		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	56 (22%)	200	2e-04	0.00228	2e-05	0.000443	0.1507	0.251	0.064289	0.141	0.28541	0.403	0.04497	0.111	0.25525	0.372	0.65536	0.741	0.072829	0.155	0.25413	0.371
1q gain	49 (19%)	207	0.00273	0.0143	0.0089299	0.0364	0.19399	0.302	0.03047	0.084	0.0090899	0.0367	0.21011	0.32	0.02407	0.0725	0.10648	0.201	0.00053999	0.00456	0.0052599	0.0232
2p gain	22 (9%)	234	0.00154	0.00964	0.01351	0.0486	0.18216	0.289	0.02383	0.0721	0.00109	0.00752	0.00092999	0.00669	0.01815	0.0593	0.03851	0.101	0.01904	0.0616	0.00338	0.0164
2q gain	22 (9%)	234	0.00024	0.00259	0.094069	0.182	0.27433	0.393	0.084629	0.169	0.00426	0.0193	0.00149	0.0094	0.03372	0.0898	0.0097999	0.0384	0.03362	0.0898	0.18382	0.291
3p gain	39 (15%)	217	0.00069999	0.00536	6.9999e-05	0.00099	0.01168	0.0437	0.01827	0.0594	0.00293	0.0148	4e-05	0.000713	0.04401	0.11	0.11499	0.209	0.00092999	0.00669	0.00105	0.00736
3q gain	36 (14%)	220	0.00186	0.0111	0.00253	0.0135	0.00132	0.00859	0.01618	0.0551	0.00414	0.019	0.00346	0.0165	0.04754	0.115	0.12917	0.226	0.00089999	0.00659	0.00125	0.00833
4p gain	68 (27%)	188	2e-05	0.000443	6.9999e-05	0.00099	0.03329	0.0892	0.00015	0.00181	0.02464	0.0735	0.00396	0.0184	0.04307	0.108	0.01789	0.0589	0.30824	0.426	0.076129	0.16
4q gain	47 (18%)	209	0.03023	0.084	0.0093799	0.0377	0.091619	0.178	0.35879	0.478	0.18786	0.296	0.069849	0.15	0.36524	0.486	0.10947	0.203	0.16727	0.271	0.36932	0.49
5p gain	98 (38%)	158	9.9999e-06	0.000328	5e-05	0.00082	0.17807	0.284	0.00419	0.0191	0.01177	0.0437	2e-05	0.000443	0.8015	0.856	0.00299	0.0149	0.70362	0.782	0.53282	0.641
5q gain	71 (28%)	185	6.9999e-05	0.00099	0.01399	0.0501	0.56207	0.669	0.19423	0.302	0.27901	0.397	0.01513	0.0528	0.4237	0.539	0.16234	0.266	0.75231	0.817	0.70765	0.783
6p gain	51 (20%)	205	9.9999e-06	0.000328	7.9999e-05	0.00111	0.00050999	0.00445	0.00032	0.00316	0.00025	0.00266	6.9999e-05	0.00099	0.063769	0.141	0.01178	0.0437	0.50923	0.616	0.03821	0.1
6q gain	50 (20%)	206	0.00037	0.00349	0.00056999	0.00472	0.00308	0.0153	0.01099	0.0418	0.00032	0.00316	4e-04	0.00364	0.080859	0.165	0.0067499	0.0288	0.29731	0.415	0.03576	0.0946
7p gain	82 (32%)	174	9.9999e-06	0.000328	0.00164	0.0101	0.04287	0.108	0.00214	0.0121	0.00232	0.0127	0.0219	0.0678	0.19796	0.305	0.19525	0.303	0.00432	0.0195	0.002	0.0115
7q gain	68 (27%)	188	2e-05	0.000443	0.00033	0.00318	0.11739	0.212	0.00286	0.0147	0.00044	0.00396	0.03197	0.0868	0.04624	0.113	0.01102	0.0418	0.00027	0.00284	0.00298	0.0149
8p gain	52 (20%)	204	0.063279	0.141	0.57059	0.672	0.49929	0.609	0.66344	0.748	0.73207	0.801	0.073329	0.155	0.37122	0.491	0.26799	0.385	0.35742	0.477	0.067029	0.145
8q gain	65 (25%)	191	0.10645	0.201	0.083009	0.168	0.13338	0.23	0.01958	0.0625	0.965	0.977	0.077149	0.161	0.3356	0.455	0.59349	0.691	0.04603	0.113	0.15847	0.26
