Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q21.2 69 (46%) 81 0.078569 0.136 0.71594 0.766 0.42024 0.496 0.97138 0.978 0.87077 0.901 0.00078999 0.00509 0.080489 0.139 0.93179 0.942 0.67323 0.731 0.071499 0.127 amp_2p24.1 62 (41%) 88 0.00369 0.0149 0.00057999 0.00419 0.26694 0.353 0.17327 0.252 0.01901 0.0468 0.04402 0.0858 0.02932 0.0637 0.03917 0.0787 0.04194 0.0826 0.03176 0.0675 amp_3q27.3 49 (33%) 101 0.076239 0.133 0.10104 0.164 0.0078199 0.0237 0.00175 0.00866 0.0025 0.0111 0.0073699 0.0232 0.00095999 0.00594 0.00241 0.011 0.00099999 0.0061 0.00405 0.0156 amp_4q12 20 (13%) 130 0.0079699 0.0237 0.65449 0.712 0.73991 0.783 0.42687 0.503 0.39374 0.471 0.39228 0.471 0.35247 0.439 0.33305 0.42 0.27836 0.367 0.37771 0.459 amp_7p22.1 126 (84%) 24 0.084669 0.143 0.079409 0.137 0.20072 0.281 0.10153 0.165 0.0286 0.0631 0.10543 0.169 0.0079599 0.0237 0.0111 0.0302 0.0228 0.0533 0.02115 0.05 amp_7q11.22 120 (80%) 30 0.00071999 0.00483 0.03852 0.078 0.00155 0.0079 0.071969 0.127 7.9999e-05 0.00104 0.00253 0.0111 2e-04 0.00181 0.00014 0.00137 0.00014 0.00137 0.00063999 0.00449 amp_8q11.23 122 (81%) 28 5.9999e-05 0.000806 0.0099699 0.0276 0.00016 0.00153 0.00023 0.002 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-05 0.0012 9.9999e-06 0.000261 2e-05 0.000392 9.9999e-06 0.000261 amp_8q23.3 108 (72%) 42 0.18332 0.263 0.00329 0.0138 0.02068 0.0495 0.01516 0.0383 0.00046 0.00343 0.00065999 0.00456 5e-05 0.000734 0.00013 0.00136 0.00031 0.00256 0.00157 0.0079 amp_12p13.33 145 (97%) 5 0.052309 0.0976 0.1023 0.165 0.18466 0.264 0.03637 0.076 0.084069 0.143 0.68537 0.741 0.3733 0.456 0.080789 0.139 0.084789 0.143 0.063939 0.114 amp_12p12.1 147 (98%) 3 0.055859 0.103 0.10759 0.171 0.36918 0.454 0.2317 0.315 0.44535 0.521 0.55897 0.623 0.058519 0.107 0.33544 0.421 0.33016 0.418 0.02466 0.056 amp_12p11.21 144 (96%) 6 0.10901 0.172 0.03853 0.078 0.18674 0.266 0.03606 0.0757 0.03699 0.0766 0.49847 0.573 0.20254 0.282 0.03685 0.0766 0.03853 0.078 0.02244 0.0527 amp_12q15 100 (67%) 50 0.52776 0.595 0.92923 0.942 0.32326 0.411 1 1 0.81509 0.853 0.7376 0.783 0.29542 0.383 0.50927 0.582 0.52427 0.592 0.22556 0.309 amp_16q21 21 (14%) 129 0.00014 0.00137 0.37026 0.454 0.00189 0.00906 0.00124 0.00711 0.00269 0.0117 0.0074399 0.0232 0.00113 0.00672 0.0086199 0.0253 0.00249 0.0111 0.0083499 0.0247 amp_20q11.21 51 (34%) 99 0.00479 0.0176 0.00252 0.0111 0.04768 0.091 0.0071599 0.023 0.003 0.0128 0.03234 0.0685 0.01741 0.0431 0.0071799 0.023 0.0096199 0.0268 0.0087599 0.0256 amp_22q11.21 57 (38%) 93 2e-05 0.000392 0.0069299 0.0227 0.00337 0.014 0.0046 0.0172 0.00011 0.0012 2e-05 0.000392 0.01352 0.0353 0.00018 0.00166 0.00023 0.002 3e-05 0.000504 del_1p36.31 34 (23%) 116 