Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p36.21 92 (16%) 485 0.58577 0.722 0.42897 0.598 0.40011 0.568 0.11444 0.238 9.9999e-06 8.55e-05 0.56867 0.707 0.02741 0.0794 0.094989 0.208 0.01171 0.0392 0.01996 0.0595 amp_1q32.1 160 (28%) 417 0.81986 0.892 0.061809 0.154 0.33146 0.499 0.14818 0.289 9.9999e-06 8.55e-05 0.30464 0.475 0.91407 0.957 0.66658 0.782 0.54694 0.696 0.089449 0.199 amp_1q44 99 (17%) 478 0.14444 0.283 0.62255 0.752 0.60809 0.739 0.30672 0.477 9.9999e-06 8.55e-05 0.60072 0.734 0.31698 0.486 0.082419 0.193 0.96117 0.986 0.55202 0.696 amp_2p24.3 49 (8%) 528 0.098209 0.211 0.01768 0.0543 0.43063 0.599 0.97856 0.995 0.00119 0.00567 0.01529 0.0487 0.43311 0.602 0.361 0.526 0.88362 0.936 0.62694 0.754 amp_3q26.33 111 (19%) 466 0.0079299 0.0285 0.21153 0.377 0.44377 0.609 0.055859 0.143 9.9999e-06 8.55e-05 0.068309 0.165 0.087069 0.199 0.66298 0.782 0.27836 0.45 0.69995 0.806 amp_4p16.3 48 (8%) 529 0.31264 0.484 0.72691 0.821 0.85954 0.922 0.083389 0.194 0.18349 0.338 0.55893 0.697 0.70611 0.809 0.47505 0.638 1 1 1 1 amp_4q12 108 (19%) 469 0.00060999 0.00316 0.0032 0.0131 0.53609 0.69 0.47058 0.635 4e-05 0.000273 0.01002 0.0349 0.47037 0.635 0.60031 0.734 0.1567 0.303 0.41905 0.588 amp_7p11.2 507 (88%) 70 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 3e-05 0.000217 5.9999e-05 0.000384 3e-05 0.000217 9.9999e-06 8.55e-05 amp_7q11.21 464 (80%) 113 3e-05 0.000217 9.9999e-06 8.55e-05 3e-05 0.000217 3e-05 0.000217 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0042 0.0167 0.00222 0.00973 0.00401 0.016 7.9999e-05 0.000494 amp_7q21.2 480 (83%) 97 3e-05 0.000217 9.9999e-06 8.55e-05 0.04948 0.129 8.9999e-05 0.000542 9.9999e-06 8.55e-05 5.9999e-05 0.000384 0.01803 0.0548 0.04476 0.12 0.062299 0.154 0.00272 0.0114 amp_7q31.2 473 (82%) 104 0.00174 0.00782 9.9999e-06 8.55e-05 0.01083 0.0368 0.0055499 0.0213 9.9999e-06 8.55e-05 0.0112 0.0377 0.11024 0.232 0.0258 0.0751 0.40912 0.577 0.01028 0.0356 amp_8q24.21 70 (12%) 507 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.02522 0.0737 0.28884 0.459 9.9999e-06 8.55e-05 7.9999e-05 0.000494 0.33265 0.499 0.28893 0.459 0.086669 0.199 0.26911 0.439 amp_11p13 31 (5%) 546 0.78699 0.874 0.34775 0.51 0.54967 0.696 0.24873 0.42 0.35263 0.515 0.90223 0.948 0.71432 0.814 0.3377 0.504 1 1 0.88747 0.938 amp_12p13.32 84 (15%) 493 0.66598 0.782 0.38325 0.552 0.34337 0.506 0.4354 0.604 6.9999e-05 0.00044 0.46836 0.635 0.39294 0.562 0.37052 0.536 0.3189 0.488 0.55157 0.696 amp_12q14.1 134 (23%) 443 0.066649 0.163 0.14818 0.289 0.098639 0.212 0.088259 0.199 9.9999e-06 8.55e-05 0.48414 0.644 0.092539 0.204 0.24971 0.42 0.0421 0.116 0.13831 0.276 amp_12q15 93 (16%) 484 0.72837 0.821 0.31621 0.486 0.70505 0.809 0.27723 0.45 9.9999e-06 8.55e-05 0.49329 0.647 0.29444 0.466 0.30168 0.474 0.31393 0.484 0.90027 0.948 amp_13q34 32 (6%) 545 0.2617 0.432 0.20113 0.363 0.02953 0.0845 0.48138 0.643 0.057479 0.146 0.23634 0.408 0.02029 0.0603 0.23531 0.407 0.48799 0.644 0.8008 0.879 amp_13q34 30 (5%) 547 0.13933 0.277 0.21006 0.376 0.2188 0.386 0.78444 0.873 0.062109 0.154 0.48784 0.644 0.053649 0.138 0.29905 0.471 0.36855 0.534 