Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 40 (22%) 144 0.32952 0.448 0.63037 0.727 0.37639 0.494 0.25643 0.378 0.86346 0.901 0.68116 0.766 0.74391 0.811 0.32492 0.445 0.79824 0.852 0.55003 0.658 amp_1q23.3 93 (51%) 91 0.00197 0.0123 0.1247 0.226 0.67436 0.763 0.64557 0.74 0.65496 0.745 0.80798 0.857 0.16952 0.277 0.84441 0.888 0.01892 0.0633 0.80711 0.857 amp_1q42.3 96 (52%) 88 6.9999e-05 0.000763 0.31208 0.433 0.94889 0.961 0.41432 0.533 0.62747 0.726 0.73684 0.806 0.29713 0.419 0.28594 0.408 0.14838 0.252 0.26348 0.385 amp_2q14.2 60 (33%) 124 0.35214 0.472 0.30898 0.43 0.02469 0.0739 0.30358 0.424 0.084899 0.175 0.053859 0.123 0.25246 0.375 0.21138 0.328 0.27135 0.394 0.32108 0.441 amp_2q31.1 60 (33%) 124 0.03152 0.0856 0.23366 0.354 0.0349 0.0918 0.23445 0.355 0.083619 0.173 0.03722 0.0944 0.54155 0.65 0.27073 0.394 0.10151 0.199 0.65462 0.745 amp_3q26.2 128 (70%) 56 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.01064 0.0419 0.00060999 0.00476 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 3e-05 0.000386 2e-05 0.000266 9.9999e-06 0.000155 5.9999e-05 0.00068 amp_4q21.1 34 (18%) 150 0.29432 0.418 0.69683 0.779 0.02206 0.0704 0.058259 0.13 0.60815 0.707 0.9264 0.943 0.95429 0.963 0.42242 0.54 0.91962 0.941 0.3596 0.479 amp_5p15.33 98 (53%) 86 9.9999e-06 0.000155 0.01569 0.0558 0.43375 0.548 0.28296 0.406 0.00219 0.0128 0.00073999 0.00547 0.00025 0.00228 0.00417 0.0211 0.01092 0.0424 0.00189 0.0121 amp_6p21.1 69 (38%) 115 0.00282 0.0157 0.12506 0.226 0.03974 0.0988 0.20462 0.32 0.04342 0.105 0.03043 0.0837 0.0034 0.0177 0.00206 0.0125 0.0064999 0.0292 0.00131 0.00883 amp_6q23.3 42 (23%) 142 0.03776 0.0955 0.071149 0.152 0.054319 0.124 0.0065699 0.0292 0.056149 0.127 0.069699 0.15 0.03236 0.087 0.03058 0.0838 0.0093799 0.0384 0.0064299 0.0291 amp_7p11.2 126 (68%) 58 0.33165 0.449 0.11193 0.212 0.59237 0.696 0.74979 0.814 0.24074 0.362 0.0412 0.102 0.03718 0.0944 0.26509 0.387 0.6705 0.76 0.12674 0.227 amp_7q21.2 114 (62%) 70 0.47435 0.587 0.1583 0.264 0.02685 0.0782 0.91741 0.94 0.222 0.34 0.81604 0.863 0.34512 0.464 0.60649 0.707 0.76901 0.828 0.13797 0.238 amp_8p23.1 52 (28%) 132 2e-05 0.000266 0.00213 0.0127 0.28042 0.404 0.1758 0.284 0.00437 0.0216 5.9999e-05 0.00068 0.00429 0.0213 0.01506 0.0542 0.00038 0.00317 0.00202 0.0124 amp_8p11.21 85 (46%) 99 0.49136 0.602 0.17528 0.283 0.11024 0.21 0.6513 0.743 0.85094 0.893 0.10136 0.199 0.38297 0.501 0.96573 0.971 0.73114 0.801 0.68661 0.77 amp_8q24.21 145 (79%) 39 0.00229 0.0132 0.02229 0.0704 0.00064999 0.00498 0.062929 0.136 0.38459 0.501 0.11243 0.212 0.0073899 0.032 0.096929 0.192 0.35517 0.475 0.1501 0.253 amp_9p13.3 40 (22%) 144 0.082689 0.173 0.10498 0.203 0.95058 0.962 0.7871 0.844 0.86395 0.901 0.68143 0.766 0.71323 0.788 0.13105 0.231 0.53163 0.644 0.55039 0.658 amp_9q34.3 64 (35%) 120 0.02499 0.074 0.18017 0.289 0.88586 0.918 0.02473 0.0739 0.00345 0.0179 0.71212 0.788 0.27006 0.394 