Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 37 (25%) 113 0.00245 0.0104 0.00045 0.00271 0.00289 0.0118 0.01479 0.0385 0.00044 0.00269 0.00248 0.0105 9.9999e-05 0.000813 0.00017 0.00126 9.9999e-06 0.000128 0.00065999 0.00376 1q gain 61 (41%) 89 0.44235 0.526 0.66257 0.731 0.069899 0.125 0.54979 0.632 0.82593 0.867 0.059959 0.112 0.03773 0.0792 0.63591 0.711 0.24421 0.33 0.053879 0.105 2p gain 46 (31%) 104 0.01387 0.0368 0.0089799 0.0266 0.02327 0.0541 0.055219 0.106 0.01663 0.0417 0.16743 0.246 0.060629 0.112 0.02467 0.0567 0.03127 0.0689 0.064289 0.118 2q gain 42 (28%) 108 0.11663 0.185 0.03424 0.0732 0.91101 0.935 0.31416 0.407 0.27778 0.366 0.74803 0.799 0.48826 0.571 0.40198 0.484 0.34848 0.436 0.41437 0.496 3p gain 27 (18%) 123 0.02187 0.0519 0.39277 0.476 0.00156 0.00755 0.01609 0.0408 0.0075799 0.0235 0.0069999 0.0224 0.084119 0.143 0.01261 0.0343 0.01489 0.0387 0.01106 0.0315 3q gain 36 (24%) 114 0.0068799 0.0222 0.17742 0.257 0.0051099 0.0177 0.0052799 0.0181 0.032 0.0696 0.03233 0.0699 0.079189 0.137 0.02141 0.0511 0.03907 0.0817 0.076419 0.134 4p gain 3 (2%) 147 0.63706 0.711 0.19817 0.281 0.8532 0.889 1 1 1 1 0.68152 0.743 0.49136 0.574 1 1 1 1 0.89308 0.922 5p gain 6 (4%) 144 0.67445 0.739 0.02627 0.0594 0.0079899 0.0246 0.22072 0.305 0.01127 0.0318 0.0080299 0.0246 0.00456 0.0161 0.0065899 0.0215 0.004 0.0146 0.0061499 0.0204 5q gain 3 (2%) 147 0.77789 0.825 0.058889 0.11 NA NA NA NA 0.03608 0.0765 0.04168 0.0864 0.11255 0.181 0.01556 0.0398 0.01257 0.0343 0.03991 0.083 6p gain 28 (19%) 122 0.00042 0.00263 0.75364 0.802 0.31901 0.411 0.03762 0.0792 0.013 0.0349 0.00095999 0.00515 0.01787 0.0444 0.0064799 0.0212 0.054859 0.105 0.01968 0.0479 6q gain 23 (15%) 127 0.0223 0.0527 0.88253 0.914 0.61251 0.688 0.19206 0.275 0.01427 0.0376 0.00023 0.00162 0.01218 0.0336 0.00466 0.0163 0.04975 0.0987 0.03076 0.0682 7p gain 121 (81%) 29 0.00453 0.0161 0.056539 0.108 0.02306 0.0538 0.02035 0.0491 0.004 0.0146 0.0086599 0.0258 0.0081799 0.0249 0.0074799 0.0233 0.0068799 0.0222 0.02265 0.0533 7q gain 105 (70%) 45 0.54757 0.63 0.068889 0.124 0.073899 0.13 0.45132 0.536 0.00453 0.0161 0.01164 0.0326 0.00295 0.0119 0.0025 0.0105 0.00233 0.01 0.00365 0.0138 8p gain 110 (73%) 40 0.064769 0.119 0.0061799 0.0204 0.00026 0.0018 3e-04 0.00206 4e-05 0.000375 0.00019 0.00139 8.9999e-05 0.000748 3e-05 3e-04 5.9999e-05 0.000535 7.9999e-05 0.000688 8q gain 111 (74%) 39 0.02077 0.0499 0.00331 0.0128 0.00457 0.0161 0.00361 0.0137 8.9999e-05 0.000748 0.00034 0.00227 0.00013 0.00101 0.00011 0.000885 0.00031 0.0021 0.00022 0.00157 9p gain 16 (11%) 134 0.23205 0.319 0.33437 0.424 0.46816 0.553 0.64071 0.714 0.15926 0.236 0.29724 0.389 0.22018 0.305 0.14022 0.214 0.17514 0.255 0.33237 0.423 9q gain 17 (11%) 133 0.15394 0.23 0.49469 0.576 0.56602 0.646 0.46766 0.553 1 1 0.077079 0.134 0.44162 0.526 0.89607 0.924 0.54126 0.626 0.38169 0.468 10p gain 6 (4%) 144 0.58226 0.662 0.095149 0.158 0.3224 0.413 0.82944 0.869 0.3216 0.412 0.34614 0.435 0.15039 0.226 0.32484 0.415 0.36784 