Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q24.1	62 (12%)	466	0.25973	0.321	0.78673	0.829	9.9999e-06	4.5e-05	0.14669	0.203	0.16602	0.223	0.13469	0.189	9.9999e-06	4.5e-05	0.00339	0.00787	3e-05	0.000112	0.0071399	0.0149	0.5837	0.649	0.9248	0.935
amp_1q32.1	62 (12%)	466	0.40803	0.478	0.90076	0.916	9.9999e-06	4.5e-05	0.04031	0.0675	0.064839	0.102	0.050349	0.0816	9.9999e-06	4.5e-05	0.00173	0.00432	9.9999e-06	4.5e-05	0.00063999	0.00181	0.27772	0.342	0.74871	0.805
amp_3q26.32	87 (16%)	441	0.057489	0.092	0.11931	0.172	9.9999e-06	4.5e-05	3e-05	0.000112	0.00324	0.00762	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00126	0.00334	0.00467	0.0106	0.1281	0.183
amp_4q32.1	16 (3%)	512	0.19012	0.248	0.77525	0.821	0.23787	0.302	0.70689	0.769	0.63153	0.693	0.21863	0.282	0.02011	0.0366	0.01269	0.0247	0.00154	0.0039	0.1018	0.15	0.23548	0.302	0.4953	0.564
amp_5q35.1	332 (63%)	196	0.063489	0.101	0.04836	0.0791	0.00035	0.00102	0.33507	0.403	0.03984	0.0671	0.0094499	0.0194	0.00105	0.00286	5e-05	0.000173	0.12926	0.184	0.40701	0.478	0.62003	0.684	0.74103	0.799
amp_7q36.3	176 (33%)	352	0.4524	0.524	0.86046	0.887	9.9999e-06	4.5e-05	0.0058099	0.0128	0.00049	0.0014	0.00312	0.00739	9.9999e-06	4.5e-05	0.0061499	0.0133	0.0067099	0.0142	0.01451	0.0278	0.14793	0.204	0.78734	0.829
amp_8q24.22	79 (15%)	449	0.22674	0.292	0.10473	0.154	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	2e-05	8e-05	0.02416	0.0435
amp_10p14	20 (4%)	508	0.19007	0.248	0.77523	0.821	3e-05	0.000112	0.17953	0.238	0.32789	0.397	0.20264	0.262	0.00221	0.00538	4e-05	0.000144	0.03211	0.0561	0.0349	0.0601	0.86279	0.887	0.36979	0.438
amp_xp22.2	31 (6%)	497	1	1	0.52209	0.589	0.0083599	0.0174	0.23636	0.302	0.00114	0.00304	0.01518	0.0286	0.055299	0.0893	0.00457	0.0104	0.03709	0.0633	0.34754	0.416	0.94321	0.951	0.87929	0.898
amp_xp11.4	33 (6%)	495	0.84499	0.877	0.80007	0.837	0.00207	0.0051	0.11602	0.168	0.00068999	0.00194	0.00211	0.00517	0.03015	0.0532	0.00029	0.000856	0.04867	0.0793	0.24574	0.308	0.7916	0.831	1	1
amp_xq11.2	29 (5%)	499	0.17201	0.229	0.16257	0.222	0.16401	0.222	0.25504	0.318	0.17133	0.229	0.02824	0.0506	0.19464	0.253	0.30908	0.378	0.14546	0.202	0.42395	0.496	0.39322	0.464	0.85309	0.883
amp_xq28	37 (7%)	491	0.48921	0.561	0.69963	0.763	0.16412	0.222	0.63583	0.696	0.1836	0.242	0.10692	0.156	0.079179	0.122	0.03415	0.0591	0.10519	0.154	0.32642	0.397	0.72976	0.791	0.48733	0.561
del_1p36.23	103 (20%)	425	0.00015	0.000466	0.00093999	0.00258	9.9999e-06	4.5e-05	0.078689	0.122	2e-05	8e-05	3e-05	0.000112	7.9999e-05	0.000264	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00437	0.01	0.02088	0.0378	0.31361	0.383
del_1p31.1	77 (15%)	451	0.00182	0.00452	0.0062399	0.0134	9.9999e-06	4.5e-05	0.094709	0.143	0.00024	0.000726	0.00144	0.0037	0.01472	0.028	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00267	0.00645	0.0051799	0.0117	0.6184	0.684
del_1q43	42 (8%)	486	0.01053	0.0213	0.01137	0.0227	5e-05	0.000173	0.3565	0.424	0.01977	0.0361	0.063969	0.101	0.0055999	0.0124	4e-05	0.000144	0.099829	0.148	0.01602	0.0299	0.293	0.36	0.82357	0.857
