Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 82 (14%) 495 0.60409 0.781 0.12973 0.291 0.48749 0.699 0.25122 0.456 9.9999e-06 0.000132 0.82754 0.933 0.50182 0.714 0.084929 0.219 0.33665 0.56 0.27241 0.479 1q gain 89 (15%) 488 0.077119 0.205 0.089509 0.228 0.13141 0.293 0.62702 0.795 9.9999e-06 0.000132 0.52814 0.734 0.58039 0.765 0.25926 0.466 0.82575 0.933 0.50728 0.72 2p gain 37 (6%) 540 0.46788 0.683 0.73417 0.872 0.2522 0.457 0.22474 0.422 0.00258 0.0132 0.39023 0.611 0.80758 0.921 0.61204 0.789 1 1 0.5366 0.741 2q gain 36 (6%) 541 0.64508 0.811 0.91366 0.987 0.097349 0.24 0.28049 0.49 0.00161 0.00904 0.38969 0.611 0.98479 1 0.60911 0.787 0.77003 0.901 0.17851 0.361 3p gain 58 (10%) 519 0.00056999 0.00383 0.02829 0.0963 0.66782 0.82 0.02614 0.0908 9.9999e-06 0.000132 0.13322 0.295 0.63609 0.804 0.34079 0.56 0.81423 0.923 0.2597 0.466 3q gain 64 (11%) 513 0.00052999 0.00362 0.062179 0.174 0.89687 0.979 0.064019 0.177 9.9999e-06 0.000132 0.064789 0.178 0.71058 0.852 0.20633 0.398 0.5193 0.728 0.15042 0.319 4p gain 36 (6%) 541 0.24287 0.444 0.61497 0.789 0.48789 0.699 0.52161 0.729 0.00078999 0.00506 0.46025 0.676 0.75761 0.891 0.55408 0.751 0.6165 0.789 0.79292 0.915 4q gain 33 (6%) 544 0.31336 0.531 0.31622 0.535 0.49129 0.703 0.54233 0.744 0.0055899 0.0251 0.26798 0.475 0.92639 1 0.68344 0.83 0.36796 0.589 0.66282 0.817 5p gain 49 (8%) 528 0.11413 0.267 0.15678 0.326 0.17779 0.361 0.34514 0.564 2e-05 0.000231 0.23384 0.434 0.28143 0.491 0.52909 0.734 0.12671 0.286 0.2287 0.428 5q gain 41 (7%) 536 0.14044 0.305 0.23262 0.433 0.11767 0.273 0.054689 0.159 0.00011 0.00093 0.1176 0.273 0.39039 0.611 0.29445 0.508 0.16999 0.347 0.40333 0.626 6p gain 24 (4%) 553 0.01201 0.0483 0.11857 0.274 0.87373 0.965 0.15896 0.329 0.15563 0.325 0.082399 0.215 0.81055 0.922 0.58234 0.765 1 1 1 1 6q gain 23 (4%) 554 0.00164 0.00909 0.03609 0.115 0.78483 0.912 0.10312 0.25 0.02411 0.0845 0.0054799 0.0249 0.93186 1 0.52925 0.734 0.81018 0.922 1 1 7p gain 468 (81%) 109 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00029 0.0021 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00214 0.0114 0.00255 0.0132 0.01551 0.0603 5e-05 0.000494 7q gain 474 (82%) 103 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0013 0.00751 8.9999e-05 0.000802 9.9999e-06 0.000132 8.9999e-05 0.000802 0.1055 0.254 0.04363 0.133 0.054439 0.159 0.00168 0.00925 8p gain 52 (9%) 525 8.9999e-05 0.000802 0.00055999 0.0038 0.061989 0.174 0.5616 0.755 9.9999e-06 0.000132 0.00385 0.0185 0.43696 0.651 0.75519 0.89 0.13841 0.303 0.6756 0.824 8q gain 59 (10%) 518 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.03951 0.123 0.45095 0.669 9.9999e-06 0.000132 0.00050999 0.00354 0.43537 0.651 0.75208 0.889 0.12393 0.282 