		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p31.3	96 (33%)	199	0.00086999	0.00589	0.26135	0.391	0.19867	0.323	0.71181	0.794	0.02975	0.0844	0.00123	0.00752	0.33857	0.472	0.00107	0.00687	0.54756	0.669	0.28486	0.417
amp_1q21.3	158 (54%)	137	9.9999e-06	0.000233	0.56771	0.685	0.10087	0.201	0.24652	0.375	0.04799	0.118	0.0099999	0.0382	0.98814	0.994	0.00085999	0.00589	0.79261	0.858	0.053999	0.13
amp_1q44	152 (52%)	143	9.9999e-06	0.000233	0.24999	0.378	0.19815	0.323	0.31995	0.456	0.0085199	0.0342	0.0063699	0.0271	0.85431	0.9	0.00156	0.00945	0.43333	0.564	0.02054	0.0647
amp_2p24.3	79 (27%)	216	3e-05	0.000472	0.0064599	0.0273	0.68975	0.78	0.054179	0.13	0.13393	0.249	0.04333	0.111	0.069829	0.159	7.9999e-05	0.00105	0.11039	0.218	0.11584	0.225
amp_2q33.1	41 (14%)	254	5e-05	7e-04	0.04554	0.114	0.50474	0.631	0.44461	0.572	0.00019	0.0021	0.054129	0.13	0.30533	0.44	0.0073599	0.0307	0.32429	0.46	0.82147	0.877
amp_3q26.31	227 (77%)	68	9.9999e-06	0.000233	5e-05	7e-04	0.089359	0.186	0.88485	0.92	0.00044	0.0038	2e-05	0.000382	0.31011	0.446	9.9999e-06	0.000233	0.053289	0.129	0.00023	0.00246
amp_3q28	224 (76%)	71	9.9999e-06	0.000233	2e-05	0.000382	0.067089	0.156	0.85667	0.901	0.00199	0.0115	9.9999e-06	0.000233	0.30049	0.435	9.9999e-06	0.000233	0.03369	0.0903	0.00012	0.00143
amp_4q12	21 (7%)	274	0.87996	0.918	0.19985	0.324	0.03594	0.0951	0.43233	0.564	0.68795	0.78	0.88945	0.922	1	1	0.37077	0.505	0.39818	0.531	0.11164	0.22
amp_5p15.33	138 (47%)	157	9.9999e-06	0.000233	0.0056199	0.0244	0.1762	0.303	0.37102	0.505	0.00428	0.0204	0.00496	0.0223	0.0050199	0.0223	0.00069999	0.00525	0.19434	0.321	0.01507	0.051
amp_6p21.33	82 (28%)	213	0.00036	0.00329	0.12002	0.231	0.3254	0.461	0.061589	0.146	0.02154	0.0668	0.1608	0.283	0.72228	0.801	0.01531	0.0513	0.41983	0.551	0.68718	0.78
amp_7p11.2	52 (18%)	243	0.00014	0.00157	0.00049	0.00401	0.00261	0.0139	0.0086399	0.0343	0.01449	0.0499	0.065689	0.154	0.00028	0.00285	0.088449	0.185	0.02837	0.0816	0.01516	0.0511
amp_8q24.21	127 (43%)	168	0.25581	0.384	0.1291	0.244	0.62513	0.725	0.14532	0.265	0.45137	0.579	0.03733	0.0973	0.087249	0.184	0.10032	0.201	0.01972	0.0631	0.00059999	0.00461
amp_9p24.1	63 (21%)	232	0.34274	0.477	0.14054	0.259	0.065709	0.154	0.01242	0.0445	0.2965	0.431	0.03238	0.0887	0.6428	0.738	0.070439	0.159	0.11804	0.229	0.17958	0.306
amp_11p12	23 (8%)	272	0.52927	0.653	0.25357	0.381	0.132	0.247	0.86538	0.909	0.36416	0.499	0.29714	0.431	0.45513	0.583	0.069329	0.159	0.56009	0.679	0.70586	0.788
amp_11q13.3	41 (14%)	254	0.00032	0.00315	0.02403	0.0717	0.00168	0.0101	0.03187	0.0877	0.01409	0.0488	8.9999e-05	0.00113	0.01704	0.0562	2e-05	0.000382	0.37288	0.506	0.31978	0.456
