		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
3p gain	8 (12%)	58	0.2691	0.506	0.52927	0.743	0.4591	0.683	0.04488	0.186	0.95066	1	0.64834	0.834	0.51574	0.735	0.69213	0.846	0.66904	0.846	0.60316	0.795
3q gain	8 (12%)	58	0.271	0.508	0.52681	0.743	0.45767	0.683	0.04326	0.183	0.95256	1	0.64619	0.834	0.5135	0.735	0.69291	0.846	0.66904	0.846	0.60225	0.795
4p gain	24 (36%)	42	0.054929	0.209	1	1	0.34579	0.581	0.15228	0.37	4e-05	0.000787	4e-05	0.000787	0.76872	0.889	0.0091199	0.058	0.034911	0.157	0.01643	0.0927
4q gain	24 (36%)	42	0.055009	0.209	1	1	0.3427	0.579	0.1509	0.37	2e-05	0.00045	5.9999e-05	0.00105	0.7676	0.889	0.0092499	0.0583	0.034911	0.157	0.0173	0.0953
5p gain	8 (12%)	58	0.42355	0.658	0.68214	0.846	0.70883	0.859	0.1977	0.434	0.44756	0.676	0.44732	0.676	0.36229	0.596	0.060679	0.223	1	1	0.12737	0.34
5q gain	8 (12%)	58	0.42262	0.658	0.68129	0.846	0.71228	0.859	0.19575	0.434	0.44705	0.676	0.44597	0.676	0.36356	0.596	0.059669	0.221	1	1	0.12706	0.34
7p gain	24 (36%)	42	0.15148	0.37	1	1	0.097289	0.299	0.13892	0.353	0.01602	0.0917	0.061519	0.224	0.90105	0.974	0.11779	0.326	0.76563	0.889	0.10082	0.3
7q gain	24 (36%)	42	0.15134	0.37	1	1	0.097829	0.299	0.13605	0.35	0.01601	0.0917	0.060809	0.223	0.90095	0.974	0.11637	0.324	0.76563	0.889	0.10109	0.3
8p gain	17 (26%)	49	0.41148	0.649	0.41935	0.657	0.39059	0.623	0.13124	0.343	0.00351	0.0272	0.03114	0.145	0.46791	0.69	0.099139	0.299	1	1	0.02917	0.145
8q gain	18 (27%)	48	0.34146	0.579	0.37562	0.611	0.25549	0.497	0.072749	0.245	0.00109	0.0103	0.01041	0.0643	0.69587	0.846	0.087459	0.275	0.75145	0.889	0.04161	0.178
9p gain	10 (15%)	56	1	1	1	1	0.25795	0.497	0.23458	0.476	0.7237	0.859	0.81298	0.925	0.83311	0.927	0.59972	0.794	1	1	0.26414	0.502
9q gain	10 (15%)	56	1	1	1	1	0.25633	0.497	0.23494	0.476	0.72226	0.859	0.81294	0.925	0.832	0.927	0.60023	0.794	1	1	0.26117	0.499
10p gain	4 (6%)	62	0.43783	0.671	0.16012	0.379	1	1	0.55175	0.758	0.51245	0.735	0.20543	0.44	1	1	0.1669	0.388	1	1	0.45882	0.683
11p gain	15 (23%)	51	0.28175	0.52	0.68056	0.846	0.55984	0.763	0.087229	0.275	2e-05	0.00045	0.00036	0.0042	0.87207	0.959	0.0262	0.131	0.19654	0.434	0.078499	0.259
11q gain	15 (23%)	51	0.2813	0.52	0.6793	0.846	0.2118	0.446	0.087639	0.275	9.9999e-06	0.000286	2e-05	0.00045	0.61956	0.81	0.01892	0.1	0.19654	0.434	0.10327	0.303
12p gain	19 (29%)	47	0.47936	0.702	0.76416	0.889	0.83599	0.929	0.46659	0.69	0.078549	0.259	0.15731	0.379	1	1	0.066799	0.235	0.2129	0.446	0.15456	0.375
