		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	40 (8%)	452	9.9999e-06	5e-05	0.03598	0.0569	0.01163	0.022	0.04241	0.0646	0.00126	0.00324	0.00017	0.000576	0.0116	0.022	0.00036	0.00108	0.03878	0.06	0.02056	0.0353
amp_3q21.3	75 (15%)	417	9.9999e-06	5e-05	0.00086999	0.00245	0.10706	0.141	0.0051799	0.0111	0.00033	0.001	6.9999e-05	0.000265	0.0175	0.0309	0.00032	0.000977	0.0089899	0.018	0.00023	0.000736
amp_3q26.2	86 (17%)	406	9.9999e-06	5e-05	0.04454	0.0673	0.14867	0.186	0.084369	0.114	0.00492	0.0108	0.01456	0.0266	0.082709	0.112	0.0077599	0.0159	0.0075199	0.0155	2e-05	8.84e-05
amp_4p16.3	20 (4%)	472	9.9999e-06	5e-05	0.01056	0.0206	0.3727	0.418	0.02083	0.0356	0.01863	0.0327	0.1369	0.174	0.40568	0.449	0.073309	0.101	0.7453	0.767	0.5791	0.614
amp_4q13.3	22 (4%)	470	9.9999e-06	5e-05	0.52238	0.564	0.057679	0.0824	0.03909	0.0603	0.1007	0.134	0.28491	0.332	0.02728	0.0454	0.067379	0.0942	0.03718	0.058	0.16613	0.205
amp_5q35.3	28 (6%)	464	9.9999e-06	5e-05	0.01443	0.0265	0.061559	0.0872	0.20503	0.248	0.054309	0.0786	0.04195	0.0642	0.18513	0.226	0.00090999	0.00254	0.01705	0.0303	0.29153	0.338
amp_7p14.3	104 (21%)	388	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.17701	0.216	0.31449	0.357	9.9999e-06	5e-05	5.9999e-05	0.000232	0.00403	0.009	0.00044	0.00129	0.00121	0.00321	0.0091699	0.0182
amp_7q22.1	101 (21%)	391	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.24769	0.293	0.24963	0.294	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.0066899	0.014	2e-05	8.84e-05	0.00051999	0.0015	0.00306	0.007
amp_8p11.23	67 (14%)	425	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.0219	0.0373	0.0112	0.0214	9.9999e-06	5e-05	0.00046	0.00134	0.04584	0.0687	0.00123	0.00324	9.9999e-06	5e-05	0.00051999	0.0015
amp_8q22.1	157 (32%)	335	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	6.9999e-05	0.000265	4e-05	0.000164	2e-05	8.84e-05	9.9999e-06	5e-05	3e-05	0.000127	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	4e-05	0.000164
amp_8q24.21	152 (31%)	340	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00022	0.000711	3e-05	0.000127	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	9.9999e-06	5e-05	3e-05	0.000127	0.00039	0.00117
amp_9q33.3	62 (13%)	430	9.9999e-06	5e-05	0.01996	0.0345	0.25564	0.3	0.070939	0.0989	0.00237	0.00562	0.01524	0.0275	0.01892	0.0331	0.00101	0.00276	0.01746	0.0309	0.0078899	0.0161
amp_11q13.2	48 (10%)	444	9.9999e-06	5e-05	0.0079199	0.0161	0.088749	0.12	0.10945	0.143	0.0066099	0.0139	0.00044	0.00129	0.03165	0.0512	0.00019	0.000633	0.0069599	0.0145	0.02904	0.0474
amp_12q23.1	36 (7%)	456	2e-05	8.84e-05	0.00208	0.0051	0.052749	0.0767	0.0057399	0.0122	0.061379	0.0871	0.00044	0.00129	0.64969	0.68	0.00216	0.0052	0.2888	0.336	0.11998	0.154
amp_13q12.11	25 (5%)	467	9.9999e-06	5e-05	0.00231	0.0055	0.00015	0.000521	0.00116	0.0031	0.00486	0.0107	0.10585	0.139	0.01427	0.0263	0.03164	0.0512	0.067069	0.0942	0.072429	0.1
amp_14q21.1	30 (6%)	462	9.9999e-06	5e-05	0.078099	0.107	0.33673	0.381	0.81932	0.831	0.01074	0.0208	0.03635	0.0571	0.0084199	0.017	0.01085	0.0209	0.067349	0.0942	0.02861	0.0471
