Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Stomach and Esophageal carcinoma (Primary solid tumor)
02 April 2015  |  analyses__2015_04_02
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doi:10.7908/C1KP8188
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2015): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1KP8188
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 739 genes and 12 clinical features across 289 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 739 genes and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test
TP53 137 (47%) 152 0.252
(0.827) 		0.498
(0.987) 		0.549
(1.00) 		0.4
(0.931) 		0.524
(0.998) 		0.0482
(0.582) 		0.904
(1.00) 		0.353
(0.903) 		0.671
(1.00) 		0.124
(0.716) 		0.295
(0.863) 		0.492
(0.986)
ARID1A 90 (31%) 199 0.659
(1.00) 		0.00101
(0.332) 		0.212
(0.801) 		0.0569
(0.603) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(0.748) 		0.154
(0.753) 		1
(1.00) 		0.387
(0.919) 		0.61
(1.00) 		0.617
(1.00)
RNF43 49 (17%) 240 0.809
(1.00) 		0.00101
(0.332) 		0.00707
(0.404) 		0.00651
(0.404) 		0.0412
(0.569) 		1
(1.00) 		0.0233
(0.5) 		0.121
(0.704) 		0.593
(1.00) 		0.234
(0.821) 		0.0863
(0.676) 		0.0995
(0.69)
LARP4B 27 (9%) 262 0.19
(0.782) 		0.0391
(0.561) 		0.571
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.888
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0218
(0.492) 		0.776
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00235
(0.367) 		0.242
(0.822) 		0.88
(1.00)
XYLT2 32 (11%) 257 0.079
(0.658) 		0.0268
(0.518) 		0.0351
(0.552) 		0.128
(0.724) 		0.126
(0.718) 		0.238
(0.821) 		0.0329
(0.537) 		0.543
(1.00) 		0.446
(0.948) 		0.766
(1.00) 		0.0643
(0.63) 		0.0876
(0.676)
B2M 17 (6%) 272 0.0159
(0.453) 		0.299
(0.869) 		0.00701
(0.404) 		0.2
(0.794) 		0.575
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.207
(0.796) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.516
(0.991) 		0.028
(0.524)
BZRAP1 46 (16%) 243 0.42
(0.939) 		0.47
(0.97) 		0.43
(0.944) 		0.0871
(0.676) 		0.00427
(0.38) 		0.326
(0.885) 		1
(1.00) 		0.996
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(0.913) 		0.021
(0.49) 		0.376
(0.913)
KRAS 28 (10%) 261 0.624
(1.00) 		0.439
(0.944) 		0.084
(0.671) 		0.534
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.1
(0.69) 		0.157
(0.753) 		1
(1.00) 		0.0137
(0.448) 		0.123
(0.709) 		0.373
(0.913)
MLL2 65 (22%) 224 0.0457
(0.578) 		0.0074
(0.411) 		0.255
(0.828) 		0.562
(1.00) 		0.492
(0.986) 		0.137
(0.736) 		0.147
(0.748) 		0.331
(0.892) 		1
(1.00) 		0.0126
(0.448) 		0.0288
(0.526) 		0.259
(0.831)
GNG12 11 (4%) 278 0.534
(1.00) 		0.122
(0.707) 		0.541
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.234
(0.821) 		1
(1.00) 		0.111
(0.692) 		0.977
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(0.748) 		0.0554
(0.599) 		1
(1.00)
LMAN1 22 (8%) 267 0.0609
(0.621) 		0.0221
(0.492) 		0.0723
(0.644) 		0.00168
(0.367) 		0.317
(0.878) 		1
(1.00) 		0.112
(0.692) 		0.218
(0.811) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0627
(0.624) 		0.561
(1.00)
CDH1 29 (10%) 260 0.845
(1.00) 		0.0064
(0.404) 		0.245
(0.825) 		0.923
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.417
(0.939) 		1
(1.00) 		0.00567
(0.393) 		1
(1.00) 		0.141
(0.742) 		0.217
(0.809) 		0.557
(1.00)
PLEKHA6 20 (7%) 269 0.831
(1.00) 		0.00942
(0.44) 		0.379
(0.913) 		0.758
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0539
(0.597) 		0.166
(0.761) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.0411
(0.568) 		0.0333
(0.537)
RHOA 16 (6%) 273 0.554
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.191
(0.783) 		1
(1.00) 		0.118
(0.695) 		0.493
(0.986) 		1
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.031
(0.533) 		0.395
(0.928)
SMAD4 24 (8%) 265 0.389
(0.92) 		0.269
(0.838) 		0.858
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.957
(1.00) 		1
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.916
(1.00) 		1
(1.00)
MTG1 9 (3%) 280 0.00699
(0.404) 		0.213
(0.804) 		0.755
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.34
(0.895) 		0.422
(0.939) 		1
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(0.872) 		0.0479
(0.581) 		0.0957
(0.69)
KLF3 19 (7%) 270 0.671
