Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 82 (14%) 495 0.6046 0.77 0.12926 0.286 0.48694 0.684 0.25009 0.441 9.9999e-06 0.000132 0.82874 0.923 0.37949 0.586 0.51974 0.708 0.33958 0.548 0.27134 0.463 1q gain 89 (15%) 488 0.076549 0.204 0.088999 0.225 0.12982 0.287 0.62665 0.785 9.9999e-06 0.000132 0.52623 0.713 0.086309 0.22 0.52959 0.715 0.82291 0.921 0.50808 0.706 2p gain 37 (6%) 540 0.46948 0.666 0.73484 0.863 0.25192 0.443 0.22578 0.411 0.00269 0.014 0.39052 0.596 0.7953 0.906 0.13617 0.296 1 1 0.53849 0.722 2q gain 36 (6%) 541 0.6479 0.804 0.91345 0.982 0.095709 0.236 0.27803 0.469 0.00177 0.00948 0.39062 0.596 0.8844 0.963 0.36878 0.571 0.76903 0.891 0.17672 0.35 3p gain 58 (10%) 519 0.00044 0.00303 0.02909 0.1 0.67071 0.81 0.02628 0.0925 9.9999e-06 0.000132 0.13099 0.289 0.98821 1 0.70633 0.838 0.81358 0.917 0.25825 0.451 3q gain 64 (11%) 513 5e-04 0.00336 0.062609 0.176 0.89921 0.971 0.062499 0.176 9.9999e-06 0.000132 0.064409 0.178 0.81293 0.917 1 1 0.51776 0.708 0.15072 0.316 4p gain 36 (6%) 541 0.24301 0.432 0.61321 0.777 0.48712 0.684 0.5184 0.708 0.00080999 0.00496 0.45975 0.659 0.51245 0.707 0.53638 0.721 0.6128 0.777 0.79122 0.906 4q gain 33 (6%) 544 0.31275 0.517 0.31725 0.523 0.49607 0.694 0.5395 0.722 0.0054199 0.0247 0.26606 0.456 0.39243 0.597 0.70067 0.838 0.36424 0.569 0.65957 0.808 5p gain 49 (8%) 528 0.1144 0.266 0.15443 0.32 0.17656 0.35 0.34565 0.551 5e-05 0.000461 0.23127 0.415 0.055299 0.163 0.35989 0.569 0.12636 0.282 0.23054 0.415 5q gain 41 (7%) 536 0.14134 0.304 0.23551 0.422 0.11594 0.267 0.053079 0.158 0.00012 0.000974 0.11656 0.268 0.083179 0.215 0.34012 0.548 0.16958 0.34 0.40579 0.611 6p gain 24 (4%) 553 0.01179 0.0488 0.11898 0.271 0.87699 0.961 0.1623 0.33 0.15653 0.32 0.083779 0.216 0.65288 0.804 0.88947 0.965 1 1 1 1 6q gain 23 (4%) 554 0.0017 0.00929 0.03562 0.115 0.78632 0.906 0.10354 0.25 0.02474 0.0886 0.0055999 0.0254 0.68046 0.818 0.66876 0.809 0.81404 0.917 1 1 7p gain 468 (81%) 109 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00029 0.00207 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0082999 0.036 0.00065999 0.00413 0.01549 0.062 4e-05 0.000381 7q gain 474 (82%) 103 2e-05 0.000231 9.9999e-06 0.000132 0.00109 0.00643 0.00015 0.00116 9.9999e-06 0.000132 4e-05 0.000381 0.34507 0.551 0.01102 0.0461 0.054179 0.16 0.00162 0.00892 8p gain 52 (9%) 525 3e-05 0.000324 0.00071999 0.00447 0.062419 0.176 0.55798 0.737 9.9999e-06 0.000132 0.00416 0.0198 0.27806 0.469 0.15652 0.32 0.13808 0.299 0.67634 0.814 8q gain 59 (10%) 518 3e-05 0.000324 2e-05 0.000231 0.04007 0.126 0.45467 0.655 9.9999e-06 0.000132 0.00051999 0.00347 0.27574 0.468 0.15836 0.323 0.12345 0.277 0.51205 0.707 9p gain 47 (8%) 530 0.00317 0.0158 0.02967 