		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	82 (14%)	495	0.6046	0.77	0.12926	0.286	0.48694	0.684	0.25009	0.441	9.9999e-06	0.000132	0.82874	0.923	0.37949	0.586	0.51974	0.708	0.33958	0.548	0.27134	0.463
1q gain	89 (15%)	488	0.076549	0.204	0.088999	0.225	0.12982	0.287	0.62665	0.785	9.9999e-06	0.000132	0.52623	0.713	0.086309	0.22	0.52959	0.715	0.82291	0.921	0.50808	0.706
2p gain	37 (6%)	540	0.46948	0.666	0.73484	0.863	0.25192	0.443	0.22578	0.411	0.00269	0.014	0.39052	0.596	0.7953	0.906	0.13617	0.296	1	1	0.53849	0.722
2q gain	36 (6%)	541	0.6479	0.804	0.91345	0.982	0.095709	0.236	0.27803	0.469	0.00177	0.00948	0.39062	0.596	0.8844	0.963	0.36878	0.571	0.76903	0.891	0.17672	0.35
3p gain	58 (10%)	519	0.00044	0.00303	0.02909	0.1	0.67071	0.81	0.02628	0.0925	9.9999e-06	0.000132	0.13099	0.289	0.98821	1	0.70633	0.838	0.81358	0.917	0.25825	0.451
3q gain	64 (11%)	513	5e-04	0.00336	0.062609	0.176	0.89921	0.971	0.062499	0.176	9.9999e-06	0.000132	0.064409	0.178	0.81293	0.917	1	1	0.51776	0.708	0.15072	0.316
4p gain	36 (6%)	541	0.24301	0.432	0.61321	0.777	0.48712	0.684	0.5184	0.708	0.00080999	0.00496	0.45975	0.659	0.51245	0.707	0.53638	0.721	0.6128	0.777	0.79122	0.906
4q gain	33 (6%)	544	0.31275	0.517	0.31725	0.523	0.49607	0.694	0.5395	0.722	0.0054199	0.0247	0.26606	0.456	0.39243	0.597	0.70067	0.838	0.36424	0.569	0.65957	0.808
5p gain	49 (8%)	528	0.1144	0.266	0.15443	0.32	0.17656	0.35	0.34565	0.551	5e-05	0.000461	0.23127	0.415	0.055299	0.163	0.35989	0.569	0.12636	0.282	0.23054	0.415
5q gain	41 (7%)	536	0.14134	0.304	0.23551	0.422	0.11594	0.267	0.053079	0.158	0.00012	0.000974	0.11656	0.268	0.083179	0.215	0.34012	0.548	0.16958	0.34	0.40579	0.611
6p gain	24 (4%)	553	0.01179	0.0488	0.11898	0.271	0.87699	0.961	0.1623	0.33	0.15653	0.32	0.083779	0.216	0.65288	0.804	0.88947	0.965	1	1	1	1
6q gain	23 (4%)	554	0.0017	0.00929	0.03562	0.115	0.78632	0.906	0.10354	0.25	0.02474	0.0886	0.0055999	0.0254	0.68046	0.818	0.66876	0.809	0.81404	0.917	1	1
7p gain	468 (81%)	109	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00029	0.00207	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0082999	0.036	0.00065999	0.00413	0.01549	0.062	4e-05	0.000381
7q gain	474 (82%)	103	2e-05	0.000231	9.9999e-06	0.000132	0.00109	0.00643	0.00015	0.00116	9.9999e-06	0.000132	4e-05	0.000381	0.34507	0.551	0.01102	0.0461	0.054179	0.16	0.00162	0.00892
8p gain	52 (9%)	525	3e-05	0.000324	0.00071999	0.00447	0.062419	0.176	0.55798	0.737	9.9999e-06	0.000132	0.00416	0.0198	0.27806	0.469	0.15652	0.32	0.13808	0.299	0.67634	0.814
8q gain	59 (10%)	518	3e-05	0.000324	2e-05	0.000231	0.04007	0.126	0.45467	0.655	9.9999e-06	0.000132	0.00051999	0.00347	0.27574	0.468	0.15836	0.323	0.12345	0.277	0.51205	0.707
