Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 5 (1%) 496 0.00146 0.00549 0.84202 0.957 NA NA NA NA 0.92239 1 0.88155 0.989 0.10808 0.191 0.051339 0.107 0.27417 0.402 0.14219 0.238 1q gain 26 (5%) 475 9.9999e-06 0.000105 0.01609 0.0413 0.00302 0.0102 0.064519 0.129 0.00144 0.00548 4e-05 0.000288 0.087049 0.167 0.04927 0.105 0.01459 0.0384 0.01537 0.0401 3p gain 3 (1%) 498 0.00134 0.00513 0.54962 0.69 NA NA NA NA 0.4945 0.637 0.5887 0.725 0.30357 0.436 0.18798 0.3 1 1 0.19422 0.306 4p gain 5 (1%) 496 9.9999e-06 0.000105 0.0066799 0.0202 NA NA NA NA 0.01655 0.0419 0.01247 0.0341 0.04156 0.0915 0.0139 0.0373 1 1 0.075379 0.147 4q gain 5 (1%) 496 9.9999e-06 0.000105 0.0065899 0.02 NA NA NA NA 0.01631 0.0417 0.01246 0.0341 0.0411 0.0908 0.01425 0.038 1 1 0.077969 0.152 5p gain 21 (4%) 480 9.9999e-06 0.000105 0.00187 0.00685 0.52881 0.671 0.23262 0.356 0.0053199 0.0167 6.9999e-05 0.000459 0.0012 0.00475 0.00013 0.000737 0.59843 0.734 0.0033 0.0111 5q gain 17 (3%) 484 9.9999e-06 0.000105 3e-05 0.000242 0.84935 0.957 0.079079 0.153 0.00017 0.00092 4e-05 0.000288 0.00012 0.00073 2e-05 0.000182 0.83933 0.956 0.00419 0.0137 7p gain 18 (4%) 483 9.9999e-06 0.000105 5e-05 0.000347 0.66215 0.789 0.052589 0.11 0.00064999 0.00278 9.9999e-05 0.000628 0.00038 0.00181 2e-05 0.000182 0.57582 0.712 0.0055499 0.0172 7q gain 20 (4%) 481 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.57219 0.711 0.01318 0.0355 0.00013 0.000737 2e-05 0.000182 5e-05 0.000347 9.9999e-06 0.000105 0.61218 0.748 0.00088999 0.00365 8p gain 6 (1%) 495 0.00013 0.000737 0.41607 0.564 0.4541 0.599 0.63165 0.763 0.59737 0.734 0.53395 0.673 0.45053 0.599 0.45144 0.599 1 1 1 1 8q gain 7 (1%) 494 4e-05 0.000288 0.20138 0.313 0.455 0.599 0.62697 0.763 0.82593 0.948 0.52193 0.664 0.7997 0.923 0.6301 0.763 0.89982 1 0.89509 1 9p gain 3 (1%) 498 0.0013 0.00505 0.55286 0.693 NA NA NA NA 0.49366 0.637 0.58766 0.725 1 1 1 1 0.41763 0.564 0.6324 0.763 9q gain 4 (1%) 497 0.01071 0.0303 0.78978 0.922 NA NA NA NA 0.90173 1 0.36392 0.51 0.83751 0.956 1 1 0.16639 0.273 0.57137 0.711 11p gain 6 (1%) 495 0.00123 0.00481 0.02795 0.0642 0.78094 0.914 0.29896 0.432 0.052739 0.11 0.04466 0.098 0.0094599 0.0271 0.0064499 0.0199 0.46923 0.611 0.096459 0.175 11q gain 5 (1%) 496 0.00013 0.000737 0.060239 0.123 0.78007 0.914 0.30081 0.433 0.11129 0.194 0.12503 0.212 0.02674 0.0624 0.02136 0.0506 0.31013 0.444 0.27262 0.401 12p gain 14 (3%) 487 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.85192 0.957 0.079829 0.154 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 5e-05 0.000347 9.9999e-06 0.000105 0.5558 0.695 0.00242 0.00845 12q gain 15 (3%) 486 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.84969 0.957 0.081299 0.156 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 3e-05 0.000242 2e-05 0.000182 0.38642 0.537 0.00097999 0.00399 13q gain 5 (1%) 496 2e-05 0.000182 0.01872 0.0451 0.38526 0.537 0.21329 0.329 0.04863 0.104 0.10264 0.183 0.23579 0.359 0.072389 0.144 0.84471 0.957 0.19586 0.306 14q gain 11 (2%) 490 9.9999e-06 0.000105 0.00019 0.001 1 1 0.15863 0.262 0.00056999 0.00257 0.00012 0.00073 0.00073999 0.00314 9.9999e-05 0.000628 0.85095 0.957 0.00217 0.00771 16p gain 15 (3%) 486 9.9999e-06 0.000105 4e-05 0.000288 0.63258 0.763 0.079909 0.154 0.00017 0.00092 