Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	17 (19%)	73	0.0081699	0.0464	0.00038	0.00647	1	1	0.39692	0.587	0.00252	0.0219	0.00014	0.00307	0.11515	0.277	0.15716	0.346	0.01367	0.0635	0.43944	0.632
amp_4p16.3	41 (46%)	49	0.00088999	0.0105	0.54795	0.716	1	1	0.1912	0.382	0.01354	0.0635	0.0063399	0.0427	0.48614	0.674	0.04653	0.141	0.40429	0.589	0.95282	1
amp_4q35.1	29 (32%)	61	2e-05	0.000613	0.19751	0.39	0.7631	0.862	0.55593	0.718	0.00065999	0.00949	0.00097999	0.0113	0.055279	0.159	0.00088999	0.0105	0.066039	0.182	0.2945	0.496
amp_5p15.33	65 (72%)	25	9.9999e-06	0.000418	0.88297	0.953	0.49077	0.674	0.88984	0.959	0.0095799	0.0501	0.00074999	0.0101	0.04398	0.137	0.17976	0.377	0.01563	0.0698	0.30606	0.505
amp_5q35.3	63 (70%)	27	9.9999e-06	0.000418	0.00125	0.0135	0.73811	0.856	0.0066299	0.0427	9.9999e-06	0.000418	9.9999e-06	0.000418	0.0070199	0.0431	0.04666	0.141	0.01272	0.0609	0.29032	0.491
amp_6p21.31	19 (21%)	71	0.064879	0.182	0.8004	0.893	1	1	0.79912	0.893	0.081439	0.218	1	1	0.14347	0.328	0.02635	0.099	0.40595	0.589	0.30323	0.503
amp_6q24.3	19 (21%)	71	0.02282	0.089	0.90975	0.975	0.73811	0.856	0.64121	0.78	0.04681	0.141	0.93493	0.989	0.67229	0.805	0.23153	0.44	0.63006	0.777	1	1
amp_7p22.1	54 (60%)	36	0.00221	0.0195	0.48151	0.673	1	1	0.67414	0.805	0.0079199	0.0461	0.03273	0.115	0.57021	0.727	0.49212	0.674	0.80396	0.893	0.13239	0.311
amp_9q31.3	34 (38%)	56	5e-04	0.00782	0.02039	0.083	0.0018026	0.0176	0.13981	0.322	0.02871	0.103	0.01824	0.0784	0.054799	0.159	0.1997	0.39	0.25247	0.463	0.12994	0.307
amp_12q14.1	70 (78%)	20	9.9999e-06	0.000418	0.28067	0.491	0.28367	0.491	0.0103	0.0516	0.02193	0.087	0.00209	0.0189	0.45819	0.653	0.48722	0.674	0.35022	0.537	0.088939	0.232
amp_14q11.2	27 (30%)	63	3e-05	0.000862	0.01245	0.0603	0.023043	0.0891	0.02767	0.101	2e-05	0.000613	2e-05	0.000613	0.00023	0.00441	0.0066899	0.0427	0.00058999	0.00875	0.00084999	0.0105
amp_16p13.3	50 (56%)	40	9.9999e-06	0.000418	0.26151	0.465	0.76661	0.862	0.052759	0.154	0.00021	0.0042	9.9999e-06	0.000418	0.076219	0.207	0.0094599	0.0501	0.052999	0.154	0.58298	0.737
amp_16q22.1	56 (62%)	34	9.9999e-06	0.000418	0.37075	0.558	1	1	0.80281	0.893	0.02857	0.103	7.9999e-05	0.00204	0.065909	0.182	0.02246	0.0883	0.15485	0.346	0.86109	0.934
amp_16q24.2	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.000418	0.02611	0.099	1	1	0.31949	0.512	0.00021	0.0042	2e-05	0.000613	0.062259	0.176	0.00273	0.0228	0.0056399	0.0387	0.38075	0.57
amp_17q25.3	18 (20%)	72	0.03418	0.116	0.68713	0.817	0.28367	0.491	0.10041	0.25	0.12421	0.295	0.67128	0.805	0.40193	0.589	0.69581	0.825	0.30259	0.503	0.46716	0.663