9p gain	47 (8%)	530	0.00317	0.0158	0.02967	0.101	0.70436	0.838	0.43337	0.635	3e-05	0.000324	0.54488	0.728	0.31987	0.527	0.70573	0.838	0.43044	0.633	0.1135	0.265
9q gain	71 (12%)	506	0.079469	0.208	0.070789	0.192	0.57928	0.749	0.16425	0.331	6.9999e-05	0.000611	0.19741	0.375	0.51432	0.708	0.36809	0.571	0.66796	0.809	0.078189	0.206
10p gain	13 (2%)	564	0.00111	0.00647	0.00013	0.00105	0.11776	0.27	0.058319	0.17	0.00097999	0.00582	4e-04	0.00283	0.40773	0.612	0.00444	0.021	NA	NA	NA	NA
10q gain	3 (1%)	574	0.55663	0.737	1	1	0.051229	0.154	0.79641	0.906	0.19483	0.372	0.19394	0.371	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11p gain	17 (3%)	560	0.90405	0.974	0.88037	0.963	0.246	0.435	0.94392	1	0.19769	0.375	0.084169	0.216	0.4035	0.609	0.88458	0.963	0.69518	0.835	1	1
11q gain	14 (2%)	563	0.18841	0.366	0.063099	0.176	0.21897	0.402	0.36077	0.569	0.14891	0.313	0.00042	0.00292	0.70766	0.839	0.88278	0.963	1	1	1	1
12p gain	60 (10%)	517	0.66812	0.809	0.79237	0.906	0.64613	0.804	0.16394	0.331	4e-05	0.000381	0.90039	0.971	0.25355	0.444	0.57465	0.747	0.00411	0.0198	0.078409	0.206
12q gain	49 (8%)	528	0.52086	0.708	0.95395	1	0.53654	0.721	0.01044	0.0442	0.0014	0.00786	0.59166	0.76	0.21031	0.391	0.52474	0.712	0.02245	0.0818	0.12189	0.275
13q gain	10 (2%)	567	0.052329	0.156	0.49553	0.694	0.17927	0.353	0.82597	0.923	0.056849	0.166	1	1	0.14897	0.313	0.82294	0.921	0.42835	0.633	1	1
14q gain	22 (4%)	555	0.43238	0.634	0.78033	0.9	0.01013	0.0433	0.80525	0.912	0.38701	0.595	0.51023	0.707	0.40596	0.611	0.11092	0.262	0.4256	0.63	0.32536	0.534
15q gain	24 (4%)	553	0.061349	0.175	0.11071	0.262	0.56853	0.744	0.13308	0.291	4e-05	0.000381	0.28184	0.474	0.068309	0.187	0.80175	0.909	0.03407	0.111	0.3854	0.594
16p gain	38 (7%)	539	0.0078499	0.0344	0.066099	0.182	0.41457	0.619	0.27199	0.463	9.9999e-06	0.000132	0.03172	0.106	0.1906	0.369	0.66233	0.808	1	1	1	1
16q gain	37 (6%)	540	0.01829	0.0714	0.0052999	0.0244	0.35825	0.568	0.063909	0.178	5e-05	0.000461	0.02627	0.0925	0.02299	0.083	0.88383	0.963	0.41958	0.623	0.73549	0.863
17p gain	48 (8%)	529	0.00047	0.00319	0.02038	0.0767	0.078309	0.206	0.03935	0.124	2e-04	0.00146	0.03405	0.111	0.02553	0.091	0.20342	0.382	0.33915	0.548	0.38984	0.596
17q gain	60 (10%)	517	0.00112	0.00647	0.04658	0.142	0.12753	0.283	0.069069	0.188	9.9999e-06	0.000132	0.0373	0.119	0.058179	0.17	0.060949	0.175	0.94415	1	0.61748	0.778
18p gain	58 (10%)	519	9.9999e-06	0.000132	0.00062999	0.00397	0.15549	0.32	0.3645	0.569	9.9999e-06	0.000132	0.0050599	0.0234	0.4394	0.639	0.39471	0.599	0.01922	0.0736	0.098659	0.241
18q gain	58 (10%)	519	2e-05	0.000231	0.00061999	0.00394	0.15544	0.32	0.4306	0.633	9.9999e-06	0.000132	0.0057099	0.0256	0.36577	0.57	0.61217	0.777	0.01894	0.0733	0.11222	0.263
