		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	90 (31%)	205	0.0089099	0.0683	0.0068899	0.0565	0.13343	0.341	0.74844	0.857	0.00036	0.00892	0.00119	0.0174	0.41495	0.637	0.00013	0.00508	0.32917	0.557	0.01254	0.085
1q gain	140 (47%)	155	6.9999e-05	0.00383	0.27305	0.494	0.10733	0.296	0.38247	0.608	0.00445	0.0428	0.0071299	0.0579	0.48642	0.69	0.00384	0.0384	0.15644	0.373	0.01029	0.0753
2p gain	64 (22%)	231	9.9999e-06	0.00137	0.01064	0.0759	0.2637	0.491	0.12038	0.317	0.01465	0.095	0.04048	0.165	0.16931	0.387	0.00076999	0.0137	0.18153	0.406	0.38817	0.616
2q gain	37 (13%)	258	0.00013	0.00508	0.16232	0.379	0.060139	0.206	0.31437	0.54	0.02019	0.113	0.00449	0.0428	0.16009	0.377	0.00249	0.028	0.15819	0.375	0.66344	0.808
3p gain	71 (24%)	224	0.51225	0.71	0.16627	0.383	0.57986	0.766	0.0066499	0.0556	0.69459	0.819	1	1	0.43413	0.65	0.58129	0.766	0.42586	0.645	0.553	0.745
3q gain	175 (59%)	120	9.9999e-06	0.00137	6.9999e-05	0.00383	0.58649	0.769	0.32011	0.547	0.00133	0.0188	3e-05	0.00224	0.35639	0.576	0.00024	0.00679	0.00325	0.0346	0.00025	0.00683
4p gain	11 (4%)	284	0.53527	0.729	0.86104	0.928	0.86115	0.928	0.20741	0.427	0.94964	0.978	0.59489	0.771	0.53803	0.73	0.60004	0.771	0.92408	0.958	0.87515	0.933
4q gain	16 (5%)	279	0.32372	0.551	0.23186	0.454	0.98134	0.995	0.62908	0.786	0.59196	0.771	0.34297	0.565	0.89632	0.945	0.33588	0.559	0.89864	0.945	0.86759	0.931
5p gain	113 (38%)	182	9.9999e-06	0.00137	0.01849	0.108	0.11185	0.301	0.83823	0.907	0.03564	0.151	0.01472	0.095	0.03396	0.149	0.0083899	0.0649	0.4981	0.7	0.02967	0.134
5q gain	44 (15%)	251	0.00192	0.0228	0.62225	0.785	0.80237	0.884	1	1	0.25729	0.485	0.7847	0.877	0.89644	0.945	0.95698	0.982	0.63474	0.789	0.87473	0.933
6p gain	52 (18%)	243	0.11932	0.317	0.02097	0.115	0.24935	0.478	0.0062099	0.0542	0.02567	0.127	0.071059	0.232	0.54538	0.738	0.03771	0.159	0.30593	0.531	0.097279	0.281
6q gain	36 (12%)	259	0.13048	0.336	0.087409	0.266	0.02195	0.116	0.091389	0.272	0.20762	0.427	0.19786	0.425	0.33784	0.559	0.19244	0.418	0.33609	0.559	0.20791	0.427
7p gain	38 (13%)	257	0.21071	0.429	0.00358	0.0372	0.0065599	0.0555	0.21135	0.429	0.02871	0.134	0.40404	0.627	5e-04	0.0108	0.094729	0.277	0.059429	0.205	0.13703	0.344
7q gain	37 (13%)	258	0.0479	0.18	0.0064899	0.0554	0.0053999	0.0481	0.13684	0.344	0.65439	0.802	0.23763	0.463	0.00089999	0.0154	0.19086	0.418	0.01058	0.0759	0.061639	0.209
8p gain	53 (18%)	242	0.77776	0.876	0.22089	0.438	0.64	0.791	0.52236	0.717	0.02225	0.117	0.073649	0.238	0.71995	0.835	0.02688	0.13	0.94064	0.971	0.02806	0.134
8q gain	91 (31%)	204	0.27024	0.492	0.01076	0.0759	0.96939	0.987	0.49895	0.7	0.01815	0.108	0.00131	0.0188	0.16637	0.383	0.0068399	0.0565	0.61624	0.781	2e-04	0.00607