0.28343 0.371 0.73615 0.783 0.12243 0.187 0.04618 0.0886 0.00233 0.0107 0.051619 0.0967 0.00413 0.0156 0.0052299 0.0184 0.00183 0.00896 0.01369 0.0355 del_1p31.1 27 (18%) 123 0.0073799 0.0232 0.59839 0.656 0.19952 0.28 0.17604 0.255 0.2443 0.326 0.72645 0.774 0.0077399 0.0236 0.15255 0.225 0.063769 0.114 0.23793 0.321 del_1q42.12 9 (6%) 141 0.03865 0.078 0.52009 0.592 0.44225 0.518 0.28901 0.376 0.55968 0.623 0.19516 0.275 0.12613 0.192 0.12701 0.193 0.49719 0.573 0.0078799 0.0237 del_2q37.3 15 (10%) 135 0.45914 0.534 0.04198 0.0826 0.04501 0.0871 0.30142 0.389 0.058609 0.107 0.17342 0.252 0.21468 0.296 0.11804 0.184 0.10759 0.171 0.11988 0.186 del_3p26.2 41 (27%) 109 0.76013 0.803 0.02074 0.0495 0.087479 0.147 0.46259 0.537 0.00146 0.00785 0.00353 0.0146 0.0055799 0.0193 0.00408 0.0156 0.00155 0.0079 0.00039 0.00305 del_4q22.2 110 (73%) 40 0.02095 0.0497 0.03328 0.0701 0.68714 0.741 0.60407 0.66 0.0088599 0.0257 0.0015 0.0079 0.00298 0.0128 0.00406 0.0156 0.03042 0.0653 0.0095999 0.0268 del_5p15.2 101 (67%) 49 0.18737 0.266 0.4891 0.566 0.36794 0.454 0.56752 0.626 0.21218 0.293 0.45915 0.534 0.54606 0.613 0.23993 0.323 0.28574 0.373 0.35841 0.444 del_5p14.3 103 (69%) 47 0.2624 0.348 0.31753 0.407 0.095869 0.156 0.77471 0.816 0.18129 0.261 0.29583 0.383 0.64672 0.705 0.15154 0.225 0.19794 0.279 0.17795 0.257 del_5q12.1 105 (70%) 45 0.087189 0.147 0.10355 0.166 0.04187 0.0826 0.37069 0.454 0.03043 0.0653 0.0074099 0.0232 0.38738 0.468 0.02346 0.054 0.02887 0.0634 0.01307 0.0343 del_6p22.3 24 (16%) 126 9.9999e-05 0.0012 0.01657 0.0414 3e-05 0.000504 0.00138 0.00754 0.00406 0.0156 0.0122 0.0328 0.0052199 0.0184 0.00416 0.0156 0.00357 0.0146 0.0075399 0.0233 del_6q26 26 (17%) 124 0.03172 0.0675 0.00077999 0.00509 0.0091999 0.026 0.01999 0.0484 0.0062499 0.0209 0.0013 0.00736 0.01509 0.0383 0.0050999 0.0183 0.0048 0.0176 0.01648 0.0414 del_7q11.22 4 (3%) 146 0.31307 0.402 0.0075699 0.0233 0.02398 0.0547 0.04587 0.0884 0.0090199 0.0257 0.02923 0.0637 0.0052499 0.0184 0.0089799 0.0257 0.01054 0.029 0.01473 0.0378 del_7q36.1 15 (10%) 135 0.051459 0.0967 0.89016 0.92 0.14901 0.222 0.03792 0.078 0.20146 0.281 0.0093499 0.0263 0.16648 0.244 0.83308 0.87 0.38225 0.463 0.0282 0.0625 del_9p24.3 70 (47%) 80 0.090069 0.15 0.89639 0.924 0.56719 0.626 0.5383 0.605 1 1 0.80407 0.844 0.33625 0.421 0.67762 0.734 1 1 0.79572 0.837 del_9p23 66 (44%) 84 0.03855 0.078 0.91508 0.931 0.35688 0.444 0.4114 0.487 0.91016 0.928 0.52251 0.592 0.52352 0.592 0.91005 0.928 0.93199 0.942 0.8367 0.872 del_9q33.3 60 (40%) 90 0.00032 0.00259 0.3905 0.471 0.075139 0.132 0.089119 0.149 0.11674 0.183 0.01453 0.0375 0.57725 0.634 0.056399 0.104 0.16498 0.242 0.18991 0.269 del_9q34.2 60 (40%) 90 