0.101 0.70436 0.838 0.43337 0.635 3e-05 0.000324 0.54488 0.728 0.31987 0.527 0.70573 0.838 0.43044 0.633 0.1135 0.265 9q gain 71 (12%) 506 0.079469 0.208 0.070789 0.192 0.57928 0.749 0.16425 0.331 6.9999e-05 0.000611 0.19741 0.375 0.51432 0.708 0.36809 0.571 0.66796 0.809 0.078189 0.206 10p gain 13 (2%) 564 0.00111 0.00647 0.00013 0.00105 0.11776 0.27 0.058319 0.17 0.00097999 0.00582 4e-04 0.00283 0.40773 0.612 0.00444 0.021 NA NA NA NA 10q gain 3 (1%) 574 0.55663 0.737 1 1 0.051229 0.154 0.79641 0.906 0.19483 0.372 0.19394 0.371 NA NA NA NA NA NA NA NA 11p gain 17 (3%) 560 0.90405 0.974 0.88037 0.963 0.246 0.435 0.94392 1 0.19769 0.375 0.084169 0.216 0.4035 0.609 0.88458 0.963 0.69518 0.835 1 1 11q gain 14 (2%) 563 0.18841 0.366 0.063099 0.176 0.21897 0.402 0.36077 0.569 0.14891 0.313 0.00042 0.00292 0.70766 0.839 0.88278 0.963 1 1 1 1 12p gain 60 (10%) 517 0.66812 0.809 0.79237 0.906 0.64613 0.804 0.16394 0.331 4e-05 0.000381 0.90039 0.971 0.25355 0.444 0.57465 0.747 0.00411 0.0198 0.078409 0.206 12q gain 49 (8%) 528 0.52086 0.708 0.95395 1 0.53654 0.721 0.01044 0.0442 0.0014 0.00786 0.59166 0.76 0.21031 0.391 0.52474 0.712 0.02245 0.0818 0.12189 0.275 13q gain 10 (2%) 567 0.052329 0.156 0.49553 0.694 0.17927 0.353 0.82597 0.923 0.056849 0.166 1 1 0.14897 0.313 0.82294 0.921 0.42835 0.633 1 1 14q gain 22 (4%) 555 0.43238 0.634 0.78033 0.9 0.01013 0.0433 0.80525 0.912 0.38701 0.595 0.51023 0.707 0.40596 0.611 0.11092 0.262 0.4256 0.63 0.32536 0.534 15q gain 24 (4%) 553 0.061349 0.175 0.11071 0.262 0.56853 0.744 0.13308 0.291 4e-05 0.000381 0.28184 0.474 0.068309 0.187 0.80175 0.909 0.03407 0.111 0.3854 0.594 16p gain 38 (7%) 539 0.0078499 0.0344 0.066099 0.182 0.41457 0.619 0.27199 0.463 9.9999e-06 0.000132 0.03172 0.106 0.1906 0.369 0.66233 0.808 1 1 1 1 16q gain 37 (6%) 540 0.01829 0.0714 0.0052999 0.0244 0.35825 0.568 0.063909 0.178 5e-05 0.000461 0.02627 0.0925 0.02299 0.083 0.88383 0.963 0.41958 0.623 0.73549 0.863 17p gain 48 (8%) 529 0.00047 0.00319 0.02038 0.0767 0.078309 0.206 0.03935 0.124 2e-04 0.00146 0.03405 0.111 0.02553 0.091 0.20342 0.382 0.33915 0.548 0.38984 0.596 17q gain 60 (10%) 517 0.00112 0.00647 0.04658 0.142 0.12753 0.283 0.069069 0.188 9.9999e-06 0.000132 0.0373 0.119 0.058179 0.17 0.060949 0.175 0.94415 1 0.61748 0.778 18p gain 58 (10%) 519 9.9999e-06 0.000132 0.00062999 0.00397 0.15549 0.32 0.3645 0.569 9.9999e-06 0.000132 0.0050599 0.0234 0.4394 0.639 0.39471 0.599 0.01922 0.0736 0.098659 0.241 18q gain 58 (10%) 519 2e-05 0.000231 0.00061999 0.00394 0.15544 0.32 0.4306 0.633 9.9999e-06 0.000132 0.0057099 0.0256 0.36577 0.57 0.61217 0.777 0.01894 0.0733 0.11222 0.263 19p gain 226 (39%) 351 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.090189 