		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	37 (25%)	113	0.00282	0.0115	5e-04	0.00306	0.00317	0.0125	0.011	0.0312	0.00035	0.00231	0.00221	0.00997	0.00016	0.00123	0.00012	0.000955	9.9999e-06	0.000121	0.00051999	0.00313
1q gain	61 (41%)	89	0.43891	0.523	0.66276	0.729	0.1996	0.281	0.45875	0.544	0.8256	0.867	0.059469	0.112	0.03908	0.0823	0.63541	0.706	0.24151	0.329	0.053369	0.104
2p gain	46 (31%)	104	0.0138	0.0367	0.0087799	0.0264	0.068929	0.125	0.03848	0.0818	0.01634	0.0411	0.1688	0.247	0.059449	0.112	0.02428	0.0565	0.03006	0.0674	0.062869	0.117
2q gain	42 (28%)	108	0.11623	0.186	0.03306	0.0717	0.88094	0.909	0.34643	0.435	0.278	0.368	0.74906	0.802	0.4915	0.575	0.40031	0.486	0.34521	0.435	0.4149	0.5
3p gain	27 (18%)	123	0.0221	0.0524	0.39829	0.484	0.00179	0.00849	0.01372	0.0367	0.0069099	0.0226	0.0062799	0.0209	0.081129	0.141	0.01296	0.0351	0.01528	0.0394	0.01023	0.0297
3q gain	36 (24%)	114	0.0068299	0.0225	0.17883	0.257	0.00227	0.01	0.00327	0.0127	0.0321	0.0706	0.03268	0.0712	0.080379	0.14	0.02162	0.0518	0.03865	0.082	0.076689	0.136
4p gain	3 (2%)	147	0.63573	0.706	0.19949	0.281	0.86218	0.895	1	1	1	1	0.68429	0.745	0.49317	0.576	1	1	1	1	0.89273	0.919
5p gain	6 (4%)	144	0.66847	0.733	0.02616	0.0603	0.0085399	0.0261	0.1508	0.227	0.01149	0.0323	0.0081499	0.0256	0.00423	0.0154	0.0063699	0.0211	0.00358	0.0134	0.0056799	0.0195
5q gain	3 (2%)	147	0.77695	0.827	0.057429	0.109	NA	NA	NA	NA	0.03585	0.0771	0.04111	0.0855	0.11092	0.18	0.01501	0.0388	0.01338	0.0361	0.03916	0.0823
6p gain	28 (19%)	122	0.00042	0.00261	0.75341	0.806	0.42505	0.511	0.04128	0.0856	0.01242	0.0342	0.00097999	0.00537	0.01678	0.0419	0.0061199	0.0205	0.054109	0.105	0.01969	0.0484
6q gain	23 (15%)	127	0.02309	0.0541	0.87972	0.909	0.83831	0.876	0.21489	0.298	0.01382	0.0367	0.00029	0.00204	0.01255	0.0343	0.00419	0.0153	0.050829	0.101	0.03003	0.0674
7p gain	121 (81%)	29	0.00459	0.0163	0.058039	0.11	0.01532	0.0394	0.02061	0.0498	0.0045	0.0162	0.0087999	0.0264	0.0074599	0.0236	0.0073299	0.0235	0.0072699	0.0234	0.02293	0.054
7q gain	105 (70%)	45	0.5486	0.629	0.068259	0.125	0.1047	0.172	0.43772	0.522	0.00437	0.0158	0.01172	0.0327	0.00255	0.0107	0.00257	0.0107	0.00202	0.00934	0.00338	0.0128
8p gain	110 (73%)	40	0.062729	0.117	0.0058999	0.02	0.00106	0.00573	0.00014	0.00109	9.9999e-06	0.000121	3e-04	0.00206	4e-05	0.000375	2e-05	0.000203	2e-05	0.000203	5.9999e-05	0.000522
8q gain	111 (74%)	39	0.02051	0.0498	0.00271	0.0111	0.01212	0.0335	0.00245	0.0104	0.00017	0.00128	0.00034	0.00227	0.00011	0.000894	0.00012	0.000955	4e-04	0.00257	0.00031	0.0021
9p gain	16 (11%)	134	0.23477	0.322	0.3334	0.424	0.4318	0.518	0.69608	0.751	0.15704	0.234	0.29343	0.385	0.22028	0.304	0.13943	0.215	0.17783	0.257	0.32928	0.421
9q gain	17 (11%)	133	0.15201	0.227	0.49651	0.579	0.80271	0.849	0.53537	0.619	1	1	0.077599	0.137	0.44227	0.526	0.89545	0.92	0.5418	0.625	0.38206	0.469
10p gain	6 (4%)	144	0.58503	0.661	0.095209	0.159	0.64167	0.711	0.82744	0.867	0.32378	0.416	0.3434	0.434	0.15095	0.227	0.32445	0.416	0.36831	0.457	0.056839	0.109
