Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 13 (7%) 171 0.11293 0.211 0.2963 0.409 0.091889 0.182 0.19207 0.299 0.8642 0.903 0.26456 0.374 0.92934 0.949 0.91793 0.943 0.47063 0.573 0.42321 0.535 amp_1p12 27 (15%) 157 0.54546 0.643 0.19815 0.305 0.14673 0.252 0.01743 0.0503 0.26398 0.374 0.44351 0.553 0.47364 0.575 0.26248 0.373 0.45622 0.561 0.097789 0.191 amp_1q21.3 62 (34%) 122 0.00264 0.0125 9.9999e-06 0.000137 0.26598 0.374 0.16858 0.278 0.00117 0.00682 0.01063 0.034 0.0016 0.00867 0.01659 0.0488 0.00041 0.00287 0.00277 0.0128 amp_2q36.2 26 (14%) 158 8.9999e-05 0.000756 0.00096999 0.00588 0.16967 0.278 0.21067 0.322 0.058469 0.132 0.02097 0.0575 0.60712 0.694 0.00338 0.0149 0.16789 0.278 0.00296 0.0135 amp_3p12.2 12 (7%) 172 0.0085699 0.0297 0.01185 0.0371 0.42681 0.539 0.32861 0.44 1 1 0.92063 0.945 0.83726 0.89 1 1 1 1 0.71715 0.785 amp_3q26.2 32 (17%) 152 2e-05 0.000242 9.9999e-06 0.000137 0.13156 0.233 0.17199 0.279 0.04051 0.0997 0.053149 0.123 0.21797 0.328 0.01641 0.0485 0.0065299 0.0245 0.086499 0.176 amp_4p16.3 15 (8%) 169 0.04469 0.108 0.63044 0.711 0.50525 0.604 0.3799 0.493 0.03366 0.0848 0.01874 0.0529 0.13024 0.233 0.02655 0.0686 0.64664 0.727 0.13861 0.243 amp_6p21.31 12 (7%) 172 0.00209 0.0104 0.18203 0.29 0.89712 0.928 0.88748 0.92 0.29343 0.408 0.854 0.897 0.4786 0.578 0.71802 0.785 0.0090499 0.0308 0.14584 0.252 amp_7q22.1 56 (30%) 128 9.9999e-06 0.000137 0.0083899 0.0296 0.077119 0.162 0.96986 0.986 0.14119 0.245 0.3157 0.427 0.04325 0.106 0.03599 0.0896 0.0055299 0.0214 0.065029 0.141 amp_8p11.22 34 (18%) 150 0.01802 0.0514 0.48158 0.58 0.1711 0.279 0.14476 0.251 1 1 0.69783 0.773 0.80937 0.866 0.68697 0.763 0.04968 0.117 0.50558 0.604 amp_8p11.21 34 (18%) 150 0.0063499 0.024 0.26129 0.373 0.25536 0.368 0.19028 0.297 0.59411 0.684 0.6972 0.773 0.8592 0.901 0.21269 0.322 0.0206 0.0571 0.1715 0.279 amp_8q24.21 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.23722 0.348 0.18724 0.295 0.13109 0.233 0.060599 0.133 0.1152 0.214 0.056439 0.128 0.00297 0.0135 0.0068099 0.0249 amp_9p13.3 24 (13%) 160 0.00246 0.0118 0.71304 0.784 0.68499 0.762 0.13594 0.24 0.14637 0.252 0.39099 0.504 0.61809 0.704 0.079119 0.165 0.73953 0.803 0.58623 0.678 amp_12p13.33 39 (21%) 145 9.9999e-06 0.000137 3e-05 0.000326 0.34685 0.461 0.41052 0.524 0.77042 0.831 0.55286 0.646 0.12212 0.224 0.19643 0.303 0.00073999 0.00466 0.88577 0.919 amp_12p11.21 43 (23%) 141 9.9999e-06 0.000137 3e-05 0.000326 0.31334 0.425 0.82444 0.879 0.24412 0.357 0.31017 0.422 0.01914 0.0538 0.0072299 0.026 0.00373 0.0158 0.51402 0.613 amp_12q15 29 (16%) 155 9.9999e-06 0.000137 0.00188 0.00955 0.47084 0.573 0.6253 0.707 0.80692 0.865 0.32635 0.438 0.096469 0.189 0.076709 0.162 0.01407 0.043 0.40831 0.522 amp_15q26.1 22 (12%) 