Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nMutated (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
TP53	359 (70%)	151	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.61839	0.837	0.56585	0.816	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.00482	0.0454	9.9999e-06	0.000233	3e-05	0.000612	9.9999e-06	0.000233
CDKN2A	112 (22%)	398	0.0231	0.149	9.9999e-06	0.000233	0.0419	0.203	0.71711	0.892	0.02536	0.157	3e-05	0.000612	0.21404	0.515	0.058409	0.249	0.00226	0.0258	0.0392	0.2
CASP8	55 (11%)	455	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.00039	0.00637	0.35223	0.679	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.0092199	0.0766	0.56558	0.816	0.00024	0.00406	0.13696	0.395
NSD1	63 (12%)	447	0.00421	0.0413	9.9999e-06	0.000233	0.17407	0.461	0.01495	0.113	3e-05	0.000612	9.9999e-06	0.000233	0.00278	0.0303	4e-05	0.000754	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233
HLA-B	24 (5%)	486	0.15796	0.444	0.00151	0.0185	0.7988	0.931	0.22482	0.517	0.03641	0.195	0.064719	0.264	0.056879	0.247	0.20678	0.512	0.084459	0.314	0.0363	0.195
MLL2	78 (15%)	432	0.03403	0.194	0.12444	0.381	0.46976	0.765	0.3261	0.647	0.41514	0.729	0.39859	0.719	0.4529	0.754	0.13486	0.391	0.81826	0.94	0.18529	0.482
TGFBR2	23 (5%)	487	0.01198	0.0948	0.057399	0.247	0.81952	0.94	0.90061	0.965	0.10226	0.35	0.95872	1	0.63762	0.846	0.57309	0.817	0.72928	0.897	0.51925	0.795
FAT1	114 (22%)	396	0.25978	0.561	9.9999e-06	0.000233	0.79797	0.931	0.48727	0.77	0.1446	0.414	0.00042	0.00664	0.87427	0.962	0.59553	0.831	0.00369	0.0377	0.098599	0.343
NOTCH1	87 (17%)	423	0.01554	0.113	4e-05	0.000754	0.90173	0.965	0.057429	0.247	9.9999e-06	0.000233	0.00114	0.0147	9.9999e-06	0.000233	0.067719	0.274	0.0086399	0.0732	0.03715	0.195
JUB	33 (6%)	477	0.2009	0.5	0.056399	0.247	0.18593	0.482	0.8152	0.94	0.0417	0.203	0.62615	0.842	0.054519	0.247	0.42306	0.737	0.66816	0.869	0.51065	0.784
NFE2L2	26 (5%)	484	0.49615	0.77	9.9999e-06	0.000233	0.21032	0.513	0.87483	0.962	0.84597	0.946	0.47005	0.765	0.23042	0.521	0.49408	0.77	0.59698	0.831	0.35862	0.689
FBXW7	33 (6%)	477	0.45384	0.754	0.14903	0.425	0.13023	0.386	0.23185	0.521	0.12584	0.383	0.45872	0.757	0.29652	0.603	0.48455	0.77	0.20909	0.512	0.11259	0.362
ZNF750	19 (4%)	491	0.21437	0.515	0.01081	0.0883	0.27827	0.58	0.28604	0.591	0.0077699	0.068	0.01616	0.113	0.01618	0.113	0.13147	0.386	0.04912	0.231	0.02289	0.149
RAC1	15 (3%)	495	0.11184	0.362	0.03633	0.195	0.68926	0.881	0.83303	0.94	0.03448	0.194	0.070369	0.278	0.44893	0.754	0.40661	0.724	0.18286	0.479	0.32248	0.642
EPHA2	24 (5%)	486	0.49583	0.77	8.9999e-05	0.00163	0.93251	0.983	0.93199	0.983	0.30631	0.616	0.29138	0.597	0.89433	0.965	0.16434	0.45	0.10728	0.358	0.64829	0.854
