Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p31.3 96 (33%) 199 0.00086999 0.00589 0.26135 0.391 0.19867 0.323 0.71181 0.794 0.02975 0.0844 0.00123 0.00752 0.33857 0.472 0.00107 0.00687 0.54756 0.669 0.28486 0.417 amp_1q21.3 158 (54%) 137 9.9999e-06 0.000233 0.56771 0.685 0.10087 0.201 0.24652 0.375 0.04799 0.118 0.0099999 0.0382 0.98814 0.994 0.00085999 0.00589 0.79261 0.858 0.053999 0.13 amp_1q44 152 (52%) 143 9.9999e-06 0.000233 0.24999 0.378 0.19815 0.323 0.31995 0.456 0.0085199 0.0342 0.0063699 0.0271 0.85431 0.9 0.00156 0.00945 0.43333 0.564 0.02054 0.0647 amp_2p24.3 79 (27%) 216 3e-05 0.000472 0.0064599 0.0273 0.68975 0.78 0.054179 0.13 0.13393 0.249 0.04333 0.111 0.069829 0.159 7.9999e-05 0.00105 0.11039 0.218 0.11584 0.225 amp_2q33.1 41 (14%) 254 5e-05 7e-04 0.04554 0.114 0.50474 0.631 0.44461 0.572 0.00019 0.0021 0.054129 0.13 0.30533 0.44 0.0073599 0.0307 0.32429 0.46 0.82147 0.877 amp_3q26.31 227 (77%) 68 9.9999e-06 0.000233 5e-05 7e-04 0.089359 0.186 0.88485 0.92 0.00044 0.0038 2e-05 0.000382 0.31011 0.446 9.9999e-06 0.000233 0.053289 0.129 0.00023 0.00246 amp_3q28 224 (76%) 71 9.9999e-06 0.000233 2e-05 0.000382 0.067089 0.156 0.85667 0.901 0.00199 0.0115 9.9999e-06 0.000233 0.30049 0.435 9.9999e-06 0.000233 0.03369 0.0903 0.00012 0.00143 amp_4q12 21 (7%) 274 0.87996 0.918 0.19985 0.324 0.03594 0.0951 0.43233 0.564 0.68795 0.78 0.88945 0.922 1 1 0.37077 0.505 0.39818 0.531 0.11164 0.22 amp_5p15.33 138 (47%) 157 9.9999e-06 0.000233 0.0056199 0.0244 0.1762 0.303 0.37102 0.505 0.00428 0.0204 0.00496 0.0223 0.0050199 0.0223 0.00069999 0.00525 0.19434 0.321 0.01507 0.051 amp_6p21.33 82 (28%) 213 0.00036 0.00329 0.12002 0.231 0.3254 0.461 0.061589 0.146 0.02154 0.0668 0.1608 0.283 0.72228 0.801 0.01531 0.0513 0.41983 0.551 0.68718 0.78 amp_7p11.2 52 (18%) 243 0.00014 0.00157 0.00049 0.00401 0.00261 0.0139 0.0086399 0.0343 0.01449 0.0499 0.065689 0.154 0.00028 0.00285 0.088449 0.185 0.02837 0.0816 0.01516 0.0511 amp_8q24.21 127 (43%) 168 0.25581 0.384 0.1291 0.244 0.62513 0.725 0.14532 0.265 0.45137 0.579 0.03733 0.0973 0.087249 0.184 0.10032 0.201 0.01972 0.0631 0.00059999 0.00461 amp_9p24.1 63 (21%) 232 0.34274 0.477 0.14054 0.259 0.065709 0.154 0.01242 0.0445 0.2965 0.431 0.03238 0.0887 0.6428 0.738 0.070439 0.159 0.11804 0.229 0.17958 0.306 amp_11p12 23 (8%) 272 0.52927 0.653 0.25357 0.381 0.132 0.247 0.86538 0.909 0.36416 0.499 0.29714 0.431 0.45513 0.583 0.069329 0.159 0.56009 0.679 0.70586 0.788 amp_11q13.3 41 (14%) 254 0.00032 0.00315 0.02403 0.0717 0.00168 0.0101 0.03187 0.0877 0.01409 0.0488 8.9999e-05 0.00113 0.01704 0.0562 2e-05 0.000382 0.37288 0.506 0.31978 0.456 amp_11q22.1 47 (16%) 248 0.00034 0.00315 3e-05 0.000472 0.00077999 0.00558 