10q gain	8 (5%)	142	0.59581	0.669	0.38771	0.474	0.54579	0.628	0.17857	0.257	0.36692	0.456	0.22693	0.313	0.054539	0.105	0.41088	0.497	0.5145	0.598	0.14345	0.22
11p gain	10 (7%)	140	0.27244	0.363	0.18662	0.267	0.090049	0.152	0.13017	0.204	0.16381	0.241	0.051909	0.102	0.19733	0.28	0.20047	0.282	0.20338	0.284	0.3559	0.446
11q gain	4 (3%)	146	0.38919	0.475	0.14921	0.225	0.03993	0.0837	0.14834	0.224	0.078369	0.138	0.01421	0.0373	0.37969	0.468	0.10831	0.177	0.10607	0.174	0.33664	0.427
12p gain	146 (97%)	4	0.19361	0.276	0.38449	0.471	0.51911	0.602	0.53724	0.62	0.8096	0.855	0.36991	0.458	0.31619	0.409	0.58326	0.66	0.69286	0.748	0.086989	0.148
12q gain	100 (67%)	50	0.56902	0.648	0.84198	0.879	0.26442	0.354	0.54768	0.629	0.20542	0.287	0.33875	0.428	0.04793	0.0959	0.17619	0.256	0.075719	0.135	0.0071599	0.0232
14q gain	51 (34%)	99	0.25334	0.341	0.23695	0.324	0.58754	0.662	0.56796	0.648	0.5835	0.66	0.39822	0.484	0.82161	0.864	0.30269	0.396	0.20205	0.283	0.48168	0.568
15q gain	51 (34%)	99	0.051349	0.102	0.00227	0.01	0.0019	0.0089	3e-04	0.00206	9.9999e-06	0.000121	2e-05	0.000203	7.9999e-05	0.00068	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
16p gain	16 (11%)	134	0.01157	0.0324	0.079429	0.139	0.094129	0.158	0.00269	0.0111	0.00411	0.0151	0.01785	0.0445	0.00228	0.01	0.0060899	0.0205	0.00298	0.012	0.02172	0.0518
16q gain	14 (9%)	136	0.0071899	0.0232	0.13951	0.215	0.085919	0.147	0.0085799	0.0261	0.0092499	0.0275	0.04856	0.0969	0.01348	0.0363	0.01254	0.0343	0.0081899	0.0256	0.051969	0.102
17p gain	40 (27%)	110	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	3e-05	0.000288	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
17q gain	51 (34%)	99	0.00025	0.0018	5.9999e-05	0.000522	2e-05	0.000203	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
18p gain	4 (3%)	146	0.68671	0.746	0.069939	0.127	0.69012	0.748	1	1	0.37896	0.467	0.78549	0.833	0.67508	0.739	0.47854	0.566	0.57173	0.649	0.68345	0.745
19p gain	36 (24%)	114	0.0101	0.0295	0.00011	0.000894	0.0093899	0.0278	0.00318	0.0125	9.9999e-05	0.000831	0.00090999	0.00503	0.04384	0.0901	5e-05	0.000457	0.00046	0.00284	3e-05	0.000288
19q gain	29 (19%)	121	0.01606	0.0407	7.9999e-05	0.00068	0.00215	0.00976	0.0026	0.0108	4e-05	0.000375	0.00061999	0.00358	0.14644	0.223	5.9999e-05	0.000522	0.00033	0.00222	9.9999e-06	0.000121
20p gain	34 (23%)	116	0.0052499	0.0183	0.11479	0.184	0.29655	0.388	0.1713	0.25	0.04155	0.0859	0.28533	0.377	0.14623	0.223	0.14807	0.224	0.060369	0.113	0.063689	0.118
20q gain	40 (27%)	110	0.0074099	0.0235	0.0056899	0.0195	0.087129	0.148	0.03659	0.0783	0.0071499	0.0232	0.053719	0.104	0.0472	0.0947	0.01265	0.0344	0.01645	0.0413	0.01443	0.0376
21q gain	125 (83%)	25	0.40519	0.491	0.2744	0.365	0.10286	0.17	0.33304	0.424	0.082429	0.143	0.23804	0.324	0.21738	0.301	0.089429	0.151	0.12786	0.2	0.13105	0.205
22q gain	38 (25%)	112	2e-05	0.000203	0.00134	0.00675	0.0092399	0.0275	0.00050999	0.00309	3e-05	0.000288	9.9999e-06	0.000121	0.055829	0.107	2e-05	0.000203	5.9999e-05	0.000522	9.9999e-06	0.000121
