Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q22 40 (8%) 452 9.9999e-06 4.09e-05 0.0349 0.0485 0.00109 0.00244 0.00025 0.000663 0.0128 0.0205 0.00044 0.00107 0.03996 0.0543 0.01888 0.0284 amp_3q21.3 75 (15%) 417 9.9999e-06 4.09e-05 0.00083999 0.00195 0.00039 0.000966 8.9999e-05 0.000272 0.01786 0.0272 0.00031 0.000794 0.0090399 0.0152 0.00021 0.000566 amp_3q26.2 86 (17%) 406 9.9999e-06 4.09e-05 0.04512 0.06 0.0050799 0.00927 0.01398 0.0221 0.081799 0.101 0.0077599 0.0134 0.0074899 0.0131 9.9999e-06 4.09e-05 amp_4p16.3 20 (4%) 472 9.9999e-06 4.09e-05 0.01037 0.0171 0.01885 0.0284 0.13733 0.162 0.41047 0.436 0.074999 0.0937 0.74684 0.761 0.58189 0.603 amp_4q13.3 22 (4%) 470 9.9999e-06 4.09e-05 0.52198 0.546 0.10032 0.122 0.28573 0.315 0.02735 0.0395 0.066179 0.0846 0.0367 0.0506 0.16594 0.19 amp_5q35.3 28 (6%) 464 9.9999e-06 4.09e-05 0.01352 0.0215 0.054999 0.0713 0.04271 0.0575 0.18315 0.208 0.00104 0.00234 0.01608 0.0249 0.29446 0.324 amp_7p14.3 104 (21%) 388 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 4e-05 0.000127 0.00376 0.00708 0.00053999 0.00128 0.00114 0.00251 0.0092699 0.0155 amp_7q22.1 101 (21%) 391 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.0064799 0.0115 9.9999e-06 4.09e-05 0.00042 0.00103 0.00299 0.0057 amp_8p11.23 67 (14%) 425 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00045 0.00109 0.04567 0.0606 0.00134 0.00287 2e-05 7.03e-05 0.00051999 0.00124 amp_8q22.1 157 (32%) 335 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 3e-05 0.000102 9.9999e-06 4.09e-05 4e-05 0.000127 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 4e-05 0.000127 amp_8q24.21 152 (31%) 340 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.00036 0.000904 amp_9q33.3 62 (13%) 430 9.9999e-06 4.09e-05 0.01988 0.0294 0.00225 0.00447 0.01632 0.0251 0.01986 0.0294 0.00096999 0.00221 0.01673 0.0255 0.0083599 0.0142 amp_11q13.2 48 (10%) 444 9.9999e-06 4.09e-05 0.0083099 0.0142 0.0070699 0.0125 4e-04 0.000986 0.03151 0.0444 0.00021 0.000566 0.0074199 0.013 0.03057 0.0434 amp_12q23.1 36 (7%) 456 9.9999e-06 4.09e-05 0.00177 0.00364 0.061069 0.0786 0.00039 0.000966 0.65114 0.669 0.0021 0.00425 0.28506 0.315 0.12388 0.148 amp_13q12.11 25 (5%) 467 9.9999e-06 4.09e-05 0.00225 0.00447 0.00484 0.00889 0.10674 0.129 0.01394 0.0221 0.03183 0.0447 0.067429 0.0857 0.073129 0.0923 amp_14q21.1 30 (6%) 462 9.9999e-06 4.09e-05 0.077359 0.0962 0.01165 0.0189 0.0383 0.0523 0.0080299 0.0138 0.0102 0.0168 0.064739 0.0829 0.02816 0.0406 amp_15q11.2 16 (3%) 476 0.01013 0.0168 0.50507 0.532 0.90115 0.905 0.5197 0.546 0.13346 0.158 0.68433 0.702 0.53588 0.56 0.15216 0.176 amp_16q11.2 30 (6%) 462 2e-05 7.03e-05 0.13767 0.162 0.14862 0.173 0.057709 0.0746 0.00172 0.00356 0.00098999 0.00225 0.081699 0.101 0.24474 0.273 amp_17q23.2 25 (5%) 467 9.9999e-06 4.09e-05 0.78932 0.797 0.074399 0.0932 0.2333 0.262 0.52035 0.546 0.01485 0.0231 0.37844 0.406 0.089739 0.11 amp_19q13.43 19 (4%) 473 9.9999e-06 4.09e-05 0.03808 0.0521 0.00257 0.00502 0.02709 0.0392 0.0063099 0.0112 0.0014 0.00296 0.15055 0.175 0.01155 0.0188 amp_20q13.2 45 (9%) 447 9.9999e-06 4.09e-05 7.9999e-05 0.000245 0.00156 0.00327 0.00118 0.00256 0.00042 0.00103 4e-05 0.000127 0.16059 0.185 5e-05 0.000158 amp_xp22.11 26 (5%) 466 2e-05 7.03e-05 0.14155 0.167 0.091499 0.112 