19p gain	226 (39%)	351	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.090189	0.227	0.00028	0.00201	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.20575	0.385	4e-05	0.000381	0.18908	0.367	0.65552	0.806
19q gain	199 (34%)	378	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.14244	0.305	0.00324	0.016	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.20767	0.388	2e-04	0.00146	0.062989	0.176	0.3436	0.551
20p gain	222 (38%)	355	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00447	0.0211	9.9999e-06	0.000132	4e-05	0.000381	7.9999e-05	0.000691	0.35022	0.557	0.00047	0.00319	0.79609	0.906	0.12044	0.274
20q gain	220 (38%)	357	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.00283	0.0144	9.9999e-06	0.000132	4e-05	0.000381	9.9999e-06	0.000132	0.2621	0.453	0.00041	0.00287	0.79652	0.906	0.11889	0.271
21q gain	64 (11%)	513	0.00116	0.00665	0.0075899	0.0335	0.01066	0.0448	0.00412	0.0198	0.00017	0.00128	0.00174	0.00945	0.11582	0.267	0.75524	0.88	0.01789	0.0705	0.32818	0.537
22q gain	34 (6%)	543	9.9999e-06	0.000132	0.00319	0.0159	0.46941	0.666	0.21819	0.401	0.00011	0.000902	0.1436	0.307	0.2668	0.457	0.02872	0.0997	0.24372	0.433	0.19256	0.371
xp gain	15 (3%)	562	0.28152	0.474	1	1	0.79539	0.906	0.18424	0.361	0.89669	0.97	0.88924	0.965	1	1	0.62244	0.78	0.086729	0.22	0.4351	0.635
xq gain	16 (3%)	561	0.25299	0.444	0.94789	1	0.98473	1	0.36153	0.569	0.94961	1	0.71697	0.847	0.50704	0.706	1	1	0.03804	0.12	0.26016	0.452
1p loss	16 (3%)	561	0.63471	0.793	0.82753	0.923	0.94048	1	0.19384	0.371	0.02113	0.0788	0.58688	0.757	0.346	0.551	0.26596	0.456	0.11028	0.262	0.01815	0.0712
1q loss	15 (3%)	562	0.83106	0.923	0.97753	1	0.85626	0.944	0.36414	0.569	0.13322	0.291	1	1	0.33859	0.548	0.28759	0.481	0.51668	0.708	0.082149	0.213
2p loss	32 (6%)	545	0.03086	0.104	0.02713	0.0947	0.26462	0.456	0.76877	0.891	9.9999e-06	0.000132	0.61673	0.778	0.11383	0.265	0.93753	1	0.24228	0.432	0.22728	0.411
2q loss	32 (6%)	545	0.0296	0.101	0.02881	0.0997	0.26268	0.453	0.76744	0.891	9.9999e-06	0.000132	0.61439	0.777	0.066149	0.182	0.86978	0.956	0.084839	0.217	0.071949	0.194
3p loss	40 (7%)	537	0.91042	0.98	0.78961	0.906	0.7156	0.847	0.14791	0.313	6.9999e-05	0.000611	0.20208	0.381	0.04234	0.13	0.81994	0.921	0.63819	0.797	0.23056	0.415
3q loss	34 (6%)	543	0.23036	0.415	0.12659	0.282	0.51329	0.707	0.67526	0.814	2e-05	0.000231	0.03479	0.113	0.0337	0.111	0.17645	0.35	0.88916	0.965	0.1835	0.36
4p loss	55 (10%)	522	0.080929	0.211	0.00317	0.0158	0.03311	0.109	0.22665	0.411	0.00217	0.0113	0.00183	0.00968	0.85466	0.943	0.33601	0.546	0.74676	0.875	1	1
4q loss	56 (10%)	521	0.00079999	0.00493	0.00060999	0.00391	0.0188	0.0731	0.15498	0.32	0.00017	0.00128	0.00096999	0.00581	0.76392	0.889	0.39821	0.604	0.5585	0.737	1	1
