Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_2q11.2 107 (20%) 415 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.50813 0.585 0.54223 0.617 0.081619 0.137 9.9999e-06 4.87e-05 0.02471 0.0502 0.00076999 0.0025 0.00222 0.0064 0.078159 0.132 amp_2q31.2 112 (21%) 410 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.24005 0.329 0.31348 0.406 0.23558 0.327 9.9999e-06 4.87e-05 0.077769 0.132 0.0065799 0.0167 0.00064999 0.00216 0.0086199 0.0208 amp_3q26.33 380 (73%) 142 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.13124 0.202 0.30839 0.401 9.9999e-06 4.87e-05 0.00031 0.00107 0.00043 0.00147 0.59283 0.664 0.00025 0.000883 0.16229 0.242 amp_5p15.33 240 (46%) 282 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.85402 0.89 0.82914 0.871 0.04229 0.079 0.68075 0.742 0.49446 0.572 0.03367 0.065 0.48487 0.566 0.98422 0.988 amp_6p12.1 110 (21%) 412 9.9999e-06 4.87e-05 4e-05 0.000163 0.45924 0.544 0.9515 0.965 0.70162 0.761 0.03616 0.0694 0.42715 0.517 0.00242 0.00688 0.071769 0.124 0.17092 0.25 amp_6q12 96 (18%) 426 9.9999e-06 4.87e-05 0.00018 0.00066 0.27412 0.364 0.90062 0.924 0.69364 0.753 0.0059299 0.0152 0.30771 0.401 0.23897 0.329 0.16462 0.243 0.41591 0.508 amp_7p11.2 222 (43%) 300 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.9969 0.998 0.67192 0.735 0.02673 0.0539 9.9999e-06 4.87e-05 0.48716 0.566 9.9999e-06 4.87e-05 0.00153 0.00462 0.12363 0.193 amp_7q21.3 169 (32%) 353 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.33052 0.42 0.44043 0.528 0.20491 0.292 9.9999e-06 4.87e-05 0.0434 0.08 0.00018 0.00066 0.061729 0.109 0.87206 0.905 amp_8p11.23 161 (31%) 361 9.9999e-06 4.87e-05 0.0044 0.0116 0.81106 0.854 0.87431 0.905 0.093289 0.152 0.16979 0.249 0.00227 0.0065 0.01027 0.0243 0.2219 0.311 0.13091 0.202 amp_8q11.21 310 (59%) 212 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.097329 0.158 0.63085 0.701 0.00014 0.000528 9.9999e-06 4.87e-05 0.03297 0.0641 0.0052599 0.0137 0.00097999 0.00312 0.00243 0.00688 amp_8q24.21 386 (74%) 136 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.31619 0.409 0.44976 0.536 0.00182 0.00531 9.9999e-06 4.87e-05 0.067099 0.117 0.00104 0.00327 0.00021 0.000756 0.0081699 0.02 amp_9p24.1 126 (24%) 396 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.13646 0.208 0.24849 0.336 0.01531 0.0342 0.01513 0.0342 0.077319 0.132 0.00102 0.00322 0.00017 0.000629 0.04034 0.0763 amp_9p23 124 (24%) 398 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.38897 0.48 0.42345 0.514 0.01842 0.0397 0.02002 0.0426 0.075889 0.13 0.00245 0.00691 0.00133 0.00406 0.21212 0.299 amp_9p13.3 139 (27%) 383 9.9999e-06 4.87e-05 0.00242 0.00688 0.48674 0.566 0.12374 0.193 0.00187 0.00543 0.00126 0.00387 0.01378 0.0314 0.059779 0.107 0.04236 0.079 0.42026 0.512 amp_9q34.3 177 (34%) 345 9.9999e-06 4.87e-05 0.01533 0.0342 0.23932 0.329 0.0244 0.0498 0.77055 0.818 0.00489 0.0128 0.57598 0.647 0.084809 0.142 0.62617 0.697 0.31868 0.41 amp_11p13 102 (20%) 420 0.00289 0.00803 