		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	57 (15%)	313	0.2899	0.427	0.20996	0.355	0.02898	0.0837	0.37897	0.511	0.96711	0.976	0.03845	0.103	0.11172	0.232	0.02203	0.0681
1q gain	222 (60%)	148	9.9999e-06	0.000205	5.9999e-05	0.000837	2e-05	0.000312	0.00028	0.00301	0.15628	0.291	0.00436	0.0209	0.41662	0.54	0.053429	0.134
2p gain	44 (12%)	326	0.16326	0.3	0.28296	0.424	0.11511	0.235	0.00036	0.00358	0.54934	0.659	0.93856	0.952	0.0093799	0.0373	0.38446	0.516
2q gain	41 (11%)	329	0.087179	0.192	0.29298	0.43	0.01361	0.0492	0.00048	0.00437	0.69625	0.779	0.76052	0.822	0.00354	0.0188	0.37624	0.509
3p gain	35 (9%)	335	0.03844	0.103	0.04706	0.122	0.00261	0.0154	0.087349	0.192	0.1345	0.262	0.51703	0.629	0.02382	0.0714	0.25229	0.397
3q gain	38 (10%)	332	0.29773	0.434	0.13513	0.262	0.00374	0.0194	0.092689	0.2	0.21434	0.36	0.51168	0.624	0.01496	0.0528	0.61138	0.713
4p gain	27 (7%)	343	0.01479	0.0527	0.0124	0.0462	0.0055499	0.0248	0.00191	0.0123	0.29434	0.43	0.4395	0.559	0.066319	0.158	0.20734	0.351
4q gain	7 (2%)	363	0.80182	0.854	0.61857	0.719	0.7556	0.821	0.40649	0.531	0.24652	0.393	0.84781	0.892	0.27502	0.414	0.5572	0.665
5p gain	135 (36%)	235	0.00022	0.00241	0.091349	0.198	0.90082	0.931	0.80402	0.855	0.22513	0.373	0.17641	0.315	0.30019	0.436	0.58166	0.691
5q gain	107 (29%)	263	0.00422	0.0207	0.12662	0.25	0.67157	0.756	0.94494	0.957	0.64374	0.738	0.85056	0.892	0.92898	0.948	0.89396	0.926
6p gain	117 (32%)	253	9.9999e-06	0.000205	0.00224	0.0139	0.0057999	0.0252	0.02735	0.0797	0.14421	0.275	0.00264	0.0154	0.32368	0.455	0.10425	0.218
6q gain	67 (18%)	303	0.00080999	0.0064	0.15767	0.293	0.03799	0.103	0.59808	0.705	0.19991	0.343	0.18747	0.327	0.20455	0.349	0.39072	0.522
7p gain	111 (30%)	259	0.04519	0.119	0.086039	0.192	0.98334	0.986	0.90468	0.933	0.04332	0.114	0.073699	0.17	0.25905	0.403	0.33678	0.47
7q gain	111 (30%)	259	0.37301	0.506	0.00065999	0.00548	0.96331	0.974	0.87882	0.912	0.2174	0.363	0.20672	0.351	0.52257	0.634	0.34176	0.476
8p gain	80 (22%)	290	6.9999e-05	0.000957	0.24695	0.393	0.02063	0.0654	0.03509	0.0963	0.0113	0.0433	0.11596	0.235	0.14961	0.284	0.01491	0.0528
8q gain	188 (51%)	182	9.9999e-06	0.000205	0.087359	0.192	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	0.02817	0.0818	0.00383	0.0195	0.13385	0.262	0.00018	0.00211
9p gain	19 (5%)	351	0.46408	0.579	0.40567	0.531	0.85652	0.895	0.67078	0.756	0.70892	0.783	0.39998	0.528	0.096019	0.206	0.36359	0.499
9q gain	21 (6%)	349	0.084999	0.191	0.60013	0.705	0.24704	0.393	0.3923	0.523	0.76737	0.825	0.41623	0.54	0.11257	0.232	0.23473	0.384
10p gain	61 (16%)	309	0.00059999	0.00518	0.42494	0.548	0.00379	0.0194	0.02137	0.0672	0.27212	0.414	0.4181	0.541	0.02183	0.0681	0.01895	0.0625
10q gain	37 (10%)	333	0.00109	0.00803	0.02948	0.0848	2e-05	0.000312	0.071329	0.166	0.065089	0.156	0.04326	0.114	0.03801	0.103	0.03351	0.0928
