Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 18 (10%) 166 0.4285 0.628 0.077999 0.216 0.03103 0.115 0.071089 0.201 0.75894 0.876 0.73632 0.863 1 1 0.93759 0.981 0.13438 0.309 0.89272 0.955 1q gain 50 (27%) 134 0.0079799 0.0455 5.9999e-05 0.00116 0.32822 0.526 0.27977 0.473 0.0121 0.0623 0.063879 0.188 0.0055099 0.036 0.03756 0.13 3e-04 0.00467 0.01174 0.061 2p gain 14 (8%) 170 0.02139 0.0907 0.00068999 0.00776 0.17533 0.364 0.096819 0.252 0.633 0.791 0.18831 0.382 0.44055 0.634 0.01561 0.0723 0.12754 0.302 0.099879 0.258 2q gain 16 (9%) 168 0.03615 0.128 0.00152 0.0136 0.17763 0.366 0.096739 0.252 0.46378 0.646 0.18133 0.373 0.51407 0.692 0.00476 0.0316 0.19679 0.394 0.04066 0.137 3p gain 10 (5%) 174 0.01231 0.0623 0.0080199 0.0455 0.26751 0.463 0.24488 0.446 0.53864 0.712 0.61436 0.775 0.83873 0.914 0.44543 0.637 0.52934 0.704 0.52759 0.704 3q gain 20 (11%) 164 0.00044 0.00588 3e-05 0.000675 0.20133 0.398 0.32216 0.519 0.26541 0.462 0.2789 0.473 0.77326 0.885 0.060709 0.186 0.17431 0.364 0.26367 0.462 4p gain 11 (6%) 173 0.01563 0.0723 0.57837 0.742 0.75374 0.876 0.30392 0.498 0.00138 0.0126 0.01006 0.0533 0.03517 0.126 0.02071 0.0888 0.77854 0.888 0.20795 0.408 4q gain 8 (4%) 176 0.00059999 0.00715 0.22334 0.42 0.75493 0.876 0.30198 0.496 0.02185 0.0916 0.03481 0.125 0.02273 0.0929 0.03903 0.134 0.51959 0.697 0.15076 0.332 5p gain 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.35971 0.558 0.67657 0.822 0.77633 0.887 0.6689 0.818 0.1584 0.34 0.24132 0.443 0.12555 0.299 0.0068299 0.0407 0.45461 0.638 5q gain 20 (11%) 164 9.9999e-06 0.000279 0.48597 0.664 0.83355 0.912 0.67179 0.818 0.32583 0.524 0.0098699 0.0526 0.1107 0.273 0.03464 0.125 0.1143 0.28 0.145 0.326 6p gain 7 (4%) 177 0.00053999 0.00673 0.52818 0.704 0.48535 0.664 0.23976 0.442 0.88785 0.953 1 1 0.90664 0.962 0.87488 0.94 0.060169 0.185 1 1 6q gain 5 (3%) 179 0.01599 0.0735 0.65443 0.809 NA NA NA NA 0.85297 0.922 1 1 1 1 1 1 0.03099 0.115 0.45116 0.637 7p gain 52 (28%) 132 9.9999e-06 0.000279 0.01607 0.0735 0.058269 0.18 0.37783 0.573 0.35217 0.551 0.26772 0.463 0.27939 0.473 0.04707 0.151 0.0059999 0.0383 0.16492 0.348 7q gain 48 (26%) 136 2e-05 0.000523 0.083789 0.228 0.16873 0.354 0.49101 0.666 0.75535 0.876 0.26147 0.462 0.66874 0.818 0.34159 0.538 0.02375 0.0943 0.44777 0.637 8p gain 26 (14%) 158 0.00357 0.0249 0.096089 0.252 0.82283 0.907 0.35304 0.551 0.75651 0.876 0.95823 0.994 0.22256 0.419 0.55519 0.727 0.01231 0.0623 0.66238 0.814 8q gain 48 (26%) 136 3e-05 0.000675 0.0082799 0.0463 0.71967 0.851 0.6231 0.781 0.29719 0.491 0.54638 0.718 0.39702 0.593 0.079439 0.218 0.00114 0.0106 0.067639 0.196 9p gain 8 (4%) 176 0.01088 0.0572 1 1 