0.11254 0.212 0.11874 0.219 0.68029 0.766 amp_11p13 52 (28%) 132 0.14407 0.245 0.45652 0.573 0.13348 0.232 0.64606 0.74 0.56438 0.67 0.33031 0.448 0.20641 0.321 0.12587 0.227 0.58146 0.685 0.25034 0.373 amp_11p13 50 (27%) 134 0.084729 0.175 0.92894 0.943 0.097779 0.193 0.42433 0.541 0.41108 0.531 1 1 0.9646 0.971 0.71418 0.788 0.78288 0.841 0.496 0.605 amp_11q13.3 104 (57%) 80 9.9999e-06 0.000155 0.00328 0.0173 0.04768 0.114 0.01306 0.0488 0.00036 0.00306 0.00105 0.00732 0.00115 0.00788 0.00135 0.00896 0.090829 0.184 0.00132 0.00883 amp_12p12.1 79 (43%) 105 0.0338 0.0895 0.12767 0.228 0.02777 0.0792 0.56165 0.668 0.01919 0.0633 0.02845 0.0803 0.061449 0.134 0.083599 0.173 0.058749 0.13 0.088989 0.181 amp_12q15 51 (28%) 133 0.13407 0.233 0.59633 0.699 0.83356 0.878 0.80914 0.858 0.14055 0.241 0.9142 0.938 0.31568 0.436 0.59817 0.7 0.2992 0.42 0.1799 0.289 amp_13q22.1 65 (35%) 119 0.00191 0.0121 0.0067399 0.0298 0.12136 0.221 0.18914 0.301 0.0069199 0.0303 0.00127 0.00864 0.00014 0.00138 0.00236 0.0134 0.01279 0.0485 0.00025 0.00228 amp_14q21.1 61 (33%) 123 0.00037 0.00311 0.0085899 0.0363 0.17357 0.282 0.23103 0.351 0.0053299 0.025 0.00306 0.0167 0.00366 0.0187 0.00424 0.0212 0.057409 0.129 0.01313 0.0488 amp_15q26.1 58 (32%) 126 0.0080599 0.0348 0.072609 0.154 0.15928 0.264 0.04516 0.108 0.01694 0.0583 0.01583 0.0558 0.0072799 0.0317 0.04321 0.105 0.03597 0.093 0.01521 0.0546 amp_17q12 75 (41%) 109 0.00451 0.0219 0.00425 0.0212 0.56924 0.673 0.53661 0.647 0.0055599 0.0258 0.00278 0.0155 0.00233 0.0134 0.0191 0.0633 0.02373 0.0724 0.00145 0.00948 amp_18p11.32 69 (38%) 115 0.059249 0.13 0.1097 0.21 0.71247 0.788 0.46554 0.58 0.059179 0.13 0.17342 0.282 0.01795 0.0605 0.55985 0.666 0.36922 0.487 0.51037 0.619 amp_18q11.2 59 (32%) 125 0.01267 0.0483 0.0097099 0.0391 0.24504 0.367 0.1412 0.242 0.0056599 0.0261 0.00498 0.0238 0.00035 0.00304 0.0087899 0.0366 0.01496 0.0541 0.00059999 0.00472 amp_19p13.2 32 (17%) 152 0.40838 0.528 0.082859 0.173 0.56876 0.673 0.41545 0.533 0.29174 0.415 0.35797 0.478 0.12062 0.221 0.39315 0.511 0.32114 0.441 0.68332 0.767 amp_19q12 54 (29%) 130 0.00439 0.0216 0.15763 0.263 0.18086 0.29 0.29869 0.42 0.20063 0.316 0.11547 0.215 0.03826 0.0962 0.27531 0.399 0.12401 0.225 0.052759 0.122 amp_xq28 69 (38%) 115 0.059359 0.13 0.03243 0.087 0.01048 0.0416 0.53972 0.649 0.00186 0.012 0.02702 0.0784 0.03037 0.0837 0.00192 0.0121 0.36385 0.482 0.0035 0.018 del_1p36.11 75 (41%) 109 0.01062 0.0419 0.0097899 0.0393 0.29772 0.419 0.92624 0.943 0.01671 0.0581 0.0251 0.0741 0.00284 0.0157 0.02315 0.0718 0.04177 0.103 0.03862 0.0965 del_1p13.2 64 (35%) 120 5.9999e-05 0.00068 0.097459 0.193 0.45143 0.569 0.56916 0.673 0.78322 0.841 0.59562 0.699 0.75534 0.818 0.10522 0.203 0.1745 0.283 0.90278 0.93 del_1q44 17 (9%) 167 0.85665 0.898 0.74961 0.814 0.4185 0.536 0.30547 0.426 0.46304 0.579 0.61169 0.71 0.71939 0.791 0.64416 0.74 0.80047 0.854 0.25674 0.378 