Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 51 (12%) 390 9.9999e-06 6.69e-05 0.0074799 0.0205 0.00264 0.00816 0.40458 0.504 0.00143 0.00499 0.12491 0.206 0.00063999 0.0025 0.0032 0.00974 0.074199 0.137 0.063369 0.122 1q gain 103 (23%) 338 9.9999e-06 6.69e-05 0.00017 0.000796 0.056919 0.111 0.21954 0.319 5e-05 0.000265 0.00222 0.007 0.00077999 0.00295 5e-05 0.000265 0.00336 0.0101 0.30168 0.403 2p gain 77 (17%) 364 9.9999e-06 6.69e-05 0.00049 0.00198 0.0227 0.0521 0.11798 0.197 0.143 0.23 0.02794 0.0614 0.00029 0.00126 0.0072599 0.0199 0.14185 0.229 0.02385 0.054 2q gain 66 (15%) 375 9.9999e-06 6.69e-05 0.0086599 0.0229 0.23675 0.335 0.55475 0.638 0.04539 0.0915 0.03107 0.0673 0.00094999 0.00355 0.066779 0.126 0.03492 0.0733 0.2841 0.385 3p gain 53 (12%) 388 0.00202 0.00647 0.4064 0.505 0.79258 0.835 0.02499 0.0559 0.62434 0.696 0.22535 0.324 0.18799 0.286 0.58862 0.669 0.37153 0.47 0.02861 0.0625 3q gain 93 (21%) 348 9.9999e-06 6.69e-05 0.11818 0.197 0.87471 0.901 0.15021 0.238 0.14258 0.23 0.01965 0.0467 0.057629 0.112 0.34112 0.441 0.095239 0.168 0.019 0.0455 4p gain 21 (5%) 420 0.076929 0.141 0.70687 0.757 0.91207 0.933 0.27008 0.373 0.20934 0.307 0.3206 0.422 0.51274 0.598 0.16177 0.252 0.35209 0.451 0.23226 0.331 4q gain 16 (4%) 425 0.42946 0.528 0.66658 0.729 0.68969 0.743 0.090149 0.162 0.02111 0.0493 0.43074 0.528 0.49532 0.585 0.067779 0.127 0.61519 0.689 0.66589 0.729 5p gain 102 (23%) 339 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.26139 0.364 0.95979 0.971 2e-05 0.000119 0.0054499 0.0156 0.00024 0.00106 9.9999e-06 6.69e-05 0.0086699 0.0229 0.01911 0.0457 5q gain 44 (10%) 397 0.0112 0.0288 0.32329 0.424 0.85147 0.881 0.27485 0.378 0.19673 0.294 0.3677 0.468 0.41766 0.516 0.63986 0.707 0.1496 0.238 0.80499 0.846 6p gain 78 (18%) 363 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.1078 0.185 0.34462 0.443 0.00059999 0.00237 0.0079899 0.0216 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.0018 0.0059 0.00178 0.00586 6q gain 64 (15%) 377 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.066989 0.126 0.3421 0.441 0.00023 0.00102 0.02341 0.0531 5.9999e-05 0.000308 9.9999e-06 6.69e-05 0.00118 0.00423 0.00365 0.0108 7p gain 197 (45%) 244 9.9999e-06 6.69e-05 0.00028 0.00123 0.67586 0.733 0.49953 0.587 0.33912 0.44 0.00051999 0.00207 0.22264 0.321 0.02812 0.0616 0.36655 0.467 0.00311 0.00954 7q gain 169 (38%) 272 9.9999e-06 6.69e-05 0.00074999 0.00285 0.92409 0.944 0.43833 0.534 0.33377 0.437 0.00177 0.00585 0.31578 0.417 0.17801 0.272 0.54058 0.625 0.04222 0.0861 8p gain 182 (41%) 259 3e-05 0.000168 0.04451 0.0901 0.59978 0.676 0.24046 0.339 0.44567 0.54 0.10447 0.181 0.20848 0.307 0.40578 0.505 0.4528 0.544 0.31625 0.417 8q gain 237 (54%) 204 0.0097899 0.0254 0.0129 0.0326 0.67886 0.734 0.29581 0.398 0.03686 0.0766 0.01757 0.0425 0.04128 0.0846 0.03814 0.0789 0.62001 0.694 0.37391 0.471 9p gain 60 (14%) 381 0.095219 