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.211
(0.799) 		0.376
(0.913) 		0.363
(0.913) 		0.358
(0.907) 		0.222
(0.813) 		0.28
(0.849) 		0.29
(0.856) 		0.922
(1.00) 		0.0221
(0.492) 		0.476
(0.975)
CTCF 18 (6%) 271 0.482
(0.981) 		0.421
(0.939) 		0.251
(0.827) 		0.04
(0.565) 		0.291
(0.857) 		1
(1.00) 		0.046
(0.578) 		0.166
(0.761) 		1
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.0105
(0.448) 		0.0906
(0.676)
ZBTB20 28 (10%) 261 0.542
(1.00) 		0.0036
(0.367) 		0.0701
(0.643) 		0.00942
(0.44) 		0.804
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.219
(0.812) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0784
(0.656) 		0.362
(0.912) 		0.341
(0.895)
GAS6 16 (6%) 273 0.855
(1.00) 		0.00357
(0.367) 		0.513
(0.988) 		0.278
(0.848) 		0.95
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(0.942) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.168
(0.763) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00)
ATP6V1B1 20 (7%) 269 0.779
(1.00) 		0.152
(0.751) 		0.288
(0.856) 		0.316
(0.878) 		0.325
(0.885) 		0.358
(0.907) 		0.15
(0.748) 		0.739
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(0.748) 		0.159
(0.756) 		0.682
(1.00)
PTEN 23 (8%) 266 0.647
(1.00) 		0.0241
(0.502) 		0.125
(0.718) 		0.704
(1.00) 		0.0612
(0.621) 		0.376
(0.913) 		0.0247
(0.508) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0316
(0.534) 		0.0446
(0.576) 		0.00544
(0.393)
HLA-A 15 (5%) 274 0.202
(0.796) 		0.0386
(0.557) 		0.673
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.25
(0.827) 		0.609
(1.00) 		0.0272
(0.521) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0751
(0.649) 		0.136
(0.735) 		1
(1.00)
FBXW7 27 (9%) 262 0.0207
(0.485) 		0.23
(0.819) 		0.44
(0.944) 		0.191
(0.783) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(0.869) 		0.383
(0.913) 		0.39
(0.921) 		0.489
(0.985) 		0.47
(0.97) 		0.638
(1.00)
MVK 13 (4%) 276 0.53
(1.00) 		0.0859
(0.675) 		0.446
(0.948) 		0.648
(1.00) 		0.481
(0.981) 		1
(1.00) 		0.253
(0.827) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00) 		0.147
(0.748) 		0.618
(1.00) 		0.438
(0.944)
FRMD4A 18 (6%) 271 0.473
(0.972) 		0.249
(0.827) 		0.0961
(0.69) 		0.121
(0.704) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.456
(0.959) 		0.855
(1.00) 		0.277
(0.847) 		0.914
(1.00) 		0.177
(0.777) 		0.284
(0.856)
MBD6 23 (8%) 266 0.163
(0.756) 		0.0218
(0.492) 		0.365
(0.913) 		0.677
(1.00) 		0.172
(0.767) 		0.377
(0.913) 		0.18
(0.777) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(0.695) 		0.0807
(0.663) 		0.331
(0.892)
ZBTB7C 15 (5%) 274 0.461
(0.963) 		0.000531
(0.332) 		0.013
(0.448) 		0.0362
(0.555) 		0.0504
(0.585) 		0.609
(1.00) 		0.0998
(0.69) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0117
(0.448) 		0.142
(0.743)
JARID2 28 (10%) 261 0.147
(0.748) 		0.00445
(0.38) 		0.0521
(0.596) 		0.597
(1.00) 		0.224
(0.814) 		0.693
(1.00) 		0.413
(0.939) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(0.957) 		0.014
(0.448) 		0.189
(0.782)
PAX6 18 (6%) 271 0.186
(0.782) 		0.0323
(0.537) 		0.54
(1.00) 		0.371
(0.913) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.422
(0.939) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.377
(0.913) 		1
(1.00)
PIK3CA 57 (20%) 232 0.3
(0.869) 		0.492
(0.986) 		0.252
(0.827) 		0.267
(0.838) 		0.849
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(0.869) 		0.572
(1.00) 		0.208
(0.797)
APC 42 (15%) 247 0.409
(0.936) 		0.0131
(0.448) 		0.102
(0.692) 		0.935
(1.00) 		0.112
(0.692) 		0.728
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.351
(0.903) 		1
(1.00) 		0.256
(0.829) 		0.0222
(0.492) 		0.0811
(0.663)
NLK 12 (4%) 277 0.984
(1.00) 		0.296
(0.864) 		0.126
(0.718) 		0.783
(1.00) 		0.145
(0.748) 		1
(1.00) 		0.382
(0.913) 		0.941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(0.748) 		0.00952
(0.442) 		0.802
(1.00)
POLM 10 (3%) 279 0.0378
(0.555) 		0.00722
(0.408) 		0.00181
(0.367) 		0.0249
(0.509) 		0.0413
(0.569) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.00362
(0.367) 		0.0071
(0.404)
TMEM41A 6 (2%) 283 0.441
(0.945) 		0.582
(1.00) 		0.485
(0.981) 		0.181
(0.777) 		0.115
(0.694) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(0.988) 		0.0127