0.227 0.00028 0.00201 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.20575 0.385 4e-05 0.000381 0.18908 0.367 0.65552 0.806 19q gain 199 (34%) 378 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.14244 0.305 0.00324 0.016 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.20767 0.388 2e-04 0.00146 0.062989 0.176 0.3436 0.551 20p gain 222 (38%) 355 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00447 0.0211 9.9999e-06 0.000132 4e-05 0.000381 7.9999e-05 0.000691 0.35022 0.557 0.00047 0.00319 0.79609 0.906 0.12044 0.274 20q gain 220 (38%) 357 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.00283 0.0144 9.9999e-06 0.000132 4e-05 0.000381 9.9999e-06 0.000132 0.2621 0.453 0.00041 0.00287 0.79652 0.906 0.11889 0.271 21q gain 64 (11%) 513 0.00116 0.00665 0.0075899 0.0335 0.01066 0.0448 0.00412 0.0198 0.00017 0.00128 0.00174 0.00945 0.11582 0.267 0.75524 0.88 0.01789 0.0705 0.32818 0.537 22q gain 34 (6%) 543 9.9999e-06 0.000132 0.00319 0.0159 0.46941 0.666 0.21819 0.401 0.00011 0.000902 0.1436 0.307 0.2668 0.457 0.02872 0.0997 0.24372 0.433 0.19256 0.371 xp gain 15 (3%) 562 0.28152 0.474 1 1 0.79539 0.906 0.18424 0.361 0.89669 0.97 0.88924 0.965 1 1 0.62244 0.78 0.086729 0.22 0.4351 0.635 xq gain 16 (3%) 561 0.25299 0.444 0.94789 1 0.98473 1 0.36153 0.569 0.94961 1 0.71697 0.847 0.50704 0.706 1 1 0.03804 0.12 0.26016 0.452 1p loss 16 (3%) 561 0.63471 0.793 0.82753 0.923 0.94048 1 0.19384 0.371 0.02113 0.0788 0.58688 0.757 0.346 0.551 0.26596 0.456 0.11028 0.262 0.01815 0.0712 1q loss 15 (3%) 562 0.83106 0.923 0.97753 1 0.85626 0.944 0.36414 0.569 0.13322 0.291 1 1 0.33859 0.548 0.28759 0.481 0.51668 0.708 0.082149 0.213 2p loss 32 (6%) 545 0.03086 0.104 0.02713 0.0947 0.26462 0.456 0.76877 0.891 9.9999e-06 0.000132 0.61673 0.778 0.11383 0.265 0.93753 1 0.24228 0.432 0.22728 0.411 2q loss 32 (6%) 545 0.0296 0.101 0.02881 0.0997 0.26268 0.453 0.76744 0.891 9.9999e-06 0.000132 0.61439 0.777 0.066149 0.182 0.86978 0.956 0.084839 0.217 0.071949 0.194 3p loss 40 (7%) 537 0.91042 0.98 0.78961 0.906 0.7156 0.847 0.14791 0.313 6.9999e-05 0.000611 0.20208 0.381 0.04234 0.13 0.81994 0.921 0.63819 0.797 0.23056 0.415 3q loss 34 (6%) 543 0.23036 0.415 0.12659 0.282 0.51329 0.707 0.67526 0.814 2e-05 0.000231 0.03479 0.113 0.0337 0.111 0.17645 0.35 0.88916 0.965 0.1835 0.36 4p loss 55 (10%) 522 0.080929 0.211 0.00317 0.0158 0.03311 0.109 0.22665 0.411 0.00217 0.0113 0.00183 0.00968 0.85466 0.943 0.33601 0.546 0.74676 0.875 1 1 4q loss 56 (10%) 521 0.00079999 0.00493 0.00060999 0.00391 0.0188 0.0731 0.15498 0.32 0.00017 0.00128 0.00096999 0.00581 0.76392 0.889 0.39821 0.604 0.5585 0.737 1 1 5p loss 43 (7%) 534 9.9999e-06 0.000132 2e-05 0.000231 0.00178 0.00948 0.096229 0.237 