268 0.43676 0.625 0.63965 0.779 0.57822 0.741 0.58461 0.746 0.29865 0.509 0.65066 0.786 7q loss 22 (12%) 162 0.17543 0.363 0.33916 0.541 0.71234 0.829 0.28536 0.497 0.82998 0.906 0.54307 0.71 0.58741 0.747 0.8551 0.917 0.22718 0.435 0.80515 0.891 8p loss 63 (34%) 121 0.00496 0.0331 0.46353 0.643 0.53197 0.702 0.9201 0.954 0.45489 0.636 0.5047 0.678 0.30823 0.514 0.59678 0.752 0.38486 0.578 0.30916 0.514 8q loss 23 (12%) 161 0.78197 0.874 1 1 0.98937 1 0.95042 0.974 1 1 0.13098 0.291 0.82243 0.902 0.25989 0.471 0.71644 0.832 1 1 9p loss 101 (55%) 83 0.088659 0.228 0.11514 0.267 0.27393 0.486 0.69772 0.816 0.24355 0.452 0.17275 0.36 0.52786 0.699 0.57051 0.732 0.78175 0.874 0.54147 0.709 9q loss 65 (35%) 119 0.063929 0.181 0.17956 0.367 0.46386 0.643 0.3435 0.546 0.84031 0.909 0.52327 0.695 0.64701 0.785 0.22999 0.436 0.068349 0.191 0.7977 0.885 10p loss 50 (27%) 134 0.00205 0.0183 0.00446 0.0313 0.39817 0.587 0.47772 0.657 0.02311 0.0992 0.01417 0.0735 0.00221 0.0187 0.0074999 0.0456 0.01336 0.0711 0.00267 0.0209 10q loss 49 (27%) 135 7.9999e-05 0.00146 0.00091999 0.00967 0.45457 0.636 0.15762 0.332 0.00496 0.0331 0.00219 0.0187 0.00145 0.0137 0.00245 0.0203 0.01639 0.08 0.00163 0.0152 11p loss 52 (28%) 132 0.10148 0.246 0.22888 0.435 0.51321 0.687 0.73154 0.845 0.7427 0.853 0.91676 0.952 0.90148 0.945 0.65039 0.786 0.81989 0.9 0.77012 0.87 11q loss 58 (32%) 126 0.00049 0.00591 0.04228 0.142 0.30159 0.511 0.81776 0.899 0.02908 0.114 0.02171 0.0968 0.01533 0.0776 0.13222 0.291 0.077609 0.209 0.068619 0.191 12p loss 33 (18%) 151 0.098189 0.241 0.00094999 0.00986 0.37381 0.571 0.02105 0.0948 0.00074999 0.00831 0.00073999 0.00831 0.00262 0.0209 0.00213 0.0186 0.01398 0.0733 0.00033 0.00436 12q loss 31 (17%) 153 0.16678 0.35 0.0027 0.0209 0.54035 0.709 0.059389 0.176 0.0075999 0.0458 0.0056399 0.0364 0.02563 0.107 0.01202 0.0657 0.0087399 0.0516 0.0063299 0.0396 13q loss 67 (36%) 117 0.01727 0.0833 0.064749 0.183 0.64283 0.782 0.65996 0.791 0.18979 0.384 0.03462 0.127 0.04117 0.141 0.15107 0.322 0.058729 0.176 0.10654 0.255 14q loss 45 (24%) 139 0.00080999 0.00863 0.0054299 0.0359 0.01955 0.0906 0.00271 0.0209 0.00117 0.0116 0.01899 0.089 0.02838 0.113 0.00267 0.0209 0.03624 0.129 0.00125 0.0119 15q loss 57 (31%) 127 0.28626 0.497 0.03144 0.12 0.29147 0.5 0.321 0.523 0.02573 0.107 0.050449 0.162 0.096589 0.239 0.0055399 0.0362 0.32575 0.527 0.00078999 0.00852 16p loss 54 (29%) 130 0.00039 0.005 0.00016 0.00268 0.97802 0.996 0.68628 0.806 0.00124 0.0119 0.00017 0.00279 0.00013 0.00227 0.00031 0.00424 0.00025 0.0036 0.00018 0.00284 16q loss 53 (29%) 131 9.9999e-06 0.000456 4e-05 0.000911 0.1809 0.369 0.0284 0.113 6.9999e-05 0.00137 2e-05 0.000607 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000745 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 17p loss 71 (39%) 113 0.00269 0.0209 2e-04 0.00304 0.54367 0.71 0.27904 0.491 0.00033 0.00436 0.00070999 0.0082 2e-05 0.000607 0.00123 0.0119 0.062479 0.18 0.00018 0.00284 17q loss 25 (14%) 159 0.79232 0.88 0.60424 0.759 0.78484 0.876 0.60567 0.759 0.88074 0.932 0.90729 0.948 0.5147 0.687 0.8907 0.939 0.36059 0.563 0.86826 0.925 18p loss 71 (39%) 113 0.01194 0.0657 0.00101 0.0102 0.60929 0.76 0.48128 0.658 0.00368 0.0264 0.00481 0.0326 0.00101 0.0102 0.02302 0.0992 0.02488 0.105 0.0057499 0.0366 18q loss 102 (55%) 82 0.095689 0.238 0.01168 0.0647 0.38078 0.577 0.78995 0.88 0.01523 0.0776 0.02714 0.11 0.02232 0.0984 0.00213 0.0186 0.04716 0.156 0.00039 0.005 19p loss 65 (35%) 119 0.04901 0.16 0.39098 0.582 0.75202 0.858 0.75681 0.861 0.61408 0.761 0.52039 0.693 0.063259 0.181 0.12119 0.275 0.094539 0.236 0.0093699 0.0545 19q loss 52 (28%) 132 0.00456 0.0314 0.11075 0.262 0.43581 0.625 0.11664 0.268 0.11207 0.263 0.01231 0.0667 0.059819 0.176 0.094129 0.236 0.0185 0.0882 0.0095599 0.0552 20p loss 19 (10%) 165 0.58439 0.746 0.85628 0.917 0.5172 0.69 0.8239 0.902 0.55167 0.718 0.14986 0.32 0.59541 0.752 0.41738 0.606 0.68512 0.806 0.47907 0.657 20q loss 8 (4%) 176 0.9015 0.945 0.70459 0.821 0.63382 0.775 0.76724 0.869 1 1 0.66774 0.795 1 1 0.67695 0.8 0.74499 0.854 0.45026 0.636 21q loss 106 (58%) 78 0.03162 0.12 0.0059899 0.0378 0.13377 0.293 0.098069 0.241 0.03211 0.121 0.099309 0.243 0.02044 0.0936 0.14588 0.315 0.04193 0.142 0.086159 0.224 22q loss 72 (39%) 112 4e-05 0.000911 3e-05 0.000745 0.15391 0.326 0.11363 0.265 0.00043 0.00542 0.00021 0.00313 5e-05 0.00108 2e-04 0.00304 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000745 xp loss 60 (33%) 124 0.00467 0.0319 0.1739 0.361 0.051099 0.162 0.34871 0.551 0.30819 0.514 0.80712 0.892 0.52371 0.695 0.24244 0.451 0.32485 0.527 0.26344 0.475 xq loss 40 (22%) 144 0.01545 0.0777 0.02777 0.112 0.061189 0.177 0.02588 0.107 0.04228 0.142 0.066639 0.188 0.11795 0.27 0.00249 0.0204 0.0415 0.141 0.01128 0.0634