9p gain	49 (17%)	246	0.64597	0.797	0.04646	0.177	0.28048	0.502	0.077449	0.246	0.33169	0.558	0.01107	0.0763	0.33189	0.558	0.01771	0.107	0.78964	0.879	0.02773	0.133
9q gain	47 (16%)	248	0.66464	0.809	5e-05	0.00342	0.57581	0.764	0.5561	0.745	0.01083	0.0759	0.00016	0.00596	0.02479	0.125	0.00307	0.0331	0.28979	0.514	0.00056999	0.0117
10p gain	25 (8%)	270	0.075769	0.243	0.76126	0.864	0.19343	0.418	0.69737	0.819	0.81745	0.893	0.47385	0.68	0.1071	0.296	0.69508	0.819	0.86403	0.929	0.31838	0.546
10q gain	17 (6%)	278	0.62314	0.785	0.55669	0.745	0.44084	0.656	0.69633	0.819	0.42415	0.645	0.19968	0.425	0.35624	0.576	0.91629	0.955	0.62546	0.786	0.7057	0.827
11p gain	9 (3%)	286	0.7642	0.865	0.56762	0.758	0.24351	0.47	0.89709	0.945	0.37691	0.6	0.15509	0.371	0.63066	0.787	0.02064	0.114	0.83228	0.902	0.8048	0.884
11q gain	8 (3%)	287	0.01909	0.11	0.69211	0.819	0.13459	0.343	0.67146	0.812	0.04675	0.177	0.0018	0.0217	0.20283	0.426	0.02344	0.12	0.26712	0.491	0.57833	0.766
12p gain	53 (18%)	242	0.24074	0.467	0.19334	0.418	0.062379	0.21	0.7213	0.835	0.0063399	0.0547	0.6685	0.81	0.7092	0.828	0.35248	0.573	0.90085	0.945	0.90001	0.945
12q gain	50 (17%)	245	0.17561	0.398	0.17665	0.399	0.10981	0.298	0.78062	0.877	0.01248	0.085	0.32924	0.557	0.92217	0.958	0.27295	0.494	1	1	0.88066	0.938
13q gain	24 (8%)	271	0.9624	0.983	0.47044	0.68	0.99191	1	0.69574	0.819	0.10094	0.285	0.04379	0.174	0.0054799	0.0483	0.067169	0.224	0.099149	0.282	0.10936	0.298
14q gain	47 (16%)	248	0.04583	0.177	0.82882	0.9	0.25344	0.48	0.22518	0.444	0.16339	0.381	1	1	0.28563	0.51	0.14743	0.362	0.49724	0.7	0.98825	0.999
15q gain	52 (18%)	243	0.10996	0.298	0.21978	0.437	0.81223	0.889	0.61487	0.78	0.78645	0.877	0.87097	0.932	0.73286	0.845	0.76167	0.864	0.60875	0.775	0.21854	0.437
16p gain	44 (15%)	251	0.0078099	0.0614	0.69278	0.819	0.74684	0.857	0.68943	0.819	0.44554	0.659	0.46729	0.677	0.098359	0.282	0.096989	0.281	0.88316	0.939	0.58255	0.766
16q gain	40 (14%)	255	0.45468	0.667	0.32041	0.547	0.59887	0.771	0.29175	0.516	0.66864	0.81	0.43165	0.649	0.093799	0.276	0.086879	0.266	0.47734	0.682	0.46588	0.676
17p gain	22 (7%)	273	0.00073999	0.0135	0.00011	0.00508	0.19567	0.422	0.973	0.989	0.080109	0.251	0.33563	0.559	0.24911	0.478	0.65143	0.8	0.077329	0.246	0.50475	0.705
17q gain	42 (14%)	253	0.01517	0.0957	0.0090399	0.0686	0.45043	0.662	0.056769	0.202	0.19157	0.418	0.39445	0.62	0.16145	0.378	0.80768	0.885	0.26882	0.491	0.78389	0.877
18p gain	49 (17%)	246	0.03438	0.149	0.35461	0.576	0.46352	0.675	0.76488	0.865	0.04019	0.165	0.16381	0.381	0.92173	0.958	0.28796	0.512	0.7849	0.877	0.68902	0.819
18q gain	32 (11%)	263	0.13251	0.34	0.50482	0.705	0.4341	0.65	0.22035	0.437	0.0014	0.0195	0.2526	0.479	0.33649	0.559	0.33789	0.559	0.42792	0.647	0.39567	0.62