3e-05 0.000324 9.9999e-06 0.000132 0.80008 0.909 0.20873 0.389 0.3442 0.551 0.052339 0.156 5q loss 44 (8%) 533 4e-05 0.000381 2e-05 0.000231 0.00091999 0.00555 0.18728 0.366 0.00015 0.00116 9.9999e-06 0.000132 0.66543 0.809 0.084239 0.216 0.22437 0.41 0.04208 0.13 6p loss 86 (15%) 491 0.56498 0.74 0.33388 0.545 0.77104 0.892 0.70611 0.838 9.9999e-06 0.000132 0.5706 0.745 0.11092 0.262 0.069679 0.189 0.86892 0.956 0.59469 0.763 6q loss 125 (22%) 452 0.93972 1 0.57923 0.749 0.56502 0.74 0.94115 1 9.9999e-06 0.000132 0.65316 0.804 0.04869 0.147 0.33424 0.545 0.49853 0.696 0.29483 0.492 7p loss 8 (1%) 569 0.02218 0.0812 0.03387 0.111 0.45537 0.655 0.04088 0.127 0.01574 0.0627 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7q loss 6 (1%) 571 0.10061 0.243 0.30217 0.504 0.94207 1 0.12479 0.28 0.098059 0.24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8p loss 58 (10%) 519 0.54645 0.729 0.44239 0.642 0.17888 0.353 0.77843 0.899 0.25836 0.451 0.64865 0.804 0.73589 0.863 1 1 0.57374 0.747 0.3905 0.596 8q loss 42 (7%) 535 0.61809 0.778 0.15348 0.319 0.02131 0.0791 0.80747 0.913 0.10519 0.253 0.13932 0.301 0.45925 0.659 1 1 0.46056 0.659 0.1451 0.309 9p loss 202 (35%) 375 0.0078899 0.0344 0.11132 0.262 0.54978 0.731 0.48535 0.684 0.59743 0.765 0.47528 0.672 0.13842 0.299 0.099209 0.241 0.02208 0.0812 0.0089299 0.0385 9q loss 94 (16%) 483 0.36783 0.571 0.096619 0.237 0.073159 0.196 0.27604 0.468 0.54799 0.729 0.57334 0.747 0.24595 0.435 0.61856 0.778 0.75394 0.88 0.18113 0.356 10p loss 483 (84%) 94 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0099899 0.0429 6.9999e-05 0.000611 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.21169 0.391 0.00053999 0.00357 0.2225 0.407 0.01266 0.0516 10q loss 494 (86%) 83 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.0057499 0.0256 0.00011 0.000902 9.9999e-06 0.000132 0.00015 0.00116 0.32252 0.53 5e-05 0.000461 0.26106 0.453 0.02177 0.0804 11p loss 99 (17%) 478 9.9999e-06 0.000132 9.9999e-06 0.000132 0.83114 0.923 0.01423 0.0572 9.9999e-06 0.000132 0.00279 0.0144 0.81804 0.92 0.02993 0.101 0.095379 0.236 0.087799 0.222 11q loss 93 (16%) 484 4e-05 0.000381 2e-04 0.00146 0.93234 0.999 0.061579 0.175 9.9999e-06 0.000132 0.4168 0.621 0.33528 0.545 0.15234 0.318 0.34598 0.551 0.53331 0.719 12p loss 58 (10%) 519 0.095069 0.236 0.094059 0.234 0.55963 0.737 0.8327 0.923 0.0056399 0.0254 0.59904 0.765 0.12308 0.277 0.17094 0.342 1 1 0.66106 0.808 12q loss 57 (10%) 520 0.14178 0.304 0.099849 0.242 0.43958 0.639 0.65288 0.804 0.00026 0.00189 0.55122 0.731 0.080739 0.211 0.47222 0.669 1 1 0.66197 0.808 13q loss 186 (32%) 391 5.9999e-05 0.000541 0.00177 0.00948 0.7499 0.877 0.58856 0.758 9.9999e-06 0.000132 0.01147 0.0477 0.52093 0.708 