0.058919 0.076 0.01614 0.0249 0.00481 0.00887 0.0443 0.0591 0.31231 0.338 amp_xp22.11 25 (5%) 467 2e-05 7.03e-05 0.36805 0.396 0.03366 0.0469 0.0128 0.0205 0.0077399 0.0134 0.0102 0.0168 0.04631 0.0613 0.23218 0.261 amp_xp21.1 23 (5%) 469 2e-05 7.03e-05 0.02831 0.0407 0.04071 0.055 0.12614 0.15 0.01949 0.029 0.0093599 0.0157 0.0051899 0.00944 0.14587 0.171 amp_xq21.1 16 (3%) 476 0.00112 0.00249 0.03105 0.0439 0.0075899 0.0132 0.01925 0.0288 0.30881 0.337 0.45282 0.48 0.45158 0.479 0.39465 0.421 amp_xq21.1 14 (3%) 478 0.00222 0.00444 0.01845 0.0279 0.20644 0.233 0.00433 0.00804 0.053679 0.0701 0.23711 0.265 0.30101 0.33 0.77361 0.784 amp_xq25 19 (4%) 473 0.00281 0.00541 0.01966 0.0292 0.10567 0.128 0.02409 0.0353 0.20401 0.231 0.14935 0.174 0.73132 0.747 0.14358 0.169 amp_xq27.1 19 (4%) 473 0.00425 0.00795 0.03752 0.0515 0.094999 0.116 0.113 0.136 0.00127 0.00274 0.00027 0.000702 0.037 0.0509 0.12589 0.15 del_1p31.3 60 (12%) 432 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00167 0.00347 0.16908 0.193 0.0054499 0.00981 0.0011 0.00245 del_1p22.1 58 (12%) 434 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.00116 0.00252 0.00016 0.000447 0.0078499 0.0135 0.00336 0.00638 0.0098299 0.0164 0.0069399 0.0123 del_1q23.1 28 (6%) 464 0.0052099 0.00944 6.9999e-05 0.000217 0.00018 0.000493 0.00083999 0.00195 0.04424 0.0591 0.054429 0.0708 0.01909 0.0286 0.18921 0.215 del_1q42.3 47 (10%) 445 0.00104 0.00234 9.9999e-06 4.09e-05 0.35039 0.379 0.075739 0.0944 0.11309 0.136 0.03078 0.0436 0.69552 0.712 0.0468 0.0618 del_2p21 46 (9%) 446 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.00036 0.000904 0.02058 0.0303 0.00079999 0.00188 0.071819 0.0909 0.03235 0.0452 0.01464 0.0229 del_2q22.1 92 (19%) 400 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 4e-05 0.000127 0.00174 0.00359 0.00090999 0.00209 del_2q22.3 85 (17%) 407 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 3e-05 0.000102 9.9999e-06 4.09e-05 0.00013 0.000371 3e-05 0.000102 0.01289 0.0206 0.00026 0.000679 del_3p13 78 (16%) 414 0.00050999 0.00123 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.29171 0.321 0.066499 0.0848 0.02963 0.0422 0.16919 0.193 del_3q29 32 (7%) 460 0.61157 0.631 0.29942 0.328 0.03588 0.0496 0.073439 0.0925 0.31073 0.337 0.25304 0.281 0.11984 0.144 0.60181 0.622 del_4q28.2 51 (10%) 441 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.091879 0.112 0.01496 0.0232 0.00081999 0.00192 0.02556 0.0372 del_5q11.2 100 (20%) 392 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00025 0.000663 9.9999e-06 4.09e-05 0.00011 0.000329 2e-05 7.03e-05 0.00092999 0.00213 0.00017 0.000473 del_5q13.2 99 (20%) 393 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 0.00088999 0.00206 0.00285 0.00547 0.00026 0.000679 9.9999e-06 4.09e-05 0.0022 0.00442 0.00033 0.000841 del_5q21.1 109 (22%) 383 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00018 0.000493 0.00234 0.00463 0.10153 0.123 0.0043 0.00801 del_6p25.1 46 (9%) 446 9.9999e-06 4.09e-05 0.01416 0.0223 0.0056899 0.0102 0.01207 0.0195 0.1462 0.171 0.04913 0.0644 0.38699 0.414 0.01652 0.0253 del_6q14.3 180 (37%) 312 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00211 0.00425 0.00498 0.00912 del_7q31.33 28 (6%) 464 9.9999e-05 0.000301 0.01442 0.0226 0.00015 0.000424 0.00028 