Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p32.1 94 (37%) 162 3e-05 0.000174 9.9999e-06 6.87e-05 0.00068999 0.0023 0.00017 0.000738 2e-05 0.000122 9.9999e-06 6.87e-05 0.00463 0.0108 8.9999e-05 0.000418 0.16447 0.215 0.00045 0.0016 amp_1q21.3 104 (41%) 152 9.9999e-06 6.87e-05 0.00189 0.00511 0.28411 0.345 0.10443 0.145 0.51078 0.569 0.077409 0.115 0.65691 0.699 0.18859 0.24 0.095129 0.134 0.27465 0.334 amp_1q24.3 102 (40%) 154 9.9999e-06 6.87e-05 0.004 0.00957 0.53806 0.592 0.65896 0.7 0.0084999 0.0178 0.02514 0.0438 0.80219 0.829 0.079019 0.117 0.68367 0.724 0.58903 0.642 amp_2p11.2 64 (25%) 192 0.00308 0.00773 0.019 0.0345 0.71971 0.756 0.13938 0.185 0.82251 0.846 0.25375 0.311 0.76753 0.8 0.44252 0.501 0.78775 0.819 0.99945 1 amp_3p12.1 69 (27%) 187 9.9999e-06 6.87e-05 3e-05 0.000174 0.00319 0.00797 9.9999e-06 6.87e-05 0.00012 0.000542 2e-05 0.000122 0.31053 0.37 0.00105 0.00319 0.00217 0.00575 0.00296 0.00746 amp_4q12 78 (30%) 178 9.9999e-06 6.87e-05 5e-05 0.000273 0.00355 0.00861 0.0078599 0.0168 0.00022 0.000913 0.00429 0.0101 0.03294 0.0546 0.00215 0.00572 0.02956 0.0498 0.0058299 0.013 amp_5p15.33 119 (46%) 137 9.9999e-06 6.87e-05 0.00185 0.00505 0.01005 0.0203 0.0085299 0.0178 0.0095799 0.0196 0.00071999 0.00239 0.33409 0.394 0.085839 0.124 0.7685 0.8 0.86968 0.884 amp_6p21.1 60 (23%) 196 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00079999 0.00259 0.00038 0.00141 0.00024 0.000972 0.00042 0.00151 0.01299 0.025 0.00068999 0.0023 0.30758 0.368 0.0151 0.0282 amp_6q25.1 75 (29%) 181 0.0054199 0.0123 9.9999e-06 6.87e-05 6.9999e-05 0.000347 0.00036 0.00135 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00141 0.00401 6.9999e-05 0.000347 0.00239 0.00623 0.0097299 0.0198 amp_7q31.2 77 (30%) 179 9.9999e-06 6.87e-05 4e-05 0.000226 0.00363 0.00878 0.00031 0.0012 9.9999e-06 6.87e-05 0.00481 0.0111 0.00113 0.00337 3e-05 0.000174 5.9999e-05 0.000319 0.00013 0.000584 amp_8p11.22 81 (32%) 175 5e-05 0.000273 0.01407 0.0267 0.18492 0.238 0.15439 0.204 0.33756 0.397 0.02813 0.048 0.32058 0.381 0.052389 0.0821 0.5232 0.58 0.093359 0.133 amp_8q24.21 83 (32%) 173 0.00122 0.00358 0.066529 0.1 0.01348 0.0257 0.02603 0.0447 0.64945 0.694 0.18354 0.237 0.51802 0.577 0.91142 0.92 0.10934 0.152 0.46515 0.523 amp_11q22.2 36 (14%) 220 0.03558 0.0584 0.01249 0.0243 0.12361 0.169 0.0268 0.0459 0.01507 0.0282 0.01811 0.0333 0.19879 0.252 0.050879 0.0802 0.60946 0.657 0.057889 0.0889 amp_12q15 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 amp_13q34 54 (21%) 202 9.9999e-06 6.87e-05 0.0078799 0.0168 0.85574 0.873 0.01588 0.0295 0.49832 0.556 0.060099 0.0914 0.55718 0.61 0.085479 0.124 0.80282 0.829 0.0068999 0.0152 amp_15q26.3 84 (33%) 172 9.9999e-06 6.87e-05 0.13882 0.185 0.76387 0.798 0.46608 0.523 0.67089 0.712 0.10327 0.144 1 1 0.41238 0.47 0.94502 0.95 0.69716 0.737 amp_17p12 102 (40%) 154 9.9999e-06 6.87e-05 2e-05 0.000122 0.13553 0.181 0.0093999 0.0193 0.063589 0.0965 0.00453 0.0106 0.23265 0.288 0.0012 0.00354 0.058629 