Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 82 (13%) 543 9.9999e-06 3.69e-05 0.00277 0.00559 0.15694 0.191 0.10913 0.138 0.053799 0.0751 0.0086599 0.0152 0.20476 0.244 0.10456 0.133 1q gain 167 (27%) 458 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.02694 0.0411 0.00491 0.00914 0.00352 0.00696 9.9999e-06 3.69e-05 0.00060999 0.00144 0.00151 0.00326 2p gain 137 (22%) 488 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 8.9999e-05 0.000273 3e-05 9.74e-05 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 2q gain 111 (18%) 514 9.9999e-06 3.69e-05 6.9999e-05 0.000216 0.03454 0.0514 0.00383 0.0075 0.00477 0.00897 0.02447 0.0379 0.00134 0.00293 0.0129 0.0216 3p gain 83 (13%) 542 0.00414 0.00799 0.053329 0.0748 0.24935 0.288 0.69018 0.716 0.44716 0.482 0.67788 0.705 0.075199 0.0995 0.30156 0.34 3q gain 170 (27%) 455 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00026 0.000705 0.00053999 0.00131 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 4p gain 39 (6%) 586 0.00079999 0.00185 0.42473 0.46 0.0099099 0.0171 0.0061999 0.0112 0.3631 0.4 0.02512 0.0387 0.04333 0.0627 0.005 0.00927 4q gain 33 (5%) 592 0.00315 0.0063 0.43157 0.466 0.0094799 0.0165 0.00046 0.00114 0.16991 0.205 0.00132 0.0029 0.14424 0.179 0.00137 0.00299 5p gain 177 (28%) 448 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 3e-05 9.74e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 5q gain 63 (10%) 562 0.00238 0.00488 0.78469 0.798 0.73895 0.755 0.58509 0.618 0.61385 0.641 0.35769 0.396 0.53733 0.573 0.23408 0.272 6p gain 117 (19%) 508 9.9999e-06 3.69e-05 3e-05 9.74e-05 0.26938 0.308 0.00013 0.000377 0.0024 0.0049 9.9999e-06 3.69e-05 0.00323 0.00642 9.9999e-06 3.69e-05 6q gain 100 (16%) 525 9.9999e-06 3.69e-05 0.00029 0.000767 0.59847 0.629 0.00181 0.00382 0.03149 0.0472 4e-05 0.000127 0.062609 0.0852 9.9999e-06 3.69e-05 7p gain 306 (49%) 319 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 0.00057999 0.00139 0.0052599 0.00967 0.00227 0.00467 0.02778 0.0423 0.00198 0.00414 0.00070999 0.00166 7q gain 257 (41%) 368 9.9999e-06 3.69e-05 0.00032 0.000833 0.03923 0.0576 0.17801 0.213 0.19035 0.227 0.20866 0.248 0.00492 0.00914 0.065719 0.0883 8p gain 248 (40%) 377 0.0050899 0.00938 0.051039 0.0726 0.0088299 0.0154 0.01618 0.0264 0.094159 0.122 0.10764 0.137 0.26707 0.306 0.6927 0.718 8q gain 338 (54%) 287 0.63354 0.661 0.01887 0.0299 0.069339 0.0925 0.01666 0.0269 0.03971 0.0581 0.01279 0.0215 0.29384 0.333 0.76672 0.782 9p gain 77 (12%) 548 0.47944 0.515 0.9343 0.944 0.81119 0.824 0.95932 0.964 0.30755 0.346 0.45811 0.493 0.9547 0.961 0.59631 0.628 9q gain 109 (17%) 516 0.04323 0.0627 0.70914 0.73 0.3488 0.388 0.71872 0.739 0.70147 0.725 0.97569 0.976 0.55263 0.588 0.8689 0.88 10p gain 135 (22%) 490 9.9999e-06 3.69e-05 0.18491 0.221 0.20513 0.244 0.01664 0.0269 0.96529 0.968 0.0075599 0.0135 0.61384 0.641 0.19865 0.237 10q gain 98 (16%) 527 0.00041 0.00104 0.56095 0.595 0.40525 0.441 0.01436 0.0237 0.51614 0.552 0.052739 0.0742 0.4236 0.459 0.10769 0.137 11p gain 99 (16%) 526 9.9999e-06 3.69e-05 