del_2q37.3	50 (9%)	478	0.00168	0.00423	0.00023	0.000702	0.76709	0.817	0.62146	0.684	0.24111	0.305	0.11432	0.166	8.9999e-05	0.000295	5.9999e-05	2e-04	0.01229	0.0244	0.067539	0.105	0.2531	0.316	0.13396	0.188
del_3p26.3	455 (86%)	73	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	3e-05	0.000112	0.0332	0.0577	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00011	0.000354	5e-05	0.000173	0.00287	0.00689	0.0097099	0.0199
del_3p22.2	465 (88%)	63	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	2e-05	8e-05	0.070699	0.11	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.0061599	0.0133	0.03046	0.0535
del_3p14.1	373 (71%)	155	0.00334	0.00781	0.01037	0.0211	9.9999e-06	4.5e-05	0.0061299	0.0133	0.091099	0.139	0.055569	0.0893	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.092729	0.14	0.0070199	0.0148	0.33507	0.403	0.8802	0.898
del_3p12.2	305 (58%)	223	0.03989	0.0671	0.065439	0.102	9.9999e-06	4.5e-05	0.01925	0.0354	0.34917	0.416	0.56154	0.626	0.00084999	0.00237	2e-05	8e-05	0.25814	0.32	0.04553	0.0752	0.52416	0.59	0.7367	0.796
del_3q11.2	161 (30%)	367	0.18566	0.244	0.16529	0.223	9.9999e-06	4.5e-05	0.04079	0.0677	0.8657	0.888	0.47132	0.544	0.51738	0.586	5.9999e-05	2e-04	0.53918	0.605	0.061459	0.0979	0.75167	0.805	0.75998	0.812
del_4q34.3	78 (15%)	450	0.23781	0.302	0.49282	0.563	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.03987	0.0671	0.0054699	0.0122	0.00014	0.000446	9.9999e-06	4.5e-05	0.15443	0.211	0.0085499	0.0177	0.18034	0.239	0.01684	0.0311
del_6q26	151 (29%)	377	0.01528	0.0286	0.098519	0.147	9.9999e-06	4.5e-05	0.01232	0.0244	4e-05	0.000144	2e-05	8e-05	0.00107	0.0029	0.00032	0.000937	9.9999e-06	4.5e-05	0.00015	0.000466	0.02931	0.0522	0.13284	0.188
del_6q26	151 (29%)	377	0.01494	0.0283	0.096939	0.145	9.9999e-06	4.5e-05	0.01259	0.0247	2e-05	8e-05	3e-05	0.000112	0.00029	0.000856	0.00021	0.000646	9.9999e-06	4.5e-05	0.00015	0.000466	0.02945	0.0522	0.13279	0.188
del_8p23.2	154 (29%)	374	0.50403	0.572	0.24487	0.308	9.9999e-06	4.5e-05	0.04055	0.0676	0.0054999	0.0122	0.01083	0.0218	0.00143	0.0037	5.9999e-05	2e-04	0.00111	0.00298	0.00093999	0.00258	0.13985	0.195	0.33904	0.407
del_9p23	152 (29%)	376	0.00363	0.00838	0.03612	0.0619	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00291	0.00694	0.12449	0.179
del_9p21.3	159 (30%)	369	0.00147	0.00375	0.0165	0.0306	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.00129	0.00339	0.01263	0.0247
del_10q23.31	96 (18%)	432	0.44023	0.511	0.54294	0.607	9.9999e-06	4.5e-05	0.00132	0.00344	0.9147	0.928	0.0066499	0.0142	0.04727	0.0777	0.00028	0.00084	0.01432	0.0276	2e-05	8e-05	0.80211	0.837	0.43631	0.508
del_13q14.2	82 (16%)	446	0.01403	0.0272	0.084459	0.129	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-05	0.000324	9.9999e-06	4.5e-05	5e-05	0.000173	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.095969	0.144	0.15108	0.208
del_14q31.1	228 (43%)	300	5.9999e-05	2e-04	4e-04	0.00115	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	4e-05	0.000144	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	9.9999e-06	4.5e-05	0.091999	0.14	0.95209	0.957