0.79146 0.875 amp_14q32.33 36 (6%) 541 0.18687 0.344 0.65679 0.782 0.089859 0.199 0.92051 0.96 0.25127 0.42 0.54286 0.694 0.02487 0.073 0.3385 0.504 0.03921 0.109 0.066599 0.163 amp_17p13.2 51 (9%) 526 0.00071999 0.00368 0.01342 0.0437 0.04844 0.128 0.11086 0.233 0.0024 0.0105 0.01238 0.0409 0.12604 0.258 0.51523 0.67 0.40433 0.573 0.5712 0.707 amp_17q25.1 84 (15%) 493 0.01391 0.0449 0.25645 0.425 0.28346 0.455 0.73014 0.822 3e-05 0.000217 0.16923 0.321 0.13707 0.275 0.19097 0.347 0.86401 0.925 0.69348 0.803 amp_19p13.3 244 (42%) 333 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0384 0.107 0.0016 0.00728 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0094799 0.0332 5e-05 0.000329 0.82028 0.892 0.97056 0.993 amp_19p13.2 249 (43%) 328 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.14897 0.29 0.00113 0.0055 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.01296 0.0426 8.9999e-05 0.000542 0.16297 0.311 0.80903 0.886 amp_19q12 216 (37%) 361 9.9999e-06 8.55e-05 2e-05 0.000156 0.28537 0.456 0.0050499 0.0196 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0094999 0.0332 0.00047 0.00251 0.062639 0.154 0.17332 0.326 amp_21q21.1 70 (12%) 507 0.0053899 0.0208 0.060729 0.152 0.01775 0.0543 0.0081599 0.0291 0.00011 0.00064 0.01806 0.0548 0.6679 0.783 0.083179 0.194 0.097299 0.211 0.4076 0.576 del_1p36.32 100 (17%) 477 0.9201 0.96 0.71344 0.814 0.58742 0.723 0.17209 0.325 0.5101 0.665 0.18229 0.338 0.59792 0.733 0.30567 0.476 0.25146 0.42 0.57878 0.715 del_1p36.23 136 (24%) 441 0.069299 0.167 0.18353 0.338 0.56988 0.707 0.552 0.696 0.00024 0.00133 0.55526 0.697 0.27941 0.451 0.2952 0.466 0.01576 0.0495 0.069479 0.167 del_1p32.3 61 (11%) 516 0.24228 0.416 0.36871 0.534 0.83188 0.9 0.15768 0.304 0.4904 0.645 0.84117 0.908 0.70396 0.809 0.47187 0.635 0.80098 0.879 0.10554 0.224 del_1p22.1 48 (8%) 529 0.97618 0.994 0.55349 0.696 0.81279 0.888 0.00474 0.0187 0.14163 0.279 0.089149 0.199 0.88667 0.938 0.72045 0.817 1 1 0.32322 0.491 del_1q42.11 51 (9%) 526 0.22164 0.39 0.82433 0.894 0.51643 0.67 0.28238 0.455 0.60801 0.739 0.5575 0.697 0.14133 0.279 0.01619 0.0504 0.68387 0.793 0.19098 0.347 del_1q44 35 (6%) 542 0.81311 0.888 0.47192 0.635 0.72888 0.821 0.24663 0.42 0.21732 0.385 1 1 0.66197 0.782 0.4417 0.608 0.53554 0.69 0.32207 0.491 del_2q22.1 47 (8%) 530 0.0056399 0.0213 0.02943 0.0845 0.38904 0.559 0.5515 0.696 9.9999e-06 8.55e-05 0.45022 0.614 0.48191 0.643 0.34085 0.505 0.1824 0.338 0.42855 0.598 del_2q37.1 55 (10%) 522 0.099499 0.213 0.0056799 0.0213 0.31299 0.484 0.8229 0.893 0.01923 0.0576 0.2222 0.39 0.7834 0.873 0.26915 0.439 0.18346 0.338 0.053679 0.138 del_3p21.1 53 (9%) 524 0.2398 0.413 0.13427 0.272 0.67723 0.791 0.48298 0.643 6.9999e-05 0.00044 0.04549 0.121 0.13629 0.275 0.91401 0.957 0.46083 0.626 0.10871 0.23 del_3q13.31 56 (10%) 521 0.57153 0.707 0.34201 0.506 0.60729 0.739 0.51064 0.665 5e-05 0.000329 0.02474 0.073 0.9736 0.993 0.20458 0.368 1 1 0.17869 0.335 del_3q22.1 58 (10%) 519 0.79063 0.875 0.62563 0.754 0.95692 0.983 1 1 0.00045 0.00242 0.085959 0.198 0.96214 0.986 0.31411 0.484 1 1 0.2145 0.381 del_3q29 65 (11%) 512 0.090129 0.199 0.18767 