Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 37 (20%) 147 0.65338 0.796 0.22867 0.427 0.69499 0.822 0.19611 0.387 0.90887 0.952 0.77639 0.885 1 1 0.88333 0.936 0.45175 0.637 0.96588 0.989 1q gain 63 (34%) 121 0.062019 0.181 0.20598 0.401 0.45522 0.639 0.092569 0.233 0.82506 0.907 0.44479 0.634 0.38495 0.578 0.48797 0.664 0.5012 0.674 0.62573 0.775 2p gain 61 (33%) 123 0.01276 0.0671 0.03142 0.119 0.13516 0.289 0.089529 0.228 0.092809 0.233 0.091479 0.232 0.0368 0.131 0.33796 0.538 0.00289 0.0221 0.50606 0.678 2q gain 46 (25%) 138 0.26492 0.468 0.071029 0.198 0.082989 0.218 0.27159 0.477 0.52983 0.699 0.10398 0.249 0.48252 0.661 0.77018 0.881 0.25852 0.462 0.88714 0.939 3p gain 31 (17%) 153 0.30629 0.511 0.44392 0.634 0.74686 0.863 0.75776 0.87 0.41355 0.603 0.31141 0.514 0.77799 0.885 0.61111 0.764 0.85887 0.919 0.61595 0.769 3q gain 77 (42%) 107 9.9999e-06 0.000456 0.02042 0.0935 0.59498 0.752 0.25897 0.462 0.22937 0.427 0.082789 0.218 0.30528 0.511 0.23965 0.439 0.16451 0.338 0.40837 0.599 4p gain 19 (10%) 165 0.52852 0.699 0.85744 0.919 0.17085 0.348 0.31186 0.514 0.62322 0.774 0.68885 0.817 1 1 0.95645 0.984 0.98035 0.997 1 1 4q gain 18 (10%) 166 0.084589 0.22 0.32619 0.527 0.00487 0.0327 0.03251 0.121 0.19638 0.387 0.12352 0.274 0.31225 0.514 0.54318 0.709 0.56047 0.721 0.49124 0.666 5p gain 76 (41%) 108 3e-05 0.000683 0.02776 0.111 0.49984 0.673 0.1309 0.286 0.02331 0.1 0.01173 0.0629 0.01303 0.0676 0.03285 0.121 0.051279 0.163 0.0161 0.0791 5q gain 20 (11%) 164 0.40736 0.599 0.77949 0.885 0.49445 0.669 0.66975 0.805 0.13434 0.289 0.83808 0.911 0.69949 0.825 0.98695 1 0.75183 0.866 0.79382 0.892 6p gain 38 (21%) 146 0.24167 0.441 0.36654 0.565 0.11951 0.27 0.22602 0.426 0.48761 0.664 0.2696 0.475 0.25293 0.456 0.10451 0.249 0.11618 0.264 0.02959 0.115 6q gain 33 (18%) 151 0.23518 0.432 0.32938 0.531 0.073019 0.202 0.23511 0.432 0.60859 0.763 0.24487 0.443 0.37717 0.573 0.28489 0.488 0.14777 0.31 0.083569 0.218 7p gain 110 (60%) 74 0.34655 0.546 0.23622 0.433 0.30623 0.511 0.30118 0.509 0.052179 0.163 0.17797 0.357 0.074979 0.206 0.21029 0.408 0.55626 0.718 0.10761 0.254 7q gain 89 (48%) 95 0.66622 0.805 0.28972 0.491 0.54986 0.713 0.45143 0.637 0.80693 0.901 0.30536 0.511 0.42374 0.61 0.7462 0.863 0.83609 0.911 0.12214 0.271 8p gain 68 (37%) 116 0.31392 0.515 0.53811 0.707 1 1 0.84694 0.915 0.67034 0.805 0.060719 0.179 0.37102 0.571 0.83271 0.911 0.55523 0.718 0.74131 0.86 8q gain 101 (55%) 83 0.46618 0.65 0.28678 0.488 0.94111 0.971 0.13429 0.289 0.78493 0.887 0.4123 0.603 0.28927 0.491 0.72594 0.848 0.91269 0.953 0.97761 0.997 9p gain 16 (9%) 168 0.79776 0.895 0.48044 0.661 0.23522 0.432 0.03903 0.137 0.063719 0.184 0.4809 0.661 0.56558 0.727 0.18567 0.37 0.58707 