(0.448) 		0.676
(1.00)
WBP1 8 (3%) 281 0.645
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0194
(0.485) 		0.416
(0.939) 		0.087
(0.676) 		1
(1.00) 		0.485
(0.981) 		0.282
(0.853) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00855
(0.429) 		0.137
(0.736)
KIAA0182 20 (7%) 269 0.418
(0.939) 		0.255
(0.828) 		0.0205
(0.485) 		0.0803
(0.663) 		0.919
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.000631
(0.332) 		0.366
(0.913) 		1
(1.00) 		0.0185
(0.483) 		0.662
(1.00) 		0.282
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(0.643)
ENTPD2 4 (1%) 285 0.81
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(0.448) 		0.624
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.396
(0.928) 		0.238
(0.821) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0513
(0.591) 		1
(1.00)
ZNF626 15 (5%) 274 0.232
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(1.00) 		0.327
(0.887) 		0.609
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.481
(0.98) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(0.692) 		0.818
(1.00)
OPLAH 14 (5%) 275 0.544
(1.00) 		0.0329
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.567
(1.00) 		1
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.161
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(0.814)
MYOCD 13 (4%) 276 0.875
(1.00) 		0.34
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(1.00) 		0.568
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.183
(0.78)
NRAS 4 (1%) 285 0.0974
(0.69) 		0.91
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(1.00) 		0.563
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.615
(1.00)
SEC24C 10 (3%) 279 0.835
(1.00) 		0.0619
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(0.939) 		1
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(0.404)
CEP57 7 (2%) 282 0.424
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.318
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(1.00)
TMEM55A 3 (1%) 286 0.596
(1.00) 		0.287
(0.856) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CASD1 11 (4%) 278 0.294
(0.86) 		0.493
(0.986) 		0.194
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.111
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(0.912) 		1
(1.00) 		0.804
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(0.452)
CADPS2 11 (4%) 278 0.734
(1.00) 		0.239
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.105
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(0.709)
MASTL 11 (4%) 278 0.582
(1.00) 		0.247
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(1.00) 		0.441
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(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0918
(0.68) 		1
(1.00)
MRI1 4 (1%) 285 0.49
(0.985) 		0.589
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.268
(0.838) 		0.268
(0.838)
KBTBD6 13 (4%) 276 0.827
(1.00) 		0.0585
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(1.00) 		0.0109
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(1.00) 		0.58
(1.00)
PLA2G15 9 (3%) 280 0.652
(1.00) 		0.13
(0.725) 		0.0139
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(0.945)
JHDM1D 10 (3%) 279 0.98
(1.00) 		0.014
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0159
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(1.00)
NUFIP2 7 (2%) 282 0.517
(0.992) 		0.546
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(1.00) 		1
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(1.00)
KCNJ10 11 (4%) 278 0.81
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TRUB1 9 (3%) 280 0.122
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.803
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(1.00) 		1
(1.00)
AGBL5 12 (4%) 277 0.317
(0.878) 		0.156
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(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.204
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(1.00)
PLAG1 11 (4%) 278 0.284
(0.856) 		0.125
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(1.00) 		0.498
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0858
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(0.988)
HEPACAM2 8 (3%) 281 0.284
(0.856) 		0.0715