xp gain	22 (15%)	128	0.00059999	0.00352	0.01811	0.0448	0.03902	0.0823	0.0087999	0.0264	0.00055999	0.00332	0.00331	0.0128	0.00083999	0.00471	0.00017	0.00128	0.00173	0.00837	0.00452	0.0162
xq gain	22 (15%)	128	0.00196	0.00912	0.01805	0.0448	0.02125	0.0511	0.01426	0.0373	0.00076999	0.00442	0.00397	0.0148	0.00282	0.0115	0.00041	0.00257	0.00144	0.0071	0.0041	0.0151
1p loss	18 (12%)	132	0.12097	0.191	0.5715	0.649	0.4878	0.573	0.41228	0.498	0.64947	0.718	0.88463	0.912	0.02186	0.052	0.35731	0.447	0.13205	0.205	0.36885	0.457
1q loss	8 (5%)	142	0.34568	0.435	0.24448	0.331	0.81686	0.86	0.6822	0.745	0.29305	0.385	0.21705	0.301	0.38155	0.469	0.32379	0.416	0.15721	0.234	0.59637	0.669
2p loss	5 (3%)	145	0.86038	0.895	0.37847	0.467	NA	NA	NA	NA	1	1	1	1	0.73542	0.791	1	1	1	1	0.81282	0.857
2q loss	6 (4%)	144	0.44493	0.528	0.67614	0.739	0.86181	0.895	0.60164	0.674	0.55713	0.637	0.90016	0.924	0.66625	0.731	0.65732	0.724	0.56399	0.644	1	1
3p loss	30 (20%)	120	0.93446	0.955	0.03059	0.0684	0.01621	0.0409	0.31787	0.411	0.00121	0.00635	0.00317	0.0125	0.00122	0.00636	0.00077999	0.00444	0.00241	0.0103	0.00168	0.00818
3q loss	22 (15%)	128	0.73775	0.792	0.73973	0.793	0.04701	0.0947	0.15165	0.227	0.086719	0.148	0.057299	0.109	0.071719	0.129	0.072509	0.131	0.04717	0.0947	0.12593	0.198
4p loss	92 (61%)	58	0.62934	0.701	0.04544	0.0921	0.36512	0.455	0.78204	0.831	0.0322	0.0706	0.16539	0.242	0.10206	0.169	0.078909	0.139	0.11307	0.183	0.33267	0.424
4q loss	108 (72%)	42	0.067019	0.123	0.01027	0.0297	0.4848	0.57	0.55032	0.63	0.01079	0.0308	0.01185	0.033	0.01572	0.0401	0.0050199	0.0176	0.03523	0.0762	0.02567	0.0594
5p loss	103 (69%)	47	0.11464	0.184	0.21139	0.294	0.02729	0.0622	0.47844	0.566	0.11558	0.185	0.13301	0.206	0.49008	0.574	0.083469	0.144	0.11234	0.182	0.10536	0.173
5q loss	101 (67%)	49	0.058369	0.11	0.061819	0.116	0.0404	0.0844	0.25986	0.35	0.01366	0.0366	0.00338	0.0128	0.30584	0.399	0.0103	0.0297	0.02002	0.0489	0.0080199	0.0253
6p loss	13 (9%)	137	0.268	0.359	0.03607	0.0774	0.31053	0.403	0.082839	0.143	0.16152	0.239	0.01421	0.0373	0.26926	0.36	0.11438	0.184	0.18502	0.265	0.32147	0.414
6q loss	16 (11%)	134	0.1201	0.191	0.0096299	0.0283	0.15766	0.234	0.060999	0.114	0.04445	0.0906	0.00117	0.00618	0.10687	0.175	0.02731	0.0622	0.03539	0.0764	0.099329	0.165
8p loss	12 (8%)	138	0.35462	0.445	0.050769	0.101	0.02736	0.0622	0.0094399	0.0278	0.01028	0.0297	0.04702	0.0947	0.0085299	0.0261	0.00207	0.00951	0.0073999	0.0235	0.02261	0.0535
8q loss	5 (3%)	145	0.18794	0.268	0.02422	0.0565	0.12086	0.191	0.01427	0.0373	0.00237	0.0102	0.01211	0.0335	0.00132	0.00669	0.00226	0.01	0.0029	0.0117	0.00335	0.0128
9p loss	63 (42%)	87	0.03227	0.0706	1	1	0.6268	0.7	0.30789	0.401	0.86781	0.899	0.43775	0.522	0.78266	0.831	0.77132	0.822	0.91091	0.934	0.79994	0.847
9q loss	58 (39%)	92	0.00028	0.00199	0.33618	0.427	0.14469	0.221	0.17632	0.256	0.30849	0.401	0.01847	0.0456	0.65659	0.724	0.39727	0.484	0.36424	0.455	0.52387	0.607
10p loss	77 (51%)	73	0.0207	0.0499	0.00037	0.00242	0.0082999	0.0258	0.0068199	0.0225	3e-04	0.00206	0.0054999	0.019	0.03819	0.0814	0.00084999	0.00473	0.00209	0.00955	0.00127	0.00648
