Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p36.21 92 (16%) 485 0.58984 0.715 0.43222 0.587 0.40487 0.563 0.11351 0.233 9.9999e-06 8.35e-05 0.56999 0.699 0.083459 0.196 0.1689 0.313 0.01159 0.0392 0.01972 0.0601 amp_1q32.1 160 (28%) 417 0.819 0.892 0.063169 0.159 0.33409 0.489 0.14805 0.283 9.9999e-06 8.35e-05 0.30471 0.461 0.10912 0.229 0.33881 0.494 0.5548 0.689 0.089609 0.201 amp_1q44 99 (17%) 478 0.14471 0.281 0.62197 0.741 0.60569 0.727 0.30956 0.467 9.9999e-06 8.35e-05 0.59855 0.723 0.01891 0.0581 0.21831 0.37 0.9602 0.985 0.55174 0.687 amp_2p24.3 49 (8%) 528 0.099449 0.215 0.01722 0.0543 0.42847 0.584 0.97883 0.999 0.00106 0.00509 0.01617 0.0517 0.28034 0.436 0.03398 0.0989 0.88621 0.935 0.62727 0.743 amp_3q26.33 111 (19%) 466 0.0077299 0.028 0.21119 0.363 0.44276 0.596 0.057049 0.147 9.9999e-06 8.35e-05 0.067229 0.166 0.10311 0.221 0.92429 0.964 0.27637 0.431 0.69608 0.801 amp_4p16.3 48 (8%) 529 0.3081 0.465 0.73004 0.828 0.85865 0.918 0.082649 0.194 0.18452 0.332 0.55803 0.689 0.41136 0.567 0.75393 0.848 1 1 1 1 amp_4q12 108 (19%) 469 0.00065999 0.00345 0.00343 0.0141 0.53689 0.679 0.47253 0.627 3e-05 0.000217 0.01026 0.0359 0.065769 0.164 0.43512 0.588 0.15578 0.297 0.41721 0.572 amp_7p11.2 507 (88%) 70 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 2e-05 0.000151 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.00074999 0.00389 9.9999e-06 8.35e-05 4e-05 0.000273 9.9999e-06 8.35e-05 amp_7q11.21 464 (80%) 113 2e-05 0.000151 9.9999e-06 8.35e-05 5.9999e-05 0.00038 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.02607 0.0778 0.0054999 0.0207 0.00407 0.0164 5.9999e-05 0.00038 amp_7q21.2 480 (83%) 97 4e-05 0.000273 9.9999e-06 8.35e-05 0.04977 0.13 9.9999e-05 0.000602 9.9999e-06 8.35e-05 8.9999e-05 0.000546 0.087919 0.2 0.00368 0.0149 0.062329 0.157 0.00278 0.0117 amp_7q31.2 473 (82%) 104 0.00183 0.00812 9.9999e-06 8.35e-05 0.01083 0.0371 0.0053099 0.0204 5e-05 0.000332 0.0105 0.0362 0.35543 0.509 0.0054699 0.0207 0.40776 0.564 0.0097499 0.0343 amp_8q24.21 70 (12%) 507 9.9999e-06 8.35e-05 3e-05 0.000217 0.02628 0.0781 0.2903 0.445 9.9999e-06 8.35e-05 6.9999e-05 0.000436 0.03431 0.0994 0.02439 0.0731 0.088799 0.2 0.27163 0.429 amp_11p13 31 (5%) 546 0.78668 0.876 0.35132 0.505 0.5501 0.687 0.24797 0.405 0.35316 0.507 0.90421 0.947 0.19309 0.341 1 1 1 1 0.88721 0.935 amp_12p13.32 84 (15%) 493 0.66462 0.774 0.38554 0.543 0.34185 0.495 0.43292 0.587 4e-05 0.000273 0.46993 0.625 0.52874 0.674 0.27227 0.429 0.31887 0.477 0.55101 0.687 amp_12q14.1 134 (23%) 443 0.067069 0.166 0.1477 0.283 0.098249 0.213 0.087049 0.199 9.9999e-06 8.35e-05 0.48282 0.634 0.27626 0.431 0.14459 0.281 0.04192 0.116 0.13874 0.274 amp_12q15 93 (16%) 484 0.73251 0.828 0.31666 0.475 0.70654 0.81 0.27744 0.432 2e-05 0.000151 0.49549 0.641 0.5785 0.705 0.32421 0.48 0.31753 0.476 0.90037 0.946 amp_13q34 32 (6%) 545 0.26031 0.414 0.20088 0.35 0.0291 0.085 0.47988 0.632 0.057999 0.149 0.23746 0.395 0.04123 0.114 0.10343 0.221 0.49174 0.637 0.80122 0.883 amp_13q34 30 (5%) 547 0.13924 0.274 0.21077 0.363 0.21703 0.369 0.78734 0.876 0.062329 0.157 0.48782 0.637 0.14791 0.283 0.18329 0.33 0.36927 