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0139
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(0.988)
CSF3R 12 (4%) 277 0.834
(1.00) 		0.00645
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(0.988)
RPGR 8 (3%) 281 0.0972
(0.69) 		0.87
(1.00) 		0.899
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(1.00) 		0.422
(0.939) 		0.485
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.716
(1.00)
EPB49 8 (3%) 281 0.42
(0.939) 		0.225
(0.814) 		0.938
(1.00) 		0.204
(0.796) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0571
(0.603) 		0.842
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0668
(0.639) 		0.412
(0.939) 		1
(1.00)
LRFN3 18 (6%) 271 0.888
(1.00) 		0.338
(0.893) 		0.17
(0.764) 		0.00338
(0.367) 		0.345
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(0.872) 		1
(1.00) 		0.988
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.305
(0.872) 		0.0278
(0.524)
GRK4 4 (1%) 285 0.369
(0.913) 		0.577
(1.00) 		0.0671
(0.641) 		0.651
(1.00) 		0.313
(0.876) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.139
(0.738) 		0.0436
(0.575)
ZNF23 3 (1%) 286 0.932
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(0.856) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(0.938) 		1
(1.00) 		0.0472
(0.58)
SERPINB8 8 (3%) 281 0.0293
(0.531) 		0.0194
(0.485) 		0.014
(0.448) 		0.00039
(0.332) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.149
(0.748) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(0.859) 		0.616
(1.00)
ERBB4 39 (13%) 250 0.333
(0.892) 		0.118
(0.695) 		0.25
(0.827) 		0.509
(0.988) 		0.451
(0.955) 		1
(1.00) 		0.48
(0.98) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.17
(0.764) 		0.759
(1.00)
WDR59 11 (4%) 278 0.608
(1.00) 		0.0245
(0.507) 		0.0923
(0.681) 		0.109
(0.692) 		0.0197
(0.485) 		0.422
(0.939) 		0.542
(1.00) 		0.976
(1.00) 		1
(1.00) 		0.362
(0.912) 		0.998
(1.00) 		0.00295
(0.367)
SPHK2 3 (1%) 286 0.066
(0.638) 		0.806
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.694
(1.00)
RUSC2 19 (7%) 270 0.66
(1.00) 		0.108
(0.692) 		0.107
(0.692) 		0.405
(0.934) 		0.103
(0.692) 		1
(1.00) 		0.0863
(0.676) 		0.46
(0.963) 		0.29
(0.856) 		0.403
(0.932) 		0.05
(0.585) 		0.263
(0.837)
CHST15 13 (4%) 276 0.377
(0.913) 		0.532
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.374
(0.913) 		0.564
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.207
(0.796) 		0.167
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(0.549) 		0.77
(1.00)
TAF1L 23 (8%) 266 0.305
(0.872) 		0.216
(0.808) 		0.0316
(0.534) 		0.182
(0.779) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(0.913) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(0.87) 		0.497
(0.987) 		0.152
(0.751)
USP8 7 (2%) 282 0.209
(0.797) 		0.499
(0.987) 		0.312
(0.875) 		0.0473
(0.581) 		0.444
(0.948) 		1
(1.00) 		0.11
(0.692) 		0.816
(1.00) 		1
(1.00) 		0.321
(0.878) 		0.0696
(0.643) 		0.703
(1.00)
MYB 6 (2%) 283 0.28
(0.849) 		0.268
(0.838) 		0.341
(0.895) 		0.604
(1.00) 		0.28
(0.849) 		1
(1.00) 		0.206
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0217
(0.492) 		1
(1.00)
CREM 4 (1%) 285 0.187
(0.782) 		0.11
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.149
(0.748)
CD93 11 (4%) 278 0.596
(1.00) 		0.0977
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(1.00)
B3GNT5 10 (3%) 279 0.0635
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.743
(1.00)
ART1 7 (2%) 282 0.493
(0.986) 		0.00327
(0.367) 		0.0306
(0.533) 		0.237
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(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.0129
(0.448) 		1
(1.00)
IKBKE 12 (4%) 277 0.946
(1.00) 		0.416
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(0.903)
TIMM44 5 (2%) 284 0.238
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(1.00)
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(1.00)
KIAA1539 6 (2%) 283 0.17
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.206
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(0.643)
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(1.00)
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(1.00)
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(0.988)
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(1.00)