del_2q22.1 59 (32%) 125 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.055609 0.126 0.00248 0.014 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.00012 0.0012 9.9999e-06 0.000155 del_2q33.3 36 (20%) 148 0.2955 0.418 0.066819 0.144 0.47169 0.585 0.19243 0.306 0.01737 0.059 0.02777 0.0792 0.01436 0.0528 0.070499 0.151 0.073819 0.155 0.02729 0.0786 del_3p26.2 111 (60%) 73 9.9999e-06 0.000155 6.9999e-05 0.000763 0.03188 0.086 0.051889 0.121 5e-05 0.000599 4e-05 0.000493 0.00019 0.00186 2e-04 0.00191 0.01312 0.0488 0.00021 0.00198 del_3p14.3 126 (68%) 58 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.095789 0.192 0.059319 0.13 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 del_3p14.2 125 (68%) 59 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.28386 0.407 0.10166 0.199 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-05 0.00101 2e-05 0.000266 del_3q11.1 33 (18%) 151 0.59098 0.696 0.62496 0.725 0.47039 0.585 0.85873 0.899 0.71211 0.788 0.81906 0.865 0.86621 0.902 0.79535 0.85 0.88705 0.918 0.62945 0.727 del_3q26.31 16 (9%) 168 0.00235 0.0134 2e-05 0.000266 0.03995 0.099 0.0092099 0.038 0.0014 0.00922 9.9999e-05 0.00101 0.00035 0.00304 0.00041 0.00338 0.00216 0.0127 9.9999e-05 0.00101 del_4p15.2 106 (58%) 78 0.0055599 0.0258 0.099869 0.197 0.42276 0.54 0.93988 0.953 0.97921 0.984 0.47253 0.585 0.04825 0.114 0.74826 0.814 0.26325 0.385 0.95277 0.963 del_4q22.1 105 (57%) 79 0.00022 0.00205 0.11271 0.212 0.73918 0.808 0.92788 0.943 0.02372 0.0724 0.0297 0.0823 0.003 0.0165 0.14284 0.244 0.052519 0.122 0.03622 0.093 del_4q34.3 99 (54%) 85 0.00049 0.00389 0.0065599 0.0292 0.88749 0.918 0.88511 0.918 0.0051499 0.0243 0.00109 0.00753 0.00086999 0.00627 0.00323 0.0172 0.01999 0.0651 0.00215 0.0127 del_5q12.1 112 (61%) 72 0.00061999 0.00479 0.00076999 0.00564 0.1098 0.21 0.63677 0.733 0.25644 0.378 0.49596 0.605 0.02266 0.0708 0.02375 0.0724 0.43255 0.548 0.058129 0.13 del_6p25.3 74 (40%) 110 0.01619 0.0566 0.02343 0.0724 0.11933 0.22 0.43031 0.546 0.01917 0.0633 0.33023 0.448 0.12139 0.221 0.0222 0.0704 0.31531 0.436 0.091659 0.185 del_6q16.3 55 (30%) 129 0.14132 0.242 0.43377 0.548 0.13458 0.233 0.55366 0.661 0.69895 0.78 0.60551 0.707 0.12929 0.229 0.50805 0.617 0.54003 0.649 0.28259 0.406 del_6q26 50 (27%) 134 0.2723 0.395 0.92685 0.943 0.34044 0.459 0.29743 0.419 0.92699 0.943 0.19717 0.312 0.19452 0.308 0.73054 0.801 0.77439 0.833 0.33267 0.45 del_7q31.1 56 (30%) 128 0.22143 0.34 0.086829 0.178 0.69369 0.777 0.76405 0.824 0.36596 0.485 0.45735 0.573 0.40053 0.52 0.096909 0.192 0.11249 0.212 0.02388 0.0724 del_7q36.3 67 (36%) 117 0.90507 0.931 0.70977 0.788 0.91714 0.94 0.71853 0.791 0.89598 0.924 0.22515 0.344 0.3606 0.479 0.14966 0.253 0.37766 0.495 0.16404 0.27 del_8p23.2 90 (49%) 94 8.9999e-05 0.000956 0.02718 0.0786 0.0060699 0.0276 0.0094299 0.0384 0.052669 0.122 0.04821 0.114 0.01098 0.0424 0.10673 0.205 0.03716 0.0944 0.14928 0.253 