0.344 0.5389 0.691 0.87743 0.931 0.0456 0.121 0.32717 0.495 0.44903 0.613 0.060329 0.151 0.9538 0.981 0.79284 0.875 del_4p16.3 78 (14%) 499 0.04675 0.124 0.00481 0.0188 0.32197 0.491 0.2494 0.42 0.00204 0.00904 0.00011 0.00064 0.83311 0.9 0.45506 0.619 0.87131 0.93 0.94602 0.978 del_4q34.3 93 (16%) 484 0.0058599 0.0219 0.00034 0.00186 0.073709 0.175 0.097959 0.211 9.9999e-06 8.55e-05 0.0079499 0.0285 0.096649 0.21 0.91827 0.96 0.12352 0.253 0.13749 0.275 del_5q34 70 (12%) 507 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 4e-05 0.000273 0.0055999 0.0213 0.0073099 0.0268 9.9999e-06 8.55e-05 0.70021 0.806 0.69867 0.806 0.25471 0.424 0.13074 0.266 del_6q22.31 158 (27%) 419 0.63048 0.755 0.99023 1 0.29445 0.466 0.28608 0.456 9.9999e-06 8.55e-05 0.25174 0.42 0.34725 0.51 0.18864 0.344 0.79613 0.876 0.1114 0.233 del_6q26 179 (31%) 398 0.74378 0.836 0.75666 0.847 0.48279 0.643 0.54811 0.696 0.00114 0.00551 0.0166 0.0515 0.03438 0.0976 0.34333 0.506 0.75914 0.849 0.01874 0.0564 del_8p23.2 66 (11%) 511 0.37155 0.536 0.246 0.42 0.1801 0.336 0.27756 0.45 0.48798 0.644 0.3287 0.497 0.94381 0.977 0.90247 0.948 0.72128 0.817 0.43771 0.605 del_9p21.3 421 (73%) 156 2e-05 0.000156 9.9999e-06 8.55e-05 0.69437 0.803 0.03567 0.1 9.9999e-06 8.55e-05 0.1407 0.279 0.1368 0.275 0.01606 0.0502 0.02819 0.0814 0.0077199 0.0281 del_9q34.2 79 (14%) 498 0.21353 0.38 0.10525 0.224 0.5185 0.672 0.22967 0.401 0.39543 0.565 0.84414 0.909 0.22854 0.4 0.22274 0.39 0.44213 0.608 0.3025 0.474 del_10p15.3 470 (81%) 107 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0091299 0.0324 0.00298 0.0124 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.0055699 0.0213 0.00205 0.00904 0.01489 0.0476 0.00011 0.00064 del_10p13 471 (82%) 106 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.00244 0.0106 0.00116 0.00556 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.00014 0.000802 5e-05 0.000329 0.088259 0.199 0.00272 0.0114 del_10p11.23 476 (82%) 101 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 8.9999e-05 0.000542 2e-05 0.000156 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.00069999 0.0036 0.00371 0.0151 0.04454 0.12 0.00109 0.00534 del_10q23.31 514 (89%) 63 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.01234 0.0409 0.00305 0.0127 9.9999e-06 8.55e-05 0.00050999 0.00268 0.01084 0.0368 0.067939 0.165 0.36793 0.534 0.04178 0.115 del_10q26.3 515 (89%) 62 9.9999e-06 8.55e-05 5e-05 0.000329 0.04217 0.116 0.0013 0.00615 9.9999e-06 8.55e-05 2e-05 0.000156 0.11788 0.243 0.04359 0.119 0.2497 0.42 0.03494 0.0988 del_11p15.5 129 (22%) 448 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.16124 0.309 0.00146 0.00678 9.9999e-06 8.55e-05 2e-05 0.000156 0.16902 0.321 0.04545 0.121 0.00263 0.0112 0.0014 0.00658 del_11p11.2 105 (18%) 472 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.50653 0.664 0.01875 0.0564 9.9999e-06 8.55e-05 0.00251 0.0108 0.93343 0.97 0.65895 0.782 0.093029 0.204 0.089099 0.199 del_11q14.1 96 (17%) 481 9.9999e-06 8.55e-05 0.00049 0.0026 0.8777 0.931 0.13773 0.275 9.9999e-06 8.55e-05 0.33046 0.498 0.75392 0.846 0.6802 0.792 0.12132 0.25 0.16011 0.307 