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(1.00) 		0.101
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(1.00)
NOB1 7 (2%) 282 0.767
(1.00) 		0.157
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(1.00) 		1
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(1.00)
CYP7B1 16 (6%) 273 0.165
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.653
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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LINGO4 10 (3%) 279 0.955
(1.00) 		0.992
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(0.454) 		0.175
(0.775)
CHRNB3 11 (4%) 278 0.608
(1.00) 		0.633
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(1.00)
NARG2 11 (4%) 278 0.401
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
PIAS1 10 (3%) 279 0.25
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(0.692) 		0.0214
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.05
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(1.00)
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BRD3 16 (6%) 273 0.383
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(1.00)
PNMT 8 (3%) 281 0.692
(1.00) 		0.633
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.664
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0252
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(1.00) 		0.0767
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(0.462)
GCDH 8 (3%) 281 0.312
(0.875) 		0.00105
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(0.725) 		1
(1.00) 		0.306
(0.872) 		0.461
(0.963) 		0.382
(0.913)
BTNL8 6 (2%) 283 0.284
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(1.00)
RASA2 8 (3%) 281 0.978
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(0.761)
PIK3R1 10 (3%) 279 0.311
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(1.00)
NAA16 8 (3%) 281 0.099
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(1.00)
NPR3 11 (4%) 278 0.098
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(1.00)
COX8C 4 (1%) 285 0.511
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(1.00) 		1
(1.00)
KLHDC8B 8 (3%) 281 0.799
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ZBTB40 10 (3%) 279 0.81
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(0.725)
P2RX1 3 (1%) 286 0.2
(0.794) 		0.456
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0542
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(0.663)
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(1.00) 		0.368
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(0.808)
ACSS2 9 (3%) 280 0.544
(1.00) 		0.165
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(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
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(1.00) 		0.158
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(1.00)
SCN10A 28 (10%) 261 0.336
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(1.00)
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(1.00)
DGKD 6 (2%) 283 0.438
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(0.961) 		1
(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(0.856) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(0.818) 		0.035
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(1.00) 		1
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(0.69)
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
PIK3C2G 10 (3%) 279 0.488
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(1.00)
KIAA0664 13 (4%) 276 0.419
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(1.00)
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(1.00) 		0.0652
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(1.00)
ATL3 12 (4%) 277 0.132
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PEG3 31 (11%) 258 0.586
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(0.837)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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MMP10 8 (3%) 281 0.363
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(0.939) 		0.422
(0.939) 		1
(1.00) 		0.148
(0.748) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(0.944) 		0.437
(0.944)
SLC7A13 9 (3%) 280 0.107
(0.692) 		0.565
(1.00) 		0.236