0.454 0.058549 0.11 10q gain 8 (5%) 142 0.59764 0.674 0.38674 0.471 0.23777 0.323 0.17543 0.255 0.36731 0.454 0.22595 0.311 0.055429 0.106 0.4072 0.488 0.5182 0.602 0.1419 0.216 11p gain 10 (7%) 140 0.27414 0.364 0.18479 0.266 0.11011 0.178 0.13332 0.205 0.16229 0.24 0.052709 0.104 0.20083 0.283 0.19877 0.282 0.20427 0.286 0.35556 0.444 11q gain 4 (3%) 146 0.38557 0.47 0.15221 0.228 0.01639 0.0413 0.15288 0.229 0.077389 0.134 0.01246 0.0341 0.379 0.466 0.10752 0.175 0.10568 0.173 0.33657 0.426 12p gain 146 (97%) 4 0.19309 0.276 0.38781 0.471 0.64739 0.72 0.53899 0.624 0.80999 0.853 0.37029 0.457 0.31335 0.407 0.5839 0.663 0.69041 0.747 0.085849 0.144 12q gain 100 (67%) 50 0.565 0.646 0.84227 0.88 0.25058 0.337 0.65 0.72 0.20435 0.286 0.33921 0.428 0.04882 0.0976 0.17348 0.253 0.076689 0.134 0.0071999 0.0228 14q gain 51 (34%) 99 0.25241 0.339 0.2369 0.323 0.75048 0.8 0.48393 0.568 0.58781 0.665 0.39954 0.482 0.82188 0.864 0.30895 0.402 0.20296 0.286 0.47904 0.565 15q gain 51 (34%) 99 0.050529 0.0997 0.00207 0.00928 0.00012 0.000955 0.00078999 0.0044 9.9999e-06 0.000128 2e-05 0.000211 7.9999e-05 0.000688 9.9999e-06 0.000128 4e-05 0.000375 2e-05 0.000211 16p gain 16 (11%) 134 0.01209 0.0335 0.079769 0.137 0.052949 0.104 0.00354 0.0136 0.00379 0.0141 0.01891 0.0466 0.00219 0.00976 0.0062699 0.0206 0.00262 0.0109 0.02036 0.0491 16q gain 14 (9%) 136 0.0074699 0.0233 0.14022 0.214 0.067279 0.122 0.0086199 0.0258 0.0095899 0.0283 0.04917 0.0981 0.01361 0.0362 0.01294 0.0349 0.0086599 0.0258 0.054269 0.105 17p gain 40 (27%) 110 9.9999e-06 0.000128 2e-05 0.000211 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 17q gain 51 (34%) 99 0.00016 0.00122 5e-05 0.000451 4e-05 0.000375 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 18p gain 4 (3%) 146 0.68526 0.745 0.070169 0.125 0.64999 0.72 1 1 0.37838 0.466 0.78207 0.827 0.68202 0.743 0.48306 0.568 0.57267 0.652 0.68383 0.744 19p gain 36 (24%) 114 0.0105 0.0305 0.00015 0.00116 0.00264 0.0109 0.00206 0.00928 8.9999e-05 0.000748 0.00084999 0.00466 0.04348 0.0889 7.9999e-05 0.000688 0.00050999 0.00302 4e-05 0.000375 19q gain 29 (19%) 121 0.01629 0.0411 0.00013 0.00101 0.00224 0.00981 0.00191 0.00878 2e-05 0.000211 0.00062999 0.00364 0.14617 0.221 3e-05 3e-04 0.00041 0.00259 9.9999e-06 0.000128 20p gain 34 (23%) 116 0.0051699 0.0178 0.11345 0.182 0.23621 0.323 0.19783 0.281 0.04186 0.0865 0.28463 0.375 0.14488 0.22 0.14748 0.222 0.061459 0.114 0.063079 0.116 20q gain 40 (27%) 110 0.0071499 0.0227 0.0059699 0.0201 0.058189 0.11 0.054289 0.105 0.0069499 0.0224 0.054179 0.105 0.04605 0.0929 0.01189 0.0332 0.01539 0.0397 0.01434 0.0376 21q gain 125 (83%) 25 0.40356 0.485 0.27609 0.365 0.02929 0.0657 0.35421 0.443 0.082729 0.141 0.23768 0.323 0.21906 0.304 0.091159 0.152 0.12836 0.199 0.13093 0.202 22q gain 38 (25%) 112 2e-05 0.000211 0.00121 0.00631 0.00125 0.00634 0.00032 0.00215 3e-05 3e-04 9.9999e-06 0.000128 0.056259 0.107 2e-05 0.000211 5e-05 0.000451 9.9999e-06 0.000128 xp gain 22 (15%) 128 4e-04 0.00255 0.01936 0.0475 