		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	8 (7%)	115	0.00023	0.00134	0.02161	0.0449	0.27495	0.337	0.03492	0.0633	0.0087499	0.0221	0.00347	0.0111	0.0206	0.0437	0.02127	0.0444	0.00353	0.0113	0.0069799	0.0191
1q gain	22 (18%)	101	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.00116	0.00475	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106
3q gain	5 (4%)	118	0.26064	0.324	0.14061	0.194	0.057919	0.0938	0.01466	0.0329	0.16643	0.227	0.03839	0.0684	0.72431	0.769	0.00493	0.0146	0.35555	0.409	0.16955	0.23
5p gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.064709	0.102	0.00271	0.00909	0.00183	0.00673	0.0014	0.00547	0.00082999	0.00366	0.0134	0.031	2e-05	0.000182	0.00207	0.00741
5q gain	9 (7%)	114	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000106	0.1397	0.193	0.0097299	0.0239	0.0093299	0.023	0.0068799	0.0189	0.00362	0.0114	0.01659	0.0366	0.00025	0.00144	0.00324	0.0106
7p gain	16 (13%)	107	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.02517	0.0503	0.00412	0.0127	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	2e-05	0.000182	0.00016	0.00108	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106
7q gain	16 (13%)	107	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.02506	0.0503	0.00411	0.0127	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	2e-05	0.000182	2e-04	0.0012	9.9999e-06	0.000106	2e-05	0.000182
8p gain	12 (10%)	111	0.00041	0.00215	0.02123	0.0444	0.4019	0.448	0.00392	0.0123	0.00069999	0.00328	0.00018	0.00111	0.00070999	0.00328	0.0018	0.00673	0.00017	0.00109	0.00046	0.00232
8q gain	12 (10%)	111	0.00026	0.00147	0.021	0.0442	0.40074	0.448	0.00396	0.0123	0.00071999	0.00328	0.00017	0.00109	5e-04	0.00245	0.00182	0.00673	0.00014	0.000958	0.00054999	0.00267
9p gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000106	0.00013	0.000914	0.54321	0.595	0.38403	0.434	0.00045	0.00232	0.00096999	0.00417	0.01025	0.0247	0.0055499	0.0159	0.0053199	0.0155	0.00103	0.00435
9q gain	11 (9%)	112	9.9999e-06	0.000106	0.00014	0.000958	0.54677	0.597	0.38484	0.434	0.00039	0.00207	0.00097999	0.00418	0.01013	0.0247	0.0059299	0.0167	0.00482	0.0144	0.00093999	0.00407
12p gain	4 (3%)	119	0.02815	0.0552	0.14424	0.198	0.19222	0.251	0.02957	0.0564	0.00476	0.0144	0.00232	0.00799	0.17205	0.231	0.027	0.0534	0.04477	0.0779	0.17003	0.23
12q gain	4 (3%)	119	0.02863	0.0558	0.14621	0.201	0.19126	0.251	0.02882	0.0559	0.00466	0.0142	0.00253	0.00854	0.17255	0.231	0.02641	0.0524	0.04535	0.0783	0.17097	0.231
14q gain	13 (11%)	110	9.9999e-06	0.000106	3e-05	0.000233	0.26867	0.333	0.02961	0.0564	3e-05	0.000233	3e-05	0.000233	0.00019	0.00115	0.00017	0.00109	2e-05	0.000182	4e-05	0.000301
15q gain	12 (10%)	111	0.00013	0.000914	4e-05	0.000301	0.88797	0.933	0.66456	0.71	0.02049	0.0437	0.0088999	0.0222	0.01408	0.032	0.02092	0.0442	0.0015	0.00577	0.0058399	0.0165
17q gain	7 (6%)	116	0.39249	0.441	0.22095	0.28	0.085689	0.132	0.13686	0.191	0.04045	0.0718	0.00362	0.0114	0.77349	0.816	0.068329	0.106	0.43912	0.488	0.39687	0.445