5p loss	43 (7%)	534	9.9999e-06	0.000132	2e-05	0.000231	0.00178	0.00948	0.096229	0.237	3e-05	0.000324	9.9999e-06	0.000132	0.80008	0.909	0.20873	0.389	0.3442	0.551	0.052339	0.156
5q loss	44 (8%)	533	4e-05	0.000381	2e-05	0.000231	0.00091999	0.00555	0.18728	0.366	0.00015	0.00116	9.9999e-06	0.000132	0.66543	0.809	0.084239	0.216	0.22437	0.41	0.04208	0.13
6p loss	86 (15%)	491	0.56498	0.74	0.33388	0.545	0.77104	0.892	0.70611	0.838	9.9999e-06	0.000132	0.5706	0.745	0.11092	0.262	0.069679	0.189	0.86892	0.956	0.59469	0.763
6q loss	125 (22%)	452	0.93972	1	0.57923	0.749	0.56502	0.74	0.94115	1	9.9999e-06	0.000132	0.65316	0.804	0.04869	0.147	0.33424	0.545	0.49853	0.696	0.29483	0.492
7p loss	8 (1%)	569	0.02218	0.0812	0.03387	0.111	0.45537	0.655	0.04088	0.127	0.01574	0.0627	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7q loss	6 (1%)	571	0.10061	0.243	0.30217	0.504	0.94207	1	0.12479	0.28	0.098059	0.24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8p loss	58 (10%)	519	0.54645	0.729	0.44239	0.642	0.17888	0.353	0.77843	0.899	0.25836	0.451	0.64865	0.804	0.73589	0.863	1	1	0.57374	0.747	0.3905	0.596
8q loss	42 (7%)	535	0.61809	0.778	0.15348	0.319	0.02131	0.0791	0.80747	0.913	0.10519	0.253	0.13932	0.301	0.45925	0.659	1	1	0.46056	0.659	0.1451	0.309
9p loss	202 (35%)	375	0.0078899	0.0344	0.11132	0.262	0.54978	0.731	0.48535	0.684	0.59743	0.765	0.47528	0.672	0.13842	0.299	0.099209	0.241	0.02208	0.0812	0.0089299	0.0385
9q loss	94 (16%)	483	0.36783	0.571	0.096619	0.237	0.073159	0.196	0.27604	0.468	0.54799	0.729	0.57334	0.747	0.24595	0.435	0.61856	0.778	0.75394	0.88	0.18113	0.356
10p loss	483 (84%)	94	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0099899	0.0429	6.9999e-05	0.000611	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.21169	0.391	0.00053999	0.00357	0.2225	0.407	0.01266	0.0516
10q loss	494 (86%)	83	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.0057499	0.0256	0.00011	0.000902	9.9999e-06	0.000132	0.00015	0.00116	0.32252	0.53	5e-05	0.000461	0.26106	0.453	0.02177	0.0804
11p loss	99 (17%)	478	9.9999e-06	0.000132	9.9999e-06	0.000132	0.83114	0.923	0.01423	0.0572	9.9999e-06	0.000132	0.00279	0.0144	0.81804	0.92	0.02993	0.101	0.095379	0.236	0.087799	0.222
11q loss	93 (16%)	484	4e-05	0.000381	2e-04	0.00146	0.93234	0.999	0.061579	0.175	9.9999e-06	0.000132	0.4168	0.621	0.33528	0.545	0.15234	0.318	0.34598	0.551	0.53331	0.719
12p loss	58 (10%)	519	0.095069	0.236	0.094059	0.234	0.55963	0.737	0.8327	0.923	0.0056399	0.0254	0.59904	0.765	0.12308	0.277	0.17094	0.342	1	1	0.66106	0.808
12q loss	57 (10%)	520	0.14178	0.304	0.099849	0.242	0.43958	0.639	0.65288	0.804	0.00026	0.00189	0.55122	0.731	0.080739	0.211	0.47222	0.669	1	1	0.66197	0.808
13q loss	186 (32%)	391	5.9999e-05	0.000541	0.00177	0.00948	0.7499	0.877	0.58856	0.758	9.9999e-06	0.000132	0.01147	0.0477	0.52093	0.708	0.02709	0.0947	0.04925	0.148	0.40072	0.606
