		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	70 (13%)	452	6.9999e-05	0.000478	0.0096699	0.033	0.4144	0.56	0.62815	0.756	0.94357	0.967	0.72962	0.832	0.68771	0.793	0.0053799	0.0203	0.11714	0.223	0.87545	0.92
1q gain	121 (23%)	401	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.97902	0.994	0.77054	0.852	6.9999e-05	0.000478	0.00066999	0.00337	0.00026	0.00152	3e-04	0.00168	0.0121	0.04	0.097129	0.194
2p gain	97 (19%)	425	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.85968	0.911	0.43902	0.585	0.03416	0.0901	9.9999e-06	9.65e-05	0.02109	0.0616	0.01968	0.0583	0.0022	0.00949	0.090149	0.189
2q gain	74 (14%)	448	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.59856	0.737	0.73046	0.832	0.060009	0.141	9.9999e-06	9.65e-05	0.10367	0.203	0.10153	0.2	0.01645	0.0503	0.03972	0.101
3p gain	81 (16%)	441	0.19614	0.326	0.00023	0.00136	0.34349	0.493	0.75362	0.844	0.01259	0.0405	0.0371	0.0963	0.12844	0.239	0.15719	0.277	0.11408	0.219	0.0293	0.0806
3q gain	254 (49%)	268	0.00012	0.000763	9.9999e-06	9.65e-05	0.35146	0.5	0.28289	0.434	0.00029	0.00165	0.15261	0.271	0.0088599	0.0308	0.80344	0.871	0.02117	0.0616	0.096569	0.194
4p gain	41 (8%)	481	0.02291	0.0652	0.00211	0.0092	0.82137	0.882	0.35558	0.505	0.14369	0.26	0.67348	0.79	0.073149	0.161	0.64376	0.768	0.73131	0.832	0.32684	0.477
4q gain	37 (7%)	485	0.90211	0.938	0.19932	0.329	1	1	0.76704	0.849	0.83853	0.894	0.47842	0.627	1	1	0.90928	0.94	0.68352	0.793	0.73719	0.835
5p gain	201 (39%)	321	9.9999e-06	9.65e-05	0.00221	0.00949	0.39876	0.55	0.83391	0.892	0.091079	0.19	0.92149	0.949	0.5753	0.717	0.03237	0.0863	0.83691	0.894	0.65882	0.778
5q gain	68 (13%)	454	0.04915	0.119	0.59138	0.731	0.33592	0.485	0.88913	0.929	0.81806	0.881	0.6239	0.753	0.67863	0.791	0.44906	0.596	0.85781	0.91	0.31213	0.465
6p gain	83 (16%)	439	0.00019	0.00115	0.00246	0.0105	0.24059	0.384	0.74076	0.836	0.6856	0.793	0.2195	0.358	0.60479	0.74	0.070979	0.158	0.32345	0.476	0.66172	0.78
6q gain	63 (12%)	459	0.00202	0.00891	0.03084	0.0829	0.32565	0.477	0.074169	0.163	0.10031	0.198	0.04175	0.105	0.2404	0.384	0.91301	0.943	0.065179	0.148	0.29942	0.453
7p gain	183 (35%)	339	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	1	1	0.505	0.656	0.14788	0.265	9.9999e-06	9.65e-05	0.68756	0.793	9.9999e-06	9.65e-05	0.12484	0.234	0.53457	0.679
7q gain	129 (25%)	393	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.36191	0.512	0.63315	0.758	0.54152	0.682	0.00038	0.00205	0.01327	0.0422	0.00018	0.0011	0.3265	0.477	0.4988	0.65
8p gain	155 (30%)	367	0.02253	0.0644	0.24731	0.391	0.80651	0.872	0.64057	0.766	0.79244	0.864	0.90428	0.939	0.59708	0.736	0.78768	0.86	0.45403	0.601	0.13613	0.25
8q gain	310 (59%)	212	5e-05	0.000363	3e-05	0.000232	0.18968	0.317	0.88591	0.927	0.072299	0.16	2e-05	0.000171	0.17296	0.297	0.01054	0.0357	0.04023	0.102	0.069769	0.155