0.524 0.79241 0.879 amp_14q32.33 36 (6%) 541 0.18659 0.333 0.66072 0.774 0.090699 0.202 0.91973 0.961 0.25147 0.406 0.53893 0.681 0.1715 0.316 0.053379 0.138 0.03943 0.111 0.067699 0.166 amp_17p13.2 51 (9%) 526 0.00080999 0.00408 0.01379 0.0453 0.04723 0.126 0.11161 0.231 0.00223 0.00977 0.01226 0.041 0.0061099 0.0226 0.49174 0.637 0.40264 0.561 0.5701 0.699 amp_17q25.1 84 (15%) 493 0.01361 0.0449 0.25747 0.411 0.28245 0.438 0.73112 0.828 4e-05 0.000273 0.16851 0.313 0.068339 0.167 0.25429 0.408 0.86455 0.923 0.69312 0.799 amp_19p13.3 244 (42%) 333 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.03879 0.11 0.00143 0.00659 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.21932 0.371 6.9999e-05 0.000436 0.81874 0.892 0.96933 0.993 amp_19p13.2 249 (43%) 328 9.9999e-06 8.35e-05 2e-05 0.000151 0.14711 0.283 0.00112 0.00534 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.34184 0.495 0.00014 0.000802 0.16548 0.31 0.80781 0.888 amp_19q12 216 (37%) 361 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.28317 0.438 0.00498 0.0194 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.48296 0.634 0.00131 0.00612 0.063219 0.159 0.17164 0.316 amp_21q21.1 70 (12%) 507 0.0050399 0.0196 0.060839 0.155 0.01801 0.0561 0.0078099 0.028 0.00011 0.000656 0.01833 0.0568 0.091189 0.202 0.71484 0.815 0.096309 0.21 0.40718 0.564 del_1p36.32 100 (17%) 477 0.9203 0.961 0.71451 0.815 0.58497 0.711 0.17204 0.316 0.50915 0.654 0.18228 0.33 0.62382 0.741 0.14375 0.28 0.25325 0.408 0.57921 0.705 del_1p36.23 136 (24%) 441 0.070019 0.169 0.18571 0.333 0.56996 0.699 0.55825 0.689 0.00024 0.00132 0.54928 0.687 0.67264 0.779 0.19647 0.343 0.01468 0.0476 0.069099 0.167 del_1p32.3 61 (11%) 516 0.24519 0.404 0.36461 0.52 0.83139 0.9 0.15725 0.298 0.49144 0.637 0.84076 0.906 0.85654 0.918 0.75451 0.848 0.80615 0.887 0.1057 0.224 del_1p22.1 48 (8%) 529 0.97655 0.998 0.55302 0.688 0.81137 0.889 0.00483 0.0189 0.1413 0.276 0.090019 0.201 0.36216 0.517 0.60699 0.727 1 1 0.32417 0.48 del_1q42.11 51 (9%) 526 0.22245 0.373 0.82577 0.896 0.51444 0.659 0.28481 0.438 0.60637 0.727 0.55635 0.689 0.90289 0.947 0.0068299 0.025 0.68658 0.793 0.19412 0.342 del_1q44 35 (6%) 542 0.81246 0.889 0.47346 0.627 0.72885 0.828 0.24657 0.404 0.21539 0.368 1 1 0.79987 0.883 0.35011 0.504 0.5407 0.681 0.32415 0.48 del_2q22.1 47 (8%) 530 0.0053699 0.0205 0.0283 0.083 0.38949 0.547 0.55064 0.687 9.9999e-06 8.35e-05 0.45187 0.604 0.092169 0.204 0.81012 0.889 0.18251 0.33 0.42906 0.584 del_2q37.1 55 (10%) 522 0.10137 0.218 0.0056599 0.0212 0.31467 0.473 0.8224 0.894 0.01923 0.0588 0.22204 0.373 0.1349 0.27 0.53192 0.677 0.18234 0.33 0.051859 0.135 del_3p21.1 53 (9%) 524 0.24275 0.402 0.13446 0.27 0.67625 0.782 0.48005 0.632 5.9999e-05 0.00038 0.04555 0.122 0.16273 0.306 0.84022 0.906 0.46093 0.614 0.10839 0.228 del_3q13.31 56 (10%) 521 0.57232 0.701 0.34538 0.499 0.60685 0.727 0.50912 0.654 5.9999e-05 0.00038 0.02371 0.0716 0.16794 0.313 0.10352 0.221 1 1 0.1794 0.327 del_3q22.1 58 (10%) 519 0.79147 0.879 0.62438 0.741 0.95643 0.983 1 1 0.00045 0.00242 0.083909 0.196 0.10507 0.223 0.1243 0.252 1 1 0.21744 0.369 del_3q29 65 (11%) 512 0.090229 