0.00082999 0.00266 0.46118 0.545 0.17801 0.258 0.90238 0.924 0.56534 0.638 0.75235 0.8 0.49072 0.569 0.0058299 0.015 0.14936 0.226 amp_11q13.3 229 (44%) 293 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.83418 0.873 0.72995 0.78 0.34535 0.433 0.03198 0.0625 0.7827 0.829 0.00449 0.0118 0.00149 0.00452 0.060729 0.108 amp_12p13.33 167 (32%) 355 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.0416 0.078 0.52135 0.596 0.0033 0.00895 0.00011 0.000426 0.00175 0.00516 0.089659 0.148 0.00166 0.00494 0.37952 0.47 amp_12q15 103 (20%) 419 3e-05 0.000128 0.00034 0.00116 0.064899 0.114 0.20503 0.292 0.089589 0.148 0.00154 0.00463 0.74313 0.793 0.32241 0.413 0.95865 0.97 0.36933 0.459 amp_13q22.1 105 (20%) 417 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.1486 0.225 0.15418 0.232 0.096599 0.157 0.077609 0.132 0.21251 0.299 0.16028 0.24 0.01517 0.0342 0.26639 0.354 amp_13q34 106 (20%) 416 9.9999e-06 4.87e-05 5.9999e-05 0.000241 0.2257 0.316 0.48663 0.566 0.016 0.0354 0.00416 0.011 0.096319 0.157 0.13226 0.202 0.01601 0.0354 0.12461 0.194 amp_15q26.3 105 (20%) 417 2e-05 8.95e-05 0.0071999 0.0181 0.45399 0.54 0.32872 0.419 0.42634 0.517 0.075639 0.13 0.16295 0.242 0.050669 0.0916 0.04779 0.0872 0.54196 0.617 amp_17q12 91 (17%) 431 9.9999e-06 4.87e-05 2e-05 8.95e-05 0.18778 0.27 0.72159 0.776 0.0061399 0.0157 2e-05 8.95e-05 0.00326 0.0089 5e-05 0.000203 0.0079699 0.0197 0.64812 0.716 amp_18p11.31 156 (30%) 366 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.52164 0.596 0.51701 0.594 0.097729 0.158 4e-05 0.000163 0.32806 0.419 0.00021 0.000756 9.9999e-06 4.87e-05 0.0301 0.0596 amp_18q11.2 106 (20%) 416 2e-05 8.95e-05 7.9999e-05 0.000313 0.51921 0.595 0.20521 0.292 0.42795 0.517 0.01285 0.0297 0.01274 0.0295 0.0291 0.058 0.01682 0.0371 0.20253 0.289 amp_19p13.2 60 (11%) 462 0.16366 0.242 9.9999e-06 4.87e-05 0.04033 0.0763 1 1 0.00074999 0.00245 0.01101 0.0259 0.02126 0.0448 0.23101 0.322 0.25277 0.34 0.18054 0.261 amp_20p12.2 191 (37%) 331 2e-05 8.95e-05 5.9999e-05 0.000241 0.87351 0.905 0.9319 0.948 0.074149 0.127 0.0043 0.0114 0.10965 0.174 0.02255 0.0473 0.66266 0.728 0.04321 0.08 amp_20q11.22 227 (43%) 295 9.9999e-06 4.87e-05 4e-05 0.000163 0.50229 0.58 0.83086 0.872 0.058219 0.104 0.02781 0.0559 0.29655 0.389 0.02386 0.0491 0.83388 0.873 0.072099 0.124 amp_xq28 150 (29%) 372 9.9999e-06 4.87e-05 3e-05 0.000128 0.64368 0.712 0.19827 0.284 0.25493 0.342 0.3174 0.409 0.25523 0.342 0.092879 0.152 0.25997 0.347 0.062039 0.109 del_1p36.21 95 (18%) 427 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.00086999 0.00278 0.0055999 0.0145 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.00158 0.00472 0.04126 0.0779 0.00109 0.0034 0.01162 0.0271 del_1p13.2 133 (25%) 389 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.02465 0.0502 0.0074399 0.0186 0.02331 0.0484 2e-05 8.95e-05 0.00182 0.00531 0.00011 0.000426 0.00069999 0.0023 0.18389 0.265 del_1q44 48 (9%) 474 0.00054999 0.00185 0.01714 0.0375 0.73072 0.78 0.90827 