del_8p12 75 (41%) 109 0.00029 0.00257 0.41494 0.533 0.48641 0.599 0.48055 0.594 0.54995 0.658 0.13256 0.232 0.22574 0.344 0.80487 0.856 0.55941 0.666 0.49559 0.605 del_9p23 108 (59%) 76 0.41511 0.533 0.12058 0.221 0.28506 0.408 0.712 0.788 0.46502 0.58 0.02392 0.0724 0.42747 0.543 0.72531 0.797 0.9125 0.938 0.69797 0.78 del_9p21.3 141 (77%) 43 9.9999e-06 0.000155 0.23638 0.357 0.34349 0.463 0.20843 0.324 0.0087199 0.0366 0.02109 0.0682 0.03342 0.0891 0.10571 0.204 0.30635 0.427 0.10785 0.207 del_10p15.3 54 (29%) 130 0.00068999 0.00514 0.01924 0.0633 0.061689 0.134 0.1682 0.275 0.02818 0.0799 0.02561 0.0751 0.0059699 0.0274 0.01121 0.0431 0.086439 0.178 0.060429 0.132 del_10p11.21 52 (28%) 132 9.9999e-06 0.000155 5e-05 0.000599 0.03603 0.093 0.02971 0.0823 9.9999e-06 0.000155 2e-05 0.000266 9.9999e-06 0.000155 4e-05 0.000493 0.00046 0.00376 3e-05 0.000386 del_10q21.1 46 (25%) 138 0.002 0.0124 0.02191 0.0703 0.60086 0.703 0.35348 0.473 0.04426 0.107 0.064719 0.14 0.01582 0.0558 0.056229 0.127 0.23106 0.351 0.04891 0.115 del_10q23.31 65 (35%) 119 0.02079 0.0674 0.03562 0.0929 0.48797 0.599 0.090459 0.184 0.3298 0.448 0.29235 0.416 0.11934 0.22 0.27827 0.402 0.37354 0.492 0.45731 0.573 del_11p15.4 79 (43%) 105 0.12852 0.228 0.04647 0.111 0.89095 0.92 0.4871 0.599 0.36816 0.487 0.36086 0.479 0.62745 0.726 0.18311 0.293 0.80445 0.856 0.45518 0.573 del_11q25 81 (44%) 103 2e-05 0.000266 0.02942 0.082 0.214 0.331 0.26003 0.382 0.067059 0.144 0.04982 0.117 0.059389 0.13 0.082909 0.173 0.02625 0.0767 0.02941 0.082 del_12q23.1 51 (28%) 133 0.25135 0.374 0.01863 0.0626 0.056939 0.128 0.32035 0.441 0.04225 0.104 0.072289 0.154 0.10359 0.201 0.13333 0.232 0.17935 0.289 0.04666 0.111 del_13q12.11 76 (41%) 108 0.00036 0.00306 0.01494 0.0541 0.03082 0.0842 0.03826 0.0962 0.0087399 0.0366 0.00368 0.0187 0.0081299 0.0348 0.0094699 0.0384 0.01303 0.0488 0.01589 0.0558 del_13q14.2 74 (40%) 110 0.00172 0.0112 0.00482 0.0231 0.20433 0.32 0.13084 0.231 0.01978 0.0647 0.02165 0.0697 0.0172 0.059 0.02431 0.0733 0.02276 0.0709 0.02489 0.074 del_13q21.31 69 (38%) 115 0.01314 0.0488 0.053139 0.122 0.75366 0.817 0.64893 0.742 0.1145 0.214 0.11597 0.215 0.088329 0.18 0.13262 0.232 0.093389 0.188 0.1329 0.232 del_14q23.3 51 (28%) 133 0.00323 0.0172 0.01497 0.0541 0.11428 0.214 0.02479 0.0739 0.00048 0.00385 0.04318 0.105 0.092839 0.187 0.01326 0.049 0.0282 0.0799 0.00215 0.0127 del_15q11.2 63 (34%) 121 0.40299 0.522 0.15929 0.264 0.32894 0.448 0.41629 0.534 0.01245 0.0477 0.23986 0.361 0.20358 0.319 0.01928 0.0633 0.64111 0.737 0.0034 0.0177 del_16p13.3 65 (35%) 119 9.9999e-06 0.000155 8.9999e-05 0.000956 0.47156 0.585 0.29509 0.418 2e-04 0.00191 5.9999e-05 0.00068 2e-05 0.000266 9.9999e-06 0.000155 6.9999e-05 0.000763 9.9999e-06 0.000155 del_16q23.1 84 (46%) 100 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.03906 0.0974 0.03844 0.0964 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 