9p gain	102 (20%)	420	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.13071	0.242	0.093289	0.192	0.004	0.0156	0.00069999	0.0035	0.0075899	0.0272	0.0089499	0.031	0.00013	0.00082	0.15627	0.276
9q gain	139 (27%)	383	9.9999e-06	9.65e-05	0.00307	0.0125	0.10605	0.206	0.2561	0.401	0.39287	0.543	0.00096999	0.00457	0.40005	0.55	0.04981	0.12	0.29828	0.452	0.438	0.585
10p gain	40 (8%)	482	0.075859	0.165	4e-05	0.000304	0.13542	0.25	0.065659	0.148	0.097699	0.194	0.00073999	0.00366	0.04451	0.111	0.01687	0.0514	0.55994	0.701	0.36768	0.516
10q gain	34 (7%)	488	0.00468	0.0178	0.24187	0.385	0.15694	0.277	0.40413	0.551	0.35853	0.509	0.14162	0.257	0.87668	0.92	0.03651	0.095	0.21606	0.354	0.61424	0.748
11p gain	66 (13%)	456	7.9999e-05	0.000538	9.9999e-06	9.65e-05	0.80236	0.871	0.40938	0.556	0.10595	0.206	0.14744	0.265	0.04529	0.112	0.26433	0.408	0.00336	0.0134	0.0088299	0.0308
11q gain	71 (14%)	451	3e-05	0.000232	3e-05	0.000232	0.65676	0.778	0.58188	0.722	0.12425	0.233	0.078869	0.17	0.27779	0.427	0.01742	0.0526	0.01753	0.0527	0.062159	0.145
12p gain	148 (28%)	374	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.54808	0.688	0.8227	0.882	0.01365	0.0429	8.9999e-05	0.000595	0.01254	0.0405	0.096369	0.194	0.03795	0.0979	0.52156	0.666
12q gain	89 (17%)	433	2e-05	0.000171	0.00108	0.005	0.54946	0.689	0.18127	0.307	0.054709	0.13	0.0080299	0.0284	0.661	0.78	0.77954	0.856	0.44798	0.595	0.787	0.86
13q gain	57 (11%)	465	9.9999e-06	9.65e-05	0.00259	0.0109	0.5954	0.735	0.7337	0.832	0.00102	0.00475	0.0057499	0.0215	0.12428	0.233	0.23925	0.384	0.02663	0.0743	0.01524	0.0468
14q gain	151 (29%)	371	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.19455	0.324	0.095239	0.193	0.0099699	0.0339	9.9999e-06	9.65e-05	0.0064299	0.0234	0.00037	0.00202	9.9999e-06	9.65e-05	0.00037	0.00202
15q gain	72 (14%)	450	8.9999e-05	0.000595	0.0064399	0.0234	0.84271	0.897	0.58641	0.726	0.095749	0.193	0.03501	0.092	0.88509	0.927	0.0057999	0.0216	0.03601	0.094	0.5209	0.666
16p gain	107 (20%)	415	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.64768	0.772	0.179	0.305	0.40105	0.55	0.01414	0.0439	0.86794	0.918	3e-05	0.000232	0.47867	0.627	0.5387	0.682
16q gain	107 (20%)	415	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.80243	0.871	0.81544	0.881	0.17937	0.305	0.0069399	0.0251	0.28937	0.441	5.9999e-05	0.000417	0.088169	0.185	0.19669	0.326
17p gain	67 (13%)	455	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-05	0.000651	0.092419	0.192	0.90196	0.938	0.0021	0.0092	0.00326	0.0132	0.055609	0.132	0.0463	0.114	0.24783	0.391	0.16651	0.288
17q gain	87 (17%)	435	9.9999e-06	9.65e-05	0.00056999	0.00294	0.68442	0.793	0.67676	0.791	0.088599	0.186	0.00133	0.00609	0.41817	0.563	0.00365	0.0144	0.062949	0.146	0.099259	0.197
18p gain	123 (24%)	399	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.72121	0.826	0.31939	0.471	0.34898	0.498	5e-05	0.000363	0.24749	0.391	0.01509	0.0467	0.00081999	0.004	0.16709	0.288
