Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 90 (31%) 205 0.0089099 0.0683 0.0068899 0.0565 0.13343 0.341 0.74844 0.857 0.00036 0.00892 0.00119 0.0174 0.41495 0.637 0.00013 0.00508 0.32917 0.557 0.01254 0.085 1q gain 140 (47%) 155 6.9999e-05 0.00383 0.27305 0.494 0.10733 0.296 0.38247 0.608 0.00445 0.0428 0.0071299 0.0579 0.48642 0.69 0.00384 0.0384 0.15644 0.373 0.01029 0.0753 2p gain 64 (22%) 231 9.9999e-06 0.00137 0.01064 0.0759 0.2637 0.491 0.12038 0.317 0.01465 0.095 0.04048 0.165 0.16931 0.387 0.00076999 0.0137 0.18153 0.406 0.38817 0.616 2q gain 37 (13%) 258 0.00013 0.00508 0.16232 0.379 0.060139 0.206 0.31437 0.54 0.02019 0.113 0.00449 0.0428 0.16009 0.377 0.00249 0.028 0.15819 0.375 0.66344 0.808 3p gain 71 (24%) 224 0.51225 0.71 0.16627 0.383 0.57986 0.766 0.0066499 0.0556 0.69459 0.819 1 1 0.43413 0.65 0.58129 0.766 0.42586 0.645 0.553 0.745 3q gain 175 (59%) 120 9.9999e-06 0.00137 6.9999e-05 0.00383 0.58649 0.769 0.32011 0.547 0.00133 0.0188 3e-05 0.00224 0.35639 0.576 0.00024 0.00679 0.00325 0.0346 0.00025 0.00683 4p gain 11 (4%) 284 0.53527 0.729 0.86104 0.928 0.86115 0.928 0.20741 0.427 0.94964 0.978 0.59489 0.771 0.53803 0.73 0.60004 0.771 0.92408 0.958 0.87515 0.933 4q gain 16 (5%) 279 0.32372 0.551 0.23186 0.454 0.98134 0.995 0.62908 0.786 0.59196 0.771 0.34297 0.565 0.89632 0.945 0.33588 0.559 0.89864 0.945 0.86759 0.931 5p gain 113 (38%) 182 9.9999e-06 0.00137 0.01849 0.108 0.11185 0.301 0.83823 0.907 0.03564 0.151 0.01472 0.095 0.03396 0.149 0.0083899 0.0649 0.4981 0.7 0.02967 0.134 5q gain 44 (15%) 251 0.00192 0.0228 0.62225 0.785 0.80237 0.884 1 1 0.25729 0.485 0.7847 0.877 0.89644 0.945 0.95698 0.982 0.63474 0.789 0.87473 0.933 6p gain 52 (18%) 243 0.11932 0.317 0.02097 0.115 0.24935 0.478 0.0062099 0.0542 0.02567 0.127 0.071059 0.232 0.54538 0.738 0.03771 0.159 0.30593 0.531 0.097279 0.281 6q gain 36 (12%) 259 0.13048 0.336 0.087409 0.266 0.02195 0.116 0.091389 0.272 0.20762 0.427 0.19786 0.425 0.33784 0.559 0.19244 0.418 0.33609 0.559 0.20791 0.427 7p gain 38 (13%) 257 0.21071 0.429 0.00358 0.0372 0.0065599 0.0555 0.21135 0.429 0.02871 0.134 0.40404 0.627 5e-04 0.0108 0.094729 0.277 0.059429 0.205 0.13703 0.344 7q gain 37 (13%) 258 0.0479 0.18 0.0064899 0.0554 0.0053999 0.0481 0.13684 0.344 0.65439 0.802 0.23763 0.463 0.00089999 0.0154 0.19086 0.418 0.01058 0.0759 0.061639 0.209 8p gain 53 (18%) 242 0.77776 0.876 0.22089 0.438 0.64 0.791 0.52236 0.717 0.02225 0.117 0.073649 0.238 0.71995 0.835 0.02688 0.13 0.94064 0.971 0.02806 0.134 8q gain 91 (31%) 204 0.27024 0.492 0.01076 0.0759 0.96939 0.987 0.49895 0.7 0.01815 0.108 0.00131 0.0188 0.16637 0.383 0.0068399 0.0565 0.61624 0.781 2e-04 0.00607 