11p gain	17 (5%)	353	0.46935	0.581	0.29305	0.43	0.44029	0.559	0.04661	0.121	0.30175	0.437	0.47043	0.581	0.01541	0.054	0.27437	0.414
11q gain	18 (5%)	352	0.91029	0.936	0.78245	0.836	0.46825	0.581	0.2445	0.393	0.36813	0.502	0.70127	0.781	0.17855	0.317	0.34399	0.477
12p gain	41 (11%)	329	0.01692	0.0581	0.30837	0.44	0.01215	0.0458	0.00062999	0.0053	0.78705	0.84	0.36612	0.5	0.00142	0.00951	0.02367	0.0712
12q gain	47 (13%)	323	0.02294	0.0697	0.48027	0.59	0.01366	0.0492	0.00315	0.0174	0.34363	0.477	0.62189	0.72	0.00062999	0.0053	0.069759	0.163
13q gain	23 (6%)	347	0.0096999	0.0381	0.32744	0.458	0.28885	0.427	0.40959	0.533	0.077159	0.176	0.29387	0.43	0.17995	0.317	0.213	0.358
14q gain	23 (6%)	347	0.45248	0.57	0.46894	0.581	0.25359	0.397	0.15248	0.287	0.75835	0.821	0.15005	0.284	0.066949	0.159	0.65064	0.741
15q gain	33 (9%)	337	0.64597	0.738	0.55045	0.659	0.97862	0.986	0.71755	0.787	0.85077	0.892	0.2881	0.427	0.52856	0.639	0.83225	0.881
16p gain	31 (8%)	339	0.17361	0.314	0.91434	0.936	0.0054999	0.0248	0.9818	0.986	0.76869	0.825	0.2536	0.397	0.10183	0.215	0.31691	0.448
16q gain	17 (5%)	353	0.90565	0.933	0.057639	0.141	0.00102	0.0076	0.31381	0.445	0.12496	0.25	0.91204	0.936	0.15902	0.295	0.70643	0.783
17p gain	30 (8%)	340	0.10088	0.213	0.084879	0.191	0.49201	0.603	0.099079	0.211	0.39641	0.525	0.75859	0.821	0.053229	0.134	0.14113	0.271
17q gain	95 (26%)	275	0.00172	0.0112	0.0461	0.12	0.2403	0.391	0.11894	0.239	0.01968	0.0636	4e-04	0.00386	0.60536	0.709	0.02428	0.0721
18p gain	36 (10%)	334	0.02209	0.0681	0.2173	0.363	0.059959	0.145	0.01795	0.0607	0.76842	0.825	0.19218	0.334	0.086899	0.192	0.4566	0.574
18q gain	28 (8%)	342	0.01938	0.0636	0.62495	0.721	0.055839	0.138	0.00342	0.0184	0.8296	0.879	0.053169	0.134	0.02003	0.0641	0.28262	0.424
19p gain	56 (15%)	314	0.58424	0.693	0.00386	0.0195	0.00094999	0.00716	0.0082299	0.0337	0.01346	0.0492	0.00462	0.0216	0.00076999	0.00624	0.03679	0.1
19q gain	72 (19%)	298	0.39343	0.524	0.00126	0.00868	0.00226	0.0139	2e-05	0.000312	0.00018	0.00211	0.00079999	0.0064	2e-05	0.000312	0.00070999	0.00582
20p gain	108 (29%)	262	9.9999e-06	0.000205	0.18007	0.317	0.03265	0.0913	0.00244	0.0148	0.17159	0.311	0.03141	0.0888	7.9999e-05	0.00107	0.075799	0.173
20q gain	112 (30%)	258	9.9999e-06	0.000205	0.19102	0.332	0.17427	0.314	0.0079699	0.0329	0.30738	0.44	0.074979	0.172	3e-05	0.000447	0.087759	0.192
21q gain	26 (7%)	344	0.18017	0.317	0.80897	0.859	0.072079	0.167	0.38782	0.519	0.9243	0.944	0.22494	0.373	0.24575	0.393	0.52552	0.636
22q gain	48 (13%)	322	2e-05	0.000312	0.24705	0.393	0.04808	0.124	0.00214	0.0135	0.61144	0.713	0.73767	0.804	0.00216	0.0135	0.13519	0.262
xp gain	42 (11%)	328	0.00042	0.00399	0.29874	0.435	0.054649	0.137	0.65536	0.745	0.43604	0.558	0.15508	0.291	0.98442	0.986	0.052279	0.133
xq gain	64 (17%)	306	0.00115	0.00829	0.067089	0.159	0.00249	0.015	0.01362	0.0492	0.0063299	0.0271	0.00034	0.00343	0.16229	0.299	0.00031	0.00318
