Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 16 (3%) 476 2e-05 0.000194 0.20325 0.265 0.01067 0.0309 0.00061999 0.00342 0.30861 0.377 0.04129 0.0828 0.8475 0.872 0.17694 0.239 1q gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000119 0.14155 0.203 0.00014 0.000985 0.00055999 0.00314 0.097549 0.157 0.03243 0.0708 0.50349 0.566 0.19435 0.257 2p gain 10 (2%) 482 0.00094999 0.00486 0.075509 0.131 0.0070599 0.022 0.14262 0.204 0.11361 0.169 0.03589 0.0761 0.16764 0.23 0.18794 0.249 2q gain 7 (1%) 485 0.00103 0.00515 0.46547 0.534 0.10067 0.158 0.55263 0.608 0.5081 0.567 0.062289 0.113 0.1773 0.239 0.15893 0.219 3p gain 40 (8%) 452 9.9999e-06 0.000119 0.01028 0.0305 0.00472 0.0162 0.00036 0.00222 0.02105 0.0514 0.0053099 0.0176 0.00361 0.0134 0.00027 0.00175 3q gain 54 (11%) 438 9.9999e-06 0.000119 0.0075999 0.0234 0.00123 0.00592 0.00129 0.00607 0.00433 0.0151 0.00377 0.0138 0.01466 0.039 2e-05 0.000194 4p gain 9 (2%) 483 0.02688 0.0627 0.84545 0.871 0.48851 0.553 0.76768 0.799 0.91496 0.929 0.41506 0.483 0.60456 0.65 0.57193 0.623 4q gain 10 (2%) 482 0.072919 0.128 0.48606 0.553 1 1 0.55465 0.608 0.85377 0.877 0.177 0.239 0.15401 0.218 0.069559 0.123 5p gain 23 (5%) 469 9.9999e-06 0.000119 0.058849 0.109 0.0092599 0.0278 0.061249 0.112 0.0014 0.00654 0.00163 0.0073 0.00193 0.00823 0.00395 0.0142 5q gain 12 (2%) 480 2e-05 0.000194 0.17339 0.236 0.0363 0.0762 0.22982 0.293 0.37269 0.439 0.15777 0.219 0.12384 0.182 0.3254 0.391 6p gain 10 (2%) 482 0.00158 0.00717 0.15709 0.219 0.13912 0.2 0.2678 0.333 0.67228 0.708 0.10627 0.162 0.01698 0.0436 0.074599 0.13 6q gain 6 (1%) 486 0.02057 0.0509 0.79135 0.82 0.10306 0.159 0.57917 0.628 0.19608 0.258 0.03909 0.0792 0.27046 0.335 0.56428 0.616 7p gain 102 (21%) 390 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 2e-05 0.000194 0.01862 0.0476 9.9999e-06 0.000119 3e-04 0.00192 0.0017 0.0075 7q gain 95 (19%) 397 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 6.9999e-05 0.00056 0.02435 0.0579 4e-05 0.000351 4e-04 0.00242 0.0052399 0.0175 8p gain 71 (14%) 421 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 6.9999e-05 0.00056 0.00046 0.00268 0.12536 0.184 0.0051199 0.0172 0.00196 0.00831 0.00231 0.00948 8q gain 124 (25%) 368 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 3e-05 0.000274 3e-05 0.000274 0.00046 0.00268 9.9999e-06 0.000119 2e-05 0.000194 2e-05 0.000194 9p gain 34 (7%) 458 9.9999e-06 0.000119 0.10023 0.158 0.078539 0.135 0.095519 0.156 0.48562 0.553 0.11113 0.167 0.01664 0.0429 0.17876 0.241 9q gain 50 (10%) 442 9.9999e-06 0.000119 0.11708 0.173 0.01482 0.0392 0.19583 0.258 0.35797 0.424 0.01059 0.0308 0.0070699 0.022 0.01359 0.0375 10p gain 15 (3%) 477 7.9999e-05 0.000617 0.03481 0.0751 0.10307 0.159 0.03338 0.0727 0.57526 0.625 0.01352 0.0375 0.17253 0.236 0.00081999 0.00434 10q gain 14 (3%) 478 0.00021 0.00141 0.058059 