0.201 0.18613 0.333 0.53579 0.679 0.87546 0.928 0.0446 0.12 0.32613 0.481 0.04392 0.119 0.11741 0.24 0.95433 0.982 0.79435 0.88 del_4p16.3 78 (14%) 499 0.04707 0.126 0.00461 0.0184 0.32269 0.48 0.24881 0.405 0.0023 0.01 0.00014 0.000802 0.75346 0.848 0.85783 0.918 0.87288 0.927 0.94666 0.978 del_4q34.3 93 (16%) 484 0.0054899 0.0207 0.00029 0.00157 0.075739 0.181 0.096439 0.21 9.9999e-06 8.35e-05 0.0077799 0.028 0.20868 0.36 0.078109 0.185 0.12636 0.256 0.13648 0.271 del_5q34 70 (12%) 507 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 4e-05 0.000273 0.0053099 0.0204 0.0075099 0.0273 9.9999e-06 8.35e-05 0.62061 0.741 0.04846 0.128 0.25612 0.41 0.12993 0.261 del_6q22.31 158 (27%) 419 0.63184 0.746 0.99008 1 0.2941 0.449 0.28498 0.438 9.9999e-06 8.35e-05 0.25085 0.406 0.0061599 0.0227 0.11975 0.244 0.79532 0.88 0.11044 0.23 del_6q26 179 (31%) 398 0.74304 0.839 0.75583 0.848 0.4781 0.632 0.54798 0.687 0.00096999 0.00475 0.01684 0.0536 0.00013 0.000763 0.054109 0.14 0.75844 0.849 0.01846 0.057 del_8p23.2 66 (11%) 511 0.37557 0.53 0.24669 0.404 0.1798 0.327 0.27518 0.431 0.48949 0.637 0.32737 0.482 0.99615 1 0.87047 0.927 0.72167 0.821 0.438 0.591 del_9p21.3 421 (73%) 156 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.70086 0.805 0.03708 0.106 9.9999e-06 8.35e-05 0.13869 0.274 0.04304 0.118 0.03708 0.106 0.02745 0.0809 0.0080399 0.0287 del_9q34.2 79 (14%) 498 0.21511 0.368 0.10742 0.227 0.51926 0.664 0.23043 0.386 0.39616 0.554 0.8454 0.909 0.092319 0.204 0.66753 0.776 0.44505 0.597 0.30391 0.461 del_10p15.3 470 (81%) 107 3e-05 0.000217 9.9999e-06 8.35e-05 0.0084999 0.0302 0.00345 0.0141 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.59578 0.721 0.00076999 0.00393 0.01457 0.0475 0.00013 0.000763 del_10p13 471 (82%) 106 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.00236 0.0102 0.00124 0.00583 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.11377 0.233 3e-05 0.000217 0.087029 0.199 0.00289 0.0119 del_10p11.23 476 (82%) 101 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 8.9999e-05 0.000546 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.195 0.342 8.9999e-05 0.000546 0.04479 0.12 0.00086999 0.00432 del_10q23.31 514 (89%) 63 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.01221 0.041 0.0028 0.0118 9.9999e-06 8.35e-05 0.00052999 0.00283 0.18733 0.333 0.00244 0.0105 0.36971 0.524 0.04113 0.114 del_10q26.3 515 (89%) 62 9.9999e-06 8.35e-05 5e-05 0.000332 0.04369 0.119 0.0014 0.0065 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.60246 0.726 0.0175 0.055 0.25171 0.406 0.03511 0.101 del_11p15.5 129 (22%) 448 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.16104 0.303 0.00162 0.00728 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.3206 0.478 0.04025 0.113 0.00286 0.0119 0.0016 0.00724 del_11p11.2 105 (18%) 472 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.50452 0.651 0.01773 0.0555 9.9999e-06 8.35e-05 0.00262 0.0111 0.93347 0.97 0.13564 0.271 0.094219 0.206 0.087379 0.199 del_11q14.1 96 (17%) 481 9.9999e-06 8.35e-05 0.00056999 0.00302 0.88142 0.931 0.13934 0.274 9.9999e-06 8.35e-05 0.3325 0.489 0.37529 0.53 0.42528 0.581 