1p loss	81 (22%)	289	0.00287	0.0164	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	0.00399	0.02	0.0072999	0.0307	0.00055999	0.0049	0.00436	0.0209
1q loss	22 (6%)	348	0.36967	0.503	0.85149	0.892	0.22935	0.377	0.24026	0.391	0.35585	0.489	0.24487	0.393	0.28487	0.425	0.061169	0.148
2p loss	33 (9%)	337	0.059669	0.145	0.71213	0.783	0.0094799	0.0375	0.03874	0.103	0.37919	0.511	0.70713	0.783	0.19927	0.343	0.26758	0.412
2q loss	38 (10%)	332	0.18765	0.327	0.60107	0.705	0.0099899	0.0388	0.01997	0.0641	0.25515	0.399	0.59396	0.702	0.60003	0.705	0.40722	0.531
3p loss	52 (14%)	318	0.03255	0.0913	0.42798	0.55	0.0075899	0.0315	0.0099299	0.0388	0.0073699	0.0308	0.3201	0.451	0.00125	0.00868	0.04963	0.127
3q loss	40 (11%)	330	0.3266	0.458	0.66489	0.752	0.0188	0.0623	0.069609	0.163	0.077509	0.176	0.31304	0.445	0.0053099	0.0244	0.27274	0.414
4p loss	107 (29%)	263	9.9999e-06	0.000205	0.059279	0.145	0.00121	0.00863	0.01437	0.0515	0.98683	0.987	0.0183	0.0612	0.0054799	0.0248	0.00277	0.0159
4q loss	148 (40%)	222	9.9999e-06	0.000205	0.0055999	0.0248	9.9999e-06	0.000205	0.00081999	0.0064	0.24948	0.394	0.0057799	0.0252	5e-05	0.000729	0.0085599	0.0349
5p loss	28 (8%)	342	0.02473	0.0731	0.2128	0.358	0.054939	0.137	0.01702	0.0582	0.26387	0.408	0.099609	0.211	0.0088199	0.0357	0.01807	0.0608
5q loss	39 (11%)	331	0.00313	0.0174	0.0072099	0.0305	0.02363	0.0712	0.00019	0.00219	0.53252	0.641	0.04733	0.122	0.00115	0.00829	0.00126	0.00868
6p loss	28 (8%)	342	0.64427	0.738	0.76956	0.825	0.31907	0.45	0.71197	0.783	0.67489	0.758	0.72213	0.791	0.27056	0.414	0.24433	0.393
6q loss	92 (25%)	278	0.18769	0.327	0.43188	0.554	0.25007	0.394	0.73132	0.8	0.52259	0.634	0.13966	0.269	0.67207	0.756	0.83554	0.883
7p loss	16 (4%)	354	0.36558	0.5	0.28553	0.425	0.055669	0.138	0.35216	0.485	0.87828	0.912	0.22658	0.373	0.0061599	0.0266	0.03946	0.105
7q loss	21 (6%)	349	0.43703	0.558	0.26194	0.406	0.089709	0.195	0.085679	0.192	0.55977	0.666	0.026	0.0765	9.9999e-05	0.00126	0.00481	0.0224
8p loss	190 (51%)	180	2e-04	0.00222	0.064189	0.154	0.01853	0.0617	0.84854	0.892	0.24213	0.393	0.02987	0.0856	0.45071	0.57	0.43887	0.559
8q loss	43 (12%)	327	0.00138	0.00933	0.11532	0.235	0.2732	0.414	0.54836	0.659	0.76377	0.824	0.93543	0.95	0.68911	0.773	0.90047	0.931
9p loss	118 (32%)	252	2e-05	0.000312	0.02232	0.0681	0.00029	0.00307	0.00452	0.0213	0.10868	0.226	0.0091999	0.037	0.03063	0.0874	0.01188	0.0453
9q loss	107 (29%)	263	3e-04	0.00312	0.01206	0.0457	0.01263	0.0468	0.00309	0.0173	0.27291	0.414	0.0158	0.0546	0.11679	0.236	0.00164	0.0108
10p loss	45 (12%)	325	0.02424	0.0721	0.22545	0.373	0.00084999	0.00648	0.00266	0.0154	0.61229	0.713	0.0056799	0.025	0.39498	0.525	0.02037	0.0649
10q loss	76 (21%)	294	0.0093899	0.0373	0.094709	0.204	9.9999e-06	0.000205	2e-05	0.000312	0.31333	0.445	5.9999e-05	0.000837	0.45209	0.57	2e-05	0.000312
11p loss	65 (18%)	305	0.46422	0.579	0.98337	0.986	0.01965	0.0636	0.00412	0.0203	0.64251	0.738	0.17642	0.315	0.00127	0.00868	0.0055699	0.0248