0.011 0.0188 0.063669 0.0865 0.02584 0.0396 0.053349 0.0748 0.0265 0.0405 0.01687 0.0271 0.04254 0.0619 11q gain 104 (17%) 521 9.9999e-06 3.69e-05 0.096289 0.124 0.02191 0.0341 0.00435 0.0083 0.062279 0.0851 0.01204 0.0205 0.00384 0.0075 0.0096299 0.0167 12p gain 148 (24%) 477 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 0.00075999 0.00176 0.00023 0.000642 8.9999e-05 0.000273 9.9999e-06 3.69e-05 0.00151 0.00326 0.00015 0.000424 12q gain 115 (18%) 510 0.0012 0.00267 0.15546 0.19 0.30027 0.339 0.52162 0.557 0.17178 0.207 0.14859 0.183 0.02149 0.0336 0.29692 0.336 13q gain 197 (32%) 428 9.9999e-06 3.69e-05 0.10148 0.13 2e-05 6.94e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.01606 0.0263 9.9999e-06 3.69e-05 0.26607 0.306 9.9999e-06 3.69e-05 14q gain 75 (12%) 550 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00019 0.000533 9.9999e-06 3.69e-05 15q gain 67 (11%) 558 9.9999e-06 3.69e-05 0.03125 0.0469 0.0080199 0.0142 0.00011 0.000325 0.01322 0.0221 0.23397 0.272 0.01578 0.0259 0.00033 0.000852 16p gain 99 (16%) 526 9.9999e-06 3.69e-05 0.00056999 0.00137 0.059899 0.0821 0.00049 0.0012 0.01337 0.0223 0.00013 0.000377 0.11051 0.139 0.00011 0.000325 16q gain 86 (14%) 539 9.9999e-06 3.69e-05 0.00113 0.00254 0.0011 0.00248 0.00013 0.000377 0.00028 0.000744 2e-05 6.94e-05 0.00195 0.0041 3e-05 9.74e-05 17p gain 62 (10%) 563 9.9999e-06 3.69e-05 0.00059999 0.00143 0.00479 0.00898 0.00028 0.000744 4e-05 0.000127 0.00384 0.0075 0.00241 0.00491 0.00039 0.000995 17q gain 106 (17%) 519 9.9999e-06 3.69e-05 0.00123 0.00273 0.02017 0.0318 0.057239 0.079 0.00321 0.0064 0.051769 0.0732 0.02802 0.0425 0.00447 0.00847 18p gain 137 (22%) 488 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00201 0.00419 0.00052999 0.0013 0.00032 0.000833 0.00011 0.000325 0.00067999 0.0016 0.00016 0.00045 18q gain 82 (13%) 543 0.00243 0.00494 0.00483 0.00903 0.0201 0.0318 0.00277 0.00559 0.0374 0.055 0.0285 0.0432 0.064539 0.0871 0.0354 0.0525 19p gain 83 (13%) 542 7.9999e-05 0.000245 0.31974 0.359 0.73316 0.751 0.73703 0.754 0.93692 0.946 0.56876 0.602 0.39206 0.429 0.77392 0.788 19q gain 117 (19%) 508 9.9999e-06 3.69e-05 0.40619 0.441 0.3226 0.361 0.45033 0.485 0.54342 0.579 0.0050599 0.00935 0.056589 0.0783 0.00424 0.00813 20p gain 349 (56%) 276 9.9999e-06 3.69e-05 0.0070999 0.0127 0.078939 0.104 0.00045 0.00112 0.01562 0.0257 9.9999e-06 3.69e-05 0.0417 0.0609 9.9999e-06 3.69e-05 20q gain 395 (63%) 230 9.9999e-06 3.69e-05 0.073239 0.0973 0.02312 0.0359 9.9999e-06 3.69e-05 0.21737 0.256 9.9999e-06 3.69e-05 0.35456 0.394 9.9999e-06 3.69e-05 21q gain 36 (6%) 589 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.03005 0.0452 0.00124 0.00274 0.01787 0.0285 4e-05 0.000127 0.02391 0.0371 0.03291 0.0491 22q gain 64 (10%) 561 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 5.9999e-05 0.000187 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 xp gain 71 (11%) 554 0.00363 0.00715 0.01012 0.0173 0.050089 0.0716 0.21607 0.255 0.04235 0.0617 0.23324 0.272 0.063809 0.0865 0.051409 0.073 xq gain 91 (15%) 534 0.00024 