0.108 0.13129 0.191 0.03157 0.0696 0.58813 0.636 0.088259 0.146 0.2701 0.335 0.00192 0.00823 11p gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000119 0.053699 0.103 0.092309 0.152 0.01425 0.0386 0.59844 0.646 0.053859 0.103 0.03558 0.0761 0.17705 0.239 11q gain 29 (6%) 463 9.9999e-06 0.000119 0.072709 0.127 0.03086 0.0688 0.03808 0.0787 0.68937 0.723 0.050169 0.0967 0.083999 0.143 0.12305 0.181 12p gain 14 (3%) 478 3e-05 0.000274 0.18273 0.245 0.087549 0.146 0.11513 0.171 0.36075 0.427 0.00093999 0.00485 0.02331 0.0557 0.20616 0.269 12q gain 17 (3%) 475 0.00039 0.00238 0.082759 0.141 0.19792 0.26 0.11204 0.168 0.78388 0.813 0.02026 0.0506 0.01541 0.0405 0.096369 0.156 13q gain 8 (2%) 484 0.01445 0.0389 0.13676 0.198 0.60609 0.651 0.66195 0.701 0.82146 0.848 0.56284 0.616 0.74073 0.772 0.86541 0.886 14q gain 10 (2%) 482 2e-05 0.000194 0.15914 0.219 0.085609 0.144 0.22583 0.289 0.11324 0.169 0.25616 0.323 0.48901 0.553 0.46563 0.534 15q gain 6 (1%) 486 0.0201 0.0504 1 1 0.87732 0.897 0.66497 0.702 0.7769 0.807 0.18198 0.244 0.70587 0.739 0.3212 0.389 16p gain 31 (6%) 461 9.9999e-06 0.000119 0.26373 0.331 0.069699 0.123 0.31763 0.386 0.1554 0.218 0.00398 0.0142 0.02627 0.0618 0.01244 0.0349 16q gain 8 (2%) 484 0.084919 0.143 0.50027 0.564 0.60361 0.65 0.90372 0.922 0.10231 0.159 0.01245 0.0349 0.64733 0.687 0.54313 0.6 17p gain 8 (2%) 484 0.01455 0.039 0.91171 0.928 0.0491 0.0953 0.66536 0.702 0.02125 0.0517 0.01616 0.0422 0.60793 0.652 0.00361 0.0134 17q gain 11 (2%) 481 0.00035 0.0022 0.79925 0.826 0.0166 0.0429 0.21581 0.28 0.090829 0.15 0.1101 0.166 0.47225 0.541 0.00066999 0.00366 18p gain 18 (4%) 474 9.9999e-06 0.000119 0.35622 0.423 0.13864 0.2 0.50794 0.567 0.68759 0.723 0.60878 0.652 0.72343 0.755 0.45034 0.519 18q gain 9 (2%) 483 0.00473 0.0162 1 1 0.10638 0.162 0.90911 0.926 0.64006 0.682 0.44406 0.514 0.44599 0.515 0.66453 0.702 19p gain 12 (2%) 480 9.9999e-06 0.000119 0.15862 0.219 0.03655 0.0762 0.34294 0.409 0.13957 0.2 0.085849 0.144 0.51503 0.571 0.11922 0.176 19q gain 12 (2%) 480 9.9999e-06 0.000119 0.10429 0.16 0.03913 0.0792 0.36734 0.434 0.21944 0.284 0.060909 0.112 0.50826 0.567 0.15437 0.218 20p gain 26 (5%) 466 9.9999e-06 0.000119 0.02085 0.0513 0.0223 0.0537 0.03644 0.0762 0.00213 0.00885 0.00394 0.0142 0.02956 0.0673 0.00454 0.0157 20q gain 28 (6%) 464 9.9999e-06 0.000119 0.01992 0.0502 0.056469 0.107 0.12639 0.185 0.0112 0.0323 0.0078699 0.0241 0.10068 0.158 0.0089599 0.027 21q gain 21 (4%) 471 9.9999e-06 0.000119 0.03858 0.0789 0.00156 0.00717 0.02645 0.062 0.01373 0.0376 0.00347 0.0131 0.01244 0.0349 0.02917 0.0669 22q gain 4 (1%) 488 0.095549 0.156 0.55075 0.607 0.55517 0.608 0.22152 0.286 0.32532 0.391 0.40553 0.474 0.40409 0.474 0.15872 0.219 xp gain 7 (1%) 485 0.00081999 0.00434 0.064819 0.117 0.10071 0.158 0.092799 0.153 0.50993 0.567 0.04502 0.0895 0.0061499 0.0199 