19p gain	44 (15%)	251	0.01668	0.104	0.66136	0.807	0.60458	0.771	0.98681	0.999	0.58682	0.769	0.20505	0.427	0.93589	0.968	0.19153	0.418	0.63442	0.789	0.59325	0.771
19q gain	72 (24%)	223	9.9999e-06	0.00137	0.16563	0.383	0.95904	0.983	0.7834	0.877	0.12604	0.326	0.04326	0.174	0.68005	0.815	0.095999	0.279	0.81613	0.892	0.79965	0.884
20p gain	100 (34%)	195	0.00073999	0.0135	0.00495	0.0446	0.37473	0.598	0.0072999	0.0581	0.091799	0.272	0.065719	0.221	0.051269	0.189	0.10069	0.285	0.65909	0.805	0.59433	0.771
20q gain	115 (39%)	180	0.00476	0.0437	0.14276	0.355	0.0048	0.0437	0.00244	0.0278	0.41119	0.634	0.055019	0.197	0.46324	0.675	0.03448	0.149	0.80574	0.884	0.34314	0.565
21q gain	37 (13%)	258	0.35656	0.576	0.35002	0.573	0.97575	0.99	0.71729	0.834	0.01706	0.105	0.35836	0.577	0.75291	0.86	0.75896	0.864	0.92379	0.958	0.60274	0.771
22q gain	29 (10%)	266	0.14868	0.363	0.75696	0.863	0.82864	0.9	0.58164	0.766	0.00017	0.00606	0.24994	0.478	0.7771	0.876	0.33059	0.558	0.14691	0.362	0.96127	0.983
xp gain	42 (14%)	253	0.02777	0.133	0.12315	0.322	0.70768	0.828	0.35234	0.573	0.12537	0.326	0.067609	0.224	0.6014	0.771	0.16885	0.387	0.37251	0.595	0.15875	0.375
xq gain	42 (14%)	253	0.02152	0.115	0.03455	0.149	0.44825	0.661	0.42944	0.647	0.32215	0.549	0.2267	0.445	0.26777	0.491	0.20066	0.426	0.30613	0.531	0.27785	0.5
1p loss	13 (4%)	282	0.054069	0.195	0.069859	0.229	0.47283	0.68	0.40026	0.624	0.00049	0.0108	0.01942	0.111	0.13564	0.343	0.19929	0.425	0.44378	0.658	0.67429	0.814
1q loss	9 (3%)	286	0.02109	0.115	0.24955	0.478	0.52102	0.717	0.6827	0.817	0.04135	0.168	0.15431	0.37	0.091819	0.272	0.43961	0.655	0.47408	0.68	0.73872	0.85
2p loss	19 (6%)	276	0.65619	0.803	0.64727	0.797	0.55708	0.745	0.25943	0.487	0.27051	0.492	0.18077	0.405	0.52089	0.717	0.21423	0.434	0.50837	0.708	0.34711	0.569
2q loss	35 (12%)	260	0.80388	0.884	0.32858	0.557	0.44886	0.661	0.43216	0.649	0.0092399	0.0695	0.04796	0.18	0.14773	0.362	0.0214	0.115	0.86452	0.929	0.20481	0.427
3p loss	82 (28%)	213	0.60302	0.771	0.00036	0.00892	0.82997	0.9	0.057989	0.203	0.03097	0.139	0.00056999	0.0117	0.0258	0.127	0.0037	0.0379	0.00235	0.0271	0.00103	0.0164
3q loss	14 (5%)	281	0.30326	0.53	0.03938	0.164	0.91669	0.955	0.02886	0.134	0.02052	0.114	0.42417	0.645	0.074429	0.239	0.37233	0.595	0.25861	0.486	0.15144	0.364
4p loss	131 (44%)	164	9.9999e-06	0.00137	0.081559	0.254	0.47087	0.68	1	1	0.00462	0.0435	0.00174	0.0217	0.39226	0.618	0.00081999	0.0143	1	1	0.00047	0.0107
4q loss	93 (32%)	202	9.9999e-06	0.00137	0.48157	0.686	0.15697	0.373	0.87063	0.932	0.095259	0.278	0.01306	0.0878	0.96148	0.983	0.052129	0.191	0.055209	0.197	0.6682	0.81