0.746 0.46757 0.651 9q gain 33 (18%) 151 0.39549 0.586 0.25915 0.462 0.0064699 0.0402 0.63283 0.782 0.34247 0.543 0.41627 0.605 0.38509 0.578 0.02957 0.115 0.67341 0.806 0.080729 0.216 10p gain 40 (22%) 144 0.03618 0.131 0.02768 0.111 0.35429 0.555 0.45707 0.641 0.0247 0.104 0.076929 0.208 0.12086 0.27 0.21386 0.411 0.056399 0.172 0.076749 0.208 10q gain 30 (16%) 154 0.01524 0.0757 0.03163 0.119 0.82509 0.907 0.84785 0.915 0.054939 0.169 0.059189 0.178 0.079989 0.214 0.070339 0.197 0.051419 0.163 0.02177 0.0969 11p gain 39 (21%) 145 0.64447 0.791 0.91511 0.955 1 1 0.93497 0.97 0.72814 0.848 0.63011 0.779 0.34707 0.546 0.32048 0.521 0.87358 0.928 0.47908 0.661 11q gain 29 (16%) 155 0.28666 0.488 0.31258 0.514 0.84472 0.915 0.74953 0.864 0.088299 0.226 0.10283 0.247 0.04811 0.158 0.17742 0.357 0.081539 0.217 0.077499 0.209 12p gain 58 (32%) 126 0.02369 0.101 0.00411 0.0293 0.31987 0.521 0.055119 0.169 0.00391 0.0284 0.00262 0.0215 0.0057099 0.0364 0.00312 0.0235 0.00284 0.0221 0.0093099 0.0523 12q gain 38 (21%) 146 0.1732 0.351 0.32458 0.526 0.9797 0.997 0.47893 0.661 0.39816 0.587 0.62548 0.775 0.38991 0.58 0.45209 0.637 0.26444 0.468 0.25909 0.462 13q gain 43 (23%) 141 0.00237 0.02 9.9999e-06 0.000456 0.2208 0.422 0.11044 0.258 5e-05 0.00102 2e-05 0.000586 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000683 0.00014 0.0023 9.9999e-06 0.000456 14q gain 48 (26%) 136 0.03517 0.128 0.083489 0.218 0.02806 0.111 0.22826 0.427 0.051509 0.163 0.02198 0.0969 0.03816 0.135 0.03635 0.131 0.13817 0.294 0.053319 0.166 15q gain 30 (16%) 154 0.38647 0.578 0.27756 0.483 0.53039 0.699 0.22777 0.427 0.36087 0.562 0.050509 0.163 0.45259 0.637 0.37225 0.572 0.31785 0.52 0.36221 0.562 16p gain 41 (22%) 143 0.00415 0.0293 0.096269 0.237 0.13478 0.289 0.14473 0.305 0.01986 0.092 0.00359 0.0265 0.02552 0.107 0.0362 0.131 0.083309 0.218 0.058629 0.177 16q gain 38 (21%) 146 0.00073999 0.00798 0.02801 0.111 0.083569 0.218 0.01707 0.0819 0.00315 0.0235 0.01339 0.0691 0.01211 0.0645 0.0067399 0.0414 0.00287 0.0221 0.0067799 0.0414 17p gain 33 (18%) 151 0.052169 0.163 0.03018 0.116 0.84822 0.915 0.41476 0.604 0.04634 0.153 0.051639 0.163 0.3666 0.565 0.45292 0.637 0.54138 0.708 0.55395 0.718 17q gain 45 (24%) 139 0.14122 0.298 0.21082 0.408 0.964 0.988 0.61679 0.769 0.52079 0.694 0.060219 0.179 0.8572 0.919 0.93646 0.97 0.99205 1 0.63404 0.782 18p gain 50 (27%) 134 0.061449 0.181 0.37533 0.573 0.41958 0.606 0.66996 0.805 0.3361 0.536 0.33107 0.532 0.02253 0.0988 0.87081 0.926 0.93656 0.97 0.8126 0.905 18q gain 26 (14%) 158 0.73988 0.859 0.81486 0.905 0.68694 0.816 0.44621 0.634 0.52394 0.696 0.90968 0.952 0.3957 0.586 0.30638 0.511 0.3839 0.578 0.22615 0.426 19p gain 28 (15%) 156 0.4281 0.613 