		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	9 (3%)	279	4e-05	0.000255	2e-05	0.000135	0.070589	0.131	0.02862	0.0638	0.00352	0.0114	0.0033	0.0108	0.48123	0.594	0.10495	0.178	0.053929	0.104	0.0059099	0.017
1q gain	17 (6%)	271	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.60384	0.707	0.04907	0.0968	5.9999e-05	0.000347	8.9999e-05	0.000497	0.34147	0.457	0.0094299	0.0251	0.0064799	0.0182	0.00049	0.00213
2p gain	42 (15%)	246	9.9999e-06	7.25e-05	0.0069499	0.0193	0.94058	0.987	0.11975	0.199	0.13411	0.219	0.9013	0.954	0.25433	0.363	0.14717	0.239	0.78093	0.863	0.1987	0.302
2q gain	47 (16%)	241	9.9999e-06	7.25e-05	0.0074399	0.0203	1	1	0.03284	0.0706	0.60348	0.707	0.73791	0.828	0.2504	0.359	0.10887	0.184	0.40882	0.524	0.27584	0.386
3p gain	74 (26%)	214	9.9999e-06	7.25e-05	0.0017	0.00632	0.21025	0.313	0.00011	0.000586	9.9999e-06	7.25e-05	0.0019	0.00696	0.073229	0.134	0.00085999	0.00354	0.086749	0.155	0.00094999	0.00384
3q gain	94 (33%)	194	9.9999e-06	7.25e-05	0.00469	0.0142	0.26273	0.372	0.00429	0.0133	9.9999e-06	7.25e-05	0.00356	0.0115	0.01511	0.0368	0.00073999	0.00311	0.50819	0.622	0.00448	0.0139
4p gain	10 (3%)	278	0.24114	0.347	0.81232	0.891	0.8929	0.948	0.43516	0.551	0.32588	0.44	0.68355	0.782	0.673	0.773	0.84779	0.919	0.8376	0.91	0.9447	0.989
4q gain	9 (3%)	279	0.51723	0.63	0.813	0.891	0.89321	0.948	0.43528	0.551	0.52973	0.641	0.73939	0.828	0.40248	0.52	0.69041	0.784	0.49453	0.607	1	1
5p gain	33 (11%)	255	9.9999e-06	7.25e-05	0.0068499	0.0191	0.76167	0.848	0.8433	0.915	0.0184	0.0434	0.00017	0.00085	0.5885	0.695	0.21098	0.314	0.33127	0.447	0.1177	0.196
5q gain	31 (11%)	257	9.9999e-06	7.25e-05	0.00112	0.00439	0.53754	0.647	0.77861	0.862	0.0056399	0.0163	5e-05	0.000301	0.38086	0.5	0.26269	0.372	0.4704	0.585	0.25405	0.363
6p gain	10 (3%)	278	0.049	0.0968	0.00363	0.0116	0.16287	0.258	0.13356	0.219	0.00156	0.00592	0.062419	0.118	0.16158	0.257	0.04001	0.0832	0.10386	0.177	0.04031	0.0836
6q gain	8 (3%)	280	0.02252	0.0511	0.0017	0.00632	0.62679	0.729	0.1746	0.273	0.01232	0.0308	0.13189	0.216	0.21994	0.323	0.1611	0.257	0.12792	0.21	0.061799	0.117
7p gain	172 (60%)	116	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.0064599	0.0182	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.04255	0.087	0.00016	0.000805	0.00015	0.000766	9.9999e-06	7.25e-05
7q gain	173 (60%)	115	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.01183	0.0302	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.057509	0.109	0.00019	0.000937	0.00028	0.00134	9.9999e-06	7.25e-05
8p gain	20 (7%)	268	0.74587	0.834	0.0105	0.0274	0.16693	0.264	0.56043	0.669	0.099779	0.171	0.080309	0.145	0.35935	0.476	0.32458	0.439	0.40821	0.524	0.37894	0.499
8q gain	25 (9%)	263	0.12595	0.208	8.9999e-05	0.000497	0.27919	0.39	0.44946	0.565	0.01277	0.0318	0.04411	0.0892	0.10737	0.182	0.066779	0.124	0.04355	0.0885	0.097099	0.169
9p gain	3 (1%)	285	0.87495	0.939	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.099309	0.171	0.03635	0.0765	0.29059	0.403	0.48014	0.593	0.30104	0.416	0.01162	0.0298
10p gain	9 (3%)	279	0.00098999	0.00398	0.03338	0.0714	1	1	0.03419	0.0729	0.092289	0.163	0.35719	0.474	0.22042	0.323	0.62821	0.729	0.89393	0.948	0.18543	0.286
10q gain	9 (3%)	279	0.00108	0.00425	0.03227	0.0702	1	1	0.03275	0.0706	0.091989	0.163	0.35728	0.474	0.22384	0.327	0.62496	0.728	0.89247	0.948	0.1863	0.286
