Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 56 (22%) 200 0.00015 0.00184 9.9999e-06 0.000256 0.1123 0.203 0.03613 0.0929 0.28254 0.398 0.04451 0.107 0.25582 0.369 0.65232 0.736 0.069969 0.147 0.2565 0.37 1q gain 49 (19%) 207 0.00273 0.0143 0.0094099 0.0382 0.11596 0.207 0.01398 0.05 0.0090599 0.0375 0.21048 0.319 0.02411 0.0724 0.10856 0.198 0.00061999 0.00506 0.0051399 0.0231 2p gain 22 (9%) 234 0.00154 0.00957 0.01426 0.05 0.068739 0.145 0.01016 0.0397 0.00073999 0.00567 0.00086999 0.00631 0.01849 0.0604 0.03757 0.0963 0.01837 0.0603 0.00291 0.015 2q gain 22 (9%) 234 0.00022 0.00247 0.094129 0.18 0.079969 0.162 0.03496 0.0905 0.00432 0.02 0.00145 0.00922 0.03402 0.0886 0.0091799 0.0378 0.03296 0.0872 0.18336 0.291 3p gain 39 (15%) 217 0.00051999 0.00444 6.9999e-05 0.00106 0.064129 0.138 0.21659 0.326 0.00314 0.016 4e-05 0.000713 0.04225 0.104 0.11447 0.205 0.00090999 0.00649 0.00117 0.00793 3q gain 36 (14%) 220 0.00209 0.0122 0.00261 0.0137 0.01449 0.0504 0.19431 0.302 0.0043 0.02 0.00335 0.0166 0.04765 0.111 0.13002 0.223 0.00090999 0.00649 0.00138 0.00897 4p gain 68 (27%) 188 2e-05 0.000421 3e-05 0.000559 0.03913 0.099 0.01071 0.0408 0.02474 0.0736 0.00444 0.0203 0.04362 0.106 0.01774 0.0591 0.30729 0.424 0.076389 0.158 4q gain 47 (18%) 209 0.03128 0.0841 0.0087399 0.0364 0.10644 0.198 0.6281 0.717 0.18859 0.296 0.070399 0.147 0.36047 0.478 0.10811 0.198 0.16809 0.271 0.36805 0.485 5p gain 98 (38%) 158 9.9999e-06 0.000256 3e-05 0.000559 0.15774 0.259 0.00232 0.0129 0.01179 0.0435 5e-05 0.00082 0.80289 0.851 0.00294 0.0151 0.70017 0.773 0.53492 0.64 5q gain 71 (28%) 185 0.00011 0.00153 0.01414 0.05 0.26448 0.377 0.081559 0.163 0.27963 0.395 0.01464 0.0504 0.42382 0.538 0.16272 0.266 0.75244 0.811 0.7059 0.777 6p gain 51 (20%) 205 9.9999e-06 0.000256 3e-05 0.000559 0.0037 0.0177 0.00044 0.00396 0.00028 0.00287 0.00015 0.00184 0.063459 0.137 0.01186 0.0436 0.50903 0.614 0.03848 0.0977 6q gain 50 (20%) 206 0.00038 0.00354 0.00044 0.00396 0.04372 0.106 0.02069 0.066 0.00028 0.00287 0.00048 0.00419 0.079929 0.162 0.0059499 0.0261 0.30148 0.42 0.03498 0.0905 7p gain 82 (32%) 174 9.9999e-06 0.000256 0.00192 0.0115 0.0106 0.0406 0.0071099 0.0305 0.00247 0.0133 0.02096 0.0664 0.19696 0.305 0.19826 0.306 0.00419 0.0197 0.0022 0.0127 7q gain 68 (27%) 188 9.9999e-06 0.000256 3e-04 0.003 0.04196 0.104 0.0036 0.0174 0.00053999 0.00456 0.03122 0.0841 0.04497 0.108 0.01163 0.0432 0.00029 0.00294 0.00282 0.0146 8p gain 52 (20%) 204 0.065159 0.139 0.57212 0.675 0.88687 0.916 0.69013 0.768 0.73091 0.794 0.074569 0.155 0.37059 0.488 0.26376 0.377 0.35756 0.475 0.067499 0.143 8q gain 65 (25%) 191 0.10783 0.198 0.082449 0.164 0.27858 0.395 0.15002 0.249 0.9652 0.978 0.076939 0.159 0.33501 0.453 0.59639 0.693 0.0451 0.108 0.15769 