12q gain	20 (30%)	46	0.44461	0.676	0.59334	0.793	0.78699	0.905	0.41212	0.649	0.14679	0.364	0.082069	0.267	0.94307	1	0.03278	0.15	0.23522	0.476	0.13217	0.343
14q gain	21 (32%)	45	0.10804	0.307	0.82762	0.926	0.20143	0.439	0.29304	0.529	0.00070999	0.00733	0.00494	0.0362	0.42741	0.658	0.056469	0.212	0.031178	0.145	0.078079	0.259
15q gain	21 (32%)	45	0.10586	0.306	0.82711	0.926	0.20042	0.438	0.29262	0.529	0.00167	0.0142	0.063289	0.225	0.75421	0.889	0.21321	0.446	0.76221	0.889	0.47323	0.697
16p gain	21 (32%)	45	0.106	0.306	1	1	0.26631	0.504	0.36655	0.598	9.9999e-06	0.000286	6.9999e-05	0.00108	0.15854	0.379	0.0052299	0.0379	0.031178	0.145	0.0070499	0.0472
16q gain	21 (32%)	45	0.10643	0.306	1	1	0.26784	0.505	0.36366	0.596	2e-05	0.00045	0.00012	0.00172	0.16001	0.379	0.0053899	0.0386	0.031178	0.145	0.0069599	0.0472
18p gain	17 (26%)	49	0.52205	0.739	0.80724	0.924	0.76246	0.889	0.65685	0.84	0.00192	0.0159	0.0134	0.0796	0.93826	0.999	0.04824	0.196	0.34059	0.579	0.04811	0.196
18q gain	16 (24%)	50	0.64019	0.83	0.92688	0.993	0.93095	0.996	0.55258	0.758	0.00095999	0.0093	0.01898	0.1	0.82253	0.926	0.050939	0.202	0.11865	0.326	0.062919	0.225
19p gain	19 (29%)	47	0.48182	0.703	0.27391	0.512	0.13206	0.343	0.04379	0.184	0.02344	0.121	0.0090999	0.058	0.65993	0.842	0.03997	0.172	1	1	0.70753	0.859
19q gain	17 (26%)	49	0.51691	0.735	0.31155	0.55	0.20581	0.44	0.1288	0.34	0.00138	0.0124	0.00158	0.0139	0.41116	0.649	0.04635	0.191	1	1	0.65705	0.84
20p gain	20 (30%)	46	0.21359	0.446	0.59516	0.793	0.42662	0.658	0.13922	0.353	0.02939	0.145	0.03122	0.145	0.71021	0.859	0.03122	0.145	0.53518	0.748	0.18288	0.413
20q gain	21 (32%)	45	0.22838	0.47	0.38735	0.621	0.29049	0.529	0.10765	0.307	0.069869	0.241	0.0174	0.0953	0.67762	0.846	0.03602	0.161	0.76221	0.889	0.099499	0.299
21q gain	4 (6%)	62	0.43732	0.671	0.16167	0.38	0.55503	0.759	0.80885	0.924	0.51737	0.735	0.10577	0.306	0.679	0.846	0.16523	0.386	1	1	0.40985	0.649
22q gain	19 (29%)	47	0.90082	0.974	0.714	0.859	0.25684	0.497	0.24218	0.484	0.068689	0.239	0.36154	0.596	0.55203	0.758	0.02418	0.123	1	1	0.0089699	0.058
xp gain	7 (11%)	59	0.80973	0.924	0.31685	0.554	0.45958	0.683	0.30356	0.539	0.00159	0.0139	0.052809	0.203	0.15747	0.379	0.10914	0.308	0.3805	0.613	0.12281	0.335
xq gain	6 (9%)	60	1	1	0.72153	0.859	0.48157	0.703	0.29112	0.529	0.0072599	0.0481	0.12122	0.332	0.26471	0.502	0.11862	0.326	0.14179	0.353	0.070579	0.242
1p loss	53 (80%)	13	0.67055	0.846	5e-05	0.000955	0.72326	0.859	0.59452	0.793	0.00046	0.00508	0.00026	0.00321	0.16371	0.383	0.00121	0.011	0.17642	0.403	0.0037	0.0277