0.28309 0.487 0.48626 0.664 0.20396 0.399 1 1 0.72982 0.849 0.38354 0.578 0.90604 0.952 0.54068 0.708 0.49612 0.669 19q gain 38 (21%) 146 0.098919 0.241 0.14078 0.298 0.33503 0.536 0.01677 0.0809 0.48864 0.664 0.15633 0.323 0.04412 0.149 0.35518 0.556 0.40008 0.589 0.11123 0.258 20p gain 108 (59%) 76 0.0050699 0.0338 0.057359 0.174 0.34419 0.544 0.14984 0.313 0.25046 0.452 0.22363 0.425 0.10085 0.243 0.26096 0.464 0.38831 0.58 0.058069 0.176 20q gain 115 (62%) 69 7.9999e-05 0.00146 0.00027 0.00388 0.072429 0.201 0.054719 0.169 0.0057299 0.0364 0.00269 0.0217 0.00039 0.00508 0.00063999 0.00739 0.0063299 0.0396 5e-05 0.00102 21q gain 18 (10%) 166 1 1 0.5693 0.729 0.2311 0.428 0.61 0.764 0.54405 0.709 0.41845 0.605 0.20936 0.407 0.42479 0.61 0.38614 0.578 0.22598 0.426 22q gain 31 (17%) 153 2e-05 0.000586 9.9999e-06 0.000456 0.00398 0.0286 0.00051999 0.00609 2e-05 0.000586 2e-05 0.000586 2e-05 0.000586 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 3e-05 0.000683 xp gain 23 (12%) 161 0.45249 0.637 0.30482 0.511 0.16621 0.34 0.19232 0.382 0.42705 0.612 0.72527 0.848 0.38358 0.578 0.1293 0.284 0.20246 0.397 0.15056 0.313 xq gain 38 (21%) 146 0.04496 0.15 0.02961 0.115 0.04509 0.15 0.17606 0.355 0.095749 0.236 0.053129 0.166 0.01097 0.06 0.02688 0.11 0.055539 0.17 0.069589 0.195 1p loss 38 (21%) 146 0.0092299 0.0523 0.0232 0.1 0.98974 1 0.87818 0.932 0.01454 0.0727 0.03853 0.136 0.02031 0.0935 0.03145 0.119 0.01004 0.0556 0.04496 0.15 1q loss 22 (12%) 162 0.04002 0.14 0.23115 0.428 0.13667 0.292 0.58665 0.746 0.1306 0.286 0.051799 0.163 0.074349 0.205 0.12102 0.27 0.02418 0.103 0.12486 0.276 2p loss 11 (6%) 173 0.85422 0.919 0.13275 0.289 0.097139 0.238 0.01876 0.0879 0.48173 0.661 0.31049 0.514 0.37639 0.573 0.00182 0.017 0.83486 0.911 0.37379 0.572 2q loss 18 (10%) 166 0.3585 0.56 0.03248 0.121 0.84723 0.915 0.41797 0.605 0.11926 0.27 0.03222 0.121 0.064669 0.185 0.0068299 0.0414 0.28175 0.486 0.086379 0.223 3p loss 93 (51%) 91 3e-05 0.000683 6.9999e-05 0.00137 0.10721 0.254 0.085859 0.222 3e-05 0.000683 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000586 0.00125 0.0123 9.9999e-06 0.000456 3q loss 33 (18%) 151 0.85917 0.919 0.67118 0.805 0.1042 0.249 0.66133 0.801 0.69159 0.82 0.59879 0.754 0.65347 0.796 0.91024 0.952 0.66121 0.801 0.89044 0.94 4p loss 105 (57%) 79 0.00073999 0.00798 0.077559 0.209 0.242 0.441 0.94063 0.971 0.10886 0.256 0.21223 0.409 0.0181 0.0863 0.28632 0.488 0.18633 0.371 0.41139 0.602 4q loss 87 (47%) 97 0.00042 0.0053 0.04557 0.151 0.12623 0.278 0.82527 0.907 0.04484 0.15 0.094699 0.236 0.04026 0.14 0.22165 0.423 0.12216 0.271 0.088289 0.226 5p loss 46 (25%) 138 0.00017 0.00268 3e-05 0.000683 0.38979 0.58 0.052139 0.163 7.9999e-05 0.00146 6.9999e-05 