amp_15q11.2	16 (3%)	476	0.01001	0.0198	0.50574	0.549	0.30448	0.349	0.2664	0.311	0.90185	0.905	0.52202	0.564	0.13354	0.17	0.68409	0.713	0.53695	0.575	0.15413	0.192
amp_16q11.2	30 (6%)	462	9.9999e-06	5e-05	0.13999	0.177	0.46338	0.507	0.50375	0.548	0.14485	0.182	0.057699	0.0824	0.00175	0.00436	0.00107	0.00289	0.083239	0.113	0.24438	0.289
amp_17q23.2	25 (5%)	467	9.9999e-06	5e-05	0.79059	0.805	0.66139	0.69	0.29211	0.338	0.074779	0.103	0.2348	0.28	0.52196	0.564	0.01413	0.0261	0.37865	0.424	0.091459	0.123
amp_19q13.43	19 (4%)	473	9.9999e-06	5e-05	0.0374	0.0582	0.39711	0.441	0.066629	0.0937	0.00212	0.00518	0.02582	0.0431	0.0058899	0.0125	0.00128	0.00328	0.15229	0.19	0.01145	0.0218
amp_20q13.2	45 (9%)	447	9.9999e-06	5e-05	5.9999e-05	0.000232	0.71064	0.737	0.02729	0.0454	0.00123	0.00324	0.00149	0.00375	0.00032	0.000977	6.9999e-05	0.000265	0.15921	0.198	5.9999e-05	0.000232
amp_xp22.11	26 (5%)	466	9.9999e-06	5e-05	0.14119	0.179	0.40076	0.445	0.057549	0.0824	0.092959	0.125	0.058859	0.0839	0.01606	0.0288	0.00491	0.0108	0.04549	0.0684	0.31234	0.356
amp_xp22.11	25 (5%)	467	2e-05	8.84e-05	0.36734	0.413	0.58141	0.616	0.01326	0.0247	0.03261	0.0523	0.01362	0.0253	0.0080299	0.0163	0.01033	0.0203	0.04661	0.0694	0.23349	0.279
amp_xp21.1	23 (5%)	469	3e-05	0.000127	0.02813	0.0464	0.52387	0.565	0.11643	0.15	0.04061	0.0623	0.12632	0.161	0.01935	0.0338	0.0090499	0.018	0.0050799	0.011	0.14574	0.183
amp_xq21.1	16 (3%)	476	0.00124	0.00324	0.03071	0.05	0.52498	0.565	0.03653	0.0571	0.0077099	0.0158	0.01948	0.0339	0.31105	0.355	0.45625	0.5	0.45161	0.496	0.39722	0.441
amp_xq21.1	14 (3%)	478	0.00247	0.00584	0.01656	0.0295	0.556	0.593	0.01101	0.0211	0.20799	0.25	0.00411	0.00915	0.052729	0.0767	0.23682	0.282	0.30162	0.348	0.77287	0.791
amp_xq25	19 (4%)	473	0.00272	0.00629	0.01956	0.0339	0.72302	0.748	0.21194	0.255	0.1076	0.141	0.02475	0.0417	0.20358	0.247	0.15044	0.188	0.73171	0.756	0.14148	0.179
amp_xq27.1	19 (4%)	473	0.00392	0.00882	0.0365	0.0571	0.82566	0.836	0.4336	0.479	0.096509	0.129	0.11074	0.144	0.00099999	0.00274	0.00016	0.000544	0.03641	0.0571	0.12421	0.159
del_1p31.3	60 (12%)	432	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.53531	0.575	0.8959	0.9	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00183	0.00452	0.16945	0.209	0.0051299	0.0111	0.00105	0.00286
del_1p22.1	58 (12%)	434	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.53568	0.575	0.43518	0.479	0.00095999	0.00266	2e-04	0.00066	0.0075799	0.0156	0.00332	0.00755	0.01045	0.0205	0.0075199	0.0155
del_1q23.1	28 (6%)	464	0.0051299	0.0111	5e-05	0.000199	0.33476	0.38	0.74527	0.767	9.9999e-05	0.000355	0.00059999	0.00173	0.04464	0.0673	0.055139	0.0795	0.01955	0.0339	0.19114	0.233
del_1q42.3	47 (10%)	445	0.00088999	0.00249	7.9999e-05	0.000297	0.77651	0.794	0.30262	0.348	0.35106	0.397	0.075729	0.104	0.11009	0.143	0.031	0.0504	0.69821	0.725	0.04703	0.0698
del_2p21	46 (9%)	446	9.9999e-06	5e-05	4e-05	0.000164	0.0477	0.0706	0.57825	0.614	4e-04	0.00119	0.02032	0.0349	0.00076999	0.0022	0.072799	0.101	0.0326	0.0523	0.01457	0.0266
del_2q22.1	92 (19%)	400	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.057699	0.0824	0.04946	0.0727	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00146	0.00369	0.00096999	0.00267