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 0.00056999 0.00443 9.9999e-06 0.000233 0.073189 0.164 0.00327 0.0167 amp_13q22.1 65 (22%) 230 0.19642 0.321 0.0074399 0.0308 0.33719 0.471 0.52131 0.647 0.3184 0.456 0.74126 0.815 0.75501 0.826 0.42884 0.561 0.35489 0.489 0.63999 0.737 amp_13q34 69 (23%) 226 0.03365 0.0903 0.098239 0.197 0.32803 0.462 0.58742 0.698 0.60563 0.711 0.61661 0.721 0.76327 0.832 0.77154 0.839 0.58551 0.698 0.47035 0.595 amp_15q26.1 76 (26%) 219 0.088639 0.185 0.37775 0.511 0.85282 0.9 0.32656 0.461 0.71475 0.796 0.5929 0.701 0.54729 0.669 0.60517 0.711 0.47168 0.595 0.38969 0.524 amp_16p13.13 65 (22%) 230 0.24283 0.371 0.54411 0.668 0.12196 0.234 0.88614 0.92 0.215 0.341 0.37782 0.511 0.30087 0.435 0.22242 0.35 0.61531 0.721 0.45946 0.586 amp_17q12 55 (19%) 240 0.0050199 0.0223 0.00356 0.0177 0.41282 0.545 0.03827 0.0988 0.00444 0.021 0.00328 0.0167 0.0294 0.0842 0.03317 0.0901 0.02011 0.064 0.04519 0.114 amp_17q25.1 74 (25%) 221 0.00072999 0.00535 0.0172 0.0564 0.96381 0.976 0.078559 0.173 0.01228 0.0442 0.50707 0.633 0.15675 0.279 0.94265 0.963 0.26367 0.393 0.77639 0.842 amp_19p13.3 39 (13%) 256 0.35585 0.489 0.02335 0.0704 0.41166 0.545 0.59112 0.7 0.1779 0.305 0.00097999 0.00636 0.51439 0.639 0.01822 0.0592 0.44252 0.571 0.15541 0.277 amp_19p13.2 43 (15%) 252 0.79659 0.86 0.1837 0.31 0.02173 0.0671 0.58446 0.698 0.66259 0.755 0.080909 0.176 0.69737 0.783 0.096859 0.195 0.92707 0.954 0.27782 0.408 amp_19q13.13 93 (32%) 202 9.9999e-06 0.000233 0.20917 0.334 0.86956 0.911 0.25344 0.381 0.39215 0.526 0.43643 0.565 0.65605 0.749 0.2704 0.4 0.87941 0.918 0.84937 0.899 amp_20q11.21 135 (46%) 160 0.00033 0.00315 0.02522 0.0749 0.00231 0.0129 0.00361 0.0178 0.066159 0.154 0.03774 0.0978 0.1838 0.31 0.03405 0.0909 0.68079 0.774 0.18754 0.313 amp_21q22.13 48 (16%) 247 0.22078 0.349 0.57497 0.691 0.92982 0.956 0.7982 0.86 0.062309 0.147 0.44458 0.572 0.88454 0.92 0.8349 0.888 0.80258 0.863 0.47185 0.595 amp_xq28 75 (25%) 220 0.622 0.723 0.57464 0.691 0.19625 0.321 0.91071 0.941 0.75195 0.824 0.55847 0.678 0.00096999 0.00636 0.16762 0.293 0.02326 0.0704 0.070539 0.159 del_1p36.23 40 (14%) 255 0.00070999 0.00526 0.00462 0.0214 0.0088399 0.0348 0.094809 0.192 0.00045 0.00383 3e-05 0.000472 0.17152 0.297 0.00012 0.00143 0.12663 0.24 0.02313 0.0704 del_1p13.2 34 (12%) 261 0.059009 0.14 0.0045 0.0212 0.40701 0.542 0.26162 0.391 2e-05 0.000382 0.069709 0.159 0.01041 0.039 0.17671 0.303 0.6381 0.736 0.02701 0.0781 del_2q22.1 65 (22%) 230 0.58669 0.698 0.39813 0.531 0.21972 0.348 0.72221 0.801 0.0134 0.0474 0.11596 0.225 0.96825 0.979 0.17909 0.306 0.60184 0.709 0.077589 0.172 del_2q37.1 129 (44%) 166 0.00386 0.0186 0.00034 0.00315 0.00118 0.00729 0.10725 0.213 4e-05 0.000615 9.9999e-06 