Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Pancreatic Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
02 April 2015  |  analyses__2015_04_02
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doi:10.7908/C1N29W18
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2015): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1N29W18
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 188 genes and 14 clinical features across 136 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • MIPEP mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 188 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		NUMBER
PACK
YEARS
SMOKED 		YEAR
OF
TOBACCO
SMOKING
ONSET 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
MIPEP 3 (2%) 133 7.63e-05
(0.201) 		0.9
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 114 (84%) 22 0.205
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.0228
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 91 (67%) 45 0.073
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.413
(1.00) 		1
(1.00)
JMY 51 (38%) 85 0.557
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
(1.00)
RIOK1 50 (37%) 86 0.642
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00)
LCE2A 43 (32%) 93 0.304
(1.00) 		0.0718
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.553
(1.00)
C1QB 33 (24%) 103 0.288
(1.00) 		0.0972
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.0484
(1.00) 		0.57
(1.00)
CDKN2A 28 (21%) 108 0.303
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.543
(1.00) 		1
(1.00)
AEBP1 25 (18%) 111 0.592
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.88
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00)
RBM47 25 (18%) 111 0.979
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.0476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.502
(1.00)
ANKRD36 23 (17%) 113 0.848
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.0594
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00)
RFX1 23 (17%) 113 0.281
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.361
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TYRO3 13 (10%) 123 0.831
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD4 28 (21%) 108 0.752
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.0459
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.52
(1.00)
GPR6 12 (9%) 124 0.899
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.21
(1.00)
LZTS1 8 (6%) 128 0.209
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00)
NCOA3 13 (10%) 123 0.892
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.234
(1.00)
SIK3 12 (9%) 124 0.837
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.00455
(1.00) 		1
(1.00)
ZMIZ2 12 (9%) 124 0.529
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.678
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IRS4 14 (10%) 122 0.351
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.303
(1.00)
ESPN 5 (4%) 131 0.303
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.856
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATP2C1 8 (6%) 128 0.182
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00)
FNDC1 13 (10%) 123 0.222
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM91 6 (4%) 130 0.544
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		1
(1.00) 		0.974
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SHROOM4 11 (8%) 125 0.749
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.257
(1.00)
PABPC1 9 (7%) 127 0.249
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OGFOD1 4 (3%) 132 0.356
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.0253
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00)
DCP1B 7 (5%) 129 0.906
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.845
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.0465
(1.00) 		0.185
(1.00)
RBMX 5 (4%) 131 0.736
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF880 3 (2%) 133 0.0229
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UBAC1 5 (4%) 131 0.184
(1.00) 		0.945
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00)
CASQ2 7 (5%) 129 0.515
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF678 5 (4%) 131 0.0902
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RBM12 5 (4%) 131 0.369
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.594
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00)
VWA3A 5 (4%) 131 0.196
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00847
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF16 6 (4%) 130 0.754
(1.00) 		0.074
(1.00) 		1
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00)
PARP10 5 (4%) 131 0.965
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.018
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TGFBR2 8 (6%) 128 0.422
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.75
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HACL1 4 (3%) 132 0.761
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.984
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PRKRA 3 (2%) 133 0.621
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.065
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SORBS2 5 (4%) 131 0.568
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.593
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		1
(1.00)
CD86 6 (4%) 130 0.19
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00)
RNF32 4 (3%) 132 0.126
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SDCBP 6 (4%) 130 0.728
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00)
CDC27 7 (5%) 129 0.615
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.00118
(1.00) 		1
(1.00)
NLRP2 5 (4%) 131 0.156
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.963
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PLIN4 6 (4%) 130 0.423
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
CBX3 3 (2%) 133 0.158
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00)
SUZ12 4 (3%) 132 0.907
(1.00) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MTBP 3 (2%) 133 0.135
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00)
SYT14 4 (3%) 132 0.00742
(1.00) 		0.985
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF43 7 (5%) 129 0.036
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.16
(1.00)
AAK1 4 (3%) 132 0.0563
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.0841
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.372
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HSPE1 4 (3%) 132 0.932
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TMCC1 7 (5%) 129 0.499
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.284
(1.00) 		1
(1.00)
CFTR 7 (5%) 129 0.397
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.185
