Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	4 (4%)	86	0.18581	0.409	NA	NA	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1q gain	8 (9%)	82	0.0441	0.178	0.65624	0.855	0.60775	0.82	0.55738	0.762	0.04622	0.183	0.078509	0.253	0.065039	0.225	0.24379	0.469	0.1474	0.352	0.85007	0.99
2p gain	13 (14%)	77	0.0070299	0.0544	0.0013	0.015	0.095916	0.278	0.34347	0.568	0.01237	0.0808	0.00025	0.00418	0.37248	0.599	0.01935	0.106	0.12489	0.324	0.073459	0.242
2q gain	12 (13%)	78	0.052349	0.197	0.00238	0.0238	0.66515	0.859	0.17774	0.4	0.01855	0.103	0.00275	0.0267	0.054789	0.201	0.00472	0.0403	0.0201	0.108	0.02435	0.12
3p gain	13 (14%)	77	0.28451	0.512	0.066609	0.227	0.6995	0.874	0.88341	1	0.32873	0.557	0.36459	0.591	0.40597	0.64	0.10594	0.301	0.6365	0.84	0.38666	0.619
3q gain	15 (17%)	75	0.40099	0.634	0.051859	0.197	0.72224	0.888	0.82448	0.971	0.052079	0.197	0.79237	0.945	0.65532	0.855	0.24729	0.474	0.67683	0.871	0.70815	0.878
4p gain	37 (41%)	53	9.9999e-06	0.00041	0.04312	0.175	0.76661	0.927	0.46371	0.688	3e-05	0.000911	4e-05	0.00106	0.2968	0.523	0.00205	0.021	0.34358	0.568	0.85845	0.995
4q gain	33 (37%)	57	9.9999e-06	0.00041	0.03671	0.157	1	1	0.7268	0.889	3e-05	0.000911	9.9999e-06	0.00041	0.55582	0.761	0.00072999	0.00981	0.35972	0.585	0.94844	1
5p gain	57 (63%)	33	9.9999e-06	0.00041	0.0376	0.159	0.12045	0.316	0.03335	0.148	0.00057999	0.00834	9.9999e-06	0.00041	0.25412	0.478	0.22748	0.461	0.073629	0.242	0.35532	0.58
5q gain	53 (59%)	37	9.9999e-06	0.00041	0.0084499	0.063	0.542	0.749	0.14733	0.352	0.00066999	0.00916	2e-05	0.000713	0.33628	0.567	0.1359	0.341	0.20891	0.441	0.17046	0.39
6p gain	18 (20%)	72	0.01768	0.0999	0.68356	0.874	0.72224	0.888	0.87336	1	0.065969	0.226	0.4715	0.692	0.16521	0.384	0.056019	0.203	0.41619	0.645	0.23501	0.462
6q gain	16 (18%)	74	0.073799	0.242	0.45674	0.685	0.6995	0.874	0.68531	0.874	0.1988	0.428	0.29056	0.516	0.30024	0.527	0.19675	0.425	0.1491	0.355	0.43765	0.67
7p gain	48 (53%)	42	9.9999e-06	0.00041	0.11767	0.31	0.542	0.749	0.090189	0.27	0.00012	0.00252	0.00156	0.0173	0.91518	1	0.54742	0.756	0.27842	0.507	0.28987	0.516
7q gain	48 (53%)	42	9.9999e-06	0.00041	0.1154	0.31	0.542	0.749	0.24491	0.47	9.9999e-06	0.00041	0.00015	0.00286	0.91573	1	0.32931	0.557	0.27563	0.504	0.18923	0.413
8p gain	32 (36%)	58	7.9999e-05	0.00177	0.14355	0.349	0.33677	0.567	0.44008	0.67	0.16754	0.385	0.14456	0.35	0.11246	0.308	0.17359	0.394	0.24259	0.468	0.51516	0.73
8q gain	38 (42%)	52	2e-04	0.00357	0.29444	0.52	0.75753	0.918	0.46745	0.688	0.41482	0.645	0.23279	0.462	0.49805	0.716	0.26245	0.487	0.52105	0.735	0.64385	0.846