0.000662 0.00155 0.00332 0.00443 0.00842 0.0094899 0.0165 0.00038 0.000974 0.00278 0.00559 0.10443 0.133 0.00027 0.000726 1p loss 95 (15%) 530 9.9999e-06 3.69e-05 0.00058999 0.00141 0.01685 0.0271 0.13462 0.167 0.01626 0.0265 0.03195 0.0477 0.057349 0.079 0.088389 0.115 1q loss 47 (8%) 578 9.9999e-06 3.69e-05 0.02072 0.0325 0.39592 0.432 0.068309 0.0915 0.068749 0.0919 0.12671 0.159 0.098299 0.126 0.60362 0.634 2p loss 38 (6%) 587 5.9999e-05 0.000187 0.16469 0.199 0.22895 0.268 0.0068199 0.0122 0.36152 0.399 0.073509 0.0974 0.082929 0.108 0.0459 0.0662 2q loss 51 (8%) 574 3e-05 9.74e-05 0.01201 0.0205 0.00165 0.00353 0.00102 0.00232 0.055419 0.0772 0.02455 0.0379 0.01858 0.0296 0.02988 0.0451 3p loss 187 (30%) 438 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 3q loss 90 (14%) 535 9.9999e-06 3.69e-05 0.00139 0.00302 0.064559 0.0871 9.9999e-06 3.69e-05 0.01879 0.0298 0.00215 0.00445 0.059959 0.0821 0.057999 0.0798 4p loss 271 (43%) 354 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00047 0.00116 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 4q loss 251 (40%) 374 9.9999e-06 3.69e-05 5.9999e-05 0.000187 0.31894 0.358 0.01234 0.0209 0.0061499 0.0111 9.9999e-06 3.69e-05 0.00075999 0.00176 0.00014 0.000399 5p loss 112 (18%) 513 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00118 0.00263 9.9999e-06 3.69e-05 0.00126 0.00277 9.9999e-06 3.69e-05 0.056219 0.078 9.9999e-06 3.69e-05 5q loss 195 (31%) 430 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 5e-05 0.000158 9.9999e-06 3.69e-05 6p loss 93 (15%) 532 9.9999e-06 3.69e-05 0.00471 0.0089 0.00218 0.0045 0.0076299 0.0136 0.0173 0.0277 0.00015 0.000424 0.01005 0.0173 0.00427 0.00817 6q loss 110 (18%) 515 9.9999e-06 3.69e-05 0.050659 0.0722 0.04905 0.0703 0.10911 0.138 0.25868 0.298 0.10071 0.129 0.14457 0.179 0.21085 0.25 7p loss 33 (5%) 592 0.00083999 0.00193 0.00044 0.00111 0.21148 0.25 0.33074 0.37 0.04424 0.0639 0.03731 0.055 0.15252 0.187 0.26928 0.308 7q loss 51 (8%) 574 0.00014 0.000399 0.0083199 0.0147 0.094259 0.122 0.21702 0.256 0.0097799 0.0169 0.092239 0.12 0.39359 0.43 0.34722 0.387 8p loss 153 (24%) 472 9.9999e-06 3.69e-05 0.0054299 0.00995 0.00409 0.00791 9.9999e-06 3.69e-05 0.00014 0.000399 3e-05 9.74e-05 0.00041 0.00104 0.00012 0.000353 8q loss 57 (9%) 568 9.9999e-06 3.69e-05 0.37146 0.407 0.35743 0.396 0.077609 0.102 0.23975 0.277 0.27413 0.312 0.1326 0.165 0.04777 0.0686 9p loss 250 (40%) 375 9.9999e-06 3.69e-05 0.00024 0.000662 0.00115 0.00257 3e-05 9.74e-05 0.00053999 0.00131 9.9999e-06 3.69e-05 0.00344 0.00682 0.00031 0.000813 9q loss 175 (28%) 450 9.9999e-06 3.69e-05 0.00011 0.000325 0.01412 0.0234 0.00026 0.000705 0.00011 0.000325 9.9999e-06 3.69e-05 0.00028 0.000744 2e-05 6.94e-05 10p loss 117 (19%) 508 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 3e-05 9.74e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00176 0.00375 9.9999e-06 3.69e-05 0.00031 0.000813 9.9999e-06 3.69e-05 10q loss 117 (19%) 508 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 0.00014 0.000399 9.9999e-06 3.69e-05 0.00053999 