amp_19p13.12	58 (64%)	32	0.00032	0.00589	0.03405	0.116	0.18939	0.382	0.0098599	0.0504	0.00209	0.0189	0.00041	0.00674	0.32803	0.519	0.47819	0.673	0.58229	0.737	0.17129	0.366
amp_19q12	56 (62%)	34	0.00085999	0.0105	0.01962	0.082	0.35341	0.537	0.16651	0.358	0.00176	0.0176	0.00126	0.0135	0.19739	0.39	0.25612	0.464	0.51369	0.691	0.060249	0.172
amp_xp11.22	49 (54%)	41	0.00012	0.00276	0.92082	0.978	0.75753	0.862	0.01679	0.0743	0.03314	0.115	0.094729	0.241	0.76453	0.862	0.14387	0.328	0.73871	0.856	0.087609	0.23
amp_xq28	46 (51%)	44	0.00050999	0.00782	0.76044	0.862	0.23073	0.44	0.04361	0.136	0.0090199	0.049	0.01195	0.0585	0.51331	0.691	0.26137	0.465	1	1	0.02924	0.104
del_1p36.23	38 (42%)	52	0.02143	0.0857	0.00445	0.0339	0.76661	0.862	0.14888	0.335	0.072639	0.199	0.00405	0.0321	0.83596	0.918	0.55856	0.718	0.40145	0.589	0.82549	0.912
del_1q43	18 (20%)	72	0.01453	0.0662	0.04451	0.137	0.41402	0.597	0.16002	0.347	0.58806	0.739	0.13791	0.319	0.52716	0.703	0.55204	0.717	0.19327	0.385	0.18134	0.377
del_2q22.1	18 (20%)	72	0.03802	0.126	0.00366	0.0295	0.72224	0.854	0.79604	0.893	0.23907	0.445	0.089379	0.232	0.31549	0.512	0.66603	0.804	0.40577	0.589	0.49082	0.674
del_2q37.3	21 (23%)	69	0.0067999	0.0428	0.02648	0.099	0.49077	0.674	0.83161	0.915	0.29926	0.501	0.091069	0.233	0.48091	0.673	0.52555	0.703	0.5704	0.727	0.93902	0.991
del_3q13.31	25 (28%)	65	0.29534	0.496	0.04654	0.141	0.3141	0.512	0.4717	0.668	0.15741	0.346	0.03959	0.129	0.44935	0.644	0.20002	0.39	0.85001	0.929	0.3709	0.558
del_4q34.3	25 (28%)	65	0.00118	0.0132	0.065899	0.182	0.49077	0.674	0.63476	0.779	0.02134	0.0857	0.03919	0.129	0.03729	0.125	0.04212	0.133	5e-05	0.00135	0.24748	0.455
del_4q34.3	28 (31%)	62	0.00164	0.0168	0.00461	0.0339	0.53021	0.705	0.14505	0.329	0.18586	0.38	0.18673	0.38	0.089959	0.232	0.19098	0.382	0.00011	0.00266	0.26185	0.465
del_4q35.1	30 (33%)	60	0.0054899	0.0383	0.01302	0.0617	0.74945	0.858	0.39204	0.584	0.095219	0.241	0.03996	0.129	0.19092	0.382	0.16658	0.358	0.00074999	0.0101	0.68162	0.812
del_6p24.3	20 (22%)	70	0.11085	0.27	0.91905	0.978	0.28367	0.491	0.31757	0.512	0.62152	0.769	0.48049	0.673	1	1	0.10024	0.25	1	1	0.45745	0.653
del_6q26	21 (23%)	69	0.1191	0.285	0.8598	0.934	0.73811	0.856	0.31758	0.512	0.31907	0.512	0.30871	0.505	0.50411	0.684	0.34791	0.537	0.22281	0.431	0.59325	0.742
del_7q36.3	11 (12%)	79	0.038	0.126	0.25574	0.464	0.10853	0.266	0.66314	0.804	0.17559	0.372	0.33508	0.525	0.89576	0.963	0.73593	0.856	0.096319	0.242	0.24489	0.452