162 0.0103 0.0333 0.055619 0.127 0.087649 0.177 0.4525 0.558 0.21056 0.322 0.10917 0.206 0.44928 0.557 0.53614 0.635 0.362 0.475 0.30072 0.413 amp_17p11.2 15 (8%) 169 0.00204 0.0103 0.36815 0.481 0.43157 0.541 0.55279 0.646 0.18207 0.29 0.050499 0.118 0.04701 0.112 0.11296 0.211 0.88433 0.919 0.30806 0.42 amp_17q12 31 (17%) 153 7.9999e-05 0.00069 0.11621 0.215 0.73768 0.803 0.66851 0.747 0.12888 0.231 0.21232 0.322 0.079879 0.166 0.059369 0.132 0.2567 0.368 0.12532 0.226 amp_18q11.2 56 (30%) 128 9.9999e-06 0.000137 0.00022 0.00165 0.0067499 0.0249 0.01061 0.034 0.02429 0.064 0.074589 0.158 0.00265 0.0125 0.00045 0.00305 0.00363 0.0157 0.00015 0.00117 amp_19p13.2 18 (10%) 166 0.00173 0.00908 0.25665 0.368 0.83121 0.885 0.26994 0.379 0.90126 0.931 0.71057 0.784 0.0044 0.0177 0.11031 0.207 0.10449 0.199 0.2656 0.374 amp_19q13.2 47 (26%) 137 3e-05 0.000326 0.02528 0.0658 0.49054 0.589 0.45097 0.558 0.9508 0.968 0.87247 0.909 0.57343 0.667 0.22894 0.338 0.38639 0.5 0.57762 0.669 amp_20p11.23 38 (21%) 146 9.9999e-06 0.000137 0.0017 0.00905 0.1228 0.224 0.18547 0.294 0.72302 0.788 0.39404 0.507 0.38909 0.502 0.02492 0.0651 0.00095999 0.00587 0.16087 0.27 amp_xp22.11 11 (6%) 173 0.0147 0.0443 0.22784 0.338 0.36266 0.475 0.094389 0.186 0.10664 0.203 0.076299 0.161 0.03467 0.087 0.091559 0.182 0.84326 0.893 0.0083699 0.0296 amp_xq27.1 21 (11%) 163 9.9999e-06 0.000137 0.30787 0.42 0.34157 0.455 0.10256 0.196 0.75757 0.819 0.19491 0.302 0.21197 0.322 0.45197 0.558 0.86868 0.906 0.64945 0.729 del_1p36.32 52 (28%) 132 5e-05 0.000477 9.9999e-06 0.000137 0.41133 0.524 0.31499 0.427 0.0103 0.0333 0.15611 0.262 0.1738 0.281 0.065719 0.142 0.01471 0.0443 0.01756 0.0503 del_1p36.11 68 (37%) 116 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.13698 0.241 0.056909 0.129 0.00156 0.00862 0.01753 0.0503 0.1079 0.205 0.085799 0.175 0.0085899 0.0297 0.0053099 0.0208 del_2q14.3 9 (5%) 175 2e-05 0.000242 0.1163 0.215 NA NA NA NA 1 1 0.47864 0.578 0.48554 0.584 0.71795 0.785 0.096639 0.189 0.6052 0.693 del_3p21.31 51 (28%) 133 4e-05 0.000413 0.0045 0.0179 0.46438 0.567 0.42078 0.533 0.20859 0.321 0.7888 0.847 0.098339 0.191 0.04345 0.106 0.050169 0.118 0.21081 0.322 del_4p15.31 30 (16%) 154 0.01085 0.0343 0.00038 0.00272 0.35146 0.464 0.72159 0.788 0.03569 0.0892 0.0265 0.0686 0.45815 0.562 0.0095399 0.0318 0.51645 0.615 0.01017 0.0332 del_4q22.1 27 (15%) 157 0.12789 0.23 0.01081 0.0343 0.38308 0.497 0.12468 0.226 0.0051399 0.0202 0.087789 0.177 0.13217 0.234 0.00153 0.00853 0.22255 0.333 0.0060099 0.0228 del_4q34.3 35 (19%) 149 0.00442 0.0177 0.060579 0.133 0.21384 0.322 0.12093 0.222 0.18759 0.295 0.62337 0.706 0.71078 0.784 0.16853 0.278 0.61904 0.704 0.23028 0.339 del_5q14.2 35 (19%) 149 2e-05 0.000242 0.050419 0.118 0.073959 