0.00131 9.9999e-06 3.69e-05 0.00096999 0.00222 9.9999e-06 3.69e-05 11p loss 118 (19%) 507 9.9999e-06 3.69e-05 3e-05 9.74e-05 3e-05 9.74e-05 0.00070999 0.00166 6.9999e-05 0.000216 0.00026 0.000705 0.00024 0.000662 0.0054999 0.01 11q loss 120 (19%) 505 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 12p loss 95 (15%) 530 9.9999e-06 3.69e-05 0.0058799 0.0107 0.077489 0.102 9.9999e-06 3.69e-05 0.095379 0.123 9.9999e-06 3.69e-05 0.03709 0.0548 0.00098999 0.00225 12q loss 82 (13%) 543 9.9999e-06 3.69e-05 0.066799 0.0896 0.10878 0.138 0.00011 0.000325 0.082489 0.108 0.00027 0.000726 0.17492 0.21 0.081809 0.107 13q loss 102 (16%) 523 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 14q loss 158 (25%) 467 9.9999e-06 3.69e-05 0.01254 0.0211 0.28533 0.324 0.00043 0.00108 0.5884 0.621 9.9999e-06 3.69e-05 0.51426 0.551 0.00177 0.00375 15q loss 149 (24%) 476 9.9999e-06 3.69e-05 0.36521 0.402 0.16176 0.196 0.13372 0.166 0.22739 0.267 0.00198 0.00414 0.34703 0.387 0.23118 0.27 16p loss 156 (25%) 469 9.9999e-06 3.69e-05 0.00305 0.00612 0.235 0.272 9.9999e-06 3.69e-05 0.0087199 0.0153 3e-05 9.74e-05 0.01248 0.0211 9.9999e-06 3.69e-05 16q loss 168 (27%) 457 9.9999e-06 3.69e-05 0.04678 0.0673 0.66649 0.694 9.9999e-06 3.69e-05 0.11011 0.139 9.9999e-06 3.69e-05 0.01418 0.0235 9.9999e-06 3.69e-05 17p loss 236 (38%) 389 9.9999e-06 3.69e-05 0.00045 0.00112 0.0138 0.023 9.9999e-06 3.69e-05 0.0054699 0.01 9.9999e-06 3.69e-05 0.23252 0.271 2e-05 6.94e-05 17q loss 99 (16%) 526 9.9999e-06 3.69e-05 0.02133 0.0334 0.070119 0.0933 0.004 0.00776 0.02908 0.044 0.00034 0.000875 0.39872 0.434 0.0081299 0.0144 18p loss 187 (30%) 438 9.9999e-06 3.69e-05 0.12244 0.154 0.83358 0.845 0.72215 0.741 0.56703 0.601 0.15869 0.193 0.70452 0.727 0.69874 0.723 18q loss 256 (41%) 369 9.9999e-06 3.69e-05 0.02522 0.0387 0.12911 0.161 0.051589 0.0731 0.02068 0.0325 0.00153 0.00329 0.03691 0.0547 0.086639 0.113 19p loss 177 (28%) 448 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 19q loss 136 (22%) 489 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 3e-05 9.74e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 9.9999e-06 3.69e-05 4e-05 0.000127 20p loss 41 (7%) 584 0.00177 0.00375 0.12453 0.156 0.94221 0.949 0.36832 0.405 0.97627 0.976 0.26418 0.304 0.27224 0.311 0.60684 0.636 20q loss 8 (1%) 617 0.16361 0.198 0.052089 0.0735 0.053459 0.0748 0.15704 0.191 0.0056599 0.0103 0.15713 0.191 0.1298 0.162 0.15315 0.188 21q loss 289 (46%) 336 9.9999e-06 3.69e-05 0.055829 0.0776 0.00069999 0.00165 3e-05 9.74e-05 0.00475 0.00895 0.00046 0.00114 0.0039 0.00759 0.01639 0.0266 22q loss 218 (35%) 407 9.9999e-06 3.69e-05 0.062539 0.0852 0.28019 0.319 2e-05 6.94e-05 0.00419 0.00806 9.9999e-06 3.69e-05 0.14596 0.18 0.00025 0.000686 xp loss 122 (20%) 503 9.9999e-06 3.69e-05 2e-05 6.94e-05 9.9999e-06 3.69e-05 5e-05 0.000158 9.9999e-06 3.69e-05 0.00084999 0.00195 0.0159 0.0261 0.00054999 0.00133 xq loss 96 (15%) 529 9.9999e-06 3.69e-05 0.0062499 0.0112 0.00215 0.00445 0.00104 0.00235 0.00033 0.000852 0.065369 0.0881 0.01693 0.0272 0.0099099 0.0171