18q gain	53 (10%)	469	0.0015	0.0068	2e-05	0.000171	0.13001	0.242	0.088139	0.185	3e-04	0.00168	0.00017	0.00105	2e-05	0.000171	0.14143	0.257	5e-05	0.000363	0.063279	0.146
19p gain	56 (11%)	466	0.01355	0.0427	2e-05	0.000171	0.19281	0.322	0.76529	0.849	0.02019	0.0593	0.01525	0.0468	0.00039	0.00209	0.051349	0.123	0.40206	0.55	0.18251	0.308
19q gain	78 (15%)	444	0.37405	0.522	0.00041	0.00216	0.62379	0.753	0.78375	0.858	0.059529	0.14	0.04431	0.111	0.00063999	0.00324	0.080639	0.173	0.49792	0.65	0.065529	0.148
20p gain	190 (36%)	332	9.9999e-06	9.65e-05	5.9999e-05	0.000417	0.96721	0.984	0.73317	0.832	0.050949	0.123	0.00455	0.0175	0.095069	0.193	0.01229	0.0402	0.50895	0.657	0.03906	0.1
20q gain	201 (39%)	321	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.26204	0.407	0.87184	0.92	0.03031	0.0818	9.9999e-05	0.000651	0.062769	0.146	0.00424	0.0164	0.03558	0.0932	0.01143	0.0381
21q gain	35 (7%)	487	0.064019	0.147	0.04058	0.103	0.66378	0.781	0.13081	0.242	0.0056399	0.0212	0.075339	0.165	0.095419	0.193	0.25243	0.397	0.0061099	0.0225	0.77183	0.852
22q gain	112 (21%)	410	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.50578	0.656	0.51472	0.663	0.15639	0.276	0.00028	0.00161	0.00042	0.00219	0.078979	0.17	0.01394	0.0435	0.53008	0.674
xp gain	53 (10%)	469	0.03299	0.0873	0.0326	0.0865	0.46799	0.617	0.37622	0.523	0.6163	0.749	0.53926	0.682	0.69599	0.8	0.63143	0.757	0.30246	0.454	1	1
xq gain	95 (18%)	427	3e-05	0.000232	5e-05	0.000363	0.88505	0.927	1	1	0.58033	0.722	0.01917	0.057	0.13051	0.242	0.51489	0.663	0.02488	0.0699	0.13751	0.252
1p loss	58 (11%)	464	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.31401	0.466	0.16616	0.288	0.00171	0.00758	9.9999e-06	9.65e-05	0.40187	0.55	0.086109	0.182	0.2606	0.406	0.02014	0.0593
1q loss	39 (7%)	483	0.01693	0.0514	0.1394	0.255	1	1	0.49061	0.642	0.02682	0.0745	0.00287	0.0119	0.094609	0.193	0.00085999	0.00415	0.411	0.557	0.50815	0.657
2p loss	33 (6%)	489	0.02787	0.0772	0.0060999	0.0225	0.31592	0.468	0.04461	0.111	0.061179	0.143	0.063359	0.146	0.057409	0.136	0.67253	0.79	0.19926	0.329	0.36846	0.516
2q loss	46 (9%)	476	0.47642	0.627	0.21574	0.354	0.94663	0.967	0.67631	0.791	0.52651	0.67	0.90162	0.938	0.15424	0.274	0.68727	0.793	0.40275	0.55	0.1666	0.288
3p loss	297 (57%)	225	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.74876	0.84	0.67921	0.791	0.02992	0.0812	9.9999e-06	9.65e-05	0.099329	0.197	0.00075999	0.00373	7.9999e-05	0.000538	0.23812	0.383
3q loss	61 (12%)	461	0.0090099	0.031	0.2283	0.37	0.62372	0.753	0.75763	0.845	0.62847	0.756	0.26414	0.408	1	1	0.0074899	0.0269	0.36473	0.514	0.9471	0.967
4p loss	194 (37%)	328	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.42753	0.573	0.54696	0.688	0.00017	0.00105	9.9999e-06	9.65e-05	0.18169	0.307	0.02821	0.0779	0.00055999	0.00291	0.065259	0.148
4q loss	151 (29%)	371	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.61277	0.748	0.22385	0.364	0.0090399	0.031	2e-05	0.000171	0.25978	0.406	0.092509	0.192	0.02966	0.0811	0.16178	0.283