1q loss	52 (79%)	14	0.47523	0.698	9.9999e-06	0.000286	0.28202	0.52	0.40516	0.645	6.9999e-05	0.00108	4e-05	0.000787	0.22941	0.471	0.00051999	0.00565	0.17642	0.403	0.00422	0.0313
2p loss	46 (70%)	20	0.087649	0.275	9.9999e-06	0.000286	0.12843	0.34	0.50883	0.735	9.9999e-06	0.000286	9.9999e-06	0.000286	0.081549	0.266	2e-05	0.00045	0.030584	0.145	0.00062999	0.00673
2q loss	46 (70%)	20	0.087049	0.275	9.9999e-06	0.000286	0.12634	0.34	0.51068	0.735	9.9999e-06	0.000286	9.9999e-06	0.000286	0.083769	0.27	2e-05	0.00045	0.030584	0.145	0.00065999	0.00693
3p loss	9 (14%)	57	0.0362	0.161	0.89409	0.974	0.81747	0.926	0.16938	0.392	0.063159	0.225	0.00278	0.0222	0.90401	0.974	0.20272	0.439	0.3805	0.613	0.84623	0.939
3q loss	8 (12%)	58	0.02029	0.106	0.36423	0.596	0.89499	0.974	0.3867	0.621	0.02578	0.13	0.00164	0.0142	0.57261	0.775	0.18235	0.413	0.14179	0.353	0.68745	0.846
5p loss	10 (15%)	56	0.098159	0.299	0.25266	0.497	1	1	0.82091	0.926	0.00083999	0.00827	0.01884	0.1	0.42516	0.658	0.01367	0.0805	0.45109	0.677	0.3425	0.579
5q loss	10 (15%)	56	0.099559	0.299	0.25462	0.497	1	1	0.82122	0.926	0.00079999	0.00813	0.01888	0.1	0.42747	0.658	0.01509	0.088	0.45109	0.677	0.3435	0.579
6p loss	51 (77%)	15	0.33183	0.571	0.00012	0.00172	0.16074	0.379	0.10332	0.303	6.9999e-05	0.00108	9.9999e-06	0.000286	0.34892	0.585	0.0011	0.0103	0.17642	0.403	0.00024	0.00315
6q loss	51 (77%)	15	0.32988	0.569	2e-04	0.00274	0.15893	0.379	0.10232	0.303	6.9999e-05	0.00108	9.9999e-06	0.000286	0.35214	0.587	0.00112	0.0104	0.17642	0.403	0.00023	0.00308
8p loss	9 (14%)	57	9.9999e-06	0.000286	0.084029	0.27	0.01062	0.065	0.0076799	0.0504	0.052819	0.203	0.03945	0.171	0.1481	0.366	0.46406	0.688	0.14179	0.353	0.32157	0.558
8q loss	8 (12%)	58	9.9999e-06	0.000286	0.04477	0.186	0.03217	0.148	0.01938	0.102	0.13411	0.346	0.073169	0.245	0.29068	0.529	0.52739	0.743	0.14179	0.353	0.31934	0.556
9p loss	10 (15%)	56	1	1	0.90201	0.974	0.51407	0.735	0.55205	0.758	0.064329	0.228	0.01648	0.0927	0.90986	0.977	0.60528	0.796	0.69505	0.846	0.89076	0.974
9q loss	10 (15%)	56	1	1	0.90374	0.974	0.51112	0.735	0.55476	0.759	0.063139	0.225	0.01708	0.0952	0.91024	0.977	0.6002	0.794	0.69505	0.846	0.89128	0.974
10p loss	48 (73%)	18	0.34252	0.579	0.00031	0.00368	0.089079	0.278	0.10701	0.306	5.9999e-05	0.00105	9.9999e-06	0.000286	0.27468	0.512	0.00016	0.00224	0.75898	0.889	0.01094	0.0663
10q loss	49 (74%)	17	0.24878	0.494	0.00025	0.00315	0.1772	0.403	0.23608	0.476	4e-05	0.000787	9.9999e-06	0.000286	0.22693	0.469	0.00025	0.00315	0.53841	0.749	0.00301	0.0237