0.00137 7.9999e-05 0.00146 2e-05 0.000586 2e-04 0.00309 9.9999e-06 0.000456 5q loss 86 (47%) 98 0.01856 0.0875 0.0092599 0.0523 0.24458 0.443 0.13448 0.289 0.20092 0.395 0.11032 0.258 0.0208 0.0948 0.11079 0.258 0.21212 0.409 0.091839 0.232 6p loss 39 (21%) 145 0.34312 0.543 0.62241 0.774 0.54482 0.709 0.83474 0.911 0.39782 0.587 0.70436 0.83 0.37308 0.572 0.36176 0.562 0.86177 0.92 0.46345 0.647 6q loss 39 (21%) 145 0.3321 0.533 0.65993 0.801 0.28195 0.486 0.59603 0.752 0.81415 0.905 0.87076 0.926 0.48994 0.665 0.68299 0.815 0.83063 0.911 0.27319 0.478 7p loss 13 (7%) 171 0.81739 0.906 0.55673 0.718 0.8466 0.915 0.11504 0.263 0.27023 0.476 0.6425 0.79 0.57885 0.74 0.58186 0.742 0.30328 0.511 0.64734 0.792 7q loss 22 (12%) 162 0.17329 0.351 0.33558 0.536 0.83698 0.911 0.28581 0.488 0.76104 0.873 0.54151 0.708 0.5897 0.749 0.85445 0.919 0.22521 0.426 0.80635 0.901 8p loss 63 (34%) 121 0.00433 0.0303 0.46229 0.647 0.65473 0.797 0.92122 0.957 0.83674 0.911 0.50401 0.676 0.30924 0.513 0.5926 0.751 0.38533 0.578 0.30805 0.512 8q loss 23 (12%) 161 0.77943 0.885 1 1 0.92119 0.957 0.95146 0.98 0.96359 0.988 0.13125 0.286 0.82339 0.907 0.25806 0.462 0.71578 0.839 1 1 9p loss 101 (55%) 83 0.088969 0.227 0.11548 0.263 0.71281 0.837 0.69535 0.822 0.10875 0.256 0.17191 0.35 0.52921 0.699 0.56655 0.727 0.78366 0.886 0.53767 0.707 9q loss 65 (35%) 119 0.064289 0.185 0.18065 0.361 0.36589 0.565 0.34177 0.543 0.54525 0.709 0.52316 0.696 0.64685 0.792 0.23124 0.428 0.067899 0.193 0.79427 0.892 10p loss 50 (27%) 134 0.00188 0.0171 0.0045 0.0307 0.15353 0.318 0.47912 0.661 0.02339 0.1 0.01444 0.0727 0.00237 0.02 0.0083199 0.0485 0.01363 0.0699 0.00237 0.02 10q loss 49 (27%) 135 0.00012 0.00205 0.00086999 0.00926 0.78041 0.885 0.15868 0.327 0.0083399 0.0485 0.00194 0.0175 0.0016 0.0153 0.00233 0.02 0.01647 0.0799 0.00181 0.017 11p loss 52 (28%) 132 0.10009 0.242 0.22643 0.426 0.94009 0.971 0.72815 0.848 0.47187 0.656 0.91678 0.955 0.8997 0.947 0.64848 0.792 0.82078 0.907 0.77211 0.882 11q loss 58 (32%) 126 0.00047 0.00567 0.04228 0.144 0.9575 0.984 0.81764 0.906 0.03434 0.126 0.02189 0.0969 0.01427 0.0727 0.13364 0.289 0.076569 0.208 0.068449 0.194 12p loss 33 (18%) 151 0.099209 0.241 0.00093999 0.00976 0.062849 0.182 0.02112 0.0957 0.00035 0.0047 0.00070999 0.00798 0.00257 0.0213 0.00204 0.0182 0.01453 0.0727 4e-04 0.00512 12q loss 31 (17%) 153 0.16477 0.338 0.00292 0.0222 0.075339 0.206 0.060069 0.179 0.0092199 0.0523 0.0054599 0.0355 0.02533 0.107 0.01146 0.0622 0.0083299 0.0485 0.0069699 0.0414 13q loss 67 (36%) 117 0.01623 0.0792 0.064429 0.185 0.78291 0.886 0.66418 0.803 0.11549 0.263 0.03499 0.128 0.04151 0.144 0.15031 0.313 0.059719 0.179 0.10536 0.25 14q loss 45 (24%) 139 0.00046 0.00563 