9p gain	57 (22%)	199	5e-05	0.00082	0.00207	0.0118	0.04118	0.106	0.00079999	0.00596	0.0060199	0.0263	0.00057999	0.00476	0.088349	0.173	0.00332	0.0162	0.70844	0.783	0.28624	0.403
9q gain	73 (29%)	183	3e-05	0.000559	0.00019	0.00223	0.00482	0.0214	0.00023	0.00251	9.9999e-05	0.00134	3e-05	0.000559	0.066749	0.145	0.00033	0.00318	0.02819	0.0794	0.0074399	0.0314
10p gain	23 (9%)	233	0.02606	0.0763	0.04301	0.108	0.25679	0.373	0.50855	0.616	0.14931	0.249	0.16678	0.27	0.34692	0.467	0.56709	0.671	0.02627	0.0767	0.059279	0.134
10q gain	12 (5%)	244	0.72408	0.795	0.11012	0.204	0.050399	0.12	0.77479	0.834	0.10733	0.201	0.053349	0.124	0.36718	0.488	0.32399	0.441	0.04487	0.111	0.33518	0.455
11p gain	23 (9%)	233	0.04475	0.111	0.02674	0.0772	0.94902	0.964	0.5745	0.675	0.12353	0.22	0.01106	0.0418	0.401	0.517	0.59589	0.692	0.12857	0.225	0.17812	0.284
11q gain	22 (9%)	234	0.01113	0.0419	0.12181	0.217	0.96915	0.979	0.90294	0.931	0.63236	0.721	0.03657	0.0964	0.9158	0.94	0.90522	0.933	0.37803	0.499	0.75303	0.817
12p gain	43 (17%)	213	9.9999e-06	0.000328	0.02896	0.0813	0.00279	0.0144	0.01294	0.047	0.00012	0.00154	0.00062999	0.00497	0.084179	0.169	0.090869	0.177	0.04662	0.113	0.00075999	0.00577
12q gain	34 (13%)	222	0.00099999	0.00707	0.03386	0.0899	0.00052999	0.00453	0.11939	0.214	0.0044	0.0196	0.051659	0.122	0.080899	0.165	0.071629	0.153	0.064239	0.141	0.01762	0.0583
13q gain	15 (6%)	241	0.00189	0.0111	0.19835	0.305	0.28254	0.401	0.19607	0.303	0.094499	0.183	0.12696	0.223	0.45494	0.569	0.57255	0.674	0.578	0.677	0.23585	0.35
14q gain	57 (22%)	199	0.00348	0.0165	0.04677	0.113	0.073199	0.155	2e-04	0.00228	0.26544	0.382	0.0011	0.00752	0.75351	0.817	0.72175	0.793	0.24483	0.361	0.60956	0.702
15q gain	63 (25%)	193	9.9999e-06	0.000328	0.099619	0.19	0.96278	0.976	0.86684	0.903	0.12069	0.216	0.058289	0.132	0.2242	0.337	0.49826	0.609	0.01715	0.0572	0.02156	0.0672
16p gain	40 (16%)	216	5.9999e-05	0.000946	0.11241	0.206	0.219	0.331	0.19646	0.303	0.12777	0.224	0.37905	0.499	0.78923	0.847	0.26417	0.381	0.91701	0.94	0.34711	0.467
16q gain	21 (8%)	235	0.01442	0.051	0.22288	0.335	0.086719	0.171	0.00127	0.00833	0.02596	0.0763	0.23008	0.343	0.60969	0.702	1	1	0.77338	0.833	0.073939	0.156
17p gain	61 (24%)	195	9.9999e-06	0.000328	0.00356	0.0168	0.01654	0.0556	0.071129	0.152	0.02804	0.0794	0.053279	0.124	0.068649	0.148	0.00216	0.0121	0.076299	0.16	0.052669	0.123
17q gain	57 (22%)	199	9.9999e-06	0.000328	0.0307	0.084	0.075029	0.158	0.01508	0.0528	0.060809	0.137	0.00414	0.019	0.01648	0.0556	0.00311	0.0154	0.0064799	0.0278	0.03042	0.084
18p gain	53 (21%)	203	2e-05	0.000443	0.02265	0.0693	0.3215	0.439	0.1882	0.296	0.086299	0.171	0.39024	0.509	0.56688	0.671	0.39467	0.511	0.69017	0.771	0.22906	0.343