del_17p12 86 (47%) 98 9.9999e-05 0.00101 9.9999e-06 0.000155 0.088209 0.18 0.25563 0.378 9.9999e-06 0.000155 2e-05 0.000266 9.9999e-06 0.000155 2e-05 0.000266 0.01017 0.0406 9.9999e-06 0.000155 del_17q25.3 41 (22%) 143 0.37373 0.492 0.8207 0.866 0.49794 0.606 0.66273 0.752 1 1 1 1 0.12873 0.228 0.53546 0.647 0.03573 0.0929 0.71333 0.788 del_18p11.23 60 (33%) 124 0.31546 0.436 0.0060799 0.0276 0.85007 0.893 0.76396 0.824 0.01677 0.0581 0.03108 0.0847 0.02554 0.0751 0.13648 0.236 0.13925 0.24 0.04829 0.114 del_18q12.2 111 (60%) 73 0.096609 0.192 0.01736 0.059 0.3821 0.5 0.57927 0.684 0.02371 0.0724 0.073359 0.155 0.04428 0.107 0.00065999 0.00501 0.03456 0.0912 0.00026 0.00235 del_18q21.2 119 (65%) 65 0.15317 0.257 0.00089999 0.00643 0.22921 0.349 0.65077 0.743 0.00321 0.0172 0.0090299 0.0374 0.00462 0.0223 0.00202 0.0124 0.01535 0.0548 0.00048 0.00385 del_18q22.3 112 (61%) 72 0.96173 0.97 0.03575 0.0929 0.24681 0.369 0.86426 0.901 0.096379 0.192 0.13327 0.232 0.21519 0.333 0.0081899 0.0348 0.051099 0.119 0.00085999 0.00625 del_19p13.3 93 (51%) 91 0.00028 0.00251 0.30233 0.423 0.67815 0.766 0.98806 0.992 0.42587 0.542 0.32205 0.442 0.03615 0.093 0.02261 0.0708 0.11563 0.215 0.0068599 0.0302 del_19q11 48 (26%) 136 0.21615 0.333 0.38398 0.501 0.11444 0.214 0.79348 0.849 0.50772 0.617 0.76209 0.824 0.35206 0.472 0.0145 0.0531 0.00104 0.00731 0.02749 0.0789 del_20p12.1 33 (18%) 151 0.03355 0.0891 0.16076 0.266 0.24863 0.371 0.873 0.908 0.060279 0.132 0.0081999 0.0348 0.01682 0.0581 0.04965 0.117 0.28948 0.413 0.04247 0.104 del_21q11.2 107 (58%) 77 0.12186 0.222 0.02859 0.0805 0.38722 0.504 0.24756 0.37 0.03538 0.0928 0.21582 0.333 0.050019 0.117 0.16786 0.275 0.1518 0.255 0.097419 0.193 del_21q21.1 107 (58%) 77 0.12329 0.224 0.0094799 0.0384 0.1162 0.215 0.12791 0.228 0.053699 0.123 0.12641 0.227 0.087409 0.179 0.17422 0.283 0.073859 0.155 0.075169 0.158 del_21q22.12 108 (59%) 76 0.10204 0.199 0.01079 0.0423 0.31273 0.434 0.25801 0.379 0.01088 0.0424 0.16676 0.274 0.03162 0.0856 0.33056 0.448 0.072559 0.154 0.20146 0.317 del_22q11.1 79 (43%) 105 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 0.02216 0.0704 0.00448 0.0219 4e-05 0.000493 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 9.9999e-06 0.000155 del_xp21.1 69 (38%) 115 0.00091999 0.00652 0.03708 0.0944 0.13166 0.232 0.66076 0.751 0.00226 0.0132 0.19375 0.307 0.055369 0.126 0.16215 0.268 0.11573 0.215 0.15175 0.255 del_xp11.3 74 (40%) 110 0.00068999 0.00514 0.1626 0.268 0.45986 0.576 0.88586 0.918 0.0051099 0.0243 0.02241 0.0705 0.00312 0.0169 0.04385 0.106 0.03343 0.0891 0.01741 0.059 del_xq11.2 42 (23%) 142 0.49147 0.602 0.24303 0.365 0.48427 0.597 0.74048 0.808 0.53494 0.647 0.60717 0.707 0.12755 0.228 0.21855 0.336 0.1983 0.313 0.71482 0.788 del_xq21.33 40 (22%) 144 0.1613 0.267 0.20535 0.32 0.67689 0.765 0.8159 0.863 0.15702 0.263 0.27913 0.403 0.10468 0.203 0.02913 0.0817 0.15015 0.253 0.18386 0.293