del_12p13.1 72 (12%) 505 0.04948 0.129 0.01366 0.0443 0.25194 0.42 0.23218 0.404 0.085849 0.198 0.15422 0.299 0.6794 0.792 0.55779 0.697 1 1 0.93017 0.968 del_12q12 77 (13%) 500 0.01325 0.0434 0.00075999 0.00385 0.26626 0.438 0.084479 0.196 0.00019 0.00108 0.064119 0.158 0.096099 0.209 0.26863 0.439 1 1 0.66368 0.782 del_12q15 79 (14%) 498 0.00028 0.00154 0.00182 0.00813 0.48541 0.644 0.42392 0.594 9.9999e-06 8.55e-05 0.24171 0.416 0.55281 0.696 0.71726 0.815 0.71321 0.814 0.39901 0.568 del_13q14.2 241 (42%) 336 9.9999e-06 8.55e-05 9.9999e-06 8.55e-05 0.35041 0.513 0.14377 0.283 9.9999e-06 8.55e-05 0.00090999 0.00455 0.85145 0.916 0.1155 0.24 0.080279 0.189 0.067719 0.165 del_13q22.1 230 (40%) 347 9.9999e-06 8.55e-05 0.00014 0.000802 0.50795 0.664 0.34002 0.505 9.9999e-06 8.55e-05 0.072259 0.172 0.60894 0.739 0.01443 0.0464 0.52192 0.675 0.2851 0.456 del_14q13.1 178 (31%) 399 4e-05 0.000273 0.00023 0.00129 0.61503 0.745 0.65936 0.782 9.9999e-06 8.55e-05 0.0437 0.119 0.62255 0.752 0.20471 0.368 0.4478 0.613 0.9419 0.976 del_14q24.2 173 (30%) 404 9.9999e-06 8.55e-05 4e-05 0.000273 0.059579 0.151 0.15788 0.304 9.9999e-06 8.55e-05 0.00382 0.0154 0.55364 0.696 0.060069 0.151 0.089039 0.199 0.94055 0.976 del_15q14 154 (27%) 423 4e-05 0.000273 9.9999e-06 8.55e-05 0.00143 0.00668 5.9999e-05 0.000384 9.9999e-06 8.55e-05 0.00482 0.0188 0.058179 0.148 0.050109 0.13 0.00089999 0.00453 0.01696 0.0524 del_16p12.2 92 (16%) 485 0.24436 0.418 0.23249 0.404 0.39604 0.565 0.86851 0.929 0.17336 0.326 0.069669 0.167 0.43758 0.605 0.11686 0.242 0.44493 0.61 0.33454 0.501 del_16q23.1 101 (18%) 476 0.01544 0.0489 0.48976 0.645 0.87421 0.931 0.53768 0.69 0.01198 0.0399 0.85632 0.92 0.055679 0.143 0.0062499 0.023 0.87666 0.931 0.78374 0.873 del_17p13.2 88 (15%) 489 0.00323 0.0132 0.02481 0.073 0.95079 0.98 0.94869 0.979 9.9999e-06 8.55e-05 0.076519 0.18 0.63032 0.755 0.40995 0.578 0.59089 0.726 0.81738 0.891 del_17p13.1 98 (17%) 479 0.00038 0.00206 0.00168 0.0076 0.62992 0.755 0.89569 0.945 9.9999e-06 8.55e-05 0.1093 0.231 0.64753 0.773 0.26074 0.432 0.64337 0.769 0.66378 0.782 del_17q11.2 72 (12%) 505 2e-05 0.000156 2e-05 0.000156 0.00259 0.0111 0.0109 0.0369 9.9999e-06 8.55e-05 0.00023 0.00129 0.0059999 0.0222 0.0092999 0.0329 0.53768 0.69 0.56554 0.704 del_18q22.3 82 (14%) 495 0.12772 0.261 0.087499 0.199 0.78951 0.875 0.39017 0.56 9.9999e-05 0.000597 0.18827 0.344 0.01064 0.0367 0.0079599 0.0285 0.19837 0.359 0.27271 0.444 del_19q13.41 99 (17%) 478 0.004 0.016 4e-05 0.000273 0.076279 0.18 0.04446 0.12 0.00104 0.00516 9.9999e-06 8.55e-05 0.053039 0.137 0.33646 0.503 0.03537 0.0997 0.095739 0.209 del_21q21.1 56 (10%) 521 0.01084 0.0368 0.00107 0.00528 0.01564 0.0494 0.20811 0.373 0.088829 0.199 0.00059999 0.00313 0.00311 0.0128 0.03229 0.0921 0.66107 0.782 1 1 del_22q13.32 212 (37%) 365 0.71522 0.814 0.97208 0.993 0.0393 0.109 0.41344 0.581 2e-05 0.000156 0.26441 0.436 0.79426 0.876 0.32668 0.495 0.04863 0.128 0.085279 0.197 del_xp22.2 118 (20%) 459 0.0059699 0.0222 0.00156 0.00715 0.11364 0.237 0.17121 0.324 9.9999e-06 8.55e-05 0.00149 0.00687 0.68333 0.793 0.24712 0.42 0.30465 0.475 0.67379 0.788