0.51069 0.721 9p gain 47 (8%) 530 0.00329 0.0164 0.0318 0.106 0.70411 0.848 0.43325 0.651 3e-05 0.000328 0.54247 0.744 0.79998 0.916 0.36842 0.589 0.42691 0.646 0.11361 0.267 9q gain 71 (12%) 506 0.080989 0.213 0.072869 0.197 0.57919 0.765 0.16782 0.343 3e-05 0.000328 0.1985 0.386 0.3178 0.536 0.38585 0.611 0.66913 0.82 0.078679 0.208 10p gain 13 (2%) 564 0.00105 0.00652 0.00016 0.00124 0.11661 0.272 0.059809 0.171 0.00089999 0.00563 0.00044 0.00314 0.30568 0.522 0.55989 0.755 NA NA NA NA 10q gain 3 (1%) 574 0.55475 0.751 1 1 0.054029 0.158 0.79294 0.915 0.19551 0.383 0.18938 0.374 NA NA NA NA NA NA NA NA 11p gain 17 (3%) 560 0.90436 0.982 0.87757 0.967 0.2401 0.441 0.94467 1 0.19672 0.383 0.088069 0.225 0.86805 0.963 0.52747 0.734 0.69709 0.843 1 1 11q gain 14 (2%) 563 0.18603 0.371 0.063949 0.177 0.21682 0.413 0.36221 0.584 0.15087 0.319 0.00048 0.00336 0.86675 0.963 1 1 1 1 1 1 12p gain 60 (10%) 517 0.67138 0.82 0.78977 0.915 0.64607 0.811 0.1631 0.336 9.9999e-05 0.000872 0.90138 0.982 0.23574 0.435 0.66399 0.817 0.00416 0.0197 0.076769 0.205 12q gain 49 (8%) 528 0.5202 0.728 0.95507 1 0.53908 0.742 0.01054 0.0441 0.00153 0.00865 0.59217 0.773 0.30898 0.526 0.30003 0.516 0.02265 0.0801 0.12355 0.281 13q gain 10 (2%) 567 0.052369 0.155 0.49512 0.707 0.17665 0.359 0.82688 0.933 0.056409 0.163 1 1 0.8931 0.979 1 1 0.42526 0.645 1 1 14q gain 22 (4%) 555 0.43152 0.65 0.78115 0.91 0.01053 0.0441 0.80569 0.921 0.38843 0.611 0.51114 0.721 0.47431 0.691 0.85527 0.953 0.4247 0.645 0.3257 0.546 15q gain 24 (4%) 553 0.062119 0.174 0.10969 0.261 0.56669 0.756 0.13346 0.295 6.9999e-05 0.000667 0.27814 0.487 0.53377 0.738 0.33778 0.56 0.03458 0.112 0.38676 0.611 16p gain 38 (7%) 539 0.0074099 0.0321 0.066749 0.182 0.41391 0.637 0.27092 0.478 2e-05 0.000231 0.03064 0.103 0.61374 0.789 0.47791 0.692 1 1 1 1 16q gain 37 (6%) 540 0.01811 0.0691 0.0054899 0.0249 0.35689 0.581 0.065289 0.179 9.9999e-05 0.000872 0.02699 0.093 0.75836 0.891 0.41795 0.639 0.42052 0.642 0.73635 0.874 17p gain 48 (8%) 529 0.00048 0.00336 0.02006 0.0738 0.078649 0.208 0.03959 0.123 4e-05 0.00041 0.03236 0.107 0.14998 0.319 0.24049 0.441 0.33996 0.56 0.39087 0.611 17q gain 60 (10%) 517 0.0011 0.0066 0.04607 0.14 0.12892 0.29 0.070479 0.192 2e-05 0.000231 0.03714 0.117 0.090619 0.229 0.10876 0.26 0.94438 1 0.61415 0.789 18p gain 58 (10%) 519 9.9999e-06 0.000132 0.00051999 0.00358 0.15691 0.326 0.36793 0.589 9.9999e-06 0.000132 0.00484 0.0224 0.42498 0.645 0.14952 0.319 0.01872 0.0701 0.098259 0.24 18q gain 58 (10%) 519 9.9999e-06 0.000132 0.00068999 0.00446 0.15587 0.325 0.4331 0.651 9.9999e-06 0.000132 0.0054799 0.0249 0.69096 0.837 0.47586 0.692 0.01897 0.0707 0.11388 0.267 19p gain 226 (39%) 351 9.9999e-06 0.000132 2e-05 