del_9p23	24 (27%)	66	0.0097099	0.0502	0.0080599	0.0463	0.33677	0.525	0.04933	0.146	9.9999e-06	0.000418	0.00153	0.016	0.0076099	0.0455	0.17495	0.372	0.0077899	0.0459	0.73222	0.856
del_9p21.3	27 (30%)	63	0.0065799	0.0427	0.0035	0.0287	0.35341	0.537	0.22727	0.436	9.9999e-06	0.000418	0.00036	0.00637	0.01753	0.0761	0.1813	0.377	0.0095199	0.0501	0.56507	0.724
del_10q23.1	11 (12%)	79	0.25516	0.464	0.25767	0.465	1	1	0.24126	0.447	0.23809	0.445	0.74813	0.858	1	1	0.97	1	1	1	0.2882	0.491
del_11p15.5	27 (30%)	63	0.0072999	0.0442	0.02039	0.083	1	1	0.67293	0.805	0.087519	0.23	0.03325	0.115	0.12435	0.295	0.59842	0.744	0.39193	0.584	0.51076	0.691
del_11q14.1	25 (28%)	65	0.01952	0.082	0.0069999	0.0431	0.73811	0.856	0.55203	0.717	0.21833	0.424	0.34882	0.537	0.28124	0.491	0.74516	0.858	0.32553	0.516	0.58746	0.739
del_12q14.2	5 (6%)	85	0.090349	0.232	0.22437	0.432	1	1	NA	NA	0.17719	0.374	0.00087999	0.0105	0.59337	0.742	0.30385	0.503	0.85483	0.932	0.14943	0.335
del_13q14.2	42 (47%)	48	0.00264	0.0225	0.086609	0.23	0.23619	0.445	0.83848	0.918	0.33228	0.523	0.55503	0.718	1	1	0.53332	0.707	0.40406	0.589	0.8269	0.912
del_14q21.2	20 (22%)	70	0.01923	0.0819	0.92546	0.981	1	1	0.57604	0.732	0.30741	0.505	0.28751	0.491	0.36834	0.557	0.73625	0.856	0.2738	0.483	0.15819	0.347
del_16p13.3	7 (8%)	83	0.081669	0.218	0.55812	0.718	0.66515	0.804	0.34482	0.536	0.5403	0.712	0.0089599	0.049	0.02458	0.0942	0.59832	0.744	0.02012	0.083	0.76072	0.862
del_16q23.1	11 (12%)	79	0.0090599	0.049	0.50428	0.684	0.41402	0.597	0.23411	0.443	0.04105	0.131	0.01109	0.0549	0.27369	0.483	0.13784	0.319	0.01033	0.0516	0.53796	0.711
del_17q11.2	24 (27%)	66	0.01513	0.0682	0.0053399	0.0378	0.33677	0.525	0.63197	0.777	0.10294	0.255	0.10542	0.259	0.25911	0.465	0.01727	0.0757	0.11243	0.272	0.39357	0.584
del_17q21.31	26 (29%)	64	0.00418	0.0326	0.0090199	0.049	0.35341	0.537	0.54378	0.713	0.076619	0.207	0.04717	0.141	0.03557	0.12	0.00482	0.0346	0.18565	0.38	0.062129	0.176
del_17q24.2	24 (27%)	66	0.00195	0.0183	0.01391	0.064	0.74945	0.858	0.28975	0.491	0.16014	0.347	0.04086	0.131	0.15631	0.346	0.02691	0.0996	0.052519	0.154	0.2389	0.445
del_18q21.2	36 (40%)	54	0.03146	0.111	0.32104	0.513	1	1	0.32558	0.516	0.82623	0.912	1	1	0.49641	0.678	0.91476	0.978	0.28792	0.491	0.3528	0.537
del_20p12.1	12 (13%)	78	0.00464	0.0339	0.64102	0.78	0.1868	0.38	0.62105	0.769	0.04127	0.131	0.02707	0.0996	0.0064499	0.0427	0.51628	0.692	0.00189	0.0181	1	1
del_22q12.1	50 (56%)	40	0.00449	0.0339	0.13781	0.319	0.542	0.712	0.28857	0.491	0.74782	0.858	0.18466	0.38	0.63722	0.78	0.88034	0.953	0.9184	0.978	0.20016	0.39