0.03164 0.0695 0.01299 0.0349 0.00057999 0.00338 0.00303 0.012 0.00079999 0.00442 0.00021 0.00152 0.00174 0.0082 0.00399 0.0146 xq gain 22 (15%) 128 0.00189 0.00874 0.01823 0.0451 0.04313 0.0886 0.01955 0.0477 0.00074999 0.0042 0.00377 0.0141 0.00257 0.0107 0.00035 0.00229 0.00139 0.00695 0.00457 0.0161 1p loss 18 (12%) 132 0.12209 0.191 0.57062 0.651 0.39019 0.473 0.38311 0.469 0.64797 0.72 0.88451 0.914 0.02281 0.0534 0.35683 0.444 0.13072 0.202 0.3674 0.454 1q loss 8 (5%) 142 0.3445 0.434 0.24599 0.332 0.5999 0.676 0.68875 0.747 0.29001 0.381 0.21589 0.301 0.38547 0.47 0.32905 0.42 0.15829 0.236 0.59769 0.674 2p loss 5 (3%) 145 0.86222 0.897 0.37944 0.466 NA NA NA NA 1 1 1 1 0.73842 0.793 1 1 1 1 0.8102 0.853 2q loss 6 (4%) 144 0.44191 0.526 0.67671 0.741 0.71845 0.773 0.60134 0.676 0.55503 0.637 0.8994 0.926 0.66615 0.732 0.65862 0.727 0.56379 0.646 1 1 3p loss 30 (20%) 120 0.93323 0.956 0.03015 0.0671 0.00297 0.0119 0.31876 0.411 0.00145 0.0072 0.00317 0.0124 0.00108 0.00575 0.00064999 0.00373 0.00293 0.0118 0.00153 0.0075 3q loss 22 (15%) 128 0.74232 0.795 0.74081 0.794 0.12687 0.198 0.1243 0.194 0.085619 0.144 0.057219 0.108 0.071299 0.127 0.072239 0.128 0.04757 0.0957 0.12729 0.198 4p loss 92 (61%) 58 0.62898 0.705 0.04494 0.0914 0.84979 0.887 0.66608 0.732 0.03198 0.0696 0.1651 0.243 0.10296 0.169 0.079639 0.137 0.11504 0.183 0.33355 0.423 4q loss 108 (72%) 42 0.067409 0.122 0.01056 0.0305 0.68044 0.743 0.63677 0.711 0.01064 0.0306 0.01225 0.0337 0.01589 0.0405 0.0050399 0.0175 0.03357 0.072 0.02573 0.0587 5p loss 103 (69%) 47 0.11416 0.182 0.21245 0.297 0.10817 0.176 0.54209 0.626 0.11643 0.185 0.13331 0.205 0.48694 0.57 0.082459 0.141 0.11232 0.181 0.10919 0.177 5q loss 101 (67%) 49 0.056889 0.108 0.060589 0.112 0.04323 0.0886 0.31511 0.408 0.01324 0.0354 0.00317 0.0124 0.30802 0.402 0.01022 0.0298 0.01995 0.0484 0.0073699 0.0231 6p loss 13 (9%) 137 0.26425 0.354 0.03688 0.078 0.053399 0.104 0.094199 0.157 0.15905 0.236 0.01504 0.0389 0.26996 0.359 0.11399 0.182 0.18508 0.266 0.32035 0.412 6q loss 16 (11%) 134 0.11926 0.189 0.0098999 0.0291 0.03481 0.0742 0.073169 0.129 0.04508 0.0914 0.00124 0.00633 0.1086 0.176 0.02755 0.0622 0.03522 0.0749 0.099839 0.164 8p loss 12 (8%) 138 0.35611 0.444 0.04947 0.0984 0.01004 0.0294 0.0073199 0.023 0.01077 0.0308 0.04782 0.0959 0.0080499 0.0246 0.00188 0.00874 0.0070799 0.0226 0.02268 0.0533 8q loss 5 (3%) 145 0.19079 0.274 0.02427 0.0559 0.02386 0.0552 0.01447 0.0378 0.00233 0.01 0.01201 0.0334 0.00124 0.00633 0.0023 0.01 0.00266 0.0109 0.00346 0.0133 9p loss 63 (42%) 87 0.03239 0.0699 1 1 0.34678 0.435 0.39529 0.478 0.86862 0.903 0.43706 0.522 0.78114 0.827 0.76929 0.817 0.91026 0.935 0.80015 0.845 9q loss 58 (39%) 92 0.00035 0.00229 0.33833 0.427 0.066259 0.121 0.24054 0.327 0.30943 0.402 0.01763 0.0439 0.65618 0.726 0.39687 0.479 0.3666 0.454 0.5211 0.604 10p loss 77 (51%) 73 0.02147 0.0511 0.00044 0.00269 0.0060299 0.0202 0.01289 0.0349 0.00026 0.0018 0.0055299 0.0189 0.03777 0.0792 0.00087999 0.00479 0.00222 0.00978 