11q loss	73 (20%)	297	0.14321	0.274	0.77904	0.834	0.19451	0.337	0.12616	0.25	0.66248	0.752	0.30262	0.437	0.00306	0.0173	0.01581	0.0546
12p loss	65 (18%)	305	0.00082999	0.00641	0.11618	0.235	0.02734	0.0797	0.27389	0.414	0.40724	0.531	0.16399	0.3	0.62207	0.72	0.43472	0.557
12q loss	36 (10%)	334	0.088879	0.194	0.41928	0.541	0.39994	0.528	0.66421	0.752	0.87741	0.912	0.9144	0.936	0.69751	0.779	0.93438	0.95
13q loss	122 (33%)	248	0.00013	0.00161	0.03593	0.0982	0.0070299	0.0299	0.00018	0.00211	0.00264	0.0154	0.00441	0.021	0.01967	0.0636	0.00157	0.0104
14q loss	107 (29%)	263	9.9999e-06	0.000205	0.16465	0.301	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	0.47895	0.589	0.17604	0.315	4e-04	0.00386	0.01548	0.054
15q loss	67 (18%)	303	0.056819	0.14	0.067459	0.159	3e-05	0.000447	8.9999e-05	0.00116	0.15473	0.291	0.25016	0.394	2e-05	0.000312	0.01745	0.0593
16p loss	109 (29%)	261	9.9999e-06	0.000205	8.9999e-05	0.00116	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	0.0041	0.0203	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	2e-05	0.000312
16q loss	145 (39%)	225	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	0.16971	0.308	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205	9.9999e-06	0.000205
17p loss	185 (50%)	185	9.9999e-06	0.000205	0.02141	0.0672	0.0050899	0.0235	0.02227	0.0681	0.00355	0.0188	0.00046	0.00425	0.44658	0.566	0.00045	0.00422
17q loss	39 (11%)	331	0.37106	0.504	0.19899	0.343	0.34913	0.483	0.16852	0.307	0.17814	0.317	0.62517	0.721	0.27095	0.414	0.46262	0.579
18p loss	74 (20%)	296	0.04921	0.126	0.01094	0.0422	0.71206	0.783	0.00318	0.0174	0.53071	0.64	0.71278	0.783	0.067879	0.16	0.22097	0.368
18q loss	79 (21%)	291	0.00376	0.0194	0.00359	0.0188	0.64671	0.738	5e-04	0.00449	0.20471	0.349	0.40365	0.531	0.11567	0.235	0.3065	0.44
19p loss	55 (15%)	315	9.9999e-06	0.000205	0.55513	0.663	0.03348	0.0928	0.098919	0.211	0.15035	0.284	0.079959	0.181	0.28485	0.425	0.00327	0.0177
19q loss	39 (11%)	331	9.9999e-06	0.000205	0.3815	0.513	0.11517	0.235	0.58643	0.694	0.03085	0.0876	0.15594	0.291	0.47285	0.583	0.24727	0.393
20p loss	26 (7%)	344	0.26509	0.409	0.27503	0.414	0.62231	0.72	0.10374	0.218	0.086559	0.192	0.85377	0.893	0.71166	0.783	0.30363	0.438
20q loss	13 (4%)	357	0.35013	0.484	0.20326	0.348	0.14084	0.271	0.11222	0.232	0.4671	0.581	0.63946	0.736	0.01289	0.0475	0.2584	0.403
21q loss	110 (30%)	260	0.00051999	0.00461	0.73786	0.804	2e-04	0.00222	0.12641	0.25	0.49919	0.611	0.93108	0.948	0.12191	0.245	0.30701	0.44
22q loss	70 (19%)	300	0.03465	0.0955	0.072949	0.169	0.00207	0.0132	0.1611	0.298	0.50574	0.618	0.46326	0.579	0.10519	0.22	0.87552	0.912
xp loss	94 (25%)	276	0.03269	0.0913	0.057589	0.141	0.18015	0.317	0.02226	0.0681	0.12823	0.253	0.231	0.379	0.00434	0.0209	0.28723	0.426
xq loss	70 (19%)	300	0.01229	0.0461	0.1393	0.269	0.40098	0.528	0.30835	0.44	0.13239	0.26	0.69865	0.779	0.12588	0.25	0.74552	0.811