9p gain 49 (17%) 246 0.64597 0.797 0.04646 0.177 0.28048 0.502 0.077449 0.246 0.33169 0.558 0.01107 0.0763 0.33189 0.558 0.01771 0.107 0.78964 0.879 0.02773 0.133 9q gain 47 (16%) 248 0.66464 0.809 5e-05 0.00342 0.57581 0.764 0.5561 0.745 0.01083 0.0759 0.00016 0.00596 0.02479 0.125 0.00307 0.0331 0.28979 0.514 0.00056999 0.0117 10p gain 25 (8%) 270 0.075769 0.243 0.76126 0.864 0.19343 0.418 0.69737 0.819 0.81745 0.893 0.47385 0.68 0.1071 0.296 0.69508 0.819 0.86403 0.929 0.31838 0.546 10q gain 17 (6%) 278 0.62314 0.785 0.55669 0.745 0.44084 0.656 0.69633 0.819 0.42415 0.645 0.19968 0.425 0.35624 0.576 0.91629 0.955 0.62546 0.786 0.7057 0.827 11p gain 9 (3%) 286 0.7642 0.865 0.56762 0.758 0.24351 0.47 0.89709 0.945 0.37691 0.6 0.15509 0.371 0.63066 0.787 0.02064 0.114 0.83228 0.902 0.8048 0.884 11q gain 8 (3%) 287 0.01909 0.11 0.69211 0.819 0.13459 0.343 0.67146 0.812 0.04675 0.177 0.0018 0.0217 0.20283 0.426 0.02344 0.12 0.26712 0.491 0.57833 0.766 12p gain 53 (18%) 242 0.24074 0.467 0.19334 0.418 0.062379 0.21 0.7213 0.835 0.0063399 0.0547 0.6685 0.81 0.7092 0.828 0.35248 0.573 0.90085 0.945 0.90001 0.945 12q gain 50 (17%) 245 0.17561 0.398 0.17665 0.399 0.10981 0.298 0.78062 0.877 0.01248 0.085 0.32924 0.557 0.92217 0.958 0.27295 0.494 1 1 0.88066 0.938 13q gain 24 (8%) 271 0.9624 0.983 0.47044 0.68 0.99191 1 0.69574 0.819 0.10094 0.285 0.04379 0.174 0.0054799 0.0483 0.067169 0.224 0.099149 0.282 0.10936 0.298 14q gain 47 (16%) 248 0.04583 0.177 0.82882 0.9 0.25344 0.48 0.22518 0.444 0.16339 0.381 1 1 0.28563 0.51 0.14743 0.362 0.49724 0.7 0.98825 0.999 15q gain 52 (18%) 243 0.10996 0.298 0.21978 0.437 0.81223 0.889 0.61487 0.78 0.78645 0.877 0.87097 0.932 0.73286 0.845 0.76167 0.864 0.60875 0.775 0.21854 0.437 16p gain 44 (15%) 251 0.0078099 0.0614 0.69278 0.819 0.74684 0.857 0.68943 0.819 0.44554 0.659 0.46729 0.677 0.098359 0.282 0.096989 0.281 0.88316 0.939 0.58255 0.766 16q gain 40 (14%) 255 0.45468 0.667 0.32041 0.547 0.59887 0.771 0.29175 0.516 0.66864 0.81 0.43165 0.649 0.093799 0.276 0.086879 0.266 0.47734 0.682 0.46588 0.676 17p gain 22 (7%) 273 0.00073999 0.0135 0.00011 0.00508 0.19567 0.422 0.973 0.989 0.080109 0.251 0.33563 0.559 0.24911 0.478 0.65143 0.8 0.077329 0.246 0.50475 0.705 17q gain 42 (14%) 253 0.01517 0.0957 0.0090399 0.0686 0.45043 0.662 0.056769 0.202 0.19157 0.418 0.39445 0.62 0.16145 0.378 0.80768 0.885 0.26882 0.491 0.78389 0.877 18p gain 49 (17%) 246 0.03438 0.149 0.35461 0.576 0.46352 0.675 0.76488 0.865 0.04019 0.165 0.16381 0.381 0.92173 0.958 0.28796 0.512 0.7849 0.877 0.68902 0.819 18q gain 32 (11%) 263 0.13251 0.34 0.50482 0.705 0.4341 0.65 0.22035 0.437 0.0014 0.0195 0.2526 0.479 