11p loss	7 (11%)	59	0.62722	0.816	0.57411	0.775	0.52939	0.743	0.25309	0.497	0.11016	0.31	0.31732	0.554	0.20213	0.439	0.9372	0.999	0.3805	0.613	0.57528	0.775
11q loss	7 (11%)	59	0.62877	0.817	0.57193	0.775	0.53258	0.746	0.25286	0.497	0.11183	0.313	0.31712	0.554	0.20546	0.44	0.93831	0.999	0.3805	0.613	0.57606	0.775
13q loss	43 (65%)	23	0.25984	0.498	0.00046	0.00508	0.29684	0.533	0.052039	0.202	0.00358	0.0272	5.9999e-05	0.00105	0.85098	0.941	0.1972	0.434	0.54105	0.751	0.0056199	0.0393
16p loss	4 (6%)	62	0.68399	0.846	0.51767	0.735	0.67503	0.846	0.33949	0.579	0.0241	0.123	0.03674	0.162	0.67892	0.846	0.089529	0.278	0.2864	0.525	0.98458	1
16q loss	5 (8%)	61	0.72044	0.859	0.39013	0.623	0.85147	0.941	0.22492	0.466	0.0055699	0.0393	0.0069799	0.0472	0.42712	0.658	0.050019	0.199	0.072436	0.245	0.68974	0.846
17p loss	50 (76%)	16	0.30274	0.539	9.9999e-06	0.000286	0.1394	0.353	0.067329	0.236	9.9999e-06	0.000286	9.9999e-06	0.000286	0.051419	0.202	7.9999e-05	0.0012	0.049144	0.197	0.0019	0.0159
17q loss	50 (76%)	16	0.29994	0.535	9.9999e-06	0.000286	0.14047	0.353	0.068939	0.239	9.9999e-06	0.000286	9.9999e-06	0.000286	0.051899	0.202	6.9999e-05	0.00108	0.049144	0.197	0.00214	0.0175
18p loss	8 (12%)	58	0.67743	0.846	0.096869	0.299	0.35196	0.587	0.26004	0.498	0.31468	0.554	0.2115	0.446	0.7163	0.859	0.95006	1	0.66904	0.846	0.77025	0.889
18q loss	10 (15%)	56	0.62227	0.812	0.080249	0.263	0.25703	0.497	0.23627	0.476	0.44631	0.676	0.27896	0.518	0.57394	0.775	0.86304	0.952	0.69505	0.846	0.5141	0.735
19q loss	3 (5%)	63	0.64563	0.834	0.7654	0.889	0.61312	0.804	0.31022	0.549	0.76747	0.889	0.82396	0.926	0.51407	0.735	0.86482	0.953	1	1	0.81961	0.926
20p loss	4 (6%)	62	0.29987	0.535	0.80615	0.924	0.36453	0.596	0.33717	0.579	0.20445	0.44	0.21245	0.446	0.45068	0.677	0.65465	0.84	0.2864	0.525	0.54962	0.758
20q loss	3 (5%)	63	1	1	0.41931	0.657	0.61413	0.804	0.59167	0.793	0.22486	0.466	0.058679	0.219	0.29404	0.529	0.8254	0.926	0.056025	0.211	0.71628	0.859
21q loss	35 (53%)	31	0.77542	0.893	0.01007	0.0628	0.12559	0.34	0.1888	0.425	0.25044	0.496	0.19621	0.434	1	1	0.12873	0.34	1	1	0.04337	0.183
22q loss	8 (12%)	58	0.82912	0.926	0.13237	0.343	0.87913	0.965	1	1	0.24734	0.493	0.23355	0.476	0.89774	0.974	0.21381	0.446	0.68742	0.846	0.35379	0.588
xp loss	38 (58%)	28	0.12867	0.34	0.00277	0.0222	0.69048	0.846	0.71946	0.859	0.00029	0.00351	0.00045	0.00508	0.18963	0.425	9.9999e-06	0.000286	0.23926	0.48	0.01245	0.0747
xq loss	39 (59%)	27	0.59563	0.793	0.072019	0.245	0.64718	0.834	0.53815	0.749	0.0067399	0.0467	0.00358	0.0272	0.3262	0.565	0.00081999	0.0082	0.77013	0.889	0.03701	0.162