9p gain	20 (22%)	70	5.9999e-05	0.00149	0.002	0.0208	0.0041475	0.0374	0.13613	0.341	0.0090199	0.066	0.01044	0.0722	0.38492	0.618	0.55248	0.76	0.46487	0.688	0.25091	0.476
9q gain	29 (32%)	61	0.00032	0.00515	0.00111	0.014	0.0012066	0.0143	0.070199	0.234	0.0235	0.118	0.00169	0.0182	0.03309	0.148	0.35336	0.578	0.090949	0.27	0.082299	0.254
10p gain	25 (28%)	65	0.00179	0.0191	0.058499	0.209	0.010565	0.0722	0.01418	0.0855	3e-05	0.000911	0.00015	0.00286	0.03524	0.153	0.50768	0.727	0.055659	0.203	0.45359	0.681
10q gain	26 (29%)	64	0.00168	0.0182	0.070199	0.234	0.023043	0.117	0.01473	0.087	4e-05	0.00106	0.00049	0.00731	0.02118	0.111	0.34181	0.567	0.02977	0.136	0.84602	0.989
11p gain	5 (6%)	85	0.091709	0.271	NA	NA	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11q gain	6 (7%)	84	0.12636	0.324	0.17268	0.393	0.34625	0.57	0.48493	0.709	0.04503	0.181	0.078899	0.253	0.18802	0.412	0.36906	0.596	0.0057699	0.0461	0.39213	0.626
12p gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.00041	0.20951	0.441	0.74945	0.91	0.067639	0.228	0.00016	0.00298	4e-05	0.00106	0.24808	0.474	0.2094	0.441	0.13175	0.336	0.24963	0.476
12q gain	64 (71%)	26	9.9999e-06	0.00041	0.31201	0.541	0.73811	0.898	0.02729	0.129	0.00052999	0.00776	0.00015	0.00286	0.23667	0.463	0.4524	0.681	0.22055	0.454	0.58936	0.801
13q gain	6 (7%)	84	0.40125	0.634	0.46586	0.688	1	1	0.72568	0.889	0.04035	0.167	0.63802	0.841	0.14146	0.349	0.91478	1	0.18488	0.409	0.6985	0.874
14q gain	21 (23%)	69	0.01399	0.0855	0.056269	0.203	0.070646	0.235	0.42771	0.658	0.00039	0.00615	0.00122	0.0143	2e-05	0.000713	0.00025	0.00418	2e-05	0.000713	9.9999e-06	0.00041
15q gain	11 (12%)	79	0.094039	0.275	0.04514	0.181	0.41402	0.645	0.84666	0.989	0.01066	0.0722	0.00497	0.0416	0.36188	0.588	0.00060999	0.00862	0.50492	0.724	0.25556	0.478
16p gain	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.00041	0.0105	0.0722	1	1	0.03806	0.159	9.9999e-06	0.00041	9.9999e-06	0.00041	0.0465	0.183	0.02552	0.124	0.02987	0.136	0.27331	0.502
16q gain	47 (52%)	43	9.9999e-06	0.00041	0.0079899	0.0607	1	1	0.32412	0.553	6.9999e-05	0.00164	9.9999e-06	0.00041	0.02566	0.124	0.01252	0.0808	0.01399	0.0855	0.46142	0.688
17p gain	5 (6%)	85	0.11095	0.305	0.33766	0.567	0.23333	0.462	NA	NA	0.68761	0.874	0.14375	0.349	0.20505	0.439	0.79414	0.945	0.061919	0.218	0.062969	0.22
17q gain	7 (8%)	83	0.02501	0.122	0.33992	0.567	0.23333	0.462	NA	NA	0.68622	0.874	0.14532	0.35	0.20885	0.441	0.7931	0.945	0.061099	0.216	0.061079	0.216
18p gain	6 (7%)	84	0.26217	0.487	NA	NA	0.23333	0.462	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
