Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.3	30 (19%)	132	0.0047	0.0313	0.60713	0.751	0.97908	1	0.79492	0.894	0.63839	0.767	0.94172	0.977	0.90449	0.956	0.44493	0.621	0.68995	0.819	0.82229	0.914
amp_4q25	6 (4%)	156	0.88172	0.946	0.75929	0.871	1	1	0.45104	0.621	0.13008	0.276	0.38478	0.561	0.76371	0.873	0.62373	0.756	0.29219	0.467	0.50259	0.667
amp_4q31.1	13 (8%)	149	0.0056899	0.0371	0.068319	0.179	0.56811	0.73	0.064079	0.176	0.61383	0.751	0.0080599	0.0432	0.40828	0.586	0.22791	0.401	0.11033	0.245	0.32235	0.497
amp_11p15.2	8 (5%)	154	0.093659	0.213	0.079119	0.193	0.57217	0.732	0.22271	0.395	0.33154	0.502	0.10286	0.231	0.41097	0.587	0.39588	0.571	0.45704	0.621	0.81095	0.905
amp_12q13.3	16 (10%)	146	0.04416	0.134	0.13764	0.283	0.77724	0.885	0.32215	0.497	0.6131	0.751	0.62287	0.756	0.04809	0.143	0.27277	0.447	0.13069	0.276	0.32322	0.497
amp_14q24.3	10 (6%)	152	0.02902	0.0956	0.19759	0.364	0.84956	0.932	0.16307	0.318	0.8519	0.932	0.17685	0.335	0.45714	0.621	0.71419	0.837	0.4384	0.617	0.85889	0.932
amp_17q21.31	16 (10%)	146	0.6309	0.761	0.88784	0.948	0.59594	0.745	0.35109	0.52	0.52972	0.692	0.00046	0.00477	0.75484	0.87	0.14532	0.295	0.067179	0.179	0.45606	0.621
del_1p12	113 (70%)	49	9.9999e-06	0.000215	2e-05	0.00035	0.03302	0.104	0.00131	0.0108	2e-05	0.00035	4e-05	0.000589	0.00046	0.00477	0.01675	0.07	0.0076299	0.0427	0.01501	0.0665
del_1q42.13	18 (11%)	144	0.02183	0.0804	0.13618	0.282	0.27605	0.447	0.059679	0.167	0.02436	0.0872	0.17847	0.335	0.32955	0.501	0.53153	0.692	0.072189	0.184	0.24535	0.416
del_3p24.1	64 (40%)	98	0.00151	0.0121	0.0076299	0.0427	0.03383	0.104	0.086249	0.203	4e-05	0.000589	3e-05	0.000494	9.9999e-06	0.000215	0.00032	0.0039	9.9999e-06	0.000215	9.9999e-06	0.000215
del_3q26.1	93 (57%)	69	2e-05	0.00035	0.51592	0.681	0.02159	0.0804	0.01414	0.0639	0.02451	0.0872	9.9999e-06	0.000215	0.01831	0.0743	0.0094099	0.0488	0.01141	0.0532	0.01052	0.0523
del_4q28.3	10 (6%)	152	0.073409	0.185	0.24088	0.415	0.50127	0.667	0.16303	0.318	0.01901	0.076	0.33867	0.508	0.45551	0.621	0.71324	0.837	0.32825	0.501	0.3229	0.497
del_5q15	12 (7%)	150	0.59478	0.745	1	1	0.16481	0.318	0.80517	0.902	0.97446	1	1	1	0.92904	0.967	0.18772	0.348	0.24199	0.415	0.29582	0.471
del_6p12.3	10 (6%)	152	0.01084	0.0523	0.26904	0.447	NA	NA	NA	NA	0.02065	0.0803	0.086379	0.203	0.19919	0.365	0.16208	0.318	0.92749	0.967	0.051999	0.153