18q gain	36 (14%)	220	0.02186	0.0678	0.04924	0.117	0.17945	0.286	0.16885	0.272	0.75997	0.822	0.21611	0.327	0.5337	0.641	0.4351	0.551	0.24683	0.363	0.99551	1
19p gain	87 (34%)	169	9.9999e-06	0.000328	0.00233	0.0127	0.14041	0.239	0.00166	0.0102	0.02552	0.0755	0.0082399	0.0343	0.43774	0.553	0.24704	0.363	0.83835	0.883	0.113	0.207
19q gain	65 (25%)	191	9.9999e-06	0.000328	9.9999e-06	0.000328	0.0056799	0.0249	9.9999e-06	0.000328	0.00059999	0.00487	0.00078999	0.00594	0.56737	0.671	0.063069	0.141	0.80043	0.856	0.02301	0.0699
20p gain	62 (24%)	194	0.00015	0.00181	0.12014	0.215	0.38654	0.505	0.126	0.222	0.35193	0.472	0.084079	0.169	0.85871	0.899	0.29648	0.415	0.55279	0.661	0.38603	0.505
20q gain	83 (32%)	173	3e-05	0.000559	0.00189	0.0111	0.0083699	0.0347	0.00409	0.0189	0.04173	0.107	0.03291	0.0888	0.22803	0.342	0.01618	0.0551	0.13621	0.233	0.02046	0.0648
21q gain	58 (23%)	198	9.9999e-06	0.000328	0.02806	0.0794	0.14335	0.242	0.01748	0.058	0.63284	0.721	0.49295	0.605	0.92433	0.943	0.825	0.873	0.2196	0.331	0.3465	0.467
22q gain	60 (23%)	196	0.0087199	0.0358	0.00237	0.0128	0.01606	0.0551	0.00339	0.0164	0.0074999	0.0315	0.00278	0.0144	0.67401	0.756	0.11341	0.207	0.10754	0.201	0.13464	0.231
xp gain	74 (29%)	182	3e-05	0.000559	0.050609	0.12	0.43013	0.546	0.68407	0.766	0.77186	0.833	0.2852	0.403	0.25738	0.373	0.54223	0.65	0.17266	0.277	0.35476	0.475
xq gain	33 (13%)	223	0.01422	0.0505	0.063619	0.141	0.24761	0.363	0.6193	0.71	0.21041	0.32	0.14805	0.248	0.30809	0.426	0.13488	0.231	0.20862	0.319	0.18803	0.296
1p loss	32 (12%)	224	0.15347	0.255	0.02718	0.0782	0.5541	0.661	0.91214	0.937	1	1	0.4598	0.573	0.85826	0.899	0.60147	0.695	0.33577	0.455	0.6653	0.749
1q loss	40 (16%)	216	0.01023	0.0396	0.00179	0.0107	0.28699	0.404	0.053649	0.124	0.077569	0.162	0.18933	0.297	0.02778	0.0794	0.00239	0.0128	0.058099	0.132	0.055919	0.128
2p loss	88 (34%)	168	9.9999e-06	0.000328	9.9999e-06	0.000328	0.093799	0.182	0.00234	0.0127	9.9999e-06	0.000328	5e-05	0.00082	0.0026	0.0137	0.00038	0.00354	0.00065999	0.00511	0.00046	0.00406
2q loss	71 (28%)	185	9.9999e-06	0.000328	0.00136	0.00871	0.19371	0.302	0.42278	0.539	0.11248	0.206	0.10134	0.192	0.71842	0.792	0.16422	0.269	0.69737	0.778	0.67044	0.754
3p loss	56 (22%)	200	0.052689	0.123	5.9999e-05	0.000946	0.0064399	0.0278	0.00193	0.0112	0.00012	0.00154	0.00035	0.00334	0.00045	0.00401	0.00111	0.00752	0.00061999	0.00494	0.00056999	0.00472
3q loss	49 (19%)	207	0.0011	0.00752	0.0128	0.0469	0.01479	0.0521	0.079089	0.163	0.0096599	0.0381	0.061139	0.137	0.0162	0.0551	0.01634	0.0554	0.01104	0.0418	0.04707	0.114
4p loss	42 (16%)	214	0.083409	0.168	0.96199	0.976	0.56492	0.671	0.85249	0.895	0.9069	0.933	0.98654	0.993	0.62031	0.71	0.50114	0.61	0.81881	0.869	0.52638	0.634
4q loss	51 (20%)	205	0.00175	0.0106	0.37047	0.491	0.8363	0.883	0.50471	0.612	0.91927	0.941	0.64295	0.731	0.89562	0.926	0.77701	0.835	0.87349	0.908	0.58793	0.686