18q gain	5 (6%)	85	0.4952	0.716	NA	NA	0.48889	0.711	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19p gain	56 (62%)	34	0.00389	0.0354	0.054419	0.201	0.10751	0.303	0.01893	0.105	0.00117	0.0141	0.00047	0.00714	0.4667	0.688	0.4707	0.692	0.63869	0.841	0.21534	0.45
19q gain	52 (58%)	38	5.9999e-05	0.00149	0.050339	0.193	0.542	0.749	0.056009	0.203	0.00041	0.00634	0.00117	0.0141	0.14366	0.349	0.10982	0.305	0.52155	0.735	0.11714	0.31
20p gain	46 (51%)	44	9.9999e-06	0.00041	0.23629	0.463	0.0027702	0.0267	0.0083899	0.063	7.9999e-05	0.00177	0.00012	0.00252	0.00479	0.0405	0.089439	0.269	0.0095199	0.0674	0.00468	0.0403
20q gain	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.00041	0.065309	0.225	0.016908	0.0976	0.075969	0.248	0.00013	0.00266	0.00024	0.00418	0.02006	0.108	0.27359	0.502	0.01127	0.0757	0.01414	0.0855
21q gain	31 (34%)	59	0.02073	0.11	0.0091399	0.0663	0.20781	0.441	0.23213	0.462	0.0198	0.108	0.00097999	0.0129	0.01409	0.0855	0.02009	0.108	0.0028	0.0267	0.084919	0.26
22q gain	3 (3%)	87	0.633	0.839	NA	NA	1	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
xp gain	42 (47%)	48	9.9999e-06	0.00041	0.24082	0.467	1	1	0.02999	0.136	0.00098999	0.0129	0.0057899	0.0461	1	1	0.080899	0.254	0.42928	0.658	0.21698	0.452
xq gain	41 (46%)	49	3e-05	0.000911	0.16718	0.385	0.76831	0.928	0.04197	0.171	0.00153	0.0172	0.0089199	0.0659	0.79835	0.947	0.15067	0.356	0.3418	0.567	0.13901	0.344
1p loss	29 (32%)	61	0.11769	0.31	0.14294	0.349	1	1	0.13081	0.334	0.4387	0.67	0.064169	0.223	0.4675	0.688	0.40717	0.641	0.029	0.134	0.94947	1
1q loss	20 (22%)	70	0.20689	0.441	0.088779	0.268	1	1	0.02506	0.122	0.96211	1	0.5985	0.813	0.36988	0.596	0.84166	0.986	0.078239	0.253	0.48747	0.711
2p loss	17 (19%)	73	0.0068299	0.0537	0.02658	0.127	0.72224	0.888	0.65626	0.855	0.61319	0.826	0.26639	0.492	0.03804	0.159	0.76961	0.928	0.22901	0.462	0.70067	0.875
2q loss	15 (17%)	75	0.0052899	0.0438	0.00113	0.014	1	1	0.88582	1	0.11347	0.309	0.053369	0.199	0.03138	0.141	0.72718	0.889	0.069149	0.232	0.53748	0.748
3p loss	20 (22%)	70	0.25607	0.478	0.14254	0.349	0.4591	0.686	0.29156	0.516	0.11021	0.305	0.13508	0.341	0.52259	0.735	0.38965	0.623	0.68556	0.874	0.31592	0.543
3q loss	20 (22%)	70	0.1669	0.385	0.16345	0.381	0.28367	0.512	0.60361	0.818	0.02167	0.112	0.02899	0.134	0.19243	0.417	0.34006	0.567	0.31469	0.542	0.1169	0.31
4p loss	10 (11%)	80	0.097369	0.281	0.23465	0.462	0.66515	0.859	0.98864	1	0.02298	0.117	0.081079	0.254	0.30929	0.537	0.93209	1	0.051409	0.196	1	1