10q loss	72 (48%)	78	0.0087799	0.0264	9.9999e-06	0.000121	0.13298	0.206	0.076679	0.136	0.00018	0.00135	0.00229	0.01	0.03217	0.0706	0.00041	0.00257	0.00123	0.00636	0.00139	0.00695
11p loss	98 (65%)	52	0.0085399	0.0261	0.18423	0.265	0.077239	0.137	0.16422	0.241	0.00039	0.00253	0.00054999	0.00328	0.00103	0.0056	0.00041	0.00257	0.00178	0.00849	0.00125	0.00642
11q loss	115 (77%)	35	9.9999e-06	0.000121	0.12327	0.194	0.1123	0.182	0.055079	0.106	8.9999e-05	0.000757	2e-05	0.000203	0.00061999	0.00358	0.00014	0.00109	0.00108	0.00579	2e-05	0.000203
13q loss	113 (75%)	37	0.04425	0.0906	0.29007	0.382	0.093999	0.158	0.052409	0.103	0.0327	0.0712	0.00111	0.00591	0.04514	0.0918	0.02309	0.0541	0.099599	0.165	0.0014	0.00695
14q loss	20 (13%)	130	0.11946	0.191	0.00078999	0.00446	0.02768	0.0626	0.093709	0.158	0.0043	0.0156	5e-05	0.000457	0.03077	0.0684	0.00322	0.0125	0.00247	0.0104	0.01094	0.0311
15q loss	29 (19%)	121	0.0054799	0.019	3e-05	0.000288	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
16p loss	44 (29%)	106	0.14815	0.224	0.0059899	0.0202	0.29039	0.382	0.25231	0.341	0.080369	0.14	0.26343	0.354	0.0085499	0.0261	0.01119	0.0316	0.078569	0.138	0.20957	0.292
16q loss	51 (34%)	99	0.079519	0.139	0.066529	0.122	0.65765	0.724	0.59054	0.664	0.2332	0.32	0.48269	0.569	0.03074	0.0684	0.12097	0.191	0.32857	0.421	0.69122	0.748
17p loss	37 (25%)	113	2e-05	0.000203	0.0405	0.0844	0.04434	0.0906	0.00321	0.0125	0.00462	0.0164	0.00024	0.00174	0.056769	0.109	0.00314	0.0125	0.00168	0.00818	2e-05	0.000203
17q loss	16 (11%)	134	0.0058099	0.0198	0.13138	0.205	0.43574	0.522	0.063269	0.117	0.01981	0.0485	0.02899	0.0654	0.068439	0.125	0.01461	0.0379	0.0107	0.0307	0.00489	0.0172
18p loss	116 (77%)	34	0.69203	0.748	0.074959	0.134	0.69992	0.754	0.85392	0.89	0.04318	0.089	0.24279	0.33	0.088799	0.151	0.01599	0.0407	0.27763	0.368	0.13536	0.209
18q loss	122 (81%)	28	0.085969	0.147	0.31481	0.408	0.50595	0.589	0.87374	0.904	0.068879	0.125	0.12587	0.198	0.064279	0.119	0.03204	0.0706	0.20141	0.283	0.02048	0.0498
19p loss	50 (33%)	100	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
19q loss	53 (35%)	97	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
20p loss	30 (20%)	120	0.23562	0.322	0.18758	0.268	0.22799	0.314	0.42569	0.511	0.19763	0.28	0.17172	0.25	0.01566	0.0401	0.14969	0.226	0.079969	0.14	0.02738	0.0622
20q loss	15 (10%)	135	0.58564	0.661	0.48943	0.574	0.6381	0.708	0.8321	0.871	0.19968	0.281	0.27257	0.363	0.069679	0.126	0.14137	0.217	0.10125	0.168	0.25001	0.338
22q loss	45 (30%)	105	0.00234	0.0101	9.9999e-06	0.000121	0.00022	0.00161	2e-05	0.000203	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	2e-05	0.000203	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121	9.9999e-06	0.000121
xp loss	29 (19%)	121	0.00234	0.0101	0.00175	0.00841	0.7612	0.813	0.91783	0.939	0.16152	0.239	0.17764	0.257	0.073969	0.133	0.092559	0.156	0.053639	0.104	0.00352	0.0133
xq loss	29 (19%)	121	0.00019	0.00141	0.00187	0.00881	0.15541	0.232	0.62018	0.693	0.16183	0.239	0.098429	0.164	0.02539	0.0589	0.02658	0.0611	0.052709	0.103	0.00393	0.0147