0.0013 0.00654 10q loss 72 (48%) 78 0.0088799 0.0264 2e-05 0.000211 0.084649 0.143 0.1045 0.171 0.00017 0.00126 0.00222 0.00978 0.03199 0.0696 0.00054999 0.00323 0.00154 0.0075 0.00152 0.0075 11p loss 98 (65%) 52 0.0086199 0.0258 0.18174 0.263 0.22404 0.309 0.21698 0.302 0.00047 0.0028 0.00045 0.00271 0.00109 0.00576 4e-04 0.00255 0.00166 0.00793 0.00124 0.00633 11q loss 115 (77%) 35 9.9999e-06 0.000128 0.12192 0.191 0.069369 0.124 0.071199 0.127 9.9999e-05 0.000813 2e-05 0.000211 0.00043 0.00267 5e-05 0.000451 0.00090999 0.00492 9.9999e-06 0.000128 13q loss 113 (75%) 37 0.04408 0.0899 0.2894 0.38 0.17313 0.253 0.050469 0.0997 0.03315 0.0713 0.00113 0.00593 0.04317 0.0886 0.02351 0.0545 0.099789 0.164 0.00173 0.0082 14q loss 20 (13%) 130 0.12043 0.19 0.00067999 0.00384 0.02994 0.0669 0.11768 0.186 0.00448 0.0161 2e-05 0.000211 0.0302 0.0671 0.0032 0.0125 0.00288 0.0118 0.01159 0.0326 15q loss 29 (19%) 121 0.0057999 0.0196 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 16p loss 44 (29%) 106 0.14706 0.222 0.0061799 0.0204 0.54778 0.63 0.2969 0.389 0.079509 0.137 0.26537 0.355 0.0084299 0.0256 0.01125 0.0318 0.080079 0.137 0.20957 0.293 16q loss 51 (34%) 99 0.081539 0.139 0.066209 0.121 0.93465 0.957 0.69469 0.749 0.23058 0.317 0.48146 0.567 0.03238 0.0699 0.12181 0.191 0.33019 0.421 0.69239 0.748 17p loss 37 (25%) 113 2e-05 0.000211 0.03966 0.0827 0.01741 0.0435 0.003 0.0119 0.00436 0.0158 0.00022 0.00157 0.058579 0.11 0.00361 0.0137 0.00163 0.00783 3e-05 3e-04 17q loss 16 (11%) 134 0.0058099 0.0196 0.12954 0.201 0.51668 0.601 0.056959 0.108 0.01937 0.0475 0.02843 0.0639 0.069109 0.124 0.01397 0.0369 0.01077 0.0308 0.0048 0.0168 18p loss 116 (77%) 34 0.68968 0.747 0.074269 0.13 0.88305 0.914 0.69988 0.754 0.04537 0.0917 0.24163 0.327 0.087309 0.147 0.01595 0.0406 0.27556 0.365 0.13618 0.209 18q loss 122 (81%) 28 0.085789 0.144 0.31592 0.408 0.75635 0.804 0.87256 0.906 0.066639 0.121 0.12558 0.196 0.061799 0.114 0.03114 0.0688 0.20019 0.283 0.02085 0.0499 19p loss 50 (33%) 100 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 19q loss 53 (35%) 97 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 20p loss 30 (20%) 120 0.23589 0.323 0.18693 0.269 0.26545 0.355 0.46713 0.553 0.1966 0.28 0.17004 0.249 0.01545 0.0397 0.14764 0.222 0.080919 0.139 0.02624 0.0594 20q loss 15 (10%) 135 0.58512 0.663 0.48666 0.57 0.74453 0.796 0.83279 0.872 0.20013 0.283 0.27307 0.363 0.069279 0.124 0.14227 0.216 0.099439 0.164 0.24996 0.337 22q loss 45 (30%) 105 0.00239 0.0102 9.9999e-06 0.000128 0.00017 0.00126 2e-05 0.000211 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 4e-05 0.000375 9.9999e-06 0.000128 9.9999e-06 0.000128 2e-05 0.000211 xp loss 29 (19%) 121 0.00196 0.00895 0.00184 0.00862 0.26611 0.355 0.95838 0.98 0.16442 0.242 0.1782 0.258 0.073599 0.13 0.092589 0.154 0.052829 0.104 0.00367 0.0138 xq loss 29 (19%) 121 0.00039 0.00253 0.00198 0.00899 0.090939 0.152 0.67353 0.739 0.16142 0.239 0.095669 0.158 0.02514 0.0576 0.0258 0.0587 0.053039 0.104 0.00384 0.0142