0.02709 0.0947 0.04925 0.148 0.40072 0.606 14q loss 146 (25%) 431 9.9999e-06 0.000132 0.00011 0.000902 0.50947 0.707 0.53939 0.722 9.9999e-06 0.000132 0.02408 0.0866 0.18831 0.366 0.02933 0.101 0.16345 0.331 0.70322 0.838 15q loss 106 (18%) 471 4e-05 0.000381 2e-05 0.000231 0.00401 0.0195 0.00358 0.0175 9.9999e-06 0.000132 0.075429 0.201 0.17622 0.35 0.01929 0.0736 0.0034 0.0167 0.02263 0.0821 16p loss 63 (11%) 514 0.28549 0.479 0.85203 0.943 0.66316 0.808 0.73151 0.862 0.03306 0.109 0.058519 0.17 0.71748 0.847 0.79133 0.906 0.56357 0.74 0.6463 0.804 16q loss 83 (14%) 494 0.060519 0.175 0.42898 0.633 0.46494 0.662 0.89636 0.97 0.01388 0.0561 0.3678 0.571 0.22678 0.411 0.19947 0.378 0.66248 0.808 0.59958 0.765 17p loss 65 (11%) 512 0.02012 0.0762 0.02016 0.0762 0.65154 0.804 0.5825 0.752 9.9999e-06 0.000132 0.13219 0.291 0.52962 0.715 0.21053 0.391 0.30362 0.505 0.70252 0.838 17q loss 41 (7%) 536 0.00491 0.0229 0.061799 0.175 0.21129 0.391 0.04649 0.142 9.9999e-06 0.000132 0.03672 0.117 0.15101 0.316 1 1 0.1453 0.309 0.10761 0.257 18p loss 71 (12%) 506 0.0472 0.143 0.0321 0.107 0.36252 0.569 0.21817 0.401 3e-05 0.000324 0.50361 0.702 0.46475 0.662 0.04066 0.127 0.13376 0.292 0.59847 0.765 18q loss 62 (11%) 515 0.14602 0.309 0.0073799 0.0327 0.61971 0.778 0.2406 0.43 0.00015 0.00116 0.47601 0.672 0.70483 0.838 0.00282 0.0144 0.41803 0.622 0.12093 0.274 19p loss 27 (5%) 550 0.00058999 0.00381 0.00132 0.00746 0.060919 0.175 0.43552 0.635 0.01356 0.055 5.9999e-05 0.000541 0.068389 0.187 0.03597 0.115 0.85298 0.943 0.66803 0.809 19q loss 35 (6%) 542 0.00058999 0.00381 0.00472 0.0221 0.41288 0.618 0.15351 0.319 0.00112 0.00647 0.00082999 0.00504 0.20292 0.382 0.19133 0.369 0.92852 0.997 0.51755 0.708 20p loss 19 (3%) 558 0.00017 0.00128 2e-05 0.000231 0.03599 0.115 0.092829 0.232 2e-05 0.000231 0.3086 0.512 0.077779 0.206 0.45275 0.655 0.01046 0.0442 0.00215 0.0113 20q loss 17 (3%) 560 0.00142 0.00792 0.00011 0.000902 0.36408 0.569 0.26911 0.46 9.9999e-06 0.000132 0.31193 0.517 0.57897 0.749 0.45393 0.655 0.04019 0.126 0.01202 0.0495 21q loss 42 (7%) 535 0.02056 0.077 0.00124 0.00706 0.053759 0.159 0.26046 0.452 0.00057999 0.0038 0.00158 0.00875 0.44668 0.647 0.0262 0.0925 0.82354 0.921 1 1 22q loss 181 (31%) 396 0.6508 0.804 0.55991 0.737 0.19411 0.371 0.87554 0.961 9.9999e-06 0.000132 0.072189 0.194 0.42556 0.63 0.16415 0.331 0.2007 0.379 0.092699 0.232 xp loss 114 (20%) 463 0.00306 0.0155 0.01225 0.0502 0.04234 0.13 0.16631 0.334 9.9999e-06 0.000132 0.00011 0.000902 0.02986 0.101 0.46224 0.66 0.39134 0.596 0.83147 0.923 xq loss 106 (18%) 471 0.0192 0.0736 0.01592 0.0631 0.11227 0.263 0.10587 0.254 9.9999e-06 0.000132 0.0053199 0.0244 0.11512 0.267 0.75465 0.88 0.41256 0.618 0.96135 1