5p loss	22 (9%)	234	0.59737	0.693	0.067089	0.145	0.0485	0.116	0.10796	0.201	0.058139	0.132	0.02537	0.0754	0.4361	0.552	0.41519	0.532	0.095659	0.184	0.25598	0.372
5q loss	35 (14%)	221	0.084849	0.169	0.10738	0.201	0.03926	0.102	0.01912	0.0616	0.15519	0.257	0.04189	0.107	0.74777	0.814	0.04038	0.104	0.30471	0.423	0.31606	0.434
6p loss	60 (23%)	196	0.49361	0.605	0.055559	0.128	0.15771	0.26	0.83855	0.883	0.1246	0.221	0.26323	0.38	0.29768	0.415	0.41979	0.537	0.45393	0.568	0.17186	0.276
6q loss	53 (21%)	203	0.02422	0.0725	0.01082	0.0417	0.1568	0.259	0.15599	0.258	0.48434	0.598	0.11646	0.211	0.86485	0.903	0.65475	0.741	0.70878	0.783	0.57072	0.672
7p loss	32 (12%)	224	0.089649	0.175	0.03812	0.1	0.01589	0.055	0.11047	0.204	0.01006	0.0391	0.0333	0.0892	0.38649	0.505	0.51411	0.62	0.25865	0.374	0.02114	0.0666
7q loss	34 (13%)	222	0.064189	0.141	0.45073	0.567	0.57025	0.672	0.87098	0.906	0.13067	0.227	0.096509	0.185	0.44824	0.565	0.61226	0.704	0.32206	0.439	0.47025	0.584
8p loss	62 (24%)	194	0.00032	0.00316	0.00389	0.0182	0.14643	0.246	0.00135	0.00871	0.11954	0.214	0.051799	0.122	0.10204	0.193	0.01528	0.0531	0.27715	0.395	0.10735	0.201
8q loss	46 (18%)	210	2e-05	0.000443	0.0044	0.0196	0.5864	0.685	3e-04	0.00311	0.055769	0.128	0.080189	0.164	0.14964	0.249	0.00219	0.0122	0.76693	0.829	0.13267	0.23
9p loss	83 (32%)	173	9.9999e-06	0.000328	0.23068	0.343	0.14822	0.248	0.48361	0.598	0.34231	0.462	0.052989	0.123	0.71804	0.792	0.85928	0.899	0.16678	0.27	0.35305	0.473
9q loss	51 (20%)	205	2e-05	0.000443	0.11101	0.205	0.48395	0.598	0.65066	0.738	0.23343	0.347	0.16816	0.271	1	1	0.49356	0.605	0.70773	0.783	0.28816	0.405
10p loss	120 (47%)	136	0.01916	0.0616	0.087159	0.171	0.04914	0.117	0.12976	0.226	0.079929	0.164	0.0090899	0.0367	0.066379	0.145	0.20515	0.314	0.11596	0.21	0.7372	0.805
10q loss	131 (51%)	125	9.9999e-06	0.000328	9.9999e-06	0.000328	2e-05	0.000443	5e-05	0.00082	9.9999e-06	0.000328	9.9999e-06	0.000328	2e-05	0.000443	2e-05	0.000443	3e-05	0.000559	0.00023	0.00251
11p loss	94 (37%)	162	9.9999e-06	0.000328	0.00014	0.00174	0.87702	0.908	0.02037	0.0647	0.81648	0.867	0.14187	0.241	0.64488	0.732	0.59583	0.692	0.63272	0.721	0.10077	0.192
11q loss	91 (36%)	165	9.9999e-06	0.000328	0.00039	0.00359	0.19264	0.301	0.00256	0.0135	0.3942	0.511	0.01813	0.0593	0.50186	0.61	0.62295	0.712	0.87699	0.908	0.0098899	0.0386
12p loss	65 (25%)	191	2e-05	0.000443	0.00223	0.0124	0.81014	0.863	0.3414	0.462	0.01672	0.056	0.01295	0.047	0.89723	0.927	0.54979	0.658	0.79632	0.852	0.38687	0.505
12q loss	54 (21%)	202	3e-05	0.000559	0.02988	0.0836	0.72966	0.8	0.49172	0.605	0.23829	0.353	0.03875	0.101	0.86613	0.903	0.41285	0.531	0.59952	0.694	0.4293	0.546