14q loss	146 (25%)	431	9.9999e-06	0.000132	0.00011	0.000902	0.50947	0.707	0.53939	0.722	9.9999e-06	0.000132	0.02408	0.0866	0.18831	0.366	0.02933	0.101	0.16345	0.331	0.70322	0.838
15q loss	106 (18%)	471	4e-05	0.000381	2e-05	0.000231	0.00401	0.0195	0.00358	0.0175	9.9999e-06	0.000132	0.075429	0.201	0.17622	0.35	0.01929	0.0736	0.0034	0.0167	0.02263	0.0821
16p loss	63 (11%)	514	0.28549	0.479	0.85203	0.943	0.66316	0.808	0.73151	0.862	0.03306	0.109	0.058519	0.17	0.71748	0.847	0.79133	0.906	0.56357	0.74	0.6463	0.804
16q loss	83 (14%)	494	0.060519	0.175	0.42898	0.633	0.46494	0.662	0.89636	0.97	0.01388	0.0561	0.3678	0.571	0.22678	0.411	0.19947	0.378	0.66248	0.808	0.59958	0.765
17p loss	65 (11%)	512	0.02012	0.0762	0.02016	0.0762	0.65154	0.804	0.5825	0.752	9.9999e-06	0.000132	0.13219	0.291	0.52962	0.715	0.21053	0.391	0.30362	0.505	0.70252	0.838
17q loss	41 (7%)	536	0.00491	0.0229	0.061799	0.175	0.21129	0.391	0.04649	0.142	9.9999e-06	0.000132	0.03672	0.117	0.15101	0.316	1	1	0.1453	0.309	0.10761	0.257
18p loss	71 (12%)	506	0.0472	0.143	0.0321	0.107	0.36252	0.569	0.21817	0.401	3e-05	0.000324	0.50361	0.702	0.46475	0.662	0.04066	0.127	0.13376	0.292	0.59847	0.765
18q loss	62 (11%)	515	0.14602	0.309	0.0073799	0.0327	0.61971	0.778	0.2406	0.43	0.00015	0.00116	0.47601	0.672	0.70483	0.838	0.00282	0.0144	0.41803	0.622	0.12093	0.274
19p loss	27 (5%)	550	0.00058999	0.00381	0.00132	0.00746	0.060919	0.175	0.43552	0.635	0.01356	0.055	5.9999e-05	0.000541	0.068389	0.187	0.03597	0.115	0.85298	0.943	0.66803	0.809
19q loss	35 (6%)	542	0.00058999	0.00381	0.00472	0.0221	0.41288	0.618	0.15351	0.319	0.00112	0.00647	0.00082999	0.00504	0.20292	0.382	0.19133	0.369	0.92852	0.997	0.51755	0.708
20p loss	19 (3%)	558	0.00017	0.00128	2e-05	0.000231	0.03599	0.115	0.092829	0.232	2e-05	0.000231	0.3086	0.512	0.077779	0.206	0.45275	0.655	0.01046	0.0442	0.00215	0.0113
20q loss	17 (3%)	560	0.00142	0.00792	0.00011	0.000902	0.36408	0.569	0.26911	0.46	9.9999e-06	0.000132	0.31193	0.517	0.57897	0.749	0.45393	0.655	0.04019	0.126	0.01202	0.0495
21q loss	42 (7%)	535	0.02056	0.077	0.00124	0.00706	0.053759	0.159	0.26046	0.452	0.00057999	0.0038	0.00158	0.00875	0.44668	0.647	0.0262	0.0925	0.82354	0.921	1	1
22q loss	181 (31%)	396	0.6508	0.804	0.55991	0.737	0.19411	0.371	0.87554	0.961	9.9999e-06	0.000132	0.072189	0.194	0.42556	0.63	0.16415	0.331	0.2007	0.379	0.092699	0.232
xp loss	114 (20%)	463	0.00306	0.0155	0.01225	0.0502	0.04234	0.13	0.16631	0.334	9.9999e-06	0.000132	0.00011	0.000902	0.02986	0.101	0.46224	0.66	0.39134	0.596	0.83147	0.923
xq loss	106 (18%)	471	0.0192	0.0736	0.01592	0.0631	0.11227	0.263	0.10587	0.254	9.9999e-06	0.000132	0.0053199	0.0244	0.11512	0.267	0.75465	0.88	0.41256	0.618	0.96135	1
