Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p12 121 (33%) 245 0.03541 0.144 0.91118 0.932 0.70764 0.816 0.88325 0.913 0.37064 0.563 0.25057 0.463 0.62046 0.753 0.52524 0.693 0.77699 0.855 0.61165 0.752 amp_1q21.3 203 (55%) 163 9.9999e-06 0.00025 0.074089 0.234 0.3393 0.538 0.5227 0.693 0.00393 0.0333 0.47009 0.648 0.02278 0.108 0.063139 0.215 0.17339 0.378 0.082939 0.244 amp_1q44 201 (55%) 165 9.9999e-06 0.00025 0.0088199 0.0577 0.16237 0.367 0.14188 0.336 0.0087199 0.0577 0.36845 0.561 0.00437 0.0358 0.0061999 0.0449 0.01986 0.0975 0.00221 0.0217 amp_3p13 103 (28%) 263 0.12181 0.301 0.53449 0.698 0.065039 0.217 0.052019 0.186 0.60065 0.744 0.29394 0.497 0.48436 0.657 0.67097 0.792 0.84114 0.887 0.87206 0.905 amp_4q12 65 (18%) 301 0.00277 0.025 0.22269 0.439 0.082309 0.243 0.53851 0.699 0.75682 0.846 0.10316 0.272 0.063399 0.215 0.02761 0.127 0.27918 0.483 0.50319 0.677 amp_5p15.33 110 (30%) 256 9.9999e-06 0.00025 0.13425 0.321 0.69324 0.808 0.74037 0.84 0.061739 0.214 0.56308 0.707 0.0054599 0.0411 0.73941 0.84 0.24634 0.463 0.02347 0.109 amp_5q35.3 59 (16%) 307 0.00021 0.0035 0.00032 0.00489 0.091329 0.255 0.03275 0.143 0.01421 0.0782 0.52454 0.693 0.27289 0.479 0.35218 0.551 0.35589 0.554 0.45474 0.638 amp_6p24.3 210 (57%) 156 9.9999e-06 0.00025 9.9999e-06 0.00025 0.32335 0.525 0.01594 0.0868 0.0349 0.144 0.0081199 0.0551 0.00082999 0.0104 0.01739 0.0907 0.00079999 0.0102 0.00187 0.019 amp_6q12 80 (22%) 286 0.5501 0.703 0.5612 0.706 0.52822 0.693 0.081529 0.243 0.45575 0.638 0.069509 0.228 0.21407 0.431 0.16933 0.374 0.34732 0.546 0.106 0.278 amp_7p22.1 208 (57%) 158 9.9999e-06 0.00025 0.81403 0.878 0.62754 0.759 0.21411 0.431 0.02379 0.11 0.13067 0.315 0.075049 0.236 0.40833 0.602 0.91349 0.932 0.47459 0.651 amp_7q34 224 (61%) 142 2e-05 0.000423 0.4795 0.654 0.23384 0.453 0.93885 0.953 0.15721 0.364 0.25245 0.463 0.097359 0.261 0.25797 0.467 0.081999 0.243 0.41808 0.611 amp_8q11.21 163 (45%) 203 9.9999e-06 0.00025 0.00145 0.0153 0.56948 0.713 0.24644 0.463 0.01808 0.0921 0.01053 0.0616 0.83695 0.886 0.85696 0.896 0.76053 0.847 0.74744 0.846 amp_8q24.21 191 (52%) 175 9.9999e-06 0.00025 0.00401 0.0334 0.75442 0.846 0.9388 0.953 0.0099899 0.0606 0.31377 0.515 0.80582 0.874 0.75269 0.846 0.61609 0.753 0.76798 0.849 amp_11q13.3 69 (19%) 297 0.12756 0.31 0.086329 0.249 0.90712 0.929 0.83797 0.886 0.28275 0.487 0.44627 0.634 0.15697 0.364 0.10922 0.282 0.55701 0.706 0.24876 0.463 amp_12q14.1 58 (16%) 308 0.00285 0.0253 0.33181 0.534 0.87081 0.905 0.28507 0.49 0.04613 0.173 0.48483 0.657 0.76827 0.849 0.21586 0.431 0.17102 0.376 0.64379 0.771 amp_12q15 59 (16%) 307 0.072859 0.233 0.22784 0.446 0.60684 0.748 0.42698 0.618 0.096469 0.261 0.18352 0.391 0.65769 0.78 0.29065 0.495 0.36598 0.561 0.31355 0.515 amp_13q31.3 104 (28%) 262 9.9999e-06 0.00025 9.9999e-06 0.00025 0.75033 0.846 0.27041 0.477 0.00021 0.0035 0.00121 0.0133 0.67933 0.796 0.51252 0.686 0.058499 0.208 0.78872 0.862 amp_15q26.2 119 (33%) 247 0.00042 0.00608 0.20351 0.418 0.93864 0.953 0.80975 0.875 0.15902 0.366 0.45498 0.638 0.80517 0.874 0.23691 0.457 0.16283 0.367 0.4418 0.633 amp_17q25.3 122 (33%) 244 0.00017 0.00312 0.04093 0.16 0.02956 0.133 0.073709 0.234 0.42931 0.62 0.0072899 0.0516 0.56014 0.706 0.065569 0.217 0.23943 0.457 0.19383 0.402 amp_19p13.2 69 (19%) 297 0.00090999 0.0109 0.093439 0.257 0.44191 0.633 0.95861 0.966 0.00254 0.0233 0.13666 0.325 0.94985 0.961 0.28982 0.495 0.12894 0.312 0.73834 0.84 amp_20q13.33 187 (51%) 179 9.9999e-06 0.00025 0.00148 0.0154 0.82751 0.884 0.9888 0.989 0.0058399 0.0434 0.075649 0.236 0.18084 0.387 0.58873 0.733 0.79522 0.868 0.367 0.561 amp_22q13.2 151 (41%) 215 6.9999e-05 0.00137 0.04193 0.161 0.974 0.978 0.71482 0.819 0.23404 0.453 0.13337 0.32 0.80736 0.874 0.085649 0.248 0.26127 0.468 0.3171 0.519 del_1p36.31 81 (22%) 285 0.03768 0.151 2e-05 0.000423 0.57899 0.724 0.20896 0.426 0.03317 0.144 0.089479 0.254 0.064089 0.216 0.059489 0.208 0.403 0.596 0.8569 0.896 del_1p22.1 97 (27%) 269 0.00095999 0.011 9.9999e-06 0.00025 0.59131 0.734 0.21119 0.429 0.00022 0.00356 0.02298 0.108 0.080259 0.243 0.76894 0.849 0.19634 0.406 0.25754 0.467 del_2q37.3 93 (25%) 273 0.41939 0.611 0.096329 0.261 0.16478 0.369 0.0195 0.0975 0.00494 0.0377 0.01771 0.091 0.03053 0.135 0.01007 0.0606 0.26374 0.471 0.30803 0.51 del_3p25.1 71 (19%) 295 0.17391 0.378 0.23792 0.457 0.42655 0.618 0.21618 0.431 0.5282 0.693 0.75052 0.846 0.35294 0.551 0.3982 0.592 0.32383 0.525 0.16914 0.374 del_3q13.31 62 (17%) 304 0.16266 0.367 0.092569 0.256 0.41073 0.603 0.1151 0.289 0.052179 0.186 0.5548 0.705 0.25332 0.463 0.27868 0.483 0.077699 0.239 0.54996 0.703 del_4p16.3 91 (25%) 275 0.54422 0.701 0.11093 0.284 0.64912 0.775 0.70532 0.815 0.17613 0.381 0.01728 0.0907 0.66633 0.788 0.25296 0.463 0.43187 0.622 0.98136 0.983 del_4q34.3 110 (30%) 256 0.26778 0.474 0.065939 0.217 0.51453 0.687 0.551 0.703 0.076589 0.238 0.01097 0.0635 0.67779 0.796 0.0093499 0.0597 0.12355 0.303 0.17282 0.378 del_5p15.31 79 (22%) 287 0.65079 0.775 0.37575 0.568 0.54536 0.701 0.54106 0.699 0.81893 0.879 0.070959 0.23 0.67782 0.796 0.36314 0.561 0.089339 0.254 0.90466 0.929 del_5q12.1 97 (27%) 269 0.23303 0.453 0.22126 0.438 0.39007 0.585 0.11541 0.289 0.49368 0.667 0.03438 0.144 0.30198 0.506 0.52205 0.693 0.3403 0.538 0.65267 0.775 del_5q31.3 131 (36%) 235 0.27365 0.479 0.00249 0.0232 0.61646 0.753 0.30594 0.509 0.73611 0.84 0.17647 0.381 0.83206 0.886 0.63779 0.768 0.38992 0.585 0.47468 0.651 del_6q22.31 215 (59%) 151 9.9999e-06 0.00025 0.00482 0.0373 0.95857 0.966 0.44458 0.633 3e-04 0.00471 0.16512 0.369 0.47881 0.654 0.53272 0.698 0.46685 0.647 0.26735 0.474 del_6q26 221 (60%) 145 9.9999e-06 0.00025 0.0098099 0.0606 0.84137 0.887 0.53667 0.698 8.9999e-05 0.00171 0.04871 0.179 0.32365 0.525 0.60166 0.744 0.83663 0.886 0.45842 0.64 del_8p23.3 89 (24%) 277 0.0090799 0.0588 0.10667 0.278 0.20342 0.418 0.16025 0.366 0.03936 0.155 0.27827 0.483 0.37352 0.566 0.2526 0.463 0.085759 0.248 0.081649 0.243 del_9p23 249 (68%) 117 3e-05 0.000611 0.10292 0.272 0.4555 0.638 0.61236 0.752 0.0087399 0.0577 0.15769 0.364 0.03505 0.144 0.16879 0.374 0.82474 0.883 0.15332 0.359 del_9p21.3 278 (76%) 88 9.9999e-06 0.00025 0.0079199 0.0544 0.75622 0.846 0.70099 0.813 2e-05 0.000423 0.0074099 