0.168 0.98592 0.988 0.37489 0.471 0.85823 0.886 0.58075 0.662 0.49448 0.585 0.70332 0.756 0.77352 0.818 0.50186 0.589 1 1 9q gain 78 (18%) 363 0.21495 0.314 0.6287 0.698 0.25132 0.351 0.98293 0.988 0.42839 0.527 0.92754 0.945 0.97412 0.981 0.92955 0.946 0.35831 0.457 0.77633 0.82 10p gain 98 (22%) 343 9.9999e-06 6.69e-05 0.00011 0.000524 0.13091 0.215 0.52675 0.61 0.00149 0.00514 0.14865 0.237 0.15312 0.24 0.00335 0.0101 0.22895 0.327 0.42033 0.518 10q gain 70 (16%) 371 9.9999e-06 6.69e-05 0.03819 0.0789 0.12361 0.204 0.85325 0.882 0.01316 0.0331 0.12206 0.203 0.46354 0.555 0.33783 0.44 0.67712 0.733 0.44694 0.54 11p gain 64 (15%) 377 9.9999e-06 6.69e-05 0.00066999 0.00257 0.93468 0.95 0.84547 0.878 0.28339 0.384 0.39397 0.493 2e-05 0.000119 0.00172 0.00576 0.03892 0.0802 0.12285 0.203 11q gain 74 (17%) 367 9.9999e-06 6.69e-05 0.00019 0.000865 0.83527 0.869 1 1 0.31055 0.414 0.0059999 0.017 9.9999e-06 6.69e-05 0.00048 0.00195 0.01191 0.0304 0.0094499 0.0247 12p gain 90 (20%) 351 7.9999e-05 4e-04 0.19679 0.294 0.24149 0.34 0.33566 0.438 0.16641 0.258 0.10196 0.178 0.057219 0.111 0.17426 0.267 0.12767 0.21 0.083059 0.15 12q gain 77 (17%) 364 0.0035 0.0104 0.092379 0.164 0.43797 0.534 0.41964 0.518 0.96706 0.975 0.27603 0.379 0.1559 0.244 0.38516 0.483 0.2308 0.329 0.10707 0.185 13q gain 154 (35%) 287 9.9999e-06 6.69e-05 5.9999e-05 0.000308 0.67621 0.733 0.60925 0.684 0.02313 0.0528 5.9999e-05 0.000308 0.00085999 0.00324 5.9999e-05 0.000308 0.00131 0.00465 0.52611 0.61 14q gain 29 (7%) 412 5.9999e-05 0.000308 0.14977 0.238 0.81558 0.851 0.92762 0.945 0.19467 0.293 0.76489 0.811 0.0082099 0.0221 0.51107 0.597 0.20449 0.303 0.59612 0.673 15q gain 39 (9%) 402 3e-05 0.000168 8.9999e-05 0.000439 0.3477 0.446 0.82775 0.862 0.03543 0.0742 0.22421 0.323 0.11658 0.195 0.0085499 0.0229 0.59914 0.676 0.47498 0.567 16p gain 59 (13%) 382 0.00135 0.00478 0.092249 0.164 0.39569 0.494 0.11452 0.193 0.075559 0.139 0.28632 0.387 0.90548 0.928 0.97717 0.983 0.2438 0.342 0.098869 0.174 16q gain 47 (11%) 394 0.00255 0.00791 0.80684 0.847 0.67176 0.732 0.26171 0.364 0.18614 0.283 0.62474 0.696 0.706 0.757 0.95648 0.968 0.050639 0.1 0.01719 0.0418 17p gain 29 (7%) 412 0.00103 0.00381 0.053239 0.104 0.66651 0.729 0.6867 0.741 0.19283 0.292 0.21667 0.316 0.051239 0.101 0.19623 0.294 0.10801 0.185 0.31379 0.417 17q gain 62 (14%) 379 4e-05 0.000217 0.04725 0.0947 0.94427 0.958 0.96453 0.974 0.48544 0.577 0.20624 0.305 0.04349 0.0884 0.34189 0.441 0.072049 0.133 0.0070699 0.0196 18p gain 84 (19%) 357 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.10396 0.18 0.050739 0.1 0.0088999 0.0235 0.00144 0.00501 0.00019 0.000865 2e-05 0.000119 0.00379 0.0111 0.0099899 0.0259 18q gain 54 (12%) 387 0.0063399 0.0179 0.00291 0.00896 0.59515 0.673 0.23548 0.333 0.28173 0.384 0.02243 0.0519 0.01575 0.0389 0.02206 0.0513 0.28221 0.384 0.03665 0.0763 19p gain 54 (12%) 387 9.9999e-05 0.000482 0.65244 