0.000231 0.090609 0.229 3e-04 0.00216 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0091899 0.0392 6.9999e-05 0.000667 0.18973 0.374 0.65956 0.817 19q gain 199 (34%) 378 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.14396 0.311 0.00299 0.0151 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.04654 0.141 0.00109 0.0066 0.062819 0.175 0.34064 0.56 20p gain 222 (38%) 355 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00439 0.0206 9.9999e-06 0.000132 3e-05 0.000328 0.00013 0.00107 0.053139 0.156 0.00202 0.0108 0.79787 0.915 0.12005 0.276 20q gain 220 (38%) 357 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00339 0.0167 9.9999e-06 0.000132 4e-05 0.00041 0.00012 0.001 0.03606 0.115 0.00117 0.0069 0.7966 0.915 0.11867 0.274 21q gain 64 (11%) 513 0.00127 0.00739 0.0071199 0.0312 0.01162 0.0476 0.0038 0.0183 0.00021 0.00155 0.00182 0.00982 0.32178 0.542 0.0264 0.0913 0.018 0.069 0.33266 0.557 22q gain 34 (6%) 543 9.9999e-06 0.000132 0.00283 0.0144 0.46811 0.683 0.21999 0.418 0.00015 0.00119 0.1425 0.309 0.21324 0.409 0.03397 0.111 0.24522 0.447 0.19223 0.378 xp gain 15 (3%) 562 0.28393 0.494 1 1 0.79723 0.915 0.18672 0.372 0.89675 0.979 0.89084 0.979 0.70107 0.846 0.37845 0.601 0.087269 0.224 0.4345 0.651 xq gain 16 (3%) 561 0.25291 0.457 0.94831 1 0.98449 1 0.36095 0.584 0.9495 1 0.71728 0.859 0.79284 0.915 1 1 0.03942 0.123 0.25678 0.463 1p loss 16 (3%) 561 0.63767 0.804 0.82843 0.933 0.94155 1 0.19632 0.383 0.02115 0.0758 0.58303 0.765 0.3424 0.56 0.18062 0.363 0.11003 0.261 0.01825 0.0693 1q loss 15 (3%) 562 0.83092 0.933 0.97678 1 0.85367 0.952 0.36092 0.584 0.13519 0.298 1 1 0.33532 0.559 0.20875 0.402 0.51677 0.727 0.083179 0.217 2p loss 32 (6%) 545 0.03141 0.105 0.0281 0.096 0.26678 0.474 0.76942 0.901 9.9999e-06 0.000132 0.61634 0.789 1 1 0.42852 0.647 0.24229 0.443 0.22421 0.422 2q loss 32 (6%) 545 0.0299 0.101 0.02811 0.096 0.2615 0.468 0.76926 0.901 2e-05 0.000231 0.62122 0.79 0.89527 0.979 0.24922 0.453 0.084099 0.218 0.073059 0.197 3p loss 40 (7%) 537 0.90915 0.985 0.79118 0.915 0.71936 0.86 0.15002 0.319 0.00011 0.00093 0.20307 0.393 0.23522 0.435 0.9018 0.982 0.63627 0.804 0.23042 0.429 3q loss 34 (6%) 543 0.22919 0.428 0.12777 0.288 0.51194 0.721 0.67833 0.826 4e-05 0.00041 0.03411 0.111 0.78423 0.912 0.32292 0.543 0.88753 0.977 0.18131 0.364 4p loss 55 (10%) 522 0.081129 0.213 0.00346 0.017 0.03255 0.107 0.22503 0.422 0.00242 0.0126 0.00163 0.00909 0.29096 0.504 0.12097 0.276 0.74384 0.881 1 1 4q loss 56 (10%) 521 0.00080999 0.00515 0.00067999 0.00443 0.01996 0.0737 0.15174 0.319 0.00021 0.00155 0.00065999 0.00436 0.73205 0.872 0.47948 0.692 0.55813 0.754 1 1 5p loss 43 (7%) 534 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00174 0.00951 