0.33649 0.559 0.33789 0.559 0.42792 0.647 0.39567 0.62 19p gain 44 (15%) 251 0.01668 0.104 0.66136 0.807 0.60458 0.771 0.98681 0.999 0.58682 0.769 0.20505 0.427 0.93589 0.968 0.19153 0.418 0.63442 0.789 0.59325 0.771 19q gain 72 (24%) 223 9.9999e-06 0.00137 0.16563 0.383 0.95904 0.983 0.7834 0.877 0.12604 0.326 0.04326 0.174 0.68005 0.815 0.095999 0.279 0.81613 0.892 0.79965 0.884 20p gain 100 (34%) 195 0.00073999 0.0135 0.00495 0.0446 0.37473 0.598 0.0072999 0.0581 0.091799 0.272 0.065719 0.221 0.051269 0.189 0.10069 0.285 0.65909 0.805 0.59433 0.771 20q gain 115 (39%) 180 0.00476 0.0437 0.14276 0.355 0.0048 0.0437 0.00244 0.0278 0.41119 0.634 0.055019 0.197 0.46324 0.675 0.03448 0.149 0.80574 0.884 0.34314 0.565 21q gain 37 (13%) 258 0.35656 0.576 0.35002 0.573 0.97575 0.99 0.71729 0.834 0.01706 0.105 0.35836 0.577 0.75291 0.86 0.75896 0.864 0.92379 0.958 0.60274 0.771 22q gain 29 (10%) 266 0.14868 0.363 0.75696 0.863 0.82864 0.9 0.58164 0.766 0.00017 0.00606 0.24994 0.478 0.7771 0.876 0.33059 0.558 0.14691 0.362 0.96127 0.983 xp gain 42 (14%) 253 0.02777 0.133 0.12315 0.322 0.70768 0.828 0.35234 0.573 0.12537 0.326 0.067609 0.224 0.6014 0.771 0.16885 0.387 0.37251 0.595 0.15875 0.375 xq gain 42 (14%) 253 0.02152 0.115 0.03455 0.149 0.44825 0.661 0.42944 0.647 0.32215 0.549 0.2267 0.445 0.26777 0.491 0.20066 0.426 0.30613 0.531 0.27785 0.5 1p loss 13 (4%) 282 0.054069 0.195 0.069859 0.229 0.47283 0.68 0.40026 0.624 0.00049 0.0108 0.01942 0.111 0.13564 0.343 0.19929 0.425 0.44378 0.658 0.67429 0.814 1q loss 9 (3%) 286 0.02109 0.115 0.24955 0.478 0.52102 0.717 0.6827 0.817 0.04135 0.168 0.15431 0.37 0.091819 0.272 0.43961 0.655 0.47408 0.68 0.73872 0.85 2p loss 19 (6%) 276 0.65619 0.803 0.64727 0.797 0.55708 0.745 0.25943 0.487 0.27051 0.492 0.18077 0.405 0.52089 0.717 0.21423 0.434 0.50837 0.708 0.34711 0.569 2q loss 35 (12%) 260 0.80388 0.884 0.32858 0.557 0.44886 0.661 0.43216 0.649 0.0092399 0.0695 0.04796 0.18 0.14773 0.362 0.0214 0.115 0.86452 0.929 0.20481 0.427 3p loss 82 (28%) 213 0.60302 0.771 0.00036 0.00892 0.82997 0.9 0.057989 0.203 0.03097 0.139 0.00056999 0.0117 0.0258 0.127 0.0037 0.0379 0.00235 0.0271 0.00103 0.0164 3q loss 14 (5%) 281 0.30326 0.53 0.03938 0.164 0.91669 0.955 0.02886 0.134 0.02052 0.114 0.42417 0.645 0.074429 0.239 0.37233 0.595 0.25861 0.486 0.15144 0.364 4p loss 131 (44%) 164 9.9999e-06 0.00137 0.081559 0.254 0.47087 0.68 1 1 0.00462 0.0435 0.00174 0.0217 0.39226 0.618 0.00081999 0.0143 1 1 0.00047 0.0107 4q loss 93 (32%) 202 9.9999e-06 0.00137 0.48157 0.686 0.15697 0.373 0.87063 0.932 0.095259 0.278 0.01306 0.0878 0.96148 0.983 0.052129 0.191 0.055209 0.197 0.6682 0.81 5p loss 19 (6%) 276 0.71829 