HLA-A	22 (4%)	488	0.0032	0.0334	0.0032	0.0334	0.23182	0.521	0.63914	0.846	0.00465	0.0447	0.00253	0.0282	0.03685	0.195	0.11924	0.375	0.55082	0.816	0.47283	0.767
HRAS	29 (6%)	481	9.9999e-06	0.000233	9.9999e-06	0.000233	0.01383	0.106	0.65375	0.857	0.00065999	0.00951	0.0021	0.0245	0.00065999	0.00951	0.12212	0.379	0.02305	0.149	0.17072	0.457
PIK3CA	94 (18%)	416	0.26	0.561	0.2089	0.512	0.61611	0.837	0.062439	0.261	0.04131	0.203	0.34392	0.669	0.0068299	0.0631	0.02376	0.151	0.44475	0.754	0.093449	0.334
EP300	39 (8%)	471	0.4467	0.754	0.03426	0.194	0.344	0.669	0.085919	0.317	0.0074599	0.0665	0.091269	0.329	0.55864	0.816	0.23599	0.528	0.03973	0.201	1	1
RB1	18 (4%)	492	0.60209	0.831	0.37364	0.712	0.38742	0.719	0.2749	0.58	0.03738	0.195	0.37798	0.713	0.15436	0.437	0.49563	0.77	0.38564	0.719	0.61979	0.837
PTEN	14 (3%)	496	0.67723	0.878	0.44472	0.754	0.19837	0.496	0.83422	0.94	0.081809	0.308	0.24425	0.539	0.37616	0.713	0.22399	0.517	0.11307	0.362	0.10889	0.361
RASA1	17 (3%)	493	0.16667	0.454	0.070289	0.278	0.54935	0.816	0.71422	0.892	0.42417	0.737	0.49165	0.77	0.55161	0.816	0.40633	0.724	0.40564	0.724	0.16231	0.449
MAPK1	9 (2%)	501	0.10468	0.354	0.53218	0.805	0.82968	0.94	0.83199	0.94	0.44582	0.754	0.918	0.974	0.48515	0.77	0.8364	0.94	1	1	0.73812	0.897
NAP1L2	7 (1%)	503	0.393	0.719	0.58134	0.819	NA	NA	NA	NA	0.88341	0.965	0.47817	0.77	0.81032	0.939	0.89783	0.965	0.89811	0.965	0.6026	0.831
KEAP1	22 (4%)	488	0.12427	0.381	0.063709	0.262	0.91369	0.971	0.82648	0.94	0.095279	0.336	0.00111	0.0147	0.27017	0.573	0.03695	0.195	0.41007	0.724	0.069919	0.278
KDM6A	17 (3%)	493	0.03083	0.182	0.76473	0.917	0.52297	0.798	1	1	0.90056	0.965	0.39146	0.719	0.9073	0.969	0.86199	0.956	0.5657	0.816	0.58049	0.819
RHOA	10 (2%)	500	0.10589	0.355	0.57336	0.817	0.11093	0.362	0.24239	0.537	1	1	1	1	0.72394	0.897	0.56313	0.816	0.68543	0.881	0.69048	0.881
CREBBP	35 (7%)	475	0.02568	0.157	0.56784	0.816	1	1	0.93243	0.983	0.12893	0.386	0.13001	0.386	0.4878	0.77	0.0343	0.194	0.057309	0.247	0.13104	0.386
NUDT11	8 (2%)	502	0.79788	0.931	0.54809	0.816	0.04011	0.201	0.73179	0.897	0.90924	0.969	0.63058	0.844	0.44914	0.754	0.68069	0.88	0.218	0.517	0.74368	0.9
EMG1	4 (1%)	506	0.87776	0.962	0.26669	0.569	0.19742	0.496	0.60993	0.833	0.10447	0.354	0.81465	0.94	0.69498	0.882	1	1	0.25233	0.552	0.43655	0.754
SMAD4	13 (3%)	497	0.41103	0.724	0.78192	0.928	0.28818	0.593	0.87538	0.962	0.26689	0.569	0.55907	0.816	0.02569	0.157	0.46014	0.757	0.69974	0.884	0.18808	0.483
CUL3	14 (3%)	496	0.0205	0.138	0.00407	0.0407	0.27666	0.58	0.73187	0.897	0.33498	0.662	0.02747	0.166	0.21128	0.513	0.84029	0.942	0.00144	0.0181	0.3799	0.713