0.7911 0.892 0.21099 0.412 0.59329 0.754 0.63838 0.795 0.68149 0.824 0.78881 0.892 0.57816 0.742 0.44817 0.637 9q gain 12 (7%) 172 7.9999e-05 0.00147 0.6588 0.811 0.96157 0.996 0.83408 0.912 0.92695 0.975 0.61274 0.774 0.63003 0.789 0.26289 0.462 0.26401 0.462 0.28392 0.477 10p gain 10 (5%) 174 0.03599 0.128 0.2009 0.398 0.02688 0.103 0.02743 0.104 0.21383 0.415 0.81414 0.906 0.47267 0.654 0.90132 0.959 0.00078999 0.00831 1 1 10q gain 13 (7%) 171 0.02722 0.104 0.057089 0.178 0.058099 0.18 0.13311 0.308 0.14653 0.326 0.37799 0.573 0.29556 0.491 0.91268 0.966 0.00045 0.00588 1 1 11p gain 13 (7%) 171 0.00062999 0.00729 0.04512 0.146 0.14441 0.326 0.82131 0.907 0.75581 0.876 1 1 0.72852 0.855 0.79051 0.892 0.42783 0.628 0.75385 0.876 11q gain 15 (8%) 169 0.0058999 0.0379 0.01238 0.0623 0.064389 0.189 0.22451 0.421 0.93922 0.982 0.93652 0.981 0.50117 0.677 0.53245 0.707 0.28443 0.477 0.18177 0.373 12p gain 30 (16%) 154 9.9999e-06 0.000279 0.00090999 0.00945 0.14155 0.32 0.72713 0.855 0.67534 0.821 0.25672 0.459 0.10898 0.269 0.069779 0.199 0.00221 0.0179 0.45881 0.641 12q gain 22 (12%) 162 9.9999e-06 0.000279 0.01689 0.0756 0.065369 0.19 0.72102 0.851 0.58586 0.749 0.1133 0.278 0.20653 0.407 0.04195 0.14 0.00417 0.0281 0.15527 0.338 13q gain 29 (16%) 155 0.01673 0.0753 0.78664 0.891 0.46443 0.646 0.45253 0.637 0.21167 0.412 0.47355 0.655 0.21795 0.419 0.12564 0.299 0.43407 0.63 0.79279 0.893 14q gain 26 (14%) 158 9.9999e-06 0.000279 0.22182 0.419 0.82404 0.907 0.84445 0.918 0.27631 0.471 0.57448 0.742 0.17139 0.359 0.26545 0.462 0.10513 0.265 0.92448 0.974 15q gain 14 (8%) 170 0.088309 0.237 0.063249 0.188 0.18501 0.377 0.78424 0.891 0.34103 0.538 0.13096 0.306 0.24877 0.45 1 1 0.25264 0.454 0.86718 0.933 16p gain 22 (12%) 162 2e-05 0.000523 0.00073999 0.00799 0.02521 0.0977 0.090379 0.241 0.1547 0.338 0.058499 0.18 0.068599 0.197 0.01402 0.0672 0.00201 0.0166 0.02967 0.111 16q gain 23 (12%) 161 9.9999e-06 0.000279 0.00027 0.00446 0.37002 0.567 0.57656 0.742 0.10561 0.265 0.055089 0.172 0.01394 0.0672 0.00077999 0.00831 0.00252 0.0194 0.00323 0.0238 17p gain 9 (5%) 175 4e-05 0.000876 0.01879 0.082 0.45333 0.637 0.42302 0.626 0.00246 0.0192 0.00069999 0.00777 0.00103 0.0101 0.00254 0.0194 0.22188 0.419 0.0095599 0.0516 17q gain 17 (9%) 167 0.00045 0.00588 0.24761 0.45 0.98669 1 0.86372 0.93 0.19025 0.384 0.062369 0.187 0.097499 0.253 0.071769 0.202 0.12169 0.293 0.2438 0.446 18p gain 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.01882 0.082 0.16456 0.348 0.12799 0.302 0.02599 0.1 0.19824 0.395 0.14653 0.326 0.02273 0.0929 0.03412 0.124 0.10275 0.262 18q gain 12 (7%) 172 5.9999e-05 0.00116 0.68421 0.825 0.44256 0.636 0.24401 