del_6q16.1	24 (15%)	138	0.13526	0.282	0.074449	0.186	0.053569	0.156	0.21845	0.39	0.02649	0.0913	0.0070199	0.0409	0.0153	0.0665	0.0061999	0.0377	0.082629	0.198	0.093709	0.213
del_8p22	25 (15%)	137	0.00159	0.0124	0.082459	0.198	0.2583	0.433	0.64598	0.773	0.0066799	0.0398	0.0081799	0.0432	0.20729	0.377	0.2378	0.415	0.02705	0.0913	0.24078	0.415
del_8q23.3	13 (8%)	149	0.03267	0.104	0.86636	0.937	0.14939	0.301	1	1	0.27386	0.447	0.52286	0.687	0.071119	0.183	0.46621	0.631	0.92845	0.967	0.3018	0.475
del_9p24.2	15 (9%)	147	0.29144	0.467	0.33942	0.508	0.27639	0.447	0.16437	0.318	0.091109	0.212	0.17314	0.33	0.48079	0.647	0.076239	0.189	0.48438	0.649	0.30206	0.475
del_9q21.12	14 (9%)	148	0.01076	0.0523	0.54562	0.707	0.15351	0.307	0.059339	0.167	0.37331	0.547	0.38974	0.565	0.72222	0.839	0.11363	0.247	0.58145	0.74	0.34535	0.514
del_11p15.4	58 (36%)	104	9.9999e-06	0.000215	9.9999e-06	0.000215	0.00167	0.0126	0.11197	0.247	0.00044	0.00477	9.9999e-06	0.000215	7.9999e-05	0.00112	9.9999e-06	0.000215	9.9999e-06	0.000215	0.00031	0.0039
del_11q22.1	48 (30%)	114	9.9999e-06	0.000215	0.20988	0.377	0.01348	0.0619	0.061369	0.17	0.00075999	0.00665	0.0097699	0.0497	0.00333	0.0239	0.00074999	0.00665	0.00034	0.00397	0.03232	0.104
del_12q21.33	8 (5%)	154	0.059449	0.167	0.89245	0.948	0.66825	0.796	0.60841	0.751	0.91442	0.963	0.87509	0.942	0.59341	0.745	0.69705	0.824	0.83496	0.92	1	1
del_13q22.3	8 (5%)	154	0.24727	0.417	0.89354	0.948	0.12757	0.275	0.78624	0.89	0.27132	0.447	0.42868	0.609	1	1	0.61302	0.751	0.71953	0.839	0.85715	0.932
del_16q21	5 (3%)	157	0.065049	0.177	0.11359	0.247	0.74628	0.863	0.78803	0.89	0.5531	0.714	0.02792	0.0931	0.20945	0.377	0.59248	0.745	0.091549	0.212	0.82958	0.918
del_17p13.2	64 (40%)	98	0.00014	0.00187	0.00048	0.0048	0.45026	0.621	0.065909	0.177	0.01543	0.0665	0.0061899	0.0377	0.02707	0.0913	0.0077799	0.0427	0.16985	0.326	0.01752	0.0721
del_17q11.2	42 (26%)	120	9.9999e-06	0.000215	0.00344	0.0241	0.067789	0.179	0.13132	0.276	0.02461	0.0872	0.00284	0.0209	0.103	0.231	0.070539	0.183	0.36873	0.543	0.13967	0.285
del_22q13.31	65 (40%)	97	9.9999e-06	0.000215	0.02107	0.0803	0.43215	0.611	0.057949	0.167	0.01943	0.0766	0.00055999	0.00541	0.0114	0.0532	0.02663	0.0913	0.01646	0.0698	0.02122	0.0803
del_xp21.1	46 (28%)	116	0.00083999	0.00713	0.0060499	0.0377	0.077019	0.189	0.24297	0.415	0.03393	0.104	0.00388	0.0265	0.00068999	0.00644	0.04522	0.136	0.18316	0.342	0.03273	0.104