0.0898 0.0070799 0.0156 amp_17p11.2 104 (41%) 152 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.02938 0.0496 0.00486 0.0112 0.03834 0.0625 0.02315 0.0406 0.59432 0.644 0.0092599 0.0191 0.076859 0.115 0.00434 0.0102 amp_17q24.3 79 (31%) 177 2e-05 0.000122 0.00083999 0.00267 0.0073199 0.0159 0.00132 0.00382 0.23765 0.292 0.00375 0.00903 0.056359 0.0869 0.053359 0.0833 0.099919 0.14 0.2209 0.275 amp_19p13.2 107 (42%) 149 9.9999e-06 6.87e-05 0.0076399 0.0164 0.39002 0.45 0.00047 0.00166 0.13219 0.178 0.03427 0.0565 0.84177 0.861 0.15471 0.204 0.93018 0.937 0.091419 0.13 amp_19q12 93 (36%) 163 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-05 0.000458 0.11775 0.162 0.00022 0.000913 0.03139 0.0526 0.01884 0.0344 0.60916 0.657 0.051019 0.0802 0.7997 0.829 0.0092399 0.0191 amp_20q13.33 98 (38%) 158 9.9999e-06 6.87e-05 5.9999e-05 0.000319 0.00034 0.00129 6.9999e-05 0.000347 0.00096999 0.00303 0.00322 0.00802 0.01071 0.0214 0.0057699 0.013 0.02274 0.0401 0.00479 0.0111 amp_21q21.1 73 (29%) 183 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-05 0.000458 0.079629 0.118 0.18739 0.24 0.074359 0.111 0.39578 0.456 0.54901 0.603 0.084239 0.123 0.47669 0.534 0.22047 0.275 amp_xp21.2 97 (38%) 159 9.9999e-06 6.87e-05 0.00017 0.000738 0.73869 0.774 0.060059 0.0914 0.40051 0.46 0.075669 0.113 0.86054 0.876 0.02195 0.0392 0.42052 0.479 0.0080799 0.0171 amp_xq21.1 46 (18%) 210 9.9999e-06 6.87e-05 0.00112 0.00336 0.0109 0.0216 0.2334 0.288 0.04183 0.068 0.00397 0.00953 0.11486 0.159 0.29835 0.359 0.53564 0.59 0.46608 0.523 del_1p36.32 69 (27%) 187 0.12316 0.168 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00104 0.00318 del_1q44 80 (31%) 176 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.01448 0.0271 0.00021 0.000883 0.00035 0.00132 7.9999e-05 0.000383 0.0257 0.0443 0.00081999 0.00264 0.099059 0.139 0.00128 0.00372 del_2p25.3 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.02833 0.0481 0.0043 0.0101 9.9999e-06 6.87e-05 0.00099999 0.00311 0.00061999 0.00211 0.00026 0.00105 0.00031 0.0012 0.00074999 0.00245 del_2q37.3 108 (42%) 148 9.9999e-06 6.87e-05 0.00107 0.00322 0.1455 0.193 0.04903 0.0785 0.02084 0.0373 0.00107 0.00322 0.16279 0.214 0.02416 0.0423 0.084349 0.123 0.02837 0.0481 del_2q37.3 110 (43%) 146 9.9999e-06 6.87e-05 0.00042 0.00151 0.38404 0.445 0.0054699 0.0124 0.0134 0.0257 0.00164 0.00453 0.56534 0.618 0.064469 0.0974 0.59371 0.644 0.10499 0.146 del_3p21.31 65 (25%) 191 0.02011 0.0362 9.9999e-06 6.87e-05 0.01346 0.0257 7.9999e-05 0.000383 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00041 0.00149 0.00062999 0.00213 0.0015 0.00421 9.9999e-06 6.87e-05 del_3q13.31 51 (20%) 205 0.00011 0.000501 0.00427 0.0101 0.14074 0.187 0.01077 0.0214 0.0051099 0.0117 0.0099599 0.0202 0.01015 0.0204 0.0088699 0.0185 0.01768 0.0326 0.0297 0.0499 del_3q29 54 (21%) 202 0.00028 0.00111 0.0051899 0.0118 0.79079 0.821 0.83781 0.859 0.34299 0.402 0.18558 0.238 0.29195 0.352 0.02222 0.0394 0.30907 0.369 0.083539 0.123 del_4q35.1 