Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p33	7 (4%)	184	0.00051999	0.00309	0.00194	0.00647	0.12405	0.182	0.12995	0.188	0.0096999	0.022	0.04847	0.0844
amp_1q43	7 (4%)	184	0.00317	0.00928	0.00218	0.00688	0.37257	0.443	0.03618	0.0683	0.13815	0.195	0.01463	0.0313
amp_11q23.3	17 (9%)	174	9.9999e-06	0.000109	0.00236	0.00726	0.37045	0.443	0.20009	0.261	0.74532	0.799	0.18233	0.247
amp_13q31.3	7 (4%)	184	0.080159	0.123	0.00211	0.00684	0.066569	0.107	0.0366	0.0683	0.73318	0.793	0.056369	0.0961
amp_19p13.2	6 (3%)	185	0.00279	0.00837	0.25031	0.31	0.8573	0.902	0.6322	0.696	0.89396	0.933	1	1
amp_20q11.21	3 (2%)	188	0.0065399	0.0163	0.21357	0.273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
amp_21q22.2	14 (7%)	177	9.9999e-06	0.000109	0.00053999	0.00309	0.00325	0.00929	0.03698	0.0683	0.00176	0.00607	0.067479	0.107
del_3p13	8 (4%)	183	0.00064999	0.00325	0.04692	0.084	0.066049	0.107	0.23415	0.293	0.03666	0.0683	0.04851	0.0844
del_5q31.2	18 (9%)	173	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.0054999	0.0143	0.00060999	0.00318	0.00102	0.00437	0.00129	0.00516
del_7p12.1	16 (8%)	175	0.00025	0.00176	0.00034	0.00215	0.0017	0.00607	2e-05	2e-04	0.0059499	0.0152	0.0075999	0.0179
del_7q34	24 (13%)	167	9.9999e-06	0.000109	0.00011	0.000943	0.02281	0.0464	9.9999e-06	0.000109	0.00078999	0.00365	0.00060999	0.00318
del_7q34	24 (13%)	167	9.9999e-06	0.000109	0.00012	0.00096	0.02219	0.046	9.9999e-06	0.000109	0.00083999	0.00373	0.00071999	0.00346
del_9q21.32	5 (3%)	186	0.23334	0.293	0.46687	0.539	0.17787	0.245	0.60087	0.668	0.1838	0.247	0.10435	0.157
del_12p13.2	10 (5%)	181	4e-05	0.000369	0.00151	0.00566	0.19785	0.261	0.072969	0.114	0.067919	0.107	0.01005	0.0223
del_12q21.33	3 (2%)	188	0.00135	0.00523	0.70326	0.767	0.18511	0.247	0.58563	0.662	0.0084999	0.0196	0.0068199	0.0167
del_16q23.1	9 (5%)	182	0.00177	0.00607	0.02221	0.046	0.3318	0.406	0.49379	0.564	0.0437	0.0795	0.065119	0.107
del_17p13.2	15 (8%)	176	9.9999e-06	0.000109	0.00033	0.00215	0.01138	0.0248	0.00018	0.00135	0.086749	0.132	0.00124	0.00513
del_17q11.2	13 (7%)	178	9.9999e-06	0.000109	0.00493	0.0131	0.15654	0.218	0.0071699	0.0172	0.13799	0.195	0.0038	0.0106
del_18p11.21	9 (5%)	182	9.9999e-06	0.000109	0.00391	0.0107	0.37971	0.447	0.3347	0.406	0.21369	0.273	0.03226	0.0635
del_20q13.13	4 (2%)	187	0.02986	0.0597	0.056849	0.0961	0.78611	0.835	0.59022	0.662	0.12373	0.182	0.41382	0.482