0.096939 0.24 9.9999e-06 0.000132 3e-05 0.000328 0.93942 1 0.54371 0.744 0.34141 0.56 0.052719 0.156 5q loss 44 (8%) 533 5.9999e-05 0.000586 4e-05 0.00041 0.00106 0.00654 0.18818 0.374 0.00016 0.00124 9.9999e-06 0.000132 0.94378 1 0.62573 0.794 0.22285 0.421 0.04105 0.127 6p loss 86 (15%) 491 0.56688 0.756 0.33323 0.557 0.77348 0.903 0.70591 0.848 9.9999e-06 0.000132 0.57617 0.763 0.79518 0.915 0.30067 0.516 0.86936 0.963 0.59269 0.773 6q loss 125 (22%) 452 0.93819 1 0.57962 0.765 0.5659 0.756 0.94312 1 9.9999e-06 0.000132 0.65311 0.812 0.96788 1 0.64598 0.811 0.49862 0.711 0.29317 0.507 7p loss 8 (1%) 569 0.02234 0.0793 0.03445 0.112 0.45839 0.675 0.041 0.127 0.0158 0.0611 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7q loss 6 (1%) 571 0.099329 0.242 0.30086 0.516 0.94149 1 0.12623 0.286 0.097519 0.24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8p loss 58 (10%) 519 0.54648 0.747 0.44089 0.656 0.18059 0.363 0.78012 0.91 0.26298 0.468 0.64986 0.811 0.90545 0.982 0.94993 1 0.57418 0.762 0.38927 0.611 8q loss 42 (7%) 535 0.61776 0.789 0.15183 0.319 0.02123 0.0758 0.8067 0.921 0.10343 0.25 0.13645 0.3 0.85734 0.954 0.65205 0.812 0.46253 0.678 0.14453 0.312 9p loss 202 (35%) 375 0.0074099 0.0321 0.11007 0.261 0.55075 0.748 0.48343 0.696 0.59796 0.777 0.47917 0.692 0.61916 0.79 0.04821 0.144 0.02127 0.0758 0.0086799 0.0373 9q loss 94 (16%) 483 0.36953 0.59 0.098209 0.24 0.072179 0.196 0.27717 0.487 0.54807 0.747 0.5737 0.762 0.36178 0.584 0.1208 0.276 0.75184 0.889 0.18228 0.365 10p loss 483 (84%) 94 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.01067 0.0444 8.9999e-05 0.000802 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00222 0.0117 0.02892 0.098 0.22186 0.42 0.01267 0.0502 10q loss 494 (86%) 83 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0058599 0.0261 0.00015 0.00119 9.9999e-06 0.000132 0.00017 0.00129 8.9999e-05 0.000802 0.00401 0.0191 0.26196 0.468 0.02117 0.0758 11p loss 99 (17%) 478 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.8322 0.933 0.01436 0.0563 9.9999e-06 0.000132 0.00251 0.013 0.73043 0.872 0.15966 0.33 0.091859 0.231 0.087829 0.225 11q loss 93 (16%) 484 5e-05 0.000494 0.00016 0.00124 0.93342 1 0.062129 0.174 9.9999e-06 0.000132 0.41801 0.639 0.93689 1 0.57062 0.76 0.3422 0.56 0.53301 0.738 12p loss 58 (10%) 519 0.096369 0.239 0.094099 0.235 0.56156 0.755 0.83314 0.933 0.0060799 0.0269 0.59844 0.777 0.1559 0.325 0.058069 0.168 1 1 0.66259 0.817 12q loss 57 (10%) 520 0.13982 0.305 0.098309 0.24 0.44191 0.656 0.65392 0.812 0.00027 0.00198 0.54718 0.747 0.17989 0.363 0.39109 0.611 1 1 0.66169 0.817 13q loss 186 (32%) 391 9.9999e-06 0.000132 0.00176 0.00956 0.75353 0.889 0.58932 0.772 9.9999e-06 0.000132 0.01119 0.0461 0.59281 0.773 