del_2q22.3	85 (17%)	407	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.20396	0.247	0.10824	0.142	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	8.9999e-05	0.000327	4e-05	0.000164	0.01221	0.0229	0.00029	0.000911
del_3p13	78 (16%)	414	0.00061999	0.00178	9.9999e-06	5e-05	0.74617	0.767	0.20704	0.25	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.29198	0.338	0.065709	0.0926	0.02889	0.0473	0.16916	0.209
del_3q29	32 (7%)	460	0.6094	0.642	0.29982	0.346	0.84873	0.857	0.6617	0.69	0.03651	0.0571	0.073509	0.101	0.30932	0.354	0.25101	0.296	0.12062	0.155	0.60363	0.637
del_4q28.2	51 (10%)	441	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.095009	0.127	0.053609	0.0778	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	0.090389	0.122	0.01565	0.0282	0.00085999	0.00243	0.02576	0.0431
del_5q11.2	100 (20%)	392	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00183	0.00452	0.44531	0.49	0.00031	0.000964	9.9999e-06	5e-05	0.00018	0.000603	2e-05	8.84e-05	0.00094999	0.00264	2e-04	0.00066
del_5q13.2	99 (20%)	393	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.0033	0.00753	0.68877	0.716	0.00107	0.00289	0.0027	0.00627	0.00032	0.000977	9.9999e-06	5e-05	0.00214	0.00519	0.00022	0.000711
del_5q21.1	109 (22%)	383	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.051859	0.0757	0.17019	0.209	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00021	0.000689	0.00261	0.0061	0.099439	0.132	0.00449	0.00996
del_6p25.1	46 (9%)	446	9.9999e-06	5e-05	0.01381	0.0256	0.63234	0.664	0.25728	0.301	0.0064799	0.0136	0.01191	0.0225	0.14747	0.185	0.04909	0.0724	0.38699	0.432	0.01659	0.0295
del_6q14.3	180 (37%)	312	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.01503	0.0274	5e-05	0.000199	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	0.00214	0.00519	0.00496	0.0109
del_7q31.33	28 (6%)	464	8.9999e-05	0.000327	0.01514	0.0275	0.10314	0.136	0.11535	0.149	0.00016	0.000544	0.00031	0.000964	0.00114	0.00306	0.00023	0.000736	0.7543	0.775	0.04668	0.0694
del_8p23.2	224 (46%)	268	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.0209	0.0357	0.071389	0.0994	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	0.00025	0.000797	0.00032	0.000977	0.03521	0.056	0.00167	0.00417
del_8p21.3	294 (60%)	198	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.01056	0.0206	0.00134	0.0034	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	0.0090999	0.0181	3e-05	0.000127
del_9p23	45 (9%)	447	9.9999e-06	5e-05	0.20421	0.247	0.01006	0.0198	0.0052999	0.0114	0.00016	0.000544	0.00195	0.0048	0.02751	0.0456	0.079879	0.109	0.073059	0.101	0.01643	0.0294
del_10q23.31	157 (32%)	335	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.03576	0.0567	0.21901	0.263	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.01326	0.0247	9.9999e-06	5e-05	0.03998	0.0614	9.9999e-06	5e-05
del_11p11.2	34 (7%)	458	9.9999e-06	5e-05	0.00248	0.00584	0.061219	0.0871	0.096089	0.128	0.00124	0.00324	0.02566	0.0431	0.02889	0.0473	0.02418	0.0408	0.0085999	0.0173	0.47571	0.519
