		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	18 (10%)	166	0.42895	0.628	0.078359	0.211	0.10323	0.258	0.02176	0.0895	0.75827	0.878	0.73894	0.866	1	1	0.93726	0.98	0.13542	0.3	0.89346	0.96
1q gain	50 (27%)	134	0.0075899	0.0436	6.9999e-05	0.00126	0.42577	0.627	0.29366	0.479	0.01189	0.0592	0.062439	0.181	0.0056499	0.0363	0.03791	0.13	0.00032	0.00471	0.01213	0.0592
2p gain	14 (8%)	170	0.02157	0.0891	0.00060999	0.00686	0.44671	0.638	0.28934	0.474	0.6342	0.793	0.18468	0.367	0.43872	0.633	0.01517	0.0694	0.12748	0.29	0.098009	0.249
2q gain	16 (9%)	168	0.0358	0.125	0.00171	0.0148	0.446	0.638	0.28788	0.473	0.46564	0.651	0.18238	0.366	0.51537	0.696	0.00458	0.0304	0.19811	0.386	0.04076	0.135
3p gain	10 (5%)	174	0.01222	0.0593	0.0077699	0.0442	0.55588	0.731	0.20596	0.394	0.54016	0.718	0.61653	0.781	0.84105	0.927	0.44144	0.635	0.52943	0.708	0.52811	0.708
3q gain	20 (11%)	164	0.00029	0.0045	4e-05	0.000853	0.20593	0.394	0.04246	0.138	0.26312	0.456	0.27806	0.465	0.77591	0.89	0.059309	0.177	0.17536	0.353	0.27032	0.457
4p gain	11 (6%)	173	0.01465	0.0679	0.57204	0.743	0.3559	0.549	0.04624	0.146	0.00126	0.0117	0.01001	0.052	0.03535	0.124	0.02023	0.0862	0.78098	0.893	0.20437	0.393
4q gain	8 (4%)	176	0.00052999	0.00631	0.22444	0.412	0.35578	0.549	0.0457	0.145	0.02262	0.0907	0.0343	0.122	0.02204	0.0897	0.03945	0.133	0.52179	0.702	0.15302	0.325
5p gain	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.35945	0.552	0.80447	0.904	0.46533	0.651	0.66891	0.816	0.15682	0.329	0.23772	0.43	0.12579	0.289	0.0066299	0.0398	0.45436	0.64
5q gain	20 (11%)	164	9.9999e-06	0.000279	0.4852	0.67	0.71943	0.853	0.25749	0.453	0.32762	0.518	0.01012	0.0522	0.10996	0.266	0.03457	0.123	0.11609	0.276	0.14491	0.313
6p gain	7 (4%)	177	0.00045	0.00579	0.52625	0.707	0.74482	0.871	0.43186	0.629	0.88932	0.958	1	1	0.90701	0.963	0.87288	0.947	0.060479	0.179	1	1
6q gain	5 (3%)	179	0.0167	0.0747	0.65568	0.811	1	1	0.90747	0.963	0.85245	0.931	1	1	1	1	1	1	0.03188	0.117	0.45395	0.64
7p gain	52 (28%)	132	9.9999e-06	0.000279	0.01539	0.07	0.0095599	0.0503	0.060519	0.179	0.35414	0.548	0.26739	0.457	0.2788	0.466	0.04742	0.149	0.0058599	0.0371	0.16565	0.339
7q gain	48 (26%)	136	9.9999e-06	0.000279	0.085789	0.226	0.03979	0.133	0.12632	0.289	0.75753	0.878	0.2586	0.454	0.66845	0.816	0.33917	0.53	0.02354	0.0912	0.45039	0.638
8p gain	26 (14%)	158	0.0035	0.0244	0.096339	0.245	0.64877	0.805	0.94034	0.98	0.75806	0.878	0.95841	0.991	0.22102	0.412	0.55483	0.731	0.01196	0.0592	0.66524	0.814
8q gain	48 (26%)	136	3e-05	0.000694	0.0084499	0.0462	0.84533	0.929	0.78756	0.893	0.29332	0.479	0.54656	0.722	0.39883	0.594	0.080579	0.215	0.00119	0.0112	0.066539	0.187