94 (37%) 162 9.9999e-06 6.87e-05 0.00138 0.00394 0.23185 0.287 0.0106 0.0212 0.0076199 0.0164 0.050489 0.0799 0.80886 0.834 0.30071 0.362 0.94581 0.95 0.33563 0.396 del_5p15.33 33 (13%) 223 0.03352 0.0554 0.02889 0.0489 0.01647 0.0304 0.00102 0.00315 0.01149 0.0226 0.00289 0.00731 0.19458 0.247 0.054379 0.0846 0.02432 0.0425 0.091819 0.131 del_6p25.3 81 (32%) 175 0.072579 0.109 0.00198 0.00531 0.0012 0.00354 0.096029 0.135 5e-04 0.00176 0.00222 0.00586 0.0144 0.0271 0.01896 0.0345 0.054949 0.0851 0.2348 0.289 del_6q14.1 78 (30%) 178 2e-05 0.000122 0.00327 0.00808 0.01117 0.0221 0.01254 0.0243 0.30204 0.362 0.21742 0.272 0.59042 0.642 0.83546 0.858 0.056079 0.0867 0.97092 0.974 del_7q36.3 71 (28%) 185 9.9999e-06 6.87e-05 0.02567 0.0443 0.40105 0.46 0.064059 0.097 0.096959 0.136 0.19901 0.252 0.1327 0.178 0.03473 0.0572 0.11976 0.164 0.55448 0.608 del_8p23.3 81 (32%) 175 9.9999e-06 6.87e-05 2e-05 0.000122 0.0015 0.00421 8.9999e-05 0.000418 6.9999e-05 0.000347 0.00095999 0.00302 0.00227 0.00597 0.00082999 0.00265 0.0096499 0.0197 0.00077999 0.00254 del_9p24.3 100 (39%) 156 9.9999e-06 6.87e-05 0.71372 0.751 0.0228 0.0401 0.089899 0.128 0.16846 0.219 0.35988 0.419 0.11932 0.164 0.27596 0.335 0.084609 0.123 0.87379 0.887 del_9p21.3 114 (45%) 142 9.9999e-06 6.87e-05 0.089149 0.128 0.00135 0.00387 0.00064999 0.00219 0.00415 0.00989 0.00255 0.00657 0.03168 0.0529 0.084829 0.123 6.9999e-05 0.000347 0.00335 0.00822 del_9q34.3 61 (24%) 195 9.9999e-06 6.87e-05 0.00118 0.00351 0.0443 0.0718 0.11063 0.153 0.04982 0.079 0.12574 0.171 0.00152 0.00423 0.00037 0.00138 0.11918 0.164 0.03665 0.06 del_10p15.3 128 (50%) 128 0.0085399 0.0178 0.00184 0.00504 0.087599 0.126 0.00093999 0.00297 0.28994 0.35 0.00332 0.00818 0.22931 0.285 0.066139 0.0997 0.71337 0.751 0.64916 0.694 del_10q23.31 138 (54%) 118 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 2e-05 0.000122 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 5e-05 0.000273 0.00050999 0.00177 3e-04 0.00117 del_10q26.3 132 (52%) 124 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 8.9999e-05 0.000418 8.9999e-05 0.000418 6.9999e-05 0.000347 0.00029 0.00114 del_11p15.5 110 (43%) 146 9.9999e-06 6.87e-05 0.00041 0.00149 0.74974 0.784 0.0060199 0.0134 0.44423 0.502 0.28783 0.349 0.57532 0.628 0.84863 0.867 0.81184 0.836 0.64222 0.689 del_11q24.2 123 (48%) 133 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.01978 0.0358 0.00017 0.000738 0.00161 0.00446 0.00193 0.0052 0.053389 0.0833 0.01981 0.0358 0.33795 0.397 0.01627 0.0302 del_12p13.1 87 (34%) 169 4e-05 0.000226 0.00152 0.00423 0.35895 0.419 0.21203 0.267 0.0072199 0.0158 0.0094699 0.0194 0.15253 0.202 0.054879 0.0851 0.25597 0.313 0.32117 0.381 del_12q12 56 (22%) 200 9.9999e-06 6.87e-05 0.00252 0.00652 0.16549 0.215 0.44675 0.504 0.04976 0.079 0.02229 0.0394 0.04807 0.0774 0.40983 0.468 0.13031 0.176 0.32998 0.391 del_12q24.33 69 (27%) 187 9.9999e-06 6.87e-05 0.01253 0.0243 0.70633 0.746 0.21275 0.267 0.61065 0.657 0.01257 0.0243 0.52327 