0.0051999 0.0344 0.00392 0.0284 0.00281 0.0221 0.0069599 0.0414 0.01949 0.0908 0.02934 0.115 0.0027 0.0217 0.03687 0.131 0.00129 0.0126 15q loss 57 (31%) 127 0.28215 0.486 0.03026 0.116 0.19607 0.387 0.31968 0.521 0.1384 0.294 0.04975 0.162 0.095199 0.236 0.0053099 0.0348 0.32606 0.527 0.00073999 0.00798 16p loss 54 (29%) 130 0.00050999 0.00606 0.00015 0.00241 0.71645 0.839 0.68603 0.816 0.00069999 0.00797 0.00011 0.00192 0.00021 0.00319 0.00031 0.00431 0.00046 0.00563 0.00026 0.00381 16q loss 53 (29%) 131 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000586 0.03835 0.136 0.02771 0.111 3e-05 0.000683 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000586 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 17p loss 71 (39%) 113 0.00274 0.0218 0.00011 0.00192 0.2772 0.483 0.27947 0.486 0.00184 0.017 0.00089999 0.00946 3e-05 0.000683 0.00139 0.0134 0.061859 0.181 0.00014 0.0023 17q loss 25 (14%) 159 0.79201 0.892 0.60313 0.759 0.97831 0.997 0.60714 0.762 0.96792 0.99 0.90805 0.952 0.51388 0.687 0.89117 0.94 0.36244 0.562 0.86675 0.924 18p loss 71 (39%) 113 0.01219 0.0645 0.00103 0.0106 0.20475 0.4 0.48281 0.661 0.0069199 0.0414 0.00446 0.0307 0.00117 0.0117 0.02321 0.1 0.02611 0.109 0.0057199 0.0364 18q loss 102 (55%) 82 0.095539 0.236 0.01164 0.0628 0.64261 0.79 0.79145 0.892 0.02651 0.109 0.0273 0.111 0.02178 0.0969 0.00212 0.0187 0.04855 0.159 0.00029 0.0041 19p loss 65 (35%) 119 0.04826 0.158 0.39211 0.582 0.42123 0.607 0.75692 0.87 0.2723 0.477 0.52054 0.694 0.062849 0.182 0.12093 0.27 0.095299 0.236 0.0092599 0.0523 19q loss 52 (28%) 132 0.0048 0.0325 0.1109 0.258 0.072879 0.202 0.11369 0.262 0.11195 0.259 0.01284 0.0671 0.060839 0.179 0.095219 0.236 0.01842 0.0873 0.0093999 0.0524 20p loss 19 (10%) 165 0.58168 0.742 0.85529 0.919 0.49588 0.669 0.82447 0.907 0.81348 0.905 0.14846 0.311 0.59485 0.752 0.4182 0.605 0.68547 0.816 0.47992 0.661 20q loss 8 (4%) 176 0.90004 0.947 0.70561 0.83 0.28238 0.486 0.76787 0.879 1 1 0.67057 0.805 1 1 0.67761 0.81 0.74518 0.863 0.44613 0.634 21q loss 106 (58%) 78 0.03113 0.119 0.0061499 0.0388 0.21622 0.414 0.099989 0.242 0.050539 0.163 0.097519 0.239 0.02136 0.0962 0.14763 0.31 0.04198 0.144 0.084579 0.22 22q loss 72 (39%) 112 5e-05 0.00102 9.9999e-06 0.000456 0.03108 0.119 0.11472 0.263 0.00111 0.0112 0.00035 0.0047 5e-05 0.00102 0.00025 0.00373 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000586 xp loss 60 (33%) 124 0.00439 0.0305 0.17439 0.352 0.04324 0.147 0.34904 0.548 0.3758 0.573 0.80618 0.901 0.52463 0.696 0.24324 0.442 0.32189 0.523 0.26444 0.468 xq loss 40 (22%) 144 0.01609 0.0791 0.02802 0.111 0.00038 0.00503 0.0264 0.109 0.069149 0.195 0.066399 0.189 0.12021 0.27 0.00244 0.0204 0.04172 0.144 0.01096 0.06