0.929 0.01324 0.0304 0.0096999 0.0232 0.00174 0.00515 0.04677 0.0855 0.01824 0.0395 0.44002 0.528 del_2q21.2 78 (15%) 444 0.91288 0.932 0.02036 0.0432 0.70299 0.761 0.21129 0.299 0.04344 0.08 0.00024 0.000852 0.00225 0.00646 0.25773 0.345 0.03925 0.0752 0.03554 0.0684 del_2q22.1 121 (23%) 401 0.01974 0.0421 2e-05 8.95e-05 0.34661 0.434 0.83523 0.873 0.23978 0.329 0.0089399 0.0215 0.16103 0.24 0.00116 0.00359 0.03047 0.0602 0.04023 0.0763 del_2q36.2 157 (30%) 365 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.090509 0.148 0.85648 0.891 0.01926 0.0412 0.066079 0.115 0.060679 0.108 0.02422 0.0496 0.29765 0.389 0.050319 0.0912 del_3p26.2 348 (67%) 174 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.52851 0.603 0.21159 0.299 0.00016 0.000595 9.9999e-06 4.87e-05 0.01815 0.0394 9.9999e-06 4.87e-05 2e-05 8.95e-05 0.0070799 0.0179 del_3p24.1 368 (70%) 154 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.41967 0.512 0.11515 0.182 0.00294 0.00811 9.9999e-06 4.87e-05 0.0025 0.00703 3e-05 0.000128 3e-05 0.000128 0.02975 0.059 del_3p14.2 372 (71%) 150 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.61034 0.683 0.17486 0.255 0.01569 0.0349 9.9999e-06 4.87e-05 0.088649 0.147 0.00034 0.00116 9.9999e-06 4.87e-05 0.31641 0.409 del_3p12.1 343 (66%) 179 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.82939 0.871 0.90156 0.924 0.02327 0.0484 9.9999e-06 4.87e-05 0.060519 0.108 0.00046 0.00156 9.9999e-06 4.87e-05 0.51855 0.595 del_4p15.2 208 (40%) 314 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.0111 0.0261 0.33449 0.424 7.9999e-05 0.000313 9.9999e-06 4.87e-05 0.0077699 0.0194 0.02892 0.058 0.00023 0.00082 0.01705 0.0375 del_4q21.3 156 (30%) 366 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.28672 0.377 0.04597 0.0843 0.0084699 0.0206 3e-05 0.000128 0.40172 0.493 0.03074 0.0605 0.1962 0.281 0.93701 0.952 del_4q22.1 169 (32%) 353 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.24362 0.331 0.075839 0.13 0.0082899 0.0202 0.00028 0.00098 0.26094 0.348 0.04003 0.0763 0.090049 0.148 0.3945 0.485 del_4q35.2 213 (41%) 309 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.84503 0.882 0.18695 0.269 0.02905 0.058 2e-04 0.00073 0.15134 0.228 0.0058099 0.015 0.12054 0.189 0.24157 0.329 del_5q12.1 215 (41%) 307 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.089619 0.148 0.35869 0.448 0.062139 0.109 9.9999e-06 4.87e-05 0.086699 0.144 4e-05 0.000163 0.00051999 0.00176 0.04795 0.0873 del_5q15 226 (43%) 296 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.14391 0.219 0.43025 0.519 0.098919 0.16 9.9999e-06 4.87e-05 0.10871 0.173 3e-05 0.000128 0.00016 0.000595 0.34136 0.43 del_5q35.3 199 (38%) 323 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.2418 0.329 0.72166 0.776 0.03123 0.0612 9.9999e-06 4.87e-05 0.23935 0.329 4e-05 0.000163 3e-04 0.00104 0.11564 0.183 del_6p25.3 96 (18%) 426 2e-05 8.95e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.04166 0.078 0.01012 0.0241 0.00294 0.00811 