0.58 0.12506 0.17 0.12923 0.175 0.40015 0.46 del_13q14.2 180 (70%) 76 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00074999 0.00245 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00029 0.00114 0.00019 0.000814 del_14q24.1 80 (31%) 176 0.02547 0.0441 0.01385 0.0263 0.4083 0.467 0.6414 0.689 0.20649 0.261 9.9999e-06 6.87e-05 0.0461 0.0746 0.02009 0.0362 0.18989 0.241 0.02779 0.0475 del_16q11.2 130 (51%) 126 6.9999e-05 0.000347 6.9999e-05 0.000347 0.0066899 0.0148 0.00275 0.00701 0.00043 0.00153 6.9999e-05 0.000347 0.00235 0.00615 0.0077399 0.0166 9.9999e-06 6.87e-05 3e-05 0.000174 del_16q23.1 134 (52%) 122 9.9999e-06 6.87e-05 0.00051999 0.0018 0.00186 0.00505 0.16503 0.215 0.00102 0.00315 0.00039 0.00144 0.00352 0.00857 0.01032 0.0207 2e-05 0.000122 7.9999e-05 0.000383 del_17p13.1 129 (50%) 127 0.00023 0.000949 2e-05 0.000122 0.0071499 0.0157 0.00059999 0.00205 3e-05 0.000174 5e-05 0.000273 0.00016 0.000714 0.00059999 0.00205 2e-05 0.000122 0.00041 0.00149 del_17q11.2 81 (32%) 175 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00033 0.00126 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 7.9999e-05 0.000383 0.00433 0.0102 0.0074499 0.0161 0.01256 0.0243 0.0252 0.0438 del_17q25.3 67 (26%) 189 2e-05 0.000122 0.0027 0.00691 0.43558 0.494 0.2104 0.265 0.13216 0.178 0.35035 0.409 0.72062 0.756 0.13444 0.18 0.23911 0.293 0.17874 0.232 del_18q23 86 (34%) 170 0.00104 0.00318 2e-05 0.000122 0.00028 0.00111 0.00033 0.00126 0.0066299 0.0147 0.00183 0.00503 0.01412 0.0267 0.10435 0.145 0.087109 0.126 0.00017 0.000738 del_19p13.3 70 (27%) 186 0.00019 0.000814 0.00257 0.0066 0.30942 0.369 0.081989 0.121 0.0089099 0.0185 0.0021 0.00561 0.0116 0.0228 0.00341 0.00834 0.00133 0.00383 0.01442 0.0271 del_19q13.43 106 (41%) 150 0.013 0.025 0.00127 0.00371 0.16511 0.215 0.38801 0.449 0.17943 0.232 0.42768 0.486 0.60151 0.651 0.089869 0.128 0.53228 0.587 0.00489 0.0112 del_21q11.2 51 (20%) 205 0.058879 0.09 0.081739 0.121 0.13421 0.18 0.04756 0.0767 0.18773 0.24 0.21499 0.269 0.00283 0.00718 0.18671 0.239 0.087119 0.126 0.33062 0.391 del_21q22.3 66 (26%) 190 0.00024 0.000972 0.0074099 0.0161 0.18039 0.233 0.0084399 0.0178 0.082129 0.121 0.23035 0.286 0.38847 0.449 0.26298 0.321 0.49116 0.549 0.52911 0.585 del_22q13.32 83 (32%) 173 9.9999e-06 6.87e-05 0.093759 0.133 0.8996 0.909 0.04913 0.0785 0.64803 0.694 0.050939 0.0802 0.34517 0.404 0.5245 0.581 0.89432 0.905 0.65116 0.694 del_xp21.1 55 (21%) 201 0.88502 0.897 0.00245 0.00637 0.057319 0.0882 0.15962 0.21 0.0080399 0.0171 0.02082 0.0373 0.01852 0.034 0.03219 0.0535 0.36095 0.419 0.04823 0.0774 del_xq21.1 114 (45%) 142 0.00050999 0.00177 0.00024 0.000972 3e-05 0.000174 0.0055799 0.0126 4e-05 0.000226 2e-04 0.000852 7.9999e-05 0.000383 0.00074999 0.00245 0.03834 0.0625 0.03176 0.0529 del_xq22.3 123 (48%) 133 9.9999e-06 6.87e-05 9.9999e-06 6.87e-05 0.00143 0.00405 0.00324 0.00804 9.9999e-06 6.87e-05 5.9999e-05 0.000319 0.00021 0.000883 0.00082999 0.00265 0.02227 0.0394 0.04982 0.079