0.1188 0.242 0.15994 0.302 del_12p13.1 72 (12%) 505 0.050269 0.131 0.01418 0.0464 0.25109 0.406 0.2316 0.387 0.085979 0.199 0.15286 0.292 0.41576 0.571 0.19034 0.337 1 1 0.93256 0.97 del_12q12 77 (13%) 500 0.01308 0.0434 0.00076999 0.00393 0.26785 0.424 0.085429 0.198 0.00014 0.000802 0.064339 0.161 0.0092499 0.0327 0.1665 0.311 1 1 0.66296 0.774 del_12q15 79 (14%) 498 0.00017 0.000958 0.00189 0.00833 0.48834 0.637 0.42307 0.579 9.9999e-06 8.35e-05 0.24229 0.402 0.067989 0.166 0.57554 0.703 0.71237 0.815 0.39612 0.554 del_13q14.2 241 (42%) 336 9.9999e-06 8.35e-05 2e-05 0.000151 0.35001 0.504 0.14548 0.281 9.9999e-06 8.35e-05 0.00102 0.00493 0.83034 0.9 0.10879 0.229 0.079599 0.188 0.066799 0.166 del_13q22.1 230 (40%) 347 9.9999e-06 8.35e-05 0.00017 0.000958 0.50816 0.654 0.33858 0.494 9.9999e-06 8.35e-05 0.071069 0.171 0.83422 0.902 0.24795 0.405 0.5245 0.67 0.28434 0.438 del_14q13.1 178 (31%) 399 9.9999e-06 8.35e-05 0.00018 0.00101 0.61087 0.73 0.66428 0.774 9.9999e-06 8.35e-05 0.04448 0.12 0.4115 0.567 0.45495 0.607 0.44671 0.598 0.94098 0.975 del_14q24.2 173 (30%) 404 9.9999e-06 8.35e-05 2e-05 0.000151 0.058649 0.15 0.15752 0.298 9.9999e-06 8.35e-05 0.00408 0.0164 0.26795 0.424 0.04831 0.128 0.087999 0.2 0.93986 0.975 del_15q14 154 (27%) 423 2e-05 0.000151 9.9999e-06 8.35e-05 0.00102 0.00493 5.9999e-05 0.00038 9.9999e-06 8.35e-05 0.00482 0.0189 0.0404 0.113 0.02648 0.0783 0.00079999 0.00406 0.01718 0.0543 del_16p12.2 92 (16%) 485 0.2461 0.404 0.23271 0.388 0.397 0.554 0.87037 0.927 0.17355 0.318 0.069089 0.167 0.94286 0.976 0.64586 0.76 0.44292 0.596 0.33364 0.489 del_16q23.1 101 (18%) 476 0.01519 0.049 0.48941 0.637 0.87356 0.927 0.53464 0.679 0.0123 0.041 0.85654 0.918 0.22171 0.373 0.11313 0.233 0.87819 0.929 0.78518 0.876 del_17p13.2 88 (15%) 489 0.00287 0.0119 0.02437 0.0731 0.94964 0.979 0.94845 0.979 9.9999e-06 8.35e-05 0.076589 0.182 0.64619 0.76 0.19467 0.342 0.5857 0.711 0.81818 0.892 del_17p13.1 98 (17%) 479 0.00023 0.00128 0.00171 0.00764 0.6275 0.743 0.89614 0.943 9.9999e-06 8.35e-05 0.10984 0.229 0.34068 0.495 0.098009 0.213 0.64283 0.758 0.66199 0.774 del_17q11.2 72 (12%) 505 9.9999e-06 8.35e-05 9.9999e-06 8.35e-05 0.00258 0.011 0.01154 0.0392 9.9999e-06 8.35e-05 0.00025 0.00137 0.00086999 0.00432 0.01038 0.0361 0.54065 0.681 0.56469 0.696 del_18q22.3 82 (14%) 495 0.12814 0.258 0.086169 0.199 0.78591 0.876 0.38957 0.547 5e-05 0.000332 0.18701 0.333 0.2958 0.451 0.02062 0.0626 0.19675 0.343 0.27348 0.43 del_19q13.41 99 (17%) 478 0.00466 0.0185 4e-05 0.000273 0.075919 0.181 0.04294 0.118 0.00115 0.00544 2e-05 0.000151 0.20289 0.352 0.14088 0.276 0.0363 0.104 0.093459 0.205 del_21q21.1 56 (10%) 521 0.01044 0.0362 0.00088999 0.00439 0.01595 0.0512 0.2075 0.359 0.088909 0.2 0.00058999 0.0031 0.25774 0.411 0.0109 0.0372 0.6611 0.774 1 1 del_22q13.32 212 (37%) 365 0.71283 0.815 0.97188 0.994 0.03919 0.111 0.41381 0.569 2e-05 0.000151 0.26766 0.424 0.29368 0.449 0.36887 0.524 0.04916 0.129 0.084319 0.196 del_xp22.2 118 (20%) 459 0.0058999 0.0219 0.0015 0.00687 0.11095 0.23 0.16943 0.313 9.9999e-06 8.35e-05 0.00155 0.00705 0.072009 0.173 0.2126 0.365 0.30477 0.461 0.67253 0.779