(1.00)
NAA20 3 (2%) 133 0.67
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00)
TRPC4 6 (4%) 130 0.428
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHRNA9 4 (3%) 132 0.179
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SP140 5 (4%) 131 0.223
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNA7 5 (4%) 131 0.602
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		1
(1.00)
AQP7 7 (5%) 129 0.456
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
SKA3 6 (4%) 130 0.272
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
DAAM1 6 (4%) 130 0.314
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.0329
(1.00) 		1
(1.00)
MSH2 4 (3%) 132 0.599
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NUP210L 5 (4%) 131 0.19
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPR98 8 (6%) 128 0.685
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.045
(1.00) 		1
(1.00)
CD2AP 3 (2%) 133 0.0416
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RREB1 9 (7%) 127 0.914
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		0.0732
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA0586 6 (4%) 130 0.0776
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GNAS 8 (6%) 128 0.176
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.00045
(0.592) 		0.522
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FAR1 4 (3%) 132 0.479
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2T4 4 (3%) 132 0.314
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.246
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPR50 5 (4%) 131 0.837
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAX1BP1 5 (4%) 131 0.735
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC33 3 (2%) 133 0.0425
(1.00) 		0.917
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00)
JAK2 4 (3%) 132 0.891
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL28A1 5 (4%) 131 0.641
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0751
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL20 3 (2%) 133 0.244
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WRN 4 (3%) 132 0.205
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
P2RY1 5 (4%) 131 0.535
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RBL2 4 (3%) 132 0.777
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BCLAF1 6 (4%) 130 0.259
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MORF4L1 3 (2%) 133 0.829
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SEPHS2 5 (4%) 131 0.473
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		0.0721
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HELZ 5 (4%) 131 0.171
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		1
(1.00)
DOCK8 4 (3%) 132 0.69
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.413
(1.00) 		1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KLK13 5 (4%) 131 0.757
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.00942
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OXR1 4 (3%) 132 0.211
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.0825
(1.00)
OR52D1 4 (3%) 132 0.372
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		1
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CSTF2T 3 (2%) 133 0.851
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AP3B1 4 (3%) 132 0.739
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OMA1 3 (2%) 133 0.0193
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IYD 6 (4%) 130 0.945
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.065
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00)
PRSS3 3 (2%) 133 0.439
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COBL 6 (4%) 130 0.735
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SORT1 5 (4%) 131 0.592
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0848
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00)
SSBP3 3 (2%) 133 0.00322
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPSM2 3 (2%) 133 0.196
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EEF2 5 (4%) 131 0.0566
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZACN 3 (2%) 133 0.749
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZMYM2 3 (2%) 133 0.0668
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GSN 4 (3%) 132 0.509
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TGFBR1 8 (6%) 128 0.365
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.78
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MLPH 3 (2%) 133 0.854
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UBXN4 3 (2%) 133 0.244
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNE1 4 (3%) 132 0.907
(1.00) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RTTN 5 (4%) 131 0.356
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FAM8A1 4 (3%) 132 0.256
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACTRT2 3 (2%) 133 0.539
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH7 7 (5%) 129 0.398
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR1N2 4 (3%) 132 0.712
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.109
(1.00)
BRD8 3 (2%) 133 0.543
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00)
SIGLEC14 3 (2%) 133 0.00241
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.615
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.658
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 7 (5%) 129 0.415
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.917
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
POM121 4 (3%) 132 0.0892
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LCP2 3 (2%) 133 0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
L1CAM 5 (4%) 131 0.328
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ABCG5 3 (2%) 133 0.0973
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0909
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRT2 5 (4%) 131 0.75
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF780A 5 (4%) 131 0.229
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DDX4 5 (4%) 131 0.766
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00)
BTN2A1 3 (2%) 133 0.257
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TDRD5 4 (3%) 132 0.133
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.224
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00)
OR2A14 3 (2%) 133 0.367
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00)
PBRM1 5 (4%) 131 0.938
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00)
SEPT2 3 (2%) 133 0.391
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00)
WDHD1 3 (2%) 133 0.0609
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD49 3 (2%) 133 0.0193
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PAPSS2 4 (3%) 132 0.965