0.157 0.75076 0.814 0.19243 0.299 0.21994 0.33 0.10198 0.196 0.17776 0.285 0.078379 0.164 0.089059 0.178 del_6p25.2 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.000137 2e-05 0.000242 0.0084299 0.0296 0.43069 0.541 0.03208 0.0815 0.01238 0.0386 0.088449 0.177 0.00035 0.00253 0.00142 0.00799 0.00013 0.00105 del_6p22.2 70 (38%) 114 9.9999e-06 0.000137 7.9999e-05 0.00069 0.061079 0.134 0.54638 0.643 0.077189 0.162 0.02253 0.0604 0.22876 0.338 0.00084999 0.0053 0.00255 0.0122 0.00012 0.000982 del_6q25.3 91 (49%) 93 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.03617 0.0897 0.41524 0.527 0.00057999 0.00389 0.00484 0.0192 0.00427 0.0177 0.00027 0.002 9.9999e-06 0.000137 5e-05 0.000477 del_7q36.1 15 (8%) 169 0.00161 0.00867 0.16941 0.278 0.03924 0.0969 0.29639 0.409 0.21301 0.322 0.60508 0.693 0.90351 0.932 0.33896 0.452 0.056979 0.129 0.25246 0.366 del_8p23.2 58 (32%) 126 0.00015 0.00117 0.059709 0.132 0.35475 0.468 0.4436 0.553 0.35646 0.469 0.31861 0.429 0.17256 0.279 0.15471 0.261 0.02133 0.0578 0.066329 0.143 del_9p21.3 116 (63%) 68 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.04806 0.114 0.44892 0.557 9.9999e-06 0.000137 7.9999e-05 0.00069 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 del_9q22.33 47 (26%) 137 0.064059 0.139 0.25107 0.364 0.22663 0.338 0.43214 0.541 0.13764 0.242 0.42897 0.54 0.080969 0.167 0.10005 0.194 0.15402 0.261 0.11657 0.215 del_10p15.3 41 (22%) 143 0.00102 0.00606 0.23122 0.34 0.57633 0.669 0.99605 1 0.02768 0.0709 0.01295 0.0402 0.10838 0.205 0.02477 0.065 0.059169 0.132 0.0068599 0.025 del_10q23.33 35 (19%) 149 0.00043 0.00294 0.40534 0.519 0.34934 0.462 0.31659 0.427 0.44644 0.556 0.17769 0.285 0.75707 0.819 0.53811 0.636 0.62766 0.709 0.089659 0.179 del_11p15.4 29 (16%) 155 0.00073999 0.00466 0.81741 0.873 0.02305 0.0615 0.36864 0.481 0.92852 0.949 0.78365 0.842 0.46147 0.565 0.55162 0.646 0.16979 0.278 1 1 del_12p13.1 29 (16%) 155 4e-05 0.000413 0.00073999 0.00466 0.04498 0.108 0.01706 0.0498 0.0096799 0.0319 0.00139 0.00789 0.00404 0.017 5e-05 0.000477 0.02138 0.0578 0.00061999 0.00407 del_12q12 25 (14%) 159 9.9999e-06 0.000137 0.00012 0.000982 0.02787 0.0711 0.01606 0.0477 0.00438 0.0177 0.00098999 0.00594 0.00177 0.00914 0.02099 0.0575 0.00185 0.00948 0.00311 0.014 del_12q21.33 44 (24%) 140 9.9999e-06 0.000137 0.00127 0.00727 0.02368 0.0627 0.01738 0.0503 0.0071899 0.026 0.00177 0.00914 0.0053899 0.021 0.0056199 0.0216 0.00353 0.0153 0.00123 0.00711 del_12q24.33 43 (23%) 141 9.9999e-06 0.000137 0.00212 0.0104 0.01954 0.0547 0.0080299 0.0287 0.00113 0.00665 0.00372 0.0158 0.00369 0.0158 0.00058999 0.00391 0.0065999 0.0246 0.00014 0.00112 del_13q14.2 20 (11%) 164 0.00277 0.0128 0.10201 0.196 0.71174 0.784 0.86167 0.902 0.062259 0.136 0.26267 