0.834 0.4586 0.672 0.62256 0.785 0.55452 0.745 0.88601 0.941 0.73378 0.845 0.60019 0.771 0.59037 0.771 0.6863 0.819 0.10964 0.298 5q loss 51 (17%) 244 0.00173 0.0217 0.71468 0.832 0.40046 0.624 0.44252 0.657 0.39177 0.618 0.87394 0.933 0.02904 0.134 0.26564 0.491 0.42873 0.647 0.04426 0.175 6p loss 47 (16%) 248 0.15114 0.364 0.03986 0.165 0.75217 0.86 0.27743 0.5 0.27493 0.497 0.02858 0.134 0.44843 0.661 0.12143 0.319 0.89687 0.945 0.12341 0.322 6q loss 74 (25%) 221 0.00468 0.0436 0.0078599 0.0614 0.90534 0.948 0.60255 0.771 0.18021 0.405 0.02917 0.134 0.21004 0.428 0.03523 0.15 0.24001 0.466 0.16132 0.378 7p loss 26 (9%) 269 0.04642 0.177 0.26125 0.489 0.42494 0.645 0.093279 0.275 0.03996 0.165 0.25101 0.478 0.21713 0.436 0.8246 0.898 0.55631 0.745 0.053199 0.194 7q loss 37 (13%) 258 0.098159 0.282 0.17059 0.389 0.01534 0.096 0.073569 0.238 0.3369 0.559 0.21928 0.437 0.14498 0.358 0.25522 0.482 0.5712 0.76 0.57489 0.764 8p loss 82 (28%) 213 0.00012 0.00508 0.10787 0.297 0.22649 0.445 0.22209 0.439 0.01928 0.111 0.31091 0.536 0.01832 0.108 0.04491 0.176 0.01104 0.0763 0.069559 0.229 8q loss 24 (8%) 271 0.12615 0.326 0.00011 0.00508 0.1977 0.425 0.04299 0.174 0.00012 0.00508 5.9999e-05 0.00378 0.01715 0.105 0.00022 0.00644 0.46247 0.675 0.00148 0.0202 9p loss 54 (18%) 241 0.00177 0.0217 0.69162 0.819 0.18747 0.417 0.48061 0.685 0.50895 0.708 0.59077 0.771 0.92703 0.96 0.95245 0.979 0.051549 0.19 0.79908 0.884 9q loss 51 (17%) 244 0.00019 0.00607 0.04439 0.175 0.2009 0.426 0.49377 0.697 0.090069 0.27 0.068969 0.228 0.47159 0.68 0.43645 0.652 0.00176 0.0217 0.17804 0.401 10p loss 66 (22%) 229 0.00037 0.00892 0.41213 0.634 0.058329 0.203 0.97311 0.989 0.20622 0.427 0.53093 0.726 0.71092 0.829 0.60218 0.771 0.11059 0.298 0.74029 0.85 10q loss 74 (25%) 221 0.00073999 0.0135 0.47611 0.681 0.058919 0.204 0.96374 0.983 0.073399 0.238 0.25128 0.478 0.76098 0.864 0.13617 0.344 0.24288 0.47 0.55729 0.745 11p loss 100 (34%) 195 0.0015 0.0202 0.30471 0.53 0.34588 0.568 0.02601 0.127 0.03248 0.144 0.086239 0.265 0.63423 0.789 0.061679 0.209 0.9488 0.978 0.21535 0.434 11q loss 115 (39%) 180 2e-05 0.00205 0.39928 0.624 0.63987 0.791 0.29299 0.517 0.03501 0.15 0.087689 0.266 0.72281 0.836 0.0072699 0.0581 0.80452 0.884 0.46568 0.676 12p loss 40 (14%) 255 0.02295 0.119 0.01422 0.0933 3e-04 0.00794 0.00067999 0.0133 0.061029 0.209 0.48916 0.693 0.26706 0.491 0.8023 0.884 0.3074 0.532 0.20357 0.427 12q loss 15 (5%) 280 0.36319 0.584 0.04352 0.174 0.6775 0.815 0.80255 0.884 0.69365 0.819 0.41046 0.634 0.19284 0.418 0.53313 0.727 0.23743 0.463 0.90904 0.951 13q loss 80 (27%) 215 0.00099999 0.0164 0.03028 0.136 0.078429 0.247 0.11991 0.317 0.01745 