0.17174 0.251 0.17609 0.255 0.72714 0.78 0.22988 0.321 0.66317 0.728 del_7q31.1 77 (15%) 445 0.00219 0.00634 0.28338 0.373 0.56998 0.642 0.3801 0.47 0.42163 0.513 0.5516 0.626 0.72537 0.779 0.17567 0.255 0.47912 0.561 0.69276 0.753 del_7q36.1 132 (25%) 390 0.00027 0.000949 0.39356 0.485 0.04325 0.08 0.67668 0.739 0.88782 0.916 0.80724 0.851 0.79102 0.837 0.33136 0.42 0.99288 0.995 0.9786 0.986 del_8p23.2 304 (58%) 218 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.28125 0.371 0.32392 0.414 0.00106 0.00332 9.9999e-06 4.87e-05 0.01785 0.0389 0.00372 0.00991 9.9999e-06 4.87e-05 3e-05 0.000128 del_9p23 239 (46%) 283 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.28124 0.371 0.11229 0.178 0.97417 0.983 9.9999e-06 4.87e-05 0.40542 0.497 0.00014 0.000528 9.9999e-06 4.87e-05 0.30896 0.401 del_9p21.3 302 (58%) 220 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.67176 0.735 0.36429 0.455 0.2791 0.37 9.9999e-06 4.87e-05 0.4407 0.528 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.1402 0.213 del_9q21.11 108 (21%) 414 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.98274 0.988 0.23614 0.328 0.74805 0.797 0.02267 0.0474 0.79287 0.837 0.00072999 0.00239 0.00329 0.00895 0.9195 0.938 del_9q34.3 79 (15%) 443 7.9999e-05 0.000313 0.00082999 0.00266 0.61531 0.687 0.3688 0.459 0.77507 0.822 0.44448 0.531 0.49296 0.571 0.0094399 0.0226 0.00353 0.0095 0.9567 0.969 del_10p15.3 170 (33%) 352 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.47523 0.557 0.7095 0.765 0.20832 0.295 0.00306 0.00841 0.01465 0.0333 0.080529 0.136 3e-04 0.00104 0.34358 0.432 del_10p11.21 162 (31%) 360 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.44943 0.536 0.16901 0.248 0.23649 0.328 0.02577 0.0521 0.04255 0.0791 0.01523 0.0342 0.02354 0.0487 0.70794 0.765 del_10q23.31 138 (26%) 384 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.13376 0.204 0.97999 0.986 0.00059999 0.002 0.00284 0.00792 0.02276 0.0475 0.46249 0.546 0.00021 0.000756 0.03243 0.0632 del_11p15.5 163 (31%) 359 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.86833 0.902 0.28172 0.371 9.9999e-06 4.87e-05 0.0132 0.0304 9.9999e-06 4.87e-05 0.00326 0.0089 0.00013 0.000498 0.0078299 0.0194 del_11q23.1 246 (47%) 276 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.090169 0.148 0.16512 0.243 2e-05 8.95e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.0080199 0.0197 0.01347 0.0309 0.073439 0.127 0.24409 0.331 del_12q24.33 63 (12%) 459 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.61727 0.688 0.45727 0.543 0.65167 0.718 0.10385 0.167 0.48043 0.561 0.12051 0.189 0.12664 0.196 0.55579 0.629 del_13q12.11 233 (45%) 289 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.15856 0.238 0.2416 0.329 0.02538 0.0514 9.9999e-06 4.87e-05 0.47385 0.557 0.03124 0.0612 0.0098299 0.0234 0.88458 0.914 del_13q14.2 217 (42%) 305 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.10868 0.173 0.56974 0.642 9.9999e-06 4.87e-05 7.9999e-05 0.000313 0.00119 