5p loss	51 (10%)	471	2e-05	0.000171	2e-05	0.000171	0.81983	0.881	0.38242	0.531	0.56738	0.709	0.01211	0.04	0.40804	0.555	0.25605	0.401	0.091719	0.191	0.0245	0.069
5q loss	164 (31%)	358	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.32557	0.477	0.77354	0.852	0.34473	0.493	9.9999e-06	9.65e-05	0.38711	0.536	0.00011	0.000705	0.00023	0.00136	0.077629	0.169
6p loss	68 (13%)	454	0.00041	0.00216	0.00083999	0.00408	0.072139	0.16	0.12816	0.239	0.063919	0.147	0.11998	0.228	0.30957	0.463	0.68237	0.793	0.73992	0.836	0.074829	0.164
6q loss	68 (13%)	454	0.0453	0.112	0.00345	0.0137	0.73839	0.835	0.12217	0.231	0.72604	0.83	0.75529	0.844	0.7613	0.847	0.37493	0.522	0.76586	0.849	0.02138	0.0619
7p loss	29 (6%)	493	0.02962	0.0811	0.0062699	0.023	0.91463	0.943	0.62556	0.754	0.36319	0.513	0.082379	0.175	0.25657	0.401	0.76263	0.847	0.02157	0.0621	0.77497	0.852
7q loss	40 (8%)	482	0.36706	0.516	0.30447	0.456	0.57383	0.716	1	1	0.18056	0.307	0.79972	0.871	0.10247	0.201	0.93559	0.962	0.74839	0.84	0.28654	0.438
8p loss	187 (36%)	335	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.47798	0.627	0.67761	0.791	0.15134	0.271	2e-05	0.000171	0.1421	0.257	0.00297	0.0122	0.00014	0.000876	3e-05	0.000232
8q loss	30 (6%)	492	0.02434	0.0688	0.28823	0.44	0.31898	0.471	0.8736	0.92	0.7834	0.858	0.65761	0.778	0.37337	0.522	0.4159	0.561	0.65062	0.774	0.26412	0.408
9p loss	186 (36%)	336	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.082509	0.175	0.11642	0.222	0.29459	0.447	9.9999e-06	9.65e-05	0.057529	0.136	5.9999e-05	0.000417	9.9999e-06	9.65e-05	0.60216	0.738
9q loss	87 (17%)	435	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.46677	0.616	0.97071	0.986	0.37212	0.521	0.01385	0.0433	0.42468	0.571	0.00314	0.0127	0.01323	0.0422	0.31233	0.465
10p loss	156 (30%)	366	9.9999e-06	9.65e-05	0.00334	0.0134	0.71787	0.823	0.23103	0.373	0.066219	0.149	0.065669	0.148	0.065419	0.148	0.092949	0.192	0.02303	0.0653	0.24043	0.384
10q loss	113 (22%)	409	9.9999e-06	9.65e-05	0.00070999	0.00353	0.36212	0.512	0.30213	0.454	0.069199	0.155	0.10389	0.203	0.02987	0.0812	0.14532	0.262	0.12252	0.231	0.16614	0.288
11p loss	141 (27%)	381	9.9999e-06	9.65e-05	2e-04	0.00121	0.85271	0.907	0.33134	0.48	0.00096999	0.00457	0.15985	0.281	0.0038	0.0149	0.12129	0.23	0.095759	0.193	0.2323	0.374
11q loss	172 (33%)	350	9.9999e-06	9.65e-05	2e-05	0.000171	0.74685	0.84	0.079819	0.171	0.00037	0.00202	0.00281	0.0118	0.1095	0.211	0.42975	0.575	0.15184	0.271	0.50632	0.656
12p loss	37 (7%)	485	0.72918	0.832	0.0487	0.118	0.61628	0.749	0.10908	0.211	0.90897	0.94	0.16601	0.288	0.81887	0.881	0.80367	0.871	0.33926	0.489	0.28421	0.436
12q loss	33 (6%)	489	0.04555	0.112	0.00121	0.00557	0.54095	0.682	0.095819	0.193	0.40774	0.555	0.96412	0.982	1	1	0.18959	0.317	0.30111	0.454	0.21612	0.354
13q loss	167 (32%)	355	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.17329	0.297	0.82723	0.886	0.00028	0.00161	0.0051499	0.0196	0.03968	0.101	0.1896	0.317	0.10818	0.21	0.20054	0.33