0.259 9p gain 57 (22%) 199 7.9999e-05 0.00119 0.00197 0.0116 0.02583 0.0751 4e-04 0.00369 0.0060999 0.0266 0.00062999 0.00506 0.089119 0.172 0.00343 0.0169 0.70815 0.778 0.28805 0.404 9q gain 73 (29%) 183 9.9999e-06 0.000256 0.00012 0.00161 0.0058999 0.026 0.00105 0.00724 5.9999e-05 0.000946 2e-05 0.000421 0.066519 0.141 0.00027 0.00287 0.02832 0.0785 0.0076599 0.0324 10p gain 23 (9%) 233 0.02486 0.0736 0.04398 0.106 0.052919 0.12 0.9735 0.986 0.15162 0.251 0.16991 0.273 0.34627 0.465 0.57028 0.674 0.02621 0.0752 0.057729 0.128 10q gain 12 (5%) 244 0.71989 0.785 0.11118 0.202 0.02858 0.0786 0.81978 0.863 0.10774 0.198 0.052409 0.119 0.36749 0.485 0.32311 0.439 0.04523 0.108 0.33488 0.453 11p gain 23 (9%) 233 0.04634 0.109 0.02686 0.0759 0.18717 0.295 0.20766 0.317 0.12624 0.219 0.01029 0.0398 0.40169 0.515 0.59277 0.692 0.12945 0.223 0.17997 0.287 11q gain 22 (9%) 234 0.01107 0.0416 0.12148 0.213 1 1 0.37139 0.488 0.63107 0.719 0.03573 0.0921 0.91682 0.939 0.90497 0.93 0.377 0.492 0.75165 0.811 12p gain 43 (17%) 213 9.9999e-06 0.000256 0.02827 0.0785 0.02703 0.0762 0.02131 0.0672 0.00014 0.00177 0.00061999 0.00506 0.082689 0.164 0.089129 0.172 0.04691 0.11 0.00081999 0.006 12q gain 34 (13%) 222 0.0011 0.00752 0.03371 0.088 0.02245 0.069 0.12696 0.219 0.00428 0.02 0.051909 0.119 0.080909 0.163 0.072149 0.151 0.063629 0.137 0.01726 0.0578 13q gain 15 (6%) 241 0.0017 0.0104 0.19821 0.306 0.55356 0.659 0.32069 0.437 0.092609 0.178 0.1264 0.219 0.4567 0.57 0.57492 0.676 0.57458 0.676 0.23609 0.347 14q gain 57 (22%) 199 0.00359 0.0174 0.04639 0.109 0.03206 0.0854 0.00123 0.00813 0.26369 0.377 0.00101 0.00708 0.75558 0.812 0.71761 0.784 0.24475 0.358 0.6133 0.704 15q gain 63 (25%) 193 9.9999e-06 0.000256 0.10028 0.189 0.89618 0.923 0.86272 0.896 0.12124 0.213 0.058319 0.129 0.22445 0.335 0.49835 0.605 0.01784 0.0591 0.02246 0.069 16p gain 40 (16%) 216 8.9999e-05 0.00129 0.11349 0.204 0.03181 0.085 0.16383 0.267 0.1284 0.221 0.38251 0.499 0.79232 0.845 0.2641 0.377 0.91724 0.939 0.3427 0.461 16q gain 21 (8%) 235 0.01418 0.05 0.22696 0.337 0.0332 0.0875 0.0057099 0.0253 0.02627 0.0752 0.23239 0.342 0.60785 0.702 1 1 0.77672 0.83 0.073479 0.153 17p gain 61 (24%) 195 9.9999e-06 0.000256 0.00346 0.017 0.0012 0.008 0.02558 0.0746 0.02843 0.0785 0.052099 0.119 0.069839 0.147 0.00222 0.0127 0.075579 0.157 0.053309 0.12 17q gain 57 (22%) 199 9.9999e-06 0.000256 0.03075 0.0832 0.0109 0.0412 0.01422 0.05 0.061399 0.134 0.00445 0.0203 0.01725 0.0578 0.00335 0.0166 0.0062699 0.0272 0.03048 0.0832 18p gain 53 (21%) 203 2e-05 0.000421 0.0231 0.0699 0.095619 0.182 0.16735 0.271 0.087579 0.17 0.38887 0.503 0.56553 0.67 0.39589 0.51 0.69131 0.768 0.23079 0.342 18q gain 36 (14%) 220 0.02218 0.0689 0.04951 0.115 0.70131 0.773 0.089689 0.173 0.76049 