0.446 0.37821 0.573 0.48958 0.665 0.47947 0.659 0.12506 0.299 0.36085 0.559 0.086299 0.233 19p gain 17 (9%) 167 0.00066999 0.00764 0.69131 0.826 0.55324 0.725 0.10898 0.269 0.68139 0.824 0.6204 0.78 0.01279 0.0636 0.33521 0.532 0.38223 0.578 0.59771 0.759 19q gain 28 (15%) 156 0.00052999 0.00671 0.31624 0.511 0.58305 0.746 0.076859 0.213 0.89586 0.957 0.88945 0.953 0.068949 0.197 0.688 0.825 0.106 0.265 1 1 20p gain 34 (18%) 150 9.9999e-06 0.000279 0.01766 0.0782 0.13479 0.309 0.2212 0.419 0.22911 0.428 0.15598 0.338 0.22127 0.419 0.01653 0.0752 0.0062199 0.0385 0.25448 0.456 20q gain 45 (24%) 139 9.9999e-06 0.000279 0.03128 0.116 0.42494 0.627 0.15933 0.34 0.54319 0.717 0.17634 0.365 0.33254 0.531 0.02363 0.0943 4e-04 0.00559 0.20871 0.408 22q gain 8 (4%) 176 0.35231 0.551 0.062999 0.188 0.43845 0.633 0.64361 0.8 0.10784 0.268 0.079859 0.219 0.36584 0.563 0.065339 0.19 0.1461 0.326 0.26996 0.464 xp gain 8 (4%) 176 3e-05 0.000675 0.22157 0.419 0.29438 0.49 0.072119 0.202 0.12358 0.297 0.03437 0.125 0.04291 0.142 0.04053 0.137 0.7215 0.851 0.071149 0.201 xq gain 13 (7%) 171 3e-04 0.00467 0.69021 0.826 0.22245 0.419 0.71056 0.843 0.12656 0.301 0.0094399 0.0513 0.16167 0.344 0.03686 0.129 0.81191 0.905 0.086729 0.233 1p loss 36 (20%) 148 3e-05 0.000675 9.9999e-06 0.000279 0.00191 0.0161 0.00397 0.027 0.0096999 0.052 0.063679 0.188 0.16413 0.348 0.050529 0.161 0.02889 0.109 0.0237 0.0943 1q loss 8 (4%) 176 0.04127 0.138 0.41055 0.609 0.81179 0.905 0.23277 0.433 1 1 0.51108 0.689 0.75879 0.876 0.69728 0.831 0.10267 0.262 0.78266 0.89 2p loss 11 (6%) 173 0.0075999 0.044 0.57654 0.742 0.67916 0.824 0.81544 0.906 0.67025 0.818 0.19257 0.386 0.92006 0.972 0.76085 0.877 0.26584 0.462 0.84891 0.921 2q loss 5 (3%) 179 0.00055999 0.00687 0.75943 0.876 NA NA NA NA 0.4533 0.637 0.089459 0.239 0.45 0.637 0.29247 0.487 0.15938 0.34 0.36183 0.559 3p loss 36 (20%) 148 0.00163 0.0144 0.050369 0.161 0.45279 0.637 0.30504 0.499 0.65139 0.807 0.90589 0.962 0.20777 0.408 0.29989 0.494 0.10555 0.265 0.55611 0.727 3q loss 19 (10%) 165 0.03295 0.121 0.42464 0.627 0.0131 0.0643 0.068119 0.196 0.53335 0.707 0.67177 0.818 0.78585 0.891 1 1 0.0073299 0.0427 0.85385 0.922 4p loss 25 (14%) 159 0.04322 0.142 0.0066699 0.0403 0.3393 0.537 0.76656 0.881 0.10446 0.264 0.10188 0.261 0.57785 0.742 0.01259 0.0629 0.95744 0.994 0.00354 0.0249 4q loss 25 (14%) 159 0.24821 0.45 0.01925 0.0834 0.55305 0.725 0.27027 0.464 0.054889 0.172 0.18234 0.373 0.20108 0.398 0.00285 0.0216 0.70991 0.843 0.00096999 0.0098 5p loss 9 (5%) 175 0.00335 0.024 0.85478 0.922 0.8127 0.905 0.8532 0.922 0.91047 0.965 0.23929 0.442 0.84387 0.918 1 1 0.15896 0.34 0.80452 0.903 5q loss 13 (7%) 