Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 8 (7%) 115 0.00022 0.00127 0.02128 0.0434 0.01298 0.0286 0.0352 0.0618 0.0087199 0.0215 0.00256 0.00843 0.02167 0.0435 0.02127 0.0434 0.00337 0.0106 0.0066299 0.0181 1q gain 22 (18%) 101 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 3q gain 5 (4%) 118 0.25698 0.313 0.13947 0.189 0.04222 0.0725 0.01451 0.031 0.16818 0.225 0.03746 0.0651 0.72436 0.766 0.00496 0.0145 0.35385 0.4 0.16888 0.225 5p gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000104 3e-05 0.000233 0.01948 0.0405 0.00308 0.00983 0.00168 0.00633 0.0014 0.00552 0.00074999 0.00333 0.01316 0.0289 4e-05 0.000297 0.00202 0.00739 5q gain 9 (7%) 114 2e-05 0.000173 9.9999e-06 0.000104 0.04791 0.0796 0.0102 0.0241 0.0091299 0.0221 0.0070899 0.0189 0.0031 0.00983 0.0163 0.0343 0.00014 0.000877 0.00348 0.0108 7p gain 16 (13%) 107 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.0067299 0.0181 0.00387 0.0118 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.00016 0.000967 9.9999e-06 0.000104 2e-05 0.000173 7q gain 16 (13%) 107 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.0066099 0.0181 0.00429 0.0129 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 5e-05 0.000366 2e-04 0.00118 9.9999e-06 0.000104 3e-05 0.000233 8p gain 12 (10%) 111 3e-04 0.00161 0.02103 0.0432 0.058219 0.091 0.004 0.0121 0.00051999 0.00248 2e-04 0.00118 0.00079999 0.00347 0.00195 0.00719 0.00013 0.000835 0.00055999 0.00262 8q gain 12 (10%) 111 0.00038 0.00196 0.0216 0.0435 0.059509 0.0919 0.00399 0.0121 0.00052999 0.00251 0.00015 0.000918 0.00065999 0.00301 0.00206 0.00739 0.00011 0.000743 0.00043 0.00215 9p gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000104 0.00011 0.000743 0.35185 0.4 0.38388 0.428 0.00038 0.00196 0.00099999 0.00416 0.01023 0.0241 0.0063599 0.0177 0.00488 0.0143 0.00098999 0.00416 9q gain 11 (9%) 112 9.9999e-06 0.000104 0.00012 0.00079 0.35239 0.4 0.38304 0.428 0.00034 0.0018 0.00099999 0.00416 0.0098199 0.0234 0.0059699 0.0169 0.0052899 0.0152 0.00090999 0.00388 12p gain 4 (3%) 119 0.02819 0.0541 0.1468 0.198 0.060649 0.0926 0.03015 0.056 0.00474 0.014 0.00229 0.00763 0.17207 0.227 0.02657 0.0514 0.04553 0.0761 0.17155 0.227 12q gain 4 (3%) 119 0.02883 0.0546 0.14682 0.198 0.060559 0.0926 0.02982 0.056 0.0050199 0.0146 0.00218 0.00751 0.1729 0.228 0.02621 0.0509 0.04521 0.0758 0.17211 0.227 14q gain 13 (11%) 110 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.17744 0.23 0.03032 0.056 4e-05 0.000297 5.9999e-05 0.000422 0.00026 0.00142 0.00012 0.00079 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 15q gain 12 (10%) 111 0.00013 0.000835 3e-05 0.000233 0.62133 0.663 0.66293 0.705 0.02058 0.0425 0.0093499 0.0225 0.01352 0.0294 0.02145 0.0435 0.00156 0.00592 0.0057499 0.0163 17q gain 7 (6%) 116 0.3943 0.438 0.22023 0.273 0.03313 0.059 0.13628 0.186 0.03985 0.0691 0.00349 0.0108 0.77435 0.813 0.068949 0.103 0.43814 0.483 0.39616 0.439 18p gain 3 (2%) 120 0.10167 0.148 