amp_11q22.1	47 (16%)	248	0.00034	0.00315	3e-05	0.000472	0.00077999	0.00558	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.00056999	0.00443	9.9999e-06	0.000233	0.073189	0.164	0.00327	0.0167
amp_13q22.1	65 (22%)	230	0.19642	0.321	0.0074399	0.0308	0.33719	0.471	0.52131	0.647	0.3184	0.456	0.74126	0.815	0.75501	0.826	0.42884	0.561	0.35489	0.489	0.63999	0.737
amp_13q34	69 (23%)	226	0.03365	0.0903	0.098239	0.197	0.32803	0.462	0.58742	0.698	0.60563	0.711	0.61661	0.721	0.76327	0.832	0.77154	0.839	0.58551	0.698	0.47035	0.595
amp_15q26.1	76 (26%)	219	0.088639	0.185	0.37775	0.511	0.85282	0.9	0.32656	0.461	0.71475	0.796	0.5929	0.701	0.54729	0.669	0.60517	0.711	0.47168	0.595	0.38969	0.524
amp_16p13.13	65 (22%)	230	0.24283	0.371	0.54411	0.668	0.12196	0.234	0.88614	0.92	0.215	0.341	0.37782	0.511	0.30087	0.435	0.22242	0.35	0.61531	0.721	0.45946	0.586
amp_17q12	55 (19%)	240	0.0050199	0.0223	0.00356	0.0177	0.41282	0.545	0.03827	0.0988	0.00444	0.021	0.00328	0.0167	0.0294	0.0842	0.03317	0.0901	0.02011	0.064	0.04519	0.114
amp_17q25.1	74 (25%)	221	0.00072999	0.00535	0.0172	0.0564	0.96381	0.976	0.078559	0.173	0.01228	0.0442	0.50707	0.633	0.15675	0.279	0.94265	0.963	0.26367	0.393	0.77639	0.842
amp_19p13.3	39 (13%)	256	0.35585	0.489	0.02335	0.0704	0.41166	0.545	0.59112	0.7	0.1779	0.305	0.00097999	0.00636	0.51439	0.639	0.01822	0.0592	0.44252	0.571	0.15541	0.277
amp_19p13.2	43 (15%)	252	0.79659	0.86	0.1837	0.31	0.02173	0.0671	0.58446	0.698	0.66259	0.755	0.080909	0.176	0.69737	0.783	0.096859	0.195	0.92707	0.954	0.27782	0.408
amp_19q13.13	93 (32%)	202	9.9999e-06	0.000233	0.20917	0.334	0.86956	0.911	0.25344	0.381	0.39215	0.526	0.43643	0.565	0.65605	0.749	0.2704	0.4	0.87941	0.918	0.84937	0.899
amp_20q11.21	135 (46%)	160	0.00033	0.00315	0.02522	0.0749	0.00231	0.0129	0.00361	0.0178	0.066159	0.154	0.03774	0.0978	0.1838	0.31	0.03405	0.0909	0.68079	0.774	0.18754	0.313
amp_21q22.13	48 (16%)	247	0.22078	0.349	0.57497	0.691	0.92982	0.956	0.7982	0.86	0.062309	0.147	0.44458	0.572	0.88454	0.92	0.8349	0.888	0.80258	0.863	0.47185	0.595
amp_xq28	75 (25%)	220	0.622	0.723	0.57464	0.691	0.19625	0.321	0.91071	0.941	0.75195	0.824	0.55847	0.678	0.00096999	0.00636	0.16762	0.293	0.02326	0.0704	0.070539	0.159
del_1p36.23	40 (14%)	255	0.00070999	0.00526	0.00462	0.0214	0.0088399	0.0348	0.094809	0.192	0.00045	0.00383	3e-05	0.000472	0.17152	0.297	0.00012	0.00143	0.12663	0.24	0.02313	0.0704
del_1p13.2	34 (12%)	261	0.059009	0.14	0.0045	0.0212	0.40701	0.542	0.26162	0.391	2e-05	0.000382	0.069709	0.159	0.01041	0.039	0.17671	0.303	0.6381	0.736	0.02701	0.0781
del_2q22.1	65 (22%)	230	0.58669	0.698	0.39813	0.531	0.21972	0.348	0.72221	0.801	0.0134	0.0474	0.11596	0.225	0.96825	0.979	0.17909	0.306	0.60184	0.709	0.077589	0.172
del_2q37.1	129 (44%)	166	0.00386	0.0186	0.00034	0.00315	0.00118	0.00729	0.10725	0.213	4e-05	0.000615	9.9999e-06	0.000233	0.01494	0.0509	0.00117	0.00729	0.086359	0.183	3e-05	0.000472