18p gain	3 (2%)	120	0.10182	0.151	0.17537	0.234	NA	NA	NA	NA	0.0498	0.0841	0.0295	0.0564	0.1969	0.253	0.28576	0.348	0.10715	0.155	0.49879	0.551
18q gain	3 (2%)	120	0.10019	0.151	0.17676	0.235	NA	NA	NA	NA	0.0497	0.0841	0.02841	0.0555	0.19681	0.253	0.28494	0.348	0.10623	0.155	0.50549	0.556
19p gain	3 (2%)	120	0.02444	0.0498	0.1788	0.237	NA	NA	NA	NA	0.35742	0.41	0.32673	0.388	0.1952	0.253	0.6117	0.661	0.10517	0.154	0.30251	0.367
19q gain	3 (2%)	120	0.02461	0.0499	0.17589	0.235	NA	NA	NA	NA	0.35579	0.409	0.32985	0.391	0.19571	0.253	0.61341	0.662	0.10572	0.154	0.30441	0.367
20p gain	10 (8%)	113	0.00046	0.00232	0.02357	0.0483	0.00486	0.0144	3e-04	0.00162	0.0014	0.00547	0.00032	0.00172	0.053219	0.088	0.01093	0.026	0.00049	0.00245	0.053299	0.088
20q gain	10 (8%)	113	0.00061999	0.00299	0.0247	0.0499	0.0055499	0.0159	0.00017	0.00109	0.00123	0.00492	3e-04	0.00162	0.052829	0.088	0.01089	0.026	5e-04	0.00245	0.053059	0.088
21q gain	3 (2%)	120	0.27823	0.34	0.34712	0.406	0.37243	0.423	0.20263	0.257	0.488	0.54	0.18802	0.248	0.64865	0.694	0.34416	0.403	0.7398	0.782	0.61995	0.666
22q gain	5 (4%)	118	0.03661	0.0656	0.0313	0.0584	0.37375	0.423	0.20252	0.257	0.27373	0.337	0.2279	0.286	0.32512	0.388	0.60483	0.655	0.22372	0.282	0.68235	0.726
xp gain	3 (2%)	120	0.02474	0.0499	0.17727	0.235	NA	NA	NA	NA	0.35314	0.409	0.32674	0.388	0.1981	0.254	0.68196	0.726	0.10706	0.155	0.50472	0.556
xq gain	5 (4%)	118	0.00106	0.00441	0.0080799	0.0213	0.63115	0.677	0.33277	0.392	0.04868	0.0833	0.063789	0.101	0.14814	0.202	0.27445	0.337	0.01196	0.0281	0.1021	0.151
1p loss	4 (3%)	119	0.0052399	0.0153	0.00214	0.00752	NA	NA	NA	NA	0.058759	0.094	0.1207	0.17	0.17238	0.231	0.53032	0.582	0.04507	0.0781	0.30511	0.367
3p loss	12 (10%)	111	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.03671	0.0656	3e-05	0.000233	0.00104	0.00436	0.00078999	0.00351	0.00066999	0.0032	0.00482	0.0144	9.9999e-06	0.000106	0.00046	0.00232
3q loss	7 (6%)	116	0.00077999	0.00351	0.00027	0.00149	0.086349	0.133	0.00111	0.00458	0.03151	0.0585	0.03216	0.0593	0.03474	0.0632	0.084609	0.131	0.0021	0.00743	0.0081799	0.0213
4p loss	5 (4%)	118	0.0077799	0.0207	0.01205	0.0282	NA	NA	NA	NA	0.04933	0.0841	0.065649	0.103	0.32219	0.386	0.38544	0.434	0.052749	0.088	0.26861	0.333
4q loss	4 (3%)	119	0.02951	0.0564	0.061139	0.0966	NA	NA	NA	NA	0.13855	0.193	0.1832	0.242	0.43497	0.484	0.11599	0.164	0.10536	0.154	0.087169	0.134
6p loss	20 (16%)	103	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.00018	0.00111	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106
6q loss	19 (15%)	104	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.00068999	0.00326	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	2e-05	0.000182	0.00026	0.00147	9.9999e-06	0.000106	8.9999e-05	0.00065
9p loss	4 (3%)	119	0.25035	0.313	0.10801	0.155	0.18871	0.248	0.20265	0.257	0.01607	0.0357	0.00331	0.0107	1	1	0.060549	0.096	1	1	0.33545	0.395
10p loss	3 (2%)	120	0.59993	0.651	0.35005	0.407	NA	NA	NA	NA	0.01148	0.0271	0.02224	0.0459	1	1	0.01514	0.0338	0.73956	0.782	0.61896	0.666