0.000724 0.00115 0.00251 0.00026 0.000679 0.75218 0.765 0.04734 0.0623 del_8p23.2 224 (46%) 268 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00031 0.000794 0.00035 0.000888 0.03585 0.0496 0.00191 0.00391 del_8p21.3 294 (60%) 198 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.0084399 0.0143 2e-05 7.03e-05 del_9p23 45 (9%) 447 9.9999e-06 4.09e-05 0.20303 0.23 0.00013 0.000371 0.00194 0.00396 0.02846 0.0408 0.079189 0.0983 0.074169 0.0932 0.01642 0.0252 del_10q23.31 157 (32%) 335 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.01422 0.0223 9.9999e-06 4.09e-05 0.04023 0.0545 9.9999e-06 4.09e-05 del_11p11.2 34 (7%) 458 9.9999e-06 4.09e-05 0.00252 0.00496 0.00139 0.00295 0.02574 0.0374 0.02916 0.0417 0.02436 0.0356 0.0080899 0.0138 0.47595 0.502 del_11q22.3 43 (9%) 449 0.04404 0.059 0.021 0.0308 0.36117 0.39 0.1039 0.126 0.86324 0.868 0.78362 0.793 0.16084 0.185 0.01222 0.0197 del_11q23.2 48 (10%) 444 0.13383 0.159 0.085359 0.105 1 1 0.92715 0.929 0.23546 0.263 0.46832 0.495 0.30481 0.333 0.26163 0.29 del_12p13.1 124 (25%) 368 2e-05 7.03e-05 2e-05 7.03e-05 0.00135 0.00288 0.00408 0.00766 0.063669 0.0817 4e-05 0.000127 4e-05 0.000127 0.00281 0.00541 del_12q24.32 43 (9%) 449 3e-05 0.000102 0.37573 0.404 0.2341 0.262 0.56817 0.59 0.62879 0.647 0.54811 0.571 0.39174 0.418 0.070549 0.0895 del_13q14.13 227 (46%) 265 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 5.9999e-05 0.000187 2e-05 7.03e-05 4e-05 0.000127 0.00037 0.000925 0.00015 0.000424 4e-05 0.000127 del_13q22.1 176 (36%) 316 9.9999e-06 4.09e-05 5.9999e-05 0.000187 2e-05 7.03e-05 8.9999e-05 0.000272 0.00464 0.00859 0.00129 0.00277 0.00164 0.00342 0.00012 0.000357 del_15q21.3 67 (14%) 425 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 2e-05 7.03e-05 3e-05 0.000102 0.00013 0.000371 9.9999e-06 4.09e-05 del_16q22.3 191 (39%) 301 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00013 0.000371 4e-05 0.000127 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 del_16q24.1 213 (43%) 279 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.0060999 0.0109 0.00021 0.000566 9.9999e-06 4.09e-05 0.00253 0.00496 9.9999e-06 4.09e-05 del_17p13.1 163 (33%) 329 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00013 0.000371 9.9999e-06 4.09e-05 0.00148 0.00312 9.9999e-06 4.09e-05 del_17q21.31 96 (20%) 396 9.9999e-06 4.09e-05 2e-05 7.03e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.00013 0.000371 0.55641 0.579 0.054049 0.0704 0.16954 0.193 0.31056 0.337 del_18q21.31 131 (27%) 361 9.9999e-06 4.09e-05 0.00195 0.00396 0.00016 0.000447 0.01183 0.0192 0.00022 0.00059 0.01831 0.0278 0.00375 0.00708 9.9999e-06 4.09e-05 del_18q23 137 (28%) 355 9.9999e-06 4.09e-05 0.01067 0.0175 7.9999e-05 0.000245 0.04372 0.0587 0.0113 0.0185 0.0075399 0.0132 0.0084799 0.0143 9.9999e-06 4.09e-05 del_19q13.2 52 (11%) 440 9.9999e-06 4.09e-05 0.00115 0.00251 0.0053299 0.00962 0.04813 0.0632 0.00261 0.00508 0.00078999 0.00187 0.00279 0.00541 0.00113 0.0025 del_21q22.2 52 (11%) 440 0.00051999 0.00124 0.00013 0.000371 4e-05 0.000127 0.00018 0.000493 0.16539 0.19 0.04001 0.0543 0.83561 0.842 0.00286 0.00547 del_21q22.3 147 (30%) 345 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 9.9999e-06 4.09e-05 0.03231 0.0452 9.9999e-06 4.09e-05 0.77028 0.782 9.9999e-06 4.09e-05