0.816 0.21713 0.326 0.53365 0.64 0.43466 0.549 0.24991 0.364 0.9952 1 19p gain 87 (34%) 169 9.9999e-06 0.000256 0.00228 0.0129 0.18635 0.294 0.00024 0.00262 0.02594 0.0752 0.0081599 0.0341 0.43992 0.554 0.24685 0.36 0.84053 0.879 0.11474 0.205 19q gain 65 (25%) 191 9.9999e-06 0.000256 9.9999e-06 0.000256 0.0076299 0.0324 9.9999e-06 0.000256 0.00051999 0.00444 0.00072999 0.00565 0.56513 0.67 0.062809 0.137 0.79906 0.849 0.02212 0.0689 20p gain 62 (24%) 194 0.00028 0.00287 0.12086 0.213 0.15973 0.261 0.2706 0.385 0.35318 0.472 0.085339 0.167 0.85841 0.894 0.29355 0.41 0.55284 0.659 0.38539 0.5 20q gain 83 (32%) 173 4e-05 0.000713 0.00217 0.0126 0.0056399 0.0251 0.00237 0.013 0.03964 0.0994 0.0335 0.0878 0.22714 0.337 0.01498 0.0512 0.13616 0.23 0.02036 0.0654 21q gain 58 (23%) 198 9.9999e-06 0.000256 0.02841 0.0785 0.051959 0.119 0.060329 0.132 0.63142 0.719 0.49358 0.601 0.92226 0.941 0.8247 0.866 0.21886 0.327 0.34733 0.465 22q gain 60 (23%) 196 0.0092999 0.0381 0.00232 0.0129 0.0141 0.05 0.0131 0.0473 0.0076999 0.0324 0.00261 0.0137 0.67397 0.754 0.11252 0.203 0.10609 0.198 0.13389 0.228 xp gain 74 (29%) 182 5.9999e-05 0.000946 0.04845 0.113 0.21253 0.321 0.36456 0.482 0.77075 0.825 0.28671 0.403 0.25379 0.368 0.54263 0.649 0.17443 0.279 0.35637 0.474 xq gain 33 (13%) 223 0.01456 0.0504 0.063899 0.138 0.04289 0.105 0.43218 0.547 0.2098 0.319 0.14728 0.245 0.30809 0.425 0.13601 0.23 0.20927 0.318 0.18681 0.295 1p loss 32 (12%) 224 0.1549 0.255 0.02639 0.0752 0.30392 0.422 0.48621 0.597 1 1 0.45965 0.573 0.85523 0.892 0.60162 0.696 0.3377 0.456 0.66595 0.748 1q loss 40 (16%) 216 0.01021 0.0397 0.00144 0.00922 0.35374 0.472 0.0395 0.0994 0.077539 0.159 0.19168 0.299 0.02805 0.0785 0.00248 0.0133 0.056999 0.127 0.055359 0.124 2p loss 88 (34%) 168 9.9999e-06 0.000256 9.9999e-06 0.000256 0.01341 0.0482 0.00078999 0.00584 9.9999e-06 0.000256 5e-05 0.00082 0.00235 0.013 0.00034 0.00332 0.00064999 0.00512 0.00048 0.00419 2q loss 71 (28%) 185 9.9999e-06 0.000256 0.00152 0.00951 0.13249 0.226 0.21757 0.326 0.11331 0.204 0.099059 0.187 0.72146 0.785 0.16345 0.266 0.69645 0.772 0.6674 0.749 3p loss 56 (22%) 200 0.051759 0.119 0.00012 0.00161 0.1228 0.215 0.00404 0.0191 0.00014 0.00177 0.00047 0.00419 0.00038 0.00354 0.00097999 0.00693 0.00075999 0.00577 0.00063999 0.0051 3q loss 49 (19%) 207 0.00139 0.00897 0.01213 0.0442 0.4841 0.595 0.10738 0.198 0.0096199 0.0387 0.059789 0.132 0.01643 0.0559 0.01682 0.0568 0.01114 0.0417 0.04636 0.109 4p loss 42 (16%) 214 0.083559 0.165 0.96122 0.975 0.59213 0.692 0.84175 0.879 0.90642 0.93 0.9864 0.994 0.6228 0.713 0.50173 0.607 0.81873 0.863 0.52907 0.635 4q loss 51 (20%) 205 0.00197 0.0116 0.37316 0.49 0.46489 0.577 0.3754 0.492 0.91879 0.939 0.64438 0.73 0.89668 0.923 0.77924 0.832 0.87467 