11p gain	11 (4%)	277	0.00038	0.00168	0.01996	0.0462	0.57514	0.683	0.01704	0.0409	0.18657	0.286	0.00029	0.00138	1	1	1	1	0.81982	0.896	0.17744	0.276
11q gain	10 (3%)	278	9.9999e-06	7.25e-05	0.00343	0.0111	0.34857	0.465	0.01712	0.041	0.02184	0.05	0.00385	0.0122	0.91986	0.968	0.91877	0.968	0.81879	0.896	0.17695	0.276
12p gain	112 (39%)	176	0.0055699	0.0162	0.29865	0.413	0.02949	0.0651	0.078929	0.143	2e-04	0.000974	0.11666	0.194	0.21527	0.317	0.050949	0.1	0.67497	0.774	0.093639	0.164
12q gain	112 (39%)	176	0.0051999	0.0153	0.30171	0.416	0.02817	0.063	0.080209	0.145	0.00023	0.00111	0.11532	0.193	0.215	0.317	0.051949	0.102	0.67652	0.775	0.093099	0.164
13q gain	28 (10%)	260	0.22464	0.327	0.96602	1	0.87736	0.939	0.68945	0.784	0.18482	0.286	0.77403	0.86	0.82366	0.899	0.55212	0.661	0.3468	0.463	0.31173	0.426
14q gain	3 (1%)	285	0.24142	0.347	0.01747	0.0416	0.01756	0.0416	0.40697	0.524	0.49229	0.605	0.03573	0.0758	1	1	0.47942	0.593	0.30311	0.417	0.01201	0.0304
15q gain	5 (2%)	283	0.00031	0.00142	0.01992	0.0462	0.31058	0.425	0.20484	0.307	0.22065	0.323	0.26316	0.372	0.52697	0.639	0.23094	0.334	NA	NA	NA	NA
16p gain	153 (53%)	135	9.9999e-06	7.25e-05	0.01216	0.0306	0.91092	0.963	0.00063999	0.00274	9.9999e-06	7.25e-05	3e-05	0.000195	0.00106	0.00423	2e-05	0.000135	0.0083399	0.0224	2e-05	0.000135
16q gain	148 (51%)	140	9.9999e-06	7.25e-05	0.0062599	0.0179	0.95335	0.992	0.00194	0.00707	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-05	0.000544	5e-05	0.000301	9.9999e-06	7.25e-05	0.00218	0.00775	9.9999e-06	7.25e-05
17p gain	174 (60%)	114	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	5.9999e-05	0.000347	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00283	0.00965	0.00031	0.00142	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05
17q gain	191 (66%)	97	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00088999	0.00364	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.03203	0.0699	0.00118	0.00457	0.00031	0.00142	2e-05	0.000135
18p gain	12 (4%)	276	0.00285	0.00967	0.20399	0.307	0.47063	0.585	0.79292	0.873	0.55517	0.664	0.48628	0.599	0.16774	0.265	0.57094	0.679	0.46477	0.58	0.76121	0.848
18q gain	9 (3%)	279	0.0027	0.00925	0.092869	0.164	0.26347	0.372	0.5929	0.696	0.57917	0.687	0.16261	0.258	0.40486	0.522	0.20793	0.311	0.32422	0.439	0.39471	0.511
19p gain	4 (1%)	284	0.0016	0.00601	0.69004	0.784	0.30996	0.425	0.38326	0.5	0.04557	0.0911	0.04096	0.0845	1	1	1	1	1	1	0.31642	0.43
19q gain	4 (1%)	284	0.0016	0.00601	0.69116	0.784	0.31033	0.425	0.38251	0.5	0.0453	0.0908	0.04101	0.0845	1	1	1	1	1	1	0.31441	0.428
20p gain	99 (34%)	189	3e-05	0.000195	0.02002	0.0462	0.02519	0.0565	0.00223	0.00786	0.00452	0.0139	0.02228	0.0507	0.03276	0.0706	0.00309	0.0102	0.18578	0.286	0.093389	0.164
20q gain	101 (35%)	187	0.00015	0.000766	0.02107	0.0484	0.072299	0.133	0.0079399	0.0215	0.01062	0.0276	0.04956	0.0975	0.04401	0.0892	0.0050299	0.0149	0.34106	0.457	0.054939	0.106
21q gain	19 (7%)	269	0.51465	0.628	0.15132	0.244	0.60662	0.709	0.51656	0.63	0.11014	0.185	0.94917	0.99	0.2139	0.317	0.085019	0.152	0.50779	0.622	0.083629	0.151
22q gain	5 (2%)	283	0.0087099	0.0234	0.72733	0.819	1	1	0.88332	0.943	0.86176	0.928	0.71644	0.81	0.52962	0.641	0.39097	0.508	0.86852	0.934	1	1