0.086809 0.145 xq gain 7 (1%) 485 0.00106 0.00526 0.064549 0.116 0.098959 0.158 0.094209 0.155 0.5079 0.567 0.04558 0.09 0.0063999 0.0204 0.086419 0.145 1p loss 22 (4%) 470 9.9999e-06 0.000119 0.00056999 0.00317 0.00122 0.00592 0.00019 0.00131 0.02515 0.0594 0.00364 0.0135 0.01961 0.0496 0.01319 0.0367 1q loss 6 (1%) 486 0.02061 0.0509 0.15238 0.216 0.04249 0.0847 0.096159 0.156 0.10002 0.158 0.10235 0.159 0.051649 0.099 0.39383 0.462 2p loss 16 (3%) 476 8.9999e-05 0.000686 0.00486 0.0165 0.48055 0.549 0.35401 0.421 0.13273 0.193 0.087379 0.146 0.00389 0.0141 0.00345 0.0131 2q loss 18 (4%) 474 0.00014 0.000985 0.02048 0.0509 0.72357 0.755 0.48354 0.552 0.1273 0.186 0.03486 0.0751 0.0088199 0.0269 0.00099999 0.00504 3p loss 9 (2%) 483 0.03363 0.073 0.31495 0.384 0.10496 0.16 0.03849 0.0789 0.10359 0.159 0.412 0.48 0.050909 0.0978 0.19648 0.258 3q loss 5 (1%) 487 0.30352 0.372 1 1 0.32834 0.394 0.24923 0.316 0.15231 0.216 0.03166 0.0696 NA NA NA NA 4p loss 24 (5%) 468 9.9999e-06 0.000119 0.01893 0.0481 0.00375 0.0138 0.02952 0.0673 0.00152 0.00705 0.00258 0.0105 4e-05 0.000351 6.9999e-05 0.00056 4q loss 17 (3%) 475 9.9999e-06 0.000119 0.15526 0.218 0.0063799 0.0204 0.1033 0.159 0.20105 0.263 0.04665 0.0919 0.01438 0.0388 0.0052099 0.0175 5p loss 12 (2%) 480 2e-05 0.000194 0.17323 0.236 0.03762 0.0782 0.0056199 0.0184 0.86559 0.886 0.00319 0.0124 0.5096 0.567 0.10424 0.16 5q loss 22 (4%) 470 9.9999e-06 0.000119 0.00293 0.0116 0.01242 0.0349 0.00216 0.00892 0.057909 0.108 0.00111 0.00546 0.10863 0.164 0.02696 0.0627 6p loss 25 (5%) 467 9.9999e-06 0.000119 0.01469 0.039 0.00032 0.00203 0.00298 0.0117 0.058119 0.108 0.03157 0.0696 0.01406 0.0383 0.00402 0.0143 6q loss 40 (8%) 452 9.9999e-06 0.000119 0.03583 0.0761 0.00036 0.00222 0.00124 0.00592 0.01297 0.0362 0.04773 0.0934 0.00407 0.0144 0.00207 0.00866 8p loss 168 (34%) 324 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 9.9999e-06 0.000119 0.00044 0.00261 0.079349 0.136 0.057849 0.108 0.03086 0.0688 8q loss 24 (5%) 468 0.02894 0.0666 0.00099999 0.00504 0.01051 0.0307 0.02494 0.0591 0.1014 0.159 0.99234 1 0.21895 0.284 0.24555 0.312 9p loss 21 (4%) 471 9.9999e-06 0.000119 0.28347 0.351 0.00415 0.0146 0.02106 0.0514 0.26677 0.333 0.24519 0.312 0.1075 0.163 0.061869 0.113 9q loss 10 (2%) 482 0.00163 0.0073 0.3419 0.408 0.26402 0.331 0.22824 0.292 0.61591 0.658 0.548 0.605 0.52032 0.576 0.03638 0.0762 10p loss 41 (8%) 451 9.9999e-06 0.000119 0.00011 0.000809 0.00026 0.0017 9.9999e-05 0.000744 0.084249 0.143 5e-05 0.000427 0.01128 0.0324 5e-05 0.000427 10q loss 43 (9%) 449 9.9999e-06 0.000119 0.00085999 0.00451 0.00201 0.00846 0.00050999 0.00291 0.03908 0.0792 0.00125 0.00593 0.00174 0.00757 6.9999e-05 0.00056 11p loss 8 (2%) 484 0.0024 0.00978 0.080939 0.139 0.26516 0.331 0.11664 0.173 0.32238 0.39 0.26041 0.328 0.11293 0.169 0.10222 0.159 11q loss 5 (1%) 