0.1771 0.23 NA NA NA NA 0.04904 0.081 0.02927 0.0551 0.19812 0.249 0.2851 0.342 0.10496 0.15 0.50198 0.547 18q gain 3 (2%) 120 0.10125 0.147 0.17883 0.23 NA NA NA NA 0.04986 0.0818 0.0302 0.056 0.19665 0.249 0.28573 0.342 0.10611 0.15 0.50114 0.547 19p gain 3 (2%) 120 0.02519 0.0492 0.17613 0.23 NA NA NA NA 0.35536 0.4 0.32636 0.382 0.19545 0.249 0.61309 0.659 0.10593 0.15 0.30308 0.36 19q gain 3 (2%) 120 0.02361 0.0469 0.17736 0.23 NA NA NA NA 0.35333 0.4 0.32847 0.383 0.19796 0.249 0.60946 0.656 0.10657 0.15 0.304 0.36 20p gain 10 (8%) 113 0.00051999 0.00248 0.02392 0.0473 0.00218 0.00751 0.00025 0.00138 0.00142 0.00555 0.00035 0.00184 0.053389 0.086 0.01057 0.0244 5e-04 0.00243 0.054439 0.0871 20q gain 10 (8%) 113 0.00061999 0.00288 0.02436 0.048 0.00218 0.00751 0.00023 0.0013 0.00151 0.00581 0.00039 0.00199 0.054049 0.0867 0.01101 0.0249 0.00047 0.00233 0.054899 0.0876 21q gain 3 (2%) 120 0.2786 0.335 0.34892 0.399 0.17787 0.23 0.20462 0.255 0.48778 0.535 0.18889 0.242 0.65024 0.693 0.34334 0.396 0.74174 0.781 0.61992 0.663 22q gain 5 (4%) 118 0.03498 0.0617 0.03181 0.057 0.17629 0.23 0.20143 0.252 0.27394 0.331 0.2272 0.279 0.32583 0.382 0.60633 0.654 0.2238 0.276 0.68208 0.722 xp gain 3 (2%) 120 0.02511 0.0492 0.17648 0.23 NA NA NA NA 0.35454 0.4 0.32876 0.383 0.19506 0.249 0.68179 0.722 0.1049 0.15 0.4989 0.546 xq gain 5 (4%) 118 0.00113 0.00466 0.0078099 0.0204 0.4643 0.51 0.33354 0.386 0.04818 0.0798 0.064859 0.0975 0.14825 0.199 0.27351 0.331 0.01225 0.0273 0.1028 0.148 1p loss 4 (3%) 119 0.0054299 0.0155 0.00228 0.00763 NA NA NA NA 0.057609 0.0905 0.12283 0.169 0.17146 0.227 0.52633 0.573 0.04649 0.0775 0.30231 0.36 3p loss 12 (10%) 111 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000104 0.00179 0.0067 5.9999e-05 0.000422 0.00131 0.00524 0.00072999 0.0033 0.00078999 0.00345 0.00445 0.0133 2e-05 0.000173 0.00064999 0.00299 3q loss 7 (6%) 116 0.00073999 0.00332 0.00024 0.00134 0.0082899 0.0211 0.00115 0.00467 0.03089 0.0568 0.03141 0.057 0.03358 0.0596 0.084519 0.126 0.00205 0.00739 0.0084399 0.0213 4p loss 5 (4%) 118 0.0078999 0.0205 0.0125 0.0278 NA NA NA NA 0.04962 0.0817 0.063909 0.0966 0.32465 0.382 0.3875 0.431 0.053059 0.086 0.2633 0.32 4q loss 4 (3%) 119 0.0283 0.0541 0.061489 0.0932 NA NA NA NA 0.13888 0.189 0.18059 0.232 0.43816 0.483 0.11558 0.16 0.10363 0.149 0.085529 0.127 6p loss 20 (16%) 103 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 2e-05 0.000173 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 2e-05 0.000173 6q loss 19 (15%) 104 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 2e-05 0.000173 4e-05 0.000297 9.9999e-06 0.000104 2e-05 0.000173 2e-05 0.000173 0.00029 0.00157 9.9999e-06 0.000104 5.9999e-05 0.000422 9p loss 4 (3%) 119 0.2511 0.307 0.10828 0.152 0.17759 0.23 0.20286 0.253 0.01647 0.0345 0.00363 0.0112 1 1 0.059739 0.0919 1 1 0.33065 0.385 10p loss 3 (2%) 120 0.5994 0.648 0.3471 0.398 NA NA NA NA 0.01036 0.0242 0.02156 0.0435 1 1 0.01577 0.0333 0.73964 