xp gain	87 (30%)	201	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.16027	0.256	0.00296	0.00991	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.0097799	0.0258	5.9999e-05	0.000347	0.0019	0.00696	0.0039	0.0123
xq gain	91 (32%)	197	9.9999e-06	7.25e-05	2e-05	0.000135	0.15783	0.253	0.0099799	0.0261	9.9999e-06	7.25e-05	3e-05	0.000195	0.01163	0.0298	0.00034	0.00153	0.0095299	0.0253	0.01743	0.0416
1p loss	30 (10%)	258	9.9999e-06	7.25e-05	0.0313	0.0687	0.89095	0.948	0.63247	0.732	6.9999e-05	0.000398	0.00083999	0.00347	0.2752	0.386	0.063559	0.119	0.83782	0.91	0.12492	0.206
1q loss	21 (7%)	267	0.00026	0.00125	0.72913	0.82	0.84933	0.919	0.37849	0.499	0.055949	0.107	0.0081399	0.022	0.20055	0.303	0.01298	0.032	0.5674	0.676	0.21569	0.317
2p loss	5 (2%)	283	0.27507	0.386	0.0099199	0.026	0.01704	0.0409	0.20813	0.311	0.01622	0.0392	0.074739	0.137	0.28048	0.391	0.73995	0.828	NA	NA	NA	NA
2q loss	3 (1%)	285	0.66103	0.762	0.10515	0.178	NA	NA	NA	NA	0.099979	0.171	0.03609	0.0763	0.77755	0.862	1	1	NA	NA	NA	NA
3p loss	22 (8%)	266	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.15861	0.254	0.03194	0.0699	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.27289	0.385	0.094449	0.164	0.052439	0.102	0.00093999	0.00382
3q loss	7 (2%)	281	9.9999e-06	7.25e-05	0.00183	0.00677	0.53308	0.643	0.2028	0.306	0.02188	0.05	0.00298	0.00993	0.38902	0.507	0.72296	0.816	0.39339	0.51	0.2937	0.407
4p loss	25 (9%)	263	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.20599	0.309	0.00083999	0.00347	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.14899	0.241	0.069289	0.129	0.0057999	0.0167	9.9999e-06	7.25e-05
4q loss	26 (9%)	262	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.47768	0.592	0.00361	0.0116	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.26184	0.372	0.20021	0.303	0.0072399	0.0199	5e-05	0.000301
5p loss	8 (3%)	280	0.16983	0.266	0.0485	0.0965	0.58021	0.687	0.076939	0.14	0.02981	0.0657	0.00032	0.00145	0.03907	0.0817	0.02345	0.0527	0.01225	0.0307	5.9999e-05	0.000347
5q loss	8 (3%)	280	0.16955	0.266	0.04863	0.0965	0.58137	0.687	0.074419	0.136	0.02882	0.064	0.00031	0.00142	0.03929	0.0819	0.02341	0.0527	0.01193	0.0303	9.9999e-06	7.25e-05
6p loss	21 (7%)	267	9.9999e-06	7.25e-05	0.04436	0.0892	0.94637	0.989	0.04141	0.0851	0.0063499	0.018	0.00019	0.000937	0.01889	0.0442	0.26079	0.372	0.44788	0.564	0.097399	0.169
6q loss	26 (9%)	262	9.9999e-06	7.25e-05	0.00241	0.00837	0.87832	0.939	0.0416	0.0853	0.00016	0.000805	3e-05	0.000195	0.27372	0.385	0.75428	0.842	0.098749	0.17	0.20073	0.303
8p loss	16 (6%)	272	0.00154	0.00587	0.31777	0.431	0.16865	0.266	0.28707	0.399	0.00462	0.0141	0.0091899	0.0246	0.85498	0.924	0.94661	0.989	0.36911	0.488	0.22933	0.332
8q loss	9 (3%)	279	0.00248	0.00858	0.38182	0.5	0.44445	0.56	0.4115	0.527	0.01212	0.0306	0.00058999	0.00255	0.91542	0.966	0.62323	0.727	0.68511	0.782	0.53313	0.643
9p loss	33 (11%)	255	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.33707	0.454	0.01586	0.0385	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00453	0.0139	0.14161	0.231	0.0054299	0.0159	0.00141	0.00543
9q loss	34 (12%)	254	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.056849	0.108	0.0046	0.0141	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00295	0.00991	0.065409	0.123	0.00107	0.00423	2e-04	0.000974
