Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p22.3	250 (23%)	830	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00082999	0.00106	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
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del_3p21.31	347 (32%)	733	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	7.9999e-05	0.000112
del_4p16.3	339 (31%)	741	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00035	0.000466
del_4q35.1	345 (32%)	735	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00069999	0.000899
del_5q11.2	280 (26%)	800	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_5q21.3	272 (25%)	808	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_6p25.3	204 (19%)	876	0.40951	0.421	0.77413	0.78	9.9999e-06	1.56e-05	0.00087999	0.00112	0.25025	0.261	0.27102	0.281	4e-04	0.000527	0.054389	0.0603	0.0042	0.00506	0.04407	0.0492	0.31083	0.321	0.18533	0.194
del_6q15	358 (33%)	722	9.9999e-06	1.56e-05	0.00034	0.000453	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.7189	0.728	0.085459	0.0927	2e-05	2.99e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0092199	0.0108	9.9999e-06	1.56e-05	0.00015	0.000206	0.56132	0.572
del_6q27	375 (35%)	705	0.02268	0.0258	0.01048	0.0122	9.9999e-06	1.56e-05	0.0098399	0.0115	0.03194	0.0361	0.1458	0.155	0.04567	0.0509	0.13768	0.147	0.0064099	0.0076	0.42701	0.439	0.74756	0.755	0.6096	0.619
del_7p22.3	137 (13%)	943	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00144	0.0018	0.00469	0.00563	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	2.99e-05	4e-05	5.85e-05
del_7q36.1	200 (19%)	880	0.00258	0.00316	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.074299	0.0812	0.25268	0.263	0.053709	0.0596	2e-05	2.99e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	6.9999e-05	9.89e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_8p23.2	558 (52%)	522	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00394	0.00476	0.00087999	0.00112	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_8p11.21	200 (19%)	880	4e-05	5.85e-05	0.00017	0.000232	9.9999e-06	1.56e-05	0.00116	0.00146	0.02614	0.0297	0.00043	0.000563	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00262	0.0032	0.00044	0.000576
del_9p23	325 (30%)	755	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0068999	0.00814	0.0061199	0.00727	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00029	0.000389	0.00013	0.000179
del_9p21.3	364 (34%)	716	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00273	0.00332	0.02729	0.031	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	6.9999e-05	9.89e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_9q21.11	294 (27%)	786	0.00102	0.00129	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	2.99e-05	0.02043	0.0234	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_9q34.2	297 (28%)	783	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_10q23.31	320 (30%)	760	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	4e-05	5.85e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00011	0.000153
del_10q26.3	319 (30%)	761	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_11p15.5	309 (29%)	771	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_11q13.1	241 (22%)	839	0.00348	0.00422	0.00236	0.00291	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.60546	0.616	0.03944	0.0443	0.00046	0.000601	0.00019	0.000258	0.21813	0.227	0.057609	0.0635	0.02251	0.0257	0.3356	0.346
del_11q23.3	547 (51%)	533	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.9047	0.907	2e-05	2.99e-05	2e-05	2.99e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.01197	0.0139	5.9999e-05	8.57e-05	3e-04	0.000402	0.17444	0.184
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del_12q23.1	201 (19%)	879	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_12q24.31	211 (20%)	869	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	2e-05	2.99e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	4e-05	5.85e-05
del_13q14.2	495 (46%)	585	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.1821	0.191	3e-05	4.46e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_14q24.1	353 (33%)	727	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_15q13.1	375 (35%)	705	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	5e-05	7.2e-05	4e-05	5.85e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_16q24.3	693 (64%)	387	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_17p12	650 (60%)	430	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.057209	0.0632	0.15275	0.162
del_17q21.31	371 (34%)	709	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	4e-04	0.000527
del_18q23	354 (33%)	726	8.9999e-05	0.000126	5e-05	7.2e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00056999	0.000737	0.064049	0.0704	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.0052399	0.00625	0.1671	0.176
del_19p13.3	363 (34%)	717	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_19q13.32	216 (20%)	864	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00018	0.000245	5e-05	7.2e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_20p13	160 (15%)	920	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	0.00012	0.000166	0.0064799	0.00768	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-06	1.56e-05
del_21q11.2	217 (20%)	863	0.00017	0.000232	0.00426	0.00513	9.9999e-06	1.56e-05	9.9999e-05	0.000139	0.04314	0.0483	0.082119	0.0892	0.0082299	0.00968	9.9999e-06	1.56e-05	0.0082399	0.00968	0.00056999	0.000737	0.03339	0.0377	0.1202	0.129
del_22q13.32	492 (46%)	588	0.25338	0.263	0.0098699	0.0115	9.9999e-06	1.56e-05	0.00247	0.00304	0.27614	0.286	0.055629	0.0615	0.00152	0.0019	0.0067499	0.00797	0.00076999	0.000985	0.00051999	0.000675	0.0026	0.00318	0.077709	0.0846