9p gain	8 (4%)	176	0.01137	0.0579	1	1	0.79781	0.901	0.26625	0.456	0.59092	0.756	0.63314	0.793	0.68108	0.823	0.7872	0.893	0.57552	0.743	0.44543	0.638
9q gain	12 (7%)	172	6.9999e-05	0.00126	0.65882	0.812	0.82181	0.914	0.50224	0.683	0.92757	0.974	0.61179	0.777	0.63049	0.793	0.26548	0.456	0.26341	0.456	0.28349	0.468
10p gain	10 (5%)	174	0.03373	0.122	0.20082	0.387	0.0186	0.0806	0.094089	0.243	0.21637	0.409	0.81736	0.911	0.47505	0.662	0.9009	0.961	0.00089999	0.00935	1	1
10q gain	13 (7%)	171	0.02707	0.102	0.057239	0.173	0.04232	0.138	0.13849	0.303	0.14688	0.316	0.38006	0.573	0.29637	0.48	0.91323	0.967	5e-04	0.00623	1	1
11p gain	13 (7%)	171	0.00075999	0.0081	0.04511	0.144	0.13238	0.296	0.71539	0.851	0.75211	0.877	1	1	0.72658	0.859	0.78757	0.893	0.43094	0.629	0.75007	0.875
11q gain	15 (8%)	169	0.0059099	0.0371	0.0121	0.0592	0.071239	0.195	0.03146	0.116	0.94111	0.98	0.93608	0.98	0.49959	0.68	0.53745	0.716	0.28234	0.468	0.18283	0.366
12p gain	30 (16%)	154	9.9999e-06	0.000279	0.00093999	0.00962	0.30788	0.494	0.02386	0.0912	0.67536	0.818	0.25348	0.448	0.111	0.268	0.068709	0.191	0.00228	0.0181	0.45666	0.642
12q gain	22 (12%)	162	9.9999e-06	0.000279	0.01679	0.0747	0.055839	0.169	0.055239	0.168	0.58848	0.755	0.11178	0.269	0.20643	0.394	0.04173	0.137	0.00412	0.0278	0.15248	0.325
13q gain	29 (16%)	155	0.01727	0.0756	0.78742	0.893	0.87357	0.947	0.89835	0.96	0.21125	0.401	0.47118	0.658	0.21854	0.411	0.12586	0.289	0.43511	0.632	0.79558	0.9
14q gain	26 (14%)	158	2e-05	0.000506	0.22283	0.412	0.58981	0.756	0.66175	0.814	0.2754	0.463	0.57581	0.743	0.1705	0.347	0.26528	0.456	0.10344	0.258	0.9242	0.974
15q gain	14 (8%)	170	0.088709	0.232	0.064169	0.183	0.66563	0.814	1	1	0.3428	0.534	0.13308	0.296	0.24924	0.444	1	1	0.25368	0.448	0.86583	0.941
16p gain	22 (12%)	162	9.9999e-06	0.000279	0.00075999	0.0081	0.00172	0.0148	0.42757	0.627	0.15552	0.329	0.059379	0.177	0.067649	0.189	0.01475	0.0679	0.00208	0.017	0.02862	0.107
16q gain	23 (12%)	161	9.9999e-06	0.000279	3e-04	0.0045	0.11294	0.271	0.83835	0.925	0.10595	0.26	0.055059	0.168	0.01287	0.0617	0.00076999	0.0081	0.00244	0.019	0.003	0.0219
17p gain	9 (5%)	175	5.9999e-05	0.00113	0.02038	0.0863	0.40594	0.602	0.27987	0.466	0.00252	0.0194	0.00051999	0.00631	0.00094999	0.00962	0.00255	0.0195	0.22398	0.412	0.0098999	0.0517
17q gain	17 (9%)	167	0.00048	0.00607	0.25192	0.447	0.66387	0.814	0.81402	0.911	0.18977	0.374	0.062949	0.181	0.096209	0.245	0.069199	0.192	0.12051	0.283	0.24685	0.441
18p gain	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.01971	0.0845	0.5605	0.733	0.45925	0.645	0.02597	0.0983	0.19721	0.386	0.1458	0.314	0.0229	0.0908	0.03378	0.122	0.10118	0.255