del_3p14.2	134 (45%)	161	3e-05	0.000472	3e-05	0.000472	0.93515	0.96	0.0465	0.116	0.00199	0.0115	5e-05	7e-04	0.0090699	0.0355	0.00049	0.00401	0.00219	0.0124	0.00012	0.00143
del_4q21.3	103 (35%)	192	9.9999e-06	0.000233	0.38988	0.524	0.42167	0.552	0.80401	0.863	0.0114	0.0418	0.0051299	0.0226	0.4861	0.609	0.2362	0.366	0.56132	0.679	0.32975	0.464
del_4q22.1	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.000233	0.23466	0.364	0.091689	0.188	0.87012	0.911	0.02308	0.0704	0.01027	0.039	0.63346	0.732	0.04409	0.112	0.22724	0.356	0.41285	0.545
del_4q35.2	114 (39%)	181	9.9999e-06	0.000233	0.20785	0.333	0.068159	0.157	0.99773	1	0.0086599	0.0343	0.00254	0.0138	0.38137	0.514	0.12099	0.232	0.41287	0.545	0.084819	0.182
del_5q12.1	76 (26%)	219	2e-05	0.000382	0.92562	0.954	0.10898	0.216	0.02954	0.0842	0.41842	0.55	0.93879	0.962	0.02104	0.0659	0.34619	0.479	0.81794	0.875	0.03004	0.0849
del_5q35.2	71 (24%)	224	0.00023	0.00246	0.96136	0.975	0.43525	0.564	0.54603	0.669	0.84314	0.894	0.8389	0.891	0.0309	0.0856	0.55594	0.676	0.48245	0.605	0.12897	0.244
del_6p24.2	46 (16%)	249	0.28567	0.417	0.088109	0.185	0.19244	0.319	0.18473	0.31	0.11844	0.229	0.04153	0.107	0.28609	0.417	0.02556	0.0752	0.17331	0.299	0.087949	0.185
del_6q26	100 (34%)	195	9.9999e-06	0.000233	0.00191	0.0112	0.79683	0.86	0.74883	0.822	0.2697	0.4	0.084359	0.182	0.31905	0.456	0.32052	0.456	0.18221	0.309	0.2307	0.359
del_7q34	60 (20%)	235	0.00078999	0.00559	0.2722	0.401	0.72595	0.802	0.46233	0.588	0.83001	0.885	0.69572	0.783	0.69289	0.782	0.46899	0.594	0.73926	0.814	0.59863	0.706
del_8p23.3	104 (35%)	191	9.9999e-06	0.000233	0.0306	0.0853	0.36923	0.505	0.092309	0.189	0.00046	0.00386	0.02533	0.0749	0.072889	0.163	0.01763	0.0575	0.03345	0.0903	0.1928	0.319
del_8p23.1	97 (33%)	198	6.9999e-05	0.000938	0.01596	0.053	0.52847	0.653	0.091279	0.188	0.00304	0.016	0.15924	0.281	0.02397	0.0717	0.02205	0.0678	0.0095399	0.0369	0.083239	0.181
del_10q23.31	86 (29%)	209	0.0077099	0.0317	0.51198	0.637	0.18313	0.31	0.76206	0.832	0.04542	0.114	0.33249	0.465	0.94583	0.964	0.24188	0.371	0.85041	0.899	0.58594	0.698
del_11p15.1	102 (35%)	193	0.00096999	0.00636	0.17038	0.296	0.23084	0.359	0.0092299	0.0359	0.03061	0.0853	0.01918	0.0616	0.26547	0.394	0.077139	0.171	0.9869	0.994	0.14412	0.263
del_11q23.3	162 (55%)	133	9.9999e-06	0.000233	0.14755	0.267	0.14775	0.267	0.13304	0.248	0.04346	0.111	0.00379	0.0184	0.8121	0.87	0.00247	0.0135	0.11484	0.225	0.0061699	0.0264
del_11q25	160 (54%)	135	9.9999e-06	0.000233	0.16413	0.287	0.22664	0.356	0.1881	0.313	0.03465	0.0921	0.00466	0.0214	0.53096	0.653	0.0058199	0.0251	0.074549	0.166	0.0082999	0.0337