11p loss	9 (7%)	114	9.9999e-06	0.000106	2e-05	0.000182	0.01656	0.0366	0.00121	0.00488	0.0092599	0.0229	0.0070499	0.0192	0.0091599	0.0228	0.052189	0.0875	0.00021	0.00124	0.0084399	0.0218
11q loss	7 (6%)	116	7.9999e-05	0.000586	3e-05	0.000233	0.04731	0.0812	0.0062499	0.0173	0.03211	0.0593	0.01353	0.031	0.03354	0.0612	0.11185	0.16	0.00208	0.00741	0.0081499	0.0213
12p loss	8 (7%)	115	0.00448	0.0137	6.9999e-05	0.00052	0.01746	0.0378	0.00253	0.00854	0.0085399	0.0218	0.01381	0.0315	0.02257	0.0464	0.053929	0.0885	0.00326	0.0106	0.01981	0.0424
12q loss	7 (6%)	116	0.0016	0.00607	9.9999e-06	0.000106	0.01771	0.0381	0.00245	0.00838	0.0075999	0.0204	0.01351	0.031	0.03293	0.0603	0.12307	0.173	0.00229	0.00794	0.03634	0.0654
13q loss	14 (11%)	109	3e-05	0.000233	0.0061099	0.0171	0.0061999	0.0172	0.04072	0.072	0.066219	0.103	0.04949	0.0841	0.36961	0.423	0.57783	0.629	0.060459	0.096	0.35362	0.409
16p loss	5 (4%)	118	0.12978	0.182	0.20209	0.257	0.3719	0.423	0.01434	0.0323	0.1959	0.253	0.11355	0.162	0.32444	0.388	0.57667	0.629	0.22793	0.286	0.30766	0.369
16q loss	13 (11%)	110	0.056299	0.0921	0.0055099	0.0159	0.077609	0.12	3e-05	0.000233	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.058699	0.094	9.9999e-06	0.000106	0.00146	0.00567	0.00078999	0.00351
17p loss	14 (11%)	109	0.0219	0.0454	0.00119	0.00483	0.0050099	0.0147	0.00019	0.00115	0.01721	0.0374	0.00084999	0.00371	0.36982	0.423	0.00185	0.00673	0.02787	0.0549	0.059419	0.0948
17q loss	6 (5%)	117	0.0104	0.0249	0.0084699	0.0218	0.13915	0.193	0.00295	0.00977	0.30082	0.365	0.14799	0.202	0.27152	0.335	0.23706	0.297	0.10049	0.151	0.4402	0.488
18p loss	7 (6%)	116	0.00185	0.00673	0.0085399	0.0218	0.01761	0.038	0.095919	0.145	0.03084	0.0583	0.03119	0.0584	0.01296	0.0301	0.095109	0.145	0.002	0.00722	0.04316	0.0756
18q loss	7 (6%)	116	0.00183	0.00673	0.0079999	0.0212	0.01698	0.0373	0.098919	0.149	0.03131	0.0584	0.03134	0.0584	0.01288	0.03	0.095659	0.145	0.00217	0.00757	0.04212	0.074
19p loss	3 (2%)	120	0.10093	0.151	0.34828	0.406	NA	NA	NA	NA	0.00151	0.00577	0.00071999	0.00328	0.19642	0.253	0.01018	0.0247	0.10745	0.155	0.058559	0.094
19q loss	3 (2%)	120	0.10212	0.151	0.35053	0.407	NA	NA	NA	NA	0.00133	0.00528	0.00027	0.00149	0.19661	0.253	0.0102	0.0247	0.10669	0.155	0.058479	0.094
21q loss	9 (7%)	114	9.9999e-06	0.000106	9.9999e-06	0.000106	0.01718	0.0374	0.00302	0.00994	0.0056499	0.0161	0.0073599	0.0199	0.0088999	0.0222	0.051489	0.0866	0.00018	0.00111	0.0087299	0.0221
22q loss	13 (11%)	110	9.9999e-06	0.000106	0.11501	0.163	0.10411	0.153	0.04088	0.0721	0.094479	0.144	0.04546	0.0783	0.11405	0.162	0.33154	0.392	0.053959	0.0885	0.3373	0.396
xp loss	7 (6%)	116	0.00291	0.0097	0.0081999	0.0213	0.82907	0.873	0.097579	0.148	0.02992	0.0568	0.03231	0.0594	0.056899	0.0928	0.10408	0.153	0.0075299	0.0203	0.13617	0.19
xq loss	4 (3%)	119	0.02933	0.0564	0.03619	0.0653	0.37212	0.423	0.01428	0.0323	0.057419	0.0933	0.11935	0.169	0.02562	0.051	0.25092	0.313	0.04472	0.0779	0.30362	0.367