0.0516 0.03404 0.144 0.79868 0.87 0.41112 0.603 0.12195 0.301 del_10p15.3 199 (54%) 167 9.9999e-06 0.00025 0.04479 0.17 0.88557 0.914 0.22108 0.438 0.00063999 0.00859 0.00093999 0.011 0.071409 0.23 0.45327 0.638 0.32733 0.529 0.27549 0.481 del_10q21.1 217 (59%) 149 9.9999e-06 0.00025 0.46613 0.647 0.71463 0.819 0.14829 0.349 0.01335 0.0749 0.03175 0.14 0.060609 0.211 0.24989 0.463 0.22452 0.441 0.76124 0.847 del_10q23.31 230 (63%) 136 9.9999e-06 0.00025 0.12521 0.306 0.88066 0.912 0.20581 0.421 0.00394 0.0333 0.01719 0.0907 0.02989 0.134 0.68766 0.803 0.34178 0.539 0.77584 0.855 del_10q26.3 236 (64%) 130 9.9999e-06 0.00025 0.3933 0.587 0.83321 0.886 0.30906 0.51 2e-04 0.0035 0.00444 0.0358 0.079049 0.242 0.51278 0.686 0.18505 0.391 0.39352 0.587 del_11p15.5 114 (31%) 252 0.01976 0.0975 0.050259 0.182 0.61825 0.753 0.71183 0.819 0.53517 0.698 0.25523 0.465 0.4816 0.656 0.2467 0.463 0.02883 0.131 0.33767 0.537 del_11q23.3 202 (55%) 164 9.9999e-06 0.00025 0.33593 0.537 0.90392 0.929 0.26105 0.468 0.04296 0.164 0.00046 0.00649 0.4445 0.633 0.03373 0.144 0.0098599 0.0606 0.084549 0.247 del_12q23.3 92 (25%) 274 0.0137 0.0761 0.03606 0.146 0.96538 0.971 0.81943 0.879 0.30174 0.506 0.36771 0.561 0.3011 0.506 0.24479 0.463 0.46981 0.648 0.45506 0.638 del_13q34 85 (23%) 281 0.9507 0.961 0.01051 0.0616 0.065959 0.217 0.74041 0.84 0.81723 0.879 0.0073299 0.0516 0.64243 0.771 0.097439 0.261 0.29179 0.495 0.6974 0.811 del_14q23.3 120 (33%) 246 2e-05 0.000423 0.77933 0.856 0.55336 0.705 0.24749 0.463 0.0059199 0.0434 0.03544 0.144 0.00058999 0.00811 0.17845 0.383 0.11241 0.286 0.03883 0.154 del_14q32.31 117 (32%) 249 9.9999e-06 0.00025 0.62158 0.753 0.5882 0.733 0.18614 0.391 0.00449 0.0358 0.03443 0.144 0.00372 0.0325 0.18755 0.391 0.41987 0.611 0.18679 0.391 del_15q13.3 84 (23%) 282 0.04962 0.181 0.01013 0.0606 0.089659 0.254 0.3065 0.509 0.39994 0.593 0.01749 0.0907 0.6506 0.775 0.86925 0.905 0.01621 0.0874 0.76204 0.847 del_15q21.1 91 (25%) 275 0.077759 0.239 0.10337 0.272 0.54107 0.699 0.33774 0.537 0.50041 0.675 0.29117 0.495 0.86396 0.902 0.51836 0.69 0.11476 0.289 0.84564 0.889 del_16p13.3 62 (17%) 304 0.56125 0.706 0.090709 0.255 0.01209 0.0693 0.33585 0.537 0.16054 0.366 0.10804 0.28 0.36603 0.561 0.32971 0.532 0.04541 0.171 0.091039 0.255 del_16q12.1 117 (32%) 249 0.26049 0.468 0.3065 0.509 0.02172 0.104 0.67985 0.796 0.03867 0.154 0.070939 0.23 0.18588 0.391 0.02171 0.104 0.26721 0.474 0.059039 0.208 del_16q24.3 133 (36%) 233 0.11297 0.286 0.61975 0.753 0.14577 0.344 0.9061 0.929 0.0094499 0.0597 0.0024 0.0228 0.082079 0.243 0.094429 0.258 0.0128 0.0726 0.0413 0.16 del_17p13.3 135 (37%) 231 0.25194 0.463 0.00034 0.00505 0.36574 0.561 0.63634 0.768 0.091849 0.255 0.0183 0.0923 0.84966 0.892 0.35882 0.557 0.3867 0.583 0.21506 0.431 del_19p13.3 104 (28%) 262 0.02146 0.104 0.70515 0.815 0.00236 0.0228 0.062339 0.214 0.00078999 0.0102 0.00124 0.0134 0.78456 0.86 0.10073 0.269 0.18615 0.391 0.46214 0.643 del_xp21.1 87 (24%) 279 0.12108 0.301 9.9999e-06 0.00025 0.04692 0.174 0.11037 0.284 0.00463 0.0364 0.00219 0.0217 0.00085999 0.0105 0.04798 0.177 0.00106 0.0119 0.23948 0.457