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPRC6A 5 (4%) 131 0.188
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00)
PDXDC1 3 (2%) 133 0.912
(1.00) 		0.378
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TGM5 4 (3%) 132 0.449
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NUP54 3 (2%) 133 0.147
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.0667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NLRP6 3 (2%) 133 0.155
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.617
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DHX35 4 (3%) 132 0.952
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.154
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CEACAM4 3 (2%) 133 0.066
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.617
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MMP13 3 (2%) 133 0.0411
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SYCP2 5 (4%) 131 0.923
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.205
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LACTB 3 (2%) 133 0.693
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00)
TEKT4 6 (4%) 130 0.273
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0449
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.135
(1.00)
MC3R 4 (3%) 132 0.36
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CSRNP3 4 (3%) 132 0.626
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.984
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0825
(1.00)
PHF15 4 (3%) 132 0.385
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZBTB4 3 (2%) 133 0.366
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.0909
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RSPO1 3 (2%) 133 0.459
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
WWP2 5 (4%) 131 0.874
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0737
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.967
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00)
CPNE2 3 (2%) 133 0.166
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.184
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0825
(1.00)
WDR36 3 (2%) 133 0.525
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00)
CYTH4 3 (2%) 133 0.00491
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00)
BOC 4 (3%) 132 0.656
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C5ORF51 3 (2%) 133 0.893
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LILRB2 4 (3%) 132 0.462
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00)
FLVCR1 3 (2%) 133 0.454
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF483 4 (3%) 132 0.861
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NDUFV2 3 (2%) 133 0.0741
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.617
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.213
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PSMB4 4 (3%) 132 0.419
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1045 5 (4%) 131 0.38
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KLK15 5 (4%) 131 0.721
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.178
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF660 3 (2%) 133 0.67
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC87 3 (2%) 133 0.764
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KIF4B 4 (3%) 132 0.807
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ENPP7 5 (4%) 131 0.449
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00)
TNRC6C 6 (4%) 130 0.715
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.105
(1.00) 		1
(1.00)
NAA40 3 (2%) 133 0.874
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0922
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AKAP13 6 (4%) 130 0.191
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		1
(1.00)
ASH1L 6 (4%) 130 0.221
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATP2C2 4 (3%) 132 0.903
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.044
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD30A 8 (6%) 128 0.935
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MKI67 6 (4%) 130 0.169
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
FCGBP 12 (9%) 124 0.184
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SRFBP1 3 (2%) 133 0.0227
(1.00) 		0.807
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NFKBIZ 4 (3%) 132 0.561
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF10 5 (4%) 131 0.123
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF358 4 (3%) 132 0.346
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00)
HIST1H2BK 3 (2%) 133 0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0825
(1.00)
DDB1 5 (4%) 131 0.187
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.789
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BVES 4 (3%) 132 0.802
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC26A3 3 (2%) 133 0.217
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0555
(1.00)
CMYA5 7 (5%) 129 0.297
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHSY3 5 (4%) 131 0.953
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00)
AGAP6 7 (5%) 129 0.55
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NGF 4 (3%) 132 0.274
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SARS2 3 (2%) 133 0.218
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.0248
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADORA3 5 (4%) 131 0.639
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00)
ATP11B 4 (3%) 132 0.608
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.00743
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.259
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAG1 3 (2%) 133 0.859
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HK2 4 (3%) 132 0.806
(1.00) 		0.602
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.643
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'MIPEP MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 7.63e-05 (logrank test), Q value = 0.2

Table S1.  Gene #113: 'MIPEP MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 134 72 0.1 - 75.1 (13.7)
MIPEP MUTATED 3 3 3.6 - 11.0 (4.0)
MIPEP WILD-TYPE 131 69 0.1 - 75.1 (13.8)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #113: 'MIPEP MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline

  • Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/PAAD-TP/15182489/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/PAAD-TP/15087151/PAAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 136

  • Number of significantly mutated genes = 188

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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