4q loss	11 (12%)	79	0.239	0.464	0.095669	0.278	0.41402	0.645	0.92264	1	0.0072799	0.0558	0.0265	0.127	0.25033	0.476	0.81274	0.962	0.01283	0.0822	0.90179	1
5p loss	8 (9%)	82	0.28723	0.515	0.050249	0.193	0.60775	0.82	0.192	0.417	0.22937	0.462	0.0097499	0.0683	0.77191	0.929	0.29762	0.524	0.69845	0.874	1	1
5q loss	7 (8%)	83	0.89794	1	0.65686	0.855	0.48889	0.711	NA	NA	0.27827	0.507	0.13438	0.341	0.66063	0.859	0.12479	0.324	0.66169	0.859	0.85009	0.99
6p loss	19 (21%)	71	0.15079	0.356	0.85358	0.993	0.72224	0.888	0.2316	0.462	0.61991	0.83	0.69163	0.874	0.62286	0.83	0.10049	0.288	0.72694	0.889	0.522	0.735
6q loss	22 (24%)	68	0.062549	0.219	0.8593	0.995	0.3141	0.542	0.27258	0.502	0.63409	0.839	0.69262	0.874	0.73068	0.892	0.17589	0.397	0.55456	0.76	0.32459	0.553
7p loss	5 (6%)	85	0.39375	0.627	0.582	0.793	0.10853	0.304	0.20464	0.439	0.90839	1	0.89246	1	0.81673	0.965	0.41542	0.645	0.83351	0.978	0.11417	0.309
7q loss	6 (7%)	84	0.3131	0.542	0.30337	0.53	0.10853	0.304	0.7807	0.935	0.6221	0.83	0.65297	0.855	1	1	0.235	0.462	0.73343	0.894	0.15136	0.357
8p loss	16 (18%)	74	0.0057299	0.0461	0.22426	0.459	0.28367	0.512	0.00061999	0.00862	0.17896	0.402	0.14252	0.349	0.1798	0.403	0.02395	0.12	0.25519	0.478	0.02907	0.134
8q loss	12 (13%)	78	0.00468	0.0403	0.087539	0.266	0.24273	0.468	0.0341	0.15	0.03324	0.148	0.12639	0.324	0.078549	0.253	0.03431	0.15	0.18172	0.405	0.03709	0.158
9p loss	20 (22%)	70	0.00183	0.0192	0.04793	0.187	0.51363	0.73	0.11619	0.31	4e-05	0.00106	0.0011	0.014	0.0092199	0.0663	0.13864	0.344	0.00437	0.0385	0.93619	1
9q loss	11 (12%)	79	0.3228	0.553	0.93471	1	1	1	0.03619	0.155	0.080059	0.254	0.32272	0.553	0.55954	0.763	0.49788	0.716	0.21907	0.454	0.8052	0.954
10p loss	12 (13%)	78	0.2221	0.456	0.42723	0.658	1	1	0.056439	0.203	0.26433	0.489	1	1	0.68599	0.874	0.708	0.878	1	1	0.32786	0.557
10q loss	10 (11%)	80	0.5375	0.748	0.62645	0.831	1	1	0.2389	0.464	0.53581	0.748	1	1	1	1	0.70412	0.877	1	1	0.28944	0.516
11p loss	24 (27%)	66	0.0068799	0.0537	0.01778	0.0999	1	1	0.79837	0.947	0.2203	0.454	0.1896	0.413	0.28115	0.511	0.89115	1	0.6914	0.874	1	1
11q loss	23 (26%)	67	0.01233	0.0808	0.0029	0.0273	1	1	0.39483	0.627	0.13721	0.343	0.12421	0.324	0.10325	0.294	0.82703	0.972	0.49197	0.714	0.77986	0.935
12p loss	5 (6%)	85	0.090719	0.27	0.25414	0.478	1	1	0.082669	0.254	0.61997	0.83	0.03892	0.162	0.10214	0.292	0.51524	0.73	0.42607	0.658	0.15019	0.356
12q loss	4 (4%)	86	0.18597	0.409	0.04866	0.189	1	1	0.082229	0.254	0.44174	0.67	0.0095399	0.0674	0.32927	0.557	0.23862	0.464	0.67415	0.869	0.11336	0.309