3e-05 0.000242 0.00011 0.000683 3e-05 0.000242 0.43544 0.584 0.00077999 0.00326 16q gain 13 (3%) 488 9.9999e-06 0.000105 0.00017 0.00092 0.79581 0.922 0.27658 0.404 0.00087999 0.00363 0.00025 0.00125 0.00163 0.00601 0.00013 0.000737 0.61953 0.755 0.0075599 0.0225 17p gain 16 (3%) 485 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.5371 0.676 0.02778 0.0642 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 2e-05 0.000182 9.9999e-06 0.000105 0.36225 0.509 0.00027 0.00132 17q gain 18 (4%) 483 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.63593 0.763 0.016 0.0412 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.51243 0.653 0.00017 0.00092 18p gain 6 (1%) 495 9.9999e-06 0.000105 0.092559 0.171 NA NA NA NA 0.12132 0.206 0.26813 0.397 0.25517 0.381 0.1126 0.195 0.45406 0.599 0.3961 0.545 18q gain 6 (1%) 495 4e-05 0.000288 0.091799 0.171 NA NA NA NA 0.11934 0.204 0.26542 0.394 0.2557 0.381 0.11104 0.194 0.45396 0.599 0.39877 0.545 19p gain 8 (2%) 493 9.9999e-06 0.000105 2e-04 0.00104 NA NA NA NA 0.00043 0.002 0.00023 0.00116 0.00013 0.000737 3e-05 0.000242 0.45261 0.599 0.02235 0.0527 19q gain 10 (2%) 491 9.9999e-06 0.000105 2e-05 0.000182 0.63586 0.763 0.063539 0.128 3e-05 0.000242 4e-05 0.000288 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.63766 0.763 0.00159 0.00594 20p gain 12 (2%) 489 9.9999e-06 0.000105 0.00029 0.0014 0.79449 0.922 0.094439 0.173 0.0026 0.00892 0.00078999 0.00328 0.00424 0.0137 0.00074999 0.00316 0.9147 1 0.095529 0.174 20q gain 12 (2%) 489 9.9999e-06 0.000105 0.00031 0.00149 0.79532 0.922 0.092629 0.171 0.00277 0.00945 0.00103 0.00416 0.00406 0.0135 0.00064999 0.00278 0.91209 1 0.094689 0.173 21q gain 5 (1%) 496 0.00023 0.00116 0.16825 0.275 NA NA NA NA 0.24096 0.365 0.49093 0.637 0.45255 0.599 0.31115 0.444 0.69176 0.818 0.68297 0.81 xp gain 8 (2%) 493 9.9999e-06 0.000105 0.00191 0.00696 0.83836 0.956 0.50398 0.644 0.04505 0.0984 0.056489 0.116 0.17759 0.288 0.073669 0.146 0.79991 0.923 0.18367 0.295 xq gain 9 (2%) 492 9.9999e-06 0.000105 0.01136 0.0316 0.83887 0.956 0.50307 0.644 0.097409 0.176 0.14009 0.235 0.28072 0.407 0.13393 0.226 0.90858 1 0.39733 0.545 1p loss 4 (1%) 497 9.9999e-05 0.000628 0.18399 0.295 NA NA NA NA 0.24361 0.367 0.3161 0.45 0.11404 0.196 0.064629 0.129 0.84567 0.957 0.19464 0.306 1q loss 3 (1%) 498 0.00132 0.00509 0.04785 0.103 NA NA NA NA 0.099729 0.179 0.15149 0.252 0.0266 0.0624 0.01668 0.0419 1 1 0.19209 0.305 2p loss 10 (2%) 491 9.9999e-06 0.000105 4e-05 0.000288 0.77524 0.911 0.091539 0.171 6.9999e-05 0.000459 3e-05 0.000242 9.9999e-06 0.000105 2e-05 0.000182 0.23384 0.356 0.00044 0.00203 2q loss 10 (2%) 491 9.9999e-06 0.000105 3e-05 0.000242 0.77318 0.911 0.089609 0.17 5.9999e-05 0.000407 5.9999e-05 0.000407 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.23234 0.356 0.00055999 0.00256 3p loss 3 (1%) 498 0.00123 0.00481 0.04941 0.105 NA NA NA NA 0.10006 0.179 0.15327 0.254 0.0267 0.0624 0.01681 0.042 1 1 0.19343 0.306 3q loss 4 (1%) 497 0.00022 0.00113 0.01739 0.0428 0.49555 0.637 0.42375 0.569 0.03577 0.0805 0.04589 0.0992 0.0079399 0.0233 0.00394 0.0132 1 1 0.067499 0.135 6p loss 4 (1%) 497 0.00018 0.000957 0.04628 0.0997 NA NA NA NA 0.45835 0.601 0.39585 0.545 0.11297 0.195 0.064079 0.129 0.3992 0.545 0.1962 0.306 6q loss 7 (1%) 