0.78 0.61899 0.663 11p loss 9 (7%) 114 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.0080599 0.0207 0.00115 0.00467 0.0091499 0.0221 0.0069499 0.0186 0.0080899 0.0207 0.052369 0.0851 0.00014 0.000877 0.0078099 0.0204 11q loss 7 (6%) 116 2e-05 0.000173 9.9999e-06 0.000104 0.02887 0.0546 0.0060499 0.017 0.03137 0.057 0.01368 0.0296 0.03308 0.059 0.11467 0.159 0.00225 0.0076 0.0084899 0.0213 12p loss 8 (7%) 115 0.00471 0.014 6.9999e-05 0.000485 0.01098 0.0249 0.00239 0.00792 0.0076999 0.0203 0.0142 0.0305 0.02187 0.0437 0.055069 0.0876 0.00313 0.00986 0.01956 0.0405 12q loss 7 (6%) 116 0.00221 0.00756 3e-05 0.000233 0.01091 0.0249 0.0026 0.0085 0.0079799 0.0206 0.01378 0.0297 0.03367 0.0596 0.12221 0.168 0.00209 0.00743 0.03572 0.0625 13q loss 14 (11%) 109 2e-05 0.000173 0.0061699 0.0172 0.0095499 0.0229 0.04015 0.0694 0.064849 0.0975 0.050829 0.0831 0.36954 0.415 0.58163 0.63 0.059099 0.0918 0.35502 0.4 16p loss 5 (4%) 118 0.1275 0.174 0.20129 0.252 0.04269 0.0728 0.01492 0.0317 0.19588 0.249 0.11346 0.158 0.32115 0.379 0.57557 0.625 0.22616 0.279 0.30507 0.361 16q loss 13 (11%) 110 0.056759 0.09 0.0052399 0.0151 0.0066999 0.0181 3e-05 0.000233 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.059689 0.0919 9.9999e-06 0.000104 0.00152 0.00581 0.00078999 0.00345 17p loss 14 (11%) 109 0.02204 0.0439 0.00147 0.0057 0.00015 0.000918 0.00023 0.0013 0.01785 0.0373 0.00085999 0.0037 0.37183 0.417 0.0021 0.00743 0.02817 0.0541 0.060869 0.0926 17q loss 6 (5%) 117 0.0106 0.0244 0.0085599 0.0213 0.01102 0.0249 0.0027 0.00877 0.30314 0.36 0.14728 0.198 0.27339 0.331 0.23399 0.287 0.099069 0.145 0.43526 0.482 18p loss 7 (6%) 116 0.00187 0.00695 0.0087799 0.0215 0.01055 0.0244 0.097899 0.144 0.03102 0.0568 0.03038 0.056 0.01296 0.0286 0.095769 0.141 0.00206 0.00739 0.04389 0.0743 18q loss 7 (6%) 116 0.00212 0.00745 0.0083499 0.0212 0.01112 0.025 0.097769 0.144 0.03176 0.057 0.03156 0.057 0.01349 0.0294 0.094109 0.14 0.00225 0.0076 0.04375 0.0743 19p loss 3 (2%) 120 0.10319 0.149 0.34517 0.397 NA NA NA NA 0.00128 0.00516 5e-04 0.00243 0.19616 0.249 0.01035 0.0242 0.1062 0.15 0.058299 0.091 19q loss 3 (2%) 120 0.10271 0.148 0.34859 0.399 NA NA NA NA 0.00136 0.0054 4e-04 0.00202 0.19858 0.249 0.0098999 0.0235 0.10606 0.15 0.059169 0.0918 21q loss 9 (7%) 114 9.9999e-06 0.000104 9.9999e-06 0.000104 0.01133 0.0254 0.00297 0.00953 0.0066899 0.0181 0.0065999 0.0181 0.0085699 0.0213 0.051609 0.0841 0.00022 0.00127 0.0085899 0.0213 22q loss 13 (11%) 110 3e-05 0.000233 0.11315 0.158 0.060899 0.0926 0.04191 0.0722 0.094839 0.141 0.04469 0.0754 0.11285 0.158 0.33144 0.385 0.053299 0.086 0.33825 0.391 xp loss 7 (6%) 116 0.00296 0.00953 0.0091199 0.0221 0.2072 0.257 0.098559 0.144 0.03013 0.056 0.03176 0.057 0.057049 0.0902 0.10594 0.15 0.0073299 0.0194 0.13392 0.183 xq loss 4 (3%) 119 0.02842 0.0541 0.03632 0.0634 0.04245 0.0726 0.01487 0.0317 0.057259 0.0902 0.11969 0.165 0.02525 0.0492 0.25247 0.308 0.04517 0.0758 0.30273 0.36