0.906 0.58483 0.685 5p loss 22 (9%) 234 0.59548 0.693 0.067589 0.143 0.02273 0.0693 0.079759 0.162 0.058699 0.13 0.025 0.0736 0.43691 0.551 0.41628 0.53 0.094679 0.181 0.2571 0.37 5q loss 35 (14%) 221 0.084569 0.167 0.10922 0.199 0.02505 0.0736 0.02665 0.0756 0.15463 0.255 0.04204 0.104 0.74706 0.807 0.04068 0.101 0.30455 0.422 0.31758 0.435 6p loss 60 (23%) 196 0.49391 0.601 0.055119 0.124 0.097959 0.186 0.61072 0.703 0.12439 0.217 0.26188 0.376 0.2961 0.413 0.41803 0.531 0.45675 0.57 0.17255 0.276 6q loss 53 (21%) 203 0.02432 0.0728 0.01081 0.041 0.18388 0.291 0.33845 0.456 0.48369 0.595 0.11878 0.21 0.86325 0.896 0.65805 0.741 0.71021 0.778 0.57034 0.674 7p loss 32 (12%) 224 0.089649 0.173 0.03841 0.0977 0.00481 0.0218 0.052119 0.119 0.0097599 0.039 0.03353 0.0878 0.38867 0.503 0.517 0.622 0.25581 0.369 0.02041 0.0654 7q loss 34 (13%) 222 0.065349 0.139 0.44776 0.561 0.64388 0.73 0.65115 0.735 0.13062 0.224 0.097299 0.185 0.44132 0.555 0.61266 0.704 0.31863 0.436 0.46792 0.58 8p loss 62 (24%) 194 0.00022 0.00247 0.00394 0.0188 0.10417 0.195 0.00032 0.00316 0.11792 0.209 0.051999 0.119 0.10238 0.192 0.01494 0.0512 0.28069 0.396 0.10765 0.198 8q loss 46 (18%) 210 2e-05 0.000421 0.00441 0.0203 0.25184 0.366 5e-05 0.00082 0.055499 0.124 0.079909 0.162 0.15185 0.251 0.00261 0.0137 0.7648 0.82 0.13093 0.224 9p loss 83 (32%) 173 9.9999e-06 0.000256 0.23196 0.342 0.12177 0.213 0.48753 0.597 0.34283 0.461 0.052559 0.119 0.71436 0.781 0.85924 0.894 0.16861 0.272 0.347 0.465 9q loss 51 (20%) 205 9.9999e-06 0.000256 0.10799 0.198 0.19002 0.297 0.46158 0.573 0.23242 0.342 0.16918 0.272 1 1 0.49559 0.602 0.70968 0.778 0.28604 0.402 10p loss 120 (47%) 136 0.01868 0.0608 0.085189 0.167 0.055639 0.124 0.20013 0.307 0.082449 0.164 0.0093999 0.0382 0.064969 0.139 0.207 0.316 0.1168 0.208 0.7379 0.798 10q loss 131 (51%) 125 9.9999e-06 0.000256 9.9999e-06 0.000256 2e-05 0.000421 0.00078999 0.00584 9.9999e-06 0.000256 9.9999e-06 0.000256 9.9999e-06 0.000256 2e-05 0.000421 2e-05 0.000421 0.00024 0.00262 11p loss 94 (37%) 162 9.9999e-06 0.000256 0.00013 0.00169 0.95071 0.966 0.01015 0.0397 0.81797 0.863 0.13998 0.235 0.64634 0.731 0.59386 0.692 0.63392 0.721 0.10337 0.194 11q loss 91 (36%) 165 9.9999e-06 0.000256 0.00026 0.00281 0.19888 0.306 0.00156 0.00962 0.39646 0.51 0.01786 0.0591 0.50419 0.609 0.62238 0.713 0.88022 0.91 0.01018 0.0397 12p loss 65 (25%) 191 9.9999e-06 0.000256 0.00243 0.0133 0.68496 0.765 0.48864 0.597 0.01678 0.0568 0.01266 0.0459 0.8957 0.923 0.55233 0.659 0.7963 0.848 0.38517 0.5 12q loss 54 (21%) 202 5e-05 0.00082 0.02955 0.081 0.72058 0.785 0.48185 0.594 0.23856 0.35 0.03948 0.0994 0.866 0.898 0.41547 0.53 0.60191 0.696 0.43114 0.546 13q loss 132 (52%) 124 9.9999e-06 0.000256 0.00078999 0.00584 0.0099099 0.0393 