del_13q12.11	98 (33%)	197	0.00258	0.0139	0.00079999	0.0056	0.02145	0.0668	0.092589	0.189	0.01149	0.0418	0.00027	0.00279	0.00183	0.0109	0.00458	0.0214	0.24863	0.377	0.00243	0.0134
del_13q14.2	118 (40%)	177	0.0038	0.0184	0.00097999	0.00636	0.13719	0.254	0.62123	0.723	0.00108	0.00687	0.0023	0.0129	0.0147	0.0503	5e-04	0.00404	0.078829	0.173	0.00319	0.0166
del_14q32.31	50 (17%)	245	5e-05	7e-04	0.069239	0.159	0.21463	0.341	0.0078699	0.0322	0.01388	0.0483	0.0096399	0.037	0.23834	0.368	0.02603	0.0759	0.090789	0.188	0.13031	0.244
del_15q21.1	70 (24%)	225	8.9999e-05	0.00113	0.24186	0.371	0.21116	0.337	0.55236	0.673	0.11276	0.221	0.04709	0.116	0.01065	0.0395	0.033	0.09	0.01872	0.0605	0.0495	0.121
del_16q11.2	53 (18%)	242	0.20204	0.326	0.00215	0.0123	0.15036	0.271	0.15482	0.277	0.03631	0.0957	0.01041	0.039	0.01132	0.0417	0.01052	0.0392	0.20115	0.326	0.01358	0.0478
del_16q23.1	55 (19%)	240	0.01287	0.0458	0.00075999	0.0055	0.16337	0.287	0.18913	0.314	4e-04	0.00355	0.00034	0.00315	0.02586	0.0758	0.00063999	0.00486	0.04956	0.121	0.00336	0.0168
del_17p12	109 (37%)	186	0.00051999	0.00409	0.083589	0.181	0.15332	0.275	0.7236	0.801	0.14856	0.268	0.27138	0.4	0.19623	0.321	0.20275	0.327	0.62204	0.723	0.77233	0.839
del_17q25.3	51 (17%)	244	0.33141	0.465	0.00027	0.00279	0.00039	0.00351	0.95237	0.969	3e-05	0.000472	0.00116	0.00729	0.00333	0.0168	0.00086999	0.00589	0.41822	0.55	0.0053999	0.0236
del_18q21.2	82 (28%)	213	0.13768	0.254	6.9999e-05	0.000938	0.03737	0.0973	0.055679	0.133	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.01597	0.053	9.9999e-06	0.000233	0.03736	0.0973	0.00301	0.0159
del_19p13.3	105 (36%)	190	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.6976	0.783	0.086389	0.183	0.00013	0.00152	9.9999e-06	0.000233	0.01384	0.0483	2e-05	0.000382	0.04745	0.117	0.04701	0.116
del_19q13.33	38 (13%)	257	0.63032	0.73	0.047	0.116	0.53094	0.653	0.59031	0.7	0.14333	0.262	0.18435	0.31	0.096559	0.195	0.17023	0.296	0.072189	0.162	0.15847	0.28
del_20p12.1	36 (12%)	259	0.58079	0.697	0.02613	0.0759	0.02028	0.0642	0.12509	0.238	0.0071499	0.03	0.12523	0.238	0.079029	0.173	0.14304	0.262	0.089969	0.186	0.36215	0.497
del_21q11.2	58 (20%)	237	0.00031	0.0031	0.20325	0.327	0.34602	0.479	0.0047	0.0215	0.084769	0.182	0.0085099	0.0342	0.47369	0.596	0.23066	0.359	0.43489	0.564	1	1
del_22q13.32	88 (30%)	207	0.00494	0.0223	0.45805	0.585	0.46333	0.588	0.70484	0.788	0.35298	0.488	0.03028	0.0852	0.97299	0.982	0.65666	0.749	1	1	0.90594	0.937
del_xp11.3	72 (24%)	223	0.00051999	0.00409	0.00042	0.00367	0.64141	0.737	0.65345	0.749	0.093219	0.189	0.24455	0.373	0.00014	0.00157	0.03098	0.0856	0.00324	0.0167	0.15792	0.28
del_xq21.33	60 (20%)	235	0.13028	0.244	0.067299	0.156	0.24202	0.371	0.01185	0.0429	0.94037	0.962	0.73175	0.807	0.2469	0.375	0.95327	0.969	0.085349	0.182	0.70322	0.788