TIGD4	7 (1%)	503	0.49789	0.77	0.77213	0.921	1	1	0.83495	0.94	0.72541	0.897	0.39545	0.719	0.65324	0.857	0.39753	0.719	0.95687	1	0.68849	0.881
MYH9	22 (4%)	488	0.01595	0.113	0.24012	0.535	0.21836	0.517	0.4688	0.765	0.55645	0.816	0.71485	0.892	0.70528	0.888	0.45204	0.754	0.84744	0.946	0.45629	0.755
C3ORF59	11 (2%)	499	0.60857	0.833	0.21996	0.517	NA	NA	NA	NA	0.86211	0.956	0.39936	0.719	0.80023	0.931	0.6404	0.846	0.68601	0.881	0.30214	0.612
HUWE1	45 (9%)	465	0.00099999	0.0136	0.00054999	0.00842	0.88571	0.965	0.63828	0.846	0.01738	0.118	0.04342	0.209	0.17388	0.461	0.666	0.869	0.13362	0.39	0.15843	0.444
SLC9A6	5 (1%)	505	0.0086699	0.0732	0.094389	0.335	0.77572	0.923	0.11499	0.364	0.11412	0.363	0.36744	0.703	0.051119	0.236	0.22934	0.521	0.56646	0.816	0.02874	0.172
ZNF623	11 (2%)	499	0.22391	0.517	0.78569	0.93	0.19342	0.491	0.44531	0.754	0.34282	0.669	0.17032	0.457	0.54798	0.816	0.10025	0.346	0.41653	0.729	0.22838	0.521
MLL4	20 (4%)	490	0.01199	0.0948	0.00019	0.00332	0.16414	0.45	0.38	0.713	0.0070799	0.0642	0.096919	0.339	0.00081999	0.0115	0.71162	0.892	0.061249	0.259	0.057419	0.247
CTCF	16 (3%)	494	0.04975	0.232	0.00161	0.0192	0.15951	0.444	0.52771	0.802	0.4816	0.77	0.27681	0.58	0.69198	0.881	0.89929	0.965	0.73757	0.897	0.76507	0.917
NCOR1	18 (4%)	492	0.8766	0.962	0.089459	0.325	0.28204	0.586	0.49697	0.77	0.62019	0.837	0.16868	0.457	0.53853	0.812	0.11052	0.362	0.52879	0.802	0.85312	0.95
PTPN14	15 (3%)	495	0.01684	0.116	0.12036	0.376	1	1	0.57893	0.819	0.22175	0.517	0.71664	0.892	0.04634	0.22	0.64062	0.846	0.26422	0.568	0.45274	0.754
ITGB1	13 (3%)	497	0.76484	0.917	0.053119	0.243	0.34169	0.669	0.61045	0.833	0.01283	0.0998	0.082349	0.308	0.55969	0.816	0.19436	0.491	0.17817	0.469	0.69671	0.882
IRS4	17 (3%)	493	0.19019	0.485	0.57004	0.817	0.79772	0.931	0.79054	0.931	0.12655	0.383	0.073149	0.282	0.21632	0.517	0.063529	0.262	0.01577	0.113	0.22226	0.517
SRPX	7 (1%)	503	0.62692	0.842	0.98469	1	0.3882	0.719	1	1	1	1	0.60374	0.831	0.72907	0.897	1	1	0.58748	0.825	0.41104	0.724
KIAA1949	6 (1%)	504	0.80798	0.938	0.48379	0.77	NA	NA	NA	NA	0.772	0.921	0.83403	0.94	0.66884	0.869	1	1	0.57784	0.819	0.56278	0.816
NOTCH2	20 (4%)	490	0.45102	0.754	0.39726	0.719	0.078619	0.299	0.34653	0.671	0.59512	0.831	0.30667	0.616	0.504	0.777	0.48527	0.77	0.90186	0.965	0.60135	0.831
GAGE2A	5 (1%)	505	0.03779	0.195	0.075279	0.288	1	1	0.79434	0.931	0.18713	0.483	0.24797	0.545	0.73978	0.897	0.3202	0.64	0.29677	0.603	1	1
LCP1	15 (3%)	495	0.072409	0.282	0.088709	0.324	0.39406	0.719	0.82582	0.94	0.75573	0.912	0.071879	0.282	0.94684	0.996	0.89441	0.965	0.73769	0.897	0.25816	0.561