0.00367 0.21491 0.302 0.00156 0.00467 0.13123 0.202 del_14q11.2 75 (14%) 447 0.00023 0.00082 0.01495 0.0339 0.32177 0.413 0.89891 0.924 0.10355 0.166 0.14938 0.226 0.0072399 0.0182 0.03313 0.0643 0.00142 0.00432 0.12646 0.196 del_14q32.32 75 (14%) 447 0.01016 0.0241 9.9999e-06 4.87e-05 0.01809 0.0393 0.46878 0.552 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.00102 0.00322 0.02916 0.058 9.9999e-06 4.87e-05 0.00081999 0.00265 del_15q15.1 124 (24%) 398 9.9999e-06 4.87e-05 0.11775 0.186 0.66836 0.733 0.41178 0.504 0.053439 0.0964 0.062349 0.11 0.70444 0.762 0.63947 0.708 0.060039 0.107 0.63181 0.701 del_16q23.1 98 (19%) 424 2e-05 8.95e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.469 0.552 0.45763 0.543 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.0079999 0.0197 0.04035 0.0763 2e-05 8.95e-05 0.00116 0.00359 del_16q23.3 105 (20%) 417 4e-05 0.000163 9.9999e-06 4.87e-05 0.1629 0.242 0.23224 0.323 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.02246 0.0473 0.1649 0.243 4e-05 0.000163 0.00366 0.00982 del_17p11.2 99 (19%) 423 9.9999e-06 4.87e-05 0.0018 0.00529 0.8903 0.918 0.97254 0.983 0.2969 0.389 0.10059 0.162 0.47515 0.557 0.12724 0.197 0.02389 0.0491 0.92868 0.946 del_17q25.3 71 (14%) 451 0.24213 0.329 3e-05 0.000128 0.43407 0.523 0.69098 0.753 0.01882 0.0405 0.083239 0.14 0.0085599 0.0207 0.050279 0.0912 0.068349 0.119 0.00371 0.00991 del_18q21.2 268 (51%) 254 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.89983 0.924 0.37966 0.47 0.01158 0.0271 9.9999e-06 4.87e-05 0.03324 0.0643 9.9999e-06 4.87e-05 6.9999e-05 0.000279 0.081299 0.137 del_18q23 288 (55%) 234 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.25696 0.344 0.24791 0.335 0.0063499 0.0161 9.9999e-06 4.87e-05 0.062709 0.11 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.02114 0.0447 del_19p13.3 175 (34%) 347 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.30465 0.398 0.36936 0.459 0.01892 0.0406 0.00059999 0.002 0.11874 0.187 0.00012 0.000462 2e-05 8.95e-05 0.087909 0.146 del_19q13.43 97 (19%) 425 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.33027 0.42 0.59007 0.662 0.61279 0.685 4e-05 0.000163 0.43537 0.524 0.065909 0.115 0.23914 0.329 0.65021 0.717 del_21q22.3 208 (40%) 314 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.55234 0.626 0.72944 0.78 0.0081899 0.02 2e-05 8.95e-05 0.33602 0.424 4e-05 0.000163 0.00015 0.000563 0.13152 0.202 del_xp22.2 157 (30%) 365 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.31814 0.41 0.00265 0.00742 0.04547 0.0836 0.01716 0.0375 0.0053999 0.014 0.15707 0.236 0.0044 0.0116 0.33607 0.424 del_xp21.3 159 (30%) 363 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.55969 0.633 0.056849 0.102 0.50797 0.585 0.02385 0.0491 0.10762 0.172 0.085219 0.142 0.01361 0.0311 0.25225 0.34 del_xq21.33 80 (15%) 442 9.9999e-06 4.87e-05 9.9999e-06 4.87e-05 0.34204 0.43 0.12577 0.196 0.00065999 0.00218 0.00349 0.00943 0.00014 0.000528 0.01236 0.0288 0.04137 0.0779 0.17358 0.253