18q gain	12 (7%)	172	3e-05	0.000694	0.68205	0.823	0.8785	0.951	0.16153	0.334	0.38144	0.574	0.4885	0.672	0.4796	0.663	0.12301	0.286	0.36566	0.558	0.088669	0.232
19p gain	17 (9%)	167	0.00058999	0.00683	0.69268	0.829	0.27505	0.463	0.11632	0.276	0.68315	0.823	0.61846	0.781	0.01209	0.0592	0.33643	0.527	0.38428	0.577	0.59859	0.765
19q gain	28 (15%)	156	0.00027	0.00429	0.31645	0.503	0.88501	0.956	0.63859	0.796	0.89585	0.96	0.88938	0.958	0.069429	0.192	0.68954	0.827	0.1058	0.26	1	1
20p gain	34 (18%)	150	9.9999e-06	0.000279	0.01743	0.0759	0.14395	0.313	0.11686	0.276	0.22724	0.416	0.15622	0.329	0.22011	0.411	0.01723	0.0756	0.0064299	0.0398	0.25993	0.456
20q gain	45 (24%)	139	9.9999e-06	0.000279	0.03175	0.117	0.22962	0.419	0.02056	0.0863	0.54351	0.72	0.17499	0.353	0.33329	0.523	0.02321	0.0908	0.00033	0.00475	0.2102	0.4
22q gain	8 (4%)	176	0.35079	0.545	0.065239	0.185	0.88072	0.952	0.23011	0.419	0.10852	0.264	0.078539	0.211	0.3655	0.558	0.065669	0.186	0.14457	0.313	0.26905	0.457
xp gain	8 (4%)	176	5e-05	0.00101	0.22377	0.412	0.72967	0.859	0.098249	0.249	0.12453	0.289	0.03527	0.124	0.04208	0.137	0.04006	0.134	0.72325	0.856	0.070869	0.195
xq gain	13 (7%)	171	0.00039	0.00526	0.68617	0.825	0.12664	0.289	0.31682	0.503	0.1255	0.289	0.0093199	0.0497	0.16243	0.335	0.03706	0.128	0.81001	0.908	0.085859	0.226
1p loss	36 (20%)	148	5.9999e-05	0.00113	9.9999e-06	0.000279	0.0057399	0.0366	0.1393	0.304	0.0094899	0.0502	0.063339	0.181	0.16597	0.339	0.051389	0.159	0.02919	0.108	0.02316	0.0908
1q loss	8 (4%)	176	0.04323	0.139	0.41349	0.612	0.74237	0.869	0.92528	0.974	1	1	0.51073	0.692	0.75841	0.878	0.6967	0.832	0.10483	0.26	0.78252	0.893
2p loss	11 (6%)	173	0.0080799	0.0454	0.57289	0.743	0.44754	0.638	0.80031	0.902	0.67063	0.817	0.19208	0.377	0.92145	0.973	0.75845	0.878	0.26489	0.456	0.84668	0.929
2q loss	5 (3%)	179	0.00058999	0.00683	0.75956	0.878	NA	NA	NA	NA	0.45098	0.638	0.090189	0.235	0.44894	0.638	0.29454	0.479	0.15727	0.329	0.36137	0.554
3p loss	36 (20%)	148	0.00161	0.0142	0.050349	0.157	0.13138	0.296	0.45052	0.638	0.65177	0.807	0.90657	0.963	0.20898	0.398	0.29933	0.483	0.1091	0.265	0.55722	0.732
3q loss	19 (10%)	165	0.032	0.117	0.42255	0.625	0.00285	0.021	0.058699	0.177	0.53025	0.708	0.67279	0.817	0.78239	0.893	1	1	0.0075299	0.0436	0.85444	0.931
4p loss	25 (14%)	159	0.04206	0.137	0.0069299	0.041	0.29321	0.479	0.84953	0.93	0.10526	0.26	0.10375	0.258	0.57593	0.743	0.01172	0.0592	0.95765	0.991	0.00315	0.0226
4q loss	25 (14%)	159	0.24571	0.44	0.02054	0.0863	0.49642	0.678	0.3594	0.552	0.054539	0.167	0.18448	0.367	0.19936	0.386	0.0027	0.0202	0.70823	0.844	0.00133	0.0121
5p loss	9 (5%)	175	0.00335	0.0236	0.85323	0.931	0.93358	0.98	0.81746	0.911	0.91017	0.965	0.23894	0.431	0.84335	0.928	1	1	0.15892	0.331	0.80347	0.904