0.718 0.49761 0.586 0.065929 0.125 0.48868 0.58 0.90543 0.928 0.57696 0.658 0.46178 0.554 0.54264 0.626 0.43204 0.528 19q gain 78 (18%) 363 9.9999e-06 6.69e-05 0.11109 0.188 0.15085 0.238 0.04354 0.0884 0.01609 0.0395 0.25143 0.351 0.01627 0.0398 0.057519 0.112 0.0072299 0.0199 0.087579 0.158 20p gain 243 (55%) 198 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.078199 0.143 0.19439 0.293 5e-04 0.00201 9.9999e-06 6.69e-05 3e-05 0.000168 9.9999e-06 6.69e-05 3e-05 0.000168 0.55528 0.638 20q gain 279 (63%) 162 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.052309 0.103 0.22691 0.325 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 3e-05 0.000168 0.11025 0.188 21q gain 21 (5%) 420 2e-04 9e-04 0.00149 0.00514 0.14454 0.231 0.63512 0.704 0.0103 0.0266 0.03049 0.0662 0.089919 0.161 7.9999e-05 4e-04 0.1699 0.262 0.02905 0.0633 22q gain 32 (7%) 409 0.00197 0.00636 0.12361 0.204 0.84766 0.879 0.22092 0.32 0.25745 0.359 0.066819 0.126 0.23464 0.333 0.62092 0.694 0.02798 0.0614 0.17134 0.263 xp gain 48 (11%) 393 9.9999e-06 6.69e-05 0.00103 0.00381 0.4517 0.544 0.85032 0.881 0.066099 0.125 0.0206 0.0484 0.02475 0.0555 0.34011 0.441 0.067139 0.126 0.11524 0.194 xq gain 56 (13%) 385 9.9999e-06 6.69e-05 0.02641 0.0586 0.50518 0.592 0.73303 0.781 0.03451 0.0726 0.00038 0.00158 0.16679 0.258 0.080319 0.146 0.49234 0.583 0.066149 0.125 1p loss 59 (13%) 382 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.03177 0.0683 0.18878 0.286 0.070279 0.131 0.0076199 0.0208 0.0089799 0.0236 0.0038 0.0111 0.0072299 0.0199 0.43172 0.528 1q loss 28 (6%) 413 2e-05 0.000119 8.9999e-05 0.000439 0.03388 0.0715 0.29801 0.4 0.59211 0.671 0.15207 0.239 0.071639 0.133 0.31444 0.417 0.51939 0.604 0.55552 0.638 2p loss 26 (6%) 415 2e-05 0.000119 0.00033 0.00141 0.37497 0.471 0.47304 0.565 0.01189 0.0304 0.29869 0.4 0.04145 0.0848 0.14245 0.23 0.46783 0.56 0.33519 0.438 2q loss 33 (7%) 408 9.9999e-06 6.69e-05 0.00033 0.00141 0.6659 0.729 0.80386 0.846 0.0096399 0.0251 0.26282 0.365 0.02334 0.0531 0.03294 0.0698 0.60734 0.682 0.20673 0.305 3p loss 91 (21%) 350 9.9999e-06 6.69e-05 3e-05 0.000168 0.35733 0.457 0.19713 0.294 0.00318 0.00972 0.00034 0.00143 0.00157 0.00539 0.00106 0.00387 0.15625 0.244 0.0207 0.0485 3q loss 54 (12%) 387 9.9999e-06 6.69e-05 5e-05 0.000265 0.19453 0.293 0.2744 0.378 2e-05 0.000119 9.9999e-06 6.69e-05 0.02711 0.06 0.01238 0.0314 0.080619 0.146 0.00165 0.00555 4p loss 167 (38%) 274 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.29102 0.393 0.13703 0.223 0.00052999 0.0021 0.00019 0.000865 2e-05 0.000119 9.9999e-06 6.69e-05 4e-04 0.00165 0.24266 0.341 4q loss 164 (37%) 277 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.080149 0.146 0.03236 0.0688 0.0051999 0.0149 0.00143 0.00499 4e-05 0.000217 9.9999e-06 6.69e-05 0.0056999 0.0162 0.21193 0.31 5p loss 60 (14%) 381 9.9999e-06 6.69e-05 5e-05 0.000265 0.22009 0.319 0.75676 0.804 0.00219 0.00693 