0.0232 0.0699 0.098249 0.186 0.00172 0.0104 0.40688 0.52 0.31188 0.429 0.13719 0.231 0.16426 0.267 14q loss 62 (24%) 194 0.1349 0.229 0.18872 0.296 0.73501 0.796 0.83138 0.871 0.29264 0.409 3e-05 0.000559 0.32121 0.437 0.060149 0.132 0.50184 0.607 0.063219 0.137 15q loss 45 (18%) 211 0.02551 0.0746 0.03246 0.0861 0.080329 0.162 0.10833 0.198 0.083189 0.165 0.087519 0.17 0.02158 0.0678 0.03053 0.0832 0.0264 0.0752 0.11056 0.201 16p loss 75 (29%) 181 0.00018 0.00211 0.0095399 0.0385 0.19363 0.301 0.078409 0.16 0.82093 0.863 0.085549 0.167 0.18399 0.291 0.73277 0.795 0.1669 0.27 0.61055 0.703 16q loss 124 (48%) 132 9.9999e-05 0.00141 8.9999e-05 0.00129 0.00037 0.00354 0.01811 0.0596 0.00066999 0.00523 0.00017 0.00205 0.0098699 0.0393 0.02319 0.0699 0.00013 0.00169 0.00062999 0.00506 17p loss 57 (22%) 199 0.31253 0.429 0.21394 0.322 0.97634 0.987 0.01054 0.0406 0.98006 0.988 0.31939 0.436 0.58035 0.681 0.69936 0.773 0.30622 0.423 0.3832 0.499 17q loss 48 (19%) 208 0.00232 0.0129 0.21075 0.319 0.82091 0.863 0.0194 0.0629 0.97768 0.987 0.48727 0.597 0.81248 0.86 0.68878 0.768 0.39474 0.509 0.67007 0.751 18p loss 62 (24%) 194 0.01451 0.0504 0.23187 0.342 0.31957 0.436 0.02082 0.0662 0.8007 0.849 0.57951 0.681 0.9253 0.941 0.83177 0.871 0.46153 0.573 0.40026 0.514 18q loss 72 (28%) 184 0.00018 0.00211 0.0064899 0.028 0.0196 0.0633 0.00038 0.00354 0.062919 0.137 0.02477 0.0736 0.49423 0.601 0.50991 0.614 0.19632 0.304 0.01198 0.0439 19p loss 21 (8%) 235 0.03076 0.0832 0.00187 0.0113 0.69273 0.769 0.35792 0.475 0.39501 0.509 0.03164 0.0848 0.44766 0.561 0.75552 0.812 0.66251 0.745 0.02811 0.0785 19q loss 39 (15%) 217 0.04007 0.0999 0.04772 0.111 0.64058 0.728 0.69026 0.768 0.9244 0.941 0.45371 0.568 0.92124 0.941 1 1 0.59866 0.694 0.17603 0.281 20p loss 55 (21%) 201 0.0418 0.104 0.00318 0.0161 0.69996 0.773 0.03784 0.0967 0.03991 0.0998 0.077759 0.159 0.79743 0.848 0.0116 0.0432 0.079159 0.161 0.02616 0.0752 20q loss 25 (10%) 231 0.14162 0.237 0.3027 0.421 0.6262 0.716 0.2029 0.311 0.4721 0.584 0.70887 0.778 0.55959 0.665 0.12425 0.217 0.11433 0.205 0.18992 0.297 21q loss 50 (20%) 206 0.00249 0.0133 0.02269 0.0693 0.21905 0.327 0.0051599 0.0231 0.13588 0.23 0.23901 0.35 0.085629 0.167 0.27682 0.393 0.37627 0.492 0.14515 0.242 22q loss 66 (26%) 190 9.9999e-06 0.000256 0.14301 0.239 0.59449 0.692 0.04277 0.105 0.20534 0.314 0.0451 0.108 0.14355 0.24 0.27469 0.39 0.081149 0.163 0.25493 0.369 xp loss 62 (24%) 194 0.41495 0.53 0.00131 0.00859 0.0012 0.008 0.12664 0.219 0.00105 0.00724 0.0071699 0.0306 0.02211 0.0689 0.04398 0.106 0.47692 0.589 0.094319 0.18 xq loss 101 (39%) 155 0.00056999 0.00477 9.9999e-06 0.000256 6.9999e-05 0.00106 0.00325 0.0163 3e-05 0.000559 0.00022 0.00247 0.0015 0.00946 0.00361 0.0174 0.11982 0.212 0.02247 0.069