14q loss	58 (11%)	464	0.063109	0.146	0.00287	0.0119	0.41337	0.559	0.52585	0.67	4e-05	0.000304	0.00155	0.00695	0.00057999	0.00297	0.31233	0.465	3e-05	0.000232	0.01235	0.0402
15q loss	103 (20%)	419	9.9999e-06	9.65e-05	0.16816	0.29	1	1	0.34671	0.495	0.084339	0.179	0.13645	0.25	0.60778	0.743	0.27513	0.424	0.078879	0.17	0.93999	0.965
16p loss	63 (12%)	459	5.9999e-05	0.000417	0.01098	0.0367	0.14027	0.256	0.081059	0.173	0.00169	0.00753	0.19409	0.323	0.6584	0.778	0.63131	0.757	0.17858	0.305	0.89571	0.934
16q loss	81 (16%)	441	0.00217	0.00941	9.9999e-06	9.65e-05	0.51705	0.663	0.24313	0.386	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.0077599	0.0275	0.0087999	0.0308	9.9999e-06	9.65e-05	0.00274	0.0115
17p loss	107 (20%)	415	0.00023	0.00136	0.00102	0.00475	0.93648	0.962	0.75818	0.845	0.69496	0.8	0.16234	0.284	0.39517	0.546	0.11008	0.212	0.34472	0.493	0.85769	0.91
17q loss	34 (7%)	488	0.01266	0.0406	0.11077	0.213	0.24199	0.385	0.50638	0.656	0.45529	0.602	0.03934	0.101	0.74179	0.836	0.94979	0.969	0.8732	0.92	0.5414	0.682
18p loss	104 (20%)	418	0.00154	0.00694	3e-05	0.000232	0.59988	0.737	0.32783	0.477	0.31429	0.466	0.00362	0.0143	0.62014	0.752	0.01241	0.0402	0.22502	0.365	0.58178	0.722
18q loss	211 (40%)	311	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.90924	0.94	0.33001	0.479	0.00090999	0.00434	9.9999e-06	9.65e-05	0.00090999	0.00434	3e-05	0.000232	5e-05	0.000363	0.053469	0.128
19p loss	98 (19%)	424	9.9999e-06	9.65e-05	5.9999e-05	0.000417	0.33212	0.48	0.71327	0.819	0.054239	0.13	0.0088199	0.0308	0.02152	0.0621	0.00406	0.0158	0.01097	0.0367	0.03725	0.0964
19q loss	86 (16%)	436	9.9999e-06	9.65e-05	3e-05	0.000232	0.18282	0.308	0.51746	0.663	0.34237	0.493	0.0077099	0.0275	0.15219	0.271	0.0324	0.0863	0.16923	0.291	0.04084	0.103
20p loss	47 (9%)	475	9.9999e-06	9.65e-05	0.02647	0.0741	1	1	0.77538	0.852	0.26227	0.407	0.094259	0.193	0.32404	0.476	0.02221	0.0637	0.11622	0.222	0.094509	0.193
20q loss	28 (5%)	494	0.00027	0.00157	0.00466	0.0178	0.94529	0.967	0.75493	0.844	0.01227	0.0402	0.01912	0.057	0.068539	0.154	0.04839	0.118	0.01913	0.057	0.03002	0.0812
21q loss	184 (35%)	338	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.81746	0.881	0.98275	0.996	0.01239	0.0402	2e-05	0.000171	0.30116	0.454	0.00038	0.00205	0.00061999	0.00316	0.23083	0.373
22q loss	75 (14%)	447	0.00011	0.000705	0.00305	0.0125	0.87406	0.92	0.65439	0.778	0.00234	0.00999	0.32729	0.477	0.00137	0.00624	0.51558	0.663	0.01746	0.0526	0.04751	0.116
xp loss	134 (26%)	388	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.21765	0.356	0.01344	0.0426	0.10347	0.203	0.04322	0.108	0.0211	0.0616	0.44052	0.586	0.078459	0.17	0.60188	0.738
xq loss	83 (16%)	439	9.9999e-06	9.65e-05	9.9999e-06	9.65e-05	0.01098	0.0367	0.00041	0.00216	0.03202	0.0858	0.0060599	0.0225	0.00032	0.00179	0.097189	0.194	0.29426	0.447	0.42604	0.572