5p loss	19 (6%)	276	0.71829	0.834	0.4586	0.672	0.62256	0.785	0.55452	0.745	0.88601	0.941	0.73378	0.845	0.60019	0.771	0.59037	0.771	0.6863	0.819	0.10964	0.298
5q loss	51 (17%)	244	0.00173	0.0217	0.71468	0.832	0.40046	0.624	0.44252	0.657	0.39177	0.618	0.87394	0.933	0.02904	0.134	0.26564	0.491	0.42873	0.647	0.04426	0.175
6p loss	47 (16%)	248	0.15114	0.364	0.03986	0.165	0.75217	0.86	0.27743	0.5	0.27493	0.497	0.02858	0.134	0.44843	0.661	0.12143	0.319	0.89687	0.945	0.12341	0.322
6q loss	74 (25%)	221	0.00468	0.0436	0.0078599	0.0614	0.90534	0.948	0.60255	0.771	0.18021	0.405	0.02917	0.134	0.21004	0.428	0.03523	0.15	0.24001	0.466	0.16132	0.378
7p loss	26 (9%)	269	0.04642	0.177	0.26125	0.489	0.42494	0.645	0.093279	0.275	0.03996	0.165	0.25101	0.478	0.21713	0.436	0.8246	0.898	0.55631	0.745	0.053199	0.194
7q loss	37 (13%)	258	0.098159	0.282	0.17059	0.389	0.01534	0.096	0.073569	0.238	0.3369	0.559	0.21928	0.437	0.14498	0.358	0.25522	0.482	0.5712	0.76	0.57489	0.764
8p loss	82 (28%)	213	0.00012	0.00508	0.10787	0.297	0.22649	0.445	0.22209	0.439	0.01928	0.111	0.31091	0.536	0.01832	0.108	0.04491	0.176	0.01104	0.0763	0.069559	0.229
8q loss	24 (8%)	271	0.12615	0.326	0.00011	0.00508	0.1977	0.425	0.04299	0.174	0.00012	0.00508	5.9999e-05	0.00378	0.01715	0.105	0.00022	0.00644	0.46247	0.675	0.00148	0.0202
9p loss	54 (18%)	241	0.00177	0.0217	0.69162	0.819	0.18747	0.417	0.48061	0.685	0.50895	0.708	0.59077	0.771	0.92703	0.96	0.95245	0.979	0.051549	0.19	0.79908	0.884
9q loss	51 (17%)	244	0.00019	0.00607	0.04439	0.175	0.2009	0.426	0.49377	0.697	0.090069	0.27	0.068969	0.228	0.47159	0.68	0.43645	0.652	0.00176	0.0217	0.17804	0.401
10p loss	66 (22%)	229	0.00037	0.00892	0.41213	0.634	0.058329	0.203	0.97311	0.989	0.20622	0.427	0.53093	0.726	0.71092	0.829	0.60218	0.771	0.11059	0.298	0.74029	0.85
10q loss	74 (25%)	221	0.00073999	0.0135	0.47611	0.681	0.058919	0.204	0.96374	0.983	0.073399	0.238	0.25128	0.478	0.76098	0.864	0.13617	0.344	0.24288	0.47	0.55729	0.745
11p loss	100 (34%)	195	0.0015	0.0202	0.30471	0.53	0.34588	0.568	0.02601	0.127	0.03248	0.144	0.086239	0.265	0.63423	0.789	0.061679	0.209	0.9488	0.978	0.21535	0.434
11q loss	115 (39%)	180	2e-05	0.00205	0.39928	0.624	0.63987	0.791	0.29299	0.517	0.03501	0.15	0.087689	0.266	0.72281	0.836	0.0072699	0.0581	0.80452	0.884	0.46568	0.676
12p loss	40 (14%)	255	0.02295	0.119	0.01422	0.0933	3e-04	0.00794	0.00067999	0.0133	0.061029	0.209	0.48916	0.693	0.26706	0.491	0.8023	0.884	0.3074	0.532	0.20357	0.427
12q loss	15 (5%)	280	0.36319	0.584	0.04352	0.174	0.6775	0.815	0.80255	0.884	0.69365	0.819	0.41046	0.634	0.19284	0.418	0.53313	0.727	0.23743	0.463	0.90904	0.951
13q loss	80 (27%)	215	0.00099999	0.0164	0.03028	0.136	0.078429	0.247	0.11991	0.317	0.01745	0.106	0.04529	0.177	0.10162	0.285	0.00343	0.0361	0.63775	0.791	0.10622	0.296