10p loss	16 (6%)	272	9.9999e-06	7.25e-05	5e-05	0.000301	0.92479	0.972	0.15387	0.248	0.00049	0.00213	0.00296	0.00991	0.59048	0.695	0.55021	0.66	0.01857	0.0436	0.03515	0.0747
10q loss	17 (6%)	271	9.9999e-06	7.25e-05	0.00013	0.000673	0.71694	0.81	0.04716	0.0941	0.00013	0.000673	0.00207	0.00751	0.17353	0.271	0.66258	0.763	0.00154	0.00587	0.0069799	0.0193
11p loss	18 (6%)	270	2e-05	0.000135	0.00072999	0.0031	0.52276	0.635	0.14864	0.241	5.9999e-05	0.000347	0.00264	0.00909	0.46229	0.578	0.19388	0.295	0.01936	0.0452	0.01393	0.0342
11q loss	21 (7%)	267	9.9999e-06	7.25e-05	4e-05	0.000255	0.097809	0.169	0.01116	0.0288	0.00013	0.000673	0.00209	0.00754	0.77922	0.862	0.34181	0.457	0.03685	0.0772	0.077259	0.14
13q loss	24 (8%)	264	9.9999e-06	7.25e-05	5e-05	0.000301	0.47767	0.592	0.00117	0.00456	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.053499	0.104	0.01097	0.0284	0.00409	0.0128	5e-05	0.000301
14q loss	47 (16%)	241	9.9999e-06	7.25e-05	0.00011	0.000586	0.0055799	0.0162	0.00011	0.000586	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.21304	0.316	0.86117	0.928	0.00391	0.0123	0.00306	0.0102
15q loss	31 (11%)	257	9.9999e-06	7.25e-05	0.00219	0.00775	0.091649	0.163	0.02896	0.0642	5e-05	0.000301	9.9999e-06	7.25e-05	0.093889	0.164	0.061129	0.116	0.071069	0.131	0.0023	0.00806
16p loss	4 (1%)	284	0.04295	0.0876	0.0333	0.0714	0.1879	0.288	0.084319	0.151	0.04428	0.0892	0.0076699	0.0209	0.83169	0.906	0.22419	0.327	0.11407	0.191	0.0096999	0.0256
16q loss	7 (2%)	281	0.00036	0.00161	0.0073799	0.0202	0.63471	0.734	0.062189	0.117	0.00215	0.00772	0.0128	0.0318	0.39134	0.508	0.37973	0.499	0.03268	0.0706	0.03638	0.0765
17p loss	12 (4%)	276	0.00412	0.0129	0.00032	0.00145	0.43372	0.551	0.54801	0.658	9.9999e-06	7.25e-05	3e-04	0.00141	0.42874	0.545	0.65343	0.754	0.0064899	0.0182	0.00073999	0.00311
18p loss	42 (15%)	246	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00231	0.00806	0.0053499	0.0157	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.10434	0.178	0.00107	0.00423	0.01955	0.0455	0.00039	0.00172
18q loss	45 (16%)	243	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.00478	0.0144	9.9999e-05	0.000544	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.052659	0.102	0.00038	0.00168	0.0068599	0.0191	0.00013	0.000673
19p loss	17 (6%)	271	7.9999e-05	0.000452	0.00217	0.00775	1	1	0.12439	0.206	0.00492	0.0147	0.0063599	0.018	0.42269	0.538	0.056629	0.108	0.089049	0.159	0.01298	0.032
19q loss	16 (6%)	272	2e-05	0.000135	0.00467	0.0142	0.79566	0.875	0.11099	0.186	0.0049	0.0147	0.02259	0.0511	0.58977	0.695	0.41354	0.529	0.089369	0.159	0.1082	0.183
21q loss	43 (15%)	245	0.00061999	0.00267	0.45573	0.572	0.073019	0.134	0.238	0.343	0.18833	0.288	0.42101	0.537	0.87563	0.939	0.19399	0.295	0.78709	0.868	0.066249	0.124
22q loss	60 (21%)	228	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.43666	0.551	0.01404	0.0344	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.94974	0.99	0.69389	0.786	0.054439	0.105	0.0051899	0.0153
xp loss	34 (12%)	254	9.9999e-06	7.25e-05	9.9999e-06	7.25e-05	0.22643	0.329	0.00321	0.0105	9.9999e-06	7.25e-05	6.9999e-05	0.000398	0.17825	0.277	0.35667	0.474	0.01795	0.0424	0.00076999	0.00322
xq loss	30 (10%)	258	9.9999e-06	7.25e-05	2e-05	0.000135	0.45868	0.574	0.01408	0.0344	9.9999e-06	7.25e-05	8.9999e-05	0.000497	0.1442	0.235	0.6288	0.729	0.052159	0.102	0.0032	0.0105