13q loss	39 (43%)	51	0.01469	0.087	0.080569	0.254	0.36512	0.591	0.9419	1	0.62584	0.831	0.88617	1	0.75277	0.913	0.30537	0.533	0.61461	0.826	0.49326	0.715
14q loss	18 (20%)	72	0.02777	0.131	0.44453	0.67	0.72224	0.888	0.053689	0.199	0.01771	0.0999	0.0478	0.187	0.41412	0.645	0.53137	0.745	0.21609	0.451	0.14677	0.352
15q loss	21 (23%)	69	0.081479	0.254	0.41587	0.645	1	1	0.5103	0.728	0.10891	0.304	0.22735	0.461	0.60656	0.82	0.04073	0.168	0.28993	0.516	0.87589	1
16p loss	6 (7%)	84	0.12616	0.324	0.04887	0.189	0.66515	0.859	0.04646	0.183	0.0021	0.0213	0.00437	0.0385	0.01242	0.0808	0.44293	0.67	3e-04	0.00492	0.46482	0.688
16q loss	5 (6%)	85	0.2177	0.452	0.077659	0.253	0.34625	0.57	0.17532	0.397	0.056849	0.204	0.086249	0.263	0.16606	0.385	0.3064	0.533	0.00137	0.0156	0.6978	0.874
17p loss	32 (36%)	58	0.00293	0.0273	0.00019	0.00346	0.35341	0.578	0.19485	0.422	0.01187	0.0791	0.01318	0.0838	0.079499	0.254	0.00307	0.0283	0.01377	0.0855	0.1142	0.309
17q loss	24 (27%)	66	0.01475	0.087	0.0055399	0.0454	0.53021	0.744	0.51465	0.73	0.11648	0.31	0.03359	0.148	0.066349	0.227	0.02099	0.11	0.22533	0.46	0.10726	0.303
18p loss	37 (41%)	53	0.02439	0.12	0.25991	0.484	0.55444	0.76	0.69146	0.874	0.7778	0.934	0.64591	0.847	0.69446	0.874	0.68941	0.874	0.35645	0.581	0.33839	0.567
18q loss	35 (39%)	55	0.03593	0.155	0.42458	0.657	1	1	0.53298	0.746	0.82498	0.971	0.93495	1	0.49562	0.716	0.91363	1	0.29141	0.516	0.35156	0.578
19p loss	5 (6%)	85	0.091609	0.271	0.4416	0.67	1	1	NA	NA	0.15698	0.367	0.01393	0.0855	0.13862	0.344	0.71484	0.885	0.2818	0.511	0.11096	0.305
19q loss	4 (4%)	86	0.18526	0.409	0.70775	0.878	1	1	NA	NA	0.77523	0.932	0.11806	0.31	0.78436	0.938	0.20667	0.441	1	1	0.42935	0.658
20p loss	9 (10%)	81	0.04117	0.169	0.30299	0.53	0.021554	0.112	0.85524	0.993	0.21212	0.445	0.1263	0.324	0.067329	0.228	0.44444	0.67	0.02098	0.11	0.4403	0.67
20q loss	3 (3%)	87	0.18193	0.405	NA	NA	0.23333	0.462	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
21q loss	15 (17%)	75	0.11451	0.309	0.33903	0.567	0.41402	0.645	0.052799	0.198	0.25615	0.478	0.25252	0.478	0.2223	0.456	0.50881	0.727	0.082449	0.254	0.10056	0.288
22q loss	48 (53%)	42	0.01491	0.0873	0.081169	0.254	0.5499	0.758	0.48225	0.706	0.62084	0.83	0.28416	0.512	0.87489	1	0.82445	0.971	0.68089	0.874	0.22701	0.461
xp loss	16 (18%)	74	6.9999e-05	0.00164	0.39509	0.627	0.4591	0.686	0.093959	0.275	0.02259	0.116	0.0286	0.134	0.69035	0.874	0.088629	0.268	0.15713	0.367	1	1
xq loss	15 (17%)	75	0.00277	0.0267	0.15319	0.36	0.13455	0.341	0.095569	0.278	0.01778	0.0999	0.01596	0.0928	0.50515	0.724	0.17217	0.393	0.18299	0.407	0.62412	0.831