5q loss	13 (7%)	171	0.00391	0.0266	0.26103	0.456	0.72856	0.859	0.35308	0.548	0.93482	0.98	0.24967	0.444	0.62011	0.781	0.44911	0.638	0.13857	0.303	0.60287	0.768
6p loss	64 (35%)	120	2e-05	0.000506	0.00019	0.00321	0.082429	0.219	0.18859	0.373	0.13544	0.3	0.01456	0.0679	0.22038	0.411	0.00111	0.0107	0.00283	0.021	0.00013	0.00224
6q loss	83 (45%)	101	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	0.03899	0.133	0.55968	0.733	0.00024	0.00389	0.00045	0.00579	0.00134	0.0121	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279
7p loss	3 (2%)	181	0.17504	0.353	0.61888	0.781	NA	NA	NA	NA	0.79913	0.902	0.77282	0.889	0.42754	0.627	1	1	0.43343	0.63	0.31353	0.5
7q loss	4 (2%)	180	0.071249	0.195	0.23727	0.43	0.16432	0.338	0.16185	0.334	0.81022	0.908	1	1	0.5442	0.72	1	1	0.26425	0.456	0.56109	0.733
8p loss	41 (22%)	143	0.00104	0.0103	0.0037	0.0254	0.10321	0.258	0.20074	0.387	0.1473	0.316	0.0052599	0.0341	0.01557	0.0705	0.01184	0.0592	0.0066199	0.0398	0.00227	0.0181
8q loss	16 (9%)	168	0.01898	0.0818	0.28013	0.466	0.062979	0.181	0.30444	0.49	0.79353	0.899	0.4385	0.633	0.33342	0.523	0.44945	0.638	0.050339	0.157	0.16854	0.344
9p loss	75 (41%)	109	9.9999e-06	0.000279	0.0066299	0.0398	0.10747	0.263	0.17476	0.353	0.0031	0.0224	0.03952	0.133	0.01677	0.0747	0.01431	0.0678	0.0084399	0.0462	0.0073399	0.0428
9q loss	43 (23%)	141	0.11661	0.276	0.54346	0.72	0.51525	0.696	0.11631	0.276	0.27001	0.457	0.43975	0.634	0.1985	0.386	0.26617	0.456	0.21932	0.411	0.31219	0.499
10p loss	36 (20%)	148	0.00036	0.00494	0.29631	0.48	0.89637	0.96	0.67515	0.818	0.15958	0.331	0.19239	0.377	0.36821	0.56	0.14393	0.313	0.063309	0.181	0.093979	0.243
10q loss	30 (16%)	154	5e-05	0.00101	0.89769	0.96	0.89603	0.96	0.19809	0.386	0.18485	0.367	0.01724	0.0756	0.53032	0.708	0.33311	0.523	0.22997	0.419	0.099069	0.25
11p loss	17 (9%)	167	0.00141	0.0126	0.12534	0.289	0.28378	0.468	0.074639	0.202	0.94242	0.98	0.68387	0.823	0.47624	0.663	0.47982	0.663	0.4791	0.663	0.72761	0.859
11q loss	16 (9%)	168	0.00067999	0.00755	0.65843	0.812	0.47924	0.663	0.00114	0.0109	0.78446	0.893	0.81724	0.911	0.92746	0.974	0.57246	0.743	0.40104	0.596	0.82216	0.914
12p loss	20 (11%)	164	2e-04	0.00331	0.03553	0.125	4e-05	0.000853	0.00043	0.00571	0.061919	0.181	0.0082599	0.0458	0.083109	0.22	0.00106	0.0103	0.34242	0.534	0.00178	0.0152
12q loss	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.060009	0.179	0.00452	0.0303	0.052189	0.161	0.15364	0.326	0.00239	0.0188	0.12253	0.286	0.118	0.278	0.24049	0.433	0.02454	0.0933
13q loss	20 (11%)	164	0.00060999	0.00686	0.0093099	0.0497	0.97299	1	0.63262	0.793	0.0027	0.0202	0.15787	0.33	0.0238	0.0912	0.01239	0.0597	0.00182	0.0154	0.061979	0.181