0.01727 0.0665 0.04834 0.144 0.39783 0.619 14q loss 146 (25%) 431 9.9999e-06 0.000132 0.00015 0.00119 0.51093 0.721 0.53837 0.742 9.9999e-06 0.000132 0.02571 0.0897 0.81386 0.923 0.091559 0.231 0.16413 0.336 0.70184 0.846 15q loss 106 (18%) 471 4e-05 0.00041 9.9999e-06 0.000132 0.00434 0.0205 0.00327 0.0163 9.9999e-06 0.000132 0.073739 0.198 0.03311 0.109 0.01179 0.0478 0.00358 0.0175 0.02317 0.0815 16p loss 63 (11%) 514 0.28637 0.498 0.85326 0.952 0.66269 0.817 0.73266 0.872 0.03534 0.114 0.060009 0.171 0.45276 0.67 0.1891 0.374 0.56681 0.756 0.64704 0.811 16q loss 83 (14%) 494 0.059899 0.171 0.4255 0.645 0.46401 0.679 0.89651 0.979 0.01324 0.0522 0.37046 0.59 0.04779 0.144 0.01851 0.0696 0.66443 0.817 0.59876 0.777 17p loss 65 (11%) 512 0.01952 0.0724 0.02035 0.0745 0.64806 0.811 0.58333 0.765 9.9999e-06 0.000132 0.13118 0.293 0.21436 0.41 0.3518 0.574 0.30161 0.516 0.70603 0.848 17q loss 41 (7%) 536 0.0052399 0.0241 0.060229 0.171 0.21301 0.409 0.04712 0.142 2e-05 0.000231 0.03664 0.116 0.68858 0.835 0.48357 0.696 0.14672 0.316 0.10721 0.257 18p loss 71 (12%) 506 0.04706 0.142 0.03205 0.106 0.36069 0.584 0.2188 0.416 2e-05 0.000231 0.50319 0.715 0.064049 0.177 0.0063899 0.0282 0.13275 0.295 0.59995 0.777 18q loss 62 (11%) 515 0.1484 0.319 0.0075799 0.0327 0.62169 0.79 0.23894 0.44 0.00011 0.00093 0.4789 0.692 0.0093999 0.0399 0.00306 0.0154 0.41549 0.638 0.12039 0.276 19p loss 27 (5%) 550 0.00066999 0.0044 0.00111 0.0066 0.058949 0.17 0.43645 0.651 0.01255 0.05 7.9999e-05 0.000754 0.02088 0.0758 0.01081 0.0448 0.85348 0.952 0.67005 0.82 19q loss 35 (6%) 542 0.00058999 0.00393 0.00481 0.0224 0.41364 0.637 0.15099 0.319 0.00122 0.00715 0.00108 0.0066 0.079729 0.21 0.33781 0.56 0.93155 1 0.5178 0.727 20p loss 19 (3%) 558 0.00013 0.00107 5e-05 0.000494 0.03655 0.116 0.093229 0.233 2e-05 0.000231 0.30989 0.526 0.41304 0.637 0.45524 0.673 0.01051 0.0441 0.00226 0.0119 20q loss 17 (3%) 560 0.00141 0.00803 0.00017 0.00129 0.36563 0.588 0.27114 0.478 2e-05 0.000231 0.30946 0.526 0.41219 0.637 0.45654 0.673 0.04032 0.125 0.01233 0.0493 21q loss 42 (7%) 535 0.02121 0.0758 0.00111 0.0066 0.052279 0.155 0.2629 0.468 0.00089999 0.00563 0.00137 0.00786 0.01168 0.0476 0.084409 0.218 0.82238 0.931 1 1 22q loss 181 (31%) 396 0.65003 0.811 0.56607 0.756 0.19597 0.383 0.87451 0.965 9.9999e-06 0.000132 0.073919 0.198 0.91059 0.985 0.13684 0.3 0.20117 0.39 0.092429 0.232 xp loss 114 (20%) 463 0.00361 0.0175 0.01184 0.0478 0.04242 0.13 0.16327 0.336 9.9999e-06 0.000132 0.00019 0.00143 0.8744 0.965 0.54943 0.747 0.39436 0.615 0.83155 0.933 xq loss 106 (18%) 471 0.01839 0.0695 0.01512 0.059 0.11069 0.262 0.10677 0.257 9.9999e-06 0.000132 0.0056099 0.0251 0.90309 0.982 0.68057 0.828 0.41341 0.637 0.9616 1