0.01203 0.0306 0.00037 0.00154 0.00012 0.000568 0.00342 0.0103 0.14858 0.237 5q loss 106 (24%) 335 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.48059 0.572 0.95154 0.965 9.9999e-06 6.69e-05 3e-05 0.000168 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 2e-05 0.000119 0.00348 0.0104 6p loss 52 (12%) 389 9.9999e-06 6.69e-05 0.00019 0.000865 0.15133 0.238 0.91076 0.933 0.02259 0.052 0.0086299 0.0229 0.092729 0.165 0.01611 0.0395 0.0334 0.0706 0.45214 0.544 6q loss 70 (16%) 371 9.9999e-06 6.69e-05 0.00131 0.00465 0.90095 0.926 0.81174 0.849 0.062459 0.12 0.14002 0.227 0.55583 0.638 0.062569 0.12 0.1078 0.185 0.44594 0.54 7p loss 20 (5%) 421 0.00047 0.00192 0.00161 0.00546 0.44109 0.536 0.43221 0.528 0.00161 0.00546 0.33833 0.44 2e-04 9e-04 0.02247 0.0519 0.00196 0.00635 0.2211 0.32 7q loss 30 (7%) 411 9.9999e-06 6.69e-05 0.00215 0.00686 0.48486 0.577 0.78295 0.826 0.0056099 0.016 0.28041 0.382 0.0079099 0.0215 0.050619 0.1 0.04688 0.0942 0.41258 0.511 8p loss 88 (20%) 353 9.9999e-06 6.69e-05 0.00202 0.00647 0.39591 0.494 0.6448 0.712 0.01736 0.0421 0.00114 0.0041 0.00185 0.00602 0.0064599 0.0181 0.01923 0.0458 9.9999e-06 6.69e-05 8q loss 33 (7%) 408 0.00089999 0.00337 0.59074 0.67 0.82574 0.861 0.37537 0.471 0.75503 0.804 0.98508 0.988 0.02436 0.0548 0.51129 0.597 0.03191 0.0683 0.22617 0.324 9p loss 150 (34%) 291 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.00224 0.00703 0.00033 0.00141 9.9999e-06 6.69e-05 0.00021 0.00094 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.02005 0.0472 0.064589 0.124 9q loss 104 (24%) 337 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.20866 0.307 0.01545 0.0384 3e-05 0.000168 0.0092499 0.0242 3e-05 0.000168 2e-05 0.000119 0.01361 0.0341 0.19369 0.293 10p loss 64 (15%) 377 9.9999e-06 6.69e-05 0.00065999 0.00257 0.70828 0.758 0.095289 0.168 0.01497 0.0374 0.073939 0.136 2e-05 0.000119 0.00034 0.00143 0.21436 0.313 0.35427 0.453 10q loss 67 (15%) 374 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.67401 0.733 0.04982 0.0994 0.00181 0.00591 0.00217 0.00689 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-05 0.000482 0.2767 0.379 0.20049 0.298 11p loss 62 (14%) 379 9.9999e-06 6.69e-05 0.00112 0.00405 0.01772 0.0427 0.069259 0.129 0.16699 0.258 0.31911 0.42 0.052439 0.103 0.01701 0.0415 0.17101 0.263 0.29423 0.397 11q loss 61 (14%) 380 8.9999e-05 0.000439 0.01998 0.0472 0.67422 0.733 0.45163 0.544 0.6255 0.696 0.62891 0.698 0.065829 0.125 0.36935 0.469 0.16992 0.262 0.23284 0.331 12p loss 63 (14%) 378 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.22137 0.32 0.13615 0.222 4e-05 0.000217 9.9999e-06 6.69e-05 7.9999e-05 4e-04 2e-05 0.000119 0.096969 0.171 0.03192 0.0683 12q loss 52 (12%) 389 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.27908 0.382 0.11251 0.19 0.00044 0.00181 0.00060999 0.0024 0.076159 0.14 0.00106 0.00387 0.37097 0.47 0.19817 0.295 13q loss 36 (8%) 405 0.00349 