14q loss	16 (9%)	168	0.23507	0.427	0.02273	0.0907	0.55079	0.727	0.73401	0.862	0.49197	0.673	0.074069	0.201	0.37368	0.567	0.21846	0.411	0.7714	0.889	0.58286	0.751
15q loss	30 (16%)	154	3e-05	0.000694	0.0088999	0.0484	0.56472	0.737	0.61842	0.781	0.02151	0.0891	0.00198	0.0164	0.078249	0.211	0.0066499	0.0398	0.10787	0.263	0.00353	0.0244
16p loss	11 (6%)	173	0.0082499	0.0458	0.5764	0.743	0.0223	0.0899	0.0092299	0.0497	0.67141	0.817	0.49036	0.672	0.63361	0.793	0.42695	0.627	0.27601	0.463	0.83637	0.925
16q loss	13 (7%)	171	0.02388	0.0912	0.94043	0.98	0.71916	0.853	0.37781	0.571	0.70622	0.842	0.12192	0.285	0.43164	0.629	0.24247	0.435	0.13069	0.295	0.28102	0.466
17p loss	80 (43%)	104	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	0.061019	0.18	0.15273	0.325	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	4e-05	0.000853	9.9999e-06	0.000279	2e-05	0.000506
17q loss	22 (12%)	162	0.00074999	0.0081	0.22276	0.412	0.01068	0.0548	0.081299	0.217	0.15581	0.329	0.3865	0.579	0.51745	0.697	0.31129	0.498	0.17677	0.355	0.31762	0.503
18p loss	55 (30%)	129	0.12819	0.291	0.26852	0.457	0.83698	0.925	0.76555	0.883	0.64743	0.804	0.63581	0.794	0.36547	0.558	0.90171	0.961	0.26867	0.457	0.27288	0.46
18q loss	106 (58%)	78	9.9999e-06	0.000279	0.00034	0.00475	0.77457	0.89	0.50507	0.685	0.00192	0.016	0.0052099	0.034	0.01474	0.0679	0.00321	0.0228	0.04852	0.152	5.9999e-05	0.00113
19p loss	19 (10%)	165	0.00134	0.0121	0.02229	0.0899	0.49754	0.678	0.067829	0.189	0.062299	0.181	0.0231	0.0908	0.38871	0.581	0.0066599	0.0398	3e-04	0.0045	0.02123	0.0886
19q loss	12 (7%)	172	0.0070199	0.0412	0.13266	0.296	0.29894	0.483	0.22246	0.412	0.03951	0.133	0.01461	0.0679	0.48954	0.672	0.051549	0.159	0.095409	0.245	0.072869	0.199
20p loss	20 (11%)	164	0.00034	0.00475	0.0457	0.145	0.66338	0.814	0.73105	0.859	0.0066799	0.0398	0.092729	0.241	0.03757	0.129	0.0406	0.135	0.00212	0.0172	0.01422	0.0678
20q loss	5 (3%)	179	0.26646	0.456	0.065979	0.186	NA	NA	NA	NA	0.38447	0.577	0.84731	0.929	0.92053	0.973	0.8273	0.918	0.12915	0.292	0.60204	0.768
21q loss	58 (32%)	126	9.9999e-06	0.000279	0.02331	0.0908	0.61204	0.777	0.13173	0.296	0.02197	0.0897	0.095709	0.245	0.39301	0.586	0.03241	0.118	0.00052999	0.00631	0.03658	0.127
22q loss	46 (25%)	138	9.9999e-06	0.000279	0.0049	0.0323	0.85754	0.934	0.95097	0.988	0.2194	0.411	0.37652	0.57	0.30766	0.494	0.03973	0.133	0.00101	0.0101	0.0285	0.107
xp loss	27 (15%)	157	0.00013	0.00224	0.13589	0.3	0.03418	0.122	0.6408	0.797	0.43842	0.633	0.2848	0.469	0.13624	0.3	0.95529	0.991	0.2521	0.447	0.69158	0.829
xq loss	18 (10%)	166	9.9999e-06	0.000279	0.0434	0.139	0.0077999	0.0442	0.18639	0.369	0.36823	0.56	0.32986	0.521	0.26317	0.456	0.83427	0.924	0.49049	0.672	0.58631	0.754