487 0.01372 0.0376 0.070359 0.124 0.061419 0.112 0.30004 0.369 0.63235 0.675 0.1874 0.249 0.02183 0.0529 0.29127 0.36 12p loss 48 (10%) 444 9.9999e-06 0.000119 0.29613 0.365 0.04851 0.0947 0.42195 0.489 0.45519 0.524 0.01644 0.0428 0.0068399 0.0215 0.00272 0.0109 12q loss 20 (4%) 472 3e-05 0.000274 0.17939 0.241 0.25137 0.318 0.26475 0.331 1 1 0.04929 0.0953 0.067079 0.119 0.0089199 0.027 13q loss 77 (16%) 415 9.9999e-06 0.000119 0.33047 0.396 0.04193 0.0839 0.065649 0.118 0.18414 0.245 0.04082 0.0822 0.22509 0.289 0.00016 0.00111 14q loss 25 (5%) 467 2e-05 0.000194 0.057619 0.108 0.075789 0.131 0.098089 0.157 0.40501 0.474 0.064109 0.116 0.098819 0.158 0.066869 0.119 15q loss 36 (7%) 456 9.9999e-06 0.000119 0.00166 0.00738 0.00067999 0.00369 0.0064799 0.0205 9.9999e-05 0.000744 0.0075099 0.0232 0.00116 0.00567 0.00013 0.000945 16p loss 32 (7%) 460 0.00175 0.00757 0.33399 0.4 0.49173 0.555 0.37987 0.447 0.64588 0.687 0.31864 0.387 0.22285 0.287 0.03159 0.0696 16q loss 107 (22%) 385 9.9999e-06 0.000119 0.00068999 0.00371 0.03064 0.0688 0.03044 0.0688 0.083939 0.143 0.00053999 0.00306 0.00422 0.0148 7.9999e-05 0.000617 17p loss 76 (15%) 416 9.9999e-06 0.000119 0.00157 0.00717 0.00014 0.000985 0.00171 0.0075 0.097819 0.157 0.03177 0.0696 0.02255 0.0541 7.9999e-05 0.000617 17q loss 20 (4%) 472 9.9999e-06 0.000119 0.01015 0.0304 0.00091999 0.00479 0.03569 0.0761 0.01239 0.0349 0.04518 0.0895 0.03056 0.0688 0.14438 0.206 18p loss 68 (14%) 424 9.9999e-06 0.000119 0.005 0.0169 0.00325 0.0126 0.04913 0.0953 0.058389 0.108 0.02994 0.0679 0.01027 0.0305 0.0056699 0.0184 18q loss 101 (21%) 391 9.9999e-06 0.000119 0.0062899 0.0202 0.00339 0.013 0.02226 0.0537 0.0067999 0.0214 0.0034 0.013 0.01543 0.0405 9.9999e-06 0.000119 19p loss 17 (3%) 475 0.00021 0.00141 0.055809 0.106 0.3072 0.376 0.15824 0.219 0.13435 0.195 0.15804 0.219 0.00292 0.0116 0.01045 0.0307 19q loss 17 (3%) 475 0.00025 0.00165 0.056109 0.106 0.3036 0.372 0.15966 0.219 0.13326 0.193 0.15702 0.219 0.00294 0.0116 0.01039 0.0306 20p loss 19 (4%) 473 0.03831 0.0788 0.063459 0.115 0.22328 0.287 0.18402 0.245 0.4888 0.553 0.18316 0.245 1 1 0.58263 0.631 20q loss 9 (2%) 483 0.02711 0.0629 0.079129 0.136 0.095559 0.156 0.0381 0.0787 0.073409 0.128 0.060659 0.112 1 1 0.50414 0.566 21q loss 24 (5%) 468 2e-05 0.000194 0.066669 0.119 0.00361 0.0134 0.32284 0.39 0.57231 0.623 0.10338 0.159 0.42219 0.489 0.04038 0.0815 22q loss 47 (10%) 445 9.9999e-06 0.000119 0.21001 0.273 0.01868 0.0476 0.04753 0.0933 0.068769 0.122 0.02784 0.0643 0.14865 0.211 0.00024 0.0016 xp loss 39 (8%) 453 9.9999e-06 0.000119 2e-05 0.000194 0.00049 0.00283 4e-05 0.000351 9.9999e-06 0.000119 0.03552 0.0761 0.0055599 0.0182 0.098419 0.157 xq loss 39 (8%) 453 9.9999e-06 0.000119 2e-05 0.000194 0.00041 0.00245 5.9999e-05 0.000505 9.9999e-06 0.000119 0.03626 0.0762 0.0054799 0.0181 0.098169 0.157