171 0.00375 0.0257 0.2612 0.462 0.40933 0.608 0.45144 0.637 0.93495 0.981 0.25064 0.451 0.62188 0.781 0.44799 0.637 0.13696 0.311 0.60398 0.765 6p loss 64 (35%) 120 3e-05 0.000675 0.00011 0.00194 0.15085 0.332 0.35749 0.557 0.13491 0.309 0.01424 0.0678 0.21953 0.419 0.00108 0.0103 0.00333 0.024 0.00012 0.00207 6q loss 83 (45%) 101 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 0.04292 0.142 0.37404 0.571 0.00038 0.0054 0.00038 0.0054 0.00112 0.0105 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 7p loss 3 (2%) 181 0.17494 0.364 0.61734 0.778 NA NA NA NA 0.79762 0.896 0.77273 0.885 0.42741 0.628 1 1 0.43258 0.63 0.31527 0.511 7q loss 4 (2%) 180 0.071189 0.201 0.2378 0.441 0.43349 0.63 0.71287 0.844 0.80667 0.904 1 1 0.53917 0.712 1 1 0.26119 0.462 0.56201 0.733 8p loss 41 (22%) 143 0.00102 0.0101 0.00346 0.0246 0.52336 0.701 0.33964 0.537 0.14555 0.326 0.0047 0.0315 0.01553 0.0723 0.01238 0.0623 0.0068599 0.0407 0.00231 0.0184 8q loss 16 (9%) 168 0.0183 0.0806 0.28013 0.473 0.39469 0.591 0.65521 0.809 0.79417 0.893 0.43721 0.633 0.3333 0.531 0.45177 0.637 0.051079 0.162 0.16854 0.354 9p loss 75 (41%) 109 9.9999e-06 0.000279 0.0060999 0.0383 0.02184 0.0916 0.31036 0.506 0.00332 0.024 0.03796 0.131 0.01725 0.0768 0.01338 0.0653 0.0080299 0.0455 0.0071799 0.0421 9q loss 43 (23%) 141 0.11577 0.282 0.54549 0.718 0.25747 0.459 0.43225 0.63 0.27227 0.466 0.4402 0.634 0.19912 0.396 0.26507 0.462 0.21751 0.419 0.3114 0.506 10p loss 36 (20%) 148 0.00031 0.00474 0.29724 0.491 0.57403 0.742 0.99596 1 0.1594 0.34 0.19208 0.386 0.37041 0.567 0.14774 0.328 0.062129 0.187 0.095539 0.252 10q loss 30 (16%) 154 7.9999e-05 0.00147 0.89804 0.958 0.75819 0.876 0.75631 0.876 0.18364 0.375 0.01667 0.0753 0.52957 0.704 0.33358 0.531 0.22786 0.426 0.099069 0.256 11p loss 17 (9%) 167 0.00153 0.0136 0.1305 0.306 0.47114 0.653 0.45671 0.64 0.94296 0.983 0.68474 0.825 0.47572 0.655 0.48248 0.662 0.47492 0.655 0.727 0.855 11q loss 16 (9%) 168 0.00059999 0.00715 0.65824 0.811 0.13346 0.308 0.04634 0.15 0.78252 0.89 0.81887 0.907 0.92888 0.976 0.57353 0.742 0.39869 0.595 0.82053 0.907 12p loss 20 (11%) 164 2e-04 0.00337 0.03708 0.129 0.00072999 0.00799 0.00097999 0.0098 0.061589 0.187 0.0082399 0.0463 0.084549 0.229 0.00097999 0.0098 0.34339 0.54 0.00166 0.0145 12q loss 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000279 0.061089 0.186 0.0068899 0.0407 0.083399 0.227 0.1556 0.338 0.00236 0.0186 0.1214 0.293 0.11972 0.291 0.24097 0.443 0.02437 0.0963 13q loss 20 (11%) 164 0.00046 0.00591 0.0089999 0.0493 0.82976 0.911 0.82303 0.907 0.00305 0.0229 0.15578 0.338 0.02293 0.0929 0.013 0.0642 0.00191 0.0161 0.063769 0.188 14q loss 16 (9%) 168 