0.106 0.04529 0.177 0.10162 0.285 0.00343 0.0361 0.63775 0.791 0.10622 0.296 14q loss 35 (12%) 260 0.00099999 0.0164 0.081929 0.254 0.52765 0.724 0.088969 0.268 0.090209 0.27 0.13834 0.346 0.85054 0.919 0.099219 0.282 0.01506 0.0957 0.62669 0.786 15q loss 47 (16%) 248 0.058059 0.203 0.89472 0.945 0.02179 0.116 0.68014 0.815 0.21554 0.434 0.5926 0.771 0.29666 0.521 0.51191 0.71 0.26458 0.491 0.69392 0.819 16p loss 34 (12%) 261 0.10122 0.285 0.03246 0.144 0.067349 0.224 0.38937 0.616 0.02846 0.134 0.18818 0.417 0.41016 0.634 0.0099699 0.0737 0.054109 0.195 0.19872 0.425 16q loss 44 (15%) 251 0.14351 0.356 0.00375 0.038 0.02319 0.12 0.10684 0.296 0.00174 0.0217 0.00108 0.0167 0.0093999 0.0701 0.00116 0.0173 0.087949 0.266 0.01409 0.0932 17p loss 95 (32%) 200 0.00113 0.0172 0.16663 0.383 0.40344 0.627 0.58015 0.766 0.057059 0.202 0.055139 0.197 0.14032 0.35 0.058249 0.203 0.53944 0.731 0.29507 0.519 17q loss 37 (13%) 258 0.17493 0.397 0.04668 0.177 0.48513 0.689 0.35065 0.573 0.26608 0.491 0.13078 0.336 0.050559 0.188 0.33433 0.559 0.56869 0.758 0.19063 0.418 18p loss 55 (19%) 240 0.39274 0.618 0.078049 0.247 0.28616 0.51 0.20476 0.427 0.01058 0.0759 0.03809 0.159 0.42192 0.645 0.03475 0.149 0.30041 0.526 0.15003 0.364 18q loss 73 (25%) 222 0.61938 0.784 0.00067999 0.0133 0.10329 0.289 0.20649 0.427 3e-05 0.00224 0.00104 0.0164 0.082299 0.255 0.00018 0.00607 0.079579 0.25 0.01892 0.11 19p loss 60 (20%) 235 2e-05 0.00205 0.00047 0.0107 0.62874 0.786 0.27993 0.502 0.00155 0.0205 0.00258 0.0286 0.02965 0.134 2e-04 0.00607 0.04928 0.184 0.01502 0.0957 19q loss 29 (10%) 266 0.21891 0.437 0.18513 0.413 0.42552 0.645 0.51335 0.71 0.3085 0.533 0.41139 0.634 0.26871 0.491 0.10897 0.298 0.20145 0.426 0.02596 0.127 20p loss 23 (8%) 272 0.78785 0.878 0.11754 0.313 0.01378 0.0919 0.95217 0.979 0.02294 0.119 0.083429 0.257 0.11363 0.304 0.14915 0.363 0.13497 0.343 0.36664 0.588 20q loss 10 (3%) 285 0.50908 0.708 0.20977 0.428 0.03376 0.149 0.70499 0.827 0.49102 0.694 0.19075 0.418 1 1 0.64865 0.797 1 1 0.51574 0.712 21q loss 49 (17%) 246 3e-05 0.00224 0.04806 0.18 0.53777 0.73 0.02462 0.125 0.01786 0.107 0.00398 0.0393 0.3047 0.53 0.02554 0.127 0.52953 0.725 0.77161 0.872 22q loss 71 (24%) 224 0.00227 0.0266 0.7297 0.843 0.67859 0.815 0.11452 0.306 0.29131 0.516 0.01963 0.111 0.91128 0.952 0.20863 0.428 0.62805 0.786 0.79479 0.883 xp loss 63 (21%) 232 0.00443 0.0428 0.00265 0.029 0.49968 0.7 0.82241 0.897 0.61298 0.779 0.88888 0.943 0.02495 0.126 0.26795 0.491 0.02108 0.115 0.26408 0.491 xq loss 59 (20%) 236 0.04579 0.177 0.20227 0.426 0.64046 0.791 0.67628 0.815 0.60367 0.771 0.78236 0.877 0.1505 0.364 0.89881 0.945 0.0286 0.134 0.42428 0.645