3e-04 0.00252 0.28027 0.369 0.078519 0.136 0.088539 0.148 0.093839 0.154 0.00407 0.0156 0.50078 0.574 0.02731 0.0608 0.14185 0.213 0.12018 0.186 del_10p15.3 84 (56%) 66 0.00158 0.0079 0.00045 0.00341 0.00138 0.00754 0.0059499 0.0202 0.00018 0.00166 0.00113 0.00672 0.01998 0.0484 0.00060999 0.00434 4e-04 0.00308 0.00035 0.00279 del_10q23.1 71 (47%) 79 0.0054499 0.019 9.9999e-06 0.000261 0.01301 0.0343 0.02386 0.0547 2e-05 0.000392 0.00027 0.00231 0.01688 0.042 0.00011 0.0012 0.00013 0.00136 0.00011 0.0012 del_10q26.3 76 (51%) 74 0.00053999 0.00397 2e-05 0.000392 0.0070099 0.0227 0.0057999 0.0199 9.9999e-06 0.000261 0.00011 0.0012 0.02067 0.0495 3e-05 0.000504 2e-05 0.000392 5e-05 0.000734 del_11p15.5 94 (63%) 56 0.02529 0.0569 0.25606 0.341 0.56696 0.626 0.49382 0.57 0.00327 0.0138 0.0041 0.0156 0.00499 0.0182 0.0023 0.0107 0.0062799 0.0209 0.0069999 0.0227 del_11p12 99 (66%) 51 0.055589 0.103 0.10942 0.172 0.51059 0.582 0.56756 0.626 0.00147 0.00785 0.0050299 0.0182 0.00206 0.00968 0.00118 0.00693 0.0059699 0.0202 0.00372 0.0149 del_11q12.3 114 (76%) 36 5e-05 0.000734 0.18368 0.263 0.02345 0.054 0.02939 0.0637 5e-05 0.000734 9.9999e-06 0.000261 5.9999e-05 0.000806 9.9999e-06 0.000261 3e-05 0.000504 5.9999e-05 0.000806 del_11q24.2 122 (81%) 28 9.9999e-05 0.0012 0.72409 0.773 0.39566 0.472 0.32145 0.409 0.0089099 0.0257 0.00071999 0.00483 0.01296 0.0343 0.0063399 0.021 0.01507 0.0383 0.00083999 0.00526 del_13q34 113 (75%) 37 0.04365 0.0855 0.55382 0.62 0.32009 0.409 0.15969 0.235 0.083859 0.143 0.002 0.00949 0.12178 0.187 0.13239 0.2 0.21776 0.299 0.00189 0.00906 del_16q23.1 66 (44%) 84 0.00124 0.00711 0.23188 0.315 0.96401 0.972 0.40778 0.484 0.35928 0.444 0.3929 0.471 0.11798 0.184 0.21004 0.291 0.57054 0.628 0.22777 0.311 del_18p11.32 118 (79%) 32 0.6993 0.752 0.12944 0.196 0.90855 0.928 0.85171 0.884 0.04957 0.0939 0.24415 0.326 0.12087 0.186 0.01994 0.0484 0.28251 0.371 0.14588 0.218 del_18q22.2 125 (83%) 25 0.060189 0.109 0.14273 0.214 0.90167 0.927 0.90718 0.928 0.10866 0.172 0.13669 0.206 0.091149 0.151 0.03991 0.0798 0.23761 0.321 0.0248 0.056 del_19q13.41 58 (39%) 92 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 9.9999e-06 0.000261 del_20p12.1 29 (19%) 121 0.33739 0.422 0.3331 0.42 0.40612 0.483 0.43365 0.51 0.30822 0.397 0.094609 0.155 0.02687 0.0601 0.24151 0.324 0.061639 0.111 0.01251 0.0334 del_xp21.1 28 (19%) 122 0.056989 0.105 0.00081999 0.00521 0.37613 0.458 0.70438 0.756 0.0442 0.0858 0.051369 0.0967 0.04128 0.0822 0.072959 0.128 0.0478 0.091 0.00075999 0.00503 del_xq27.3 30 (20%) 120 0.00135 0.00754 0.00156 0.0079 0.02332 0.054 0.84516 0.879 0.093919 0.154 0.063919 0.114 0.01082 0.0296 0.01189 0.0321 0.10235 0.165 0.059559 0.108