13q loss	132 (52%)	124	9.9999e-06	0.000328	0.00082999	0.00613	0.067009	0.145	0.04551	0.112	0.099119	0.189	0.00179	0.0107	0.4105	0.528	0.31217	0.43	0.13488	0.231	0.16552	0.27
14q loss	62 (24%)	194	0.13451	0.231	0.18907	0.297	0.93746	0.954	0.72034	0.793	0.29388	0.412	6.9999e-05	0.00099	0.32036	0.439	0.058179	0.132	0.50199	0.61	0.064969	0.142
15q loss	45 (18%)	211	0.02559	0.0755	0.03224	0.0872	0.27209	0.39	0.080779	0.165	0.085069	0.169	0.087089	0.171	0.02141	0.067	0.02996	0.0836	0.02652	0.0771	0.10908	0.203
16p loss	75 (29%)	181	0.00032	0.00316	0.0096099	0.0381	0.30149	0.419	0.02815	0.0794	0.82334	0.872	0.086769	0.171	0.18233	0.289	0.73381	0.802	0.16569	0.27	0.61324	0.704
16q loss	124 (48%)	132	6.9999e-05	0.00099	4e-05	0.000713	0.0069499	0.0295	0.0196	0.0625	0.00063999	0.005	0.00012	0.00154	0.0096599	0.0381	0.02274	0.0693	0.00019	0.00223	0.00052999	0.00453
17p loss	57 (22%)	199	0.31418	0.432	0.2131	0.323	0.8399	0.883	0.068219	0.147	0.98123	0.988	0.32101	0.439	0.57839	0.677	0.70358	0.782	0.30765	0.426	0.38563	0.505
17q loss	48 (19%)	208	0.00203	0.0116	0.21179	0.322	0.1326	0.23	0.12609	0.222	0.97874	0.987	0.48548	0.599	0.81206	0.864	0.68887	0.771	0.391	0.509	0.67136	0.754
18p loss	62 (24%)	194	0.01423	0.0505	0.23028	0.343	0.39288	0.511	0.04569	0.112	0.80244	0.856	0.57788	0.677	0.92696	0.944	0.82885	0.876	0.45947	0.573	0.39785	0.514
18q loss	72 (28%)	184	8.9999e-05	0.00123	0.0063199	0.0274	0.01338	0.0483	0.00021	0.00236	0.062629	0.14	0.02422	0.0725	0.49493	0.606	0.51302	0.62	0.19623	0.303	0.01255	0.0461
19p loss	21 (8%)	235	0.03073	0.084	0.00163	0.0101	0.7408	0.808	0.051629	0.122	0.39541	0.511	0.03119	0.085	0.44832	0.565	0.75482	0.818	0.65822	0.743	0.0274	0.0786
19q loss	39 (15%)	217	0.03969	0.103	0.0478	0.115	0.87693	0.908	0.079609	0.164	0.92438	0.943	0.45353	0.568	0.92099	0.942	1	1	0.60151	0.695	0.17497	0.28
20p loss	55 (21%)	201	0.04214	0.107	0.00331	0.0162	0.96922	0.979	0.16506	0.27	0.04141	0.106	0.078059	0.162	0.79503	0.852	0.01187	0.0438	0.078419	0.162	0.02664	0.0772
20q loss	25 (10%)	231	0.14354	0.242	0.30024	0.418	0.42262	0.539	0.24997	0.366	0.46973	0.584	0.70413	0.782	0.56028	0.668	0.12559	0.222	0.11422	0.208	0.19087	0.299
21q loss	50 (20%)	206	0.00289	0.0147	0.02119	0.0666	0.45186	0.567	0.0084499	0.0348	0.13203	0.229	0.24252	0.358	0.084549	0.169	0.27736	0.395	0.37936	0.499	0.14257	0.242
22q loss	66 (26%)	190	2e-05	0.000443	0.14348	0.242	0.28555	0.403	0.097269	0.186	0.20537	0.314	0.04471	0.111	0.14203	0.241	0.27753	0.395	0.081539	0.166	0.2524	0.369
xp loss	62 (24%)	194	0.41385	0.531	0.00114	0.00766	0.0095299	0.0381	0.077649	0.162	0.00126	0.00833	0.0078799	0.033	0.02231	0.0685	0.04398	0.11	0.47908	0.594	0.094669	0.183
xq loss	101 (39%)	155	0.00061999	0.00494	9.9999e-06	0.000328	0.00094999	0.00677	0.03073	0.084	3e-05	0.000559	0.00013	0.00164	0.00148	0.0094	0.00349	0.0165	0.11868	0.214	0.02225	0.0685