(0.821) 		0.546
(1.00) 		0.191
(0.783) 		1
(1.00) 		0.0884
(0.676) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0129
(0.448) 		0.541
(1.00)
FANCA 7 (2%) 282 0.285
(0.856) 		0.381
(0.913) 		0.32
(0.878) 		0.493
(0.986) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(0.944) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.513
(0.988) 		0.701
(1.00)
CLIP1 15 (5%) 274 0.114
(0.693) 		0.189
(0.782) 		0.19
(0.782) 		0.204
(0.796) 		0.243
(0.822) 		0.594
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.0227
(0.498) 		0.00086
(0.332)
ZNF217 14 (5%) 275 0.567
(1.00) 		0.0389
(0.559) 		0.0312
(0.533) 		0.00141
(0.365) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00) 		0.402
(0.931) 		0.00546
(0.393) 		1
(1.00) 		0.0945
(0.689) 		0.186
(0.782) 		0.48
(0.979)
SLA 4 (1%) 285 0.201
(0.796) 		0.895
(1.00) 		0.409
(0.937) 		1
(1.00) 		0.0692
(0.643) 		1
(1.00) 		0.0203
(0.485) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0127
(0.448) 		1
(1.00)
HDAC4 22 (8%) 267 0.502
(0.987) 		0.0443
(0.575) 		0.0161
(0.456) 		0.0763
(0.649) 		0.112
(0.692) 		0.378
(0.913) 		0.041
(0.568) 		0.648
(1.00) 		0.329
(0.889) 		0.843
(1.00) 		0.389
(0.921) 		0.187
(0.782)
AHI1 9 (3%) 280 0.369
(0.913) 		0.488
(0.984) 		0.0755
(0.649) 		0.0201
(0.485) 		0.268
(0.838) 		0.422
(0.939) 		0.308
(0.872) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.0484
(0.583)
CLSTN1 11 (4%) 278 0.984
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.95
(1.00) 		1
(1.00) 		0.384
(0.913) 		1
(1.00) 		0.343
(0.895) 		0.862
(1.00) 		0.178
(0.777) 		0.697
(1.00) 		0.51
(0.988) 		0.191
(0.783)
PPM1H 8 (3%) 281 0.581
(1.00) 		0.253
(0.827) 		0.724
(1.00) 		0.0376
(0.555) 		0.315
(0.878) 		0.336
(0.892) 		0.267
(0.837) 		0.9
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0888
(0.676) 		0.498
(0.987) 		0.742
(1.00)
KYNU 10 (3%) 279 0.106
(0.692) 		0.484
(0.981) 		0.406
(0.934) 		0.266
(0.837) 		0.669
(1.00) 		0.133
(0.728) 		1
(1.00) 		0.9
(1.00) 		1
(1.00) 		0.419
(0.939) 		0.0972
(0.69) 		1
(1.00)
MLL4 23 (8%) 266 0.395
(0.928) 		0.0596
(0.617) 		0.225
(0.814) 		0.466
(0.966) 		0.291
(0.857) 		1
(1.00) 		0.18
(0.777) 		0.201
(0.796) 		1
(1.00) 		0.237
(0.821) 		0.042
(0.573) 		0.365
(0.913)
PHKG2 12 (4%) 277 0.231
(0.819) 		0.278
(0.848) 		0.0974
(0.69) 		0.286
(0.856) 		0.341
(0.895) 		1
(1.00) 		0.223
(0.813) 		0.981
(1.00) 		1
(1.00) 		0.318
(0.878) 		0.049
(0.584) 		1
(1.00)
OR4C16 13 (4%) 276 0.0443
(0.575) 		0.105
(0.692) 		0.179
(0.777) 		0.285
(0.856) 		0.548
(1.00) 		0.594
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0663
(0.638) 		1
(1.00) 		0.256
(0.829) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00)
NUAK1 16 (6%) 273 0.208
(0.797) 		0.244
(0.824) 		0.239
(0.821) 		0.489
(0.985) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.932
(1.00) 		1
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.637
(1.00)
FAM82A1 4 (1%) 285 0.237
(0.821) 		0.211
(0.798) 		0.0258
(0.512) 		0.149
(0.748) 		0.705
(1.00) 		0.238
(0.821) 		1
(1.00) 		0.495
(0.987) 		1
(1.00) 		0.0912
(0.677) 		0.448
(0.95)
RASSF5 4 (1%) 285 0.477
(0.976) 		0.922
(1.00) 		0.27
(0.839) 		0.286
(0.856) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(0.93) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.616
(1.00)
MTMR11 8 (3%) 281 0.187
(0.782) 		0.445
(0.948) 		0.309
(0.872) 		0.551
(1.00) 		0.674
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.359
(0.908) 		0.714
(1.00)
KRT222 5 (2%) 284 0.656
(1.00) 		0.149
(0.748) 		0.149
(0.748) 		0.138
(0.736) 		0.378
(0.913) 		1
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.408
(0.935) 		0.0841
(0.671) 		0.593
(1.00) 		0.138
(0.736) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline

  • Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/STES-TP/15639514/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/STES-TP/15090071/STES-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 289

  • Number of significantly mutated genes = 739

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Copyright © 2015 Broad Institute TCGA GDAC as part of the TCGA Research Network. All rights reserved.
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