14q loss	35 (12%)	260	0.00099999	0.0164	0.081929	0.254	0.52765	0.724	0.088969	0.268	0.090209	0.27	0.13834	0.346	0.85054	0.919	0.099219	0.282	0.01506	0.0957	0.62669	0.786
15q loss	47 (16%)	248	0.058059	0.203	0.89472	0.945	0.02179	0.116	0.68014	0.815	0.21554	0.434	0.5926	0.771	0.29666	0.521	0.51191	0.71	0.26458	0.491	0.69392	0.819
16p loss	34 (12%)	261	0.10122	0.285	0.03246	0.144	0.067349	0.224	0.38937	0.616	0.02846	0.134	0.18818	0.417	0.41016	0.634	0.0099699	0.0737	0.054109	0.195	0.19872	0.425
16q loss	44 (15%)	251	0.14351	0.356	0.00375	0.038	0.02319	0.12	0.10684	0.296	0.00174	0.0217	0.00108	0.0167	0.0093999	0.0701	0.00116	0.0173	0.087949	0.266	0.01409	0.0932
17p loss	95 (32%)	200	0.00113	0.0172	0.16663	0.383	0.40344	0.627	0.58015	0.766	0.057059	0.202	0.055139	0.197	0.14032	0.35	0.058249	0.203	0.53944	0.731	0.29507	0.519
17q loss	37 (13%)	258	0.17493	0.397	0.04668	0.177	0.48513	0.689	0.35065	0.573	0.26608	0.491	0.13078	0.336	0.050559	0.188	0.33433	0.559	0.56869	0.758	0.19063	0.418
18p loss	55 (19%)	240	0.39274	0.618	0.078049	0.247	0.28616	0.51	0.20476	0.427	0.01058	0.0759	0.03809	0.159	0.42192	0.645	0.03475	0.149	0.30041	0.526	0.15003	0.364
18q loss	73 (25%)	222	0.61938	0.784	0.00067999	0.0133	0.10329	0.289	0.20649	0.427	3e-05	0.00224	0.00104	0.0164	0.082299	0.255	0.00018	0.00607	0.079579	0.25	0.01892	0.11
19p loss	60 (20%)	235	2e-05	0.00205	0.00047	0.0107	0.62874	0.786	0.27993	0.502	0.00155	0.0205	0.00258	0.0286	0.02965	0.134	2e-04	0.00607	0.04928	0.184	0.01502	0.0957
19q loss	29 (10%)	266	0.21891	0.437	0.18513	0.413	0.42552	0.645	0.51335	0.71	0.3085	0.533	0.41139	0.634	0.26871	0.491	0.10897	0.298	0.20145	0.426	0.02596	0.127
20p loss	23 (8%)	272	0.78785	0.878	0.11754	0.313	0.01378	0.0919	0.95217	0.979	0.02294	0.119	0.083429	0.257	0.11363	0.304	0.14915	0.363	0.13497	0.343	0.36664	0.588
20q loss	10 (3%)	285	0.50908	0.708	0.20977	0.428	0.03376	0.149	0.70499	0.827	0.49102	0.694	0.19075	0.418	1	1	0.64865	0.797	1	1	0.51574	0.712
21q loss	49 (17%)	246	3e-05	0.00224	0.04806	0.18	0.53777	0.73	0.02462	0.125	0.01786	0.107	0.00398	0.0393	0.3047	0.53	0.02554	0.127	0.52953	0.725	0.77161	0.872
22q loss	71 (24%)	224	0.00227	0.0266	0.7297	0.843	0.67859	0.815	0.11452	0.306	0.29131	0.516	0.01963	0.111	0.91128	0.952	0.20863	0.428	0.62805	0.786	0.79479	0.883
xp loss	63 (21%)	232	0.00443	0.0428	0.00265	0.029	0.49968	0.7	0.82241	0.897	0.61298	0.779	0.88888	0.943	0.02495	0.126	0.26795	0.491	0.02108	0.115	0.26408	0.491
xq loss	59 (20%)	236	0.04579	0.177	0.20227	0.426	0.64046	0.791	0.67628	0.815	0.60367	0.771	0.78236	0.877	0.1505	0.364	0.89881	0.945	0.0286	0.134	0.42428	0.645