0.2368 0.44 0.02295 0.0929 0.19002 0.384 0.57068 0.742 0.49431 0.668 0.073879 0.206 0.37471 0.571 0.21881 0.419 0.76991 0.883 0.58317 0.746 15q loss 30 (16%) 154 5e-05 0.00101 0.0087899 0.0484 0.40091 0.597 0.35824 0.557 0.02111 0.09 0.00197 0.0165 0.079419 0.218 0.0061099 0.0383 0.10649 0.265 0.00372 0.0257 16p loss 11 (6%) 173 0.0084299 0.0468 0.57409 0.742 0.02322 0.0936 0.15093 0.332 0.67059 0.818 0.48863 0.665 0.63374 0.791 0.42581 0.627 0.27809 0.473 0.83624 0.913 16q loss 13 (7%) 171 0.02507 0.0976 0.9409 0.982 0.48455 0.664 0.92198 0.972 0.70808 0.842 0.12066 0.293 0.43093 0.63 0.24464 0.446 0.13183 0.307 0.28125 0.474 17p loss 80 (43%) 104 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 0.01138 0.0595 0.19092 0.385 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 5e-05 0.00101 9.9999e-06 0.000279 9.9999e-06 0.000279 17q loss 22 (12%) 162 0.00060999 0.00716 0.22123 0.419 0.04383 0.144 0.02497 0.0976 0.15663 0.338 0.38718 0.583 0.51757 0.695 0.31259 0.507 0.17687 0.365 0.31847 0.514 18p loss 55 (30%) 129 0.12962 0.304 0.26819 0.463 0.82194 0.907 0.95022 0.989 0.64489 0.8 0.6386 0.795 0.36457 0.562 0.90061 0.959 0.26975 0.464 0.27371 0.468 18q loss 106 (58%) 78 9.9999e-06 0.000279 0.00029 0.00467 0.03585 0.128 0.59207 0.754 0.0021 0.0172 0.0050499 0.0333 0.01503 0.0708 0.00311 0.0231 0.04689 0.151 5e-05 0.00101 19p loss 19 (10%) 165 0.00128 0.0118 0.02233 0.0928 0.29042 0.485 0.80918 0.905 0.062249 0.187 0.02472 0.0972 0.38858 0.583 0.0061399 0.0383 0.00033 0.00486 0.01944 0.0838 19q loss 12 (7%) 172 0.0065299 0.0398 0.13241 0.307 0.00232 0.0184 0.1558 0.338 0.03987 0.136 0.01447 0.0685 0.48907 0.665 0.052219 0.165 0.095979 0.252 0.074319 0.207 20p loss 20 (11%) 164 0.00033 0.00486 0.04506 0.146 0.68879 0.825 0.68612 0.825 0.0065099 0.0398 0.091909 0.244 0.03692 0.129 0.03949 0.135 0.00188 0.0161 0.0139 0.0672 20q loss 5 (3%) 179 0.2653 0.462 0.067329 0.195 NA NA NA NA 0.38387 0.579 0.84574 0.918 0.91984 0.972 0.82547 0.907 0.12853 0.303 0.60464 0.765 21q loss 58 (32%) 126 9.9999e-06 0.000279 0.02253 0.0929 0.3482 0.547 0.45858 0.641 0.02195 0.0916 0.093799 0.248 0.38898 0.583 0.03203 0.118 0.00044 0.00588 0.03622 0.128 22q loss 46 (25%) 138 9.9999e-06 0.000279 0.0055999 0.0363 0.76371 0.879 0.68713 0.825 0.22028 0.419 0.37522 0.571 0.30994 0.506 0.04073 0.137 0.00105 0.0101 0.02848 0.108 xp loss 27 (15%) 157 8.9999e-05 0.00162 0.13536 0.309 0.10444 0.264 0.30021 0.494 0.43755 0.633 0.28797 0.482 0.1362 0.31 0.95668 0.994 0.24959 0.45 0.69418 0.828 xq loss 18 (10%) 166 9.9999e-06 0.000279 0.04485 0.146 0.47067 0.653 0.10123 0.26 0.3673 0.565 0.32956 0.528 0.26592 0.462 0.83259 0.912 0.49267 0.667 0.58774 0.75