0.000233 0.01494 0.0509 0.00117 0.00729 0.086359 0.183 3e-05 0.000472 del_3p14.2 134 (45%) 161 3e-05 0.000472 3e-05 0.000472 0.93515 0.96 0.0465 0.116 0.00199 0.0115 5e-05 7e-04 0.0090699 0.0355 0.00049 0.00401 0.00219 0.0124 0.00012 0.00143 del_4q21.3 103 (35%) 192 9.9999e-06 0.000233 0.38988 0.524 0.42167 0.552 0.80401 0.863 0.0114 0.0418 0.0051299 0.0226 0.4861 0.609 0.2362 0.366 0.56132 0.679 0.32975 0.464 del_4q22.1 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000233 0.23466 0.364 0.091689 0.188 0.87012 0.911 0.02308 0.0704 0.01027 0.039 0.63346 0.732 0.04409 0.112 0.22724 0.356 0.41285 0.545 del_4q35.2 114 (39%) 181 9.9999e-06 0.000233 0.20785 0.333 0.068159 0.157 0.99773 1 0.0086599 0.0343 0.00254 0.0138 0.38137 0.514 0.12099 0.232 0.41287 0.545 0.084819 0.182 del_5q12.1 76 (26%) 219 2e-05 0.000382 0.92562 0.954 0.10898 0.216 0.02954 0.0842 0.41842 0.55 0.93879 0.962 0.02104 0.0659 0.34619 0.479 0.81794 0.875 0.03004 0.0849 del_5q35.2 71 (24%) 224 0.00023 0.00246 0.96136 0.975 0.43525 0.564 0.54603 0.669 0.84314 0.894 0.8389 0.891 0.0309 0.0856 0.55594 0.676 0.48245 0.605 0.12897 0.244 del_6p24.2 46 (16%) 249 0.28567 0.417 0.088109 0.185 0.19244 0.319 0.18473 0.31 0.11844 0.229 0.04153 0.107 0.28609 0.417 0.02556 0.0752 0.17331 0.299 0.087949 0.185 del_6q26 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000233 0.00191 0.0112 0.79683 0.86 0.74883 0.822 0.2697 0.4 0.084359 0.182 0.31905 0.456 0.32052 0.456 0.18221 0.309 0.2307 0.359 del_7q34 60 (20%) 235 0.00078999 0.00559 0.2722 0.401 0.72595 0.802 0.46233 0.588 0.83001 0.885 0.69572 0.783 0.69289 0.782 0.46899 0.594 0.73926 0.814 0.59863 0.706 del_8p23.3 104 (35%) 191 9.9999e-06 0.000233 0.0306 0.0853 0.36923 0.505 0.092309 0.189 0.00046 0.00386 0.02533 0.0749 0.072889 0.163 0.01763 0.0575 0.03345 0.0903 0.1928 0.319 del_8p23.1 97 (33%) 198 6.9999e-05 0.000938 0.01596 0.053 0.52847 0.653 0.091279 0.188 0.00304 0.016 0.15924 0.281 0.02397 0.0717 0.02205 0.0678 0.0095399 0.0369 0.083239 0.181 del_10q23.31 86 (29%) 209 0.0077099 0.0317 0.51198 0.637 0.18313 0.31 0.76206 0.832 0.04542 0.114 0.33249 0.465 0.94583 0.964 0.24188 0.371 0.85041 0.899 0.58594 0.698 del_11p15.1 102 (35%) 193 0.00096999 0.00636 0.17038 0.296 0.23084 0.359 0.0092299 0.0359 0.03061 0.0853 0.01918 0.0616 0.26547 0.394 0.077139 0.171 0.9869 0.994 0.14412 0.263 del_11q23.3 162 (55%) 133 9.9999e-06 0.000233 0.14755 0.267 0.14775 0.267 0.13304 0.248 0.04346 0.111 0.00379 0.0184 0.8121 0.87 0.00247 0.0135 0.11484 0.225 0.0061699 0.0264 del_11q25 160 (54%) 135 9.9999e-06 0.000233 0.16413 0.287 0.22664 0.356 0.1881 0.313 0.03465 0.0921 0.00466 0.0214 0.53096 0.653 0.0058199 0.0251 0.074549 0.166 0.0082999 0.0337 del_13q12.11 98 (33%) 197 0.00258 0.0139 