0.0104 0.73174 0.781 0.68625 0.741 0.30218 0.403 0.2801 0.382 0.60202 0.677 0.70019 0.753 0.44619 0.54 0.76074 0.808 0.14312 0.23 14q loss 111 (25%) 330 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.56222 0.642 0.53189 0.615 0.00111 0.00403 0.0084499 0.0227 2e-05 0.000119 2e-05 0.000119 0.13893 0.226 0.060249 0.116 15q loss 90 (20%) 351 9.9999e-06 6.69e-05 0.00174 0.00578 0.00488 0.0141 0.5266 0.61 0.00018 0.000838 0.00165 0.00555 0.02436 0.0548 0.01989 0.0471 0.1499 0.238 0.00328 0.00995 16p loss 100 (23%) 341 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.71298 0.762 0.88593 0.912 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.15071 0.238 16q loss 115 (26%) 326 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.03931 0.0808 0.087159 0.157 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.00011 0.000524 0.4958 0.585 17p loss 164 (37%) 277 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.58346 0.664 0.02636 0.0586 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 2e-05 0.000119 0.11623 0.195 0.00069999 0.00267 17q loss 74 (17%) 367 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.26492 0.367 0.03203 0.0683 0.00241 0.00754 0.0079899 0.0216 0.00050999 0.00205 0.00017 0.000796 0.11188 0.189 0.63757 0.706 18p loss 119 (27%) 322 9.9999e-06 6.69e-05 0.16621 0.258 0.77293 0.818 0.65683 0.722 0.55882 0.64 0.24967 0.35 0.04835 0.0967 0.10998 0.188 0.37245 0.471 0.27444 0.378 18q loss 154 (35%) 287 9.9999e-06 6.69e-05 3e-04 0.0013 0.34197 0.441 0.81055 0.849 0.02277 0.0521 0.02512 0.0561 7.9999e-05 4e-04 0.00066999 0.00257 0.04469 0.0903 0.02224 0.0516 19p loss 115 (26%) 326 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.0063499 0.0179 0.10614 0.183 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 8.9999e-05 0.000439 0.0068099 0.019 19q loss 87 (20%) 354 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.03141 0.0678 0.2028 0.301 9.9999e-06 6.69e-05 4e-05 0.000217 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.00026 0.00114 0.01271 0.0322 20p loss 22 (5%) 419 0.00246 0.00766 0.01576 0.0389 0.81515 0.851 0.31246 0.416 0.00037 0.00154 0.056129 0.11 0.17966 0.274 0.41295 0.511 0.56045 0.641 0.668 0.729 21q loss 180 (41%) 261 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.10027 0.175 0.29846 0.4 0.03641 0.076 0.00173 0.00577 0.00066999 0.00257 0.00442 0.0128 0.00161 0.00546 0.11045 0.188 22q loss 146 (33%) 295 9.9999e-06 6.69e-05 9.9999e-06 6.69e-05 0.01544 0.0384 0.0070799 0.0196 0.00104 0.00383 0.0043 0.0125 2e-05 0.000119 9.9999e-06 6.69e-05 0.0014 0.00493 0.090689 0.162 xp loss 59 (13%) 382 9.9999e-06 6.69e-05 0.0036 0.0106 0.64643 0.712 0.12033 0.2 0.1418 0.229 0.071519 0.133 0.10327 0.18 0.31527 0.417 0.33421 0.437 0.099179 0.174 xq loss 50 (11%) 391 9.9999e-06 6.69e-05 0.00426 0.0124 0.51043 0.597 0.067099 0.126 0.03204 0.0683 0.11058 0.188 0.02734 0.0603 0.1357 0.222 0.01848 0.0444 0.099029 0.174