494 4e-05 0.000288 0.00234 0.00827 0.01245 0.0341 0.57506 0.712 0.02803 0.0642 0.01803 0.044 0.00489 0.0155 0.00063999 0.00278 1 1 0.0097899 0.0279 8p loss 4 (1%) 497 9.9999e-05 0.000628 0.0173 0.0428 NA NA NA NA 0.03641 0.0814 0.04944 0.105 0.0077699 0.0229 0.00422 0.0137 0.10832 0.191 0.01889 0.0453 8q loss 4 (1%) 497 0.00013 0.000737 0.0174 0.0428 NA NA NA NA 0.03619 0.0812 0.04576 0.0992 0.0077399 0.0229 0.00421 0.0137 0.11131 0.194 0.01873 0.0451 9p loss 19 (4%) 482 9.9999e-06 0.000105 0.03789 0.084 0.24184 0.365 0.64825 0.774 0.03101 0.0701 0.061459 0.125 0.0086999 0.0253 0.0071199 0.0213 0.30031 0.433 0.00422 0.0137 9q loss 25 (5%) 476 9.9999e-06 0.000105 0.10375 0.184 0.17183 0.279 0.11419 0.196 0.17164 0.279 0.060859 0.124 0.0093299 0.0269 0.0070399 0.0212 0.27759 0.404 0.00488 0.0155 10p loss 7 (1%) 494 9.9999e-06 0.000105 0.01162 0.0322 0.49594 0.637 0.42025 0.566 0.02057 0.0489 0.01543 0.0401 0.00474 0.0152 0.00062999 0.00277 1 1 0.01118 0.0313 10q loss 6 (1%) 495 9.9999e-06 0.000105 0.02923 0.0663 NA NA NA NA 0.053229 0.11 0.04562 0.0992 0.01439 0.0382 0.00445 0.0143 1 1 0.02802 0.0642 11p loss 7 (1%) 494 9.9999e-06 0.000105 0.01099 0.0309 0.49539 0.637 0.95865 1 0.0064799 0.0199 0.01751 0.0429 0.00494 0.0156 0.00058999 0.00262 0.80066 0.923 0.01075 0.0303 11q loss 9 (2%) 492 9.9999e-06 0.000105 0.01734 0.0428 0.32115 0.454 0.81391 0.936 0.01578 0.0408 0.01839 0.0447 0.00056999 0.00257 0.00247 0.00857 0.90852 1 0.00255 0.0088 13q loss 14 (3%) 487 0.00161 0.00597 0.01476 0.0387 0.062609 0.127 0.13812 0.232 0.0053399 0.0167 0.0079899 0.0233 0.00105 0.00421 0.00041 0.00194 0.10191 0.182 0.01272 0.0346 15q loss 8 (2%) 493 0.00014 0.000787 2e-04 0.00104 0.19301 0.306 0.089959 0.17 0.00058999 0.00262 0.00026 0.00128 6.9999e-05 0.000459 2e-05 0.000182 0.4114 0.561 0.00195 0.00706 17p loss 8 (2%) 493 0.01445 0.0382 0.41445 0.563 1 1 0.38948 0.538 0.63603 0.763 0.6014 0.736 0.092239 0.171 0.1601 0.264 0.12585 0.213 0.20547 0.318 17q loss 4 (1%) 497 0.11353 0.196 0.79232 0.922 NA NA NA NA 0.89978 1 0.66537 0.791 0.46674 0.609 0.56831 0.709 0.33193 0.467 0.68372 0.81 18p loss 4 (1%) 497 0.002 0.0072 0.18276 0.295 1 1 0.389 0.538 0.24487 0.367 0.31704 0.451 0.074059 0.146 0.092189 0.171 0.53305 0.673 0.27282 0.401 18q loss 4 (1%) 497 0.00214 0.00765 0.18455 0.295 1 1 0.38654 0.537 0.24528 0.367 0.31969 0.453 0.074339 0.146 0.090159 0.17 0.53186 0.673 0.27255 0.401 19p loss 5 (1%) 496 0.0093199 0.0269 0.0065699 0.02 0.32407 0.457 0.23726 0.36 0.01668 0.0419 0.01291 0.0349 0.00239 0.00839 0.00107 0.00427 0.087379 0.167 0.00145 0.00548 21q loss 8 (2%) 493 0.00064999 0.00278 0.16194 0.266 0.38095 0.533 0.21431 0.329 0.7126 0.841 0.41763 0.564 0.091239 0.171 0.02872 0.0654 0.46436 0.607 0.055389 0.114 22q loss 89 (18%) 412 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.11975 0.204 0.50159 0.643 9.9999e-06 0.000105 9.9999e-06 0.000105 0.00042 0.00197 4e-05 0.000288 0.00018 0.000957 0.00026 0.00128 xp loss 4 (1%) 497 0.11254 0.195 0.18356 0.295 0.27868 0.405 0.19593 0.306 0.45824 0.601 0.20913 0.323 0.074669 0.146 0.092089 0.171 0.03749 0.0835 0.095209 0.174 xq loss 3 (1%) 498 0.050299 0.106 0.050609 0.106 0.27748 0.404 0.19628 0.306 0.099389 0.179 0.15071 0.251 0.02806 0.0642 0.01662 0.0419 0.10992 0.194 0.01901 0.0454