del_11q22.3	43 (9%)	449	0.04356	0.0662	0.02005	0.0346	0.03775	0.0586	0.11292	0.146	0.35595	0.402	0.10377	0.137	0.86423	0.871	0.78176	0.798	0.16052	0.199	0.01208	0.0227
del_11q23.2	48 (10%)	444	0.13345	0.17	0.083909	0.114	0.17221	0.211	0.10205	0.135	1	1	0.92429	0.926	0.23867	0.284	0.46621	0.509	0.30332	0.348	0.25735	0.301
del_12p13.1	124 (25%)	368	2e-05	8.84e-05	2e-05	8.84e-05	0.050089	0.0735	0.0232	0.0393	0.00126	0.00324	0.0037	0.00838	0.062259	0.088	7.9999e-05	0.000297	9.9999e-05	0.000355	0.00291	0.00668
del_12q24.32	43 (9%)	449	5.9999e-05	0.000232	0.37558	0.421	0.8154	0.828	0.8814	0.887	0.23438	0.28	0.56975	0.606	0.62962	0.662	0.55116	0.589	0.39461	0.44	0.071939	0.0999
del_13q14.13	227 (46%)	265	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.051639	0.0756	0.04571	0.0686	4e-05	0.000164	3e-05	0.000127	5e-05	0.000199	0.00034	0.00103	0.00012	0.000422	2e-05	8.84e-05
del_13q22.1	176 (36%)	316	9.9999e-06	5e-05	5e-05	0.000199	0.02236	0.0379	9.9999e-05	0.000355	2e-05	8.84e-05	0.00012	0.000422	0.0050299	0.011	0.0012	0.0032	0.00152	0.00381	8.9999e-05	0.000327
del_15q21.3	67 (14%)	425	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.03355	0.0537	0.04606	0.0688	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	2e-05	8.84e-05	5.9999e-05	0.000232	7.9999e-05	0.000297	9.9999e-06	5e-05
del_16q22.3	191 (39%)	301	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.63784	0.669	0.29954	0.346	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-05	0.000355	4e-05	0.000164	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05
del_16q24.1	213 (43%)	279	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.24143	0.286	0.10985	0.143	9.9999e-06	5e-05	0.0064799	0.0136	0.00027	0.000852	9.9999e-06	5e-05	0.00252	0.00591	9.9999e-06	5e-05
del_17p13.1	163 (33%)	329	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00379	0.00855	0.02814	0.0464	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.00014	0.000489	9.9999e-06	5e-05	0.0013	0.00331	9.9999e-06	5e-05
del_17q21.31	96 (20%)	396	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.50601	0.549	0.03475	0.0555	9.9999e-06	5e-05	0.00016	0.000544	0.55872	0.595	0.054659	0.079	0.17147	0.21	0.31011	0.354
del_18q21.31	131 (27%)	361	9.9999e-06	5e-05	0.00216	0.0052	0.0062299	0.0132	0.0023	0.0055	0.00018	0.000603	0.01203	0.0227	0.00022	0.000711	0.01856	0.0327	0.00398	0.00892	9.9999e-06	5e-05
del_18q23	137 (28%)	355	9.9999e-06	5e-05	0.01063	0.0206	0.11199	0.145	0.0423	0.0645	6.9999e-05	0.000265	0.04432	0.0672	0.01099	0.0211	0.0072499	0.0151	0.0085899	0.0173	9.9999e-06	5e-05
del_19q13.2	52 (11%)	440	9.9999e-06	5e-05	0.00126	0.00324	0.59454	0.628	0.4197	0.464	0.0053899	0.0115	0.04898	0.0724	0.00262	0.0061	0.00078999	0.00224	0.00223	0.00535	0.00125	0.00324
del_21q22.2	52 (11%)	440	0.00042	0.00125	8.9999e-05	0.000327	0.03521	0.056	0.79696	0.811	2e-05	8.84e-05	0.00026	0.000824	0.16328	0.202	0.03914	0.0603	0.83609	0.845	0.00289	0.00666
del_21q22.3	147 (30%)	345	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.01523	0.0275	0.36163	0.407	9.9999e-06	5e-05	9.9999e-06	5e-05	0.03248	0.0523	9.9999e-06	5e-05	0.77036	0.79	9.9999e-06	5e-05