0.00079999 0.0056 0.02145 0.0668 0.092589 0.189 0.01149 0.0418 0.00027 0.00279 0.00183 0.0109 0.00458 0.0214 0.24863 0.377 0.00243 0.0134 del_13q14.2 118 (40%) 177 0.0038 0.0184 0.00097999 0.00636 0.13719 0.254 0.62123 0.723 0.00108 0.00687 0.0023 0.0129 0.0147 0.0503 5e-04 0.00404 0.078829 0.173 0.00319 0.0166 del_14q32.31 50 (17%) 245 5e-05 7e-04 0.069239 0.159 0.21463 0.341 0.0078699 0.0322 0.01388 0.0483 0.0096399 0.037 0.23834 0.368 0.02603 0.0759 0.090789 0.188 0.13031 0.244 del_15q21.1 70 (24%) 225 8.9999e-05 0.00113 0.24186 0.371 0.21116 0.337 0.55236 0.673 0.11276 0.221 0.04709 0.116 0.01065 0.0395 0.033 0.09 0.01872 0.0605 0.0495 0.121 del_16q11.2 53 (18%) 242 0.20204 0.326 0.00215 0.0123 0.15036 0.271 0.15482 0.277 0.03631 0.0957 0.01041 0.039 0.01132 0.0417 0.01052 0.0392 0.20115 0.326 0.01358 0.0478 del_16q23.1 55 (19%) 240 0.01287 0.0458 0.00075999 0.0055 0.16337 0.287 0.18913 0.314 4e-04 0.00355 0.00034 0.00315 0.02586 0.0758 0.00063999 0.00486 0.04956 0.121 0.00336 0.0168 del_17p12 109 (37%) 186 0.00051999 0.00409 0.083589 0.181 0.15332 0.275 0.7236 0.801 0.14856 0.268 0.27138 0.4 0.19623 0.321 0.20275 0.327 0.62204 0.723 0.77233 0.839 del_17q25.3 51 (17%) 244 0.33141 0.465 0.00027 0.00279 0.00039 0.00351 0.95237 0.969 3e-05 0.000472 0.00116 0.00729 0.00333 0.0168 0.00086999 0.00589 0.41822 0.55 0.0053999 0.0236 del_18q21.2 82 (28%) 213 0.13768 0.254 6.9999e-05 0.000938 0.03737 0.0973 0.055679 0.133 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 0.01597 0.053 9.9999e-06 0.000233 0.03736 0.0973 0.00301 0.0159 del_19p13.3 105 (36%) 190 9.9999e-06 0.000233 9.9999e-06 0.000233 0.6976 0.783 0.086389 0.183 0.00013 0.00152 9.9999e-06 0.000233 0.01384 0.0483 2e-05 0.000382 0.04745 0.117 0.04701 0.116 del_19q13.33 38 (13%) 257 0.63032 0.73 0.047 0.116 0.53094 0.653 0.59031 0.7 0.14333 0.262 0.18435 0.31 0.096559 0.195 0.17023 0.296 0.072189 0.162 0.15847 0.28 del_20p12.1 36 (12%) 259 0.58079 0.697 0.02613 0.0759 0.02028 0.0642 0.12509 0.238 0.0071499 0.03 0.12523 0.238 0.079029 0.173 0.14304 0.262 0.089969 0.186 0.36215 0.497 del_21q11.2 58 (20%) 237 0.00031 0.0031 0.20325 0.327 0.34602 0.479 0.0047 0.0215 0.084769 0.182 0.0085099 0.0342 0.47369 0.596 0.23066 0.359 0.43489 0.564 1 1 del_22q13.32 88 (30%) 207 0.00494 0.0223 0.45805 0.585 0.46333 0.588 0.70484 0.788 0.35298 0.488 0.03028 0.0852 0.97299 0.982 0.65666 0.749 1 1 0.90594 0.937 del_xp11.3 72 (24%) 223 0.00051999 0.00409 0.00042 0.00367 0.64141 0.737 0.65345 0.749 0.093219 0.189 0.24455 0.373 0.00014 0.00157 0.03098 0.0856 0.00324 0.0167 0.15792 0.28 del_xq21.33 60 (20%) 235 0.13028 0.244 0.067299 0.156 0.24202 0.371 0.01185 0.0429 0.94037 0.962 0.73175 0.807 0.2469 0.375 0.95327 0.969 0.085349 0.182 0.70322 0.788