0.373 0.12273 0.224 0.061549 0.135 0.00225 0.0109 0.088009 0.177 del_14q11.2 20 (11%) 164 0.00353 0.0153 0.0089199 0.0306 0.9094 0.936 0.93451 0.953 0.10029 0.194 0.13128 0.233 0.24743 0.36 0.2471 0.36 0.26236 0.373 0.53409 0.634 del_15q15.1 36 (20%) 148 9.9999e-06 0.000137 0.0095999 0.0318 0.6229 0.706 0.92271 0.945 0.04607 0.11 0.00313 0.014 0.18405 0.292 0.03266 0.0826 0.1242 0.225 0.0058299 0.0223 del_16q23.1 19 (10%) 165 0.01465 0.0443 0.52668 0.626 0.29461 0.408 0.072259 0.154 0.55807 0.651 0.04694 0.112 0.29926 0.412 0.33366 0.446 0.15093 0.257 0.27451 0.384 del_17p12 89 (48%) 95 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.054529 0.125 0.22528 0.336 9.9999e-06 0.000137 5e-05 0.000477 9.9999e-06 0.000137 7.9999e-05 0.00069 9.9999e-06 0.000137 2e-05 0.000242 del_17q22 49 (27%) 135 9.9999e-06 0.000137 0.00171 0.00905 0.00207 0.0103 0.15494 0.261 0.0090999 0.0308 0.01355 0.0416 0.0084599 0.0296 0.02724 0.07 9.9999e-06 0.000137 0.054439 0.125 del_18p11.31 54 (29%) 130 0.34844 0.462 0.60045 0.69 0.67523 0.753 0.30275 0.415 0.61678 0.704 0.97487 0.989 0.18899 0.296 0.85408 0.897 0.59232 0.683 0.11163 0.209 del_18q21.2 126 (68%) 58 9.9999e-06 0.000137 9.9999e-06 0.000137 0.02336 0.0621 0.66009 0.739 3e-05 0.000326 5.9999e-05 0.000556 0.00016 0.00123 4e-05 0.000413 0.0099299 0.0326 9.9999e-06 0.000137 del_19p13.3 36 (20%) 148 9.9999e-06 0.000137 5.9999e-05 0.000556 0.40162 0.515 0.85197 0.897 0.084679 0.173 0.00158 0.00866 0.16845 0.278 0.0089399 0.0306 6.9999e-05 0.000639 0.00435 0.0177 del_19p13.2 28 (15%) 156 9.9999e-06 0.000137 3e-05 0.000326 0.14098 0.245 0.56185 0.654 0.0066499 0.0246 0.00337 0.0149 0.053229 0.123 0.00042 0.00291 2e-05 0.000242 0.00066999 0.00435 del_19q13.33 22 (12%) 162 0.00219 0.0107 0.14896 0.255 0.14038 0.245 0.84753 0.896 0.19523 0.302 0.22874 0.338 0.18669 0.295 0.082769 0.17 0.25375 0.367 0.071229 0.153 del_21q11.2 62 (34%) 122 9.9999e-06 0.000137 0.01139 0.0359 0.1627 0.272 0.65603 0.735 0.0093099 0.0314 0.058739 0.132 0.37474 0.488 0.02107 0.0575 0.00033 0.00242 0.01834 0.052 del_22q13.31 60 (33%) 124 9.9999e-06 0.000137 5e-05 0.000477 0.25845 0.37 0.83867 0.89 0.01354 0.0416 0.080569 0.166 0.04152 0.102 0.01696 0.0497 8.9999e-05 0.000756 0.00095999 0.00587 del_22q13.32 62 (34%) 122 9.9999e-06 0.000137 2e-04 0.00152 0.54882 0.645 0.85385 0.897 0.15103 0.257 0.17672 0.285 0.15284 0.26 0.28535 0.398 0.00041 0.00287 0.04458 0.108 del_xp21.1 29 (16%) 155 3e-05 0.000326 0.096819 0.189 0.18255 0.29 0.29472 0.408 0.28365 0.396 0.45695 0.561 0.055109 0.126 0.78234 0.842 0.01508 0.045 0.47705 0.578 del_xq11.2 23 (12%) 161 9.9999e-06 0.000137 0.00291 0.0134 0.16979 0.278 0.02068 0.0571 0.0095099 0.0318 0.02004 0.0559 0.0044 0.0177 0.02225 0.0599 0.00424 0.0177 0.01501 0.045